forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/AptxUtil.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Component;
  30 import java.awt.Graphics2D;
  31 import java.awt.GraphicsEnvironment;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.RenderingHints;
  34 import java.awt.image.BufferedImage;
  35 import java.io.ByteArrayOutputStream;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileNotFoundException;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
  40 import java.lang.reflect.Method;
  41 import java.net.URI;
  42 import java.net.URL;
  43 import java.text.ParseException;
  44 import java.util.Arrays;
  45 import java.util.HashMap;
  46 import java.util.Iterator;
  47 import java.util.List;
  48 import java.util.Locale;
  49 import java.util.Map;
  50 import java.util.Set;
  51 import java.util.SortedSet;
  52 import java.util.TreeSet;
  53 import java.util.regex.Matcher;
  54 import java.util.regex.Pattern;
  55
  56 import javax.imageio.IIOImage;
  57 import javax.imageio.ImageIO;
  58 import javax.imageio.ImageWriteParam;
  59 import javax.imageio.ImageWriter;
  60 import javax.imageio.stream.ImageOutputStream;
  61 import javax.swing.JApplet;
  62 import javax.swing.JOptionPane;
  63 import javax.swing.text.MaskFormatter;
  64
  65 import org.forester.analysis.AncestralTaxonomyInference;
  66 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  67 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
  68 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  69 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  70 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  74 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  78 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PreorderTreeIterator;
  82 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  83 import org.forester.util.ForesterUtil;
  84 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
  85
  86 public final class AptxUtil {
  87
  88     private final static Pattern  seq_identifier_pattern_1       = Pattern
  89                                                                          .compile( "^([A-Za-z]{2,5})[|=:]([0-9A-Za-z_\\.]{5,40})\\s*$" );
  90     private final static Pattern  seq_identifier_pattern_2       = Pattern
  91                                                                          .compile( "^([A-Za-z]{2,5})[|=:]([0-9A-Za-z_\\.]{5,40})[|,; ].*$" );
  92     private final static String[] AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED = GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment()
  93                                                                          .getAvailableFontFamilyNames();
  94     static {
  95         Arrays.sort( AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED );
  96     }
  97
  98     public final static Accession obtainSequenceAccessionFromName( final String sequence_name ) {
  99         final String n = sequence_name.trim();
 100         final Matcher matcher1 = seq_identifier_pattern_1.matcher( n );
 101         String group1 = "";
 102         String group2 = "";
 103         if ( matcher1.matches() ) {
 104             group1 = matcher1.group( 1 );
 105             group2 = matcher1.group( 2 );
 106         }
 107         else {
 108             final Matcher matcher2 = seq_identifier_pattern_2.matcher( n );
 109             if ( matcher2.matches() ) {
 110                 group1 = matcher2.group( 1 );
 111                 group2 = matcher2.group( 2 );
 112             }
 113         }
 114         if ( ForesterUtil.isEmpty( group1 ) || ForesterUtil.isEmpty( group2 ) ) {
 115             return null;
 116         }
 117         return new Accession( group2, group1 );
 118     }
 119
 120     public static void ensurePresenceOfTaxonomy( final PhylogenyNode node ) {
 121         if ( !node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 122             node.getNodeData().setTaxonomy( new Taxonomy() );
 123         }
 124     }
 125
 126     public static void ensurePresenceOfSequence( final PhylogenyNode node ) {
 127         if ( !node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 128             node.getNodeData().setSequence( new Sequence() );
 129         }
 130     }
 131
 132     final public static void ensurePresenceOfDistribution( final PhylogenyNode node ) {
 133         if ( !node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
 134             node.getNodeData().setDistribution( new Distribution( "" ) );
 135         }
 136     }
 137
 138     final public static void ensurePresenceOfDate( final PhylogenyNode node ) {
 139         if ( !node.getNodeData().isHasDate() ) {
 140             node.getNodeData().setDate( new org.forester.phylogeny.data.Date() );
 141         }
 142     }
 143
 144     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( final Phylogeny phy ) {
 145         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 146         while ( it.hasNext() ) {
 147             if ( it.next().getBranchData().isHasConfidences() ) {
 148                 return true;
 149             }
 150         }
 151         return false;
 152     }
 153
 154     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final File intree,
 155                                                      final File outfile,
 156                                                      final int width,
 157                                                      final int height,
 158                                                      final GraphicsExportType type,
 159                                                      final Configuration config ) throws IOException {
 160         final PhylogenyParser parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intree, true );
 161         Phylogeny[] phys = null;
 162         phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, intree );
 163         writePhylogenyToGraphicsFile( phys[ 0 ], outfile, width, height, type, config );
 164     }
 165
 166     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final Phylogeny phy,
 167                                                      final File outfile,
 168                                                      final int width,
 169                                                      final int height,
 170                                                      final GraphicsExportType type,
 171                                                      final Configuration config ) throws IOException {
 172         final Phylogeny[] phys = new Phylogeny[ 1 ];
 173         phys[ 0 ] = phy;
 174         final MainFrameApplication mf = MainFrameApplication.createInstance( phys, config );
 175         AptxUtil.writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( outfile, width, height, mf.getMainPanel()
 176                 .getCurrentTreePanel(), mf.getMainPanel().getControlPanel(), type, mf.getOptions() );
 177         mf.end();
 178     }
 179
 180     /**
 181      * Returns true if at least one branch has a length larger than zero.
