forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.util.ForesterUtil;
  51
  52 public final class Configuration {
  53
  54     public enum UI {
  55         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
  56     }
  57     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  58     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  59     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  60     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  61     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  62     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  63     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  64     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  65     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  66     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  67     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  68     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  69     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  70     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  71     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  72     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  73     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  74     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  75     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  76     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  77     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  78     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  79     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  80     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  81     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  82     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  83     private boolean                         _editable                                              = true;
  84     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  85     private boolean                         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes                = false;
  86     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  87     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  88     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  89     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  90     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  91     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  92     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  93     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
  94     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
  95     final static int                        show_node_names                                        = 1;
  96     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
  97     final static int                        show_annotation                                        = 3;
  98     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
  99     final static int                        write_events                                           = 5;
 100     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 101     final static int                        color_branches                                         = 7;
 102     final static int                        width_branches                                         = 8;
 103     final static int                        show_domain_architectures                              = 9;
 104     final static int                        show_binary_characters                                 = 10;
 105     final static int                        show_binary_character_counts                           = 11;
 106     final static int                        show_gene_names                                        = 12;
 107     final static int                        show_sequence_acc                                      = 13;
 108     final static int                        display_internal_data                                  = 14;
 109     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 15;
 110     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 16;
 111     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 17;
 112     final static int                        color_according_to_annotation                          = 18;
 113     final static int                        show_property                                          = 19;
 114     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 115     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 116     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 117     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 118     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 119     // ------------------
 120     // Click-to options
 121     // ------------------
 122     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 123     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 124     final static int                        reroot                                                 = 2;
 125     final static int                        subtree                                                = 3;
 126     final static int                        swap                                                   = 4;
 127     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 128     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 129     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 130     final static int                        cut_subtree                                            = 8;
 131     final static int                        copy_subtree                                           = 9;
 132     final static int                        paste_subtree                                          = 10;
 133     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 11;
 134     final static int                        add_new_node                                           = 12;
 135     final static int                        edit_node_data                                         = 13;
 136     final static int                        blast                                                  = 14;
 137     // ---------------------------
 138     // Display options for trees
 139     // ---------------------------
 140     // ---------------------------------
 141     // Pertaining to the config itself
 142     // ---------------------------------
 143     // Full path to config (may be URL)
 144     String                                  config_filename;
 145     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 146     final static String                     display_options[][]                                    = {
 147             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 148             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Value", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 149             { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 150             { "Use Branch-Width", "nodisplay", "no" }, { "Domains", "nodisplay", "no" },
 151             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 152             { "Prot/Gene Name", "display", "no" }, { "Prot/Gene Acc", "display", "no" },
 153             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 154             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 155             { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" }, { "Property", "nodisplay", "no" },
 156             { "Prot/Gene Symbol", "display", "no" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 157             { "Relation Confidence", "display", "no" }, { "Vector Data", "display", "no" },
 158             { "Taxonomy Images", "display", "no" }                                                };
