forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  54 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  55 import org.forester.util.ForesterUtil;
  56
  57 public final class Configuration {
  58
  59     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  60     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  61     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  62     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  63     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  64     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  65     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  66     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  67     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  68     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  69     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  70     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  71     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  72     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  73     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
  74     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
  75     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  76     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  77     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  78     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  79     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  80     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  81     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  82     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  83     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  84     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  85     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  86     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  87     private boolean                         _editable                                              = true;
  88     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  89     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY;
  90     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  91     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  92     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  93     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  94     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  95     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  96     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  97     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
  98     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
  99     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
 100     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
 101     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 102     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 103     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 104     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 105     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 106     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 107     private File                            _path_to_local_clustalo                                = null;
 108     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 109     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 110     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 111     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 112     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 113     final static int                        write_events                                           = 5;
 114     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 115     final static int                        color_branches                                         = 7;
 116     final static int                        width_branches                                         = 8;
 117     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 118     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 119     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 120     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 121     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 122     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 123     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 124     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 125     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 126     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 127     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 128     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 129     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 130     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 131     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 132     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 133     final static int                        show_properties                                        = 25;
 134     // ------------------
 135     // Click-to options
 136     // ------------------
 137     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 138     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 139     final static int                        reroot                                                 = 2;
 140     final static int                        subtree                                                = 3;
 141     final static int                        swap                                                   = 4;
 142     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 143     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 144     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 145     final static int                        blast                                                  = 8;
 146     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 147     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 148     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 149     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 150     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 151     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 152     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 153     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 154     final static int                        select_nodes                                           = 17;
 155     // ---------------------------
 156     // Display options for trees
 157     // ---------------------------
 158     // ---------------------------------
 159     // Pertaining to the config itself
 160     // ---------------------------------
 161     // Full path to config (may be URL)
 162     String                                  config_filename;
 163     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 164     final static String                     display_options[][]                                    = {
 165             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 166             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 167             { "Node Events", "display", "?" }, { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" },
 168             { "Colorize Branches", "display", "no" }, { "Use Branch-Widths", "display", "no" },
 169             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Domains", "nodisplay", "no" },
 170             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 171             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Acc", "display", "no" },
 172             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 173             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 174             { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 175             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 176             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 177             { "Properties", "nodisplay", "no" }                                                   };
 178     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 179             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 180             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 181             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 182             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 183             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 184             { "Sort Descendants", "display" }, { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" } };
 185     // This option is selected in the dropdown
 186     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 187     // --------------
 188     // Color set
 189     // --------------
 190     TreeColorSet                            tree_color_set;
 191     // -------
 192     // Fonts
 193     // -------
 194     TreeFontSet                             tree_font_set;
 195     // ----------------
 196     // Species colors
