forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/AptxUtil.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Component;
  30 import java.awt.Graphics2D;
  31 import java.awt.GraphicsEnvironment;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.RenderingHints;
  34 import java.awt.image.BufferedImage;
  35 import java.io.ByteArrayOutputStream;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileNotFoundException;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
  40 import java.lang.reflect.Method;
  41 import java.net.URI;
  42 import java.net.URL;
  43 import java.security.KeyManagementException;
  44 import java.security.NoSuchAlgorithmException;
  45 import java.text.ParseException;
  46 import java.util.Arrays;
  47 import java.util.HashMap;
  48 import java.util.HashSet;
  49 import java.util.Iterator;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Locale;
  52 import java.util.Map;
  53 import java.util.Set;
  54 import java.util.SortedSet;
  55 import java.util.TreeSet;
  56
  57 import javax.imageio.IIOImage;
  58 import javax.imageio.ImageIO;
  59 import javax.imageio.ImageWriteParam;
  60 import javax.imageio.ImageWriter;
  61 import javax.imageio.stream.ImageOutputStream;
  62 import javax.swing.JOptionPane;
  63 import javax.swing.text.MaskFormatter;
  64
  65 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  66 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  67 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  68 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  69 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  70 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  71 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.DESCENDANT_SORT_PRIORITY;
  74 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  75 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  78 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  79 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  80 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  81 import org.forester.util.ForesterUtil;
  82 import org.forester.util.TaxonomyUtil;
  83
  84 public final class AptxUtil {
  85
  86     public static enum GraphicsExportType {
  87                                            BMP( "bmp" ),
  88                                            GIF( "gif" ),
  89                                            JPG( "jpg" ),
  90                                            PDF( "pdf" ),
  91                                            PNG( "png" ),
  92                                            TIFF( "tif" );
  93
  94         private final String _suffix;
  95
  96         private GraphicsExportType( final String suffix ) {
  97             _suffix = suffix;
  98         }
  99
 100         @Override
 101         public String toString() {
 102             return _suffix;
 103         }
 104     }
 105     private final static String[] AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED = GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment()
 106             .getAvailableFontFamilyNames();
 107     static {
 108         Arrays.sort( AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED );
 109     }
 110
 111     final public static Color calculateColorFromString( final String str, final boolean is_taxonomy ) {
 112         final String my_str = str.toUpperCase();
 113         char first = my_str.charAt( 0 );
 114         char second = ' ';
 115         char third = ' ';
 116         if ( my_str.length() > 1 ) {
 117             if ( is_taxonomy ) {
 118                 second = my_str.charAt( 1 );
 119             }
 120             else {
 121                 second = my_str.charAt( my_str.length() - 1 );
 122             }
 123             if ( is_taxonomy ) {
 124                 if ( my_str.length() > 2 ) {
 125                     if ( my_str.indexOf( " " ) > 0 ) {
 126                         third = my_str.charAt( my_str.indexOf( " " ) + 1 );
 127                     }
 128                     else {
 129                         third = my_str.charAt( 2 );
 130                     }
 131                 }
 132             }
 133             else if ( my_str.length() > 2 ) {
 134                 third = my_str.charAt( ( my_str.length() - 1 ) / 2 );
 135             }
 136         }
 137         first = normalizeCharForRGB( first );
 138         second = normalizeCharForRGB( second );
 139         third = normalizeCharForRGB( third );
 140         if ( ( first > 200 ) && ( second > 200 ) && ( third > 200 ) ) {
 141             first = 0;
 142         }
 143         else if ( ( first < 60 ) && ( second < 60 ) && ( third < 60 ) ) {
 144             second = 255;
 145         }
 146         else if ( Math.abs( first - second ) < 40 && Math.abs( second - third ) < 40 ) {
 147             third = 255;
 148         }
 149         return new Color( first, second, third );
 150     }
 151
 152     public static MaskFormatter createMaskFormatter( final String s ) {
 153         MaskFormatter formatter = null;
 154         try {
 155             formatter = new MaskFormatter( s );
 156         }
 157         catch ( final ParseException e ) {
 158             throw new IllegalArgumentException( e );
 159         }
 160         return formatter;
 161     }
 162
 163     final static public boolean isHasAtLeastNodeWithEvent( final Phylogeny phy ) {
 164         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 165         while ( it.hasNext() ) {
 166             if ( it.next().getNodeData().isHasEvent() ) {
 167                 return true;
 168             }
 169         }
 170         return false;
 171     }
 172
 173     /**
 174      * Returns true if at least one branch has a length larger than zero.
