forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  54 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  55 import org.forester.util.ForesterUtil;
  56
  57 public final class Configuration {
  58
  59     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  60         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
  61     }
  62     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  63     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  64     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  65     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  66     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  67     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  68     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  69     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  70     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  71     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  72     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  73     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  74     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  75     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  76     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  77     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  78     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  79     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  80     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  81     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  82     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  83     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  84     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  85     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  86     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  87     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  88     private boolean                         _editable                                              = true;
  89     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  90     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY;
  91     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  92     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  93     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  94     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  95     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  96     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  97     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  98     private boolean                         _show_default_node_shapes                              = false;
  99     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
 100     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
 101     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 102     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 103     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 104     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 105     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 106     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 107     private File                            _path_to_local_clustalo                                = null;
 108     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 109     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 110     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 111     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 112     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 113     final static int                        write_events                                           = 5;
 114     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 115     final static int                        color_branches                                         = 7;
 116     final static int                        width_branches                                         = 8;
 117     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 118     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 119     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 120     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 121     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 122     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 123     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 124     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 125     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 126     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 127     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 128     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 129     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 130     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 131     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 132     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 133     final static int                        show_properties                                        = 25;
 134     // ------------------
 135     // Click-to options
 136     // ------------------
 137     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 138     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 139     final static int                        reroot                                                 = 2;
 140     final static int                        subtree                                                = 3;
 141     final static int                        swap                                                   = 4;
 142     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 143     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 144     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 145     final static int                        blast                                                  = 8;
 146     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 147     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 148     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 149     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 150     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 151     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 152     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 153     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 154     final static int                        select_nodes                                           = 17;
 155     // ---------------------------
 156     // Display options for trees
 157     // ---------------------------
 158     // ---------------------------------
 159     // Pertaining to the config itself
 160     // ---------------------------------
 161     // Full path to config (may be URL)
 162     String                                  config_filename;
 163     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 164     final static String                     display_options[][]                                    = {
 165             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 166             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 167             { "Node Events", "display", "?" }, { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" },
 168             { "Colorize Branches", "display", "no" }, { "Use Branch-Widths", "display", "no" },
 169             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Domains", "nodisplay", "no" },
 170             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 171             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Acc", "display", "no" },
 172             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 173             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 174             { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 175             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 176             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 177             { "Properties", "nodisplay", "no" }                                                   };
 178     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 179             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 180             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 181             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 182             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 183             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 184             { "Sort Descendants", "display" }, { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" } };
