forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  59         CONSOLE, WINODW;
  60     }
  61     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  62     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  63     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  64     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  65     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  66     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  67     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  68     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  69     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  70     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  71     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  72     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  73     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  74     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  75     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  76     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  77     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  78     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  79     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  80     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  81     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  82     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  83     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  84     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  85     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  86     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  87     private boolean                         _editable                                              = true;
  88     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  89     private boolean                         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes                = false;
  90     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  91     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  92     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  93     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  94     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  95     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  96     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  97     private boolean                         _show_default_node_shapes                              = false;
  98     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
  99     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
 100     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 101     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 102     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 103     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 104     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 105     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 106     private File                            _path_to_local_clustalo                                = null;
 107     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 108     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 109     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 110     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 111     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 112     final static int                        write_events                                           = 5;
 113     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 114     final static int                        color_branches                                         = 7;
 115     final static int                        width_branches                                         = 8;
 116     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 117     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 118     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 119     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 120     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 121     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 122     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 123     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 124     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 125     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 126     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 127     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 128     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 129     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 130     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 131     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 132     final static int                        show_properties                                        = 25;
 133     // ------------------
 134     // Click-to options
 135     // ------------------
 136     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 137     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 138     final static int                        reroot                                                 = 2;
 139     final static int                        subtree                                                = 3;
 140     final static int                        swap                                                   = 4;
 141     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 142     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 143     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 144     final static int                        blast                                                  = 8;
 145     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 146     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 147     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 148     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 149     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 150     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 151     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 152     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 153     // ---------------------------
 154     // Display options for trees
 155     // ---------------------------
 156     // ---------------------------------
 157     // Pertaining to the config itself
 158     // ---------------------------------
 159     // Full path to config (may be URL)
 160     String                                  config_filename;
 161     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 162     final static String                     display_options[][]                                    = {
 163             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 164             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 165             { "Taxonomy Colorize", "display", "no" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 166             { "Use Branch-Widths", "display", "no" }, { "Show Custom Nodes", "display", "yes" },
 167             { "Domains", "nodisplay", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
 168             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Name", "display", "yes" },
 169             { "Prot/Gene Acc", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
 170             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 171             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" },
 172             { "Prot/Gene Symbol", "display", "yes" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 173             { "Relation Confidence", "display", "no" }, { "Vector Data", "display", "no" },
 174             { "Taxonomy Images", "display", "no" }, { "Properties", "display", "no" }             };
