forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  59             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  60             { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  61             { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  62             { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  63             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  64             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  65             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  66             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  67     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  68     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  69     final static int                        reroot                                                 = 2;
  70     final static int                        subtree                                                = 3;
  71     final static int                        swap                                                   = 4;
  72     final static int                        color_node_font                                        = 5;
  73     final static int                        change_node_font                                       = 6;
  74     final static int                        color_subtree                                          = 7;
  75     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
  76     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
  77     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
  78     final static int                        blast                                                  = 11;
  79     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
  80     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
  81     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
  82     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
  83     final static int                        add_new_node                                           = 16;
  84     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
  85     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
  86     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
  87     final static int                        select_nodes                                           = 20;
  88     // ------------------
  89     // Click-to options
  90     // ------------------
  91     final static String                     display_options[][]                                    = {
  92             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
  93             { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
  94             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
  95             { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
  96             { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Protein Domains", "display", "no" },
  97             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
  98             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
  99             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 100             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 101             { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 102             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 103             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 104             { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" }                  };
 105     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 106     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 107     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 108     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 109     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 110     final static int                        write_events                                           = 5;
 111     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 112     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 113     final static int                        use_style                                              = 8;
 114     final static int                        width_branches                                         = 9;
 115     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 116     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 117     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 118     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 119     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 120     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 121     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 122     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 123     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 124     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 125     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 126     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 127     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 128     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 129     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 130     final static int                        show_properties                                        = 25;
 131     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 132     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 133     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 134     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 135     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 136     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 137     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 138     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 139     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 140     // ---------------------------
 141     // Display options for trees
 142     // ---------------------------
 143     // ---------------------------------
 144     // Pertaining to the config itself
 145     // ---------------------------------
 146     // Full path to config (may be URL)
 147     String                                  config_filename;
 148     // This option is selected in the dropdown
 149     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 150     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 151     // --------------
 152     // Color set
 153     // --------------
 154     TreeColorSet                            tree_color_set;
 155     // -------
 156     // Fonts
 157     // -------
 158     TreeFontSet                             tree_font_set;
 159     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 160     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 161     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 162     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 163     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 164     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 165     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 166     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 167     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 168     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 169     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 170     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 171     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 172     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 173     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 174     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 175     private boolean                         _editable                                              = true;
 176     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 177     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 178     private int                             _frame_x_size;
 179     private int                             _frame_y_size;
 180     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 181     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 182     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 183     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 184     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 185     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 186     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 187     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 188     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 189     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 190     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 191     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 192     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 193     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 194     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 195     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 196     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 197     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 198     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 199     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 200     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 201     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 202     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 203     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 204     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 205     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 206     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 207     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 208     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 209     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 210     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