 185     // This option is selected in the dropdown
 186     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 187     // --------------
 188     // Color set
 189     // --------------
 190     TreeColorSet                            tree_color_set;
 191     // -------
 192     // Fonts
 193     // -------
 194     TreeFontSet                             tree_font_set;
 195     // ----------------
 196     // Species colors
 197     // ----------------
 198     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 199     // ----------------
 200     // Domain colors
 201     // ----------------
 202     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 203     // ----------------
 204     // Function colors
 205     // ----------------
 206     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 207     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 208     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 209     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 219     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 220     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 221     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 222     private int                             _frame_x_size;
 223     private int                             _frame_y_size;
 224     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 225     static {
 226         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 227             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 228                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 229                 break;
 230             }
 231         }
 232         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 233             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 234         }
 235     }
 236
 237     public Configuration() {
 238         this( null, false, false, false );
 239     }
 240
 241     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 242         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 243             config_filename = default_config_filename;
 244         }
 245         else {
 246             config_filename = cf;
 247         }
 248         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 249         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 250         config_filename = config_filename.trim();
 251         URL u = null;
 252         if ( is_url ) {
 253             // If URL, open accordingly
 254             try {
 255                 u = new URL( config_filename );
 256                 try {
 257                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 258                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 259                     readConfig( bf );
 260                     bf.close();
 261                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 262                             + config_filename + "]" );
 263                 }
 264                 catch ( final Exception e ) {
 265                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 266                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 267                 }
 268             }
 269             catch ( final Exception e ) {
 270                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 271                         + config_filename + "]" );
 272             }
 273         }
 274         else {
 275             // Otherwise, open as a file
 276             File f = new File( config_filename );
 277             if ( !f.exists() ) {
 278                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 279             }
 280             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 281                 try {
 282                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 283                     readConfig( bf );
 284                     bf.close();
 285                 }
 286                 catch ( final Exception e ) {
 287                     if ( verbose ) {
 288                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 289                                 + config_filename + "]: " + e );
 290                     }
 291                 }
 292             }
 293             else {
 294                 if ( verbose ) {
 295                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 296                             + config_filename + "]" );
 297                 }
 298             }
 299         }
 300     }
 301
 302     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 303         WebLink weblink = null;
 304         boolean ex = false;
 305         try {
 306             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 307         }
 308         catch ( final MalformedURLException e ) {
 309             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 310             ex = true;
 311         }
 312         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 313             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 314         }
 315     }
 316
 317     boolean displaySequenceRelations() {
 318         return _display_sequence_relations;
 319     }
 320
 321     boolean doCheckOption( final int which ) {
 322         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 323                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 324     }
 325
 326     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 327         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 328     }
 329
 330     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 331         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 332     }
 333
 334     /**
 335      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 336      * this or not (e.g. phylogram)
 337      *
 338      */
 339     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 340         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 341     }
 342
 343     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 344         if ( _annotation_colors == null ) {
 345             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 346         }
 347         return _annotation_colors;
 348     }
 349
 350     public String getBaseFontFamilyName() {
 351         return _base_font_family_name;
 352     }
 353
 354     int getBaseFontSize() {
 355         return _base_font_size;
 356     }
 357
 358     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 359         return _cladogram_type;
 360     }
 361
 362     private int getClickToIndex( final String name ) {
 363         int index = -1;
 364         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 365             index = Configuration.display_node_data;
 366             ForesterUtil
 367                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 368                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 369         }
 370         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 371             index = Configuration.display_node_data;
 372         }
 373         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 374             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 375         }
 376         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 377             index = Configuration.reroot;
 378         }
 379         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 380             index = Configuration.subtree;
 381         }
 382         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 383             index = Configuration.swap;
 384         }
 385         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 386             index = Configuration.sort_descendents;
 387         }
 388         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 389             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 390         }
 391         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 392             ForesterUtil
 393                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 394             return DEPRECATED;
 395         }
 396         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 397             index = Configuration.open_seq_web;
 398         }
 399         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 400             index = Configuration.open_tax_web;
 401         }
 402         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 403             index = Configuration.blast;
 404         }
 405         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 406             index = Configuration.cut_subtree;
 407         }