 175      *
 176      *
 177      * @param phy
 178      */
 179     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( final Phylogeny phy ) {
 180         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 181         while ( it.hasNext() ) {
 182             if ( it.next().getDistanceToParent() > 0.0 ) {
 183                 return true;
 184             }
 185         }
 186         return false;
 187     }
 188
 189     final static public boolean isHasAtLeast50PercentBranchLengthLargerThanZero( final Phylogeny phy ) {
 190         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 191         int positive = 0;
 192         int total = 0;
 193         while ( it.hasNext() ) {
 194             if ( it.next().getDistanceToParent() > 0.0 ) {
 195                 ++positive;
 196             }
 197             ++total;
 198         }
 199         if ( total == 0 ) {
 200             return false;
 201         }
 202         return (((( double ) positive) / total) >= 0.5 );
 203     }
 204
 205     final static public boolean isHasNoBranchLengthSmallerThanZero( final Phylogeny phy ) {
 206         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 207         while ( it.hasNext() ) {
 208             final PhylogenyNode n = it.next();
 209             if ( n.getDistanceToParent() < 0.0 && !n.isRoot() ) {
 210                 return false;
 211             }
 212         }
 213         return true;
 214     }
 215
 216     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchWithSupportSD( final Phylogeny phy ) {
 217         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 218         while ( it.hasNext() ) {
 219             final PhylogenyNode n = it.next();
 220             if ( n.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 221                 final List<Confidence> c = n.getBranchData().getConfidences();
 222                 for( final Confidence confidence : c ) {
 223                     if ( confidence.getStandardDeviation() > 0 ) {
 224                         return true;
 225                     }
 226                 }
 227             }
 228         }
 229         return false;
 230     }
 231
 232     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( final Phylogeny phy ) {
 233         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 234         while ( it.hasNext() ) {
 235             if ( it.next().getBranchData().isHasConfidences() ) {
 236                 return true;
 237             }
 238         }
 239         return false;
 240     }
 241
 242     final static public boolean isHasAtLeastOneNodeWithScientificName( final Phylogeny phy ) {
 243         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 244         while ( it.hasNext() ) {
 245             final PhylogenyNode n = it.next();
 246             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
 247                     && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
 248                 return true;
 249             }
 250         }
 251         return false;
 252     }
 253
 254     final static public boolean isHasAtLeastOneNodeWithSequenceAnnotation( final Phylogeny phy ) {
 255         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 256         while ( it.hasNext() ) {
 257             final PhylogenyNode n = it.next();
 258             if ( n.getNodeData().isHasSequence()
 259                     && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) ) {
 260                 return true;
 261             }
 262         }
 263         return false;
 264     }
 265
 266     final public static void launchWebBrowser( final URI uri, final String frame_name ) throws IOException {
 267         // This requires Java 1.6:
 268         // =======================
 269         // boolean no_desktop = false;
 270         // try {
 271         // if ( Desktop.isDesktopSupported() ) {
 272         // System.out.println( "desktop supported" );
 273         // final Desktop dt = Desktop.getDesktop();
 274         // dt.browse( uri );
 275         // }
 276         // else {
 277         // no_desktop = true;
 278         // }
 279         // }
 280         // catch ( final Exception ex ) {
 281         // ex.printStackTrace();
 282         // no_desktop = true;
 283         // }
 284         // catch ( final Error er ) {
 285         // er.printStackTrace();
 286         // no_desktop = true;
 287         // }
 288         // if ( no_desktop ) {
 289         // System.out.println( "desktop not supported" );
 290         try {
 291             openUrlInWebBrowser( uri.toString() );
 292         }
 293         catch ( final Exception e ) {
 294             throw new IOException( e );
 295         }
 296         // }
 297     }
 298
 299     public static Set<Taxonomy> obtainAllDistinctTaxonomies( final PhylogenyNode node ) {
 300         final List<PhylogenyNode> descs = node.getAllExternalDescendants();
 301         final Set<Taxonomy> tax_set = new HashSet<Taxonomy>();
 302         for( final PhylogenyNode n : descs ) {
 303             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !n.getNodeData().getTaxonomy().isEmpty() ) {
 304                 tax_set.add( n.getNodeData().getTaxonomy() );
 305             }
 306         }
 307         return tax_set;
 308     }
 309
 310     public final static void printWarningMessage( final String name, final String message ) {
 311         System.out.println( "[" + name + "] > " + message );
 312     }
 313
 314     final public static Phylogeny[] readPhylogeniesFromUrl( final URL url,
 315                                                             final boolean phyloxml_validate_against_xsd,
 316                                                             final boolean replace_underscores,
 317                                                             final boolean internal_numbers_are_confidences,
 318                                                             final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction,
 319                                                             final boolean midpoint_reroot )
 320             throws FileNotFoundException, IOException {
 321         final PhylogenyParser parser;
 322         boolean nhx_or_nexus = false;
 323         if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 324             parser = new TolParser();
 325         }
 326         else {
 327             parser = ParserUtils.createParserDependingOnUrlContents( url, phyloxml_validate_against_xsd );
 328             if ( parser instanceof NHXParser ) {
 329                 nhx_or_nexus = true;
 330                 final NHXParser nhx = ( NHXParser ) parser;
 331                 nhx.setReplaceUnderscores( replace_underscores );
 332                 nhx.setIgnoreQuotes( false );
 333                 nhx.setTaxonomyExtraction( taxonomy_extraction );
 334             }
 335             else if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 336                 nhx_or_nexus = true;
 337                 final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) parser;
 338                 nex.setReplaceUnderscores( replace_underscores );
 339                 nex.setIgnoreQuotes( false );
 340             }
 341         }
 342         AptxUtil.printAppletMessage( "Archaeopteryx", "parser is " + parser.getName() );
 343         Phylogeny[] phys = null;
 344         try {
 345             phys = ForesterUtil.readPhylogeniesFromUrl( url, parser );
 346         }
 347         catch ( final KeyManagementException e ) {
 348             throw new IOException( e.getMessage() );
 349         }
