forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Archaeopteryx.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.io.File;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  31 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  34 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  35 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  36 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 public final class Archaeopteryx {
  40
  41     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny phylogeny ) {
  42         final Phylogeny[] phylogenies = new Phylogeny[ 1 ];
  43         phylogenies[ 0 ] = phylogeny;
  44         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  45     }
  46
  47     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies ) {
  48         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  49     }
  50
  51     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies,
  52                                                final String config_file_name,
  53                                                final String title ) {
  54         return MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, config_file_name, title );
  55     }
  56
  57     public static void main( final String args[] ) {
  58         Phylogeny[] phylogenies = null;
  59         String config_filename = null;
  60         Configuration conf = null;
  61         File f = null;
  62         try {
  63             int filename_index = 0;
  64             if ( args.length == 0 ) {
  65                 conf = new Configuration( null, false, false, true );
  66             }
  67             else if ( args.length > 0 ) {
  68                 // check for a config file
  69                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-c" ) ) {
  70                     config_filename = args[ 1 ];
  71                     filename_index += 2;
  72                 }
  73                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-open" ) ) {
  74                     filename_index += 1;
  75                 }
  76                 conf = new Configuration( config_filename, false, false, true );
  77                 if ( args.length > filename_index ) {
  78                     f = new File( args[ filename_index ] );
  79                     final String err = ForesterUtil.isReadableFile( f );
  80                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( err ) ) {
  81                         ForesterUtil.fatalError( Constants.PRG_NAME, err );
  82                     }
  83                     boolean nhx_or_nexus = false;
  84                     final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( f, conf
  85                             .isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
  86                     if ( p instanceof NHXParser ) {
  87                         nhx_or_nexus = true;
  88                         final NHXParser nhx = ( NHXParser ) p;
  89                         nhx.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
  90                         nhx.setIgnoreQuotes( false );
  91                         nhx.setTaxonomyExtraction( conf.getTaxonomyExtraction() );
  92                     }
  93                     else if ( p instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
  94                         nhx_or_nexus = true;
  95                         final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) p;
  96                         nex.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
  97                         nex.setIgnoreQuotes( false );
  98                     }
  99                     else if ( p instanceof PhyloXmlParser ) {
 100                         MainFrameApplication.warnIfNotPhyloXmlValidation( conf );
 101                     }
 102                     phylogenies = PhylogenyMethods.readPhylogenies( p, f );
 103                     if ( nhx_or_nexus && conf.isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 104                         for( final Phylogeny phy : phylogenies ) {
 105                             PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 106                         }
 107                     }
 108                 }
 109             }
 110         }
 111         catch ( final Exception e ) {
 112             ForesterUtil.fatalError( Constants.PRG_NAME, "failed to start: " + e.getLocalizedMessage() );
 113         }
 114         String title = "";
 115         if ( f != null ) {
 116             title = f.getName();
 117         }
 118         File current_dir = null;
 119         if ( ( phylogenies != null ) && ( phylogenies.length > 0 ) ) {
 120             current_dir = new File( "." );
 121         }
 122         try {
 123             MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, conf, title, current_dir );
 124         }
 125         catch ( final OutOfMemoryError e ) {
 126             AptxUtil.outOfMemoryError( e );
 127         }
 128         catch ( final Exception e ) {
 129             AptxUtil.unexpectedException( e );
 130         }
 131         catch ( final Error e ) {
 132             AptxUtil.unexpectedError( e );
 133         }
 134     }
 135 }