forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/AptxUtil.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Component;
  30 import java.awt.Graphics2D;
  31 import java.awt.GraphicsEnvironment;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.RenderingHints;
  34 import java.awt.image.BufferedImage;
  35 import java.io.ByteArrayOutputStream;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileNotFoundException;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
  40 import java.lang.reflect.Method;
  41 import java.net.URI;
  42 import java.net.URL;
  43 import java.security.KeyManagementException;
  44 import java.security.NoSuchAlgorithmException;
  45 import java.text.ParseException;
  46 import java.util.Arrays;
  47 import java.util.HashSet;
  48 import java.util.Iterator;
  49 import java.util.List;
  50 import java.util.Locale;
  51 import java.util.Set;
  52 import java.util.SortedSet;
  53 import java.util.TreeSet;
  54
  55 import javax.imageio.IIOImage;
  56 import javax.imageio.ImageIO;
  57 import javax.imageio.ImageWriteParam;
  58 import javax.imageio.ImageWriter;
  59 import javax.imageio.stream.ImageOutputStream;
  60 import javax.swing.JApplet;
  61 import javax.swing.JOptionPane;
  62 import javax.swing.text.MaskFormatter;
  63
  64 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  65 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  66 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  67 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  68 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
  69 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  70 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  71 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.DESCENDANT_SORT_PRIORITY;
  74 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  75 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  78 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  79 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  80 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  81 import org.forester.util.ForesterUtil;
  82
  83 public final class AptxUtil {
  84
  85     public static enum GraphicsExportType {
  86         BMP( "bmp" ), GIF( "gif" ), JPG( "jpg" ), PDF( "pdf" ), PNG( "png" ), TIFF( "tif" );
  87
  88         private final String _suffix;
  89
  90         private GraphicsExportType( final String suffix ) {
  91             _suffix = suffix;
  92         }
  93
  94         @Override
  95         public String toString() {
  96             return _suffix;
  97         }
  98     }
  99     private final static String[] AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED = GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment()
 100             .getAvailableFontFamilyNames();
 101     static {
 102         Arrays.sort( AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED );
 103     }
 104
 105     final public static Color calculateColorFromString( final String str, final boolean is_taxonomy ) {
 106         final String my_str = str.toUpperCase();
 107         char first = my_str.charAt( 0 );
 108         char second = ' ';
 109         char third = ' ';
 110         if ( my_str.length() > 1 ) {
 111             if ( is_taxonomy ) {
 112                 second = my_str.charAt( 1 );
 113             }
 114             else {
 115                 second = my_str.charAt( my_str.length() - 1 );
 116             }
 117             if ( is_taxonomy ) {
 118                 if ( my_str.length() > 2 ) {
 119                     if ( my_str.indexOf( " " ) > 0 ) {
 120                         third = my_str.charAt( my_str.indexOf( " " ) + 1 );
 121                     }
 122                     else {
 123                         third = my_str.charAt( 2 );
 124                     }
 125                 }
 126             }
 127             else if ( my_str.length() > 2 ) {
 128                 third = my_str.charAt( ( my_str.length() - 1 ) / 2 );
 129             }
 130         }
 131         first = normalizeCharForRGB( first );
 132         second = normalizeCharForRGB( second );
 133         third = normalizeCharForRGB( third );
 134         if ( ( first > 235 ) && ( second > 235 ) && ( third > 235 ) ) {
 135             first = 0;
 136         }
 137         else if ( ( first < 60 ) && ( second < 60 ) && ( third < 60 ) ) {
 138             second = 255;
 139         }
 140         return new Color( first, second, third );
 141     }
 142
 143     public static MaskFormatter createMaskFormatter( final String s ) {
 144         MaskFormatter formatter = null;
 145         try {
 146             formatter = new MaskFormatter( s );
 147         }
 148         catch ( final ParseException e ) {
 149             throw new IllegalArgumentException( e );
 150         }
 151         return formatter;
 152     }
 153
 154     final static public boolean isHasAtLeastNodeWithEvent( final Phylogeny phy ) {
 155         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 156         while ( it.hasNext() ) {
 157             if ( it.next().getNodeData().isHasEvent() ) {
 158                 return true;
 159             }
 160         }
 161         return false;
 162     }
 163
 164     /**
 165      * Returns true if at least one branch has a length larger than zero.