 350         catch ( final NoSuchAlgorithmException e ) {
 351             throw new IOException( e.getMessage() );
 352         }
 353         if ( phys != null ) {
 354             if ( nhx_or_nexus && internal_numbers_are_confidences ) {
 355                 for( final Phylogeny phy : phys ) {
 356                     PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 357                 }
 358             }
 359             if ( midpoint_reroot ) {
 360                 for( final Phylogeny phy : phys ) {
 361                     PhylogenyMethods.midpointRoot( phy );
 362                     PhylogenyMethods.orderAppearance( phy.getRoot(), true, true, DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME );
 363                 }
 364             }
 365         }
 366         return phys;
 367     }
 368
 369     final public static void showErrorMessage( final Component parent, final String error_msg ) {
 370         printAppletMessage( AptxConstants.PRG_NAME, error_msg );
 371         JOptionPane.showMessageDialog( parent,
 372                                        error_msg,
 373                                        "[" + AptxConstants.PRG_NAME + " " + AptxConstants.VERSION + "] Error",
 374                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 375     }
 376
 377     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final File intree,
 378                                                      final File outfile,
 379                                                      final int width,
 380                                                      final int height,
 381                                                      final GraphicsExportType type,
 382                                                      final Configuration config )
 383             throws IOException {
 384         final PhylogenyParser parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intree, true );
 385         Phylogeny[] phys = null;
 386         phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, intree );
 387         writePhylogenyToGraphicsFile( phys[ 0 ], outfile, width, height, type, config );
 388     }
 389
 390     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final Phylogeny phy,
 391                                                      final File outfile,
 392                                                      final int width,
 393                                                      final int height,
 394                                                      final GraphicsExportType type,
 395                                                      final Configuration config )
 396             throws IOException {
 397         final Phylogeny[] phys = new Phylogeny[ 1 ];
 398         phys[ 0 ] = phy;
 399         final MainFrameApplication mf = MainFrameApplication.createInstance( phys, config );
 400         AptxUtil.writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( outfile,
 401                                                              width,
 402                                                              height,
 403                                                              mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel(),
 404                                                              mf.getMainPanel().getControlPanel(),
 405                                                              type,
 406                                                              mf.getOptions() );
 407         mf.end();
 408     }
 409
 410     public final static void writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( final File outfile,
 411                                                                          final int width,
 412                                                                          final int height,
 413                                                                          final TreePanel tree_panel,
 414                                                                          final ControlPanel ac,
 415                                                                          final GraphicsExportType type,
 416                                                                          final Options options )
 417             throws IOException {
 418         tree_panel.calcParametersForPainting( width, height );
 419         tree_panel.resetPreferredSize();
 420         tree_panel.repaint();
 421         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 422                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 423         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 424         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 425             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 426             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 427         }
 428         else {
 429             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 430             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 431         }
 432         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 433         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 434             return;
 435         }
 436         if ( outfile.isDirectory() ) {
 437             throw new IOException( "\"" + outfile + "\" is a directory" );
 438         }
 439         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
 440         final Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
 441         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
 442         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, 0, 0 );
 443         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
 444             writeToTiff( outfile, buffered_img );
 445         }
 446         else {
 447             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), outfile );
 448         }
 449         g2d.dispose();
 450     }
 451
 452     final private static char normalizeCharForRGB( char c ) {
 453         c -= 65;
 454         c *= 10.2;
 455         c = c > 255 ? 255 : c;
 456         c = c < 0 ? 0 : c;
 457         return c;
 458     }
 459
 460     final private static void openUrlInWebBrowser( final String url )
 461             throws IOException, ClassNotFoundException, SecurityException, NoSuchMethodException,
 462             IllegalArgumentException, IllegalAccessException, InvocationTargetException, InterruptedException {
 463         final String os = System.getProperty( "os.name" );
 464         final Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
 465         if ( os.toLowerCase().startsWith( "win" ) ) {
 466             Runtime.getRuntime().exec( "rundll32 url.dll,FileProtocolHandler " + url );
 467         }
 468         else if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 469             final Class<?> file_mgr = Class.forName( "com.apple.eio.FileManager" );
 470             final Method open_url = file_mgr.getDeclaredMethod( "openURL", new Class[] { String.class } );
 471             open_url.invoke( null, new Object[] { url } );
 472         }
 473         else {
 474             final String[] browsers = { "firefox", "opera", "konqueror", "mozilla", "netscape", "epiphany" };
 475             String browser = null;
 476             for( int i = 0; ( i < browsers.length ) && ( browser == null ); ++i ) {
 477                 if ( runtime.exec( new String[] { "which", browsers[ i ] } ).waitFor() == 0 ) {
 478                     browser = browsers[ i ];
 479                 }
 480             }
 481             if ( browser == null ) {
 482                 throw new IOException( "could not find a web browser to open [" + url + "] in" );