 159     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 160             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 161             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 162             { "Open Sequence Web", "nodisplay" }, { "Open Taxonomy Web", "nodisplay" }, { "Cut Subtree", "display" },
 163             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
 164             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Blast", "display" } };
 165     // This option is selected in the dropdown
 166     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 167     // --------------
 168     // Color set
 169     // --------------
 170     TreeColorSet                            tree_color_set;
 171     // -------
 172     // Fonts
 173     // -------
 174     TreeFontSet                             tree_font_set;
 175     // ----------------
 176     // Species colors
 177     // ----------------
 178     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 179     // ----------------
 180     // Domain colors
 181     // ----------------
 182     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 183     // ----------------
 184     // Function colors
 185     // ----------------
 186     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 187     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 188     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 189     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 190     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 191     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 192     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 193     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 194     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 195     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 196     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 197     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 198     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 199     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 200     static {
 201         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 202             if ( Arrays.binarySearch( Util.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 203                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 204                 break;
 205             }
 206         }
 207         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 208             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 209         }
 210     }
 211
 212     Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet ) {
 213         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 214             config_filename = default_config_filename;
 215         }
 216         else {
 217             config_filename = cf;
 218         }
 219         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 220         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 221         config_filename = config_filename.trim();
 222         URL u = null;
 223         if ( is_url ) {
 224             // If URL, open accordingly
 225             try {
 226                 u = new URL( config_filename );
 227                 try {
 228                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 229                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 230                     readConfig( bf );
 231                     bf.close();
 232                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 233                             + config_filename + "]" );
 234                 }
 235                 catch ( final Exception e ) {
 236                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 237                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 238                 }
 239             }
 240             catch ( final Exception e ) {
 241                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 242                         + config_filename + "]" );
 243             }
 244         }
 245         else {
 246             // Otherwise, open as a file
 247             File f = new File( config_filename );
 248             if ( !f.exists() ) {
 249                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 250             }
 251             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 252                 try {
 253                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 254                     readConfig( bf );
 255                     bf.close();
 256                 }
 257                 catch ( final Exception e ) {
 258                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 259                             + config_filename + "]: " + e );
 260                 }
 261             }
 262             else {
 263                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 264                         + config_filename + "]" );
 265             }
 266         }
 267     }
 268
 269     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 270         WebLink weblink = null;
 271         boolean ex = false;
 272         try {
 273             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 274         }
 275         catch ( final MalformedURLException e ) {
 276             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 277             ex = true;
 278         }
 279         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 280             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 281         }
 282     }
 283
 284     Color getGuiBackgroundColor() {
 285         return _gui_background_color;
 286     }
 287
 288     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 289         return _gui_checkbox_text_color;
 290     }
 291
 292     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 293         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 294     }
 295
 296     Color getGuiButtonTextColor() {
 297         return _gui_button_text_color;
 298     }
 299
 300     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 301         return _gui_button_background_color;
 302     }
 303
 304     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 305         return _gui_menu_background_color;
 306     }
 307
 308     Color getGuiMenuTextColor() {
 309         return _gui_menu_text_color;
 310     }
 311
 312     Color getGuiButtonBorderColor() {
 313         return _gui_button_border_color;
 314     }
 315
 316     boolean displaySequenceRelations() {
 317         return _display_sequence_relations;
 318     }
 319
 320     boolean doCheckOption( final int which ) {
 321         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 322                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 323     }
 324
 325     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 326         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 327     }
 328
 329     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 330         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 331     }
 332
 333     /**
 334      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 335      * this or not (e.g. phylogram)
 336      *
 337      */
 338     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 339         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 340     }
 341
 342     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 343         if ( _annotation_colors == null ) {
 344             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 345         }
 346         return _annotation_colors;
 347     }
 348
 349     public String getBaseFontFamilyName() {
 350         return _base_font_family_name;
 351     }
 352
 353     int getBaseFontSize() {
 354         return _base_font_size;
 355     }
 356
 357     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 358         return _cladogram_type;
