forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/ArchaeopteryxA.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.KeyboardFocusManager;
  32 import java.io.File;
  33 import java.net.URL;
  34
  35 import javax.swing.JApplet;
  36 import javax.swing.UIManager;
  37
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.forester.util.ForesterUtil;
  40
  41 public class ArchaeopteryxA extends JApplet {
  42
  43     private static final long  serialVersionUID    = 2314899014580484146L;
  44     private final static Color background_color    = new Color( 0, 0, 0 );
  45     private final static Color font_color          = new Color( 0, 255, 0 );
  46     private final static Color ex_background_color = new Color( 0, 0, 0 );
  47     private final static Color ex_font_color       = new Color( 255, 0, 0 );
  48     private final static Font  font                = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(), Font.BOLD, 9 );
  49     private MainFrameApplet    _mainframe_applet;
  50     private String             _url_string         = "";
  51     private String             _message_1          = "";
  52     private String             _message_2          = "";
  53     public final static String NAME                = "ArchaeopteryxA";
  54
  55     @Override
  56     public void destroy() {
  57         Util.printAppletMessage( NAME, "going to be destroyed" );
  58         if ( getMainFrameApplet() != null ) {
  59             getMainFrameApplet().close();
  60         }
  61     }
  62
  63     private MainFrameApplet getMainFrameApplet() {
  64         return _mainframe_applet;
  65     }
  66
  67     private String getMessage1() {
  68         return _message_1;
  69     }
  70
  71     private String getMessage2() {
  72         return _message_2;
  73     }
  74
  75     public String getUrlString() {
  76         return _url_string;
  77     }
  78
  79     @Override
  80     public void init() {
  81         boolean has_exception = false;
  82         setName( NAME );
  83         setUrlString( getParameter( Constants.APPLET_PARAM_NAME_FOR_URL_OF_TREE_TO_LOAD ) );
  84         Util.printAppletMessage( NAME, "URL of phylogenies to load: \"" + getUrlString() + "\"" );
  85         setBackground( background_color );
  86         setForeground( font_color );
  87         setFont( font );
  88         repaint();
  89         String s = null;
  90         try {
  91             s = System.getProperty( "java.version" );
  92         }
  93         catch ( final Exception e ) {
  94             ForesterUtil.printWarningMessage( NAME, "minor error: " + e.getLocalizedMessage() );
  95         }
  96         if ( ( s != null ) && ( s.length() > 0 ) ) {
  97             setMessage2( "[Your Java version: " + s + "]" );
  98             repaint();
  99         }
 100         final String config_filename = getParameter( Constants.APPLET_PARAM_NAME_FOR_CONFIG_FILE_URL );
 101         Util.printAppletMessage( NAME, "URL for configuration file is: " + config_filename );
 102         final Configuration configuration = new Configuration( config_filename, true, true );
 103         try {
 104             if ( configuration.isUseNativeUI() ) {
 105                 UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getSystemLookAndFeelClassName() );
 106             }
 107             else {
 108                 UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName() );
 109             }
 110             setVisible( false );
 111             _mainframe_applet = new MainFrameApplet( this, configuration );
 112             URL url = null;
 113             url = new URL( getUrlString() );
 114             final Phylogeny[] phys = Util.readPhylogeniesFromUrl( url, configuration.isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 115             Util.addPhylogeniesToTabs( phys, new File( url.getFile() ).getName(), getUrlString(), getMainFrameApplet()
 116                     .getConfiguration(), getMainFrameApplet().getMainPanel() );
 117             getMainFrameApplet().getMainPanel().getControlPanel().showWholeAll();
 118             getMainFrameApplet().getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
 119             setVisible( true );
 120         }
 121         catch ( final Exception e ) {
 122             ForesterUtil.printErrorMessage( NAME, e.toString() );
 123             setBackground( ex_background_color );
 124             setForeground( ex_font_color );
 125             has_exception = true;
 126             setMessage1( "Exception: " + e );
 127             e.printStackTrace();
 128             repaint();
 129         }
 130         if ( !has_exception ) {
 131             setMessage1( NAME + " is now ready!" );
 132             repaint();
 133             Util.printAppletMessage( NAME, "successfully initialized" );
 134         }
 135         KeyboardFocusManager.getCurrentKeyboardFocusManager().clearGlobalFocusOwner();
 136         getMainFrameApplet().requestFocus();
 137         getMainFrameApplet().requestFocusInWindow();
 138         getMainFrameApplet().requestFocus();
 139         /* GUILHEM_BEG */
 140         final String default_relation = getParameter( Constants.APPLET_PARAM_NAME_FOR_DEFAULT_SEQUENCE_RELATION_TYPE );
 141         if ( default_relation != null ) {
 142             getMainFrameApplet().getMainPanel().getControlPanel().getSequenceRelationTypeBox()
 143                     .setSelectedItem( default_relation );
 144         }
 145         final String default_sequence = getParameter( Constants.APPLET_PARAM_NAME_FOR_DEFAULT_QUERY_SEQUENCE );
 146         if ( default_sequence != null ) {
 147             getMainFrameApplet().getMainPanel().getControlPanel().getSequenceRelationBox()
 148                     .setSelectedItem( default_sequence );
 149             /* GUILHEM_END */
 150         }
 151     }
 152
 153     /**
 154      * Prints message when initialization is finished. Called automatically.
 155      *
 156      * @param g
 157      *            Graphics
 158      */
 159     @Override
 160     public void paint( final Graphics g ) {
 161         g.setColor( background_color );
 162         g.fillRect( 0, 0, 300, 60 );
 163         g.setColor( font_color );
 164         g.drawString( getMessage2(), 10, 20 );
 165         g.drawString( getMessage1(), 10, 40 );
 166     }
 167
 168     private void setMessage1( final String message_1 ) {
 169         _message_1 = message_1;
 170     }
 171
 172     private void setMessage2( final String message_2 ) {
 173         _message_2 = message_2;
 174     }
 175
 176     private void setUrlString( final String url_string ) {
 177         _url_string = url_string;
 178     }
 179
 180     @Override
 181     public void start() {
 182         getMainFrameApplet().getMainPanel().validate();
 183         getMainFrameApplet().requestFocus();
 184         getMainFrameApplet().requestFocusInWindow();
 185         getMainFrameApplet().requestFocus();
 186         Util.printAppletMessage( NAME, "started" );
 187     }
 188 }