forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Archaeopteryx.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.io.File;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  31 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  34 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  35 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  36 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 //
  40 // java -javaagent:shiftone-jrat.jar -cp
  41 // $HOME/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester-atv/java/forester.jar:.
  42 // org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx
  43 // -c $HOME/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester-atv/_aptx_configuration_file
  44 //
  45 public final class Archaeopteryx {
  46
  47     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny phylogeny ) {
  48         final Phylogeny[] phylogenies = new Phylogeny[ 1 ];
  49         phylogenies[ 0 ] = phylogeny;
  50         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  51     }
  52
  53     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies ) {
  54         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  55     }
  56
  57     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies,
  58                                                final String config_file_name,
  59                                                final String title ) {
  60         return MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, config_file_name, title );
  61     }
  62
  63     public static void main( final String args[] ) {
  64         Phylogeny[] phylogenies = null;
  65         String config_filename = null;
  66         Configuration conf = null;
  67         File f = null;
  68         try {
  69             int filename_index = 0;
  70             if ( args.length == 0 ) {
  71                 conf = new Configuration( null, false, false, true );
  72             }
  73             else if ( args.length > 0 ) {
  74                 // check for a config file
  75                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-c" ) ) {
  76                     config_filename = args[ 1 ];
  77                     filename_index += 2;
  78                 }
  79                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-open" ) ) {
  80                     filename_index += 1;
  81                 }
  82                 conf = new Configuration( config_filename, false, false, true );
  83                 if ( args.length > filename_index ) {
  84                     f = new File( args[ filename_index ] );
  85                     final String err = ForesterUtil.isReadableFile( f );
  86                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( err ) ) {
  87                         ForesterUtil.fatalError( Constants.PRG_NAME, err );
  88                     }
  89                     boolean nhx_or_nexus = false;
  90                     final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( f, conf
  91                             .isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
  92                     if ( p instanceof NHXParser ) {
  93                         nhx_or_nexus = true;
  94                         final NHXParser nhx = ( NHXParser ) p;
  95                         nhx.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
  96                         nhx.setIgnoreQuotes( false );
  97                         PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION te = PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
  98                         if ( conf.isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
  99                             te = PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY;
 100                         }
 101                         nhx.setTaxonomyExtraction( te );
 102                     }
 103                     else if ( p instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 104                         nhx_or_nexus = true;
 105                         final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) p;
 106                         nex.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 107                         nex.setIgnoreQuotes( false );
 108                     }
 109                     else if ( p instanceof PhyloXmlParser ) {
 110                         MainFrameApplication.warnIfNotPhyloXmlValidation( conf );
 111                     }
 112                     phylogenies = PhylogenyMethods.readPhylogenies( p, f );
 113                     if ( nhx_or_nexus && conf.isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 114                         for( final Phylogeny phy : phylogenies ) {
 115                             PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy );
 116                         }
 117                     }
 118                 }
 119             }
 120         }
 121         catch ( final Exception e ) {
 122             ForesterUtil.fatalError( Constants.PRG_NAME, "failed to start: " + e.getLocalizedMessage() );
 123         }
 124         String title = "";
 125         if ( f != null ) {
 126             title = f.getName();
 127         }
 128         File current_dir = null;
 129         if ( ( phylogenies != null ) && ( phylogenies.length > 0 ) ) {
 130             current_dir = new File( "." );
 131         }
 132         try {
 133             MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, conf, title, current_dir );
 134         }
 135         catch ( final Exception ex ) {
 136             AptxUtil.unexpectedException( ex );
 137         }
 138         catch ( final Error err ) {
 139             AptxUtil.unexpectedError( err );
 140         }
 141     }
 142 }