 408         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 409             index = Configuration.copy_subtree;
 410         }
 411         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 412             index = Configuration.paste_subtree;
 413         }
 414         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 415             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 416         }
 417         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 418             index = Configuration.add_new_node;
 419         }
 420         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 421             index = Configuration.edit_node_data;
 422         }
 423         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 424             index = Configuration.select_nodes;
 425         }
 426         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 427             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 428                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 429             return DEPRECATED;
 430         }
 431         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 432             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 433             return DEPRECATED;
 434         }
 435         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 436             index = Configuration.color_subtree;
 437         }
 438         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 439             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 440             return DEPRECATED;
 441         }
 442         return index;
 443     }
 444
 445     int getClickToOptionsCount() {
 446         return clickto_options.length;
 447     }
 448
 449     String getClickToTitle( final int which ) {
 450         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 451     }
 452
 453     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 454         return _default_bootstrap_samples;
 455     }
 456
 457     public File getpathToLocalMafft() {
 458         return _path_to_local_mafft;
 459     }
 460
 461     public File getPathToLocalFastme() {
 462         return _path_to_local_fastme;
 463     }
 464
 465     public File getPathToLocalRaxml() {
 466         return _path_to_local_raxml;
 467     }
 468
 469     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 470         return default_clickto;
 471     }
 472
 473     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 474         return _default_node_fill;
 475     }
 476
 477     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 478         return _default_node_shape;
 479     }
 480
 481     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 482         return _default_node_shape_size;
 483     }
 484
 485     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 486         return _display_colors;
 487     }
 488
 489     String getDisplayTitle( final int which ) {
 490         return display_options[ which ][ 0 ];
 491     }
 492
 493     Map<String, Color> getDomainColors() {
 494         if ( _domain_colors == null ) {
 495             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 496         }
 497         return _domain_colors;
 498     }
 499
 500     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 501         return _domain_structure_base_color;
 502     }
 503
 504     public Color getDomainStructureFontColor() {
 505         return _domain_structure_font_color;
 506     }
 507
 508     int getGraphicsExportX() {
 509         return _graphics_export_x;
 510     }
 511
 512     int getGraphicsExportY() {
 513         return _graphics_export_y;
 514     }
 515
 516     Color getGuiBackgroundColor() {
 517         return _gui_background_color;
 518     }
 519
 520     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 521         return _gui_button_background_color;
 522     }
 523
 524     Color getGuiButtonBorderColor() {
 525         return _gui_button_border_color;
 526     }
 527
 528     Color getGuiButtonTextColor() {
 529         return _gui_button_text_color;
 530     }
 531
 532     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 533         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 534     }
 535
 536     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 537         return _gui_checkbox_text_color;
 538     }
 539
 540     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 541         return _gui_menu_background_color;
 542     }
 543
 544     Color getGuiMenuTextColor() {
 545         return _gui_menu_text_color;
 546     }
 547
 548     double getMinConfidenceValue() {
 549         return _min_confidence_value;
 550     }
 551
 552     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 553         return _node_label_direction;
 554     }
 555
 556     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 557         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 558     }
 559
 560     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 561         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 562     }
 563
 564     short getOvMaxHeight() {
 565         return _ov_max_height;
 566     }
 567
 568     short getOvMaxWidth() {
 569         return _ov_max_width;
 570     }
 571
 572     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 573         return _ov_placement;
 574     }
 575
 576     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 577         return _phylogeny_graphics_type;
 578     }
 579
 580     float getPrintLineWidth() {
 581         return _print_line_width;
 582     }
 583
 584     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 585         if ( _species_colors == null ) {
 586             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 587         }
 588         return _species_colors;
 589     }
 590
 591     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 592         return null;
 593     }
 594
 595     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 596         return null;
 597     }
 598
 599     WebLink getWebLink( final String source ) {
 600         return getWebLinks().get( source );
 601     }
 602
 603     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 604         return _weblinks;
 605     }
 606
 607     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 608         return _abbreviate_scientific_names;
 609     }
 610
 611     boolean isAntialiasScreen() {
 612         return _antialias_screen;
 613     }
 614
 615     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 616         return _background_color_gradient;
 617     }
 618
 619     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 620         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 621     }
 622
 623     /**
 624      * Convenience method.
 625      *
 626      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 627      */
 628     boolean isDrawAsPhylogram() {
 629         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 630     }
 631
 632     boolean isEditable() {
 633         return _editable;
 634     }
 635
 636     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 637         return _taxonomy_extraction;
 638     }
 639
 640     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 641         return getWebLinks().containsKey( source );
 642     }
 643
 644     /**
 645      * Only used by ArchaeoptryxE.
 646      *
 647      */
 648     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 649         return _hide_controls_and_menus;
 650     }
 651
 652     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 653         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 654     }
 655
 656     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 657         return _nh_parsing_replace_underscores;
 658     }
 659
 660     boolean isShowBranchLengthValues() {
 661         return _show_branch_length_values;
 662     }
 663
 664     public boolean isShowDefaultNodeShapes() {
 665         return _show_default_node_shapes;
 666     }
 667
 668     public boolean isShowDomainLabels() {
 669         return _show_domain_labels;
 670     }
 671
 672     boolean isShowOverview() {
 673         return _show_overview;
 674     }
 675
 676     boolean isShowScale() {
 677         return _show_scale;
 678     }
 679
 680     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 681         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 682     }
 683
 684     final boolean isUseNativeUI() {
 685         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() && AptxUtil.isJava15() ) {
 686             _ui = UI.NATIVE;
 687         }
 688         return _ui == UI.NATIVE;
 689     }
 690
 691     /**
 692      * Only used by ArchaeoptryxE.
