forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  59     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  60     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  61     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  62     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  63     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  64     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  65     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  66     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  67     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  68     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  69     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  70     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
  71     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
  72     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  73     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  74     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  75     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  76     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  77     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  78     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  79     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  80     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  81     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  82     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  83     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  84     private boolean                         _editable                                              = true;
  85     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  86     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
  87     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  88     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  89     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  90     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  91     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  92     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
  93     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  94     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  95     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
  96     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
  97     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
  98     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
  99     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 100     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 101     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 102     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 103     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 104     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 105     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 106     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 107     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 108     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 109     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 110     final static int                        write_events                                           = 5;
 111     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 112     final static int                        color_branches                                         = 7;
 113     final static int                        width_branches                                         = 8;
 114     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 115     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 116     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 117     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 118     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 119     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 120     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 121     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 122     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 123     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 124     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 125     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 126     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 127     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 128     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 129     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 130     final static int                        show_properties                                        = 25;
 131     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 132     // ------------------
 133     // Click-to options
 134     // ------------------
 135     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 136     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 137     final static int                        reroot                                                 = 2;
 138     final static int                        subtree                                                = 3;
 139     final static int                        swap                                                   = 4;
 140     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 141     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 142     final static int                        open_pdb_web                                           = 7;
 143     final static int                        open_tax_web                                           = 8;
 144     final static int                        blast                                                  = 9;
 145     final static int                        cut_subtree                                            = 10;
 146     final static int                        copy_subtree                                           = 11;
 147     final static int                        paste_subtree                                          = 12;
 148     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 13;
 149     final static int                        add_new_node                                           = 14;
 150     final static int                        edit_node_data                                         = 15;
 151     final static int                        sort_descendents                                       = 16;
 152     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 17;
 153     final static int                        select_nodes                                           = 18;
 154     // ---------------------------
 155     // Display options for trees
 156     // ---------------------------
 157     // ---------------------------------
 158     // Pertaining to the config itself
 159     // ---------------------------------
 160     // Full path to config (may be URL)
 161     String                                  config_filename;
 162     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 163     final static String                     display_options[][]                                    = {
 164             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 165             { "Seq Annotations", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 166             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "yes" },
 167             { "Use Branch Colors", "display", "no" }, { "Use Branch Widths", "display", "no" },
 168             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Protein Domains", "nodisplay", "no" },
 169             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 170             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
 171             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 172             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 173             { "Colorize by Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 174             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 175             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 176             { "Properties", "nodisplay", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" }                };
 177     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 178             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 179             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
 180             { "Colorize Subtree/Node(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
 181             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Blast", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
 182             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
 183             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
 184             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
 185     // This option is selected in the dropdown
 186     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 187     // --------------
 188     // Color set