 182      *
 183      *
 184      * @param phy
 185      */
 186     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( final Phylogeny phy ) {
 187         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 188         while ( it.hasNext() ) {
 189             if ( it.next().getDistanceToParent() > 0.0 ) {
 190                 return true;
 191             }
 192         }
 193         return false;
 194     }
 195
 196     final static public boolean isHasAtLeastNodeWithEvent( final Phylogeny phy ) {
 197         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 198         while ( it.hasNext() ) {
 199             if ( it.next().getNodeData().isHasEvent() ) {
 200                 return true;
 201             }
 202         }
 203         return false;
 204     }
 205
 206     public static MaskFormatter createMaskFormatter( final String s ) {
 207         MaskFormatter formatter = null;
 208         try {
 209             formatter = new MaskFormatter( s );
 210         }
 211         catch ( final ParseException e ) {
 212             throw new IllegalArgumentException( e );
 213         }
 214         return formatter;
 215     }
 216
 217     final static void addPhylogeniesToTabs( final Phylogeny[] phys,
 218                                             final String default_name,
 219                                             final String full_path,
 220                                             final Configuration configuration,
 221                                             final MainPanel main_panel ) {
 222         if ( phys.length > Constants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 223             JOptionPane.showMessageDialog( main_panel, "Attempt to load " + phys.length
 224                     + " phylogenies,\ngoing to load only the first " + Constants.MAX_TREES_TO_LOAD, Constants.PRG_NAME
 225                     + " more than " + Constants.MAX_TREES_TO_LOAD + " phylogenies", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 226         }
 227         int i = 1;
 228         for( final Phylogeny phy : phys ) {
 229             if ( !phy.isEmpty() ) {
 230                 if ( i <= Constants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 231                     String my_name = "";
 232                     String my_name_for_file = "";
 233                     if ( phys.length > 1 ) {
 234                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 235                             my_name = new String( default_name );
 236                         }
 237                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 238                             my_name_for_file = new String( full_path );
 239                         }
 240                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 241                             my_name_for_file = new String( default_name );
 242                         }
 243                         String suffix = "";
 244                         if ( my_name_for_file.indexOf( '.' ) > 0 ) {
 245                             suffix = my_name_for_file.substring( my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ),
 246                                                                  my_name_for_file.length() );
 247                             my_name_for_file = my_name_for_file.substring( 0, my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ) );
 248                         }
 249                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 250                             my_name_for_file += "_";
 251                         }
 252                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 253                             my_name_for_file += phy.getName().replaceAll( " ", "_" );
 254                         }
 255                         else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 256                             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 257                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 258                                 sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 259                                 sb.append( "_" );
 260                             }
 261                             sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 262                             my_name_for_file += sb;
 263                         }
 264                         else {
 265                             my_name_for_file += i;
 266                         }
 267                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name ) && ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() )
 268                                 && ( phy.getIdentifier() == null ) ) {
 269                             my_name = my_name + " [" + i + "]";
 270                         }
 271                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( suffix ) ) {
 272                             my_name_for_file += suffix;
 273                         }
 274                     }
 275                     else {
 276                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 277                             my_name = new String( default_name );
 278                         }
 279                         my_name_for_file = "";
 280                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 281                             my_name_for_file = new String( full_path );
 282                         }
 283                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 284                             my_name_for_file = new String( default_name );
 285                         }
 286                         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 287                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 288                                 my_name_for_file = new String( phy.getName() ).replaceAll( " ", "_" );
 289                             }
 290                             else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 291                                 final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 292                                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 293                                     sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 294                                     sb.append( "_" );
 295                                 }
 296                                 sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 297                                 my_name_for_file = new String( sb.toString().replaceAll( " ", "_" ) );
 298                             }
 299                         }
 300                     }
 301                     main_panel.addPhylogenyInNewTab( phy, configuration, my_name, full_path );
 302                     main_panel.getCurrentTreePanel().setTreeFile( new File( my_name_for_file ) );
 303                     lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 304                     ++i;
 305                 }