 211     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 212     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 213     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 214     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 215     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 216     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 217     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 218     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 219     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 220     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 221     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 222     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 223     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 224     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 225     static {
 226         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 227             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 228                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 229                 break;
 230             }
 231         }
 232         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 233             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 234         }
 235     }
 236
 237     public Configuration() {
 238         this( null, false, false, false );
 239     }
 240
 241     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 242         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 243             config_filename = default_config_filename;
 244         }
 245         else {
 246             config_filename = cf;
 247         }
 248         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 249         config_filename = config_filename.trim();
 250         URL u = null;
 251         if ( is_url ) {
 252             // If URL, open accordingly
 253             try {
 254                 u = new URL( config_filename );
 255                 try {
 256                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 257                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 258                     readConfig( bf );
 259                     bf.close();
 260                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 261                             + config_filename + "]" );
 262                 }
 263                 catch ( final Exception e ) {
 264                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 265                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 266                 }
 267             }
 268             catch ( final Exception e ) {
 269                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 270                         + config_filename + "]" );
 271             }
 272         }
 273         else {
 274             // Otherwise, open as a file
 275             File f = new File( config_filename );
 276             if ( !f.exists() ) {
 277                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 278             }
 279             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 280                 try {
 281                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 282                     readConfig( bf );
 283                     bf.close();
 284                 }
 285                 catch ( final Exception e ) {
 286                     if ( verbose ) {
 287                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 288                                 + config_filename + "]: " + e );
 289                     }
 290                 }
 291             }
 292             else {
 293                 if ( verbose ) {
 294                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 295                             + config_filename + "]" );
 296                 }
 297             }
 298         }
 299     }
 300
 301     public String getBaseFontFamilyName() {
 302         return _base_font_family_name;
 303     }
 304
 305     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 306         return _default_bootstrap_samples;
 307     }
 308
 309     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 310         return _default_node_fill;
 311     }
 312
 313     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 314         return _default_node_shape;
 315     }
 316
 317     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 318         return _default_node_shape_size;
 319     }
 320
 321     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 322         return _domain_structure_base_color;
 323     }
 324
 325     public Color getDomainStructureFontColor() {
 326         return _domain_structure_font_color;
 327     }
 328
 329     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 330         return _ext_desc_data_to_return;
 331     }
 332
 333     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 334         return _ext_node_data_return_on;
 335     }
 336
 337     public int getFrameXSize() {
 338         return _frame_x_size;
 339     }
 340
 341     public int getFrameYSize() {
 342         return _frame_y_size;
 343     }
 344
 345     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 346         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 347     }
 348
 349     public File getPathToLocalFastme() {
 350         return _path_to_local_fastme;
 351     }
 352
 353     public File getPathToLocalMafft() {
 354         return _path_to_local_mafft;
 355     }
 356
 357     public File getPathToLocalRaxml() {
 358         return _path_to_local_raxml;
 359     }
 360
 361     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 362         return _abbreviate_scientific_names;
 363     }
 364
 365     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 366         return _background_color_gradient;
 367     }
 368
 369     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 370         return false;
 371     }
 372
 373     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 374         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 375     }
 376
 377     public boolean isMidpointReroot() {
 378         return _midpoint_root;
 379     }
 380
 381     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 382         return _show_annotation_ref_source;
 383     }
 384
 385     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 386         return _show_default_node_shapes_external;
 387     }
 388
 389     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 390         return _show_default_node_shapes_internal;
 391     }
 392
 393     public boolean isShowDomainLabels() {
 394         return _show_domain_labels;
 395     }
 396
 397     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 398         getDisplayColors().put( key, color );
 399     }
 400
 401     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 402         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 403     }
 404
 405     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 406         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 407     }
 408
 409     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 410         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 411     }
 412
 413     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 414         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 415     }
 416
 417     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 418         _base_font_size = base_font_size;
 419     }
 420
 421     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 422         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 423     }
 424
 425     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 426         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 427     }
 428
 429     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 430         _default_node_fill = default_node_fill;
 431     }
 432
 433     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 434         _default_node_shape = default_node_shape;
 435     }
 436
 437     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 438         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 439     }
 440
 441     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 442         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 443     }
 444
 445     public void setUseStyle( final boolean b ) {
 446         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 447     }
 448
 449     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 450         _display_colors = display_colors;
 451     }
 452
 453     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 454         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 455     }
 456
 457     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 458         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 459     }
 460
