forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  59             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  60             { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  61             { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  62             { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  63             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  64             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  65             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  66             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  67     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  68     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  69     final static int                        reroot                                                 = 2;
  70     final static int                        subtree                                                = 3;
  71     final static int                        swap                                                   = 4;
  72     final static int                        color_node_font                                        = 5;
  73     final static int                        change_node_font                                       = 6;
  74     final static int                        color_subtree                                          = 7;
  75     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
  76     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
  77     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
  78     final static int                        blast                                                  = 11;
  79     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
  80     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
  81     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
  82     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
  83     final static int                        add_new_node                                           = 16;
  84     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
  85     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
  86     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
  87     final static int                        select_nodes                                           = 20;
  88     // ------------------
  89     // Click-to options
  90     // ------------------
  91     final static String                     display_options[][]                                    = {
  92             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
  93             { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
  94             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
  95             { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
  96             { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
  97             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
  98             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
  99             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 100             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 101             { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 102             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 103             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 104             { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" }                  };
 105     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 106     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 107     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 108     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 109     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 110     final static int                        write_events                                           = 5;
 111     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 112     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 113     final static int                        use_style                                              = 8;
 114     final static int                        width_branches                                         = 9;
 115     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 116     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 117     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 118     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 119     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 120     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 121     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 122     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 123     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 124     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 125     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 126     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 127     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 128     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 129     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 130     final static int                        show_properties                                        = 25;
 131     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 132     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 133     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 134     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 135     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 136     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 137     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 138     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 139     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 140     // ---------------------------
 141     // Display options for trees
 142     // ---------------------------
 143     // ---------------------------------
 144     // Pertaining to the config itself
 145     // ---------------------------------
 146     // Full path to config (may be URL)
 147     String                                  config_filename;
 148     // This option is selected in the dropdown
 149     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 150     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 151     // --------------
 152     // Color set
 153     // --------------
 154     TreeColorSet                            tree_color_set;
 155     // -------
 156     // Fonts
 157     // -------
 158     TreeFontSet                             tree_font_set;
 159     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 160     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 161     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 162     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 163     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 164     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 165     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 166     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 167     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 168     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 169     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 170     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 171     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 172     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 173     private boolean                         _editable                                              = true;
 174     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 175     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 176     private int                             _frame_x_size;
 177     private int                             _frame_y_size;
 178     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 179     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 180     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 181     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 182     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 183     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 184     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 185     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 186     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 187     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 188     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 189     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 190     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 191     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 192     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 193     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 194     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 195     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 196     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 197     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 198     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 199     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 200     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 201     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 202     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 203     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 204     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 205     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 206     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 207     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 208     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