 166      *
 167      *
 168      * @param phy
 169      */
 170     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( final Phylogeny phy ) {
 171         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 172         while ( it.hasNext() ) {
 173             if ( it.next().getDistanceToParent() > 0.0 ) {
 174                 return true;
 175             }
 176         }
 177         return false;
 178     }
 179
 180     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchWithSupportSD( final Phylogeny phy ) {
 181         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 182         while ( it.hasNext() ) {
 183             final PhylogenyNode n = it.next();
 184             if ( n.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 185                 final List<Confidence> c = n.getBranchData().getConfidences();
 186                 for( final Confidence confidence : c ) {
 187                     if ( confidence.getStandardDeviation() > 0 ) {
 188                         return true;
 189                     }
 190                 }
 191             }
 192         }
 193         return false;
 194     }
 195
 196     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( final Phylogeny phy ) {
 197         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 198         while ( it.hasNext() ) {
 199             if ( it.next().getBranchData().isHasConfidences() ) {
 200                 return true;
 201             }
 202         }
 203         return false;
 204     }
 205
 206     final static public boolean isHasAtLeastOneNodeWithScientificName( final Phylogeny phy ) {
 207         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 208         while ( it.hasNext() ) {
 209             final PhylogenyNode n = it.next();
 210             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
 211                     && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
 212                 return true;
 213             }
 214         }
 215         return false;
 216     }
 217
 218     final static public boolean isHasAtLeastOneNodeWithSequenceAnnotation( final Phylogeny phy ) {
 219         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 220         while ( it.hasNext() ) {
 221             final PhylogenyNode n = it.next();
 222             if ( n.getNodeData().isHasSequence()
 223                     && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) ) {
 224                 return true;
 225             }
 226         }
 227         return false;
 228     }
 229
 230     final public static void launchWebBrowser( final URI uri,
 231                                                final boolean is_applet,
 232                                                final JApplet applet,
 233                                                final String frame_name ) throws IOException {
 234         if ( is_applet ) {
 235             applet.getAppletContext().showDocument( uri.toURL(), frame_name );
 236         }
 237         else {
 238             // This requires Java 1.6:
 239             // =======================
 240             // boolean no_desktop = false;
 241             // try {
 242             // if ( Desktop.isDesktopSupported() ) {
 243             // System.out.println( "desktop supported" );
 244             // final Desktop dt = Desktop.getDesktop();
 245             // dt.browse( uri );
 246             // }
 247             // else {
 248             // no_desktop = true;
 249             // }
 250             // }
 251             // catch ( final Exception ex ) {
 252             // ex.printStackTrace();
 253             // no_desktop = true;
 254             // }
 255             // catch ( final Error er ) {
 256             // er.printStackTrace();
 257             // no_desktop = true;
 258             // }
 259             // if ( no_desktop ) {
 260             // System.out.println( "desktop not supported" );
 261             try {
 262                 openUrlInWebBrowser( uri.toString() );
 263             }
 264             catch ( final Exception e ) {
 265                 throw new IOException( e );
 266             }
 267             // }
 268         }
 269     }
 270
 271     public static Set<Taxonomy> obtainAllDistinctTaxonomies( final PhylogenyNode node ) {
 272         final List<PhylogenyNode> descs = node.getAllExternalDescendants();
 273         final Set<Taxonomy> tax_set = new HashSet<Taxonomy>();
 274         for( final PhylogenyNode n : descs ) {
 275             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !n.getNodeData().getTaxonomy().isEmpty() ) {
 276                 tax_set.add( n.getNodeData().getTaxonomy() );
 277             }
 278         }
 279         return tax_set;
 280     }
 281
 282     public final static void printWarningMessage( final String name, final String message ) {
 283         System.out.println( "[" + name + "] > " + message );
 284     }
 285
 286     final public static Phylogeny[] readPhylogeniesFromUrl( final URL url,
 287                                                             final boolean phyloxml_validate_against_xsd,
 288                                                             final boolean replace_underscores,
 289                                                             final boolean internal_numbers_are_confidences,
 290                                                             final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction,
 291                                                             final boolean midpoint_reroot )
 292                                                                     throws FileNotFoundException, IOException {
 293         final PhylogenyParser parser;
 294         boolean nhx_or_nexus = false;
 295         if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 296             parser = new TolParser();
 297         }
 298         else {
 299             parser = ParserUtils.createParserDependingOnUrlContents( url, phyloxml_validate_against_xsd );
 300             if ( parser instanceof NHXParser ) {
 301                 nhx_or_nexus = true;
 302                 final NHXParser nhx = ( NHXParser ) parser;
 303                 nhx.setReplaceUnderscores( replace_underscores );
 304                 nhx.setIgnoreQuotes( false );
 305                 nhx.setTaxonomyExtraction( taxonomy_extraction );
 306             }
 307             else if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 308                 nhx_or_nexus = true;
 309                 final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) parser;
 310                 nex.setReplaceUnderscores( replace_underscores );
 311                 nex.setIgnoreQuotes( false );
 312             }
 313         }
 314         AptxUtil.printAppletMessage( "Archaeopteryx", "parser is " + parser.getName() );
 315         Phylogeny[] phys = null;
 316         try {
 317             phys = ForesterUtil.readPhylogeniesFromUrl( url, parser );
 318         }
 319         catch ( final KeyManagementException e ) {
 320             throw new IOException( e.getMessage() );
 321         }
 322         catch ( final NoSuchAlgorithmException e ) {
 323             throw new IOException( e.getMessage() );