 461     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 462         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 463     }
 464
 465     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 466         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 467     }
 468
 469     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 470         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 471     }
 472
 473     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 474         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 475     }
 476
 477     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 478         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 479     }
 480
 481     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 482         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 483     }
 484
 485     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 486         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 487     }
 488
 489     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 490         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 491     }
 492
 493     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 494         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 495     }
 496
 497     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 498         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 499     }
 500
 501     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 502         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 503     }
 504
 505     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 506         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 507     }
 508
 509     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 510         _frame_x_size = frame_x_size;
 511     }
 512
 513     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 514         _frame_y_size = frame_y_size;
 515     }
 516
 517     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 518         _midpoint_root = midpoint_root;
 519     }
 520
 521     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 522         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 523     }
 524
 525     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 526         _node_label_direction = node_label_direction;
 527     }
 528
 529     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 530         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 531     }
 532
 533     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 534         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 535     }
 536
 537     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 538         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 539     }
 540
 541     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 542         _print_line_width = print_line_width;
 543     }
 544
 545     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 546         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 547     }
 548
 549     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 550         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 551     }
 552
 553     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 554         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 555     }
 556
 557     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 558         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 559     }
 560
 561     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 562         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 563     }
 564
 565     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 566         _show_scale = show_scale;
 567     }
 568
 569     boolean displaySequenceRelations() {
 570         return _display_sequence_relations;
 571     }
 572
 573     boolean doCheckOption( final int which ) {
 574         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 575                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 576     }
 577
 578     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 579         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 580     }
 581
 582     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 583         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 584     }
 585
 586     /**
 587      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 588      * this or not (e.g. phylogram)
 589      *
 590      */
 591     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 592         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 593     }
 594
 595     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 596         if ( _annotation_colors == null ) {
 597             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 598         }
 599         return _annotation_colors;
 600     }
 601
 602     int getBaseFontSize() {
 603         return _base_font_size;
 604     }
 605
 606     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 607         return _cladogram_type;
 608     }
 609
 610     int getClickToOptionsCount() {
 611         return clickto_options.length;
 612     }
 613
 614     String getClickToTitle( final int which ) {
 615         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 616     }
 617
 618     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 619         return default_clickto;
 620     }
 621
 622     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 623         return _display_colors;
 624     }
 625
 626     String getDisplayTitle( final int which ) {
 627         return display_options[ which ][ 0 ];
 628     }
 629
 630     Map<String, Color> getDomainColors() {
 631         if ( _domain_colors == null ) {
 632             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 633         }
 634         return _domain_colors;
 635     }
 636
 637     int getGraphicsExportX() {
 638         return _graphics_export_x;
 639     }
 640
 641     int getGraphicsExportY() {
 642         return _graphics_export_y;
 643     }
 644
 645     Color getGuiBackgroundColor() {
 646         return _gui_background_color;
 647     }
 648
 649     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 650         return _gui_button_background_color;
 651     }
 652
 653     Color getGuiButtonBorderColor() {
 654         return _gui_button_border_color;
 655     }
 656
 657     Color getGuiButtonTextColor() {
 658         return _gui_button_text_color;
 659     }
 660
 661     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 662         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 663     }
 664
 665     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 666         return _gui_checkbox_text_color;
 667     }
 668
 669     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 670         return _gui_menu_background_color;
 671     }
 672
 673     Color getGuiMenuTextColor() {
 674         return _gui_menu_text_color;
 675     }
 676
 677     int getMaxBaseFontSize() {
 678         return _max_base_font_size;
 679     }
 680
 681     int getMinBaseFontSize() {
 682         return _min_base_font_size;
 683     }
 684
 685     double getMinConfidenceValue() {
 686         return _min_confidence_value;
 687     }
 688
 689     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 690         return _node_label_direction;
 691     }
 692
 693     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 694         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 695     }
 696
 697     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 698         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 699     }
 700
 701     short getOvMaxHeight() {
 702         return _ov_max_height;
 703     }
 704
 705     short getOvMaxWidth() {
 706         return _ov_max_width;
 707     }
 708
 709     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 710         return _ov_placement;
 711     }
 712
 713     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 714         return _phylogeny_graphics_type;
 715     }
 716
 717     float getPrintLineWidth() {
 718         return _print_line_width;
 719     }
 720
 721     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 722         if ( _species_colors == null ) {
 723             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 724         }
 725         return _species_colors;
 726     }
 727
 728     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
 729         if ( _sequence_colors == null ) {
 730             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
 731         }
 732         return _sequence_colors;
 733     }
 734
 735     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 736         return _taxonomy_extraction;
 737     }
 738
 739     boolean isAntialiasScreen() {
 740         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 741             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 742             return false;
 743         }
 744         return _antialias_screen;
 745     }
 746
 747     /**
 748      * Convenience method.
 749      *
 750      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 751      */
 752     boolean isDrawAsPhylogram() {
 753         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 754     }
 755
 756     boolean isEditable() {
 757         return _editable;
 758     }
 759
 760     /**
 761      * Only used by ArchaeoptryxE.