 175     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 176             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 177             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 178             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 179             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 180             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 181             { "Sort Descendants", "display" }, { "Return", "display" }                            };
 182     // This option is selected in the dropdown
 183     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 184     // --------------
 185     // Color set
 186     // --------------
 187     TreeColorSet                            tree_color_set;
 188     // -------
 189     // Fonts
 190     // -------
 191     TreeFontSet                             tree_font_set;
 192     // ----------------
 193     // Species colors
 194     // ----------------
 195     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 196     // ----------------
 197     // Domain colors
 198     // ----------------
 199     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 200     // ----------------
 201     // Function colors
 202     // ----------------
 203     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 204     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 205     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 206     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 207     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 208     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 209     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 216     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.NODE_NAME;
 217     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 218     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 219     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 220     static {
 221         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 222             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 223                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 224                 break;
 225             }
 226         }
 227         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 228             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 229         }
 230     }
 231
 232     public Configuration() {
 233         this( null, false, false, false );
 234     }
 235
 236     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 237         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 238             config_filename = default_config_filename;
 239         }
 240         else {
 241             config_filename = cf;
 242         }
 243         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 244         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 245         config_filename = config_filename.trim();
 246         URL u = null;
 247         if ( is_url ) {
 248             // If URL, open accordingly
 249             try {
 250                 u = new URL( config_filename );
 251                 try {
 252                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 253                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 254                     readConfig( bf );
 255                     bf.close();
 256                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 257                             + config_filename + "]" );
 258                 }
 259                 catch ( final Exception e ) {
 260                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 261                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 262                 }
 263             }
 264             catch ( final Exception e ) {
 265                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 266                         + config_filename + "]" );
 267             }
 268         }
 269         else {
 270             // Otherwise, open as a file
 271             File f = new File( config_filename );
 272             if ( !f.exists() ) {
 273                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 274             }
 275             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 276                 try {
 277                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 278                     readConfig( bf );
 279                     bf.close();
 280                 }
 281                 catch ( final Exception e ) {
 282                     if ( verbose ) {
 283                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 284                                 + config_filename + "]: " + e );
 285                     }
 286                 }
 287             }
 288             else {
 289                 if ( verbose ) {
 290                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 291                             + config_filename + "]" );
 292                 }
 293             }
 294         }
 295     }
 296
 297     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 298         WebLink weblink = null;
 299         boolean ex = false;
 300         try {
 301             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 302         }
 303         catch ( final MalformedURLException e ) {
 304             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 305             ex = true;
 306         }
 307         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 308             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 309         }
 310     }
 311
 312     boolean displaySequenceRelations() {
 313         return _display_sequence_relations;
 314     }
 315
 316     boolean doCheckOption( final int which ) {
 317         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 318                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 319     }
 320
 321     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 322         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 323     }
 324
 325     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 326         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 327     }
 328
 329     /**
 330      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 331      * this or not (e.g. phylogram)
 332      *
 333      */
 334     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 335         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 336     }
 337
 338     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 339         if ( _annotation_colors == null ) {
 340             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 341         }
 342         return _annotation_colors;
 343     }
 344
 345     public String getBaseFontFamilyName() {
 346         return _base_font_family_name;
 347     }
 348
 349     int getBaseFontSize() {
 350         return _base_font_size;
 351     }
 352
 353     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 354         return _cladogram_type;
 355     }
 356
 357     private int getClickToIndex( final String name ) {
 358         int index = -1;
 359         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 360             index = Configuration.display_node_data;
 361             ForesterUtil
 362                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 363                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 364         }
 365         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 366             index = Configuration.display_node_data;
 367         }
 368         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 369             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 370         }
 371         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 372             index = Configuration.reroot;
 373         }
 374         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 375             index = Configuration.subtree;
 376         }
 377         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 378             index = Configuration.swap;
 379         }
 380         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 381             index = Configuration.sort_descendents;
 382         }
