forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  59         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
  60     }
  61
  62     static enum TRIPLET {
  63         FALSE, TRUE, UNKNOWN
  64     }
  65
  66     public enum UI {
  67         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
  68     }
  69     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  70             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  71             { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  72             { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  73             { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  74             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  75             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  76             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  77             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  78     private final static String             DEFAULT_SPECIES_COLORS[][]                             = {
  79             { "BRAFL", "0x00FFFF" }, { "SPHGR", "0x9620F0" }, { "STRPU", "0x9620F0" }, { "CIOIN", "0xFF1CAE" },
  80             { "CIOSA", "0xFF2CAE" }, { "BOVIN", "0x5C3317" }, { "CANFA", "0x8B2323" }, { "HUMAN", "0xFF2400" },
  81             { "PANTR", "0xCC2400" }, { "MOUSE", "0xFF7F00" }, { "RAT", "0xFFEF00" }, { "MONDO", "0xEE9A49" },
  82             { "ORNAN", "0xCD853F" }, { "XENLA", "0x6BAA23" }, { "XENTR", "0x6BAA23" }, { "CHICK", "0xFFC125" },
  83             { "FUGRU", "0x0000FF" }, { "BRARE", "0x0000DD" }, { "DANRE", "0x0000BB" }, { "TETNG", "0x0000AA" },
  84             { "ORYLA", "0x000088" }, { "GASAC", "0x000066" }, { "CAEEL", "0x666699" }, { "CAEBR", "0xB0B0B0" },
  85             { "DROME", "0x663366" }, { "DROPS", "0x996699" }, { "APIME", "0x7A7700" }, { "AEDAE", "0x8C5900" },
  86             { "TRICA", "0x918E00" }, { "NEMVE", "0x0066CC" }, { "HYDVU", "0x3399FF" }, { "LUBBA", "0xF7B5CB" },
  87             { "GEOCY", "0xF5A0BD" }, { "AMPQE", "0x009966" }, { "SUBDO", "0xC790B9" }, { "MONBE", "0xFC0FC0" },
  88             { "DICPU", "0xFFCC33" }, { "DICDI", "0xFFCC00" }, { "ENTHI", "0x5959AB" }, { "ARATH", "0x00FF00" },
  89             { "POPTR", "0x006400" }, { "VITVI", "0x00CD00" }, { "GLYMA", "0x00FF7F" }, { "ORYSA", "0x008B00" },
  90             { "ORYSJ", "0x008C00" }, { "SORBI", "0x00EE76" }, { "SELMO", "0x238E23" }, { "PHYPA", "0x09F911" },
  91             { "OSTLU", "0x7FFF00" }, { "OSTTA", "0x7FFF00" }, { "OSTRC", "0x7FFF00" }, { "MICPU", "0x66CD00" },
  92             { "MIC99", "0x66CD00" }, { "CHLRE", "0xB3EE3A" }, { "VOLCA", "0xC0FF3E" }, { "CHLSP", "0x6B8E23" },
  93             { "CYAME", "0xD02090" }, { "YEAST", "0xAAAAAA" }, { "BACFR", "0xFF0000" }, { "BACTN", "0xFFFF00" },
  94             { "MYXXD", "0x0000FF" }, { "STIAU", "0x00FFFF" }, { "BACOV", "0x8C5900" }, { "BACUN", "0x66CD00" },
  95             { "PORGI", "0x918E00" }                                                               };
  96     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  97     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  98     final static int                        reroot                                                 = 2;
  99     final static int                        subtree                                                = 3;
 100     final static int                        swap                                                   = 4;
 101     final static int                        color_node_font                                        = 5;
 102     final static int                        change_node_font                                       = 6;
 103     final static int                        color_subtree                                          = 7;
 104     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
 105     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
 106     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
 107     final static int                        blast                                                  = 11;
 108     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
 109     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
 110     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
 111     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
 112     final static int                        add_new_node                                           = 16;
 113     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
 114     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
 115     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
 116     final static int                        select_nodes                                           = 20;
 117     // ------------------
 118     // Click-to options
 119     // ------------------
 120     final static String                     display_options[][]                                    = {
 121             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 122             { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 123             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
 124             { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
 125             { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
 126             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 127             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
 128             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 129             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 130             { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 131             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 132             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 133             { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" },
 134             { "Multiple Seq Alignment", "display", "no" }, { "Branch Length Values", "display", "no" } };
 135     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 136     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 137     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 138     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 139     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 140     final static int                        write_events                                           = 5;
 141     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 142     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 143     final static int                        use_style                                              = 8;
 144     final static int                        width_branches                                         = 9;
 145     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 146     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 147     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 148     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 149     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 150     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 151     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 152     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 153     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 154     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 155     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 156     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 157     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 158     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 159     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 160     final static int                        show_properties                                        = 25;