 762      *
 763      */
 764     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 765         return _hide_controls_and_menus;
 766     }
 767
 768     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 769         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 770     }
 771
 772     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 773         return _nh_parsing_replace_underscores;
 774     }
 775
 776     boolean isShowBranchLengthValues() {
 777         return _show_branch_length_values;
 778     }
 779
 780     boolean isShowOverview() {
 781         return _show_overview;
 782     }
 783
 784     boolean isShowScale() {
 785         return _show_scale;
 786     }
 787
 788     final boolean isUseNativeUI() {
 789         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 790             _ui = UI.NATIVE;
 791         }
 792         return _ui == UI.NATIVE;
 793     }
 794
 795     /**
 796      * Only used by ArchaeoptryxE.
 797      *
 798      */
 799     boolean isUseTabbedDisplay() {
 800         return _use_tabbed_display;
 801     }
 802
 803     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 804         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 805     }
 806
 807     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 808         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 809     }
 810
 811     private int getClickToIndex( final String name ) {
 812         int index = -1;
 813         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 814             index = Configuration.display_node_data;
 815             ForesterUtil
 816                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 817                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 818         }
 819         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 820             index = Configuration.display_node_data;
 821         }
 822         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 823             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 824         }
 825         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 826             index = Configuration.reroot;
 827         }
 828         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 829             index = Configuration.subtree;
 830         }
 831         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 832             index = Configuration.swap;
 833         }
 834         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 835             index = Configuration.sort_descendents;
 836         }
 837         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 838             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 839         }
 840         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 841             ForesterUtil
 842                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 843             return DEPRECATED;
 844         }
 845         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 846             index = Configuration.open_seq_web;
 847         }
 848         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 849             index = Configuration.open_pdb_web;
 850         }
 851         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 852             index = Configuration.open_tax_web;
 853         }
 854         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 855             index = Configuration.blast;
 856         }
 857         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 858             index = Configuration.cut_subtree;
 859         }
 860         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 861             index = Configuration.copy_subtree;
 862         }
 863         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 864             index = Configuration.paste_subtree;
 865         }
 866         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 867             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 868         }
 869         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 870             index = Configuration.add_new_node;
 871         }
 872         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 873             index = Configuration.edit_node_data;
 874         }
 875         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 876             index = Configuration.select_nodes;
 877         }
 878         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 879             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 880                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 881             return DEPRECATED;
 882         }
 883         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 884             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 885             return DEPRECATED;
 886         }
 887         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 888             index = Configuration.color_subtree;
 889         }
 890         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 891             index = Configuration.change_node_font;
 892         }
 893         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 894             index = Configuration.color_node_font;
 895         }
 896         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 897             index = Configuration.color_subtree;
 898         }
 899         return index;
 900     }
 901
 902     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 903         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 904         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 905             return true;
 906         }
 907         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 908             return false;
 909         }
 910         else {
 911             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 912             return false;
 913         }
 914     }
 915
 916     private double parseDouble( final String str ) {
 917         double d = 0.0;
 918         try {
 919             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 920         }
 921         catch ( final Exception e ) {
 922             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 923             d = 0.0;
 924         }
 925         return d;
 926     }
 927
 928     private float parseFloat( final String str ) {
 929         float f = 0.0f;
 930         try {
 931             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 932         }
 933         catch ( final Exception e ) {
 934             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 935             f = 0.0f;
 936         }
 937         return f;
 938     }
 939
 940     private int parseInt( final String str ) {
 941         int i = -1;
 942         try {
 943             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 944         }
 945         catch ( final Exception e ) {
 946             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 947             i = -1;
 948         }
 949         return i;
 950     }
 951
 952     private short parseShort( final String str ) {
 953         short i = -1;
 954         try {
 955             i = Short.parseShort( str.trim() );
 956         }
 957         catch ( final Exception e ) {
 958             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 959             i = -1;
 960         }
 961         return i;
 962     }
 963
 964     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 965         setBaseFontFamilyName( "" );
 966         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 967         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 968         for( String font : fonts ) {
 969             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 970             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 971                 setBaseFontFamilyName( font );
 972                 break;
 973             }
 974         }
 975     }
 976
 977     /**
 978      * read each line of config file, process non-comment lines
 979      * @throws IOException
 980      */
 981     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 982         String line;
 983         do {
 984             line = conf_in.readLine();
 985             if ( line != null ) {
 986                 line = line.trim();
 987                 // skip comments and blank lines
 988                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 989                     // convert runs of spaces to tabs
 990                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 991                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 992                     setKeyValue( st );
 993                 }
 994             }
 995         } while ( line != null );
 996     }
 997
 998     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 999         _antialias_screen = antialias_screen;
1000     }
1001
1002     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
1003         _cladogram_type = cladogram_type;
1004     }
1005
1006     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
1007         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
1008     }
1009
1010     private void setEditable( final boolean editable ) {
1011         _editable = editable;
1012     }
1013
1014     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1015         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1016     }
1017
1018     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1019         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1020     }
1021
1022     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1023         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1024     }
1025
1026     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1027         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1028     }
1029
1030     /**
1031      * Set a key-value(s) tuple
1032      */
1033     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1034         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1035         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1036             return;
1037         }
1038         // Handle single value settings first:
1039         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1040             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1041             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1042             if ( default_clickto == -1 ) {
1043                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1044                         + "] for [default_click_to]" );
1045                 default_clickto = 0;
1046             }
1047             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1048                 // Deprecated.
1049             }
1050         }
1051         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1052             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1053             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1054                 _ui = UI.NATIVE;
1055             }
1056             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1057                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1058             }
1059             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1060                 _ui = UI.UNKNOWN;
1061             }
1062             else {
1063                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1064                         + "]" );
1065                 _ui = UI.UNKNOWN;