 693      *
 694      */
 695     boolean isUseTabbedDisplay() {
 696         return _use_tabbed_display;
 697     }
 698
 699     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 700         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 701     }
 702
 703     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 704         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 705         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 706             return true;
 707         }
 708         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 709             return false;
 710         }
 711         else {
 712             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 713             return false;
 714         }
 715     }
 716
 717     private double parseDouble( final String str ) {
 718         double d = 0.0;
 719         try {
 720             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 721         }
 722         catch ( final Exception e ) {
 723             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 724             d = 0.0;
 725         }
 726         return d;
 727     }
 728
 729     private float parseFloat( final String str ) {
 730         float f = 0.0f;
 731         try {
 732             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 733         }
 734         catch ( final Exception e ) {
 735             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 736             f = 0.0f;
 737         }
 738         return f;
 739     }
 740
 741     private int parseInt( final String str ) {
 742         int i = -1;
 743         try {
 744             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 745         }
 746         catch ( final Exception e ) {
 747             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 748             i = -1;
 749         }
 750         return i;
 751     }
 752
 753     private short parseShort( final String str ) {
 754         short i = -1;
 755         try {
 756             i = Short.parseShort( str.trim() );
 757         }
 758         catch ( final Exception e ) {
 759             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 760             i = -1;
 761         }
 762         return i;
 763     }
 764
 765     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 766         setBaseFontFamilyName( "" );
 767         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 768         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 769         for( String font : fonts ) {
 770             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 771             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 772                 setBaseFontFamilyName( font );
 773                 break;
 774             }
 775         }
 776     }
 777
 778     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 779         getDisplayColors().put( key, color );
 780     }
 781
 782     /**
 783      * read each line of config file, process non-comment lines
 784      * @throws IOException
 785      */
 786     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 787         String line;
 788         do {
 789             line = conf_in.readLine();
 790             if ( line != null ) {
 791                 line = line.trim();
 792                 // skip comments and blank lines
 793                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 794                     // convert runs of spaces to tabs
 795                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 796                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 797                     setKeyValue( st );
 798                 }
 799             }
 800         } while ( line != null );
 801     }
 802
 803     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 804         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 805     }
 806
 807     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 808         _antialias_screen = antialias_screen;
 809     }
 810
 811     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 812         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 813     }
 814
 815     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 816         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 817     }
 818
 819     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 820         _base_font_size = base_font_size;
 821     }
 822
 823     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 824         _cladogram_type = cladogram_type;
 825     }
 826
 827     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 828         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 829     }
 830
 831     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 832         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 833     }
 834
 835     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 836         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 837     }
 838
 839     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
 840         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
 841     }
 842
 843     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
 844         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
 845     }
 846
 847     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
 848         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
 849     }
 850
 851     public File getPathToLocalClustalOmega() {
 852         return _path_to_local_clustalo;
 853     }
 854
 855     public void setPathToLocalClustalOmega( final File path_to_local_clustalo ) {
 856         _path_to_local_clustalo = path_to_local_clustalo;
 857     }
 858
 859     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 860         _default_node_fill = default_node_fill;
 861     }
 862
 863     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 864         _default_node_shape = default_node_shape;
 865     }
 866
 867     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 868         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 869     }
 870
 871     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 872         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 873     }
 874
 875     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 876         _display_colors = display_colors;
 877     }
 878
 879     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 880         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 881     }
 882
 883     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 884         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 885     }
 886
 887     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 888         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 889     }
 890
 891     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 892         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 893     }
 894
 895     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 896         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 897     }
 898
 899     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 900         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 901     }
 902
 903     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 904         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 905     }
 906
 907     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 908         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 909     }
 910
 911     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 912         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 913     }
 914
 915     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 916         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 917     }
 918
 919     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 920         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 921     }
 922
 923     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 924         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 925     }
 926
 927     private void setEditable( final boolean editable ) {
 928         _editable = editable;
 929     }
 930
 931     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 932         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 933     }
 934
 935     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 936         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 937     }
 938
 939     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 940         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 941     }
 942
 943     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 944         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 945     }
 946
 947     /**
 948      * Set a key-value(s) tuple
 949      */
 950     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 951         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
 952         if ( !st.hasMoreElements() ) {
 953             return;
 954         }
 955         // Handle single value settings first:
 956         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 957             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 958             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 959             if ( default_clickto == -1 ) {
 960                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 961                         + "] for [default_click_to]" );
 962                 default_clickto = 0;
 963             }
 964             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 965                 // Deprecated.
