forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeDataField;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  59         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
  60     }
  61
  62     static enum TRIPLET {
  63         FALSE, TRUE, UNKNOWN
  64     }
  65
  66     public enum UI {
  67         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
  68     }
  69     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  70         { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  71         { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  72         { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  73         { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  74         { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  75         { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  76         { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  77         { "List Node Data", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                      };
  78     private final static String             DEFAULT_SPECIES_COLORS[][]                             = {
  79         { "BRAFL", "0x00FFFF" }, { "SPHGR", "0x9620F0" }, { "STRPU", "0x9620F0" }, { "CIOIN", "0xFF1CAE" },
  80         { "CIOSA", "0xFF2CAE" }, { "BOVIN", "0x5C3317" }, { "CANFA", "0x8B2323" }, { "HUMAN", "0xFF2400" },
  81         { "PANTR", "0xCC2400" }, { "MOUSE", "0xFF7F00" }, { "RAT", "0xFFEF00" }, { "MONDO", "0xEE9A49" },
  82         { "ORNAN", "0xCD853F" }, { "XENLA", "0x6BAA23" }, { "XENTR", "0x6BAA23" }, { "CHICK", "0xFFC125" },
  83         { "FUGRU", "0x0000FF" }, { "BRARE", "0x0000DD" }, { "DANRE", "0x0000BB" }, { "TETNG", "0x0000AA" },
  84         { "ORYLA", "0x000088" }, { "GASAC", "0x000066" }, { "CAEEL", "0x666699" }, { "CAEBR", "0xB0B0B0" },
  85         { "DROME", "0x663366" }, { "DROPS", "0x996699" }, { "APIME", "0x7A7700" }, { "AEDAE", "0x8C5900" },
  86         { "TRICA", "0x918E00" }, { "NEMVE", "0x0066CC" }, { "HYDVU", "0x3399FF" }, { "LUBBA", "0xF7B5CB" },
  87         { "GEOCY", "0xF5A0BD" }, { "AMPQE", "0x009966" }, { "SUBDO", "0xC790B9" }, { "MONBE", "0xFC0FC0" },
  88         { "DICPU", "0xFFCC33" }, { "DICDI", "0xFFCC00" }, { "ENTHI", "0x5959AB" }, { "ARATH", "0x00FF00" },
  89         { "POPTR", "0x006400" }, { "VITVI", "0x00CD00" }, { "GLYMA", "0x00FF7F" }, { "ORYSA", "0x008B00" },
  90         { "ORYSJ", "0x008C00" }, { "SORBI", "0x00EE76" }, { "SELMO", "0x238E23" }, { "PHYPA", "0x09F911" },
  91         { "OSTLU", "0x7FFF00" }, { "OSTTA", "0x7FFF00" }, { "OSTRC", "0x7FFF00" }, { "MICPU", "0x66CD00" },
  92         { "MIC99", "0x66CD00" }, { "CHLRE", "0xB3EE3A" }, { "VOLCA", "0xC0FF3E" }, { "CHLSP", "0x6B8E23" },
  93         { "CYAME", "0xD02090" }, { "YEAST", "0xAAAAAA" }, { "BACFR", "0xFF0000" }, { "BACTN", "0xFFFF00" },
  94         { "MYXXD", "0x0000FF" }, { "STIAU", "0x00FFFF" }, { "BACOV", "0x8C5900" }, { "BACUN", "0x66CD00" },
  95         { "PORGI", "0x918E00" }                                                               };
  96     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  97     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  98     final static int                        reroot                                                 = 2;
  99     final static int                        subtree                                                = 3;
 100     final static int                        swap                                                   = 4;
 101     final static int                        color_node_font                                        = 5;
 102     final static int                        change_node_font                                       = 6;
 103     final static int                        color_subtree                                          = 7;
 104     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
 105     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
 106     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
 107     final static int                        blast                                                  = 11;
 108     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
 109     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
 110     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
 111     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
 112     final static int                        add_new_node                                           = 16;
 113     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
 114     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
 115     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
 116     final static int                        select_nodes                                           = 20;
 117     // ------------------
 118     // Click-to options
 119     // ------------------
 120     final static String                     display_options[][]                                    = {
 121         { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 122         { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 123         { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
 124         { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
 125         { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
 126         { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 127         { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
 128         { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 129         { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 130         { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 131         { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 132         { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 133         { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" },
 134         { "Multiple Seq Alignment", "display", "no" }, { "Branch Length Values", "display", "no" } };
 135     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 136     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 137     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 138     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 139     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 140     final static int                        write_events                                           = 5;
 141     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 142     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 143     final static int                        use_style                                              = 8;
 144     final static int                        width_branches                                         = 9;
 145     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 146     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 147     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 148     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 149     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 150     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 151     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 152     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 153     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 154     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 155     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 156     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 157     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 158     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 159     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 160     final static int                        show_properties                                        = 25;