1066             }
1067         }
1068         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1069             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1070         }
1071         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1072             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1073         }
1074         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1075             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1076             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1077                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1078             }
1079             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1080                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1081             }
1082             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1083                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1084             }
1085             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1086                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1087             }
1088             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1089                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1090             }
1091             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1092                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1093             }
1094             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1095                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1096             }
1097             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1098                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1099             }
1100             else {
1101                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1102                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1103                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1104             }
1105         }
1106         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1107             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1108             final double d = parseDouble( mcv_str );
1109             setMinConfidenceValue( d );
1110         }
1111         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1112             processFontFamily( st );
1113         }
1114         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1115             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1116             final int i = parseInt( size_str );
1117             if ( i > 0 ) {
1118                 setBaseFontSize( i );
1119             }
1120         }
1121         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1122             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1123             final int i = parseInt( size_str );
1124             if ( i > 0 ) {
1125                 setMinBaseFontSize( i );
1126             }
1127         }
1128         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1129             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1130             final int i = parseInt( size_str );
1131             if ( i > 1 ) {
1132                 setMaxBaseFontSize( i );
1133             }
1134         }
1135         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1136             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1137             final int i = parseInt( str );
1138             if ( i > 0 ) {
1139                 setGraphicsExportX( i );
1140             }
1141         }
1142         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1143             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1144             final int i = parseInt( str );
1145             if ( i > 0 ) {
1146                 setGraphicsExportY( i );
1147             }
1148         }
1149         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1150             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1151             final float f = parseFloat( str );
1152             if ( f > 0 ) {
1153                 setPrintLineWidth( f );
1154             }
1155             else {
1156                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1157                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1158             }
1159         }
1160         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1161             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1162             final int i = parseInt( str );
1163             if ( i > 0 ) {
1164                 setFrameXSize( i );
1165             }
1166         }
1167         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1168             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1169             final int i = parseInt( str );
1170             if ( i > 0 ) {
1171                 setFrameYSize( i );
1172             }
1173         }
1174         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1175             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1176             final int i = parseInt( str );
1177             if ( i >= 0 ) {
1178                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1179             }
1180             else {
1181                 ForesterUtil
1182                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1183                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1184             }
1185         }
1186         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1187             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1188             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1189                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1190             }
1191         }
1192         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1193             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1194             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1195                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1196             }
1197         }
1198         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1199             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1200             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1201                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1202             }
1203         }
1204         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1205             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1206         }
1207         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1208             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1209         }
1210         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1211             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1212         }
1213         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1214             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1215         }
1216         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1217             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1218         }
1219         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1220             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1221         }
1222         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1223             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1224         }
1225         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1226             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1227         }
1228         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1229             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1230             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1231                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1232             }
1233             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1234                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1235             }
1236             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1237                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1238             }
1239             else {
1240                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1241                         + "] for [cladogram_type]" );
1242             }
1243         }
1244         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1245             ForesterUtil
1246                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1247                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1248         }
1249         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1250             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1251         }
1252         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1253             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1254         }
1255         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1256             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1257             setOvMaxWidth( i );
1258         }
1259         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1260             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1261             setOvMaxHeight( i );
1262         }
1263         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1264             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1265             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1266                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1267             }
1268             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1269                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1270             }
1271             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1272                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1273             }
1274             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1275                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1276             }
1277             else {
1278                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1279                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1280                         + "] for [overview_placement_type]" );
1281             }
1282         }
1283         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1284             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1285             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1286                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1287             }
1288             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1289                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1290             }
1291             else {
1292                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1293                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1294                         + "] for [node_label_direction]" );
1295             }
1296         }
1297         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1298             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1299             if ( i >= 0 ) {
1300                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1301             }
1302             else {
1303                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1304                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1305             }