 359     }
 360
 361     private int getClickToIndex( final String name ) {
 362         int index = -1;
 363         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 364             index = Configuration.display_node_data;
 365             ForesterUtil
 366                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 367                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 368         }
 369         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 370             index = Configuration.display_node_data;
 371         }
 372         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 373             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 374         }
 375         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 376             index = Configuration.reroot;
 377         }
 378         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 379             index = Configuration.subtree;
 380         }
 381         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 382             index = Configuration.swap;
 383         }
 384         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 385             ForesterUtil
 386                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 387             return DEPRECATED;
 388         }
 389         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 390             index = Configuration.open_seq_web;
 391         }
 392         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 393             index = Configuration.open_tax_web;
 394         }
 395         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 396             index = Configuration.cut_subtree;
 397         }
 398         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 399             index = Configuration.copy_subtree;
 400         }
 401         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 402             index = Configuration.paste_subtree;
 403         }
 404         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 405             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 406         }
 407         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 408             index = Configuration.add_new_node;
 409         }
 410         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 411             index = Configuration.edit_node_data;
 412         }
 413         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 414             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 415                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 416             return DEPRECATED;
 417         }
 418         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 419             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 420             return DEPRECATED;
 421         }
 422         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 423             index = Configuration.color_subtree;
 424         }
 425         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 426             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 427             return DEPRECATED;
 428         }
 429         return index;
 430     }
 431
 432     int getClickToOptionsCount() {
 433         return clickto_options.length;
 434     }
 435
 436     String getClickToTitle( final int which ) {
 437         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 438     }
 439
 440     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 441         return default_clickto;
 442     }
 443
 444     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 445         return _display_colors;
 446     }
 447
 448     String getDisplayTitle( final int which ) {
 449         return display_options[ which ][ 0 ];
 450     }
 451
 452     Map<String, Color> getDomainColors() {
 453         if ( _domain_colors == null ) {
 454             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 455         }
 456         return _domain_colors;
 457     }
 458
 459     int getGraphicsExportX() {
 460         return _graphics_export_x;
 461     }
 462
 463     int getGraphicsExportY() {
 464         return _graphics_export_y;
 465     }
 466
 467     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 468         return _default_bootstrap_samples;
 469     }
 470
 471     double getMinConfidenceValue() {
 472         return _min_confidence_value;
 473     }
 474
 475     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 476         return _node_label_direction;
 477     }
 478
 479     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 480         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 481     }
 482
 483     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 484         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 485     }
 486
 487     short getOvMaxHeight() {
 488         return _ov_max_height;
 489     }
 490
 491     short getOvMaxWidth() {
 492         return _ov_max_width;
 493     }
 494
 495     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 496         return _ov_placement;
 497     }
 498
 499     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 500         return _phylogeny_graphics_type;
 501     }
 502
 503     float getPrintLineWidth() {
 504         return _print_line_width;
 505     }
 506
 507     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 508         if ( _species_colors == null ) {
 509             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 510         }
 511         return _species_colors;
 512     }
 513
 514     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 515         return null;
 516     }
 517
 518     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 519         return null;
 520     }
 521
 522     WebLink getWebLink( final String source ) {
 523         return getWebLinks().get( source );
 524     }
 525
 526     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 527         return _weblinks;
 528     }
 529
 530     boolean isAntialiasScreen() {
 531         return _antialias_screen;
 532     }
 533
 534     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 535         return _background_color_gradient;
 536     }
 537
 538     /**
 539      * Convenience method.
 540      *
 541      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 542      */
 543     boolean isDrawAsPhylogram() {
 544         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 545     }
 546
 547     boolean isEditable() {
 548         return _editable;
 549     }
 550
 551     boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 552         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 553     }
 554
 555     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 556         return getWebLinks().containsKey( source );
 557     }
 558
 559     /**
 560      * Only used by ArchaeoptryxE.
 561      *
 562      */
 563     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 564         return _hide_controls_and_menus;
 565     }
 566
 567     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 568         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 569     }
 570
 571     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 572         return _nh_parsing_replace_underscores;
 573     }
 574
 575     boolean isShowBranchLengthValues() {
 576         return _show_branch_length_values;
 577     }
 578
 579     boolean isShowOverview() {
 580         return _show_overview;
 581     }
 582
 583     boolean isShowScale() {
 584         return _show_scale;
 585     }
 586
 587     final boolean isUseNativeUI() {
 588         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && Util.isMac() && Util.isJava15() ) {
 589             _ui = UI.NATIVE;
 590         }
 591         return _ui == UI.NATIVE;
 592     }
 593
 594     /**
 595      * Only used by ArchaeoptryxE.