 161     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 162     final static int                        show_mol_seqs                                          = 27;
 163     final static int                        write_branch_length_values                             = 28;
 164     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 165     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 166     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 167     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 168     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 169     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 170     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 171     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 172     // ---------------------------
 173     // Display options for trees
 174     // ---------------------------
 175     // ---------------------------------
 176     // Pertaining to the config itself
 177     // ---------------------------------
 178     // Full path to config (may be URL)
 179     String                                  config_filename;
 180     // This option is selected in the dropdown
 181     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 182     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 183     // --------------
 184     // Color set
 185     // --------------
 186     TreeColorSet                            tree_color_set;
 187     // -------
 188     // Fonts
 189     // -------
 190     TreeFontSet                             tree_font_set;
 191     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 192     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 193     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 194     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 195     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 196     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 197     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 198     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 199     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 200     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 201     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 202     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 203     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 204     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 205     private boolean                         _editable                                              = true;
 206     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 207     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 208     private int                             _frame_x_size;
 209     private int                             _frame_y_size;
 210     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 211     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 212     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 219     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 220     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 221     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 222     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 223     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 224     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 225     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 226     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 227     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 228     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 229     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 230     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 231     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 232     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 233     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 234     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 235     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 236     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 237     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 238     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 239     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 240     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 241     private boolean                         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes             = false;
 242     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 243     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 244     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 245     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 246     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 247     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 248     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 249     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 250     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 251     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 252     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 253     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 254     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 255     private boolean                         _line_up_renderable_node_data                          = true;
 256     private boolean                         _right_align_domains                                   = false;
 257     static {
 258         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 259             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 260                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 261                 break;
 262             }
 263         }
 264         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 265             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 266         }
 267     }
 268
 269     static String getDefaultFontFamilyName() {
 270         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
 271     }
 272
 273     public Configuration() {
 274         this( null, false, false, false );
 275     }
 276
 277     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 278         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 279             config_filename = default_config_filename;
 280         }
 281         else {
 282             config_filename = cf;
 283         }
 284         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 285         config_filename = config_filename.trim();
 286         URL u = null;
 287         if ( is_url ) {
 288             // If URL, open accordingly
 289             try {
 290                 u = new URL( config_filename );