 209     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 210     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 211     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 212     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 213     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 214     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 215     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 216     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 217     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 218     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 219     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 220     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 221     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 222     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 223     private boolean                         _line_up_renderable_node_data;
 224     private boolean                         _right_align_domains;
 225     static {
 226         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 227             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 228                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 229                 break;
 230             }
 231         }
 232         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 233             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 234         }
 235     }
 236
 237     public Configuration() {
 238         this( null, false, false, false );
 239     }
 240
 241     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 242         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 243             config_filename = default_config_filename;
 244         }
 245         else {
 246             config_filename = cf;
 247         }
 248         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 249         config_filename = config_filename.trim();
 250         URL u = null;
 251         if ( is_url ) {
 252             // If URL, open accordingly
 253             try {
 254                 u = new URL( config_filename );
 255                 try {
 256                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 257                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 258                     readConfig( bf );
 259                     bf.close();
 260                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 261                             + config_filename + "]" );
 262                 }
 263                 catch ( final Exception e ) {
 264                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 265                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 266                 }
 267             }
 268             catch ( final Exception e ) {
 269                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 270                         + config_filename + "]" );
 271             }
 272         }
 273         else {
 274             // Otherwise, open as a file
 275             File f = new File( config_filename );
 276             if ( !f.exists() ) {
 277                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 278             }
 279             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 280                 try {
 281                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 282                     readConfig( bf );
 283                     bf.close();
 284                 }
 285                 catch ( final Exception e ) {
 286                     if ( verbose ) {
 287                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 288                                 + config_filename + "]: " + e );
 289                     }
 290                 }
 291             }
 292             else {
 293                 if ( verbose ) {
 294                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 295                             + config_filename + "]" );
 296                 }
 297             }
 298         }
 299     }
 300
 301     public String getBaseFontFamilyName() {
 302         return _base_font_family_name;
 303     }
 304
 305     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 306         return _default_bootstrap_samples;
 307     }
 308
 309     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 310         return _default_node_fill;
 311     }
 312
 313     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 314         return _default_node_shape;
 315     }
 316
 317     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 318         return _default_node_shape_size;
 319     }
 320
 321     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 322         return _ext_desc_data_to_return;
 323     }
 324
 325     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 326         return _ext_node_data_return_on;
 327     }
 328
 329     public int getFrameXSize() {
 330         return _frame_x_size;
 331     }
 332
 333     public int getFrameYSize() {
 334         return _frame_y_size;
 335     }
 336
 337     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 338         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 339     }
 340
 341     public File getPathToLocalFastme() {
 342         return _path_to_local_fastme;
 343     }
 344
 345     public File getPathToLocalMafft() {
 346         return _path_to_local_mafft;
 347     }
 348
 349     public File getPathToLocalRaxml() {
 350         return _path_to_local_raxml;
 351     }
 352
 353     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 354         return _abbreviate_scientific_names;
 355     }
 356
 357     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 358         return _background_color_gradient;
 359     }
 360
 361     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 362         return false;
 363     }
 364
 365     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 366         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 367     }
 368
 369     public boolean isMidpointReroot() {
 370         return _midpoint_root;
 371     }
 372
 373     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 374         return _show_annotation_ref_source;
 375     }
 376
 377     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 378         return _show_default_node_shapes_external;
 379     }
 380
 381     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 382         return _show_default_node_shapes_internal;
 383     }
 384
 385     public boolean isShowDomainLabels() {
 386         return _show_domain_labels;
 387     }
 388
 389     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 390         getDisplayColors().put( key, color );
 391     }
 392
 393     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 394         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 395     }
 396
 397     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 398         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 399     }
 400
 401     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 402         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 403     }
 404
 405     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 406         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 407     }
 408
 409     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 410         _base_font_size = base_font_size;
 411     }
 412
 413     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 414         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 415     }
 416
 417     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 418         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 419     }
 420
 421     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 422         _default_node_fill = default_node_fill;
 423     }
 424
 425     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 426         _default_node_shape = default_node_shape;
 427     }
 428
 429     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 430         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 431     }
 432
 433     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 434         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 435     }
 436
 437     public void setUseStyle( final boolean b ) {
 438         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 439     }
 440
 441     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 442         _display_colors = display_colors;
 443     }
 444
 445     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 446         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 447     }
 448
 449     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 450         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 451     }
 452
 453     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 454         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 455     }
