forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/ArchaeopteryxA.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.KeyboardFocusManager;
  32 import java.io.File;
  33 import java.net.URL;
  34
  35 import javax.swing.JApplet;
  36 import javax.swing.UIManager;
  37
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.forester.util.ForesterUtil;
  40
  41 public class ArchaeopteryxA extends JApplet {
  42
  43     private static final long  serialVersionUID    = 2314899014580484146L;
  44     private final static Color background_color    = new Color( 0, 0, 0 );
  45     private final static Color font_color          = new Color( 0, 255, 0 );
  46     private final static Color ex_background_color = new Color( 0, 0, 0 );
  47     private final static Color ex_font_color       = new Color( 255, 0, 0 );
  48     private final static Font  font                = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(), Font.BOLD, 9 );
  49     private MainFrameApplet    _mainframe_applet;
  50     private String             _url_string         = "";
  51     private String             _message_1          = "";
  52     private String             _message_2          = "";
  53     public final static String NAME                = "ArchaeopteryxA";
  54
  55     @Override
  56     public void destroy() {
  57         AptxUtil.printAppletMessage( NAME, "going to be destroyed" );
  58         if ( getMainFrameApplet() != null ) {
  59             getMainFrameApplet().close();
  60         }
  61     }
  62
  63     /**
  64      * This method returns the current external node data which
  65      * has been selected by the user by clicking the "Return ..."
  66      * menu item. This method is expected to be called from Javascript or
  67      * something like it.
  68      *
  69      * @return current external node data as String
  70      */
  71     public String getCurrentExternalNodesDataBuffer() {
  72         return getMainFrameApplet().getCurrentTreePanel().getCurrentExternalNodesDataBufferAsString();
  73     }
  74
  75     public int getCurrentExternalNodesDataBufferCounter() {
  76         return getMainFrameApplet().getCurrentTreePanel().getCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter();
  77     }
  78
  79     public int getCurrentExternalNodesDataBufferLength() {
  80         return getMainFrameApplet().getCurrentTreePanel().getCurrentExternalNodesDataBufferAsString().length();
  81     }
  82
  83     public String getUrlString() {
  84         return _url_string;
  85     }
  86
  87     @Override
  88     public void init() {
  89         boolean has_exception = false;
  90         setName( NAME );
  91         setUrlString( getParameter( Constants.APPLET_PARAM_NAME_FOR_URL_OF_TREE_TO_LOAD ) );
  92         AptxUtil.printAppletMessage( NAME, "URL of phylogenies to load: \"" + getUrlString() + "\"" );
  93         setBackground( background_color );
  94         setForeground( font_color );
  95         setFont( font );
  96         repaint();
  97         String s = null;
  98         try {
  99             s = System.getProperty( "java.version" );
 100         }
 101         catch ( final Exception e ) {
 102             ForesterUtil.printWarningMessage( NAME, "minor error: " + e.getLocalizedMessage() );
 103         }
 104         if ( ( s != null ) && ( s.length() > 0 ) ) {
 105             setMessage2( "[Your Java version: " + s + "]" );
 106             repaint();
 107         }
 108         final String config_filename = getParameter( Constants.APPLET_PARAM_NAME_FOR_CONFIG_FILE_URL );
 109         AptxUtil.printAppletMessage( NAME, "URL for configuration file is: " + config_filename );
 110         final Configuration configuration = new Configuration( config_filename, true, true, true );
 111         try {
 112             if ( configuration.isUseNativeUI() ) {
 113                 UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getSystemLookAndFeelClassName() );
 114             }
 115             else {
 116                 UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName() );
 117             }
 118             setVisible( false );
 119             _mainframe_applet = new MainFrameApplet( this, configuration );
 120             URL url = null;
 121             url = new URL( getUrlString() );
 122             final Phylogeny[] phys = AptxUtil.readPhylogeniesFromUrl( url, configuration
 123                     .isValidatePhyloXmlAgainstSchema(), configuration.isReplaceUnderscoresInNhParsing(), configuration
 124                     .isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing(), configuration.getTaxonomyExtraction() );
 125             AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 126                                            new File( url.getFile() ).getName(),
 127                                            getUrlString(),
 128                                            getMainFrameApplet().getConfiguration(),
 129                                            getMainFrameApplet().getMainPanel() );
 130             getMainFrameApplet().getMainPanel().getControlPanel().showWholeAll();
 131             getMainFrameApplet().getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
 132             setVisible( true );
 133         }
 134         catch ( final Exception e ) {
 135             ForesterUtil.printErrorMessage( NAME, e.toString() );
 136             setBackground( ex_background_color );
 137             setForeground( ex_font_color );
 138             has_exception = true;
 139             setMessage1( "Exception: " + e );
 140             e.printStackTrace();
 141             repaint();
 142         }
 143         if ( !has_exception ) {
 144             setMessage1( NAME + " is now ready!" );
 145             repaint();
 146             AptxUtil.printAppletMessage( NAME, "successfully initialized" );
 147         }
 148         KeyboardFocusManager.getCurrentKeyboardFocusManager().clearGlobalFocusOwner();
 149         getMainFrameApplet().requestFocus();
 150         getMainFrameApplet().requestFocusInWindow();
 151         getMainFrameApplet().requestFocus();
 152         /* GUILHEM_BEG */
 153         final String default_relation = getParameter( Constants.APPLET_PARAM_NAME_FOR_DEFAULT_SEQUENCE_RELATION_TYPE );
 154         if ( default_relation != null ) {
 155             getMainFrameApplet().getMainPanel().getControlPanel().getSequenceRelationTypeBox()
 156                     .setSelectedItem( default_relation );
 157         }
 158         final String default_sequence = getParameter( Constants.APPLET_PARAM_NAME_FOR_DEFAULT_QUERY_SEQUENCE );
 159         if ( default_sequence != null ) {
 160             getMainFrameApplet().getMainPanel().getControlPanel().getSequenceRelationBox()
 161                     .setSelectedItem( default_sequence );
 162             /* GUILHEM_END */
 163         }
 164     }
 165
 166     /**
 167      * Prints message when initialization is finished. Called automatically.
 168      *
 169      * @param g
 170      *            Graphics
 171      */
 172     @Override
 173     public void paint( final Graphics g ) {
 174         g.setColor( background_color );
 175         g.fillRect( 0, 0, 300, 60 );
 176         g.setColor( font_color );
 177         g.drawString( getMessage2(), 10, 20 );
 178         g.drawString( getMessage1(), 10, 40 );
 179     }
 180
 181     @Override
 182     public void start() {
 183         getMainFrameApplet().getMainPanel().validate();
 184         getMainFrameApplet().requestFocus();
 185         getMainFrameApplet().requestFocusInWindow();
 186         getMainFrameApplet().requestFocus();
 187         AptxUtil.printAppletMessage( NAME, "started" );
 188     }
 189
 190     private MainFrameApplet getMainFrameApplet() {
 191         return _mainframe_applet;
 192     }
 193
 194     private String getMessage1() {
 195         return _message_1;
 196     }
 197
 198     private String getMessage2() {
 199         return _message_2;
 200     }
 201
 202     private void setMessage1( final String message_1 ) {
 203         _message_1 = message_1;
 204     }
 205
 206     private void setMessage2( final String message_2 ) {
 207         _message_2 = message_2;
 208     }
 209
 210     private void setUrlString( final String url_string ) {
 211         _url_string = url_string;
 212     }
 213 }