 324         }
 325         if ( phys != null ) {
 326             if ( nhx_or_nexus && internal_numbers_are_confidences ) {
 327                 for( final Phylogeny phy : phys ) {
 328                     PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 329                 }
 330             }
 331             if ( midpoint_reroot ) {
 332                 for( final Phylogeny phy : phys ) {
 333                     PhylogenyMethods.midpointRoot( phy );
 334                     PhylogenyMethods.orderAppearance( phy.getRoot(), true, true, DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME );
 335                 }
 336             }
 337         }
 338         return phys;
 339     }
 340
 341     final public static void showErrorMessage( final Component parent, final String error_msg ) {
 342         printAppletMessage( AptxConstants.PRG_NAME, error_msg );
 343         JOptionPane.showMessageDialog( parent, error_msg, "[" + AptxConstants.PRG_NAME + " " + AptxConstants.VERSION
 344                                        + "] Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 345     }
 346
 347     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final File intree,
 348                                                      final File outfile,
 349                                                      final int width,
 350                                                      final int height,
 351                                                      final GraphicsExportType type,
 352                                                      final Configuration config ) throws IOException {
 353         final PhylogenyParser parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intree, true );
 354         Phylogeny[] phys = null;
 355         phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, intree );
 356         writePhylogenyToGraphicsFile( phys[ 0 ], outfile, width, height, type, config );
 357     }
 358
 359     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final Phylogeny phy,
 360                                                      final File outfile,
 361                                                      final int width,
 362                                                      final int height,
 363                                                      final GraphicsExportType type,
 364                                                      final Configuration config ) throws IOException {
 365         final Phylogeny[] phys = new Phylogeny[ 1 ];
 366         phys[ 0 ] = phy;
 367         final MainFrameApplication mf = MainFrameApplication.createInstance( phys, config );
 368         AptxUtil.writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( outfile, width, height, mf.getMainPanel()
 369                                                              .getCurrentTreePanel(), mf.getMainPanel().getControlPanel(), type, mf.getOptions() );
 370         mf.end();
 371     }
 372
 373     public final static void writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( final File outfile,
 374                                                                          final int width,
 375                                                                          final int height,
 376                                                                          final TreePanel tree_panel,
 377                                                                          final ControlPanel ac,
 378                                                                          final GraphicsExportType type,
 379                                                                          final Options options ) throws IOException {
 380         tree_panel.calcParametersForPainting( width, height );
 381         tree_panel.resetPreferredSize();
 382         tree_panel.repaint();
 383         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 384                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 385         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 386         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 387             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 388             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 389         }
 390         else {
 391             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 392             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 393         }
 394         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 395         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 396             return;
 397         }
 398         if ( outfile.isDirectory() ) {
 399             throw new IOException( "\"" + outfile + "\" is a directory" );
 400         }
 401         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
 402         final Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
 403         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
 404         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, 0, 0 );
 405         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
 406             writeToTiff( outfile, buffered_img );
 407         }
 408         else {
 409             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), outfile );
 410         }
 411         g2d.dispose();
 412     }
 413
 414     final private static char normalizeCharForRGB( char c ) {
 415         c -= 65;
 416         c *= 10.2;
 417         c = c > 255 ? 255 : c;
 418         c = c < 0 ? 0 : c;
 419         return c;
 420     }
 421
 422     final private static void openUrlInWebBrowser( final String url ) throws IOException, ClassNotFoundException,
 423     SecurityException, NoSuchMethodException, IllegalArgumentException, IllegalAccessException,
 424     InvocationTargetException, InterruptedException {
 425         final String os = System.getProperty( "os.name" );
 426         final Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
 427         if ( os.toLowerCase().startsWith( "win" ) ) {
 428             Runtime.getRuntime().exec( "rundll32 url.dll,FileProtocolHandler " + url );
 429         }
 430         else if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 431             final Class<?> file_mgr = Class.forName( "com.apple.eio.FileManager" );
 432             final Method open_url = file_mgr.getDeclaredMethod( "openURL", new Class[] { String.class } );
 433             open_url.invoke( null, new Object[] { url } );
 434         }
 435         else {
 436             final String[] browsers = { "firefox", "opera", "konqueror", "mozilla", "netscape", "epiphany" };
 437             String browser = null;
 438             for( int i = 0; ( i < browsers.length ) && ( browser == null ); ++i ) {
 439                 if ( runtime.exec( new String[] { "which", browsers[ i ] } ).waitFor() == 0 ) {
 440                     browser = browsers[ i ];
 441                 }
 442             }
 443             if ( browser == null ) {
 444                 throw new IOException( "could not find a web browser to open [" + url + "] in" );
 445             }
 446             else {
 447                 runtime.exec( new String[] { browser, url } );
 448             }
 449         }
 450     }