 161     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 162     final static int                        show_mol_seqs                                          = 27;
 163     final static int                        write_branch_length_values                             = 28;
 164     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 165     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 166     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 167     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 168     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 169     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 170     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 171     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 172     // ---------------------------
 173     // Display options for trees
 174     // ---------------------------
 175     // ---------------------------------
 176     // Pertaining to the config itself
 177     // ---------------------------------
 178     // Full path to config (may be URL)
 179     String                                  config_filename;
 180     // This option is selected in the dropdown
 181     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 182     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 183     // --------------
 184     // Color set
 185     // --------------
 186     TreeColorSet                            tree_color_set;
 187     // -------
 188     // Fonts
 189     // -------
 190     TreeFontSet                             tree_font_set;
 191     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 192     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 193     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 194     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 195     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 196     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 197     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 198     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 199     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 200     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 201     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 202     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 203     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 204     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 205     private boolean                         _editable                                              = true;
 206     private NodeDataField                   _ext_desc_data_to_return                               = NodeDataField.UNKNOWN;
 207     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 208     private int                             _frame_x_size;
 209     private int                             _frame_y_size;
 210     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 211     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 212     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 219     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 220     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 221     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 222     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 223     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 224     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 225     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 226     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 227     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 228     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 229     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 230     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 231     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 232     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 233     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 234     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 235     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 236     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 237     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 238     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 239     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 240     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 241     private boolean                         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes             = false;
 242     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 243     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 244     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 245     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 246     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 247     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 248     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 249     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 250     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 251     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 252     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 253     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 254     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 255     private boolean                         _line_up_renderable_node_data                          = true;
 256     private boolean                         _right_align_domains                                   = false;
 257     private boolean                         _allow_thick_strokes                                   = false;
 258     static {
 259         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 260             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 261                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 262                 break;
 263             }
 264         }
 265         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 266             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 267         }
 268     }
 269
 270     static String getDefaultFontFamilyName() {
 271         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
 272     }
 273
 274     public Configuration() {
 275         this( null, false, false, false );
 276     }
 277
 278     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 279         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 280             config_filename = default_config_filename;
 281         }
 282         else {
 283             config_filename = cf;
 284         }
 285         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 286         config_filename = config_filename.trim();
 287         URL u = null;
 288         if ( is_url ) {
 289             // If URL, open accordingly
 290             try {
 291                 u = new URL( config_filename );
 292                 try {
 293                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 294                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 295                     readConfig( bf );
 296                     bf.close();
 297                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 298                             + config_filename + "]" );
 299                 }
 300                 catch ( final Exception e ) {
 301                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 302                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 303                 }
 304             }
 305             catch ( final Exception e ) {
 306                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 307                         + config_filename + "]" );
 308             }
 309         }