 306             }
 307         }
 308     }
 309
 310     final static void addPhylogenyToPanel( final Phylogeny[] phys,
 311                                            final Configuration configuration,
 312                                            final MainPanel main_panel ) {
 313         final Phylogeny phy = phys[ 0 ];
 314         main_panel.addPhylogenyInPanel( phy, configuration );
 315         lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 316     }
 317
 318     final static Color calculateColorFromString( final String str ) {
 319         final String species_uc = str.toUpperCase();
 320         char first = species_uc.charAt( 0 );
 321         char second = ' ';
 322         char third = ' ';
 323         if ( species_uc.length() > 1 ) {
 324             second = species_uc.charAt( 1 );
 325             if ( species_uc.length() > 2 ) {
 326                 if ( species_uc.indexOf( " " ) > 0 ) {
 327                     third = species_uc.charAt( species_uc.indexOf( " " ) + 1 );
 328                 }
 329                 else {
 330                     third = species_uc.charAt( 2 );
 331                 }
 332             }
 333         }
 334         first = AptxUtil.normalizeCharForRGB( first );
 335         second = AptxUtil.normalizeCharForRGB( second );
 336         third = AptxUtil.normalizeCharForRGB( third );
 337         if ( ( first > 235 ) && ( second > 235 ) && ( third > 235 ) ) {
 338             first = 0;
 339         }
 340         else if ( ( first < 80 ) && ( second < 80 ) && ( third < 80 ) ) {
 341             second = 255;
 342         }
 343         return new Color( first, second, third );
 344     }
 345
 346     // Returns true if the specified format name can be written
 347     final static boolean canWriteFormat( final String format_name ) {
 348         final Iterator<ImageWriter> iter = ImageIO.getImageWritersByFormatName( format_name );
 349         return iter.hasNext();
 350     }
 351
 352     final public static void collapseSpeciesSpecificSubtrees( final Phylogeny phy ) {
 353         boolean inferred = false;
 354         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 355             final PhylogenyNode n = it.next();
 356             if ( !n.isExternal() && !n.isCollapse() && ( n.getNumberOfDescendants() > 1 ) ) {
 357                 final Set<Taxonomy> taxs = PhylogenyMethods.obtainDistinctTaxonomies( n );
 358                 if ( ( taxs != null ) && ( taxs.size() == 1 ) ) {
 359                     AptxUtil.collapseSubtree( n, true );
 360                     if ( !n.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 361                         n.getNodeData().setTaxonomy( ( Taxonomy ) n.getAllExternalDescendants().get( 0 ).getNodeData()
 362                                 .getTaxonomy().copy() );
 363                     }
 364                     inferred = true;
 365                 }
 366                 else {
 367                     n.setCollapse( false );
 368                 }
 369             }
 370         }
 371         if ( inferred ) {
 372             phy.setRerootable( false );
 373         }
 374     }
 375
 376     final static void collapseSubtree( final PhylogenyNode node, final boolean collapse ) {
 377         node.setCollapse( collapse );
 378         if ( node.isExternal() ) {
 379             return;
 380         }
 381         final PhylogenyNodeIterator it = new PreorderTreeIterator( node );
 382         while ( it.hasNext() ) {
 383             it.next().setCollapse( collapse );
 384         }
 385     }
 386
 387     final static void colorPhylogenyAccordingToConfidenceValues( final Phylogeny tree, final TreePanel tree_panel ) {
 388         double max_conf = 0.0;
 389         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 390             final PhylogenyNode n = it.next();
 391             n.getBranchData().setBranchColor( null );
 392             if ( n.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 393                 final double conf = PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n );
 394                 if ( conf > max_conf ) {
 395                     max_conf = conf;
 396                 }
 397             }
 398         }
 399         if ( max_conf > 0.0 ) {
 400             final Color bg = tree_panel.getTreeColorSet().getBackgroundColor();
 401             final Color br = tree_panel.getTreeColorSet().getBranchColor();
 402             for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 403                 final PhylogenyNode n = it.next();
 404                 if ( n.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 405                     final double conf = PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n );
 406                     final BranchColor c = new BranchColor( ForesterUtil.calcColor( conf, 0.0, max_conf, bg, br ) );
 407                     colorizeSubtree( n, c );
 408                 }
 409             }
 410         }
 411     }
 412
 413     final static int colorPhylogenyAccordingToRanks( final Phylogeny tree, final String rank, final TreePanel tree_panel ) {
 414         final Map<String, Color> true_lineage_to_color_map = new HashMap<String, Color>();
 415         int colorizations = 0;
 416         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
 417             final PhylogenyNode n = it.next();
 418             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
 419                     && ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() )
 420                             || !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) || !ForesterUtil
 421                             .isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) ) {
 422                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() )
 423                         && n.getNodeData().getTaxonomy().getRank().equalsIgnoreCase( rank ) ) {
 424                     final BranchColor c = new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( n.getNodeData()
 425                             .getTaxonomy() ) );
 426                     colorizeSubtree( n, c );
 427                     ++colorizations;
 428                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
 429                         true_lineage_to_color_map.put( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName(), c.getValue() );
 430                     }
 431                 }
 432             }
 433         }
 434         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
 435             final PhylogenyNode node = it.next();
 436             if ( ( node.getBranchData().getBranchColor() == null ) && node.getNodeData().isHasTaxonomy()
 437                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getLineage() ) ) {
 438                 boolean success = false;
 439                 if ( !true_lineage_to_color_map.isEmpty() ) {
 440                     for( final String lin : node.getNodeData().getTaxonomy().getLineage() ) {
 441                         if ( true_lineage_to_color_map.containsKey( lin ) ) {