 383         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 384             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 385         }
 386         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 387             ForesterUtil
 388                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 389             return DEPRECATED;
 390         }
 391         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 392             index = Configuration.open_seq_web;
 393         }
 394         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 395             index = Configuration.open_tax_web;
 396         }
 397         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 398             index = Configuration.blast;
 399         }
 400         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 401             index = Configuration.cut_subtree;
 402         }
 403         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 404             index = Configuration.copy_subtree;
 405         }
 406         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 407             index = Configuration.paste_subtree;
 408         }
 409         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 410             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 411         }
 412         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 413             index = Configuration.add_new_node;
 414         }
 415         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 416             index = Configuration.edit_node_data;
 417         }
 418         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 419             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 420                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 421             return DEPRECATED;
 422         }
 423         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 424             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 425             return DEPRECATED;
 426         }
 427         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 428             index = Configuration.color_subtree;
 429         }
 430         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 431             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 432             return DEPRECATED;
 433         }
 434         return index;
 435     }
 436
 437     int getClickToOptionsCount() {
 438         return clickto_options.length;
 439     }
 440
 441     String getClickToTitle( final int which ) {
 442         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 443     }
 444
 445     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 446         return _default_bootstrap_samples;
 447     }
 448
 449     public File getpathToLocalMafft() {
 450         return _path_to_local_mafft;
 451     }
 452
 453     public File getPathToLocalFastme() {
 454         return _path_to_local_fastme;
 455     }
 456
 457     public File getPathToLocalRaxml() {
 458         return _path_to_local_raxml;
 459     }
 460
 461     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 462         return default_clickto;
 463     }
 464
 465     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 466         return _default_node_fill;
 467     }
 468
 469     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 470         return _default_node_shape;
 471     }
 472
 473     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 474         return _default_node_shape_size;
 475     }
 476
 477     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 478         return _display_colors;
 479     }
 480
 481     String getDisplayTitle( final int which ) {
 482         return display_options[ which ][ 0 ];
 483     }
 484
 485     Map<String, Color> getDomainColors() {
 486         if ( _domain_colors == null ) {
 487             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 488         }
 489         return _domain_colors;
 490     }
 491
 492     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 493         return _domain_structure_base_color;
 494     }
 495
 496     public Color getDomainStructureFontColor() {
 497         return _domain_structure_font_color;
 498     }
 499
 500     int getGraphicsExportX() {
 501         return _graphics_export_x;
 502     }
 503
 504     int getGraphicsExportY() {
 505         return _graphics_export_y;
 506     }
 507
 508     Color getGuiBackgroundColor() {
 509         return _gui_background_color;
 510     }
 511
 512     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 513         return _gui_button_background_color;
 514     }
 515
 516     Color getGuiButtonBorderColor() {
 517         return _gui_button_border_color;
 518     }
 519
 520     Color getGuiButtonTextColor() {
 521         return _gui_button_text_color;
 522     }
 523
 524     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 525         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 526     }
 527
 528     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 529         return _gui_checkbox_text_color;
 530     }
 531
 532     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 533         return _gui_menu_background_color;
 534     }
 535
 536     Color getGuiMenuTextColor() {
 537         return _gui_menu_text_color;
 538     }
 539
 540     double getMinConfidenceValue() {
 541         return _min_confidence_value;
 542     }
 543
 544     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 545         return _node_label_direction;
 546     }
 547
 548     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 549         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 550     }
 551
 552     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 553         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 554     }
 555
 556     short getOvMaxHeight() {
 557         return _ov_max_height;
 558     }
 559
 560     short getOvMaxWidth() {
 561         return _ov_max_width;
 562     }
 563
 564     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 565         return _ov_placement;
 566     }
 567
 568     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 569         return _phylogeny_graphics_type;
 570     }
 571
 572     float getPrintLineWidth() {
 573         return _print_line_width;
 574     }
 575
 576     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 577         if ( _species_colors == null ) {
 578             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 579         }
 580         return _species_colors;
 581     }
 582
 583     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 584         return null;
 585     }
 586
 587     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 588         return null;
 589     }
 590
 591     WebLink getWebLink( final String source ) {
 592         return getWebLinks().get( source );
 593     }
 594
 595     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 596         return _weblinks;
 597     }
 598
 599     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 600         return _abbreviate_scientific_names;
 601     }
 602
 603     boolean isAntialiasScreen() {
 604         return _antialias_screen;
 605     }
 606
 607     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 608         return _background_color_gradient;
 609     }
 610
 611     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 612         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 613     }
 614
 615     /**
 616      * Convenience method.
 617      *
 618      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 619      */
 620     boolean isDrawAsPhylogram() {
 621         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 622     }
 623
 624     boolean isEditable() {
 625         return _editable;
 626     }
 627
 628     boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 629         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 630     }
 631
 632     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 633         return getWebLinks().containsKey( source );
 634     }
 635
 636     /**
 637      * Only used by ArchaeoptryxE.