 456
 457     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 458         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 459     }
 460
 461     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 462         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 463     }
 464
 465     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 466         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 467     }
 468
 469     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 470         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 471     }
 472
 473     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 474         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 475     }
 476
 477     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 478         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 479     }
 480
 481     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 482         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 483     }
 484
 485     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 486         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 487     }
 488
 489     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 490         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 491     }
 492
 493     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 494         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 495     }
 496
 497     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 498         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 499     }
 500
 501     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 502         _frame_x_size = frame_x_size;
 503     }
 504
 505     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 506         _frame_y_size = frame_y_size;
 507     }
 508
 509     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 510         _midpoint_root = midpoint_root;
 511     }
 512
 513     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 514         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 515     }
 516
 517     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 518         _node_label_direction = node_label_direction;
 519     }
 520
 521     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 522         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 523     }
 524
 525     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 526         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 527     }
 528
 529     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 530         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 531     }
 532
 533     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 534         _print_line_width = print_line_width;
 535     }
 536
 537     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 538         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 539     }
 540
 541     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 542         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 543     }
 544
 545     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 546         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 547     }
 548
 549     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 550         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 551     }
 552
 553     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 554         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 555     }
 556
 557     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 558         _show_scale = show_scale;
 559     }
 560
 561     boolean displaySequenceRelations() {
 562         return _display_sequence_relations;
 563     }
 564
 565     boolean doCheckOption( final int which ) {
 566         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 567                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 568     }
 569
 570     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 571         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 572     }
 573
 574     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 575         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 576     }
 577
 578     /**
 579      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 580      * this or not (e.g. phylogram)
 581      *
 582      */
 583     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 584         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 585     }
 586
 587     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 588         if ( _annotation_colors == null ) {
 589             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 590         }
 591         return _annotation_colors;
 592     }
 593
 594     int getBaseFontSize() {
 595         return _base_font_size;
 596     }
 597
 598     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 599         return _cladogram_type;
 600     }
 601
 602     int getClickToOptionsCount() {
 603         return clickto_options.length;
 604     }
 605
 606     String getClickToTitle( final int which ) {
 607         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 608     }
 609
 610     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 611         return default_clickto;
 612     }
 613
 614     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 615         return _display_colors;
 616     }
 617
 618     String getDisplayTitle( final int which ) {
 619         return display_options[ which ][ 0 ];
 620     }
 621
 622     Map<String, Color> getDomainColors() {
 623         if ( _domain_colors == null ) {
 624             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 625         }
 626         return _domain_colors;
 627     }
 628
 629     int getGraphicsExportX() {
 630         return _graphics_export_x;
 631     }
 632
 633     int getGraphicsExportY() {
 634         return _graphics_export_y;
 635     }
 636
 637     Color getGuiBackgroundColor() {
 638         return _gui_background_color;
 639     }
 640
 641     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 642         return _gui_button_background_color;
 643     }
 644
 645     Color getGuiButtonBorderColor() {
 646         return _gui_button_border_color;
 647     }
 648
 649     Color getGuiButtonTextColor() {
 650         return _gui_button_text_color;
 651     }
 652
 653     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 654         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 655     }
 656
 657     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 658         return _gui_checkbox_text_color;
 659     }
 660
 661     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 662         return _gui_menu_background_color;
 663     }
 664
 665     Color getGuiMenuTextColor() {
 666         return _gui_menu_text_color;
 667     }
 668
 669     int getMaxBaseFontSize() {
 670         return _max_base_font_size;
 671     }
 672
 673     int getMinBaseFontSize() {
 674         return _min_base_font_size;
 675     }
 676
 677     double getMinConfidenceValue() {
 678         return _min_confidence_value;
 679     }
 680
 681     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 682         return _node_label_direction;
 683     }
 684
 685     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 686         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 687     }
 688
 689     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 690         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 691     }
 692
 693     short getOvMaxHeight() {
 694         return _ov_max_height;
 695     }
 696
 697     short getOvMaxWidth() {
 698         return _ov_max_width;
 699     }
 700
 701     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 702         return _ov_placement;
 703     }
 704
 705     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 706         return _phylogeny_graphics_type;
 707     }
 708
 709     float getPrintLineWidth() {
 710         return _print_line_width;
 711     }
 712
 713     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 714         if ( _species_colors == null ) {
 715             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 716         }
 717         return _species_colors;
 718     }
 719
 720     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
 721         if ( _sequence_colors == null ) {
 722             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
 723         }
 724         return _sequence_colors;
 725     }
 726
 727     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 728         return _taxonomy_extraction;
 729     }
 730
 731     boolean isAntialiasScreen() {
 732         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 733             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 734             return false;
 735         }
 736         return _antialias_screen;
 737     }
 738
 739     /**
 740      * Convenience method.
 741      *
 742      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 743      */
 744     boolean isDrawAsPhylogram() {
 745         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 746     }
 747
 748     boolean isEditable() {
 749         return _editable;
 750     }
 751
 752     /**
 753      * Only used by ArchaeoptryxE.