 442                             colorizeSubtree( node, new BranchColor( true_lineage_to_color_map.get( lin ) ) );
 443                             ++colorizations;
 444                             success = true;
 445                             break;
 446                         }
 447                     }
 448                 }
 449                 if ( !success ) {
 450                     final Map<String, String> lineage_to_rank_map = MainPanel.getLineageToRankMap();
 451                     for( final String lin : node.getNodeData().getTaxonomy().getLineage() ) {
 452                         final Taxonomy temp_tax = new Taxonomy();
 453                         temp_tax.setScientificName( lin );
 454                         if ( lineage_to_rank_map.containsKey( lin )
 455                                 && !ForesterUtil.isEmpty( lineage_to_rank_map.get( lin ) )
 456                                 && lineage_to_rank_map.get( lin ).equalsIgnoreCase( rank ) ) {
 457                             final BranchColor c = new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( temp_tax ) );
 458                             colorizeSubtree( node, c );
 459                             ++colorizations;
 460                             true_lineage_to_color_map.put( lin, c.getValue() );
 461                             break;
 462                         }
 463                         else {
 464                             UniProtTaxonomy up = null;
 465                             try {
 466                                 up = AncestralTaxonomyInference.obtainUniProtTaxonomy( temp_tax, null, null );
 467                             }
 468                             catch ( final Exception e ) {
 469                                 e.printStackTrace();
 470                             }
 471                             if ( ( up != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( up.getRank() ) ) {
 472                                 lineage_to_rank_map.put( lin, up.getRank() );
 473                                 if ( up.getRank().equalsIgnoreCase( rank ) ) {
 474                                     final BranchColor c = new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( temp_tax ) );
 475                                     colorizeSubtree( node, c );
 476                                     ++colorizations;
 477                                     true_lineage_to_color_map.put( lin, c.getValue() );
 478                                     break;
 479                                 }
 480                             }
 481                         }
 482                     }
 483                 }
 484             }
 485         }
 486         return colorizations;
 487     }
 488
 489     private static void colorizeSubtree( final PhylogenyNode node, final BranchColor c ) {
 490         node.getBranchData().setBranchColor( c );
 491         final List<PhylogenyNode> descs = PhylogenyMethods.getAllDescendants( node );
 492         for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
 493             desc.getBranchData().setBranchColor( c );
 494         }
 495     }
 496
 497     final static String[] getAllRanks( final Phylogeny tree ) {
 498         final SortedSet<String> ranks = new TreeSet<String>();
 499         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 500             final PhylogenyNode n = it.next();
 501             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() ) ) {
 502                 ranks.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() );
 503             }
 504         }
 505         return ForesterUtil.stringSetToArray( ranks );
 506     }
 507
 508     public static String[] getAllPossibleRanks() {
 509         final String[] str_array = new String[ PhyloXmlUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST.size() - 2 ];
 510         int i = 0;
 511         for( final String e : PhyloXmlUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST ) {
 512             if ( !e.equals( PhyloXmlUtil.UNKNOWN ) && !e.equals( PhyloXmlUtil.OTHER ) ) {
 513                 str_array[ i++ ] = e;
 514             }
 515         }
 516         return str_array;
 517     }
 518
 519     final static void colorPhylogenyAccordingToExternalTaxonomy( final Phylogeny tree, final TreePanel tree_panel ) {
 520         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 521             it.next().getBranchData().setBranchColor( null );
 522         }
 523         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 524             final PhylogenyNode n = it.next();
 525             if ( !n.getBranchData().isHasBranchColor() ) {
 526                 final Taxonomy tax = PhylogenyMethods.getExternalDescendantsTaxonomy( n );
 527                 if ( tax != null ) {
 528                     n.getBranchData().setBranchColor( new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( tax ) ) );
 529                     final List<PhylogenyNode> descs = PhylogenyMethods.getAllDescendants( n );
 530                     for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
 531                         desc.getBranchData()
 532                                 .setBranchColor( new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( tax ) ) );
 533                     }
 534                 }
 535             }
 536         }
 537     }
 538
 539     final static String crateBasicInformation( final Phylogeny phy ) {
 540         final StringBuilder desc = new StringBuilder();
 541         if ( ( phy != null ) && !phy.isEmpty() ) {
 542             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 543                 desc.append( "Name: " );
 544                 desc.append( phy.getName() );
 545                 desc.append( "\n" );
 546             }
 547             if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 548                 desc.append( "Id: " );
 549                 desc.append( phy.getIdentifier() );
 550                 desc.append( "\n" );
 551             }
 552             desc.append( "Rooted: " );
 553             desc.append( phy.isRooted() );
 554             desc.append( "\n" );
 555             desc.append( "Rerootable: " );
 556             desc.append( phy.isRerootable() );
 557             desc.append( "\n" );
 558             desc.append( "Node sum: " );
 559             desc.append( phy.getNodeCount() );
 560             desc.append( "\n" );
 561             desc.append( "External node sum: " );
 562             desc.append( phy.getNumberOfExternalNodes() );
 563             desc.append( "\n" );
 564             desc.append( "Internal node sum: " );
 565             desc.append( phy.getNodeCount() - phy.getNumberOfExternalNodes() );
 566             desc.append( "\n" );
 567             desc.append( "Branche sum: " );
 568             desc.append( phy.getNumberOfBranches() );
 569             desc.append( "\n" );
 570             desc.append( "Depth: " );
 571             desc.append( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( phy ) );