 291                 try {
 292                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 293                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 294                     readConfig( bf );
 295                     bf.close();
 296                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 297                             + config_filename + "]" );
 298                 }
 299                 catch ( final Exception e ) {
 300                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 301                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 302                 }
 303             }
 304             catch ( final Exception e ) {
 305                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 306                         + config_filename + "]" );
 307             }
 308         }
 309         else {
 310             // Otherwise, open as a file
 311             File f = new File( config_filename );
 312             if ( !f.exists() ) {
 313                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 314             }
 315             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 316                 try {
 317                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 318                     readConfig( bf );
 319                     bf.close();
 320                 }
 321                 catch ( final Exception e ) {
 322                     if ( verbose ) {
 323                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 324                                 + config_filename + "]: " + e );
 325                     }
 326                 }
 327             }
 328             else {
 329                 if ( verbose ) {
 330                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 331                             + config_filename + "]" );
 332                 }
 333             }
 334         }
 335     }
 336
 337     boolean displaySequenceRelations() {
 338         return _display_sequence_relations;
 339     }
 340
 341     boolean doCheckOption( final int which ) {
 342         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 343                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 344     }
 345
 346     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 347         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 348     }
 349
 350     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 351         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 352     }
 353
 354     /**
 355      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 356      * this or not (e.g. phylogram)
 357      *
 358      */
 359     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 360         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 361     }
 362
 363     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 364         if ( _annotation_colors == null ) {
 365             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 366         }
 367         return _annotation_colors;
 368     }
 369
 370     public String getBaseFontFamilyName() {
 371         return _base_font_family_name;
 372     }
 373
 374     int getBaseFontSize() {
 375         return _base_font_size;
 376     }
 377
 378     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 379         return _cladogram_type;
 380     }
 381
 382     private int getClickToIndex( final String name ) {
 383         int index = -1;
 384         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 385             index = Configuration.display_node_data;
 386             ForesterUtil
 387                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 388                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 389         }
 390         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 391             index = Configuration.display_node_data;
 392         }
 393         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 394             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 395         }
 396         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 397             index = Configuration.reroot;
 398         }
 399         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 400             index = Configuration.subtree;
 401         }
 402         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 403             index = Configuration.swap;
 404         }
 405         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 406             index = Configuration.sort_descendents;
 407         }
 408         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 409             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 410         }
 411         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 412             ForesterUtil
 413                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 414             return DEPRECATED;
 415         }
 416         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 417             index = Configuration.open_seq_web;
 418         }
 419         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 420             index = Configuration.open_pdb_web;
 421         }
 422         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 423             index = Configuration.open_tax_web;
 424         }
 425         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 426             index = Configuration.blast;
 427         }
 428         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 429             index = Configuration.cut_subtree;
 430         }
 431         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 432             index = Configuration.copy_subtree;
 433         }
 434         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 435             index = Configuration.paste_subtree;
 436         }
 437         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 438             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 439         }
 440         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 441             index = Configuration.add_new_node;
 442         }
 443         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 444             index = Configuration.edit_node_data;
 445         }
 446         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 447             index = Configuration.select_nodes;
 448         }
 449         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 450             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 451                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 452             return DEPRECATED;
 453         }
 454         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 455             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 456             return DEPRECATED;
 457         }
 458         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 459             index = Configuration.color_subtree;
 460         }
 461         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 462             index = Configuration.change_node_font;
 463         }
 464         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 465             index = Configuration.color_node_font;
