forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  59     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  60     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  61     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  62     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  63     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  64     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  65     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  66     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  67     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  68     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  69     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  70     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
  71     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
  72     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  73     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  74     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  75     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  76     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  77     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  78     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  79     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  80     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  81     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  82     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  83     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  84     private boolean                         _editable                                              = true;
  85     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  86     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT;
  87     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  88     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  89     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  90     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  91     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  92     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  93     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  94     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
  95     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
  96     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
  97     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
  98     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
  99     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 100     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 101     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 102     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 103     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 104     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 105     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 106     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 107     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 108     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 109     final static int                        write_events                                           = 5;
 110     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 111     final static int                        color_branches                                         = 7;
 112     final static int                        width_branches                                         = 8;
 113     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 114     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 115     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 116     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 117     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 118     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 119     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 120     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 121     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 122     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 123     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 124     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 125     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 126     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 127     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 128     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 129     final static int                        show_properties                                        = 25;
 130     // ------------------
 131     // Click-to options
 132     // ------------------
 133     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 134     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 135     final static int                        reroot                                                 = 2;
 136     final static int                        subtree                                                = 3;
 137     final static int                        swap                                                   = 4;
 138     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 139     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 140     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 141     final static int                        blast                                                  = 8;
 142     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 143     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 144     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 145     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 146     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 147     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 148     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 149     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 150     final static int                        select_nodes                                           = 17;
 151     // ---------------------------
 152     // Display options for trees
 153     // ---------------------------
 154     // ---------------------------------
 155     // Pertaining to the config itself
 156     // ---------------------------------
 157     // Full path to config (may be URL)
 158     String                                  config_filename;
 159     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 160     final static String                     display_options[][]                                    = {
 161             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 162             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 163             { "Node Events", "display", "?" }, { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" },
 164             { "Colorize Branches", "display", "no" }, { "Use Branch-Widths", "display", "no" },
 165             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Domains", "nodisplay", "no" },
 166             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 167             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Acc", "display", "no" },
 168             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 169             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 170             { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 171             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 172             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 173             { "Properties", "nodisplay", "no" }                                                   };
 174     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 175             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 176             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 177             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 178             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 179             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 180             { "Sort Descendants", "display" }, { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" } };
 181     // This option is selected in the dropdown
 182     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 183     // --------------
 184     // Color set
 185     // --------------
 186     TreeColorSet                            tree_color_set;
 187     // -------
 188     // Fonts
 189     // -------
 190     TreeFontSet                             tree_font_set;
 191     // ----------------
 192     // Species colors
 193     // ----------------
 194     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 195     // ----------------
 196     // Domain colors
 197     // ----------------
 198     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 199     // ----------------