 754      *
 755      */
 756     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 757         return _hide_controls_and_menus;
 758     }
 759
 760     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 761         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 762     }
 763
 764     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 765         return _nh_parsing_replace_underscores;
 766     }
 767
 768     boolean isShowBranchLengthValues() {
 769         return _show_branch_length_values;
 770     }
 771
 772     boolean isShowOverview() {
 773         return _show_overview;
 774     }
 775
 776     boolean isShowScale() {
 777         return _show_scale;
 778     }
 779
 780     final boolean isUseNativeUI() {
 781         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 782             _ui = UI.NATIVE;
 783         }
 784         return _ui == UI.NATIVE;
 785     }
 786
 787     /**
 788      * Only used by ArchaeoptryxE.
 789      *
 790      */
 791     boolean isUseTabbedDisplay() {
 792         return _use_tabbed_display;
 793     }
 794
 795     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 796         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 797     }
 798
 799     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 800         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 801     }
 802
 803     private int getClickToIndex( final String name ) {
 804         int index = -1;
 805         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 806             index = Configuration.display_node_data;
 807             ForesterUtil
 808                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 809                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 810         }
 811         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 812             index = Configuration.display_node_data;
 813         }
 814         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 815             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 816         }
 817         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 818             index = Configuration.reroot;
 819         }
 820         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 821             index = Configuration.subtree;
 822         }
 823         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 824             index = Configuration.swap;
 825         }
 826         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 827             index = Configuration.sort_descendents;
 828         }
 829         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 830             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 831         }
 832         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 833             ForesterUtil
 834                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 835             return DEPRECATED;
 836         }
 837         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 838             index = Configuration.open_seq_web;
 839         }
 840         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 841             index = Configuration.open_pdb_web;
 842         }
 843         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 844             index = Configuration.open_tax_web;
 845         }
 846         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 847             index = Configuration.blast;
 848         }
 849         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 850             index = Configuration.cut_subtree;
 851         }
 852         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 853             index = Configuration.copy_subtree;
 854         }
 855         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 856             index = Configuration.paste_subtree;
 857         }
 858         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 859             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 860         }
 861         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 862             index = Configuration.add_new_node;
 863         }
 864         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 865             index = Configuration.edit_node_data;
 866         }
 867         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 868             index = Configuration.select_nodes;
 869         }
 870         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 871             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 872                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 873             return DEPRECATED;
 874         }
 875         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 876             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 877             return DEPRECATED;
 878         }
 879         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 880             index = Configuration.color_subtree;
 881         }
 882         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 883             index = Configuration.change_node_font;
 884         }
 885         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 886             index = Configuration.color_node_font;
 887         }
 888         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 889             index = Configuration.color_subtree;
 890         }
 891         return index;
 892     }
 893
 894     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 895         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 896         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 897             return true;
 898         }
 899         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 900             return false;
 901         }
 902         else {
 903             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 904             return false;
 905         }
 906     }
 907
 908     private double parseDouble( final String str ) {
 909         double d = 0.0;
 910         try {
 911             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 912         }
 913         catch ( final Exception e ) {
 914             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 915             d = 0.0;
 916         }
 917         return d;
 918     }
 919
 920     private float parseFloat( final String str ) {
 921         float f = 0.0f;
 922         try {
 923             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 924         }
 925         catch ( final Exception e ) {
 926             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 927             f = 0.0f;
 928         }
 929         return f;
 930     }
 931
 932     private int parseInt( final String str ) {
 933         int i = -1;
 934         try {
 935             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 936         }
 937         catch ( final Exception e ) {
 938             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 939             i = -1;
 940         }
 941         return i;
 942     }
 943
 944     private short parseShort( final String str ) {
 945         short i = -1;
 946         try {
 947             i = Short.parseShort( str.trim() );
 948         }
 949         catch ( final Exception e ) {
 950             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 951             i = -1;
 952         }
 953         return i;
 954     }
 955
 956     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 957         setBaseFontFamilyName( "" );
 958         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 959         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 960         for( String font : fonts ) {
 961             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 962             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 963                 setBaseFontFamilyName( font );
 964                 break;
 965             }
 966         }
 967     }
 968
 969     /**
 970      * read each line of config file, process non-comment lines
 971      * @throws IOException
 972      */
 973     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 974         String line;
 975         do {
 976             line = conf_in.readLine();
 977             if ( line != null ) {
 978                 line = line.trim();
 979                 // skip comments and blank lines
 980                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 981                     // convert runs of spaces to tabs
 982                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 983                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 984                     setKeyValue( st );
 985                 }
 986             }
 987         } while ( line != null );
 988     }
 989
 990     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 991         _antialias_screen = antialias_screen;
 992     }
 993
 994     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 995         _cladogram_type = cladogram_type;
 996     }
 997
 998     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 999         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
1000     }
1001
1002     private void setEditable( final boolean editable ) {
1003         _editable = editable;
1004     }
1005
1006     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1007         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1008     }
1009
1010     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1011         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1012     }
1013
1014     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1015         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1016     }
1017
1018     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1019         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1020     }
1021
1022     /**
1023      * Set a key-value(s) tuple
1024      */
1025     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1026         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1027         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1028             return;
1029         }
1030         // Handle single value settings first:
1031         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1032             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1033             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1034             if ( default_clickto == -1 ) {
1035                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1036                         + "] for [default_click_to]" );
1037                 default_clickto = 0;
1038             }
1039             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1040                 // Deprecated.
1041             }
1042         }
1043         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1044             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1045             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1046                 _ui = UI.NATIVE;
1047             }
1048             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1049                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1050             }
1051             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1052                 _ui = UI.UNKNOWN;
1053             }
1054             else {
1055                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1056                         + "]" );
1057                 _ui = UI.UNKNOWN;