 966             }
 967         }
 968         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 969             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 970             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 971                 _ui = UI.NATIVE;
 972             }
 973             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 974                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 975             }
 976             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 977                 _ui = UI.UNKNOWN;
 978             }
 979             else {
 980                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 981                         + "]" );
 982                 _ui = UI.UNKNOWN;
 983             }
 984         }
 985         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 986             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 987         }
 988         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 989             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 990         }
 991         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 992             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 993             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 994                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 995             }
 996             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 997                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 998             }
 999             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1000                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1001             }
1002             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1003                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1004             }
1005             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1006                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1007             }
1008             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1009                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1010             }
1011             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1012                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1013             }
1014             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1015                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1016             }
1017             else {
1018                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1019                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1020                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1021             }
1022         }
1023         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1024             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1025             final double d = parseDouble( mcv_str );
1026             setMinConfidenceValue( d );
1027         }
1028         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1029             processFontFamily( st );
1030         }
1031         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1032             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1033             final int i = parseInt( size_str );
1034             if ( i > 0 ) {
1035                 setBaseFontSize( i );
1036             }
1037         }
1038         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1039             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1040             final int i = parseInt( str );
1041             if ( i > 0 ) {
1042                 setGraphicsExportX( i );
1043             }
1044         }
1045         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1046             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1047             final int i = parseInt( str );
1048             if ( i > 0 ) {
1049                 setGraphicsExportY( i );
1050             }
1051         }
1052         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1053             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1054             final float f = parseFloat( str );
1055             if ( f > 0 ) {
1056                 setPrintLineWidth( f );
1057             }
1058             else {
1059                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1060                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1061             }
1062         }
1063         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1064             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1065             final int i = parseInt( str );
1066             if ( i > 0 ) {
1067                 setFrameXSize( i );
1068             }
1069         }
1070         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1071             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1072             final int i = parseInt( str );
1073             if ( i > 0 ) {
1074                 setFrameYSize( i );
1075             }
1076         }
1077         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1078             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1079             final int i = parseInt( str );
1080             if ( i >= 0 ) {
1081                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1082             }
1083             else {
1084                 ForesterUtil
1085                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1086                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1087             }
1088         }
1089         else if ( key.equals( "clustalo_local" ) ) {
1090             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1091             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1092                 setPathToLocalClustalOmega( new File( str ) );
1093             }
1094         }
1095         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1096             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1097             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1098                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1099             }
1100         }
1101         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1102             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1103             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1104                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1105             }
1106         }
1107         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1108             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1109             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1110                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1111             }
1112         }
1113         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1114             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1115         }
1116         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1117             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1118         }
1119         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1120             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1121         }
1122         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1123             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1124         }
1125         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1126             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1127         }
1128         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1129             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1130         }
1131         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1132             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1133         }
1134         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1135             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1136             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1137                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1138             }
1139             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1140                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1141             }
1142             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1143                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1144             }
1145             else {
1146                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1147                         + "] for [cladogram_type]" );
1148             }
1149         }
1150         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1151             ForesterUtil
1152                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1153                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1154         }
1155         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1156             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1157         }
1158         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1159             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1160         }
1161         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1162             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1163             setOvMaxWidth( i );
1164         }
1165         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1166             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1167             setOvMaxHeight( i );
1168         }
1169         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1170             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1171             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1172                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1173             }
1174             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1175                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1176             }
1177             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1178                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1179             }
1180             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1181                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1182             }
1183             else {