 310         else {
 311             // Otherwise, open as a file
 312             File f = new File( config_filename );
 313             if ( !f.exists() ) {
 314                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 315             }
 316             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 317                 try {
 318                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 319                     readConfig( bf );
 320                     bf.close();
 321                 }
 322                 catch ( final Exception e ) {
 323                     if ( verbose ) {
 324                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 325                                 + config_filename + "]: " + e );
 326                     }
 327                 }
 328             }
 329             else {
 330                 if ( verbose ) {
 331                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 332                             + config_filename + "]" );
 333                 }
 334             }
 335         }
 336     }
 337
 338     boolean displaySequenceRelations() {
 339         return _display_sequence_relations;
 340     }
 341
 342     boolean doCheckOption( final int which ) {
 343         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 344                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 345     }
 346
 347     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 348         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 349     }
 350
 351     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 352         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 353     }
 354
 355     /**
 356      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 357      * this or not (e.g. phylogram)
 358      *
 359      */
 360     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 361         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 362     }
 363
 364     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 365         if ( _annotation_colors == null ) {
 366             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 367         }
 368         return _annotation_colors;
 369     }
 370
 371     public String getBaseFontFamilyName() {
 372         return _base_font_family_name;
 373     }
 374
 375     int getBaseFontSize() {
 376         return _base_font_size;
 377     }
 378
 379     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 380         return _cladogram_type;
 381     }
 382
 383     private int getClickToIndex( final String name ) {
 384         int index = -1;
 385         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 386             index = Configuration.display_node_data;
 387             ForesterUtil
 388             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 389                                   "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 390         }
 391         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 392             index = Configuration.display_node_data;
 393         }
 394         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 395             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 396         }
 397         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 398             index = Configuration.reroot;
 399         }
 400         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 401             index = Configuration.subtree;
 402         }
 403         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 404             index = Configuration.swap;
 405         }
 406         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 407             index = Configuration.sort_descendents;
 408         }
 409         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 410             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 411         }
 412         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 413             ForesterUtil
 414             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 415             return DEPRECATED;
 416         }
 417         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 418             index = Configuration.open_seq_web;
 419         }
 420         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 421             index = Configuration.open_pdb_web;
 422         }
 423         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 424             index = Configuration.open_tax_web;
 425         }
 426         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 427             index = Configuration.blast;
 428         }
 429         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 430             index = Configuration.cut_subtree;
 431         }
 432         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 433             index = Configuration.copy_subtree;
 434         }
 435         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 436             index = Configuration.paste_subtree;
 437         }
 438         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 439             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 440         }
 441         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 442             index = Configuration.add_new_node;
 443         }
 444         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 445             index = Configuration.edit_node_data;
 446         }
 447         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 448             index = Configuration.select_nodes;
 449         }
 450         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 451             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 452                     "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 453             return DEPRECATED;
 454         }
 455         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 456             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 457             return DEPRECATED;
 458         }
 459         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 460             index = Configuration.color_subtree;
 461         }
 462         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 463             index = Configuration.change_node_font;
 464         }
 465         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 466             index = Configuration.color_node_font;
 467         }
 468         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 469             index = Configuration.color_subtree;
 470         }
 471         return index;
 472     }
 473
 474     int getClickToOptionsCount() {
 475         return clickto_options.length;
 476     }
 477
 478     String getClickToTitle( final int which ) {
 479         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 480     }
 481
 482     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 483         return _default_bootstrap_samples;
 484     }
 485
 486     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 487         return default_clickto;
 488     }
 489
 490     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 491         return _default_node_fill;
 492     }
 493
 494     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 495         return _default_node_shape;
 496     }
 497
 498     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 499         return _default_node_shape_size;
 500     }
 501
 502     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 503         return _display_colors;
 504     }
 505
 506     String getDisplayTitle( final int which ) {
 507         return display_options[ which ][ 0 ];
 508     }
 509
 510     Map<String, Color> getDomainColors() {