1058             }
1059         }
1060         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1061             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1062         }
1063         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1064             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1065         }
1066         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1067             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1068             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1069                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1070             }
1071             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1072                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1073             }
1074             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1075                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1076             }
1077             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1078                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1079             }
1080             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1081                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1082             }
1083             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1084                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1085             }
1086             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1087                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1088             }
1089             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1090                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1091             }
1092             else {
1093                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1094                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1095                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1096             }
1097         }
1098         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1099             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1100             final double d = parseDouble( mcv_str );
1101             setMinConfidenceValue( d );
1102         }
1103         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1104             processFontFamily( st );
1105         }
1106         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1107             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1108             final int i = parseInt( size_str );
1109             if ( i > 0 ) {
1110                 setBaseFontSize( i );
1111             }
1112         }
1113         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1114             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1115             final int i = parseInt( size_str );
1116             if ( i > 0 ) {
1117                 setMinBaseFontSize( i );
1118             }
1119         }
1120         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1121             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1122             final int i = parseInt( size_str );
1123             if ( i > 1 ) {
1124                 setMaxBaseFontSize( i );
1125             }
1126         }
1127         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1128             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1129             final int i = parseInt( str );
1130             if ( i > 0 ) {
1131                 setGraphicsExportX( i );
1132             }
1133         }
1134         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1135             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1136             final int i = parseInt( str );
1137             if ( i > 0 ) {
1138                 setGraphicsExportY( i );
1139             }
1140         }
1141         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1142             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1143             final float f = parseFloat( str );
1144             if ( f > 0 ) {
1145                 setPrintLineWidth( f );
1146             }
1147             else {
1148                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1149                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1150             }
1151         }
1152         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1153             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1154             final int i = parseInt( str );
1155             if ( i > 0 ) {
1156                 setFrameXSize( i );
1157             }
1158         }
1159         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1160             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1161             final int i = parseInt( str );
1162             if ( i > 0 ) {
1163                 setFrameYSize( i );
1164             }
1165         }
1166         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1167             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1168             final int i = parseInt( str );
1169             if ( i >= 0 ) {
1170                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1171             }
1172             else {
1173                 ForesterUtil
1174                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1175                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1176             }
1177         }
1178         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1179             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1180             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1181                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1182             }
1183         }
1184         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1185             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1186             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1187                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1188             }
1189         }
1190         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1191             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1192             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1193                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1194             }
1195         }
1196         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1197             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1198         }
1199         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1200             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1201         }
1202         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1203             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1204         }
1205         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1206             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1207         }
1208         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1209             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1210         }
1211         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1212             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1213         }
1214         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1215             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1216         }
1217         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1218             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1219         }
1220         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1221             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1222             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1223                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1224             }
1225             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1226                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1227             }
1228             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1229                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1230             }
1231             else {
1232                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1233                         + "] for [cladogram_type]" );
1234             }
1235         }
1236         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1237             ForesterUtil
1238                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1239                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1240         }
1241         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1242             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1243         }
1244         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1245             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1246         }
1247         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1248             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1249             setOvMaxWidth( i );
1250         }
1251         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1252             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1253             setOvMaxHeight( i );
1254         }
1255         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1256             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1257             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1258                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1259             }
1260             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1261                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1262             }
1263             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1264                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1265             }
1266             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1267                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1268             }
1269             else {
1270                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1271                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1272                         + "] for [overview_placement_type]" );
1273             }
1274         }
1275         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1276             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1277             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1278                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1279             }
1280             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1281                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1282             }
1283             else {
1284                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1285                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1286                         + "] for [node_label_direction]" );
1287             }
1288         }
1289         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1290             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1291             if ( i >= 0 ) {
1292                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1293             }
1294             else {
1295                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1296                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1297             }