 596      *
 597      */
 598     boolean isUseTabbedDisplay() {
 599         return _use_tabbed_display;
 600     }
 601
 602     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 603         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 604     }
 605
 606     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 607         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 608         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 609             return true;
 610         }
 611         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 612             return false;
 613         }
 614         else {
 615             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 616             return false;
 617         }
 618     }
 619
 620     private double parseDouble( final String str ) {
 621         double d = 0.0;
 622         try {
 623             d = Double.parseDouble( str );
 624         }
 625         catch ( final Exception e ) {
 626             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 627             d = 0.0;
 628         }
 629         return d;
 630     }
 631
 632     private float parseFloat( final String str ) {
 633         float f = 0.0f;
 634         try {
 635             f = Float.parseFloat( str );
 636         }
 637         catch ( final Exception e ) {
 638             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 639             f = 0.0f;
 640         }
 641         return f;
 642     }
 643
 644     private int parseInt( final String str ) {
 645         int i = -1;
 646         try {
 647             i = Integer.parseInt( str );
 648         }
 649         catch ( final Exception e ) {
 650             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 651             i = -1;
 652         }
 653         return i;
 654     }
 655
 656     private short parseShort( final String str ) {
 657         short i = -1;
 658         try {
 659             i = Short.parseShort( str );
 660         }
 661         catch ( final Exception e ) {
 662             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 663             i = -1;
 664         }
 665         return i;
 666     }
 667
 668     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 669         setBaseFontFamilyName( "" );
 670         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 671         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 672         for( String font : fonts ) {
 673             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 674             if ( Arrays.binarySearch( Util.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 675                 setBaseFontFamilyName( font );
 676                 break;
 677             }
 678         }
 679     }
 680
 681     /**
 682      * read each line of config file, process non-comment lines
 683      * @throws IOException
 684      */
 685     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 686         String line;
 687         do {
 688             line = conf_in.readLine();
 689             if ( line != null ) {
 690                 line = line.trim();
 691                 // skip comments and blank lines
 692                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 693                     // convert runs of spaces to tabs
 694                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 695                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 696                     setKeyValue( st );
 697                 }
 698             }
 699         } while ( line != null );
 700     }
 701
 702     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 703         _antialias_screen = antialias_screen;
 704     }
 705
 706     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 707         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 708     }
 709
 710     private void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 711         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 712     }
 713
 714     private void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 715         _base_font_size = base_font_size;
 716     }
 717
 718     private void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 719         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 720     }
 721
 722     private void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 723         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 724     }
 725
 726     private void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 727         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 728     }
 729
 730     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 731         _cladogram_type = cladogram_type;
 732     }
 733
 734     void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 735         _display_colors = display_colors;
 736     }
 737
 738     private void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 739         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 740     }
 741
 742     private void setEditable( final boolean editable ) {
 743         _editable = editable;
 744     }
 745
 746     private void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 747         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 748     }
 749
 750     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 751         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 752     }
 753
 754     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 755         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 756     }
 757
 758     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 759         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 760     }
 761
 762     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 763         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 764     }
 765
 766     /**
 767      * Set a key-value(s) tuple
 768      */
 769     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 770         String key = ( String ) st.nextElement();
 771         key = key.replace( ':', ' ' );
 772         key = key.trim();
 773         key = key.toLowerCase();
 774         // Handle single value settings first:
 775         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 776             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 777             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 778             if ( default_clickto == -1 ) {
 779                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 780                         + "] for [default_click_to]" );
 781                 default_clickto = 0;
 782             }
 783             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 784                 // Deprecated.