 451
 452     final static void addPhylogeniesToTabs( final Phylogeny[] phys,
 453                                             final String default_name,
 454                                             final String full_path,
 455                                             final Configuration configuration,
 456                                             final MainPanel main_panel ) {
 457         if ( phys.length > AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 458             JOptionPane.showMessageDialog( main_panel, "Attempt to load " + phys.length
 459                                            + " phylogenies,\ngoing to load only the first " + AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD, AptxConstants.PRG_NAME
 460                                            + " more than " + AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD + " phylogenies", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 461         }
 462         int i = 1;
 463         for( final Phylogeny phy : phys ) {
 464             if ( !phy.isEmpty() ) {
 465                 if ( i <= AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 466                     String my_name = "";
 467                     String my_name_for_file = "";
 468                     if ( phys.length > 1 ) {
 469                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 470                             my_name = new String( default_name );
 471                         }
 472                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 473                             my_name_for_file = new String( full_path );
 474                         }
 475                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 476                             my_name_for_file = new String( default_name );
 477                         }
 478                         String suffix = "";
 479                         if ( my_name_for_file.indexOf( '.' ) > 0 ) {
 480                             suffix = my_name_for_file.substring( my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ),
 481                                                                  my_name_for_file.length() );
 482                             my_name_for_file = my_name_for_file.substring( 0, my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ) );
 483                         }
 484                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 485                             my_name_for_file += "_";
 486                         }
 487                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 488                             my_name_for_file += phy.getName().replaceAll( " ", "_" );
 489                         }
 490                         else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 491                             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 492                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 493                                 sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 494                                 sb.append( "_" );
 495                             }
 496                             sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 497                             my_name_for_file += sb;
 498                         }
 499                         else {
 500                             my_name_for_file += i;
 501                         }
 502                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name ) && ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() )
 503                                 && ( phy.getIdentifier() == null ) ) {
 504                             my_name = my_name + " [" + i + "]";
 505                         }
 506                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( suffix ) ) {
 507                             my_name_for_file += suffix;
 508                         }
 509                     }
 510                     else {
 511                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 512                             my_name = new String( default_name );
 513                         }
 514                         my_name_for_file = "";
 515                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 516                             my_name_for_file = new String( full_path );
 517                         }
 518                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 519                             my_name_for_file = new String( default_name );
 520                         }
 521                         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 522                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 523                                 my_name_for_file = new String( phy.getName() ).replaceAll( " ", "_" );
 524                             }
 525                             else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 526                                 final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 527                                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 528                                     sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 529                                     sb.append( "_" );
 530                                 }
 531                                 sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 532                                 my_name_for_file = new String( sb.toString().replaceAll( " ", "_" ) );
 533                             }
 534                         }
 535                     }
 536                     main_panel.addPhylogenyInNewTab( phy, configuration, my_name, full_path );
 537                     main_panel.getCurrentTreePanel().setTreeFile( new File( my_name_for_file ) );
 538                     lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 539                     ++i;
 540                 }
 541             }
 542         }
 543     }
 544
 545     final static void addPhylogenyToPanel( final Phylogeny[] phys,
 546                                            final Configuration configuration,
 547                                            final MainPanel main_panel ) {
 548         final Phylogeny phy = phys[ 0 ];
 549         main_panel.addPhylogenyInPanel( phy, configuration );
 550         lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 551     }
 552
 553     // Returns true if the specified format name can be written
 554     final static boolean canWriteFormat( final String format_name ) {
 555         final Iterator<ImageWriter> iter = ImageIO.getImageWritersByFormatName( format_name );
 556         return iter.hasNext();
 557     }
 558
 559     final static String createBasicInformation( final Phylogeny phy, final File treefile ) {
 560         final StringBuilder desc = new StringBuilder();
 561         if ( ( phy != null ) && !phy.isEmpty() ) {
 562             String f = null;
 563             if ( treefile != null ) {
 564                 try {
 565                     f = treefile.getCanonicalPath();
 566                 }
 567                 catch ( final IOException e ) {
 568                     //Not important, ignore.