 466         }
 467         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 468             index = Configuration.color_subtree;
 469         }
 470         return index;
 471     }
 472
 473     int getClickToOptionsCount() {
 474         return clickto_options.length;
 475     }
 476
 477     String getClickToTitle( final int which ) {
 478         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 479     }
 480
 481     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 482         return _default_bootstrap_samples;
 483     }
 484
 485     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 486         return default_clickto;
 487     }
 488
 489     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 490         return _default_node_fill;
 491     }
 492
 493     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 494         return _default_node_shape;
 495     }
 496
 497     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 498         return _default_node_shape_size;
 499     }
 500
 501     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 502         return _display_colors;
 503     }
 504
 505     String getDisplayTitle( final int which ) {
 506         return display_options[ which ][ 0 ];
 507     }
 508
 509     Map<String, Color> getDomainColors() {
 510         if ( _domain_colors == null ) {
 511             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 512         }
 513         return _domain_colors;
 514     }
 515
 516     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 517         return _ext_desc_data_to_return;
 518     }
 519
 520     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 521         return _ext_node_data_return_on;
 522     }
 523
 524     public int getFrameXSize() {
 525         return _frame_x_size;
 526     }
 527
 528     public int getFrameYSize() {
 529         return _frame_y_size;
 530     }
 531
 532     int getGraphicsExportX() {
 533         return _graphics_export_x;
 534     }
 535
 536     int getGraphicsExportY() {
 537         return _graphics_export_y;
 538     }
 539
 540     Color getGuiBackgroundColor() {
 541         return _gui_background_color;
 542     }
 543
 544     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 545         return _gui_button_background_color;
 546     }
 547
 548     Color getGuiButtonBorderColor() {
 549         return _gui_button_border_color;
 550     }
 551
 552     Color getGuiButtonTextColor() {
 553         return _gui_button_text_color;
 554     }
 555
 556     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 557         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 558     }
 559
 560     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 561         return _gui_checkbox_text_color;
 562     }
 563
 564     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 565         return _gui_menu_background_color;
 566     }
 567
 568     Color getGuiMenuTextColor() {
 569         return _gui_menu_text_color;
 570     }
 571
 572     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 573         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 574     }
 575
 576     int getMaxBaseFontSize() {
 577         return _max_base_font_size;
 578     }
 579
 580     int getMinBaseFontSize() {
 581         return _min_base_font_size;
 582     }
 583
 584     double getMinConfidenceValue() {
 585         return _min_confidence_value;
 586     }
 587
 588     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 589         return _node_label_direction;
 590     }
 591
 592     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 593         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 594     }
 595
 596     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 597         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 598     }
 599
 600     short getOvMaxHeight() {
 601         return _ov_max_height;
 602     }
 603
 604     short getOvMaxWidth() {
 605         return _ov_max_width;
 606     }
 607
 608     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 609         return _ov_placement;
 610     }
 611
 612     public File getPathToLocalFastme() {
 613         return _path_to_local_fastme;
 614     }
 615
 616     public File getPathToLocalMafft() {
 617         return _path_to_local_mafft;
 618     }
 619
 620     public File getPathToLocalRaxml() {
 621         return _path_to_local_raxml;
 622     }
 623
 624     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 625         return _phylogeny_graphics_type;
 626     }
 627
 628     float getPrintLineWidth() {
 629         return _print_line_width;
 630     }
 631
 632     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
 633         if ( _sequence_colors == null ) {
 634             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
 635         }
 636         return _sequence_colors;
 637     }
 638
 639     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 640         if ( _species_colors == null ) {
 641             initSpeciesColors();
 642         }
 643         return _species_colors;
 644     }
 645
 646     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 647         return _taxonomy_extraction;
 648     }
 649
 650     public double getVectorDataHeight() {
 651         return _vector_data_height;
 652     }
 653
 654     public Color getVectorDataMaxColor() {
 655         return _vector_data_max_color;
 656     }
 657
 658     public Color getVectorDataMeanColor() {
 659         return _vector_data_mean_color;
 660     }
 661
 662     public Color getVectorDataMinColor() {
 663         return _vector_data_min_color;
 664     }
 665
 666     public int getVectorDataWidth() {
 667         return _vector_data_width;
 668     }
 669
 670     private final void initSpeciesColors() {
 671         _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 672         for( final String[] s : DEFAULT_SPECIES_COLORS ) {
 673             _species_colors.put( s[ 0 ], Color.decode( s[ 1 ] ) );
 674         }
 675     }
 676
 677     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 678         return _abbreviate_scientific_names;
 679     }
 680
 681     boolean isAntialiasScreen() {
 682         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 683             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 684             return false;
 685         }
 686         return _antialias_screen;
 687     }
 688
 689     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 690         return _background_color_gradient;
 691     }
 692
 693     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 694         return false;
 695     }
 696
 697     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 698         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 699     }
 700
 701     /**
 702      * Convenience method.
 703      *
 704      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 705      */
 706     boolean isDrawAsPhylogram() {
 707         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 708     }
 709
 710     boolean isEditable() {
 711         return _editable;
 712     }
 713
 714     /**
 715      * Only used by ArchaeoptryxE.