1184                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1185                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1186                         + "] for [overview_placement_type]" );
1187             }
1188         }
1189         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1190             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1191             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1192                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1193             }
1194             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1195                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1196             }
1197             else {
1198                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1199                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1200                         + "] for [node_label_direction]" );
1201             }
1202         }
1203         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1204             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1205             if ( i >= 0 ) {
1206                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1207             }
1208             else {
1209                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1210                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1211             }
1212         }
1213         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1214             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1215             if ( i >= 0 ) {
1216                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1217             }
1218             else {
1219                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1220                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1221             }
1222         }
1223         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1224             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1225         }
1226         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1227             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1228         }
1229         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1230             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1231             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1232                 ForesterUtil
1233                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1234                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1235             }
1236             else {
1237                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1238             }
1239         }
1240         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1241             final String s = ( String ) st.nextElement();
1242             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1243                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1244             }
1245             else if ( s.equalsIgnoreCase( "yes" ) ) {
1246                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
1247             }
1248             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam" ) ) {
1249                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
1250             }
1251             else {
1252                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1253                                                   "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": " + s );
1254             }
1255             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1256                 ForesterUtil
1257                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1258                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1259             }
1260         }
1261         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1262             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1263         }
1264         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1265             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1266         }
1267         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1268             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1269         }
1270         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1271             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1272         }
1273         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1274             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1275         }
1276         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1277             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1278         }
1279         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1280             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1281         }
1282         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1283             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1284         }
1285         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1286             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1287         }
1288         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1289             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1290         }
1291         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1292             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1293         }
1294         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1295             setShowDefaultNodeShapes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1296         }
1297         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1298             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1299             setDefaultNodeShapeSize( i );
1300         }
1301         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1302             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1303             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1304                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1305             }
1306             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1307                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1308             }
1309             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1310                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1311             }
1312             else {
1313                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1314                         + "] for [default_node_fill]" );
1315             }
1316         }
1317         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1318             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1319             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1320                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1321             }
1322             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1323                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1324             }
1325             else {
1326                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1327                         + "] for [default_node_shape]" );
1328             }
1329         }
1330         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1331             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1332         }
1333         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1334             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1335             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1336                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1337             }
1338             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1339                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1340             }
1341             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1342                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1343             }
1344             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1345                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1346             }
1347             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1348                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1349             }
1350             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1351                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1352             }
1353             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1354                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1355             }
1356             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1357                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1358             }
1359             else {
1360                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1361                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1362             }
1363         }
1364         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1365             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1366             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1367                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1368                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1369             }
1370             else {
1371                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1372             }
1373         }
1374         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1375             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1376             if ( s.equals( "console" ) ) {
1377                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1378             }
1379             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1380                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1381             }
1382             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1383                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1384             }
1385             else {
1386                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1387                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1388             }
1389         }
1390         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1391             // yet retrieved!