 189     // --------------
 190     TreeColorSet                            tree_color_set;
 191     // -------
 192     // Fonts
 193     // -------
 194     TreeFontSet                             tree_font_set;
 195     // ----------------
 196     // Species colors
 197     // ----------------
 198     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 199     // ----------------
 200     // Domain colors
 201     // ----------------
 202     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 203     // ----------------
 204     // Function colors
 205     // ----------------
 206     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 207     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 208     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 209     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 219     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 220     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 221     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 222     private int                             _frame_x_size;
 223     private int                             _frame_y_size;
 224     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 225     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 226     static {
 227         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 228             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 229                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 230                 break;
 231             }
 232         }
 233         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 234             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 235         }
 236     }
 237
 238     public Configuration() {
 239         this( null, false, false, false );
 240     }
 241
 242     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 243         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 244             config_filename = default_config_filename;
 245         }
 246         else {
 247             config_filename = cf;
 248         }
 249         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 250         config_filename = config_filename.trim();
 251         URL u = null;
 252         if ( is_url ) {
 253             // If URL, open accordingly
 254             try {
 255                 u = new URL( config_filename );
 256                 try {
 257                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 258                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 259                     readConfig( bf );
 260                     bf.close();
 261                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 262                             + config_filename + "]" );
 263                 }
 264                 catch ( final Exception e ) {
 265                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 266                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 267                 }
 268             }
 269             catch ( final Exception e ) {
 270                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 271                         + config_filename + "]" );
 272             }
 273         }
 274         else {
 275             // Otherwise, open as a file
 276             File f = new File( config_filename );
 277             if ( !f.exists() ) {
 278                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 279             }
 280             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 281                 try {
 282                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 283                     readConfig( bf );
 284                     bf.close();
 285                 }
 286                 catch ( final Exception e ) {
 287                     if ( verbose ) {
 288                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 289                                 + config_filename + "]: " + e );
 290                     }
 291                 }
 292             }
 293             else {
 294                 if ( verbose ) {
 295                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 296                             + config_filename + "]" );
 297                 }
 298             }
 299         }
 300     }
 301
 302     public String getBaseFontFamilyName() {
 303         return _base_font_family_name;
 304     }
 305
 306     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 307         return _default_bootstrap_samples;
 308     }
 309
 310     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 311         return _default_node_fill;
 312     }
 313
 314     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 315         return _default_node_shape;
 316     }
 317
 318     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 319         return _default_node_shape_size;
 320     }
 321
 322     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 323         return _domain_structure_base_color;
 324     }
 325
 326     public Color getDomainStructureFontColor() {
 327         return _domain_structure_font_color;
 328     }
 329
 330     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 331         return _ext_desc_data_to_return;
 332     }
 333
 334     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 335         return _ext_node_data_return_on;
 336     }
 337
 338     public int getFrameXSize() {
 339         return _frame_x_size;
 340     }
 341
 342     public int getFrameYSize() {
 343         return _frame_y_size;
 344     }
 345
 346     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 347         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 348     }
 349
 350     public File getPathToLocalFastme() {
 351         return _path_to_local_fastme;
 352     }
 353
 354     public File getpathToLocalMafft() {
 355         return _path_to_local_mafft;
 356     }
 357
 358     public File getPathToLocalRaxml() {
 359         return _path_to_local_raxml;
 360     }
 361
 362     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 363         return _abbreviate_scientific_names;
 364     }
 365
 366     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 367         return _background_color_gradient;
 368     }
 369
 370     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 371         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 372     }
 373
 374     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 375         return _show_default_node_shapes_external;
 376     }
 377
 378     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 379         return _show_default_node_shapes_internal;
 380     }
 381
 382     public boolean isShowDomainLabels() {
 383         return _show_domain_labels;
 384     }
 385
 386     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 387         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 388     }
 389
 390     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 391         getDisplayColors().put( key, color );
 392     }
 393
 394     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 395         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 396     }
 397
 398     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 399         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 400     }
 401
 402     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 403         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 404     }
 405
 406     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 407         _base_font_size = base_font_size;
 408     }
 409
 410     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
 411         _max_base_font_size = max_base_font_size;
 412     }
 413
 414     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
 415         _min_base_font_size = min_base_font_size;
 416     }
 417
 418     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 419         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 420     }
 421
 422     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 423         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 424     }
 425
 426     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 427         _default_node_fill = default_node_fill;
 428     }
 429
 430     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 431         _default_node_shape = default_node_shape;
 432     }
 433
 434     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 435         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 436     }
 437
 438     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 439         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 440     }
 441
 442     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 443         _display_colors = display_colors;
 444     }
 445
 446     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 447         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 448     }
 449
 450     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 451         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 452     }