 785             }
 786         }
 787         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 788             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 789             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 790                 _ui = UI.NATIVE;
 791             }
 792             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 793                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 794             }
 795             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 796                 _ui = UI.UNKNOWN;
 797             }
 798             else {
 799                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 800                         + "]" );
 801                 _ui = UI.UNKNOWN;
 802             }
 803         }
 804         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 805             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 806         }
 807         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 808             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 809         }
 810         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 811             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 812             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 813                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 814             }
 815             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 816                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 817             }
 818             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 819                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 820             }
 821             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 822                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 823             }
 824             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 825                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 826             }
 827             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 828                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 829             }
 830             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 831                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 832             }
 833             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 834                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 835             }
 836             else {
 837                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 838                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 839                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 840             }
 841         }
 842         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 843             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 844             final double d = parseDouble( mcv_str );
 845             setMinConfidenceValue( d );
 846         }
 847         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 848             processFontFamily( st );
 849         }
 850         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 851             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 852             final int i = parseInt( size_str );
 853             setBaseFontSize( i );
 854         }
 855         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
 856             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 857             final int i = parseInt( str );
 858             setGraphicsExportX( i );
 859         }
 860         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
 861             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 862             final int i = parseInt( str );
 863             setGraphicsExportY( i );
 864         }
 865         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
 866             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 867             final float f = parseFloat( str );
 868             if ( f > 0 ) {
 869                 setPrintLineWidth( f );
 870             }
 871             else {
 872                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 873                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
 874             }
 875         }
 876         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
 877             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 878             final int i = parseInt( str );
 879             if ( i >= 0 ) {
 880                 setDefaultBootstrapSamples( i );
 881             }
 882             else {
 883                 ForesterUtil
 884                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 885                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
 886             }
 887         }
 888         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
 889             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 890         }
 891         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
 892             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 893         }
 894         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
 895             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 896         }
 897         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
 898             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 899         }
 900         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
 901             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 902         }
 903         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
 904             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 905         }
 906         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
 907             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 908         }
 909         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
 910             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 911             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
 912                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 913             }
 914             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 915                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 916             }
 917             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 918                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 919             }
 920             else {
 921                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 922                         + "] for [cladogram_type]" );
 923             }
 924         }
 925         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
 926             ForesterUtil
 927                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 928                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
 929         }
 930         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
 931             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 932         }
 933         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
 934             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 935         }
 936         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
 937             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 938             setOvMaxWidth( i );
 939         }
 940         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
 941             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 942             setOvMaxHeight( i );
 943         }
 944         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
 945             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 946             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
 947                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
 948             }
 949             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
 950                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
 951             }
 952             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
 953                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
 954             }
 955             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
 956                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
 957             }
 958             else {
 959                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
 960                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 961                         + "] for [overview_placement_type]" );
 962             }
 963         }
 964         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
 965             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 966             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
 967                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 968             }
 969             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
 970                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 971             }
 972             else {
 973                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 974                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 975                         + "] for [node_label_direction]" );
 976             }
 977         }
 978         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
 979             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 980             if ( i >= 0 ) {
 981                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
 982             }
 983             else {
 984                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
 985                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
 986             }
 987         }
 988         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
 989             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 990             if ( i >= 0 ) {
 991                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
 992             }
 993             else {
 994                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
 995                         + "] for [confidence_value_digits]" );
 996             }
 997         }
 998         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
 999             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1000         }
1001         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1002             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1003         }
1004         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1005             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1006             if ( r && isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
1007                 ForesterUtil
1008                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1009                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1010             }
1011             else {
1012                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1013             }
1014         }
1015         else if ( key.equals( "extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing" ) ) {
1016             final boolean e = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1017             if ( e && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1018                 ForesterUtil
1019                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1020                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1021             }
1022             else {
1023                 setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( e );
1024             }
1025         }
1026         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1027             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1028         }
1029         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1030             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1031         }
1032         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1033             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1034         }
1035         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1036             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1037         }
1038         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1039             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1040         }
1041         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1042             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1043         }
1044         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1045             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1046         }
1047         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1048             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1049         }
1050         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1051             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1052         }
1053         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1054             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1055         }
1056         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1057             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1058         }
1059         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1060             // yet retrieved!