 200     // Function colors
 201     // ----------------
 202     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 203     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 204     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 205     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 206     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 207     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 208     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 209     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 215     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 216     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 217     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 218     private int                             _frame_x_size;
 219     private int                             _frame_y_size;
 220     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 221     static {
 222         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 223             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 224                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 225                 break;
 226             }
 227         }
 228         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 229             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 230         }
 231     }
 232
 233     public Configuration() {
 234         this( null, false, false, false );
 235     }
 236
 237     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 238         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 239             config_filename = default_config_filename;
 240         }
 241         else {
 242             config_filename = cf;
 243         }
 244         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 245         config_filename = config_filename.trim();
 246         URL u = null;
 247         if ( is_url ) {
 248             // If URL, open accordingly
 249             try {
 250                 u = new URL( config_filename );
 251                 try {
 252                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 253                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 254                     readConfig( bf );
 255                     bf.close();
 256                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 257                             + config_filename + "]" );
 258                 }
 259                 catch ( final Exception e ) {
 260                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 261                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 262                 }
 263             }
 264             catch ( final Exception e ) {
 265                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 266                         + config_filename + "]" );
 267             }
 268         }
 269         else {
 270             // Otherwise, open as a file
 271             File f = new File( config_filename );
 272             if ( !f.exists() ) {
 273                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 274             }
 275             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 276                 try {
 277                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 278                     readConfig( bf );
 279                     bf.close();
 280                 }
 281                 catch ( final Exception e ) {
 282                     if ( verbose ) {
 283                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 284                                 + config_filename + "]: " + e );
 285                     }
 286                 }
 287             }
 288             else {
 289                 if ( verbose ) {
 290                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 291                             + config_filename + "]" );
 292                 }
 293             }
 294         }
 295     }
 296
 297     public String getBaseFontFamilyName() {
 298         return _base_font_family_name;
 299     }
 300
 301     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 302         return _default_bootstrap_samples;
 303     }
 304
 305     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 306         return _default_node_fill;
 307     }
 308
 309     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 310         return _default_node_shape;
 311     }
 312
 313     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 314         return _default_node_shape_size;
 315     }
 316
 317     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 318         return _domain_structure_base_color;
 319     }
 320
 321     public Color getDomainStructureFontColor() {
 322         return _domain_structure_font_color;
 323     }
 324
 325     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 326         return _ext_desc_data_to_return;
 327     }
 328
 329     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 330         return _ext_node_data_return_on;
 331     }
 332
 333     public int getFrameXSize() {
 334         return _frame_x_size;
 335     }
 336
 337     public int getFrameYSize() {
 338         return _frame_y_size;
 339     }
 340
 341     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 342         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 343     }
 344
 345     public File getPathToLocalFastme() {
 346         return _path_to_local_fastme;
 347     }
 348
 349     public File getpathToLocalMafft() {
 350         return _path_to_local_mafft;
 351     }
 352
 353     public File getPathToLocalRaxml() {
 354         return _path_to_local_raxml;
 355     }
 356
 357     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 358         return _abbreviate_scientific_names;
 359     }
 360
 361     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 362         return _background_color_gradient;
 363     }
 364
 365     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 366         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 367     }
 368
 369     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 370         return _show_default_node_shapes_external;
 371     }
 372
 373     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 374         return _show_default_node_shapes_internal;
 375     }
 376
 377     public boolean isShowDomainLabels() {
 378         return _show_domain_labels;
 379     }
 380
 381     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 382         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 383     }
 384
 385     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 386         getDisplayColors().put( key, color );
 387     }
 388
 389     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 390         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 391     }
 392
 393     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 394         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 395     }
 396
 397     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 398         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 399     }
 400
 401     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 402         _base_font_size = base_font_size;
 403     }
 404
 405     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
 406         _max_base_font_size = max_base_font_size;
 407     }
 408
 409     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
 410         _min_base_font_size = min_base_font_size;
 411     }
 412
 413     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 414         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 415     }
 416
 417     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 418         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 419     }
 420
 421     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 422         _default_node_fill = default_node_fill;
 423     }
 424
 425     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 426         _default_node_shape = default_node_shape;
 427     }
 428
 429     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 430         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 431     }
 432
 433     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 434         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 435     }
 436
 437     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 438         _display_colors = display_colors;
 439     }
 440
 441     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 442         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 443     }
 444
 445     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 446         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 447     }
 448
 449     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 450         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 451     }