 572             desc.append( "\n" );
 573             desc.append( "Maximum distance to root: " );
 574             desc.append( ForesterUtil.round( PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( phy ), 6 ) );
 575             desc.append( "\n" );
 576             desc.append( "Descendants per node statistics: " );
 577             final DescriptiveStatistics ds = PhylogenyMethods.calculatNumberOfDescendantsPerNodeStatistics( phy );
 578             desc.append( "\n" );
 579             desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( ds.median(), 2 ) );
 580             desc.append( "\n" );
 581             desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( ds.arithmeticMean(), 2 ) );
 582             desc.append( "\n" );
 583             desc.append( "    SD: " + ForesterUtil.round( ds.sampleStandardDeviation(), 2 ) );
 584             desc.append( "\n" );
 585             desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMin() ) );
 586             desc.append( "\n" );
 587             desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMax() ) );
 588             desc.append( "\n" );
 589             final DescriptiveStatistics cs = PhylogenyMethods.calculatConfidenceStatistics( phy );
 590             if ( cs.getN() > 1 ) {
 591                 desc.append( "Support statistics: " );
 592                 desc.append( "\n" );
 593                 desc.append( "    Branches with support: " + cs.getN() );
 594                 desc.append( "\n" );
 595                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( cs.median(), 6 ) );
 596                 desc.append( "\n" );
 597                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( cs.arithmeticMean(), 6 ) );
 598                 desc.append( "\n" );
 599                 if ( cs.getN() > 2 ) {
 600                     desc.append( "    SD: " + ForesterUtil.round( cs.sampleStandardDeviation(), 6 ) );
 601                     desc.append( "\n" );
 602                 }
 603                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.roundToInt( cs.getMin() ) );
 604                 desc.append( "\n" );
 605                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.roundToInt( cs.getMax() ) );
 606                 desc.append( "\n" );
 607             }
 608             final Set<Taxonomy> taxs = PhylogenyMethods.obtainDistinctTaxonomies( phy.getRoot() );
 609             if ( taxs != null ) {
 610                 desc.append( "Distinct external taxonomies: " );
 611                 desc.append( taxs.size() );
 612             }
 613         }
 614         return desc.toString();
 615     }
 616
 617     /**
 618      * Exits with -1.
 619      *
 620      *
 621      * @param message
 622      *            to message to be printed
 623      */
 624     final static void dieWithSystemError( final String message ) {
 625         System.out.println();
 626         System.out.println( Constants.PRG_NAME + " encountered the following system error: " + message );
 627         System.out.println( "Please contact the authors." );
 628         System.out.println( Constants.PRG_NAME + " needs to close." );
 629         System.out.println();
 630         System.exit( -1 );
 631     }
 632
 633     final static String[] getAvailableFontFamiliesSorted() {
 634         return AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED;
 635     }
 636
 637     final static void inferCommonPartOfScientificNames( final Phylogeny tree ) {
 638         boolean inferred = false;
 639         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
 640             final PhylogenyNode n = it.next();
 641             if ( !n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !n.isExternal() ) {
 642                 final String sn = PhylogenyMethods.inferCommonPartOfScientificNameOfDescendants( n );
 643                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( sn ) ) {
 644                     n.getNodeData().setTaxonomy( new Taxonomy() );
 645                     n.getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( sn );
 646                     inferred = true;
 647                 }
 648             }
 649         }
 650         if ( inferred ) {
 651             tree.setRerootable( false );
 652         }
 653     }
 654
 655     final static boolean isHasAssignedEvent( final PhylogenyNode node ) {
 656         if ( !node.getNodeData().isHasEvent() ) {
 657             return false;
 658         }
 659         if ( ( node.getNodeData().getEvent() ).isUnassigned() ) {
 660             return false;
 661         }
 662         return true;
 663     }
 664
 665     final static boolean isJava15() {
 666         try {
 667             final String s = ForesterUtil.JAVA_VERSION;
 668             return s.startsWith( "1.5" );
 669         }
 670         catch ( final Exception e ) {
 671             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "minor error: " + e );
 672             return false;
 673         }
 674     }
 675
 676     final static boolean isMac() {
 677         try {
 678             final String s = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 679             return s.startsWith( "mac" );
 680         }
 681         catch ( final Exception e ) {
 682             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "minor error: " + e );
 683             return false;
 684         }
 685     }
 686
 687     final static boolean isUsOrCanada() {
 688         try {
 689             if ( ( Locale.getDefault().equals( Locale.CANADA ) ) || ( Locale.getDefault().equals( Locale.US ) ) ) {
 690                 return true;
 691             }
 692         }
 693         catch ( final Exception e ) {
 694             return false;
 695         }
 696         return false;
 697     }
 698
 699     final static boolean isWindows() {
 700         try {
 701             final String s = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 702             return s.indexOf( "win" ) > -1;
 703         }
 704         catch ( final Exception e ) {
 705             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "minor error: " + e );
 706             return false;
 707         }
 708     }
 709
 710     final public static void launchWebBrowser( final URI uri,
 711                                                final boolean is_applet,
 712                                                final JApplet applet,
 713                                                final String frame_name ) throws IOException {
 714         if ( is_applet ) {
 715             applet.getAppletContext().showDocument( uri.toURL(), frame_name );
 716         }
 717         else {
 718             // This requires Java 1.6:
 719             // =======================
 720             // boolean no_desktop = false;
 721             // try {
 722             // if ( Desktop.isDesktopSupported() ) {
 723             // System.out.println( "desktop supported" );
 724             // final Desktop dt = Desktop.getDesktop();