 716      *
 717      */
 718     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 719         return _hide_controls_and_menus;
 720     }
 721
 722     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 723         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 724     }
 725
 726     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 727         return _line_up_renderable_node_data;
 728     }
 729
 730     public boolean isMidpointReroot() {
 731         return _midpoint_root;
 732     }
 733
 734     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 735         return _nh_parsing_replace_underscores;
 736     }
 737
 738     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 739         return _right_align_domains;
 740     }
 741
 742     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 743         return _show_annotation_ref_source;
 744     }
 745
 746     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 747         return _show_default_node_shapes_external;
 748     }
 749
 750     public boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 751         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 752     }
 753
 754     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 755         return _show_default_node_shapes_internal;
 756     }
 757
 758     public boolean isShowDomainLabels() {
 759         return _show_domain_labels;
 760     }
 761
 762     boolean isShowOverview() {
 763         return _show_overview;
 764     }
 765
 766     boolean isShowScale() {
 767         return _show_scale;
 768     }
 769
 770     final boolean isUseNativeUI() {
 771         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 772             _ui = UI.NATIVE;
 773         }
 774         return _ui == UI.NATIVE;
 775     }
 776
 777     /**
 778      * Only used by ArchaeoptryxE.
 779      *
 780      */
 781     boolean isUseTabbedDisplay() {
 782         return _use_tabbed_display;
 783     }
 784
 785     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 786         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 787     }
 788
 789     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 790         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 791         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 792             return true;
 793         }
 794         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 795             return false;
 796         }
 797         else {
 798             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 799             return false;
 800         }
 801     }
 802
 803     private double parseDouble( final String str ) {
 804         double d = 0.0;
 805         try {
 806             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 807         }
 808         catch ( final Exception e ) {
 809             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 810             d = 0.0;
 811         }
 812         return d;
 813     }
 814
 815     private float parseFloat( final String str ) {
 816         float f = 0.0f;
 817         try {
 818             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 819         }
 820         catch ( final Exception e ) {
 821             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 822             f = 0.0f;
 823         }
 824         return f;
 825     }
 826
 827     private int parseInt( final String str ) {
 828         int i = -1;
 829         try {
 830             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 831         }
 832         catch ( final Exception e ) {
 833             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 834             i = -1;
 835         }
 836         return i;
 837     }
 838
 839     private short parseShort( final String str ) {
 840         short i = -1;
 841         try {
 842             i = Short.parseShort( str.trim() );
 843         }
 844         catch ( final Exception e ) {
 845             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 846             i = -1;
 847         }
 848         return i;
 849     }
 850
 851     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 852         setBaseFontFamilyName( "" );
 853         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 854         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 855         for( String font : fonts ) {
 856             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 857             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 858                 setBaseFontFamilyName( font );
 859                 break;
 860             }
 861         }
 862     }
 863
 864     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 865         getDisplayColors().put( key, color );
 866     }
 867
 868     /**
 869      * read each line of config file, process non-comment lines
 870      * @throws IOException
 871      */
 872     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 873         String line;
 874         do {
 875             line = conf_in.readLine();
 876             if ( line != null ) {
 877                 line = line.trim();
 878                 // skip comments and blank lines
 879                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 880                     // convert runs of spaces to tabs
 881                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 882                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 883                     setKeyValue( st );
 884                 }
 885             }
 886         } while ( line != null );
 887     }
 888
 889     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 890         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 891     }
 892
 893     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 894         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 895     }
 896
 897     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 898         _antialias_screen = antialias_screen;
 899     }
 900
 901     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 902         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 903     }
 904
 905     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 906         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 907     }
 908
 909     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 910         _base_font_size = base_font_size;
 911     }
 912
 913     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 914         _cladogram_type = cladogram_type;
 915     }
 916
 917     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 918         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 919     }
 920
 921     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 922         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 923     }
 924
 925     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 926         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 927     }
 928
 929     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 930         _default_node_fill = default_node_fill;
 931     }
 932
 933     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 934         _default_node_shape = default_node_shape;
 935     }
 936
 937     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 938         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 939     }
 940
 941     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 942         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 943     }
 944
 945     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 946         _display_colors = display_colors;
 947     }
 948
 949     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 950         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 951     }
 952
 953     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 954         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 955     }
 956
 957     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 958         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 959     }
 960
 961     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 962         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 963     }
 964
 965     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 966         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 967     }
 968
 969     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 970         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 971     }
 972
 973     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 974         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 975     }
 976
 977     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 978         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 979     }
 980
 981     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 982         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 983     }
 984
 985     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 986         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 987     }
 988
 989     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 990         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 991     }
 992
 993     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 994         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 995     }
 996
 997     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 998         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 999     }
1000
1001     private void setEditable( final boolean editable ) {
1002         _editable = editable;
1003     }
1004
1005     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
1006         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
1007     }
1008
1009     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1010         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1011     }
1012
1013     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
1014         _frame_x_size = frame_x_size;
1015     }
1016
1017     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
1018         _frame_y_size = frame_y_size;
1019     }
1020
1021     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1022         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1023     }
1024
1025     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1026         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1027     }
1028
1029     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1030         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1031     }
1032
1033     /**
1034      * Set a key-value(s) tuple
1035      */
1036     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1037         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1038         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1039             return;
1040         }
1041         // Handle single value settings first:
1042         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1043             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1044             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1045             if ( default_clickto == -1 ) {
1046                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1047                         + "] for [default_click_to]" );
1048                 default_clickto = 0;
1049             }
1050             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1051                 // Deprecated.
1052             }
1053         }