 452
 453     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 454         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 455     }
 456
 457     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 458         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 459     }
 460
 461     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 462         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 463     }
 464
 465     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 466         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 467     }
 468
 469     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 470         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 471     }
 472
 473     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 474         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 475     }
 476
 477     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 478         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 479     }
 480
 481     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 482         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 483     }
 484
 485     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 486         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 487     }
 488
 489     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 490         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 491     }
 492
 493     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 494         _frame_x_size = frame_x_size;
 495     }
 496
 497     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 498         _frame_y_size = frame_y_size;
 499     }
 500
 501     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 502         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 503     }
 504
 505     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 506         _node_label_direction = node_label_direction;
 507     }
 508
 509     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 510         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 511     }
 512
 513     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 514         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 515     }
 516
 517     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 518         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 519     }
 520
 521     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 522         _print_line_width = print_line_width;
 523     }
 524
 525     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 526         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 527     }
 528
 529     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 530         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 531     }
 532
 533     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 534         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 535     }
 536
 537     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 538         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 539     }
 540
 541     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 542         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 543     }
 544
 545     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 546         _show_scale = show_scale;
 547     }
 548
 549     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 550         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 551     }
 552
 553     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 554         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 555     }
 556
 557     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 558         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 559     }
 560
 561     boolean displaySequenceRelations() {
 562         return _display_sequence_relations;
 563     }
 564
 565     boolean doCheckOption( final int which ) {
 566         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 567                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 568     }
 569
 570     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 571         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 572     }
 573
 574     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 575         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 576     }
 577
 578     /**
 579      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 580      * this or not (e.g. phylogram)
 581      *
 582      */
 583     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 584         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 585     }
 586
 587     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 588         if ( _annotation_colors == null ) {
 589             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 590         }
 591         return _annotation_colors;
 592     }
 593
 594     int getBaseFontSize() {
 595         return _base_font_size;
 596     }
 597
 598     int getMinBaseFontSize() {
 599         return _min_base_font_size;
 600     }
 601
 602     int getMaxBaseFontSize() {
 603         return _max_base_font_size;
 604     }
 605
 606     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 607         return _cladogram_type;
 608     }
 609
 610     int getClickToOptionsCount() {
 611         return clickto_options.length;
 612     }
 613
 614     String getClickToTitle( final int which ) {
 615         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 616     }
 617
 618     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 619         return default_clickto;
 620     }
 621
 622     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 623         return _display_colors;
 624     }
 625
 626     String getDisplayTitle( final int which ) {
 627         return display_options[ which ][ 0 ];
 628     }
 629
 630     Map<String, Color> getDomainColors() {
 631         if ( _domain_colors == null ) {
 632             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 633         }
 634         return _domain_colors;
 635     }
 636
 637     int getGraphicsExportX() {
 638         return _graphics_export_x;
 639     }
 640
 641     int getGraphicsExportY() {
 642         return _graphics_export_y;
 643     }
 644
 645     Color getGuiBackgroundColor() {
 646         return _gui_background_color;
 647     }
 648
 649     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 650         return _gui_button_background_color;
 651     }
 652
 653     Color getGuiButtonBorderColor() {
 654         return _gui_button_border_color;
 655     }
 656
 657     Color getGuiButtonTextColor() {
 658         return _gui_button_text_color;
 659     }
 660
 661     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 662         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 663     }
 664
 665     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 666         return _gui_checkbox_text_color;
 667     }
 668
 669     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 670         return _gui_menu_background_color;
 671     }
 672
 673     Color getGuiMenuTextColor() {
 674         return _gui_menu_text_color;
 675     }
 676
 677     double getMinConfidenceValue() {
 678         return _min_confidence_value;
 679     }
 680
 681     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 682         return _node_label_direction;
 683     }
 684
 685     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 686         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 687     }
 688
 689     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 690         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 691     }
 692
 693     short getOvMaxHeight() {
 694         return _ov_max_height;
 695     }
 696
 697     short getOvMaxWidth() {
 698         return _ov_max_width;
 699     }
 700
 701     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 702         return _ov_placement;
 703     }
 704
 705     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 706         return _phylogeny_graphics_type;
 707     }
 708
 709     float getPrintLineWidth() {
 710         return _print_line_width;
 711     }
 712
 713     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 714         if ( _species_colors == null ) {
 715             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 716         }
 717         return _species_colors;
 718     }
 719
 720     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 721         return _taxonomy_extraction;
 722     }
 723
 724     boolean isAntialiasScreen() {
 725         if ( AptxUtil.isMac() ) {
 726             // Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 727             return false;
 728         }
 729         return _antialias_screen;
 730     }
 731
 732     /**
 733      * Convenience method.