 569                 }
 570                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( f ) ) {
 571                     desc.append( "Path: " );
 572                     desc.append( f );
 573                     desc.append( "\n" );
 574                 }
 575             }
 576             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 577                 desc.append( "Name: " );
 578                 desc.append( phy.getName() );
 579                 desc.append( "\n" );
 580             }
 581             if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 582                 desc.append( "Id: " );
 583                 desc.append( phy.getIdentifier().toString() );
 584                 desc.append( "\n" );
 585             }
 586             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getDescription() ) ) {
 587                 desc.append( "Description: " );
 588                 desc.append( phy.getDescription() );
 589                 desc.append( "\n" );
 590             }
 591             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getDistanceUnit() ) ) {
 592                 desc.append( "Distance Unit: " );
 593                 desc.append( phy.getDistanceUnit() );
 594                 desc.append( "\n" );
 595             }
 596             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getType() ) ) {
 597                 desc.append( "Type: " );
 598                 desc.append( phy.getType() );
 599                 desc.append( "\n" );
 600             }
 601             desc.append( "Rooted: " );
 602             desc.append( phy.isRooted() );
 603             desc.append( "\n" );
 604             desc.append( "Rerootable: " );
 605             desc.append( phy.isRerootable() );
 606             desc.append( "\n" );
 607             desc.append( "Nodes: " );
 608             desc.append( phy.getNodeCount() );
 609             desc.append( "\n" );
 610             desc.append( "External nodes: " );
 611             desc.append( phy.getNumberOfExternalNodes() );
 612             desc.append( "\n" );
 613             desc.append( "Internal nodes: " );
 614             desc.append( phy.getNodeCount() - phy.getNumberOfExternalNodes() );
 615             desc.append( "\n" );
 616             desc.append( "Internal nodes with polytomies: " );
 617             desc.append( PhylogenyMethods.countNumberOfPolytomies( phy ) );
 618             desc.append( "\n" );
 619             desc.append( "Branches: " );
 620             desc.append( phy.getNumberOfBranches() );
 621             desc.append( "\n" );
 622             desc.append( "Depth: " );
 623             desc.append( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( phy ) );
 624             desc.append( "\n" );
 625             desc.append( "Maximum distance to root: " );
 626             desc.append( ForesterUtil.round( PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( phy ), 6 ) );
 627             desc.append( "\n" );
 628             final Set<Taxonomy> taxs = obtainAllDistinctTaxonomies( phy.getRoot() );
 629             if ( taxs != null ) {
 630                 desc.append( "Distinct external taxonomies: " );
 631                 desc.append( taxs.size() );
 632             }
 633             for( final Taxonomy t : taxs ) {
 634                 System.out.println( t.toString() );
 635             }
 636             desc.append( "\n" );
 637             final DescriptiveStatistics bs = PhylogenyMethods.calculateBranchLengthStatistics( phy );
 638             if ( bs.getN() > 3 ) {
 639                 desc.append( "\n" );
 640                 desc.append( "Branch-length statistics: " );
 641                 desc.append( "\n" );
 642                 desc.append( "    Number of branches with non-negative branch-lengths: " + bs.getN() );
 643                 desc.append( "\n" );
 644                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( bs.median(), 6 ) );
 645                 desc.append( "\n" );
 646                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( bs.arithmeticMean(), 6 ) + " (stdev: "
 647                         + ForesterUtil.round( bs.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 648                 desc.append( "\n" );
 649                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.round( bs.getMin(), 6 ) );
 650                 desc.append( "\n" );
 651                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.round( bs.getMax(), 6 ) );
 652                 desc.append( "\n" );
 653                 if ( Math.abs( bs.getMax() - bs.getMin() ) > 0.0001 ) {
 654                     desc.append( "\n" );
 655                     final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( bs );
 656                     desc.append( histo.toStringBuffer( 12, '#', 40, 7, "    " ) );
 657                 }
 658             }
 659             final DescriptiveStatistics ds = PhylogenyMethods.calculateNumberOfDescendantsPerNodeStatistics( phy );
 660             if ( ds.getN() > 2 ) {
 661                 desc.append( "\n" );
 662                 desc.append( "Descendants per node statistics: " );
 663                 desc.append( "\n" );
 664                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( ds.median(), 6 ) );
 665                 desc.append( "\n" );
 666                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( ds.arithmeticMean(), 6 ) + " (stdev: "
 667                         + ForesterUtil.round( ds.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 668                 desc.append( "\n" );
 669                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMin() ) );
 670                 desc.append( "\n" );
 671                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMax() ) );
 672                 desc.append( "\n" );
 673             }
 674             List<DescriptiveStatistics> css = null;
 675             try {
 676                 css = PhylogenyMethods.calculateConfidenceStatistics( phy );
 677             }
 678             catch ( final IllegalArgumentException e ) {
 679                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, e.getMessage() );
 680             }
 681             if ( ( css != null ) && ( css.size() > 0 ) ) {
 682                 desc.append( "\n" );
 683                 for( int i = 0; i < css.size(); ++i ) {
 684                     final DescriptiveStatistics cs = css.get( i );