 725             // dt.browse( uri );
 726             // }
 727             // else {
 728             // no_desktop = true;
 729             // }
 730             // }
 731             // catch ( final Exception ex ) {
 732             // ex.printStackTrace();
 733             // no_desktop = true;
 734             // }
 735             // catch ( final Error er ) {
 736             // er.printStackTrace();
 737             // no_desktop = true;
 738             // }
 739             // if ( no_desktop ) {
 740             // System.out.println( "desktop not supported" );
 741             try {
 742                 openUrlInWebBrowser( uri.toString() );
 743             }
 744             catch ( final Exception e ) {
 745                 throw new IOException( e );
 746             }
 747             // }
 748         }
 749     }
 750
 751     final static void lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( final Phylogeny t,
 752                                                                       final ControlPanel atv_control,
 753                                                                       final Configuration configuration ) {
 754         if ( ( t != null ) && !t.isEmpty() ) {
 755             if ( !AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t ) ) {
 756                 atv_control.setDrawPhylogram( false );
 757                 atv_control.setDrawPhylogramEnabled( false );
 758             }
 759             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.display_as_phylogram ) ) {
 760                 if ( atv_control.getDisplayAsPhylogramCb() != null ) {
 761                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t ) ) {
 762                         atv_control.setDrawPhylogram( true );
 763                         atv_control.setDrawPhylogramEnabled( true );
 764                     }
 765                     else {
 766                         atv_control.setDrawPhylogram( false );
 767                     }
 768                 }
 769             }
 770             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_confidence_values ) ) {
 771                 if ( atv_control.getWriteConfidenceCb() != null ) {
 772                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( t ) ) {
 773                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, true );
 774                     }
 775                     else {
 776                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, false );
 777                     }
 778                 }
 779             }
 780             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_events ) ) {
 781                 if ( atv_control.getShowEventsCb() != null ) {
 782                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastNodeWithEvent( t ) ) {
 783                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_events, true );
 784                     }
 785                     else {
 786                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_events, false );
 787                     }
 788                 }
 789             }
 790         }
 791     }
 792
 793     final private static char normalizeCharForRGB( char c ) {
 794         c -= 65;
 795         c *= 10.2;
 796         c = c > 255 ? 255 : c;
 797         c = c < 0 ? 0 : c;
 798         return c;
 799     }
 800
 801     final private static void openUrlInWebBrowser( final String url ) throws IOException, ClassNotFoundException,
 802             SecurityException, NoSuchMethodException, IllegalArgumentException, IllegalAccessException,
 803             InvocationTargetException, InterruptedException {
 804         final String os = System.getProperty( "os.name" );
 805         final Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
 806         if ( os.toLowerCase().startsWith( "win" ) ) {
 807             Runtime.getRuntime().exec( "rundll32 url.dll,FileProtocolHandler " + url );
 808         }
 809         else if ( isMac() ) {
 810             final Class<?> file_mgr = Class.forName( "com.apple.eio.FileManager" );
 811             final Method open_url = file_mgr.getDeclaredMethod( "openURL", new Class[] { String.class } );
 812             open_url.invoke( null, new Object[] { url } );
 813         }
 814         else {
 815             final String[] browsers = { "firefox", "opera", "konqueror", "mozilla", "netscape", "epiphany" };
 816             String browser = null;
 817             for( int i = 0; ( i < browsers.length ) && ( browser == null ); ++i ) {
 818                 if ( runtime.exec( new String[] { "which", browsers[ i ] } ).waitFor() == 0 ) {
 819                     browser = browsers[ i ];
 820                 }
 821             }
 822             if ( browser == null ) {
 823                 throw new IOException( "could not find a web browser to open [" + url + "] in" );
 824             }
 825             else {
 826                 runtime.exec( new String[] { browser, url } );
 827             }
 828         }
 829     }
 830
 831     final static void openWebsite( final String url, final boolean is_applet, final JApplet applet ) throws IOException {
 832         try {
 833             AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( url ), is_applet, applet, Constants.PRG_NAME );
 834         }
 835         catch ( final Exception e ) {
 836             throw new IOException( e );
 837         }
 838     }
 839
 840     final static void printAppletMessage( final String applet_name, final String message ) {
 841         System.out.println( "[" + applet_name + "] > " + message );
 842     }
 843
 844     public final static void printWarningMessage( final String name, final String message ) {
 845         System.out.println( "[" + name + "] > " + message );
 846     }
 847
 848     final static Phylogeny[] readPhylogeniesFromUrl( final URL url, final boolean phyloxml_validate_against_xsd )
 849             throws FileNotFoundException, IOException {
 850         final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 851         PhylogenyParser parser = null;
 852         if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 853             parser = new TolParser();
 854         }
 855         else {
 856             parser = ParserUtils.createParserDependingOnUrlContents( url, phyloxml_validate_against_xsd );
 857         }
 858         return factory.create( url.openStream(), parser );
 859     }
 860
 861     final static void removeBranchColors( final Phylogeny phy ) {
 862         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 863             it.next().getBranchData().setBranchColor( null );
 864         }
 865     }
 866
 867     final public static void showErrorMessage( final Component parent, final String error_msg ) {
 868         printAppletMessage( Constants.PRG_NAME, error_msg );
 869         JOptionPane.showMessageDialog( parent, error_msg, "[" + Constants.PRG_NAME + " " + Constants.VERSION
 870                 + "] Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 871     }