1298         }
1299         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1300             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1301             if ( i >= 0 ) {
1302                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1303             }
1304             else {
1305                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1306                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1307             }
1308         }
1309         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1310             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1311         }
1312         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1313             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1314         }
1315         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1316             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1317             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1318                 ForesterUtil
1319                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1320                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1321             }
1322             else {
1323                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1324             }
1325         }
1326         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1327             final String s = ( String ) st.nextElement();
1328             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1329                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1330             }
1331             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1332                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1333             }
1334             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1335                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1336             }
1337             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1338                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1339             }
1340             else {
1341                 ForesterUtil
1342                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1343                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1344                                                       + s
1345                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1346             }
1347             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1348                 ForesterUtil
1349                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1350                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1351             }
1352         }
1353         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1354             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1355         }
1356         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1357             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1358         }
1359         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1360             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1361         }
1362         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1363             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1364         }
1365         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1366             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1367         }
1368         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1369             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1370         }
1371         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1372             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1373         }
1374         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1375             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1376         }
1377         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1378             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1379         }
1380         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1381             ForesterUtil
1382                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1383                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1384             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1385             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1386             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1387         }
1388         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1389             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1390         }
1391         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1392             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1393         }
1394         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1395             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1396             setDefaultNodeShapeSize( i );
1397         }
1398         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1399             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1400             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1401                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1402             }
1403             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1404                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1405             }
1406             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1407                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1408             }
1409             else {
1410                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1411                         + "] for [default_node_fill]" );
1412             }
1413         }
1414         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1415             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1416             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1417                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1418             }
1419             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1420                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1421             }
1422             else {
1423                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1424                         + "] for [default_node_shape]" );
1425             }
1426         }
1427         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1428             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1429         }
1430         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1431             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1432             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1433                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1434             }
1435             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1436                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1437             }
1438             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1439                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1440             }
1441             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1442                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1443             }
1444             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1445                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1446             }
1447             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1448                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1449             }
1450             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1451                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1452             }
1453             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1454                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1455             }
1456             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1457                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1458             }
1459             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1460                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1461             }
1462             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1463                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1464             }
1465             else {
1466                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1467                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1468             }
1469         }
1470         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1471             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1472             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1473                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1474                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1475             }
1476             else {
1477                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1478             }
1479         }
1480         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1481             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1482             if ( s.equals( "console" ) ) {
1483                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1484             }
1485             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1486                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1487             }
1488             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1489                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1490             }
1491             else {
1492                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1493                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1494             }
1495         }
1496         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1497             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1498         }
1499         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1500             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1501         }
1502         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1503             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1504         }
1505         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1506             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1507             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1508                 _vector_data_width = 120;
1509             }
1510         }
1511         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1512             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1513             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1514                 _vector_data_height = 12;
1515             }
1516         }
1517         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1518             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1519         }
1520         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1521             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1522         }
1523         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1524             // yet retrieved!