 638      *
 639      */
 640     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 641         return _hide_controls_and_menus;
 642     }
 643
 644     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 645         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 646     }
 647
 648     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 649         return _nh_parsing_replace_underscores;
 650     }
 651
 652     boolean isShowBranchLengthValues() {
 653         return _show_branch_length_values;
 654     }
 655
 656     public boolean isShowDefaultNodeShapes() {
 657         return _show_default_node_shapes;
 658     }
 659
 660     public boolean isShowDomainLabels() {
 661         return _show_domain_labels;
 662     }
 663
 664     boolean isShowOverview() {
 665         return _show_overview;
 666     }
 667
 668     boolean isShowScale() {
 669         return _show_scale;
 670     }
 671
 672     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 673         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 674     }
 675
 676     final boolean isUseNativeUI() {
 677         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() && AptxUtil.isJava15() ) {
 678             _ui = UI.NATIVE;
 679         }
 680         return _ui == UI.NATIVE;
 681     }
 682
 683     /**
 684      * Only used by ArchaeoptryxE.
 685      *
 686      */
 687     boolean isUseTabbedDisplay() {
 688         return _use_tabbed_display;
 689     }
 690
 691     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 692         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 693     }
 694
 695     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 696         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 697         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 698             return true;
 699         }
 700         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 701             return false;
 702         }
 703         else {
 704             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 705             return false;
 706         }
 707     }
 708
 709     private double parseDouble( final String str ) {
 710         double d = 0.0;
 711         try {
 712             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 713         }
 714         catch ( final Exception e ) {
 715             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 716             d = 0.0;
 717         }
 718         return d;
 719     }
 720
 721     private float parseFloat( final String str ) {
 722         float f = 0.0f;
 723         try {
 724             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 725         }
 726         catch ( final Exception e ) {
 727             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 728             f = 0.0f;
 729         }
 730         return f;
 731     }
 732
 733     private int parseInt( final String str ) {
 734         int i = -1;
 735         try {
 736             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 737         }
 738         catch ( final Exception e ) {
 739             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 740             i = -1;
 741         }
 742         return i;
 743     }
 744
 745     private short parseShort( final String str ) {
 746         short i = -1;
 747         try {
 748             i = Short.parseShort( str.trim() );
 749         }
 750         catch ( final Exception e ) {
 751             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 752             i = -1;
 753         }
 754         return i;
 755     }
 756
 757     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 758         setBaseFontFamilyName( "" );
 759         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 760         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 761         for( String font : fonts ) {
 762             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 763             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 764                 setBaseFontFamilyName( font );
 765                 break;
 766             }
 767         }
 768     }
 769
 770     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 771         getDisplayColors().put( key, color );
 772     }
 773
 774     /**
 775      * read each line of config file, process non-comment lines
 776      * @throws IOException
 777      */
 778     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 779         String line;
 780         do {
 781             line = conf_in.readLine();
 782             if ( line != null ) {
 783                 line = line.trim();
 784                 // skip comments and blank lines
 785                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 786                     // convert runs of spaces to tabs
 787                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 788                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 789                     setKeyValue( st );
 790                 }
 791             }
 792         } while ( line != null );
 793     }
 794
 795     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 796         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 797     }
 798
 799     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 800         _antialias_screen = antialias_screen;
 801     }
 802
 803     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 804         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 805     }
 806
 807     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 808         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 809     }
 810
 811     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 812         _base_font_size = base_font_size;
 813     }
 814
 815     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 816         _cladogram_type = cladogram_type;
 817     }
 818
 819     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 820         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 821     }
 822
 823     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 824         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 825     }
 826
 827     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 828         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 829     }
 830
 831     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
 832         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
 833     }
 834
 835     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
 836         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
 837     }
 838
 839     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
 840         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
 841     }
 842
 843     public File getPathToLocalClustalOmega() {
 844         return _path_to_local_clustalo;
 845     }
 846
 847     public void setPathToLocalClustalOmega( final File path_to_local_clustalo ) {
 848         _path_to_local_clustalo = path_to_local_clustalo;
 849     }
 850
 851     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 852         _default_node_fill = default_node_fill;
 853     }
 854
 855     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 856         _default_node_shape = default_node_shape;
 857     }
 858
 859     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 860         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 861     }
 862
 863     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 864         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 865     }
 866
 867     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 868         _display_colors = display_colors;
 869     }
 870
 871     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 872         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 873     }
 874
 875     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 876         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 877     }
 878
 879     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 880         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 881     }
 882
 883     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 884         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 885     }
 886
 887     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 888         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 889     }
 890
 891     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 892         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 893     }
 894
 895     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 896         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 897     }
 898
 899     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 900         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 901     }
 902
 903     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 904         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 905     }
 906
 907     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 908         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 909     }
 910
 911     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 912         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 913     }
 914
 915     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 916         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 917     }
 918
 919     private void setEditable( final boolean editable ) {
 920         _editable = editable;
 921     }
 922
 923     public void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 924         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 925     }
 926
 927     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 928         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 929     }
 930
 931     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 932         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 933     }
 934
 935     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 936         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 937     }
 938