 872
 873     final static void unexpectedError( final Error err ) {
 874         err.printStackTrace();
 875         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 876         for( final StackTraceElement s : err.getStackTrace() ) {
 877             sb.append( s + "\n" );
 878         }
 879         JOptionPane
 880                 .showMessageDialog( null,
 881                                     "An unexpected (possibly severe) error has occured - terminating. \nPlease contact: "
 882                                             + Constants.AUTHOR_EMAIL + " \nError: " + err + "\n" + sb,
 883                                     "Unexpected Severe Error [" + Constants.PRG_NAME + " " + Constants.VERSION + "]",
 884                                     JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 885         System.exit( -1 );
 886     }
 887
 888     final static void unexpectedException( final Exception ex ) {
 889         ex.printStackTrace();
 890         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 891         for( final StackTraceElement s : ex.getStackTrace() ) {
 892             sb.append( s + "\n" );
 893         }
 894         JOptionPane.showMessageDialog( null, "An unexpected exception has occured. \nPlease contact: "
 895                 + Constants.AUTHOR_EMAIL + " \nException: " + ex + "\n" + sb, "Unexpected Exception ["
 896                 + Constants.PRG_NAME + Constants.VERSION + "]", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 897     }
 898
 899     final static String writePhylogenyToGraphicsFile( final String file_name,
 900                                                       int width,
 901                                                       int height,
 902                                                       final TreePanel tree_panel,
 903                                                       final ControlPanel ac,
 904                                                       final GraphicsExportType type,
 905                                                       final Options options ) throws IOException {
 906         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 907             if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 908                 throw new IllegalArgumentException( "cannot export visible rectangle only without exporting in actual size" );
 909             }
 910             tree_panel.setParametersForPainting( options.getPrintSizeX(), options.getPrintSizeY(), true );
 911             tree_panel.resetPreferredSize();
 912             tree_panel.repaint();
 913         }
 914         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 915                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 916         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 917         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 918             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 919             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 920         }
 921         else {
 922             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 923             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 924         }
 925         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 926         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 927             return "";
 928         }
 929         final File file = new File( file_name );
 930         if ( file.isDirectory() ) {
 931             throw new IOException( "\"" + file_name + "\" is a directory" );
 932         }
 933         Rectangle visible = null;
 934         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 935             width = options.getPrintSizeX();
 936             height = options.getPrintSizeY();
 937         }
 938         else if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 939             visible = tree_panel.getVisibleRect();
 940             width = visible.width;
 941             height = visible.height;
 942         }
 943         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
 944         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
 945         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
 946         int x = 0;
 947         int y = 0;
 948         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 949             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
 950             g2d.setClip( null );
 951             x = visible.x;
 952             y = visible.y;
 953         }
 954         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
 955         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
 956             writeToTiff( file, buffered_img );
 957         }
 958         else {
 959             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), file );
 960         }
 961         g2d.dispose();
 962         System.gc();
 963         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 964             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
 965         }
 966         String msg = file.toString();
 967         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
 968             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
 969         }
 970         return msg;
 971     }
 972
 973     public final static void writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( final File outfile,
 974                                                                          final int width,
 975                                                                          final int height,
 976                                                                          final TreePanel tree_panel,
 977                                                                          final ControlPanel ac,
 978                                                                          final GraphicsExportType type,
 979                                                                          final Options options ) throws IOException {
 980         tree_panel.setParametersForPainting( width, height, true );
 981         tree_panel.resetPreferredSize();
 982         tree_panel.repaint();
 983         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 984                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 985         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 986         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 987             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 988             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 989         }
 990         else {
 991             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 992             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 993         }
 994         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 995         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 996             return;
 997         }
 998         if ( outfile.isDirectory() ) {
 999             throw new IOException( "\"" + outfile + "\" is a directory" );