 734      *
 735      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 736      */
 737     boolean isDrawAsPhylogram() {
 738         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 739     }
 740
 741     boolean isEditable() {
 742         return _editable;
 743     }
 744
 745     /**
 746      * Only used by ArchaeoptryxE.
 747      *
 748      */
 749     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 750         return _hide_controls_and_menus;
 751     }
 752
 753     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 754         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 755     }
 756
 757     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 758         return _nh_parsing_replace_underscores;
 759     }
 760
 761     boolean isShowBranchLengthValues() {
 762         return _show_branch_length_values;
 763     }
 764
 765     boolean isShowOverview() {
 766         return _show_overview;
 767     }
 768
 769     boolean isShowScale() {
 770         return _show_scale;
 771     }
 772
 773     final boolean isUseNativeUI() {
 774         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() ) {
 775             _ui = UI.NATIVE;
 776         }
 777         return _ui == UI.NATIVE;
 778     }
 779
 780     /**
 781      * Only used by ArchaeoptryxE.
 782      *
 783      */
 784     boolean isUseTabbedDisplay() {
 785         return _use_tabbed_display;
 786     }
 787
 788     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 789         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 790     }
 791
 792     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 793         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 794     }
 795
 796     private int getClickToIndex( final String name ) {
 797         int index = -1;
 798         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 799             index = Configuration.display_node_data;
 800             ForesterUtil
 801                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 802                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 803         }
 804         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 805             index = Configuration.display_node_data;
 806         }
 807         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 808             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 809         }
 810         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 811             index = Configuration.reroot;
 812         }
 813         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 814             index = Configuration.subtree;
 815         }
 816         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 817             index = Configuration.swap;
 818         }
 819         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 820             index = Configuration.sort_descendents;
 821         }
 822         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 823             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 824         }
 825         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 826             ForesterUtil
 827                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 828             return DEPRECATED;
 829         }
 830         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 831             index = Configuration.open_seq_web;
 832         }
 833         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 834             index = Configuration.open_tax_web;
 835         }
 836         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 837             index = Configuration.blast;
 838         }
 839         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 840             index = Configuration.cut_subtree;
 841         }
 842         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 843             index = Configuration.copy_subtree;
 844         }
 845         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 846             index = Configuration.paste_subtree;
 847         }
 848         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 849             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 850         }
 851         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 852             index = Configuration.add_new_node;
 853         }
 854         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 855             index = Configuration.edit_node_data;
 856         }
 857         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 858             index = Configuration.select_nodes;
 859         }
 860         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 861             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 862                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 863             return DEPRECATED;
 864         }
 865         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 866             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 867             return DEPRECATED;
 868         }
 869         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 870             index = Configuration.color_subtree;
 871         }
 872         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 873             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 874             return DEPRECATED;
 875         }
 876         return index;
 877     }
 878
 879     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 880         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 881         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 882             return true;
 883         }
 884         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 885             return false;
 886         }
 887         else {
 888             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 889             return false;
 890         }
 891     }
 892
 893     private double parseDouble( final String str ) {
 894         double d = 0.0;
 895         try {
 896             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 897         }
 898         catch ( final Exception e ) {
 899             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 900             d = 0.0;
 901         }
 902         return d;
 903     }
 904
 905     private float parseFloat( final String str ) {
 906         float f = 0.0f;
 907         try {
 908             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 909         }
 910         catch ( final Exception e ) {
 911             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 912             f = 0.0f;
 913         }
 914         return f;
 915     }
 916
 917     private int parseInt( final String str ) {
 918         int i = -1;
 919         try {
 920             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 921         }
 922         catch ( final Exception e ) {
 923             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 924             i = -1;
 925         }
 926         return i;
 927     }
 928
 929     private short parseShort( final String str ) {
 930         short i = -1;
 931         try {
 932             i = Short.parseShort( str.trim() );
 933         }
 934         catch ( final Exception e ) {
 935             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 936             i = -1;
 937         }
 938         return i;
 939     }
 940
 941     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 942         setBaseFontFamilyName( "" );
 943         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 944         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 945         for( String font : fonts ) {
 946             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 947             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 948                 setBaseFontFamilyName( font );
 949                 break;
 950             }
 951         }
 952     }
 953
 954     /**
 955      * read each line of config file, process non-comment lines
 956      * @throws IOException
 957      */
 958     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 959         String line;
 960         do {
 961             line = conf_in.readLine();
 962             if ( line != null ) {
 963                 line = line.trim();
 964                 // skip comments and blank lines
 965                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 966                     // convert runs of spaces to tabs
 967                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 968                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 969                     setKeyValue( st );
 970                 }
 971             }
 972         } while ( line != null );
 973     }
 974
 975     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 976         _antialias_screen = antialias_screen;
 977     }
 978
 979     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 980         _cladogram_type = cladogram_type;
 981     }
 982
 983     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 984         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 985     }
 986
 987     private void setEditable( final boolean editable ) {
 988         _editable = editable;
 989     }
 990
 991     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
 992         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
 993     }
 994
 995     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 996         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 997     }
 998
 999     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1000         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1001     }
1002
1003     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1004         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1005     }
1006
1007     /**
1008      * Set a key-value(s) tuple
1009      */
1010     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1011         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1012         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1013             return;
1014         }
1015         // Handle single value settings first:
1016         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1017             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1018             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1019             if ( default_clickto == -1 ) {
1020                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1021                         + "] for [default_click_to]" );
1022                 default_clickto = 0;
1023             }
1024             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1025                 // Deprecated.
1026             }
1027         }
1028         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1029             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1030             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1031                 _ui = UI.NATIVE;