 197     // ----------------
 198     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 199     // ----------------
 200     // Domain colors
 201     // ----------------
 202     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 203     // ----------------
 204     // Function colors
 205     // ----------------
 206     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 207     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 208     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 209     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 219     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 220     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 221     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 222     private int                             _frame_x_size;
 223     private int                             _frame_y_size;
 224     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 225     static {
 226         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 227             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 228                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 229                 break;
 230             }
 231         }
 232         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 233             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 234         }
 235     }
 236
 237     public Configuration() {
 238         this( null, false, false, false );
 239     }
 240
 241     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 242         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 243             config_filename = default_config_filename;
 244         }
 245         else {
 246             config_filename = cf;
 247         }
 248         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 249         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 250         config_filename = config_filename.trim();
 251         URL u = null;
 252         if ( is_url ) {
 253             // If URL, open accordingly
 254             try {
 255                 u = new URL( config_filename );
 256                 try {
 257                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 258                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 259                     readConfig( bf );
 260                     bf.close();
 261                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 262                             + config_filename + "]" );
 263                 }
 264                 catch ( final Exception e ) {
 265                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 266                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 267                 }
 268             }
 269             catch ( final Exception e ) {
 270                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 271                         + config_filename + "]" );
 272             }
 273         }
 274         else {
 275             // Otherwise, open as a file
 276             File f = new File( config_filename );
 277             if ( !f.exists() ) {
 278                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 279             }
 280             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 281                 try {
 282                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 283                     readConfig( bf );
 284                     bf.close();
 285                 }
 286                 catch ( final Exception e ) {
 287                     if ( verbose ) {
 288                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 289                                 + config_filename + "]: " + e );
 290                     }
 291                 }
 292             }
 293             else {
 294                 if ( verbose ) {
 295                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 296                             + config_filename + "]" );
 297                 }
 298             }
 299         }
 300     }
 301
 302     public String getBaseFontFamilyName() {
 303         return _base_font_family_name;
 304     }
 305
 306     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 307         return _default_bootstrap_samples;
 308     }
 309
 310     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 311         return _default_node_fill;
 312     }
 313
 314     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 315         return _default_node_shape;
 316     }
 317
 318     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 319         return _default_node_shape_size;
 320     }
 321
 322     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 323         return _domain_structure_base_color;
 324     }
 325
 326     public Color getDomainStructureFontColor() {
 327         return _domain_structure_font_color;
 328     }
 329
 330     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 331         return _ext_desc_data_to_return;
 332     }
 333
 334     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 335         return _ext_node_data_return_on;
 336     }
 337
 338     public int getFrameXSize() {
 339         return _frame_x_size;
 340     }
 341
 342     public int getFrameYSize() {
 343         return _frame_y_size;
 344     }
 345
 346     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 347         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 348     }
 349
 350     public File getPathToLocalClustalOmega() {
 351         return _path_to_local_clustalo;
 352     }
 353
 354     public File getPathToLocalFastme() {
 355         return _path_to_local_fastme;
 356     }
 357
 358     public File getpathToLocalMafft() {
 359         return _path_to_local_mafft;
 360     }
 361
 362     public File getPathToLocalRaxml() {
 363         return _path_to_local_raxml;
 364     }
 365
 366     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 367         return _abbreviate_scientific_names;
 368     }
 369
 370     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 371         return _background_color_gradient;
 372     }
 373
 374     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 375         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 376     }
 377
 378     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 379         return _show_default_node_shapes_external;
 380     }
 381
 382     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 383         return _show_default_node_shapes_internal;
 384     }
 385
 386     public boolean isShowDomainLabels() {
 387         return _show_domain_labels;
 388     }
 389
 390     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 391         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 392     }
 393
 394     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 395         getDisplayColors().put( key, color );
 396     }
 397
 398     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 399         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 400     }
 401
 402     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 403         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 404     }
 405
 406     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 407         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 408     }
 409
 410     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 411         _base_font_size = base_font_size;
 412     }
 413
 414     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
 415         _max_base_font_size = max_base_font_size;
 416     }
 417
 418     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
 419         _min_base_font_size = min_base_font_size;
 420     }
 421
 422     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 423         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 424     }
 425
 426     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 427         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 428     }
 429
 430     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 431         _default_node_fill = default_node_fill;
 432     }
 433
 434     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 435         _default_node_shape = default_node_shape;
 436     }
 437
 438     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 439         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 440     }
 441
 442     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 443         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 444     }
 445
 446     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 447         _display_colors = display_colors;
 448     }
 449
 450     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 451         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 452     }
 453
 454     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 455         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 456     }
 457
 458     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 459         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 460     }