1054         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1055             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1056             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1057                 _ui = UI.NATIVE;
1058             }
1059             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1060                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1061             }
1062             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1063                 _ui = UI.UNKNOWN;
1064             }
1065             else {
1066                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1067                         + "]" );
1068                 _ui = UI.UNKNOWN;
1069             }
1070         }
1071         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1072             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1073         }
1074         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1075             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1076         }
1077         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1078             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1079             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1080                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1081             }
1082             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1083                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1084             }
1085             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1086                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1087             }
1088             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1089                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1090             }
1091             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1092                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1093             }
1094             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1095                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1096             }
1097             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1098                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1099             }
1100             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1101                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1102             }
1103             else {
1104                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1105                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1106                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1107             }
1108         }
1109         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1110             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1111             final double d = parseDouble( mcv_str );
1112             setMinConfidenceValue( d );
1113         }
1114         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1115             processFontFamily( st );
1116         }
1117         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1118             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1119             final int i = parseInt( size_str );
1120             if ( i > 0 ) {
1121                 setBaseFontSize( i );
1122             }
1123         }
1124         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1125             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1126             final int i = parseInt( size_str );
1127             if ( i > 0 ) {
1128                 setMinBaseFontSize( i );
1129             }
1130         }
1131         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1132             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1133             final int i = parseInt( size_str );
1134             if ( i > 1 ) {
1135                 setMaxBaseFontSize( i );
1136             }
1137         }
1138         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1139             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1140             final int i = parseInt( str );
1141             if ( i > 0 ) {
1142                 setGraphicsExportX( i );
1143             }
1144         }
1145         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1146             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1147             final int i = parseInt( str );
1148             if ( i > 0 ) {
1149                 setGraphicsExportY( i );
1150             }
1151         }
1152         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1153             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1154             final float f = parseFloat( str );
1155             if ( f > 0 ) {
1156                 setPrintLineWidth( f );
1157             }
1158             else {
1159                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1160                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1161             }
1162         }
1163         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1164             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1165             final int i = parseInt( str );
1166             if ( i > 0 ) {
1167                 setFrameXSize( i );
1168             }
1169         }
1170         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1171             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1172             final int i = parseInt( str );
1173             if ( i > 0 ) {
1174                 setFrameYSize( i );
1175             }
1176         }
1177         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1178             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1179             final int i = parseInt( str );
1180             if ( i >= 0 ) {
1181                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1182             }
1183             else {
1184                 ForesterUtil
1185                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1186                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1187             }
1188         }
1189         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1190             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1191             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1192                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1193             }
1194         }
1195         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1196             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1197             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1198                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1199             }
1200         }
1201         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1202             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1203             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1204                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1205             }
1206         }
1207         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1208             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1209         }
1210         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1211             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1212         }
1213         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1214             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1215         }
1216         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1217             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1218         }
1219         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1220             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1221         }
1222         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1223             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1224         }
1225         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1226             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1227         }
1228         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1229             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1230             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1231                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1232             }
1233             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1234                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1235             }
1236             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1237                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1238             }
1239             else {
1240                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1241                         + "] for [cladogram_type]" );
1242             }
1243         }
1244         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1245             ForesterUtil
1246                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1247                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1248         }
1249         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1250             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1251         }
1252         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1253             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1254         }
1255         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1256             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1257             setOvMaxWidth( i );
1258         }
1259         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1260             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1261             setOvMaxHeight( i );
1262         }
1263         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1264             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1265             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1266                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1267             }
1268             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1269                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1270             }
1271             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1272                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1273             }
1274             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1275                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1276             }
1277             else {
1278                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1279                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1280                         + "] for [overview_placement_type]" );
1281             }
1282         }
1283         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1284             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1285             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1286                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1287             }
1288             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1289                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1290             }
1291             else {
1292                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1293                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1294                         + "] for [node_label_direction]" );
1295             }
1296         }