 483             }
 484             else {
 485                 runtime.exec( new String[] { browser, url } );
 486             }
 487         }
 488     }
 489
 490     final static void addPhylogeniesToTabs( final Phylogeny[] phys,
 491                                             final String default_name,
 492                                             final String full_path,
 493                                             final Configuration configuration,
 494                                             final MainPanel main_panel ) {
 495         if ( phys.length > AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 496             JOptionPane.showMessageDialog( main_panel,
 497                                            "Attempt to load " + phys.length
 498                                                    + " phylogenies,\ngoing to load only the first "
 499                                                    + AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD,
 500                                            AptxConstants.PRG_NAME + " more than " + AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD
 501                                                    + " phylogenies",
 502                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 503         }
 504         int i = 1;
 505         for( final Phylogeny phy : phys ) {
 506             if ( !phy.isEmpty() ) {
 507                 if ( i <= AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 508                     String my_name = "";
 509                     String my_name_for_file = "";
 510                     if ( phys.length > 1 ) {
 511                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 512                             my_name = new String( default_name );
 513                         }
 514                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 515                             my_name_for_file = new String( full_path );
 516                         }
 517                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 518                             my_name_for_file = new String( default_name );
 519                         }
 520                         String suffix = "";
 521                         if ( my_name_for_file.indexOf( '.' ) > 0 ) {
 522                             suffix = my_name_for_file.substring( my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ),
 523                                                                  my_name_for_file.length() );
 524                             my_name_for_file = my_name_for_file.substring( 0, my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ) );
 525                         }
 526                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 527                             my_name_for_file += "_";
 528                         }
 529                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 530                             my_name_for_file += phy.getName().replaceAll( " ", "_" );
 531                         }
 532                         else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 533                             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 534                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 535                                 sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 536                                 sb.append( "_" );
 537                             }
 538                             sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 539                             my_name_for_file += sb;
 540                         }
 541                         else {
 542                             my_name_for_file += i;
 543                         }
 544                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name ) && ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() )
 545                                 && ( phy.getIdentifier() == null ) ) {
 546                             my_name = my_name + " [" + i + "]";
 547                         }
 548                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( suffix ) ) {
 549                             my_name_for_file += suffix;
 550                         }
 551                     }
 552                     else {
 553                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 554                             my_name = new String( default_name );
 555                         }
 556                         my_name_for_file = "";
 557                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 558                             my_name_for_file = new String( full_path );
 559                         }
 560                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 561                             my_name_for_file = new String( default_name );
 562                         }
 563                         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 564                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 565                                 my_name_for_file = new String( phy.getName() ).replaceAll( " ", "_" );
 566                             }
 567                             else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 568                                 final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 569                                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 570                                     sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 571                                     sb.append( "_" );
 572                                 }
 573                                 sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 574                                 my_name_for_file = new String( sb.toString().replaceAll( " ", "_" ) );
 575                             }
 576                         }
 577                     }
 578                     main_panel.addPhylogenyInNewTab( phy, configuration, my_name, full_path );
 579                     main_panel.getCurrentTreePanel().setTreeFile( new File( my_name_for_file ) );
 580                     lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 581                     ++i;
 582                 }
 583             }
 584         }
 585     }
 586
 587     final static void addPhylogenyToPanel( final Phylogeny[] phys,
 588                                            final Configuration configuration,
 589                                            final MainPanel main_panel ) {
 590         final Phylogeny phy = phys[ 0 ];
 591         main_panel.addPhylogenyInPanel( phy, configuration );
 592         lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 593     }
 594
 595     // Returns true if the specified format name can be written
 596     final static boolean canWriteFormat( final String format_name ) {
 597         final Iterator<ImageWriter> iter = ImageIO.getImageWritersByFormatName( format_name );
 598         return iter.hasNext();
 599     }
 600
 601     final static String createBasicInformation( final Phylogeny phy, final File treefile ) {
 602         final StringBuilder desc = new StringBuilder();
 603         if ( ( phy != null ) && !phy.isEmpty() ) {
 604             String f = null;
 605             if ( treefile != null ) {
 606                 try {
 607                     f = treefile.getCanonicalPath();
 608                 }
 609                 catch ( final IOException e ) {
 610                     //Not important, ignore.