 461
 462     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 463         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 464     }
 465
 466     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 467         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 468     }
 469
 470     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 471         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 472     }
 473
 474     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 475         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 476     }
 477
 478     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 479         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 480     }
 481
 482     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 483         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 484     }
 485
 486     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 487         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 488     }
 489
 490     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 491         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 492     }
 493
 494     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 495         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 496     }
 497
 498     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 499         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 500     }
 501
 502     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 503         _frame_x_size = frame_x_size;
 504     }
 505
 506     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 507         _frame_y_size = frame_y_size;
 508     }
 509
 510     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 511         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 512     }
 513
 514     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 515         _node_label_direction = node_label_direction;
 516     }
 517
 518     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 519         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 520     }
 521
 522     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 523         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 524     }
 525
 526     public void setPathToLocalClustalOmega( final File path_to_local_clustalo ) {
 527         _path_to_local_clustalo = path_to_local_clustalo;
 528     }
 529
 530     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 531         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 532     }
 533
 534     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 535         _print_line_width = print_line_width;
 536     }
 537
 538     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 539         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 540     }
 541
 542     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 543         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 544     }
 545
 546     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 547         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 548     }
 549
 550     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 551         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 552     }
 553
 554     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 555         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 556     }
 557
 558     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 559         _show_scale = show_scale;
 560     }
 561
 562     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 563         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 564     }
 565
 566     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 567         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 568     }
 569
 570     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 571         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 572     }
 573
 574     boolean displaySequenceRelations() {
 575         return _display_sequence_relations;
 576     }
 577
 578     boolean doCheckOption( final int which ) {
 579         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 580                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 581     }
 582
 583     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 584         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 585     }
 586
 587     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 588         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 589     }
 590
 591     /**
 592      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 593      * this or not (e.g. phylogram)
 594      *
 595      */
 596     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 597         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 598     }
 599
 600     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 601         if ( _annotation_colors == null ) {
 602             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 603         }
 604         return _annotation_colors;
 605     }
 606
 607     int getBaseFontSize() {
 608         return _base_font_size;
 609     }
 610
 611     int getMinBaseFontSize() {
 612         return _min_base_font_size;
 613     }
 614
 615     int getMaxBaseFontSize() {
 616         return _max_base_font_size;
 617     }
 618
 619     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 620         return _cladogram_type;
 621     }
 622
 623     int getClickToOptionsCount() {
 624         return clickto_options.length;
 625     }
 626
 627     String getClickToTitle( final int which ) {
 628         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 629     }
 630
 631     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 632         return default_clickto;
 633     }
 634
 635     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 636         return _display_colors;
 637     }
 638
 639     String getDisplayTitle( final int which ) {
 640         return display_options[ which ][ 0 ];
 641     }
 642
 643     Map<String, Color> getDomainColors() {
 644         if ( _domain_colors == null ) {
 645             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 646         }
 647         return _domain_colors;
 648     }
 649
 650     int getGraphicsExportX() {
 651         return _graphics_export_x;
 652     }
 653
 654     int getGraphicsExportY() {
 655         return _graphics_export_y;
 656     }
 657
 658     Color getGuiBackgroundColor() {
 659         return _gui_background_color;
 660     }
 661
 662     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 663         return _gui_button_background_color;
 664     }
 665
 666     Color getGuiButtonBorderColor() {
 667         return _gui_button_border_color;
 668     }
 669
 670     Color getGuiButtonTextColor() {
 671         return _gui_button_text_color;
 672     }
 673
 674     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 675         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 676     }
 677
 678     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 679         return _gui_checkbox_text_color;
 680     }
 681
 682     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 683         return _gui_menu_background_color;
 684     }
 685
 686     Color getGuiMenuTextColor() {
 687         return _gui_menu_text_color;
 688     }
 689
 690     double getMinConfidenceValue() {
 691         return _min_confidence_value;
 692     }
 693
 694     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 695         return _node_label_direction;
 696     }
 697
 698     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 699         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 700     }
 701
 702     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 703         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 704     }
 705
 706     short getOvMaxHeight() {
 707         return _ov_max_height;
 708     }
 709
 710     short getOvMaxWidth() {
 711         return _ov_max_width;
 712     }
 713
 714     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 715         return _ov_placement;
 716     }
 717
 718     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 719         return _phylogeny_graphics_type;
 720     }
 721
 722     float getPrintLineWidth() {
 723         return _print_line_width;
 724     }
 725
 726     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 727         if ( _species_colors == null ) {
 728             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 729         }
 730         return _species_colors;
 731     }
 732
 733     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 734         return _taxonomy_extraction;
 735     }
 736
 737     WebLink getWebLink( final String source ) {
 738         return getWebLinks().get( source );
 739     }
 740
 741     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 742         return _weblinks;
 743     }
 744
 745     boolean isAntialiasScreen() {
 746         return _antialias_screen;
 747     }
 748
 749     /**
 750      * Convenience method.