 511         if ( _domain_colors == null ) {
 512             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 513         }
 514         return _domain_colors;
 515     }
 516
 517     public NodeDataField getExtDescNodeDataToReturn() {
 518         return _ext_desc_data_to_return;
 519     }
 520
 521     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 522         return _ext_node_data_return_on;
 523     }
 524
 525     public int getFrameXSize() {
 526         return _frame_x_size;
 527     }
 528
 529     public int getFrameYSize() {
 530         return _frame_y_size;
 531     }
 532
 533     int getGraphicsExportX() {
 534         return _graphics_export_x;
 535     }
 536
 537     int getGraphicsExportY() {
 538         return _graphics_export_y;
 539     }
 540
 541     Color getGuiBackgroundColor() {
 542         return _gui_background_color;
 543     }
 544
 545     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 546         return _gui_button_background_color;
 547     }
 548
 549     Color getGuiButtonBorderColor() {
 550         return _gui_button_border_color;
 551     }
 552
 553     Color getGuiButtonTextColor() {
 554         return _gui_button_text_color;
 555     }
 556
 557     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 558         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 559     }
 560
 561     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 562         return _gui_checkbox_text_color;
 563     }
 564
 565     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 566         return _gui_menu_background_color;
 567     }
 568
 569     Color getGuiMenuTextColor() {
 570         return _gui_menu_text_color;
 571     }
 572
 573     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 574         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 575     }
 576
 577     int getMaxBaseFontSize() {
 578         return _max_base_font_size;
 579     }
 580
 581     int getMinBaseFontSize() {
 582         return _min_base_font_size;
 583     }
 584
 585     double getMinConfidenceValue() {
 586         return _min_confidence_value;
 587     }
 588
 589     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 590         return _node_label_direction;
 591     }
 592
 593     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 594         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 595     }
 596
 597     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 598         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 599     }
 600
 601     short getOvMaxHeight() {
 602         return _ov_max_height;
 603     }
 604
 605     short getOvMaxWidth() {
 606         return _ov_max_width;
 607     }
 608
 609     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 610         return _ov_placement;
 611     }
 612
 613     public File getPathToLocalFastme() {
 614         return _path_to_local_fastme;
 615     }
 616
 617     public File getPathToLocalMafft() {
 618         return _path_to_local_mafft;
 619     }
 620
 621     public File getPathToLocalRaxml() {
 622         return _path_to_local_raxml;
 623     }
 624
 625     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 626         return _phylogeny_graphics_type;
 627     }
 628
 629     float getPrintLineWidth() {
 630         return _print_line_width;
 631     }
 632
 633     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
 634         if ( _sequence_colors == null ) {
 635             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
 636         }
 637         return _sequence_colors;
 638     }
 639
 640     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 641         if ( _species_colors == null ) {
 642             initSpeciesColors();
 643         }
 644         return _species_colors;
 645     }
 646
 647     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 648         return _taxonomy_extraction;
 649     }
 650
 651     public double getVectorDataHeight() {
 652         return _vector_data_height;
 653     }
 654
 655     public Color getVectorDataMaxColor() {
 656         return _vector_data_max_color;
 657     }
 658
 659     public Color getVectorDataMeanColor() {
 660         return _vector_data_mean_color;
 661     }
 662
 663     public Color getVectorDataMinColor() {
 664         return _vector_data_min_color;
 665     }
 666
 667     public int getVectorDataWidth() {
 668         return _vector_data_width;
 669     }
 670
 671     private final void initSpeciesColors() {
 672         _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 673         for( final String[] s : DEFAULT_SPECIES_COLORS ) {
 674             _species_colors.put( s[ 0 ], Color.decode( s[ 1 ] ) );
 675         }
 676     }
 677
 678     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 679         return _abbreviate_scientific_names;
 680     }
 681
 682     boolean isAntialiasScreen() {
 683         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 684             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 685             return false;
 686         }
 687         return _antialias_screen;
 688     }
 689
 690     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 691         return _background_color_gradient;
 692     }
 693
 694     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 695         return false;
 696     }
 697
 698     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 699         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 700     }
 701
 702     /**
 703      * Convenience method.
 704      *
 705      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 706      */
 707     boolean isDrawAsPhylogram() {
 708         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 709     }
 710
 711     boolean isEditable() {
 712         return _editable;
 713     }
 714
 715     /**
 716      * Only used by ArchaeoptryxE.
 717      *
 718      */
 719     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 720         return _hide_controls_and_menus;
 721     }
 722
 723     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 724         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 725     }
 726
 727     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 728         return _line_up_renderable_node_data;
 729     }
 730
 731     public boolean isMidpointReroot() {
 732         return _midpoint_root;
 733     }
 734
 735     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 736         return _nh_parsing_replace_underscores;
 737     }
 738
 739     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 740         return _right_align_domains;
 741     }
 742
 743     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 744         return _show_annotation_ref_source;
 745     }
 746
 747     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 748         return _show_default_node_shapes_external;
 749     }
 750
 751     public boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 752         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 753     }
 754
 755     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 756         return _show_default_node_shapes_internal;
 757     }
 758
 759     public boolean isShowDomainLabels() {
 760         return _show_domain_labels;
 761     }
 762
 763     boolean isShowOverview() {
 764         return _show_overview;
 765     }
 766
 767     boolean isShowScale() {
 768         return _show_scale;
 769     }
 770
 771     final boolean isUseNativeUI() {
 772         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 773             _ui = UI.NATIVE;
 774         }
 775         return _ui == UI.NATIVE;
 776     }
 777
 778     /**
 779      * Only used by ArchaeoptryxE.