1392             int key_index = -1;
1393             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1394                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1395                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1396                     ForesterUtil
1397                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1398                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1399                 }
1400             }
1401             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1402                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1403             }
1404             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1405                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1406             }
1407             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1408                 key_index = Configuration.show_node_names;
1409             }
1410             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1411                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1412                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1413                     ForesterUtil
1414                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1415                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1416                 }
1417             }
1418             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1419                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1420                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1421                 key_index = DEPRECATED;
1422             }
1423             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1424                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1425                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1426                     ForesterUtil
1427                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1428                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1429                 }
1430             }
1431             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1432                 key_index = Configuration.write_events;
1433                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1434                     ForesterUtil
1435                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1436                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1437                 }
1438             }
1439             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1440                 key_index = Configuration.color_branches;
1441             }
1442             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1443                 key_index = Configuration.width_branches;
1444             }
1445             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1446                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1447                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1448             }
1449             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1450                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1451                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1452             }
1453             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1454                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1455                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1456             }
1457             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1458                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1459                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1460                 key_index = DEPRECATED;
1461             }
1462             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1463                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1464             }
1465             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1466                 key_index = Configuration.show_annotation;
1467             }
1468             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1469                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1470             }
1471             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1472                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1473             }
1474             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1475                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1476             }
1477             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1478                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1479             }
1480             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1481                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1482             }
1483             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1484                 ForesterUtil
1485                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1486                 key_index = DEPRECATED;
1487             }
1488             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1489                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1490             }
1491             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1492                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1493             }
1494             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1495                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1496                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1497                 key_index = DEPRECATED;
1498             }
1499             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1500                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1501             }
1502             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1503                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1504             }
1505             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1506                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1507             }
1508             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1509                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1510             }
1511             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1512                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1513             }
1514             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1515                 key_index = Configuration.show_properties;
1516             }
1517             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1518                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1519             }
1520             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1521                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1522             }
1523             // If we've found the key, set the values
1524             if ( key_index >= 0 ) {
1525                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1526                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1527                 // otherwise, keep looking
1528             }
1529             else {
1530                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1531                     // Deprecated.
1532                 }
1533                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1534                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1535                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1536                     if ( key_index >= 0 ) {
1537                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1538                     }
1539                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1540                         // Deprecated.
1541                     }
1542                     else {
1543                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1544                                 + click_to_name );
1545                     }
1546                 }
1547                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1548                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1549                 }
1550                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1551                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1552                 }
1553                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1554                     getAnnotationColors()
1555                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1556                 }
1557                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1558                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1559                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1560                 }
1561                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1562                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1563                 }
1564                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1565                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1566                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1567                                        ( String ) st.nextElement(),
1568                                        ( String ) st.nextElement() );
1569                     }
1570                     else {
1571                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1572                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1573                     }
1574                 }
1575                 else {
1576                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1577                             + "] in: " + config_filename );
1578                 }
1579             }
1580         }
1581         else {
1582             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1583                     + config_filename );
1584         }
1585     }
1586
1587     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1588         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1589     }
1590
1591     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
1592         return _label_for_get_ext_descendents_data;
1593     }
1594
1595     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1596         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1597     }
1598
1599     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1600         _node_label_direction = node_label_direction;
1601     }
1602
1603     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1604         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1605     }
1606
1607     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1608         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1609     }
1610
1611     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1612         _ov_max_height = ov_max_height;
1613     }
1614
1615     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1616         _ov_max_width = ov_max_width;
1617     }
1618
1619     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1620         _ov_placement = ov_placement;
1621     }
1622
1623     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1624         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1625     }
1626
1627     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1628         _print_line_width = print_line_width;
1629     }
1630
1631     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1632         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1633     }
1634
1635     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1636         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1637     }
1638
1639     public void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
1640         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
1641     }
1642
1643     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1644         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1645     }
1646
1647     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1648         _show_overview = show_overview;
1649     }
1650
1651     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1652         _show_scale = show_scale;
1653     }
1654
1655     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
1656         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1657     }
1658
1659     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1660         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1661     }
1662
1663     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
1664         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1665     }
1666
1667     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1668         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1669     }
1670
1671     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1672         _weblinks = weblinks;
1673     }
1674
1675     static String getDefaultFontFamilyName() {
1676         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1677     }
1678
1679     static enum TRIPLET {
1680         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1681     }
1682
1683     public enum UI {
1684         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1685     }
1686
1687     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
1688         return _ext_desc_data_to_return;
1689     }
1690
1691     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
1692         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
1693     }
1694
1695     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
1696         return _ext_node_data_return_on;
1697     }
1698
1699     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1700         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1701     }
1702
1703     public int getFrameXSize() {
1704         return _frame_x_size;
1705     }
1706
1707     public int getFrameYSize() {
1708         return _frame_y_size;
1709     }
1710
1711     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
1712         _frame_x_size = frame_x_size;
1713     }
1714
1715     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
1716         _frame_y_size = frame_y_size;
1717     }
1718 }