 685                     if ( ( cs != null ) && ( cs.getN() > 1 ) ) {
 686                         if ( css.size() > 1 ) {
 687                             desc.append( "Support statistics " + ( i + 1 ) + ": " );
 688                         }
 689                         else {
 690                             desc.append( "Support statistics: " );
 691                         }
 692                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( cs.getDescription() ) ) {
 693                             desc.append( "\n" );
 694                             desc.append( "    Type: " + cs.getDescription() );
 695                         }
 696                         desc.append( "\n" );
 697                         desc.append( "    Branches with support: " + cs.getN() );
 698                         desc.append( "\n" );
 699                         desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( cs.median(), 6 ) );
 700                         desc.append( "\n" );
 701                         desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( cs.arithmeticMean(), 6 ) );
 702                         if ( cs.getN() > 2 ) {
 703                             desc.append( " (stdev: " + ForesterUtil.round( cs.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 704                         }
 705                         desc.append( "\n" );
 706                         desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.round( cs.getMin(), 6 ) );
 707                         desc.append( "\n" );
 708                         desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.round( cs.getMax(), 6 ) );
 709                         desc.append( "\n" );
 710                     }
 711                 }
 712             }
 713         }
 714         return desc.toString();
 715     }
 716
 717     /**
 718      * Exits with -1.
 719      *
 720      *
 721      * @param message
 722      *            to message to be printed
 723      */
 724     final static void dieWithSystemError( final String message ) {
 725         System.out.println();
 726         System.out.println( AptxConstants.PRG_NAME + " encountered the following system error: " + message );
 727         System.out.println( "Please contact the authors." );
 728         System.out.println( AptxConstants.PRG_NAME + " needs to close." );
 729         System.out.println();
 730         System.exit( -1 );
 731     }
 732
 733     final static String[] getAllPossibleRanks() {
 734         final String[] str_array = new String[ PhyloXmlUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST.size() - 2 ];
 735         int i = 0;
 736         for( final String e : PhyloXmlUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST ) {
 737             if ( !e.equals( PhyloXmlUtil.UNKNOWN ) && !e.equals( PhyloXmlUtil.OTHER ) ) {
 738                 str_array[ i++ ] = e;
 739             }
 740         }
 741         return str_array;
 742     }
 743
 744     final static String[] getAllRanks( final Phylogeny tree ) {
 745         final SortedSet<String> ranks = new TreeSet<String>();
 746         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 747             final PhylogenyNode n = it.next();
 748             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() ) ) {
 749                 ranks.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() );
 750             }
 751         }
 752         return ForesterUtil.stringSetToArray( ranks );
 753     }
 754
 755     final static String[] getAvailableFontFamiliesSorted() {
 756         return AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED;
 757     }
 758
 759     final static boolean isUsOrCanada() {
 760         try {
 761             if ( ( Locale.getDefault().equals( Locale.CANADA ) ) || ( Locale.getDefault().equals( Locale.US ) ) ) {
 762                 return true;
 763             }
 764         }
 765         catch ( final Exception e ) {
 766             return false;
 767         }
 768         return false;
 769     }
 770     final static void lookAtRealBranchLengthsForAptxControlSettings( final Phylogeny t,
 771                                                                      final ControlPanel cp ) {
 772         if ( ( t != null ) && !t.isEmpty() ) {
 773             final boolean has_bl = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t );
 774             if ( !has_bl ) {
 775                 cp.setDrawPhylogram( false );
 776                 cp.setDrawPhylogramEnabled( false );
 777             }
 778             else if ( cp.getDisplayAsPhylogramCb() != null ) {
 779                 cp.setDrawPhylogramEnabled( true );
 780             }
 781         }
 782     }
 783     final static void lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( final Phylogeny t,
 784                                                                       final ControlPanel atv_control,
 785                                                                       final Configuration configuration ) {
 786         if ( ( t != null ) && !t.isEmpty() ) {
 787             final boolean has_bl = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t );
 788             if ( !has_bl ) {
 789                 atv_control.setDrawPhylogram( false );
 790                 atv_control.setDrawPhylogramEnabled( false );
 791             }
 792
 793             if ( t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchColor() != null
 794                     && atv_control.getUseVisualStylesCb() != null ) {
 795                 atv_control.getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
 796             }
 797             if ( t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchWidth() != null
 798                     && t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchWidth().getValue()
 799                     != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE
 800                     && atv_control.getUseBranchWidthsCb() != null ) {
 801                 atv_control.getUseBranchWidthsCb().setSelected( true );
 802             }
 803
 804
 805             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.display_as_phylogram ) ) {
 806                 if ( atv_control.getDisplayAsPhylogramCb() != null ) {
 807                     if ( has_bl ) {
 808                         atv_control.setDrawPhylogram( true );
 809                         atv_control.setDrawPhylogramEnabled( true );
 810                     }