 453
 454     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 455         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 456     }
 457
 458     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 459         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 460     }
 461
 462     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 463         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 464     }
 465
 466     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 467         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 468     }
 469
 470     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 471         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 472     }
 473
 474     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 475         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 476     }
 477
 478     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 479         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 480     }
 481
 482     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 483         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 484     }
 485
 486     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 487         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 488     }
 489
 490     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 491         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 492     }
 493
 494     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 495         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 496     }
 497
 498     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 499         _frame_x_size = frame_x_size;
 500     }
 501
 502     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 503         _frame_y_size = frame_y_size;
 504     }
 505
 506     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 507         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 508     }
 509
 510     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 511         _node_label_direction = node_label_direction;
 512     }
 513
 514     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 515         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 516     }
 517
 518     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 519         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 520     }
 521
 522     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 523         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 524     }
 525
 526     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 527         _print_line_width = print_line_width;
 528     }
 529
 530     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 531         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 532     }
 533
 534     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 535         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 536     }
 537
 538     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 539         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 540     }
 541
 542     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 543         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 544     }
 545
 546     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 547         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 548     }
 549
 550     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 551         _show_scale = show_scale;
 552     }
 553
 554     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 555         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 556     }
 557
 558     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 559         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 560     }
 561
 562     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 563         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 564     }
 565
 566     boolean displaySequenceRelations() {
 567         return _display_sequence_relations;
 568     }
 569
 570     boolean doCheckOption( final int which ) {
 571         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 572                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 573     }
 574
 575     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 576         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 577     }
 578
 579     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 580         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 581     }
 582
 583     /**
 584      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 585      * this or not (e.g. phylogram)
 586      *
 587      */
 588     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 589         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 590     }
 591
 592     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 593         if ( _annotation_colors == null ) {
 594             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 595         }
 596         return _annotation_colors;
 597     }
 598
 599     int getBaseFontSize() {
 600         return _base_font_size;
 601     }
 602
 603     int getMinBaseFontSize() {
 604         return _min_base_font_size;
 605     }
 606
 607     int getMaxBaseFontSize() {
 608         return _max_base_font_size;
 609     }
 610
 611     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 612         return _cladogram_type;
 613     }
 614
 615     int getClickToOptionsCount() {
 616         return clickto_options.length;
 617     }
 618
 619     String getClickToTitle( final int which ) {
 620         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 621     }
 622
 623     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 624         return default_clickto;
 625     }
 626
 627     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 628         return _display_colors;
 629     }
 630
 631     String getDisplayTitle( final int which ) {
 632         return display_options[ which ][ 0 ];
 633     }
 634
 635     Map<String, Color> getDomainColors() {
 636         if ( _domain_colors == null ) {
 637             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 638         }
 639         return _domain_colors;
 640     }
 641
 642     int getGraphicsExportX() {
 643         return _graphics_export_x;
 644     }
 645
 646     int getGraphicsExportY() {
 647         return _graphics_export_y;
 648     }
 649
 650     Color getGuiBackgroundColor() {
 651         return _gui_background_color;
 652     }
 653
 654     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 655         return _gui_button_background_color;
 656     }
 657
 658     Color getGuiButtonBorderColor() {
 659         return _gui_button_border_color;
 660     }
 661
 662     Color getGuiButtonTextColor() {
 663         return _gui_button_text_color;
 664     }
 665
 666     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 667         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 668     }
 669
 670     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 671         return _gui_checkbox_text_color;
 672     }
 673
 674     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 675         return _gui_menu_background_color;
 676     }
 677
 678     Color getGuiMenuTextColor() {
 679         return _gui_menu_text_color;
 680     }
 681
 682     double getMinConfidenceValue() {
 683         return _min_confidence_value;
 684     }
 685
 686     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 687         return _node_label_direction;
 688     }
 689
 690     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 691         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 692     }
 693
 694     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 695         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 696     }
 697
 698     short getOvMaxHeight() {
 699         return _ov_max_height;
 700     }
 701
 702     short getOvMaxWidth() {
 703         return _ov_max_width;
 704     }
 705
 706     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 707         return _ov_placement;
 708     }
 709
 710     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 711         return _phylogeny_graphics_type;
 712     }
 713
 714     float getPrintLineWidth() {
 715         return _print_line_width;
 716     }
 717
 718     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 719         if ( _species_colors == null ) {
 720             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 721         }
 722         return _species_colors;
 723     }
 724
 725     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 726         return _taxonomy_extraction;
 727     }
 728
 729     boolean isAntialiasScreen() {
 730         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 731             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 732             return false;
 733         }
 734         return _antialias_screen;
 735     }
 736
 737     /**
 738      * Convenience method.