1032             }
1033             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1034                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1035             }
1036             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1037                 _ui = UI.UNKNOWN;
1038             }
1039             else {
1040                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1041                         + "]" );
1042                 _ui = UI.UNKNOWN;
1043             }
1044         }
1045         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1046             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1047         }
1048         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1049             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1050         }
1051         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1052             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1053             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1054                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1055             }
1056             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1057                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1058             }
1059             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1060                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1061             }
1062             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1063                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1064             }
1065             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1066                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1067             }
1068             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1069                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1070             }
1071             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1072                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1073             }
1074             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1075                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1076             }
1077             else {
1078                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1079                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1080                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1081             }
1082         }
1083         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1084             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1085             final double d = parseDouble( mcv_str );
1086             setMinConfidenceValue( d );
1087         }
1088         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1089             processFontFamily( st );
1090         }
1091         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1092             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1093             final int i = parseInt( size_str );
1094             if ( i > 0 ) {
1095                 setBaseFontSize( i );
1096             }
1097         }
1098         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1099             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1100             final int i = parseInt( size_str );
1101             if ( i > 0 ) {
1102                 setMinBaseFontSize( i );
1103             }
1104         }
1105         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1106             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1107             final int i = parseInt( size_str );
1108             if ( i > 1 ) {
1109                 setMaxBaseFontSize( i );
1110             }
1111         }
1112         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1113             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1114             final int i = parseInt( str );
1115             if ( i > 0 ) {
1116                 setGraphicsExportX( i );
1117             }
1118         }
1119         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1120             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1121             final int i = parseInt( str );
1122             if ( i > 0 ) {
1123                 setGraphicsExportY( i );
1124             }
1125         }
1126         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1127             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1128             final float f = parseFloat( str );
1129             if ( f > 0 ) {
1130                 setPrintLineWidth( f );
1131             }
1132             else {
1133                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1134                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1135             }
1136         }
1137         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1138             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1139             final int i = parseInt( str );
1140             if ( i > 0 ) {
1141                 setFrameXSize( i );
1142             }
1143         }
1144         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1145             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1146             final int i = parseInt( str );
1147             if ( i > 0 ) {
1148                 setFrameYSize( i );
1149             }
1150         }
1151         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1152             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1153             final int i = parseInt( str );
1154             if ( i >= 0 ) {
1155                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1156             }
1157             else {
1158                 ForesterUtil
1159                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1160                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1161             }
1162         }
1163         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1164             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1165             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1166                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1167             }
1168         }
1169         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1170             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1171             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1172                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1173             }
1174         }
1175         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1176             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1177             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1178                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1179             }
1180         }
1181         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1182             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1183         }
1184         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1185             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1186         }
1187         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1188             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1189         }
1190         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1191             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1192         }
1193         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1194             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1195         }
1196         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1197             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1198         }
1199         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1200             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1201         }
1202         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1203             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1204             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1205                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1206             }
1207             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1208                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1209             }
1210             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1211                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1212             }
1213             else {
1214                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1215                         + "] for [cladogram_type]" );
1216             }
1217         }
1218         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1219             ForesterUtil
1220                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1221                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1222         }
1223         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1224             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1225         }
1226         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1227             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1228         }
1229         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1230             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1231             setOvMaxWidth( i );
1232         }
1233         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1234             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1235             setOvMaxHeight( i );
1236         }
1237         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1238             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1239             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1240                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1241             }
1242             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1243                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1244             }
1245             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1246                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1247             }
1248             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1249                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1250             }
1251             else {
1252                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1253                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1254                         + "] for [overview_placement_type]" );
1255             }
1256         }