1306         }
1307         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1308             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1309             if ( i >= 0 ) {
1310                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1311             }
1312             else {
1313                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1314                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1315             }
1316         }
1317         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1318             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1319         }
1320         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1321             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1322         }
1323         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1324             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1325             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1326                 ForesterUtil
1327                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1328                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1329             }
1330             else {
1331                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1332             }
1333         }
1334         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1335             final String s = ( String ) st.nextElement();
1336             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1337                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1338             }
1339             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1340                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1341             }
1342             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1343                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1344             }
1345             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1346                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1347             }
1348             else {
1349                 ForesterUtil
1350                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1351                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1352                                                       + s
1353                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1354             }
1355             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1356                 ForesterUtil
1357                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1358                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1359             }
1360         }
1361         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1362             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1363         }
1364         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1365             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1366         }
1367         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1368             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1369         }
1370         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1371             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1372         }
1373         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1374             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1375         }
1376         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1377             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1378         }
1379         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1380             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1381         }
1382         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1383             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1384         }
1385         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1386             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1387         }
1388         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1389             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1390         }
1391         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1392             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1393         }
1394         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1395             ForesterUtil
1396                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1397                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1398             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1399             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1400             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1401         }
1402         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1403             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1404         }
1405         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1406             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1407         }
1408         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1409             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1410             setDefaultNodeShapeSize( i );
1411         }
1412         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1413             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1414             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1415                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1416             }
1417             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1418                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1419             }
1420             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1421                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1422             }
1423             else {
1424                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1425                         + "] for [default_node_fill]" );
1426             }
1427         }
1428         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1429             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1430             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1431                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1432             }
1433             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1434                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1435             }
1436             else {
1437                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1438                         + "] for [default_node_shape]" );
1439             }
1440         }
1441         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1442             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1443         }
1444         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1445             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1446             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1447                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1448             }
1449             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1450                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1451             }
1452             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1453                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1454             }
1455             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1456                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1457             }
1458             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1459                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1460             }
1461             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1462                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1463             }
1464             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1465                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1466             }
1467             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1468                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1469             }
1470             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1471                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1472             }
1473             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1474                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1475             }
1476             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1477                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1478             }
1479             else {
1480                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1481                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1482             }
1483         }
1484         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1485             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1486             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1487                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1488                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1489             }
1490             else {
1491                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1492             }
1493         }
1494         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1495             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1496             if ( s.equals( "console" ) ) {
1497                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1498             }
1499             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1500                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1501             }
1502             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1503                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1504             }
1505             else {
1506                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1507                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1508             }
1509         }
1510         //
1511         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1512             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1513         }
1514         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1515             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1516         }
1517         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1518             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1519         }
1520         //
1521         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1522             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1523             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1524                 _vector_data_width = 120;
1525             }
1526         }
1527         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1528             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1529             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1530                 _vector_data_height = 12;
1531             }
1532         }
1533         //
1534         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1535             // yet retrieved!