 739      *
 740      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 741      */
 742     boolean isDrawAsPhylogram() {
 743         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 744     }
 745
 746     boolean isEditable() {
 747         return _editable;
 748     }
 749
 750     /**
 751      * Only used by ArchaeoptryxE.
 752      *
 753      */
 754     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 755         return _hide_controls_and_menus;
 756     }
 757
 758     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 759         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 760     }
 761
 762     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 763         return _nh_parsing_replace_underscores;
 764     }
 765
 766     boolean isShowBranchLengthValues() {
 767         return _show_branch_length_values;
 768     }
 769
 770     boolean isShowOverview() {
 771         return _show_overview;
 772     }
 773
 774     boolean isShowScale() {
 775         return _show_scale;
 776     }
 777
 778     final boolean isUseNativeUI() {
 779         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 780             _ui = UI.NATIVE;
 781         }
 782         return _ui == UI.NATIVE;
 783     }
 784
 785     /**
 786      * Only used by ArchaeoptryxE.
 787      *
 788      */
 789     boolean isUseTabbedDisplay() {
 790         return _use_tabbed_display;
 791     }
 792
 793     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 794         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 795     }
 796
 797     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 798         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 799     }
 800
 801     private int getClickToIndex( final String name ) {
 802         int index = -1;
 803         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 804             index = Configuration.display_node_data;
 805             ForesterUtil
 806                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 807                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 808         }
 809         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 810             index = Configuration.display_node_data;
 811         }
 812         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 813             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 814         }
 815         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 816             index = Configuration.reroot;
 817         }
 818         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 819             index = Configuration.subtree;
 820         }
 821         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 822             index = Configuration.swap;
 823         }
 824         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 825             index = Configuration.sort_descendents;
 826         }
 827         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 828             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 829         }
 830         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 831             ForesterUtil
 832                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 833             return DEPRECATED;
 834         }
 835         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 836             index = Configuration.open_seq_web;
 837         }
 838         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 839             index = Configuration.open_pdb_web;
 840         }
 841         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 842             index = Configuration.open_tax_web;
 843         }
 844         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 845             index = Configuration.blast;
 846         }
 847         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 848             index = Configuration.cut_subtree;
 849         }
 850         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 851             index = Configuration.copy_subtree;
 852         }
 853         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 854             index = Configuration.paste_subtree;
 855         }
 856         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 857             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 858         }
 859         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 860             index = Configuration.add_new_node;
 861         }
 862         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 863             index = Configuration.edit_node_data;
 864         }
 865         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 866             index = Configuration.select_nodes;
 867         }
 868         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 869             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 870                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 871             return DEPRECATED;
 872         }
 873         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 874             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 875             return DEPRECATED;
 876         }
 877         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 878             index = Configuration.color_subtree;
 879         }
 880         return index;
 881     }
 882
 883     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 884         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 885         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 886             return true;
 887         }
 888         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 889             return false;
 890         }
 891         else {
 892             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 893             return false;
 894         }
 895     }
 896
 897     private double parseDouble( final String str ) {
 898         double d = 0.0;
 899         try {
 900             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 901         }
 902         catch ( final Exception e ) {
 903             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 904             d = 0.0;
 905         }
 906         return d;
 907     }
 908
 909     private float parseFloat( final String str ) {
 910         float f = 0.0f;
 911         try {
 912             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 913         }
 914         catch ( final Exception e ) {
 915             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 916             f = 0.0f;
 917         }
 918         return f;
 919     }
 920
 921     private int parseInt( final String str ) {
 922         int i = -1;
 923         try {
 924             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 925         }
 926         catch ( final Exception e ) {
 927             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 928             i = -1;
 929         }
 930         return i;
 931     }
 932
 933     private short parseShort( final String str ) {
 934         short i = -1;
 935         try {
 936             i = Short.parseShort( str.trim() );
 937         }
 938         catch ( final Exception e ) {
 939             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 940             i = -1;
 941         }
 942         return i;
 943     }
 944
 945     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 946         setBaseFontFamilyName( "" );
 947         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 948         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 949         for( String font : fonts ) {
 950             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 951             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 952                 setBaseFontFamilyName( font );
 953                 break;
 954             }
 955         }
 956     }
 957
 958     /**
 959      * read each line of config file, process non-comment lines
 960      * @throws IOException
 961      */
 962     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 963         String line;
 964         do {
 965             line = conf_in.readLine();
 966             if ( line != null ) {
 967                 line = line.trim();
 968                 // skip comments and blank lines
 969                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 970                     // convert runs of spaces to tabs
 971                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 972                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 973                     setKeyValue( st );
 974                 }
 975             }
 976         } while ( line != null );
 977     }
 978
 979     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 980         _antialias_screen = antialias_screen;
 981     }
 982
 983     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 984         _cladogram_type = cladogram_type;
 985     }
 986
 987     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 988         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 989     }
 990
 991     private void setEditable( final boolean editable ) {
 992         _editable = editable;
 993     }
 994
 995     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
 996         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
 997     }
 998
 999     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1000         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1001     }
1002
1003     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1004         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1005     }
1006
1007     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1008         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1009     }
1010
1011     /**
1012      * Set a key-value(s) tuple
1013      */
1014     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1015         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1016         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1017             return;
1018         }
1019         // Handle single value settings first:
1020         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1021             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1022             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1023             if ( default_clickto == -1 ) {
1024                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1025                         + "] for [default_click_to]" );
1026                 default_clickto = 0;
1027             }
1028             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1029                 // Deprecated.
1030             }
1031         }
1032         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1033             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1034             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1035                 _ui = UI.NATIVE;
1036             }
1037             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1038                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1039             }