 780      *
 781      */
 782     boolean isUseTabbedDisplay() {
 783         return _use_tabbed_display;
 784     }
 785
 786     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 787         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 788     }
 789
 790     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 791         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 792         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 793             return true;
 794         }
 795         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 796             return false;
 797         }
 798         else {
 799             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 800             return false;
 801         }
 802     }
 803
 804     private double parseDouble( final String str ) {
 805         double d = 0.0;
 806         try {
 807             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 808         }
 809         catch ( final Exception e ) {
 810             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 811             d = 0.0;
 812         }
 813         return d;
 814     }
 815
 816     private float parseFloat( final String str ) {
 817         float f = 0.0f;
 818         try {
 819             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 820         }
 821         catch ( final Exception e ) {
 822             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 823             f = 0.0f;
 824         }
 825         return f;
 826     }
 827
 828     private int parseInt( final String str ) {
 829         int i = -1;
 830         try {
 831             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 832         }
 833         catch ( final Exception e ) {
 834             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 835             i = -1;
 836         }
 837         return i;
 838     }
 839
 840     private short parseShort( final String str ) {
 841         short i = -1;
 842         try {
 843             i = Short.parseShort( str.trim() );
 844         }
 845         catch ( final Exception e ) {
 846             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 847             i = -1;
 848         }
 849         return i;
 850     }
 851
 852     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 853         setBaseFontFamilyName( "" );
 854         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 855         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 856         for( String font : fonts ) {
 857             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 858             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 859                 setBaseFontFamilyName( font );
 860                 break;
 861             }
 862         }
 863     }
 864
 865     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 866         getDisplayColors().put( key, color );
 867     }
 868
 869     /**
 870      * read each line of config file, process non-comment lines
 871      * @throws IOException
 872      */
 873     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 874         String line;
 875         do {
 876             line = conf_in.readLine();
 877             if ( line != null ) {
 878                 line = line.trim();
 879                 // skip comments and blank lines
 880                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 881                     // convert runs of spaces to tabs
 882                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 883                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 884                     setKeyValue( st );
 885                 }
 886             }
 887         } while ( line != null );
 888     }
 889
 890     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 891         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 892     }
 893
 894     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 895         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 896     }
 897
 898     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 899         _antialias_screen = antialias_screen;
 900     }
 901
 902     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 903         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 904     }
 905
 906     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 907         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 908     }
 909
 910     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 911         _base_font_size = base_font_size;
 912     }
 913
 914     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 915         _cladogram_type = cladogram_type;
 916     }
 917
 918     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 919         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 920     }
 921
 922     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 923         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 924     }
 925
 926     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 927         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 928     }
 929
 930     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 931         _default_node_fill = default_node_fill;
 932     }
 933
 934     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 935         _default_node_shape = default_node_shape;
 936     }
 937
 938     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 939         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 940     }
 941
 942     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 943         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 944     }
 945
 946     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 947         _display_colors = display_colors;
 948     }
 949
 950     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 951         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 952     }
 953
 954     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 955         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 956     }
 957
 958     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 959         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 960     }
 961
 962     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 963         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 964     }
 965
 966     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 967         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 968     }
 969
 970     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 971         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 972     }
 973
 974     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 975         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 976     }
 977
 978     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 979         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 980     }
 981
 982     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 983         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 984     }
 985
 986     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 987         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 988     }
 989
 990     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 991         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 992     }
 993
 994     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 995         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 996     }
 997
 998     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 999         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1000     }
1001
1002     public void setDisplayMultipleSequenceAlignment( final boolean b ) {
1003         display_options[ show_mol_seqs ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1004     }
1005
1006     private void setEditable( final boolean editable ) {
1007         _editable = editable;
1008     }
1009
1010     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NodeDataField ext_desc_data_to_return ) {
1011         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
1012     }
1013
1014     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1015         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1016     }
1017
1018     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
1019         _frame_x_size = frame_x_size;
1020     }
1021
1022     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
1023         _frame_y_size = frame_y_size;
1024     }
1025
1026     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1027         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1028     }
1029
1030     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1031         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1032     }
1033
1034     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1035         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1036     }
1037
1038     /**
1039      * Set a key-value(s) tuple
1040      */
1041     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1042         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1043         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1044             return;
1045         }
1046         // Handle single value settings first:
1047         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1048             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1049             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1050             if ( default_clickto == -1 ) {
1051                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1052                                                   + "] for [default_click_to]" );
1053                 default_clickto = 0;
1054             }
1055             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1056                 // Deprecated.