1297         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1298             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1299             if ( i >= 0 ) {
1300                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1301             }
1302             else {
1303                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1304                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1305             }
1306         }
1307         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1308             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1309             if ( i >= 0 ) {
1310                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1311             }
1312             else {
1313                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1314                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1315             }
1316         }
1317         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1318             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1319         }
1320         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1321             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1322         }
1323         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1324             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1325             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1326                 ForesterUtil
1327                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1328                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1329             }
1330             else {
1331                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1332             }
1333         }
1334         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1335             final String s = ( String ) st.nextElement();
1336             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1337                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1338             }
1339             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1340                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1341             }
1342             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1343                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1344             }
1345             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1346                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1347             }
1348             else {
1349                 ForesterUtil
1350                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1351                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1352                                                       + s
1353                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1354             }
1355             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1356                 ForesterUtil
1357                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1358                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1359             }
1360         }
1361         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1362             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1363         }
1364         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1365             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1366         }
1367         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1368             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1369         }
1370         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1371             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1372         }
1373         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1374             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1375         }
1376         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1377             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1378         }
1379         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1380             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1381         }
1382         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1383             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1384         }
1385         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1386             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1387         }
1388         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1389             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1390         }
1391         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1392             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1393         }
1394         else if ( key.equals( "show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data" ) ) {
1395             setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1396         }
1397         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1398             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1399             setDefaultNodeShapeSize( i );
1400         }
1401         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1402             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1403             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1404                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1405             }
1406             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1407                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1408             }
1409             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1410                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1411             }
1412             else {
1413                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1414                         + "] for [default_node_fill]" );
1415             }
1416         }
1417         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1418             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1419             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1420                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1421             }
1422             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1423                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1424             }
1425             else {
1426                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1427                         + "] for [default_node_shape]" );
1428             }
1429         }
1430         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1431             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1432         }
1433         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1434             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1435             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1436                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1437             }
1438             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1439                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1440             }
1441             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1442                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1443             }
1444             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1445                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1446             }
1447             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1448                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1449             }
1450             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1451                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1452             }
1453             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1454                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1455             }
1456             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1457                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1458             }
1459             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1460                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1461             }
1462             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1463                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1464             }
1465             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1466                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1467             }
1468             else {
1469                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1470                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1471             }
1472         }
1473         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1474             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1475             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1476                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1477                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1478             }
1479             else {
1480                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1481             }
1482         }
1483         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1484             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1485             if ( s.equals( "console" ) ) {
1486                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1487             }
1488             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1489                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1490             }
1491             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1492                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1493             }
1494             else {
1495                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1496                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1497             }
1498         }
1499         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1500             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1501         }
1502         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1503             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1504         }
1505         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1506             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1507         }
1508         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1509             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1510             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1511                 _vector_data_width = 120;
1512             }
1513         }
1514         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1515             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1516             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1517                 _vector_data_height = 12;
1518             }
1519         }
1520         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1521             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1522         }
1523         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1524             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1525         }
1526         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1527             // yet retrieved!