1040             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1041                 _ui = UI.UNKNOWN;
1042             }
1043             else {
1044                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1045                         + "]" );
1046                 _ui = UI.UNKNOWN;
1047             }
1048         }
1049         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1050             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1051         }
1052         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1053             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1054         }
1055         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1056             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1057             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1058                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1059             }
1060             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1061                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1062             }
1063             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1064                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1065             }
1066             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1067                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1068             }
1069             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1070                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1071             }
1072             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1073                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1074             }
1075             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1076                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1077             }
1078             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1079                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1080             }
1081             else {
1082                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1083                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1084                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1085             }
1086         }
1087         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1088             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1089             final double d = parseDouble( mcv_str );
1090             setMinConfidenceValue( d );
1091         }
1092         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1093             processFontFamily( st );
1094         }
1095         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1096             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1097             final int i = parseInt( size_str );
1098             if ( i > 0 ) {
1099                 setBaseFontSize( i );
1100             }
1101         }
1102         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1103             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1104             final int i = parseInt( size_str );
1105             if ( i > 0 ) {
1106                 setMinBaseFontSize( i );
1107             }
1108         }
1109         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1110             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1111             final int i = parseInt( size_str );
1112             if ( i > 1 ) {
1113                 setMaxBaseFontSize( i );
1114             }
1115         }
1116         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1117             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1118             final int i = parseInt( str );
1119             if ( i > 0 ) {
1120                 setGraphicsExportX( i );
1121             }
1122         }
1123         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1124             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1125             final int i = parseInt( str );
1126             if ( i > 0 ) {
1127                 setGraphicsExportY( i );
1128             }
1129         }
1130         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1131             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1132             final float f = parseFloat( str );
1133             if ( f > 0 ) {
1134                 setPrintLineWidth( f );
1135             }
1136             else {
1137                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1138                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1139             }
1140         }
1141         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1142             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1143             final int i = parseInt( str );
1144             if ( i > 0 ) {
1145                 setFrameXSize( i );
1146             }
1147         }
1148         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1149             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1150             final int i = parseInt( str );
1151             if ( i > 0 ) {
1152                 setFrameYSize( i );
1153             }
1154         }
1155         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1156             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1157             final int i = parseInt( str );
1158             if ( i >= 0 ) {
1159                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1160             }
1161             else {
1162                 ForesterUtil
1163                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1164                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1165             }
1166         }
1167         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1168             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1169             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1170                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1171             }
1172         }
1173         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1174             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1175             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1176                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1177             }
1178         }
1179         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1180             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1181             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1182                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1183             }
1184         }
1185         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1186             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1187         }
1188         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1189             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1190         }
1191         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1192             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1193         }
1194         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1195             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1196         }
1197         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1198             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1199         }
1200         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1201             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1202         }
1203         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1204             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1205         }
1206         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1207             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1208         }
1209         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1210             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1211             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1212                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1213             }
1214             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1215                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1216             }
1217             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1218                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1219             }
1220             else {
1221                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1222                         + "] for [cladogram_type]" );
1223             }
1224         }
1225         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1226             ForesterUtil
1227                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1228                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1229         }
1230         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1231             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1232         }
1233         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1234             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1235         }
1236         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1237             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1238             setOvMaxWidth( i );
1239         }
1240         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1241             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1242             setOvMaxHeight( i );
1243         }
1244         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1245             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1246             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1247                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1248             }
1249             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1250                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1251             }
1252             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1253                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1254             }
1255             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1256                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1257             }
1258             else {
1259                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1260                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1261                         + "] for [overview_placement_type]" );
1262             }
1263         }
1264         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1265             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1266             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1267                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1268             }
1269             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1270                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1271             }
1272             else {