 611                 }
 612                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( f ) ) {
 613                     desc.append( "Path: " );
 614                     desc.append( f );
 615                     desc.append( "\n" );
 616                 }
 617             }
 618             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 619                 desc.append( "Name: " );
 620                 desc.append( phy.getName() );
 621                 desc.append( "\n" );
 622             }
 623             if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 624                 desc.append( "Id: " );
 625                 desc.append( phy.getIdentifier().toString() );
 626                 desc.append( "\n" );
 627             }
 628             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getDescription() ) ) {
 629                 desc.append( "Description: " );
 630                 desc.append( phy.getDescription() );
 631                 desc.append( "\n" );
 632             }
 633             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getDistanceUnit() ) ) {
 634                 desc.append( "Distance Unit: " );
 635                 desc.append( phy.getDistanceUnit() );
 636                 desc.append( "\n" );
 637             }
 638             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getType() ) ) {
 639                 desc.append( "Type: " );
 640                 desc.append( phy.getType() );
 641                 desc.append( "\n" );
 642             }
 643             desc.append( "Rooted: " );
 644             desc.append( phy.isRooted() );
 645             desc.append( "\n" );
 646             desc.append( "Rerootable: " );
 647             desc.append( phy.isRerootable() );
 648             desc.append( "\n" );
 649             desc.append( "Nodes: " );
 650             desc.append( phy.getNodeCount() );
 651             desc.append( "\n" );
 652             desc.append( "External nodes: " );
 653             desc.append( phy.getNumberOfExternalNodes() );
 654             desc.append( "\n" );
 655             desc.append( "Internal nodes: " );
 656             desc.append( phy.getNodeCount() - phy.getNumberOfExternalNodes() );
 657             desc.append( "\n" );
 658             desc.append( "Internal nodes with polytomies: " );
 659             desc.append( PhylogenyMethods.countNumberOfPolytomies( phy ) );
 660             desc.append( "\n" );
 661             desc.append( "Branches: " );
 662             desc.append( phy.getNumberOfBranches() );
 663             desc.append( "\n" );
 664             desc.append( "Depth: " );
 665             desc.append( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( phy ) );
 666             desc.append( "\n" );
 667             desc.append( "Maximum distance to root: " );
 668             desc.append( ForesterUtil.round( PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( phy ), 6 ) );
 669             desc.append( "\n" );
 670             final Set<Taxonomy> taxs = obtainAllDistinctTaxonomies( phy.getRoot() );
 671             if ( taxs != null ) {
 672                 desc.append( "Distinct external taxonomies: " );
 673                 desc.append( taxs.size() );
 674             }
 675             for( final Taxonomy t : taxs ) {
 676                 System.out.println( t.toString() );
 677             }
 678             desc.append( "\n" );
 679             final DescriptiveStatistics bs = PhylogenyMethods.calculateBranchLengthStatistics( phy );
 680             if ( bs.getN() > 3 ) {
 681                 desc.append( "\n" );
 682                 desc.append( "Branch-length statistics: " );
 683                 desc.append( "\n" );
 684                 desc.append( "    Number of branches with non-negative branch-lengths: " + bs.getN() );
 685                 desc.append( "\n" );
 686                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( bs.median(), 6 ) );
 687                 desc.append( "\n" );
 688                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( bs.arithmeticMean(), 6 ) + " (stdev: "
 689                         + ForesterUtil.round( bs.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 690                 desc.append( "\n" );
 691                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.round( bs.getMin(), 6 ) );
 692                 desc.append( "\n" );
 693                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.round( bs.getMax(), 6 ) );
 694                 desc.append( "\n" );
 695                 if ( Math.abs( bs.getMax() - bs.getMin() ) > 0.0001 ) {
 696                     desc.append( "\n" );
 697                     final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( bs );
 698                     desc.append( histo.toStringBuffer( 12, '#', 40, 7, "    " ) );
 699                 }
 700             }
 701             final DescriptiveStatistics ds = PhylogenyMethods.calculateNumberOfDescendantsPerNodeStatistics( phy );
 702             if ( ds.getN() > 2 ) {
 703                 desc.append( "\n" );
 704                 desc.append( "Descendants per node statistics: " );
 705                 desc.append( "\n" );
 706                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( ds.median(), 6 ) );
 707                 desc.append( "\n" );
 708                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( ds.arithmeticMean(), 6 ) + " (stdev: "
 709                         + ForesterUtil.round( ds.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 710                 desc.append( "\n" );
 711                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMin() ) );
 712                 desc.append( "\n" );
 713                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMax() ) );
 714                 desc.append( "\n" );
 715             }
 716             List<DescriptiveStatistics> css = null;
 717             try {
 718                 css = PhylogenyMethods.calculateConfidenceStatistics( phy );
 719             }
 720             catch ( final IllegalArgumentException e ) {
 721                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, e.getMessage() );
 722             }
 723             if ( ( css != null ) && ( css.size() > 0 ) ) {
 724                 desc.append( "\n" );
 725                 for( int i = 0; i < css.size(); ++i ) {
 726                     final DescriptiveStatistics cs = css.get( i );
 727                     if ( ( cs != null ) && ( cs.getN() > 1 ) ) {
 728                         if ( css.size() > 1 ) {
 729                             desc.append( "Support statistics " + ( i + 1 ) + ": " );
 730                         }
 731                         else {
 732                             desc.append( "Support statistics: " );
 733                         }
 734                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( cs.getDescription() ) ) {
 735                             desc.append( "\n" );
 736                             desc.append( "    Type: " + cs.getDescription() );
 737                         }
 738                         desc.append( "\n" );
 739                         desc.append( "    Branches with support: " + cs.getN() );
 740                         desc.append( "\n" );
 741                         desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( cs.median(), 6 ) );
 742                         desc.append( "\n" );
 743                         desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( cs.arithmeticMean(), 6 ) );
 744                         if ( cs.getN() > 2 ) {
 745                             desc.append( " (stdev: " + ForesterUtil.round( cs.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 746                         }
 747                         desc.append( "\n" );
 748                         desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.round( cs.getMin(), 6 ) );
 749                         desc.append( "\n" );
 750                         desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.round( cs.getMax(), 6 ) );
 751                         desc.append( "\n" );
 752                     }
 753                 }
 754             }
 755         }
 756         return desc.toString();
 757     }
 758
 759     /**
 760      * Exits with -1.