 939     /**
 940      * Set a key-value(s) tuple
 941      */
 942     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 943         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
 944         if ( !st.hasMoreElements() ) {
 945             return;
 946         }
 947         // Handle single value settings first:
 948         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 949             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 950             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 951             if ( default_clickto == -1 ) {
 952                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 953                         + "] for [default_click_to]" );
 954                 default_clickto = 0;
 955             }
 956             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 957                 // Deprecated.
 958             }
 959         }
 960         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 961             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 962             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 963                 _ui = UI.NATIVE;
 964             }
 965             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 966                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 967             }
 968             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 969                 _ui = UI.UNKNOWN;
 970             }
 971             else {
 972                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 973                         + "]" );
 974                 _ui = UI.UNKNOWN;
 975             }
 976         }
 977         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 978             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 979         }
 980         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 981             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 982         }
 983         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 984             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 985             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 986                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 987             }
 988             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 989                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 990             }
 991             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 992                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 993             }
 994             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 995                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 996             }
 997             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 998                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 999             }
1000             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1001                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1002             }
1003             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1004                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1005             }
1006             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1007                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1008             }
1009             else {
1010                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1011                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1012                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1013             }
1014         }
1015         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1016             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1017             final double d = parseDouble( mcv_str );
1018             setMinConfidenceValue( d );
1019         }
1020         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1021             processFontFamily( st );
1022         }
1023         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1024             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1025             final int i = parseInt( size_str );
1026             setBaseFontSize( i );
1027         }
1028         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1029             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1030             final int i = parseInt( str );
1031             setGraphicsExportX( i );
1032         }
1033         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1034             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1035             final int i = parseInt( str );
1036             setGraphicsExportY( i );
1037         }
1038         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1039             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1040             final float f = parseFloat( str );
1041             if ( f > 0 ) {
1042                 setPrintLineWidth( f );
1043             }
1044             else {
1045                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1046                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1047             }
1048         }
1049         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1050             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1051             final int i = parseInt( str );
1052             if ( i >= 0 ) {
1053                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1054             }
1055             else {
1056                 ForesterUtil
1057                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1058                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1059             }
1060         }
1061         else if ( key.equals( "clustalo_local" ) ) {
1062             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1063             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1064                 setPathToLocalClustalOmega( new File( str ) );
1065             }
1066         }
1067         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1068             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1069             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1070                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1071             }
1072         }
1073         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1074             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1075             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1076                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1077             }
1078         }
1079         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1080             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1081             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1082                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1083             }
1084         }
1085         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1086             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1087         }
1088         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1089             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1090         }
1091         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1092             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1093         }
1094         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1095             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1096         }
1097         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1098             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1099         }
1100         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1101             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1102         }
1103         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1104             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1105         }
1106         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1107             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1108             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1109                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1110             }
1111             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1112                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1113             }
1114             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1115                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1116             }
1117             else {
1118                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1119                         + "] for [cladogram_type]" );
1120             }
1121         }
1122         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1123             ForesterUtil
1124                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1125                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1126         }
1127         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1128             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1129         }
1130         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1131             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1132         }
1133         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1134             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1135             setOvMaxWidth( i );
1136         }
1137         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1138             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1139             setOvMaxHeight( i );
1140         }
1141         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1142             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1143             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1144                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1145             }