1273                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1274                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1275                         + "] for [node_label_direction]" );
1276             }
1277         }
1278         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1279             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1280             if ( i >= 0 ) {
1281                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1282             }
1283             else {
1284                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1285                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1286             }
1287         }
1288         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1289             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1290             if ( i >= 0 ) {
1291                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1292             }
1293             else {
1294                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1295                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1296             }
1297         }
1298         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1299             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1300         }
1301         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1302             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1303         }
1304         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1305             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1306             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1307                 ForesterUtil
1308                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1309                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1310             }
1311             else {
1312                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1313             }
1314         }
1315         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1316             final String s = ( String ) st.nextElement();
1317             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1318                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1319             }
1320             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1321                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1322             }
1323             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1324                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1325             }
1326             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1327                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1328             }
1329             else {
1330                 ForesterUtil
1331                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1332                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1333                                                       + s
1334                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1335             }
1336             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1337                 ForesterUtil
1338                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1339                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1340             }
1341         }
1342         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1343             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1344         }
1345         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1346             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1347         }
1348         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1349             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1350         }
1351         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1352             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1353         }
1354         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1355             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1356         }
1357         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1358             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1359         }
1360         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1361             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1362         }
1363         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1364             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1365         }
1366         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1367             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1368         }
1369         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1370             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1371         }
1372         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1373             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1374         }
1375         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1376             ForesterUtil
1377                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1378                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1379             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1380             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1381             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1382         }
1383         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1384             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1385         }
1386         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1387             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1388         }
1389         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1390             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1391             setDefaultNodeShapeSize( i );
1392         }
1393         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1394             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1395             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1396                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1397             }
1398             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1399                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1400             }
1401             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1402                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1403             }
1404             else {
1405                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1406                         + "] for [default_node_fill]" );
1407             }
1408         }
1409         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1410             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1411             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1412                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1413             }
1414             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1415                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1416             }
1417             else {
1418                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1419                         + "] for [default_node_shape]" );
1420             }
1421         }
1422         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1423             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1424         }
1425         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1426             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1427         }
1428         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1429             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1430             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1431                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1432             }
1433             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1434                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1435             }
1436             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1437                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1438             }
1439             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1440                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1441             }
1442             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1443                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1444             }
1445             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1446                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1447             }
1448             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1449                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1450             }
1451             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1452                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1453             }
1454             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1455                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1456             }
1457             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1458                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1459             }
1460             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1461                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1462             }
1463             else {
1464                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1465                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1466             }
1467         }
1468         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1469             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1470             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1471                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1472                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1473             }
1474             else {
1475                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1476             }
1477         }
1478         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1479             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1480             if ( s.equals( "console" ) ) {
1481                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1482             }
1483             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1484                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1485             }
1486             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1487                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1488             }
1489             else {
1490                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1491                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1492             }
1493         }
1494         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1495             // yet retrieved!