1525             int key_index = -1;
1526             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1527                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1528             }
1529             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1530                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1531             }
1532             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1533                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1534             }
1535             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.show_node_names;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1542                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.write_events;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.use_style;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.use_style;
1555                 ForesterUtil
1556                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1557                                               "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1558             }
1559             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.width_branches;
1561             }
1562             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1563                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1564             }
1565             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1566                 key_index = Configuration.show_annotation;
1567             }
1568             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1569                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1570             }
1571             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1572                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1573             }
1574             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1575                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1576             }
1577             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1578                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1579             }
1580             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1581                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1585             }
1586             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1587                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1588             }
1589             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1590                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1591             }
1592             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1593                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1594             }
1595             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1596                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1597             }
1598             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1599                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1600             }
1601             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1602                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1603             }
1604             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1605                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1606             }
1607             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1608                 key_index = Configuration.show_properties;
1609             }
1610             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1611                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1612             }
1613             // If we've found the key, set the values
1614             if ( key_index >= 0 ) {
1615                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1616                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1617                 // otherwise, keep looking
1618             }
1619             else {
1620                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1621                     // Deprecated.
1622                 }
1623                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1624                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1625                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1626                     if ( key_index >= 0 ) {
1627                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1628                     }
1629                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1630                         // Deprecated.
1631                     }
1632                     else {
1633                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1634                                 + click_to_name );
1635                     }
1636                 }
1637                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1638                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1639                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1640                 }
1641                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1642                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1643                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1644                 }
1645                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1646                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1647                 }
1648                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1649                     getAnnotationColors()
1650                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1651                 }
1652                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1653                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1654                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1655                 }
1656                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1657                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1658                 }
1659                 else {
1660                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1661                             + "] in: " + config_filename );
1662                 }
1663             }
1664         }
1665         else {
1666             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1667                     + config_filename );
1668         }
1669     }
1670
1671     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1672         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1673     }
1674
1675     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1676         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1677     }
1678
1679     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1680         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1681     }
1682
1683     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1684         _ov_max_height = ov_max_height;
1685     }
1686
1687     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1688         _ov_max_width = ov_max_width;
1689     }
1690
1691     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1692         _ov_placement = ov_placement;
1693     }
1694
1695     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1696         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1697     }
1698
1699     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1700         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1701     }
1702
1703     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1704         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1705     }
1706
1707     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1708         _show_annotation_ref_source = b;
1709     }
1710
1711     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1712         _show_overview = show_overview;
1713     }
1714
1715     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1716         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1717     }
1718
1719     static String getDefaultFontFamilyName() {
1720         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1721     }
1722
1723     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1724         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
1725     }
1726
1727     public enum UI {
1728         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
1729     }
1730
1731     static enum TRIPLET {
1732         FALSE, TRUE, UNKNOWN
1733     }
1734
1735     public Color getVectorDataMinColor() {
1736         return _vector_data_min_color;
1737     }
1738
1739     public Color getVectorDataMaxColor() {
1740         return _vector_data_max_color;
1741     }
1742
1743     public Color getVectorDataMeanColor() {
1744         return _vector_data_mean_color;
1745     }
1746
1747     public double getVectorDataHeight() {
1748         return _vector_data_height;
1749     }
1750
1751     public int getVectorDataWidth() {
1752         return _vector_data_width;
1753     }
1754
1755     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
1756         return _line_up_renderable_node_data;
1757     }
1758
1759     final public boolean isRightLineUpDomains() {
1760         return _right_align_domains;
1761     }
1762
1763     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
1764         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
1765     }
1766
1767     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
1768         _right_align_domains = right_align_domains;
1769     }
1770 }