1146             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1147                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1148             }
1149             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1150                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1151             }
1152             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1153                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1154             }
1155             else {
1156                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1157                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1158                         + "] for [overview_placement_type]" );
1159             }
1160         }
1161         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1162             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1163             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1164                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1165             }
1166             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1167                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1168             }
1169             else {
1170                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1171                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1172                         + "] for [node_label_direction]" );
1173             }
1174         }
1175         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1176             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1177             if ( i >= 0 ) {
1178                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1179             }
1180             else {
1181                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1182                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1183             }
1184         }
1185         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1186             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1187             if ( i >= 0 ) {
1188                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1189             }
1190             else {
1191                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1192                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1193             }
1194         }
1195         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1196             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1197         }
1198         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1199             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1200         }
1201         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1202             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1203             if ( r && isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
1204                 ForesterUtil
1205                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1206                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1207             }
1208             else {
1209                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1210             }
1211         }
1212         else if ( key.equals( "extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing" ) ) {
1213             final boolean e = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1214             if ( e && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1215                 ForesterUtil
1216                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1217                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1218             }
1219             else {
1220                 setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( e );
1221             }
1222         }
1223         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1224             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1225         }
1226         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1227             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1228         }
1229         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1230             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1231         }
1232         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1233             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1234         }
1235         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1236             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1237         }
1238         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1239             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1240         }
1241         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1242             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1243         }
1244         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1245             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1246         }
1247         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1248             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1249         }
1250         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1251             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1252         }
1253         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1254             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1255         }
1256         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1257             setShowDefaultNodeShapes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1258         }
1259         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1260             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1261             setDefaultNodeShapeSize( i );
1262         }
1263         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1264             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1265             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1266                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1267             }
1268             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1269                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1270             }
1271             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1272                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1273             }
1274             else {
1275                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1276                         + "] for [default_node_fill]" );
1277             }
1278         }
1279         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1280             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1281             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1282                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1283             }
1284             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1285                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1286             }
1287             else {
1288                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1289                         + "] for [default_node_shape]" );
1290             }
1291         }
1292         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1293             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1294         }
1295         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1296             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1297             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1298                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1299             }
1300             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1301                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1302             }
1303             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1304                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1305             }
1306             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1307                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1308             }
1309             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1310                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1311             }
1312             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1313                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1314             }
1315             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1316                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1317             }
1318             else {
1319                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1320                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1321             }
1322         }
1323         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1324             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1325             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1326                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1327                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1328             }
1329             else {
1330                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1331             }
1332         }
1333         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1334             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1335             if ( s.equals( "console" ) ) {
1336                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1337             }
1338             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1339                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1340             }
1341             else {
1342                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1343                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1344             }
1345         }
1346         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1347             // yet retrieved!