1000         }
1001         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
1002         final Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
1003         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
1004         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, 0, 0 );
1005         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
1006             writeToTiff( outfile, buffered_img );
1007         }
1008         else {
1009             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), outfile );
1010         }
1011         g2d.dispose();
1012     }
1013
1014     final static String writePhylogenyToGraphicsByteArrayOutputStream( final ByteArrayOutputStream baos,
1015                                                                        int width,
1016                                                                        int height,
1017                                                                        final TreePanel tree_panel,
1018                                                                        final ControlPanel ac,
1019                                                                        final GraphicsExportType type,
1020                                                                        final Options options ) throws IOException {
1021         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1022             if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1023                 throw new IllegalArgumentException( "cannot export visible rectangle only without exporting in actual size" );
1024             }
1025             tree_panel.setParametersForPainting( options.getPrintSizeX(), options.getPrintSizeY(), true );
1026             tree_panel.resetPreferredSize();
1027             tree_panel.repaint();
1028         }
1029         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
1030                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1031         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
1032         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
1033             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1034             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1035         }
1036         else {
1037             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1038             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1039         }
1040         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
1041         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
1042             return "";
1043         }
1044         Rectangle visible = null;
1045         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1046             width = options.getPrintSizeX();
1047             height = options.getPrintSizeY();
1048         }
1049         else if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1050             visible = tree_panel.getVisibleRect();
1051             width = visible.width;
1052             height = visible.height;
1053         }
1054         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
1055         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
1056         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
1057         int x = 0;
1058         int y = 0;
1059         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1060             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
1061             g2d.setClip( null );
1062             x = visible.x;
1063             y = visible.y;
1064         }
1065         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
1066         ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), baos );
1067         g2d.dispose();
1068         System.gc();
1069         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1070             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
1071         }
1072         String msg = baos.toString();
1073         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
1074             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
1075         }
1076         return msg;
1077     }
1078
1079     final static void writeToTiff( final File file, final BufferedImage image ) throws IOException {
1080         // See: http://log.robmeek.com/2005/08/write-tiff-in-java.html
1081         ImageWriter writer = null;
1082         ImageOutputStream ios = null;
1083         // Find an appropriate writer:
1084         final Iterator<ImageWriter> it = ImageIO.getImageWritersByFormatName( "TIF" );
1085         if ( it.hasNext() ) {
1086             writer = it.next();
1087         }
1088         else {
1089             throw new IOException( "failed to get TIFF image writer" );
1090         }
1091         // Setup writer:
1092         ios = ImageIO.createImageOutputStream( file );
1093         writer.setOutput( ios );
1094         final ImageWriteParam image_write_param = new ImageWriteParam( Locale.getDefault() );
1095         image_write_param.setCompressionMode( ImageWriteParam.MODE_EXPLICIT );
1096         // see writeParam.getCompressionTypes() for available compression type
1097         // strings.
1098         image_write_param.setCompressionType( "PackBits" );
1099         final String t[] = image_write_param.getCompressionTypes();
1100         for( final String string : t ) {
1101             System.out.println( string );
1102         }
1103         // Convert to an IIOImage:
1104         final IIOImage iio_image = new IIOImage( image, null, null );
1105         writer.write( null, iio_image, image_write_param );
1106     }
1107
1108     // See: http://www.xml.nig.ac.jp/tutorial/rest/index.html#2.2
1109     // static void openDDBJRest() throws IOException {
1110     // //set URL
1111     // URL url = new URL( "http://xml.nig.ac.jp/rest/Invoke" );
1112     // //set parameter
1113     // String query = "service=GetEntry&method=getDDBJEntry&accession=AB000100";
1114     // //make connection
1115     // URLConnection urlc = url.openConnection();
1116     // //use post mode
1117     // urlc.setDoOutput( true );
1118     // urlc.setAllowUserInteraction( false );
1119     // //send query
1120     // PrintStream ps = new PrintStream( urlc.getOutputStream() );
1121     // ps.print( query );
1122     // ps.close();
1123     // //get result
1124     // BufferedReader br = new BufferedReader( new InputStreamReader(
1125     // urlc.getInputStream() ) );
1126     // String l = null;
1127     // while ( ( l = br.readLine() ) != null ) {
1128     // System.out.println( l );
1129     // }
1130     // br.close();
1131     // }
1132     public static enum GraphicsExportType {
1133         GIF( "gif" ), JPG( "jpg" ), PDF( "pdf" ), PNG( "png" ), TIFF( "tif" ), BMP( "bmp" );
1134
1135         private final String _suffix;
1136
1137         private GraphicsExportType( final String suffix ) {
1138             _suffix = suffix;
1139         }
1140
1141         @Override
1142         public String toString() {
1143             return _suffix;
1144         }
1145     }
1146 }