 761      *
 762      *
 763      * @param message
 764      *            to message to be printed
 765      */
 766     final static void dieWithSystemError( final String message ) {
 767         System.out.println();
 768         System.out.println( AptxConstants.PRG_NAME + " encountered the following system error: " + message );
 769         System.out.println( "Please contact the authors." );
 770         System.out.println( AptxConstants.PRG_NAME + " needs to close." );
 771         System.out.println();
 772         System.exit( -1 );
 773     }
 774
 775     final static String[] getAllPossibleRanks() {
 776         final String[] str_array = new String[ TaxonomyUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST.size() - 2 ];
 777         int i = 0;
 778         for( final String e : TaxonomyUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST ) {
 779             if ( !e.equals( TaxonomyUtil.UNKNOWN ) && !e.equals( TaxonomyUtil.OTHER ) ) {
 780                 str_array[ i++ ] = e;
 781             }
 782         }
 783         return str_array;
 784     }
 785
 786     final static String[] getAllPossibleRanks( final Map<String, Integer> present_ranks ) {
 787         final String[] str_array = new String[ TaxonomyUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST.size() - 2 ];
 788         int i = 0;
 789         for( final String e : TaxonomyUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST ) {
 790             if ( !e.equals( TaxonomyUtil.UNKNOWN ) && !e.equals( TaxonomyUtil.OTHER ) ) {
 791                 if ( present_ranks != null && present_ranks.containsKey( e ) ) {
 792                     str_array[ i++ ] = e + " (" + present_ranks.get( e ) + ")";
 793                 }
 794                 else {
 795                     str_array[ i++ ] = e;
 796                 }
 797             }
 798         }
 799         return str_array;
 800     }
 801
 802     final static String[] getAllRanks( final Phylogeny tree ) {
 803         final SortedSet<String> ranks = new TreeSet<String>();
 804         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 805             final PhylogenyNode n = it.next();
 806             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() ) ) {
 807                 ranks.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() );
 808             }
 809         }
 810         return ForesterUtil.stringSetToArray( ranks );
 811     }
 812
 813     final static String[] getAvailableFontFamiliesSorted() {
 814         return AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED;
 815     }
 816
 817     final static boolean isUsOrCanada() {
 818         try {
 819             if ( ( Locale.getDefault().equals( Locale.CANADA ) ) || ( Locale.getDefault().equals( Locale.US ) ) ) {
 820                 return true;
 821             }
 822         }
 823         catch ( final Exception e ) {
 824             return false;
 825         }
 826         return false;
 827     }
 828
 829     final static void lookAtRealBranchLengthsForAptxControlSettings( final Phylogeny t, final ControlPanel cp ) {
 830         if ( ( t != null ) && !t.isEmpty() ) {
 831             final boolean has_bl = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t );
 832             if ( !has_bl ) {
 833                 cp.setTreeDisplayType( Options.PHYLOGENY_DISPLAY_TYPE.CLADOGRAM );
 834                 cp.setDrawPhylogramEnabled( false );
 835             }
 836             else {
 837                 final boolean has_all_bl = AptxUtil.isHasNoBranchLengthSmallerThanZero( t );
 838                 if ( has_all_bl ) {
 839                     cp.setTreeDisplayType( Options.PHYLOGENY_DISPLAY_TYPE.UNALIGNED_PHYLOGRAM );
 840                 }
 841                 if ( cp.getDisplayAsUnalignedPhylogramRb() != null ) {
 842                     cp.setDrawPhylogramEnabled( true );
 843                 }
 844             }
 845         }
 846     }
 847
 848     public final static void lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( final Phylogeny t,
 849                                                                       final ControlPanel cp,
 850                                                                       final Configuration configuration ) {
 851         if ( ( t != null ) && !t.isEmpty() ) {
 852             final boolean has_bl = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t );
 853             if ( !has_bl ) {
 854                 cp.setTreeDisplayType( Options.PHYLOGENY_DISPLAY_TYPE.CLADOGRAM );
 855                 cp.setDrawPhylogramEnabled( false );
 856             }
 857             if ( t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchColor() != null
 858                     && cp.getUseVisualStylesCb() != null ) {
 859                 cp.getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
 860             }
 861             if ( t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchWidth() != null
 862                     && t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchWidth()
 863                             .getValue() != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE
 864                     && cp.getUseBranchWidthsCb() != null ) {
 865                 cp.getUseBranchWidthsCb().setSelected( true );
 866             }
 867             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.display_as_phylogram ) ) {
 868                 if ( cp.getDisplayAsAlignedPhylogramRb() != null ) {
 869                     if ( has_bl ) {
 870                         final boolean has_mostly_bl = AptxUtil.isHasAtLeast50PercentBranchLengthLargerThanZero( t );
 871                         if ( has_mostly_bl ) {
 872                             cp.setTreeDisplayType( Options.PHYLOGENY_DISPLAY_TYPE.UNALIGNED_PHYLOGRAM );
 873                         }
 874                         cp.setDrawPhylogramEnabled( true );
 875                     }
 876                     else {
 877                         cp.setTreeDisplayType( Options.PHYLOGENY_DISPLAY_TYPE.CLADOGRAM );
 878                     }
 879                 }
 880             }
 881             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_confidence_values ) ) {
 882                 if ( cp.getWriteConfidenceCb() != null ) {
 883                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( t ) ) {
 884                         cp.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, true );
 885                     }
 886                     else {
 887                         cp.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, false );
 888                     }
 889                 }
 890             }