1536             int key_index = -1;
1537             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1538                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1539             }
1540             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1541                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1542             }
1543             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1544                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1545             }
1546             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1547                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1548             }
1549             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1550                 key_index = Configuration.show_node_names;
1551             }
1552             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1553                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1554             }
1555             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1556                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1557             }
1558             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1559                 key_index = Configuration.write_events;
1560             }
1561             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1562                 key_index = Configuration.use_style;
1563             }
1564             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1565                 key_index = Configuration.use_style;
1566                 ForesterUtil
1567                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1568                                               "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1569             }
1570             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1571                 key_index = Configuration.width_branches;
1572             }
1573             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1574                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1575             }
1576             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1577                 key_index = Configuration.show_annotation;
1578             }
1579             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1580                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1581             }
1582             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1583                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1584             }
1585             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1586                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1587             }
1588             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1589                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1590             }
1591             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1592                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1593             }
1594             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1595                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1596             }
1597             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1598                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1599             }
1600             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1601                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1602             }
1603             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1604                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1605             }
1606             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1607                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1608             }
1609             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1610                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1611             }
1612             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1613                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1614             }
1615             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1616                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1617             }
1618             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1619                 key_index = Configuration.show_properties;
1620             }
1621             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1622                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1623             }
1624             // If we've found the key, set the values
1625             if ( key_index >= 0 ) {
1626                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1627                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1628                 // otherwise, keep looking
1629             }
1630             else {
1631                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1632                     // Deprecated.
1633                 }
1634                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1635                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1636                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1637                     if ( key_index >= 0 ) {
1638                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1639                     }
1640                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1641                         // Deprecated.
1642                     }
1643                     else {
1644                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1645                                 + click_to_name );
1646                     }
1647                 }
1648                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1649                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1650                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1651                 }
1652                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1653                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1654                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1655                 }
1656                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1657                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1658                 }
1659                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1660                     getAnnotationColors()
1661                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1662                 }
1663                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1664                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1665                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1666                 }
1667                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1668                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1669                 }
1670                 else {
1671                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1672                             + "] in: " + config_filename );
1673                 }
1674             }
1675         }
1676         else {
1677             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1678                     + config_filename );
1679         }
1680     }
1681
1682     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1683         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1684     }
1685
1686     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1687         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1688     }
1689
1690     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1691         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1692     }
1693
1694     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1695         _ov_max_height = ov_max_height;
1696     }
1697
1698     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1699         _ov_max_width = ov_max_width;
1700     }
1701
1702     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1703         _ov_placement = ov_placement;
1704     }
1705
1706     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1707         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1708     }
1709
1710     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1711         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1712     }
1713
1714     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1715         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1716     }
1717
1718     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1719         _show_annotation_ref_source = b;
1720     }
1721
1722     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1723         _show_overview = show_overview;
1724     }
1725
1726     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1727         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1728     }
1729
1730     static String getDefaultFontFamilyName() {
1731         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1732     }
1733
1734     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1735         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
1736     }
1737
1738     public enum UI {
1739         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
1740     }
1741
1742     static enum TRIPLET {
1743         FALSE, TRUE, UNKNOWN
1744     }
1745
1746     public Color getVectorDataMinColor() {
1747         return _vector_data_min_color;
1748     }
1749
1750     public Color getVectorDataMaxColor() {
1751         return _vector_data_max_color;
1752     }
1753
1754     public Color getVectorDataMeanColor() {
1755         return _vector_data_mean_color;
1756     }
1757
1758     public double getVectorDataHeight() {
1759         return _vector_data_height;
1760     }
1761
1762     public int getVectorDataWidth() {
1763         return _vector_data_width;
1764     }
1765 }