 811                     else {
 812                         atv_control.setDrawPhylogram( false );
 813                     }
 814                 }
 815             }
 816             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_confidence_values ) ) {
 817                 if ( atv_control.getWriteConfidenceCb() != null ) {
 818                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( t ) ) {
 819                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, true );
 820                     }
 821                     else {
 822                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, false );
 823                     }
 824                 }
 825             }
 826             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_events ) ) {
 827                 if ( atv_control.getShowEventsCb() != null ) {
 828                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastNodeWithEvent( t ) ) {
 829                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_events, true );
 830                     }
 831                     else {
 832                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_events, false );
 833                     }
 834                 }
 835             }
 836         }
 837     }
 838
 839     final static void openWebsite( final String url, final boolean is_applet, final JApplet applet ) throws IOException {
 840         try {
 841             AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( url ), is_applet, applet, AptxConstants.PRG_NAME );
 842         }
 843         catch ( final Exception e ) {
 844             throw new IOException( e );
 845         }
 846     }
 847
 848     final static void outOfMemoryError( final OutOfMemoryError e ) {
 849         System.err.println();
 850         System.err.println( "Java memory allocation might be too small, try \"-Xmx2048m\" java command line option" );
 851         System.err.println();
 852         e.printStackTrace();
 853         System.err.println();
 854         JOptionPane.showMessageDialog( null,
 855                                        "Java memory allocation might be too small, try \"-Xmx2048m\" java command line option"
 856                                                + "\n\nError: " + e.getLocalizedMessage(),
 857                                                "Out of Memory Error [" + AptxConstants.PRG_NAME + " " + AptxConstants.VERSION + "]",
 858                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 859         System.exit( -1 );
 860     }
 861
 862     final static void printAppletMessage( final String applet_name, final String message ) {
 863         System.out.println( "[" + applet_name + "] > " + message );
 864     }
 865
 866     final static void removeBranchColors( final Phylogeny phy ) {
 867         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 868             it.next().getBranchData().setBranchColor( null );
 869         }
 870     }
 871
 872     final static void removeVisualStyles( final Phylogeny phy ) {
 873         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 874             it.next().getNodeData().setNodeVisualData( null );
 875         }
 876     }
 877
 878     final static void unexpectedError( final Error e ) {
 879         System.err.println();
 880         e.printStackTrace( System.err );
 881         System.err.println();
 882         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 883         for( final StackTraceElement s : e.getStackTrace() ) {
 884             sb.append( s + "\n" );
 885         }
 886         JOptionPane
 887         .showMessageDialog( null,
 888                             "An unexpected (possibly severe) error has occured - terminating. \nPlease contact: "
 889                                     + AptxConstants.AUTHOR_EMAIL + " \nError: " + e.getLocalizedMessage() + "\n"
 890                                     + sb,
 891                                     "Unexpected Severe Error [" + AptxConstants.PRG_NAME + " " + AptxConstants.VERSION + "]",
 892                                     JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 893         System.exit( -1 );
 894     }
 895
 896     final static void unexpectedException( final Exception e ) {
 897         System.err.println();
 898         e.printStackTrace( System.err );
 899         System.err.println();
 900         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 901         for( final StackTraceElement s : e.getStackTrace() ) {
 902             sb.append( s + "\n" );
 903         }
 904         JOptionPane.showMessageDialog( null,
 905                                        "An unexpected exception has occured. \nPlease contact: "
 906                                                + AptxConstants.AUTHOR_EMAIL + " \nException: " + e.getLocalizedMessage()
 907                                                + "\n" + sb,
 908                                                "Unexpected Exception [" + AptxConstants.PRG_NAME + AptxConstants.VERSION + "]",
 909                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 910     }
 911
 912     final static String writePhylogenyToGraphicsByteArrayOutputStream( final ByteArrayOutputStream baos,
 913                                                                        int width,
 914                                                                        int height,
 915                                                                        final TreePanel tree_panel,
 916                                                                        final ControlPanel ac,
 917                                                                        final GraphicsExportType type,
 918                                                                        final Options options ) throws IOException {
 919
 920         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 921                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 922         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 923         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 924             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 925             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 926         }
 927         else {
 928             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 929             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 930         }