1496             int key_index = -1;
1497             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1498                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1499             }
1500             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1501                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1502             }
1503             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1504                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1505             }
1506             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1507                 key_index = Configuration.show_node_names;
1508             }
1509             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1510                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1511             }
1512             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1513                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1514             }
1515             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1516                 key_index = Configuration.write_events;
1517             }
1518             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1519                 key_index = Configuration.color_branches;
1520             }
1521             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1522                 key_index = Configuration.width_branches;
1523             }
1524             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1525                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1526             }
1527             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1528                 key_index = Configuration.show_annotation;
1529             }
1530             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1531                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1532             }
1533             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1534                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1535             }
1536             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1537                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1538             }
1539             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1540                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1541             }
1542             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1543                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1544             }
1545             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1546                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1547             }
1548             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1549                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1550             }
1551             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1552                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1553             }
1554             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1555                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1556             }
1557             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1558                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1559             }
1560             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1561                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1562             }
1563             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1564                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1565             }
1566             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1567                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1568             }
1569             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1570                 key_index = Configuration.show_properties;
1571             }
1572             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1573                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1574             }
1575             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1576                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1577             }
1578             // If we've found the key, set the values
1579             if ( key_index >= 0 ) {
1580                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1581                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1582                 // otherwise, keep looking
1583             }
1584             else {
1585                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1586                     // Deprecated.
1587                 }
1588                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1589                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1590                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1591                     if ( key_index >= 0 ) {
1592                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1593                     }
1594                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1595                         // Deprecated.
1596                     }
1597                     else {
1598                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1599                                 + click_to_name );
1600                     }
1601                 }
1602                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1603                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1604                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1605                 }
1606                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1607                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1608                 }
1609                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1610                     getAnnotationColors()
1611                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1612                 }
1613                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1614                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1615                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1616                 }
1617                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1618                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1619                 }
1620                 else {
1621                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1622                             + "] in: " + config_filename );
1623                 }
1624             }
1625         }
1626         else {
1627             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1628                     + config_filename );
1629         }
1630     }
1631
1632     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1633         _show_annotation_ref_source = b;
1634     }
1635
1636     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1637         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1638     }
1639
1640     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1641         _ov_max_height = ov_max_height;
1642     }
1643
1644     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1645         _ov_max_width = ov_max_width;
1646     }
1647
1648     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1649         _ov_placement = ov_placement;
1650     }
1651
1652     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1653         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1654     }
1655
1656     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1657         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1658     }
1659
1660     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1661         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1662     }
1663
1664     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1665         _show_overview = show_overview;
1666     }
1667
1668     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1669         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1670     }
1671
1672     static String getDefaultFontFamilyName() {
1673         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1674     }
1675
1676     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1677         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
1678     }
1679
1680     public enum UI {
1681         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1682     }
1683
1684     static enum TRIPLET {
1685         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1686     }
1687
1688     public boolean isMidpointReroot() {
1689         return _midpoint_root;
1690     }
1691
1692     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
1693         _midpoint_root = midpoint_root;
1694     }
1695
1696     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
1697         return _show_annotation_ref_source;
1698     }
1699
1700     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
1701         return false;
1702     }
1703 }