 751      *
 752      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 753      */
 754     boolean isDrawAsPhylogram() {
 755         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 756     }
 757
 758     boolean isEditable() {
 759         return _editable;
 760     }
 761
 762     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 763         return getWebLinks().containsKey( source );
 764     }
 765
 766     /**
 767      * Only used by ArchaeoptryxE.
 768      *
 769      */
 770     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 771         return _hide_controls_and_menus;
 772     }
 773
 774     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 775         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 776     }
 777
 778     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 779         return _nh_parsing_replace_underscores;
 780     }
 781
 782     boolean isShowBranchLengthValues() {
 783         return _show_branch_length_values;
 784     }
 785
 786     boolean isShowOverview() {
 787         return _show_overview;
 788     }
 789
 790     boolean isShowScale() {
 791         return _show_scale;
 792     }
 793
 794     final boolean isUseNativeUI() {
 795         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() && AptxUtil.isJava15() ) {
 796             _ui = UI.NATIVE;
 797         }
 798         return _ui == UI.NATIVE;
 799     }
 800
 801     /**
 802      * Only used by ArchaeoptryxE.
 803      *
 804      */
 805     boolean isUseTabbedDisplay() {
 806         return _use_tabbed_display;
 807     }
 808
 809     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 810         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 811     }
 812
 813     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 814         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 815     }
 816
 817     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
 818         _weblinks = weblinks;
 819     }
 820
 821     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 822         WebLink weblink = null;
 823         boolean ex = false;
 824         try {
 825             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 826         }
 827         catch ( final MalformedURLException e ) {
 828             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 829             ex = true;
 830         }
 831         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 832             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 833         }
 834     }
 835
 836     private int getClickToIndex( final String name ) {
 837         int index = -1;
 838         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 839             index = Configuration.display_node_data;
 840             ForesterUtil
 841                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 842                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 843         }
 844         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 845             index = Configuration.display_node_data;
 846         }
 847         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 848             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 849         }
 850         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 851             index = Configuration.reroot;
 852         }
 853         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 854             index = Configuration.subtree;
 855         }
 856         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 857             index = Configuration.swap;
 858         }
 859         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 860             index = Configuration.sort_descendents;
 861         }
 862         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 863             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 864         }
 865         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 866             ForesterUtil
 867                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 868             return DEPRECATED;
 869         }
 870         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 871             index = Configuration.open_seq_web;
 872         }
 873         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 874             index = Configuration.open_tax_web;
 875         }
 876         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 877             index = Configuration.blast;
 878         }
 879         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 880             index = Configuration.cut_subtree;
 881         }
 882         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 883             index = Configuration.copy_subtree;
 884         }
 885         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 886             index = Configuration.paste_subtree;
 887         }
 888         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 889             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 890         }
 891         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 892             index = Configuration.add_new_node;
 893         }
 894         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 895             index = Configuration.edit_node_data;
 896         }
 897         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 898             index = Configuration.select_nodes;
 899         }
 900         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 901             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 902                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 903             return DEPRECATED;
 904         }
 905         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 906             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 907             return DEPRECATED;
 908         }
 909         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 910             index = Configuration.color_subtree;
 911         }
 912         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 913             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 914             return DEPRECATED;
 915         }
 916         return index;
 917     }
 918
 919     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 920         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 921         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 922             return true;
 923         }
 924         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 925             return false;
 926         }
 927         else {
 928             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 929             return false;
 930         }
 931     }
 932
 933     private double parseDouble( final String str ) {
 934         double d = 0.0;
 935         try {
 936             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 937         }
 938         catch ( final Exception e ) {
 939             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 940             d = 0.0;
 941         }
 942         return d;
 943     }
 944
 945     private float parseFloat( final String str ) {
 946         float f = 0.0f;
 947         try {
 948             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 949         }
 950         catch ( final Exception e ) {
 951             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 952             f = 0.0f;
 953         }
 954         return f;
 955     }
 956
 957     private int parseInt( final String str ) {
 958         int i = -1;
 959         try {
 960             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 961         }
 962         catch ( final Exception e ) {
 963             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 964             i = -1;
 965         }
 966         return i;
 967     }
 968
 969     private short parseShort( final String str ) {
 970         short i = -1;
 971         try {
 972             i = Short.parseShort( str.trim() );
 973         }
 974         catch ( final Exception e ) {
 975             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 976             i = -1;
 977         }
 978         return i;
 979     }
 980
 981     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 982         setBaseFontFamilyName( "" );
 983         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 984         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 985         for( String font : fonts ) {
 986             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 987             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 988                 setBaseFontFamilyName( font );
 989                 break;
 990             }
 991         }
 992     }
 993
 994     /**
 995      * read each line of config file, process non-comment lines
 996      * @throws IOException
 997      */
 998     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 999         String line;
1000         do {
1001             line = conf_in.readLine();
1002             if ( line != null ) {
1003                 line = line.trim();
1004                 // skip comments and blank lines
1005                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
1006                     // convert runs of spaces to tabs
1007                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
1008                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
1009                     setKeyValue( st );
1010                 }
1011             }
1012         } while ( line != null );
1013     }
1014
1015     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
1016         _antialias_screen = antialias_screen;
1017     }
1018
1019     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
1020         _cladogram_type = cladogram_type;
1021     }
1022
1023     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
1024         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
1025     }
1026
1027     private void setEditable( final boolean editable ) {
1028         _editable = editable;
1029     }
1030
1031     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1032         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1033     }
1034
1035     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1036         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1037     }
1038
1039     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1040         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1041     }
1042
1043     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1044         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1045     }
1046
1047     /**
1048      * Set a key-value(s) tuple
1049      */
1050     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1051         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1052         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1053             return;
1054         }
1055         // Handle single value settings first:
1056         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1057             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1058             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1059             if ( default_clickto == -1 ) {
