forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Archaeopteryx.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.io.File;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  31 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  34 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  35 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  36 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39
  40 public final class Archaeopteryx {
  41
  42     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny phylogeny ) {
  43         final Phylogeny[] phylogenies = new Phylogeny[ 1 ];
  44         phylogenies[ 0 ] = phylogeny;
  45         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  46     }
  47
  48     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies ) {
  49         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  50     }
  51
  52     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies,
  53                                                final String config_file_name,
  54                                                final String title ) {
  55         return MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, config_file_name, title );
  56     }
  57
  58     public static void main( final String args[] ) {
  59         Phylogeny[] phylogenies = null;
  60         String config_filename = null;
  61         Configuration conf = null;
  62         File f = null;
  63         try {
  64             int filename_index = 0;
  65             if ( args.length == 0 ) {
  66                 conf = new Configuration( null, false, false, true );
  67             }
  68             else if ( args.length > 0 ) {
  69                 // check for a config file
  70                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-c" ) ) {
  71                     config_filename = args[ 1 ];
  72                     filename_index += 2;
  73                 }
  74                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-open" ) ) {
  75                     filename_index += 1;
  76                 }
  77                 conf = new Configuration( config_filename, false, false, true );
  78                 if ( args.length > filename_index ) {
  79                     f = new File( args[ filename_index ] );
  80                     final String err = ForesterUtil.isReadableFile( f );
  81                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( err ) ) {
  82                         ForesterUtil.fatalError( Constants.PRG_NAME, err );
  83                     }
  84                     boolean nhx_or_nexus = false;
  85                     final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( f, conf
  86                             .isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
  87                     if ( p instanceof NHXParser ) {
  88                         nhx_or_nexus = true;
  89                         final NHXParser nhx = ( NHXParser ) p;
  90                         nhx.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
  91                         nhx.setIgnoreQuotes( false );
  92                         nhx.setTaxonomyExtraction( conf.getTaxonomyExtraction() );
  93                     }
  94                     else if ( p instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
  95                         nhx_or_nexus = true;
  96                         final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) p;
  97                         nex.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
  98                         nex.setIgnoreQuotes( false );
  99                     }
 100                     else if ( p instanceof PhyloXmlParser ) {
 101                         MainFrameApplication.warnIfNotPhyloXmlValidation( conf );
 102                     }
 103                     phylogenies = PhylogenyMethods.readPhylogenies( p, f );
 104                     if ( nhx_or_nexus && conf.isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 105                         for( final Phylogeny phy : phylogenies ) {
 106                             PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy );
 107                         }
 108                     }
 109                 }
 110             }
 111         }
 112         catch ( final Exception e ) {
 113             ForesterUtil.fatalError( Constants.PRG_NAME, "failed to start: " + e.getLocalizedMessage() );
 114         }
 115         String title = "";
 116         if ( f != null ) {
 117             title = f.getName();
 118         }
 119         File current_dir = null;
 120         if ( ( phylogenies != null ) && ( phylogenies.length > 0 ) ) {
 121             current_dir = new File( "." );
 122         }
 123         try {
 124             MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, conf, title, current_dir );
 125         }
 126         catch ( final OutOfMemoryError e ) {
 127             AptxUtil.outOfMemoryError( e );
 128         }
 129         catch ( final Exception e ) {
 130             AptxUtil.unexpectedException( e );
 131         }
 132         catch ( final Error e ) {
 133             AptxUtil.unexpectedError( e );
 134         }
 135     }
 136 }