 931         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 932         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 933             return "";
 934         }
 935         Rectangle visible = null;
 936 //        if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 937 //            width = options.getPrintSizeX();
 938 //            height = options.getPrintSizeY();
 939 //        }
 940        /* else*/ if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 941             visible = tree_panel.getVisibleRect();
 942             width = visible.width;
 943             height = visible.height;
 944         }
 945         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
 946         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
 947         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
 948         int x = 0;
 949         int y = 0;
 950         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 951             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
 952             g2d.setClip( null );
 953             x = visible.x;
 954             y = visible.y;
 955         }
 956         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
 957         ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), baos );
 958         g2d.dispose();
 959         System.gc();
 960         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 961             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
 962         }
 963         String msg = baos.toString();
 964         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
 965             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
 966         }
 967         return msg;
 968     }
 969
 970     final static String writePhylogenyToGraphicsFile( final String file_name,
 971                                                       int width,
 972                                                       int height,
 973                                                       final TreePanel tree_panel,
 974                                                       final ControlPanel ac,
 975                                                       final GraphicsExportType type,
 976                                                       final Options options ) throws IOException {
 977
 978         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 979                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 980         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 981         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 982             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 983             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 984         }
 985         else {
 986             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 987             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 988         }
 989         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 990         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 991             return "";
 992         }
 993         final File file = new File( file_name );
 994         if ( file.isDirectory() ) {
 995             throw new IOException( "\"" + file_name + "\" is a directory" );
 996         }
 997         Rectangle visible = null;
 998 //        if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 999 //            width = options.getPrintSizeX();
1000 //            height = options.getPrintSizeY();
1001 //        }
1002         /*else*/ if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1003             visible = tree_panel.getVisibleRect();
1004             width = visible.width;
1005             height = visible.height;
1006         }
1007         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
1008         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
1009         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
1010         int x = 0;
1011         int y = 0;
1012         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1013             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
1014             g2d.setClip( null );
1015             x = visible.x;
1016             y = visible.y;
1017         }
1018         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
1019         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
1020             writeToTiff( file, buffered_img );
1021         }
1022         else {
1023             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), file );
1024         }
1025         g2d.dispose();
1026         System.gc();
1027         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1028             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
1029         }
1030         String msg = file.toString();
1031         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
1032             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
1033         }
1034         return msg;
1035     }
1036
1037     final static void writeToTiff( final File file, final BufferedImage image ) throws IOException {
1038         // See: http://log.robmeek.com/2005/08/write-tiff-in-java.html
1039         ImageWriter writer = null;
1040         ImageOutputStream ios = null;
1041         // Find an appropriate writer:
1042         final Iterator<ImageWriter> it = ImageIO.getImageWritersByFormatName( "TIF" );
1043         if ( it.hasNext() ) {
1044             writer = it.next();
1045         }
1046         else {
1047             throw new IOException( "failed to get TIFF image writer" );
1048         }
1049         // Setup writer:
1050         ios = ImageIO.createImageOutputStream( file );
1051         writer.setOutput( ios );
1052         final ImageWriteParam image_write_param = new ImageWriteParam( Locale.getDefault() );
1053         image_write_param.setCompressionMode( ImageWriteParam.MODE_EXPLICIT );
1054         // see writeParam.getCompressionTypes() for available compression type
1055         // strings.
1056         image_write_param.setCompressionType( "PackBits" );
1057         final String t[] = image_write_param.getCompressionTypes();
1058         for( final String string : t ) {
1059             System.out.println( string );
1060         }
1061         // Convert to an IIOImage:
1062         final IIOImage iio_image = new IIOImage( image, null, null );
1063         writer.write( null, iio_image, image_write_param );
1064     }
1065 }