1060                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1061                         + "] for [default_click_to]" );
1062                 default_clickto = 0;
1063             }
1064             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1065                 // Deprecated.
1066             }
1067         }
1068         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1069             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1070             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1071                 _ui = UI.NATIVE;
1072             }
1073             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1074                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1075             }
1076             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1077                 _ui = UI.UNKNOWN;
1078             }
1079             else {
1080                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1081                         + "]" );
1082                 _ui = UI.UNKNOWN;
1083             }
1084         }
1085         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1086             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1087         }
1088         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1089             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1090         }
1091         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1092             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1093             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1094                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1095             }
1096             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1097                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1098             }
1099             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1100                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1101             }
1102             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1103                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1104             }
1105             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1106                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1107             }
1108             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1109                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1110             }
1111             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1112                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1113             }
1114             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1115                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1116             }
1117             else {
1118                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1119                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1120                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1121             }
1122         }
1123         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1124             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1125             final double d = parseDouble( mcv_str );
1126             setMinConfidenceValue( d );
1127         }
1128         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1129             processFontFamily( st );
1130         }
1131         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1132             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1133             final int i = parseInt( size_str );
1134             if ( i > 0 ) {
1135                 setBaseFontSize( i );
1136             }
1137         }
1138         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1139             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1140             final int i = parseInt( size_str );
1141             if ( i > 0 ) {
1142                 setMinBaseFontSize( i );
1143             }
1144         }
1145         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1146             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1147             final int i = parseInt( size_str );
1148             if ( i > 1 ) {
1149                 setMaxBaseFontSize( i );
1150             }
1151         }
1152         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1153             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1154             final int i = parseInt( str );
1155             if ( i > 0 ) {
1156                 setGraphicsExportX( i );
1157             }
1158         }
1159         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1160             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1161             final int i = parseInt( str );
1162             if ( i > 0 ) {
1163                 setGraphicsExportY( i );
1164             }
1165         }
1166         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1167             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1168             final float f = parseFloat( str );
1169             if ( f > 0 ) {
1170                 setPrintLineWidth( f );
1171             }
1172             else {
1173                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1174                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1175             }
1176         }
1177         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1178             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1179             final int i = parseInt( str );
1180             if ( i > 0 ) {
1181                 setFrameXSize( i );
1182             }
1183         }
1184         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1185             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1186             final int i = parseInt( str );
1187             if ( i > 0 ) {
1188                 setFrameYSize( i );
1189             }
1190         }
1191         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1192             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1193             final int i = parseInt( str );
1194             if ( i >= 0 ) {
1195                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1196             }
1197             else {
1198                 ForesterUtil
1199                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1200                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1201             }
1202         }
1203         else if ( key.equals( "clustalo_local" ) ) {
1204             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1205             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1206                 setPathToLocalClustalOmega( new File( str ) );
1207             }
1208         }
1209         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1210             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1211             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1212                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1213             }
1214         }
1215         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1216             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1217             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1218                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1219             }
1220         }
1221         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1222             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1223             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1224                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1225             }
1226         }
1227         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1228             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1229         }
1230         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1231             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1232         }
1233         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1234             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1235         }
1236         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1237             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1238         }
1239         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1240             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1241         }
1242         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1243             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1244         }
1245         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1246             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1247         }
1248         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1249             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1250             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1251                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1252             }
1253             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1254                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1255             }
1256             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1257                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1258             }
1259             else {
1260                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1261                         + "] for [cladogram_type]" );
1262             }
1263         }
1264         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1265             ForesterUtil
1266                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1267                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1268         }
1269         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1270             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1271         }
1272         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1273             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1274         }
1275         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1276             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1277             setOvMaxWidth( i );
1278         }
1279         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1280             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1281             setOvMaxHeight( i );
1282         }
1283         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1284             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1285             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1286                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1287             }
1288             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1289                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1290             }
1291             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1292                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1293             }