1348             int key_index = -1;
1349             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1350                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1351                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1352                     ForesterUtil
1353                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1354                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1355                 }
1356             }
1357             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1358                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1359             }
1360             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1361                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1362             }
1363             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1364                 key_index = Configuration.show_node_names;
1365             }
1366             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1367                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1368                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1369                     ForesterUtil
1370                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1371                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1372                 }
1373             }
1374             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1375                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1376                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1377                 key_index = DEPRECATED;
1378             }
1379             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1380                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1381                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1382                     ForesterUtil
1383                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1384                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1385                 }
1386             }
1387             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1388                 key_index = Configuration.write_events;
1389                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1390                     ForesterUtil
1391                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1392                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1393                 }
1394             }
1395             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1396                 key_index = Configuration.color_branches;
1397             }
1398             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1399                 key_index = Configuration.width_branches;
1400             }
1401             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1402                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1403                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1404             }
1405             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1406                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1407                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1408             }
1409             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1410                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1411                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1412             }
1413             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1414                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1415                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1416                 key_index = DEPRECATED;
1417             }
1418             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1419                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1420             }
1421             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1422                 key_index = Configuration.show_annotation;
1423             }
1424             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1425                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1426             }
1427             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1428                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1429             }
1430             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1431                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1432             }
1433             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1434                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1435             }
1436             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1437                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1438             }
1439             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1440                 ForesterUtil
1441                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1442                 key_index = DEPRECATED;
1443             }
1444             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1445                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1446             }
1447             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1448                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1449             }
1450             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1451                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1452                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1453                 key_index = DEPRECATED;
1454             }
1455             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1456                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1457             }
1458             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1459                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1460             }
1461             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1462                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1463             }
1464             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1465                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1466             }
1467             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1468                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1469             }
1470             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1471                 key_index = Configuration.show_properties;
1472             }
1473             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1474                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1475             }
1476             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1477                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1478             }
1479             // If we've found the key, set the values
1480             if ( key_index >= 0 ) {
1481                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1482                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1483                 // otherwise, keep looking
1484             }
1485             else {
1486                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1487                     // Deprecated.
1488                 }
1489                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1490                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1491                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1492                     if ( key_index >= 0 ) {
1493                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1494                     }
1495                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1496                         // Deprecated.
1497                     }
1498                     else {
1499                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1500                                 + click_to_name );
1501                     }
1502                 }
1503                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1504                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1505                 }
1506                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1507                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1508                 }
1509                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1510                     getAnnotationColors()
1511                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1512                 }
1513                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1514                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1515                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1516                 }
1517                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1518                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1519                 }
1520                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1521                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1522                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1523                                        ( String ) st.nextElement(),
1524                                        ( String ) st.nextElement() );
1525                     }
1526                     else {
1527                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1528                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1529                     }
1530                 }
1531                 else {
1532                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1533                             + "] in: " + config_filename );
1534                 }
1535             }
1536         }
1537         else {
1538             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1539                     + config_filename );
1540         }
1541     }
1542
1543     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1544         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1545     }
1546
1547     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
1548         return _label_for_get_ext_descendents_data;
1549     }
1550
1551     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1552         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1553     }
1554
1555     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1556         _node_label_direction = node_label_direction;
1557     }
1558
1559     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1560         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1561     }
1562
1563     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1564         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1565     }
1566
1567     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1568         _ov_max_height = ov_max_height;
1569     }
1570
1571     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1572         _ov_max_width = ov_max_width;
1573     }
1574
1575     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1576         _ov_placement = ov_placement;
1577     }
1578
1579     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1580         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1581     }
1582
1583     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1584         _print_line_width = print_line_width;
1585     }
1586
1587     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1588         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1589     }
1590
1591     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1592         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1593     }
1594
1595     public void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
1596         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
1597     }
1598
1599     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1600         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1601     }
1602
1603     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1604         _show_overview = show_overview;
1605     }
1606
1607     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1608         _show_scale = show_scale;
1609     }
1610
1611     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
1612         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1613     }
1614
1615     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1616         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1617     }
1618
1619     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
1620         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1621     }
1622
1623     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1624         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1625     }
1626
1627     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1628         _weblinks = weblinks;
1629     }
1630
1631     static String getDefaultFontFamilyName() {
1632         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1633     }
1634
1635     static enum TRIPLET {
1636         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1637     }
1638
1639     public enum UI {
1640         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1641     }
1642
1643     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
1644         return _ext_desc_data_to_return;
1645     }
1646
1647     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
1648         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
1649     }
1650
1651     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
1652         return _ext_node_data_return_on;
1653     }
1654
1655     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1656         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1657     }
1658 }