 891             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_events ) ) {
 892                 if ( cp.getShowEventsCb() != null ) {
 893                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastNodeWithEvent( t ) ) {
 894                         cp.setCheckbox( Configuration.write_events, true );
 895                     }
 896                     else {
 897                         cp.setCheckbox( Configuration.write_events, false );
 898                     }
 899                 }
 900             }
 901         }
 902     }
 903
 904     final static void openWebsite( final String url ) throws IOException {
 905         try {
 906             AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( url ), AptxConstants.PRG_NAME );
 907         }
 908         catch ( final Exception e ) {
 909             throw new IOException( e );
 910         }
 911     }
 912
 913     final static void outOfMemoryError( final OutOfMemoryError e ) {
 914         System.err.println();
 915         System.err.println( "Java memory allocation might be too small, try \"-Xmx2048m\" java command line option" );
 916         System.err.println();
 917         e.printStackTrace();
 918         System.err.println();
 919         JOptionPane.showMessageDialog( null,
 920                                        "Java memory allocation might be too small, try \"-Xmx2048m\" java command line option"
 921                                                + "\n\nError: " + e.getLocalizedMessage(),
 922                                        "Out of Memory Error [" + AptxConstants.PRG_NAME + " " + AptxConstants.VERSION
 923                                                + "]",
 924                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 925         System.exit( -1 );
 926     }
 927
 928     final static void printAppletMessage( final String applet_name, final String message ) {
 929         System.out.println( "[" + applet_name + "] > " + message );
 930     }
 931
 932     final static void removeBranchColors( final Phylogeny phy ) {
 933         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 934             it.next().getBranchData().setBranchColor( null );
 935         }
 936     }
 937
 938     final static void removeVisualStyles( final Phylogeny phy ) {
 939         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 940             it.next().getNodeData().setNodeVisualData( null );
 941         }
 942     }
 943
 944     final static void unexpectedError( final Error e ) {
 945         System.err.println();
 946         e.printStackTrace( System.err );
 947         System.err.println();
 948         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 949         for( final StackTraceElement s : e.getStackTrace() ) {
 950             sb.append( s + "\n" );
 951         }
 952         JOptionPane.showMessageDialog( null,
 953                                        "An unexpected (possibly severe) error has occured - terminating. \nPlease contact: "
 954                                                + AptxConstants.AUTHOR_EMAIL + " \nError: " + e.getLocalizedMessage()
 955                                                + "\n" + sb,
 956                                        "Unexpected Severe Error [" + AptxConstants.PRG_NAME + " "
 957                                                + AptxConstants.VERSION + "]",
 958                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 959         System.exit( -1 );
 960     }
 961
 962     final static void unexpectedException( final Exception e ) {
 963         System.err.println();
 964         e.printStackTrace( System.err );
 965         System.err.println();
 966         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 967         for( final StackTraceElement s : e.getStackTrace() ) {
 968             sb.append( s + "\n" );
 969         }
 970         JOptionPane.showMessageDialog( null,
 971                                        "An unexpected exception has occured. \nPlease contact: "
 972                                                + AptxConstants.AUTHOR_EMAIL + " \nException: " + e.getLocalizedMessage()
 973                                                + "\n" + sb,
 974                                        "Unexpected Exception [" + AptxConstants.PRG_NAME + AptxConstants.VERSION + "]",
 975                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 976     }
 977
 978     final static String writePhylogenyToGraphicsByteArrayOutputStream( final ByteArrayOutputStream baos,
 979                                                                        int width,
 980                                                                        int height,
 981                                                                        final TreePanel tree_panel,
 982                                                                        final ControlPanel ac,
 983                                                                        final GraphicsExportType type,
 984                                                                        final Options options )
 985             throws IOException {
 986         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 987                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 988         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 989         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 990             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 991             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 992         }
 993         else {
 994             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 995             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 996         }
 997         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 998         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 999             return "";
1000         }
1001         Rectangle visible = null;
1002         //        if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1003         //            width = options.getPrintSizeX();
1004         //            height = options.getPrintSizeY();
1005         //        }
1006         /* else*/ if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1007             visible = tree_panel.getVisibleRect();
1008             width = visible.width;
1009             height = visible.height;
1010         }
1011         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
1012         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
1013         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
1014         int x = 0;
1015         int y = 0;