1257         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1258             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1259             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1260                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1261             }
1262             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1263                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1264             }
1265             else {
1266                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1267                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1268                         + "] for [node_label_direction]" );
1269             }
1270         }
1271         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1272             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1273             if ( i >= 0 ) {
1274                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1275             }
1276             else {
1277                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1278                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1279             }
1280         }
1281         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1282             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1283             if ( i >= 0 ) {
1284                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1285             }
1286             else {
1287                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1288                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1289             }
1290         }
1291         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1292             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1293         }
1294         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1295             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1296         }
1297         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1298             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1299             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1300                 ForesterUtil
1301                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1302                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1303             }
1304             else {
1305                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1306             }
1307         }
1308         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1309             final String s = ( String ) st.nextElement();
1310             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1311                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1312             }
1313             else if ( s.equalsIgnoreCase( "yes" ) ) {
1314                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1315             }
1316             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam" ) ) {
1317                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1318             }
1319             else {
1320                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1321                                                   "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": " + s );
1322             }
1323             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1324                 ForesterUtil
1325                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1326                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1327             }
1328         }
1329         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1330             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1331         }
1332         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1333             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1334         }
1335         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1336             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1337         }
1338         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1339             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1340         }
1341         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1342             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1343         }
1344         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1345             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1346         }
1347         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1348             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1349         }
1350         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1351             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1352         }
1353         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1354             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1355         }
1356         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1357             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1358         }
1359         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1360             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1361         }
1362         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1363             ForesterUtil
1364                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1365                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1366             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1367             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1368             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1369         }
1370         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1371             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1372         }
1373         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1374             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1375         }
1376         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1377             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1378             setDefaultNodeShapeSize( i );
1379         }
1380         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1381             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1382             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1383                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1384             }
1385             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1386                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1387             }
1388             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1389                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1390             }
1391             else {
1392                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1393                         + "] for [default_node_fill]" );
1394             }
1395         }
1396         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1397             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1398             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1399                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1400             }
1401             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1402                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1403             }
1404             else {
1405                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1406                         + "] for [default_node_shape]" );
1407             }
1408         }
1409         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1410             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1411         }
1412         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1413             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1414             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1415                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1416             }
1417             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1418                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1419             }
1420             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1421                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1422             }
1423             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1424                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1425             }
1426             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1427                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1428             }
1429             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1430                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1431             }
1432             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1433                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1434             }
1435             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1436                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1437             }
1438             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1439                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1440             }
1441             else {
1442                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1443                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1444             }
1445         }
1446         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1447             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1448             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1449                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1450                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1451             }
1452             else {
1453                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1454             }
1455         }
1456         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1457             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1458             if ( s.equals( "console" ) ) {
1459                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1460             }
1461             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1462                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1463             }
1464             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1465                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1466             }
1467             else {
1468                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1469                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1470             }
1471         }
1472         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1473             // yet retrieved!