1057             }
1058         }
1059         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1060             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1061             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1062                 _ui = UI.NATIVE;
1063             }
1064             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1065                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1066             }
1067             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1068                 _ui = UI.UNKNOWN;
1069             }
1070             else {
1071                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1072                                                   + "]" );
1073                 _ui = UI.UNKNOWN;
1074             }
1075         }
1076         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1077             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1078         }
1079         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1080             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1081         }
1082         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1083             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1084             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1085                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1086             }
1087             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1088                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1089             }
1090             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1091                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1092             }
1093             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1094                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1095             }
1096             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1097                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1098             }
1099             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1100                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1101             }
1102             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1103                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1104             }
1105             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1106                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1107             }
1108             else {
1109                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1110                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1111                                                   + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1112             }
1113         }
1114         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1115             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1116             final double d = parseDouble( mcv_str );
1117             setMinConfidenceValue( d );
1118         }
1119         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1120             processFontFamily( st );
1121         }
1122         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1123             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1124             final int i = parseInt( size_str );
1125             if ( i > 0 ) {
1126                 setBaseFontSize( i );
1127             }
1128         }
1129         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1130             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1131             final int i = parseInt( size_str );
1132             if ( i > 0 ) {
1133                 setMinBaseFontSize( i );
1134             }
1135         }
1136         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1137             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1138             final int i = parseInt( size_str );
1139             if ( i > 1 ) {
1140                 setMaxBaseFontSize( i );
1141             }
1142         }
1143         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1144             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1145             final int i = parseInt( str );
1146             if ( i > 0 ) {
1147                 setGraphicsExportX( i );
1148             }
1149         }
1150         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1151             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1152             final int i = parseInt( str );
1153             if ( i > 0 ) {
1154                 setGraphicsExportY( i );
1155             }
1156         }
1157         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1158             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1159             final float f = parseFloat( str );
1160             if ( f > 0 ) {
1161                 setPrintLineWidth( f );
1162             }
1163             else {
1164                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1165                         "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1166             }
1167         }
1168         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1169             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1170             final int i = parseInt( str );
1171             if ( i > 0 ) {
1172                 setFrameXSize( i );
1173             }
1174         }
1175         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1176             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1177             final int i = parseInt( str );
1178             if ( i > 0 ) {
1179                 setFrameYSize( i );
1180             }
1181         }
1182         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1183             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1184             final int i = parseInt( str );
1185             if ( i >= 0 ) {
1186                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1187             }
1188             else {
1189                 ForesterUtil
1190                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1191                                       "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1192             }
1193         }
1194         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1195             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1196             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1197                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1198             }
1199         }
1200         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1201             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1202             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1203                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1204             }
1205         }
1206         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1207             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1208             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1209                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1210             }
1211         }
1212         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1213             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1214         }
1215         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1216             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1217         }
1218         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1219             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1220         }
1221         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1222             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1223         }
1224         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1225             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1226         }
1227         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1228             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1229         }
1230         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1231             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1232         }
1233         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1234             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1235             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1236                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1237             }
1238             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1239                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1240             }
1241             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1242                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1243             }
1244             else {
1245                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1246                                                   + "] for [cladogram_type]" );
1247             }
1248         }
1249         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1250             ForesterUtil
1251             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1252                                   "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1253         }
1254         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1255             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1256         }
1257         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1258             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1259         }
1260         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1261             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1262             setOvMaxWidth( i );
1263         }
1264         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1265             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1266             setOvMaxHeight( i );
1267         }
1268         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1269             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1270             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1271                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1272             }
1273             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1274                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1275             }
1276             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1277                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1278             }
1279             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1280                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1281             }
1282             else {
1283                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1284                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1285                                                   + "] for [overview_placement_type]" );
1286             }
1287         }
1288         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1289             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1290             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1291                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1292             }
1293             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1294                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1295             }
1296             else {
1297                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1298                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1299                                                   + "] for [node_label_direction]" );
1300             }
1301         }
1302         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1303             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1304             if ( i >= 0 ) {
1305                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1306             }