1528             int key_index = -1;
1529             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1530                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1531             }
1532             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1533                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1534             }
1535             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1542                 key_index = Configuration.show_node_names;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "write_branch_length_values" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.write_branch_length_values;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.write_events;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.use_style;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.use_style;
1561                 ForesterUtil
1562                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1563                                               "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1564             }
1565             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1566                 key_index = Configuration.width_branches;
1567             }
1568             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1569                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1570             }
1571             else if ( key.equals( "show_msa" ) ) {
1572                 key_index = Configuration.show_mol_seqs;
1573             }
1574             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1575                 key_index = Configuration.show_annotation;
1576             }
1577             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1578                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1579             }
1580             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1581                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1585             }
1586             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1587                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1588             }
1589             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1590                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1591             }
1592             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1593                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1594             }
1595             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1596                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1597             }
1598             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1599                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1600             }
1601             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1602                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1603             }
1604             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1605                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1606             }
1607             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1608                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1609             }
1610             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1611                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1612             }
1613             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1614                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1615             }
1616             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1617                 key_index = Configuration.show_properties;
1618             }
1619             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1620                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1621             }
1622             // If we've found the key, set the values
1623             if ( key_index >= 0 ) {
1624                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1625                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1626                 // otherwise, keep looking
1627             }
1628             else {
1629                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1630                     // Deprecated.
1631                 }
1632                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1633                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1634                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1635                     if ( key_index >= 0 ) {
1636                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1637                     }
1638                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1639                         // Deprecated.
1640                     }
1641                     else {
1642                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1643                                 + click_to_name );
1644                     }
1645                 }
1646                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1647                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1648                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1649                 }
1650                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1651                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1652                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1653                 }
1654                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1655                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1656                 }
1657                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1658                     getAnnotationColors()
1659                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1660                 }
1661                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1662                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1663                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1664                 }
1665                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1666                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1667                 }
1668                 else {
1669                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1670                             + "] in: " + config_filename );
1671                 }
1672             }
1673         }
1674         else {
1675             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1676                     + config_filename );
1677         }
1678     }
1679
1680     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1681         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1682     }
1683
1684     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
1685         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
1686     }
1687
1688     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1689         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1690     }
1691
1692     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
1693         _midpoint_root = midpoint_root;
1694     }
1695
1696     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1697         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1698     }
1699
1700     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1701         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1702     }
1703
1704     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1705         _node_label_direction = node_label_direction;
1706     }
1707
1708     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1709         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1710     }
1711
1712     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1713         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1714     }
1715
1716     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1717         _ov_max_height = ov_max_height;
1718     }
1719
1720     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1721         _ov_max_width = ov_max_width;
1722     }
1723
1724     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1725         _ov_placement = ov_placement;
1726     }
1727
1728     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1729         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1730     }
1731
1732     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1733         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1734     }
1735
1736     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1737         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1738     }
1739
1740     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1741         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1742     }
1743
1744     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1745         _print_line_width = print_line_width;
1746     }
1747
1748     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1749         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1750     }
1751
1752     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
1753         _right_align_domains = right_align_domains;
1754     }
1755
1756     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1757         _show_annotation_ref_source = b;
1758     }
1759
1760     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
1761         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
1762     }
1763
1764     public void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
1765         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
1766     }
1767
1768     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
1769         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
1770     }
1771
1772     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1773         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1774     }
1775
1776     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1777         _show_overview = show_overview;
1778     }
1779
1780     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1781         _show_scale = show_scale;
1782     }
1783
1784     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
1785         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
1786     }
1787
1788     public void setUseStyle( final boolean b ) {
1789         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1790     }
1791
1792     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1793         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1794     }
1795 }