1474             int key_index = -1;
1475             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1476                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1477                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1478                     ForesterUtil
1479                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1480                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1481                 }
1482             }
1483             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1484                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1485             }
1486             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1487                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1488             }
1489             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1490                 key_index = Configuration.show_node_names;
1491             }
1492             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1493                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1494                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1495                     ForesterUtil
1496                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1497                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1498                 }
1499             }
1500             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1501                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1502                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1503                 key_index = DEPRECATED;
1504             }
1505             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1506                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1507                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1508                     ForesterUtil
1509                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1510                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1511                 }
1512             }
1513             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1514                 key_index = Configuration.write_events;
1515                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1516                     ForesterUtil
1517                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1518                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1519                 }
1520             }
1521             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1522                 key_index = Configuration.color_branches;
1523             }
1524             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1525                 key_index = Configuration.width_branches;
1526             }
1527             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1528                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1529                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1530             }
1531             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1532                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1533                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1534             }
1535             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1536                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1537                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1538             }
1539             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1540                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1541                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1542                 key_index = DEPRECATED;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.show_annotation;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1561             }
1562             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1563                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1564             }
1565             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1566                 ForesterUtil
1567                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1568                 key_index = DEPRECATED;
1569             }
1570             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1571                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1572             }
1573             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1574                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1575             }
1576             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1577                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1578                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1579                 key_index = DEPRECATED;
1580             }
1581             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1582                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1583             }
1584             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1585                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1586             }
1587             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1588                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1589             }
1590             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1591                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1592             }
1593             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1594                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1595             }
1596             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1597                 key_index = Configuration.show_properties;
1598             }
1599             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1600                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1601             }
1602             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1603                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1604             }
1605             // If we've found the key, set the values
1606             if ( key_index >= 0 ) {
1607                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1608                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1609                 // otherwise, keep looking
1610             }
1611             else {
1612                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1613                     // Deprecated.
1614                 }
1615                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1616                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1617                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1618                     if ( key_index >= 0 ) {
1619                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1620                     }
1621                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1622                         // Deprecated.
1623                     }
1624                     else {
1625                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1626                                 + click_to_name );
1627                     }
1628                 }
1629                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1630                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1631                 }
1632                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1633                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1634                 }
1635                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1636                     getAnnotationColors()
1637                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1638                 }
1639                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1640                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1641                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1642                 }
1643                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1644                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1645                 }
1646                 else {
1647                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1648                             + "] in: " + config_filename );
1649                 }
1650             }
1651         }
1652         else {
1653             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1654                     + config_filename );
1655         }
1656     }
1657
1658     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1659         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1660     }
1661
1662     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1663         _ov_max_height = ov_max_height;
1664     }
1665
1666     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1667         _ov_max_width = ov_max_width;
1668     }
1669
1670     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1671         _ov_placement = ov_placement;
1672     }
1673
1674     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1675         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1676     }
1677
1678     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1679         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1680     }
1681
1682     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1683         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1684     }
1685
1686     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1687         _show_overview = show_overview;
1688     }
1689
1690     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1691         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1692     }
1693
1694     static String getDefaultFontFamilyName() {
1695         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1696     }
1697
1698     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1699         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
1700     }
1701
1702     public enum UI {
1703         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1704     }
1705
1706     static enum TRIPLET {
1707         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1708     }
1709 }