1307             else {
1308                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1309                                                   + "] for [branch_length_value_digits]" );
1310             }
1311         }
1312         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1313             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1314             if ( i >= 0 ) {
1315                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1316             }
1317             else {
1318                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1319                                                   + "] for [confidence_value_digits]" );
1320             }
1321         }
1322         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1323             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1324         }
1325         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1326             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1327         }
1328         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1329             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1330             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1331                 ForesterUtil
1332                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1333                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1334             }
1335             else {
1336                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1337             }
1338         }
1339         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1340             final String s = ( String ) st.nextElement();
1341             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1342                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1343             }
1344             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1345                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1346             }
1347             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1348                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1349             }
1350             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1351                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1352             }
1353             else {
1354                 ForesterUtil
1355                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1356                                       "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1357                                               + s
1358                                               + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1359             }
1360             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1361                 ForesterUtil
1362                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1363                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1364             }
1365         }
1366         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1367             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1368         }
1369         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1370             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1371         }
1372         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1373             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1374         }
1375         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1376             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1377         }
1378         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1379             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1380         }
1381         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1382             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1383         }
1384         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1385             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1386         }
1387         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1388             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1389         }
1390         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1391             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1392         }
1393         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1394             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1395         }
1396         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1397             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1398         }
1399         else if ( key.equals( "show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data" ) ) {
1400             setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1401         }
1402         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1403             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1404             setDefaultNodeShapeSize( i );
1405         }
1406         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1407             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1408             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1409                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1410             }
1411             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1412                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1413             }
1414             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1415                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1416             }
1417             else {
1418                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1419                                                   + "] for [default_node_fill]" );
1420             }
1421         }
1422         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1423             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1424             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1425                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1426             }
1427             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1428                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1429             }
1430             else {
1431                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1432                                                   + "] for [default_node_shape]" );
1433             }
1434         }
1435         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1436             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1437         }
1438         else if ( key.equals( "list_node_data_field" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1439             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1440             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1441                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.NODE_NAME );
1442             }
1443             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1444                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_ACC );
1445             }
1446             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1447                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1448             }
1449             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1450                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_NAME );
1451             }
1452             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1453                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GENE_NAME );
1454             }
1455             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1456                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_SYMBOL );
1457             }
1458             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1459                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1460             }
1461             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1462                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_CODE );
1463             }
1464             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1465                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.UNKNOWN );
1466             }
1467             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains" ) ) {
1468                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_ALL );
1469             }
1470             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains_collapsed" ) ) {
1471                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_COLLAPSED_PER_PROTEIN );
1472             }
1473             else if ( s.equalsIgnoreCase( "seq_annotations" ) ) {
1474                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQ_ANNOTATIONS );
1475             }
1476             else if ( s.equalsIgnoreCase( "go_term_ids" ) ) {
1477                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GO_TERM_IDS );
1478             }
1479             else {
1480                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1481                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1482             }
1483         }
1484         else if ( key.equals( "list_node_data_custom_label" ) || key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1485             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1486             if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) && ( s.length() > 1 ) ) {
1487                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1488             }
1489         }
1490         else if ( key.equals( "list_node_data_in" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1491             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1492             if ( s.equals( "console" ) ) {
1493                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1494             }
1495             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1496                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1497             }
1498             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1499                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1500             }
1501             else {
1502                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1503                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1504             }
1505         }
1506         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1507             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1508         }
1509         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1510             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1511         }
1512         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1513             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1514         }
1515         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1516             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1517             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1518                 _vector_data_width = 120;
1519             }
1520         }
1521         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1522             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1523             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1524                 _vector_data_height = 12;
1525             }
1526         }
1527         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1528             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1529         }
1530         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1531             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1532         }
1533         else if ( key.equals( "allow_thick_strokes" ) ) {
1534             _allow_thick_strokes = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1535         }
1536         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1537             // yet retrieved!