1016         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1017             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
1018             g2d.setClip( null );
1019             x = visible.x;
1020             y = visible.y;
1021         }
1022         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
1023         ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), baos );
1024         g2d.dispose();
1025         System.gc();
1026         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1027             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
1028         }
1029         String msg = baos.toString();
1030         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
1031             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
1032         }
1033         return msg;
1034     }
1035
1036     final static String writePhylogenyToGraphicsFile( final String file_name,
1037                                                       int width,
1038                                                       int height,
1039                                                       final TreePanel tree_panel,
1040                                                       final ControlPanel ac,
1041                                                       final GraphicsExportType type,
1042                                                       final Options options )
1043             throws IOException {
1044         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
1045                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1046         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
1047         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
1048             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1049             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1050         }
1051         else {
1052             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1053             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1054         }
1055         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
1056         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
1057             return "";
1058         }
1059         final File file = new File( file_name );
1060         if ( file.isDirectory() ) {
1061             throw new IOException( "\"" + file_name + "\" is a directory" );
1062         }
1063         Rectangle visible = null;
1064         //        if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1065         //            width = options.getPrintSizeX();
1066         //            height = options.getPrintSizeY();
1067         //        }
1068         /*else*/ if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1069             visible = tree_panel.getVisibleRect();
1070             width = visible.width;
1071             height = visible.height;
1072         }
1073         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
1074         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
1075         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
1076         int x = 0;
1077         int y = 0;
1078         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1079             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
1080             g2d.setClip( null );
1081             x = visible.x;
1082             y = visible.y;
1083         }
1084         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
1085         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
1086             writeToTiff( file, buffered_img );
1087         }
1088         else {
1089             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), file );
1090         }
1091         g2d.dispose();
1092         System.gc();
1093         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1094             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
1095         }
1096         String msg = file.toString();
1097         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
1098             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
1099         }
1100         return msg;
1101     }
1102
1103     final static void writeToTiff( final File file, final BufferedImage image ) throws IOException {
1104         // See: http://log.robmeek.com/2005/08/write-tiff-in-java.html
1105         ImageWriter writer = null;
1106         ImageOutputStream ios = null;
1107         // Find an appropriate writer:
1108         final Iterator<ImageWriter> it = ImageIO.getImageWritersByFormatName( "TIF" );
1109         if ( it.hasNext() ) {
1110             writer = it.next();
1111         }
1112         else {
1113             throw new IOException( "failed to get TIFF image writer" );
1114         }
1115         // Setup writer:
1116         ios = ImageIO.createImageOutputStream( file );
1117         writer.setOutput( ios );
1118         final ImageWriteParam image_write_param = new ImageWriteParam( Locale.getDefault() );
1119         image_write_param.setCompressionMode( ImageWriteParam.MODE_EXPLICIT );
1120         // see writeParam.getCompressionTypes() for available compression type
1121         // strings.
1122         image_write_param.setCompressionType( "PackBits" );
1123         final String t[] = image_write_param.getCompressionTypes();
1124         for( final String string : t ) {
1125             System.out.println( string );
1126         }
1127         // Convert to an IIOImage:
1128         final IIOImage iio_image = new IIOImage( image, null, null );
1129         writer.write( null, iio_image, image_write_param );
1130     }
1131
1132     final static Map<String, Integer> getRankCounts( final Phylogeny tree ) {
1133         final Map<String, Integer> present_ranks = new HashMap<String, Integer>();
1134         if ( ( tree != null ) && !tree.isEmpty() ) {
1135             for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
1136                 final PhylogenyNode n = it.next();
1137                 if ( !n.isExternal() && n.getNodeData().isHasTaxonomy()
1138                         && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() ) && !n.isRoot() ) {
1139                     final String rank = n.getNodeData().getTaxonomy().getRank().toLowerCase();
1140                     if ( present_ranks.containsKey( rank ) ) {
1141                         present_ranks.put( rank, present_ranks.get( rank ) + 1 );
1142                     }
1143                     else {
1144                         present_ranks.put( rank, 1 );
1145                     }
1146                 }
1147             }
1148         }
1149         return present_ranks;
1150     }
1151 }