1061             int key_index = -1;
1062             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1063                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1064                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1065                     ForesterUtil
1066                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1067                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1068                 }
1069             }
1070             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1071                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1072             }
1073             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1074                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1075             }
1076             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1077                 key_index = Configuration.show_node_names;
1078             }
1079             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1080                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1081                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1082                     ForesterUtil
1083                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1084                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1085                 }
1086             }
1087             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1088                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1089                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1090                 key_index = DEPRECATED;
1091             }
1092             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1093                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1094                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1095                     ForesterUtil
1096                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1097                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1098                 }
1099             }
1100             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1101                 key_index = Configuration.write_events;
1102                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1103                     ForesterUtil
1104                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1105                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1106                 }
1107             }
1108             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1109                 key_index = Configuration.color_branches;
1110             }
1111             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1112                 key_index = Configuration.width_branches;
1113             }
1114             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1115                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1116                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1117             }
1118             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1119                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1120                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1121             }
1122             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1123                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1124                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1125             }
1126             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1127                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1128                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1129                 key_index = DEPRECATED;
1130             }
1131             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1132                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1133             }
1134             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1135                 key_index = Configuration.show_annotation;
1136             }
1137             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1138                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1139             }
1140             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1141                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1142             }
1143             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1144                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1145             }
1146             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1147                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1148             }
1149             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1150                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1151             }
1152             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1153                 ForesterUtil
1154                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1155                 key_index = DEPRECATED;
1156             }
1157             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1158                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1159             }
1160             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1161                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1162             }
1163             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1164                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1165                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1166                 key_index = DEPRECATED;
1167             }
1168             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1169                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1170             }
1171             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1172                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1173             }
1174             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1175                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1176             }
1177             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1178                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1179             }
1180             else if ( key.equals( "show_property" ) ) {
1181                 key_index = Configuration.show_property;
1182             }
1183             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1184                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1185             }
1186             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1187                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1188             }
1189             // If we've found the key, set the values
1190             if ( key_index >= 0 ) {
1191                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1192                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1193                 // otherwise, keep looking
1194             }
1195             else {
1196                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1197                     // Deprecated.
1198                 }
1199                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1200                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1201                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1202                     if ( key_index >= 0 ) {
1203                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1204                     }
1205                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1206                         // Deprecated.
1207                     }
1208                     else {
1209                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1210                                 + click_to_name );
1211                     }
1212                 }
1213                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1214                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1215                 }
1216                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1217                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1218                 }
1219                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1220                     getAnnotationColors()
1221                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1222                 }
1223                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1224                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1225                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1226                 }
1227                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1228                     getDisplayColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1229                 }
1230                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1231                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1232                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1233                                        ( String ) st.nextElement(),
1234                                        ( String ) st.nextElement() );
1235                     }
1236                     else {
1237                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1238                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1239                     }
1240                 }
1241                 else {
1242                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1243                             + "] in: " + config_filename );
1244                 }
1245             }
1246         }
1247         else {
1248             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1249                     + config_filename );
1250         }
1251     }
1252
1253     private void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1254         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1255     }
1256
1257     void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1258         _node_label_direction = node_label_direction;
1259     }
1260
1261     private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1262         this._number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1263     }
1264
1265     private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1266         this._number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1267     }
1268
1269     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1270         _ov_max_height = ov_max_height;
1271     }
1272
1273     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1274         _ov_max_width = ov_max_width;
1275     }
1276
1277     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1278         _ov_placement = ov_placement;
1279     }
1280
1281     void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1282         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1283     }
1284
1285     private void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1286         _print_line_width = print_line_width;
1287     }
1288
1289     private void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1290         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1291     }
1292
1293     private void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1294         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1295     }
1296
1297     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1298         _show_overview = show_overview;
1299     }
1300
1301     private void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1302         _show_scale = show_scale;
1303     }
1304
1305     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1306         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1307     }
1308
1309     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1310         _weblinks = weblinks;
1311     }
1312
1313     static String getDefaultFontFamilyName() {
1314         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1315     }
1316
1317     static enum TRIPLET {
1318         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1319     }
1320
1321     public Color getDomainStructureFontColor() {
1322         return _domain_structure_font_color;
1323     }
1324
1325     public Color getDomainStructureBaseColor() {
1326         return _domain_structure_base_color;
1327     }
1328
1329     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
1330         return _color_labels_same_as_parent_branch;
1331     }
1332
1333     public boolean isShowDomainLabels() {
1334         return _show_domain_labels;
1335     }
1336
1337     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
1338         return _abbreviate_scientific_names;
1339     }
1340 }