1538             int key_index = -1;
1539             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1540                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1541             }
1542             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1543                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1544             }
1545             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1546                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1547             }
1548             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1549                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1550             }
1551             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1552                 key_index = Configuration.show_node_names;
1553             }
1554             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1555                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1556             }
1557             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1558                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1559             }
1560             else if ( key.equals( "write_branch_length_values" ) ) {
1561                 key_index = Configuration.write_branch_length_values;
1562             }
1563             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1564                 key_index = Configuration.write_events;
1565             }
1566             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1567                 key_index = Configuration.use_style;
1568             }
1569             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1570                 key_index = Configuration.use_style;
1571                 ForesterUtil
1572                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1573                                       "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1574             }
1575             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1576                 key_index = Configuration.width_branches;
1577             }
1578             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1579                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1580             }
1581             else if ( key.equals( "show_msa" ) ) {
1582                 key_index = Configuration.show_mol_seqs;
1583             }
1584             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1585                 key_index = Configuration.show_annotation;
1586             }
1587             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1588                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1589             }
1590             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1591                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1592             }
1593             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1594                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1595             }
1596             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1597                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1598             }
1599             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1600                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1601             }
1602             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1603                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1604             }
1605             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1606                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1607             }
1608             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1609                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1610             }
1611             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1612                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1613             }
1614             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1615                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1616             }
1617             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1618                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1619             }
1620             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1621                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1622             }
1623             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1624                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1625             }
1626             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1627                 key_index = Configuration.show_properties;
1628             }
1629             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1630                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1631             }
1632             // If we've found the key, set the values
1633             if ( key_index >= 0 ) {
1634                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1635                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1636                 // otherwise, keep looking
1637             }
1638             else {
1639                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1640                     // Deprecated.
1641                 }
1642                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1643                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1644                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1645                     if ( key_index >= 0 ) {
1646                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1647                     }
1648                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1649                         // Deprecated.
1650                     }
1651                     else {
1652                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1653                                 + click_to_name );
1654                     }
1655                 }
1656                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1657                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1658                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1659                 }
1660                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1661                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1662                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1663                 }
1664                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1665                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1666                 }
1667                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1668                     getAnnotationColors()
1669                     .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1670                 }
1671                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1672                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1673                             "configuration key [function_color] is deprecated" );
1674                 }
1675                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1676                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1677                 }
1678                 else {
1679                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1680                                                       + "] in: " + config_filename );
1681                 }
1682             }
1683         }
1684         else {
1685             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1686                     + config_filename );
1687         }
1688     }
1689
1690     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1691         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1692     }
1693
1694     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
1695         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
1696     }
1697
1698     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1699         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1700     }
1701
1702     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
1703         _midpoint_root = midpoint_root;
1704     }
1705
1706     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1707         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1708     }
1709
1710     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1711         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1712     }
1713
1714     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1715         _node_label_direction = node_label_direction;
1716     }
1717
1718     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1719         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1720     }
1721
1722     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1723         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1724     }
1725
1726     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1727         _ov_max_height = ov_max_height;
1728     }
1729
1730     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1731         _ov_max_width = ov_max_width;
1732     }
1733
1734     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1735         _ov_placement = ov_placement;
1736     }
1737
1738     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1739         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1740     }
1741
1742     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1743         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1744     }
1745
1746     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1747         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1748     }
1749
1750     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1751         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1752     }
1753
1754     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1755         _print_line_width = print_line_width;
1756     }
1757
1758     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1759         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1760     }
1761
1762     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
1763         _right_align_domains = right_align_domains;
1764     }
1765
1766     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1767         _show_annotation_ref_source = b;
1768     }
1769
1770     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
1771         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
1772     }
1773
1774     public void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
1775         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
1776     }
1777
1778     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
1779         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
1780     }
1781
1782     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1783         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1784     }
1785
1786     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1787         _show_overview = show_overview;
1788     }
1789
1790     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1791         _show_scale = show_scale;
1792     }
1793
1794     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
1795         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
1796     }
1797
1798     public void setUseStyle( final boolean b ) {
1799         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1800     }
1801
1802     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1803         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1804     }
1805
1806     public boolean isAllowThickStrokes() {
1807         return _allow_thick_strokes;
1808     }
1809 }