1294             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1295                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1296             }
1297             else {
1298                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1299                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1300                         + "] for [overview_placement_type]" );
1301             }
1302         }
1303         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1304             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1305             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1306                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1307             }
1308             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1309                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1310             }
1311             else {
1312                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1313                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1314                         + "] for [node_label_direction]" );
1315             }
1316         }
1317         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1318             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1319             if ( i >= 0 ) {
1320                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1321             }
1322             else {
1323                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1324                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1325             }
1326         }
1327         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1328             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1329             if ( i >= 0 ) {
1330                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1331             }
1332             else {
1333                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1334                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1335             }
1336         }
1337         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1338             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1339         }
1340         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1341             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1342         }
1343         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1344             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1345             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1346                 ForesterUtil
1347                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1348                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1349             }
1350             else {
1351                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1352             }
1353         }
1354         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1355             final String s = ( String ) st.nextElement();
1356             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1357                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1358             }
1359             else if ( s.equalsIgnoreCase( "yes" ) ) {
1360                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
1361             }
1362             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam" ) ) {
1363                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
1364             }
1365             else {
1366                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1367                                                   "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": " + s );
1368             }
1369             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1370                 ForesterUtil
1371                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1372                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1373             }
1374         }
1375         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1376             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1377         }
1378         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1379             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1380         }
1381         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1382             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1383         }
1384         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1385             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1386         }
1387         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1388             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1389         }
1390         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1391             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1392         }
1393         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1394             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1395         }
1396         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1397             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1398         }
1399         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1400             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1401         }
1402         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1403             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1404         }
1405         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1406             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1407         }
1408         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1409             ForesterUtil
1410                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1411                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1412             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1413             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1414             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1415         }
1416         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1417             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1418         }
1419         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1420             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1421         }
1422         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1423             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1424             setDefaultNodeShapeSize( i );
1425         }
1426         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1427             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1428             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1429                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1430             }
1431             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1432                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1433             }
1434             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1435                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1436             }
1437             else {
1438                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1439                         + "] for [default_node_fill]" );
1440             }
1441         }
1442         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1443             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1444             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1445                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1446             }
1447             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1448                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1449             }
1450             else {
1451                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1452                         + "] for [default_node_shape]" );
1453             }
1454         }
1455         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1456             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1457         }
1458         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1459             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1460             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1461                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1462             }
1463             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1464                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1465             }
1466             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1467                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1468             }
1469             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1470                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1471             }
1472             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1473                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1474             }
1475             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1476                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1477             }
1478             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1479                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1480             }
1481             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1482                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1483             }
1484             else {
1485                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1486                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1487             }
1488         }
1489         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1490             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1491             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1492                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1493                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1494             }
1495             else {
1496                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1497             }
1498         }
1499         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1500             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1501             if ( s.equals( "console" ) ) {
1502                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1503             }
1504             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1505                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1506             }
1507             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1508                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1509             }
1510             else {
1511                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1512                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1513             }
1514         }
1515         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1516             // yet retrieved!
