forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Archaeopteryx.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.io.File;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  31 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  34 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  35 import org.forester.util.ForesterUtil;
  36
  37 //
  38 // java -javaagent:shiftone-jrat.jar -cp
  39 // $HOME/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester-atv/java/forester.jar:.
  40 // org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx
  41 // -c $HOME/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester-atv/_aptx_configuration_file
  42 //
  43 public final class Archaeopteryx {
  44
  45     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny phylogeny ) {
  46         final Phylogeny[] phylogenies = new Phylogeny[ 1 ];
  47         phylogenies[ 0 ] = phylogeny;
  48         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  49     }
  50
  51     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies ) {
  52         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  53     }
  54
  55     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies,
  56                                                final String config_file_name,
  57                                                final String title ) {
  58         return MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, config_file_name, title );
  59     }
  60
  61     public static void main( final String args[] ) {
  62         Phylogeny[] phylogenies = null;
  63         String config_filename = null;
  64         Configuration conf = null;
  65         File f = null;
  66         try {
  67             int filename_index = 0;
  68             if ( args.length == 0 ) {
  69                 conf = new Configuration( null, false, false );
  70             }
  71             else if ( args.length > 0 ) {
  72                 // check for a config file
  73                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-c" ) ) {
  74                     config_filename = args[ 1 ];
  75                     filename_index += 2;
  76                 }
  77                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-open" ) ) {
  78                     filename_index += 1;
  79                 }
  80                 conf = new Configuration( config_filename, false, false );
  81                 if ( args.length > filename_index ) {
  82                     f = new File( args[ filename_index ] );
  83                     final String err = ForesterUtil.isReadableFile( f );
  84                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( err ) ) {
  85                         ForesterUtil.fatalError( Constants.PRG_NAME, err );
  86                     }
  87                     boolean nhx_or_nexus = false;
  88                     final PhylogenyParser p = ForesterUtil.createParserDependingOnFileType( f, conf
  89                             .isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
  90                     if ( p instanceof NHXParser ) {
  91                         nhx_or_nexus = true;
  92                         final NHXParser nhx = ( NHXParser ) p;
  93                         nhx.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
  94                         nhx.setIgnoreQuotes( false );
  95                         ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION te = ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
  96                         if ( conf.isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
  97                             te = ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY;
  98                         }
  99                         nhx.setTaxonomyExtraction( te );
 100                     }
 101                     else if ( p instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 102                         nhx_or_nexus = true;
 103                         final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) p;
 104                         nex.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 105                         nex.setIgnoreQuotes( false );
 106                     }
 107                     else if ( p instanceof PhyloXmlParser ) {
 108                         MainFrameApplication.warnIfNotPhyloXmlValidation( conf );
 109                     }
 110                     phylogenies = ForesterUtil.readPhylogenies( p, f );
 111                     if ( nhx_or_nexus && conf.isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 112                         for( final Phylogeny phy : phylogenies ) {
 113                             ForesterUtil.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy );
 114                         }
 115                     }
 116                 }
 117             }
 118         }
 119         catch ( final Exception e ) {
 120             ForesterUtil.fatalError( Constants.PRG_NAME, "failed to start: " + e.getLocalizedMessage() );
 121         }
 122         String title = "";
 123         if ( f != null ) {
 124             title = f.getName();
 125         }
 126         try {
 127             MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, conf, title );
 128         }
 129         catch ( final Exception ex ) {
 130             Util.unexpectedException( ex );
 131         }
 132         catch ( final Error err ) {
 133             Util.unexpectedError( err );
 134         }
 135     }
 136 }