1517             int key_index = -1;
1518             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1519                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1520                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1521                     ForesterUtil
1522                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1523                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1524                 }
1525             }
1526             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1527                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1528             }
1529             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1530                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1531             }
1532             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1533                 key_index = Configuration.show_node_names;
1534             }
1535             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1537                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1538                     ForesterUtil
1539                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1540                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1541                 }
1542             }
1543             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1544                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1545                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1546                 key_index = DEPRECATED;
1547             }
1548             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1549                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1550                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1551                     ForesterUtil
1552                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1553                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1554                 }
1555             }
1556             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.write_events;
1558                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1559                     ForesterUtil
1560                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1561                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1562                 }
1563             }
1564             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1565                 key_index = Configuration.color_branches;
1566             }
1567             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1568                 key_index = Configuration.width_branches;
1569             }
1570             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1571                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1572                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1573             }
1574             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1575                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1576                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1577             }
1578             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1579                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1580                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1581             }
1582             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1583                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1584                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1585                 key_index = DEPRECATED;
1586             }
1587             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1588                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1589             }
1590             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1591                 key_index = Configuration.show_annotation;
1592             }
1593             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1594                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1595             }
1596             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1597                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1598             }
1599             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1600                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1601             }
1602             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1603                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1604             }
1605             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1606                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1607             }
1608             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1609                 ForesterUtil
1610                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1611                 key_index = DEPRECATED;
1612             }
1613             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1614                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1615             }
1616             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1617                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1618             }
1619             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1620                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1621                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1622                 key_index = DEPRECATED;
1623             }
1624             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1625                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1626             }
1627             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1628                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1629             }
1630             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1631                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1632             }
1633             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1634                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1635             }
1636             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1637                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1638             }
1639             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1640                 key_index = Configuration.show_properties;
1641             }
1642             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1643                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1644             }
1645             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1646                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1647             }
1648             // If we've found the key, set the values
1649             if ( key_index >= 0 ) {
1650                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1651                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1652                 // otherwise, keep looking
1653             }
1654             else {
1655                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1656                     // Deprecated.
1657                 }
1658                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1659                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1660                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1661                     if ( key_index >= 0 ) {
1662                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1663                     }
1664                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1665                         // Deprecated.
1666                     }
1667                     else {
1668                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1669                                 + click_to_name );
1670                     }
1671                 }
1672                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1673                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1674                 }
1675                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1676                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1677                 }
1678                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1679                     getAnnotationColors()
1680                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1681                 }
1682                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1683                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1684                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1685                 }
1686                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1687                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1688                 }
1689                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1690                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1691                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1692                                        ( String ) st.nextElement(),
1693                                        ( String ) st.nextElement() );
1694                     }
1695                     else {
1696                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1697                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1698                     }
1699                 }
1700                 else {
1701                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1702                             + "] in: " + config_filename );
1703                 }
1704             }
1705         }
1706         else {
1707             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1708                     + config_filename );
1709         }
1710     }
1711
1712     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1713         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1714     }
1715
1716     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1717         _ov_max_height = ov_max_height;
1718     }
1719
1720     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1721         _ov_max_width = ov_max_width;
1722     }
1723
1724     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1725         _ov_placement = ov_placement;
1726     }
1727
1728     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1729         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1730     }
1731
1732     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1733         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1734     }
1735
1736     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1737         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1738     }
1739
1740     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1741         _show_overview = show_overview;
1742     }
1743
1744     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1745         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1746     }
1747
1748     static String getDefaultFontFamilyName() {
1749         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1750     }
1751
1752     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1753         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
1754     }
1755
1756     public enum UI {
1757         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1758     }
1759
1760     static enum TRIPLET {
1761         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1762     }
1763 }