forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  54 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  55 import org.forester.util.ForesterUtil;
  56
  57 public final class Configuration {
  58
  59     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  60     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  61     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  62     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  63     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  64     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  65     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  66     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  67     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  68     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  69     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  70     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  71     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  72     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  73     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
  74     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
  75     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  76     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  77     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  78     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  79     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  80     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  81     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  82     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  83     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  84     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  85     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  86     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  87     private boolean                         _editable                                              = true;
  88     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  89     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT;
  90     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  91     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  92     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  93     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  94     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  95     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  96     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  97     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
  98     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
  99     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
 100     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
 101     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 102     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 103     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 104     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 105     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 106     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 107     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 108     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 109     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 110     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 111     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 112     final static int                        write_events                                           = 5;
 113     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 114     final static int                        color_branches                                         = 7;
 115     final static int                        width_branches                                         = 8;
 116     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 117     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 118     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 119     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 120     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 121     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 122     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 123     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 124     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 125     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 126     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 127     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 128     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 129     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 130     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 131     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 132     final static int                        show_properties                                        = 25;
 133     // ------------------
 134     // Click-to options
 135     // ------------------
 136     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 137     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 138     final static int                        reroot                                                 = 2;
 139     final static int                        subtree                                                = 3;
 140     final static int                        swap                                                   = 4;
 141     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 142     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 143     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 144     final static int                        blast                                                  = 8;
 145     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 146     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 147     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 148     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 149     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 150     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 151     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 152     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 153     final static int                        select_nodes                                           = 17;
 154     // ---------------------------
 155     // Display options for trees
 156     // ---------------------------
 157     // ---------------------------------
 158     // Pertaining to the config itself
 159     // ---------------------------------
 160     // Full path to config (may be URL)
 161     String                                  config_filename;
 162     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 163     final static String                     display_options[][]                                    = {
 164             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 165             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 166             { "Node Events", "display", "?" }, { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" },
 167             { "Colorize Branches", "display", "no" }, { "Use Branch-Widths", "display", "no" },
 168             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Domains", "nodisplay", "no" },
 169             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 170             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Acc", "display", "no" },
 171             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 172             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 173             { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 174             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 175             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 176             { "Properties", "nodisplay", "no" }                                                   };
 177     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 178             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 179             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 180             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 181             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 182             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 183             { "Sort Descendants", "display" }, { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" } };
 184     // This option is selected in the dropdown
 185     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 186     // --------------
 187     // Color set
 188     // --------------
 189     TreeColorSet                            tree_color_set;
 190     // -------
 191     // Fonts
 192     // -------
 193     TreeFontSet                             tree_font_set;
 194     // ----------------
 195     // Species colors
 196     // ----------------
 197     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 198     // ----------------
 199     // Domain colors
 200     // ----------------
 201     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 202     // ----------------
 203     // Function colors
 204     // ----------------
 205     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 206     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 207     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 208     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 209     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 218     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 219     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 220     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 221     private int                             _frame_x_size;
 222     private int                             _frame_y_size;
 223     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 224     static {
 225         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 226             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 227                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 228                 break;
 229             }
 230         }
 231         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 232             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 233         }
 234     }
 235
 236     public Configuration() {
 237         this( null, false, false, false );
 238     }
 239
 240     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 241         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 242             config_filename = default_config_filename;
 243         }
 244         else {
 245             config_filename = cf;
 246         }
 247         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 248         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 249         config_filename = config_filename.trim();
 250         URL u = null;
 251         if ( is_url ) {
 252             // If URL, open accordingly
 253             try {
 254                 u = new URL( config_filename );
 255                 try {
 256                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 257                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 258                     readConfig( bf );
 259                     bf.close();
 260                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 261                             + config_filename + "]" );
 262                 }
 263                 catch ( final Exception e ) {
 264                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 265                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 266                 }
 267             }
 268             catch ( final Exception e ) {
 269                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 270                         + config_filename + "]" );
 271             }
 272         }
 273         else {
 274             // Otherwise, open as a file
 275             File f = new File( config_filename );
 276             if ( !f.exists() ) {
 277                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 278             }
 279             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 280                 try {
 281                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 282                     readConfig( bf );
 283                     bf.close();
 284                 }
 285                 catch ( final Exception e ) {
 286                     if ( verbose ) {
 287                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 288                                 + config_filename + "]: " + e );
 289                     }
 290                 }
 291             }
 292             else {
 293                 if ( verbose ) {
 294                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 295                             + config_filename + "]" );
 296                 }
 297             }
 298         }
 299     }
 300
 301     public String getBaseFontFamilyName() {
 302         return _base_font_family_name;
 303     }
 304
 305     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 306         return _default_bootstrap_samples;
 307     }
 308
 309     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 310         return _default_node_fill;
 311     }
 312
 313     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 314         return _default_node_shape;
 315     }
 316
 317     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 318         return _default_node_shape_size;
 319     }
 320
 321     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 322         return _domain_structure_base_color;
 323     }
 324
 325     public Color getDomainStructureFontColor() {
 326         return _domain_structure_font_color;
 327     }
 328
 329     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 330         return _ext_desc_data_to_return;
 331     }
 332
 333     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 334         return _ext_node_data_return_on;
 335     }
 336
 337     public int getFrameXSize() {
 338         return _frame_x_size;
 339     }
 340
 341     public int getFrameYSize() {
 342         return _frame_y_size;
 343     }
 344
 345     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 346         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 347     }
 348
 349     public File getPathToLocalFastme() {
 350         return _path_to_local_fastme;
 351     }
 352
 353     public File getpathToLocalMafft() {
 354         return _path_to_local_mafft;
 355     }
 356
 357     public File getPathToLocalRaxml() {
 358         return _path_to_local_raxml;
 359     }
 360
 361     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 362         return _abbreviate_scientific_names;
 363     }
 364
 365     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 366         return _background_color_gradient;
 367     }
 368
 369     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 370         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 371     }
 372
 373     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 374         return _show_default_node_shapes_external;
 375     }
 376
 377     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 378         return _show_default_node_shapes_internal;
 379     }
 380
 381     public boolean isShowDomainLabels() {
 382         return _show_domain_labels;
 383     }
 384
 385     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 386         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 387     }
 388
 389     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 390         getDisplayColors().put( key, color );
 391     }
 392
 393     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 394         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 395     }
 396
 397     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 398         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 399     }
 400
 401     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 402         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 403     }
 404
 405     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 406         _base_font_size = base_font_size;
 407     }
 408
 409     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
 410         _max_base_font_size = max_base_font_size;
 411     }
 412
 413     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
 414         _min_base_font_size = min_base_font_size;
 415     }
 416
 417     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 418         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 419     }
 420
 421     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 422         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 423     }
 424
 425     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 426         _default_node_fill = default_node_fill;
 427     }
 428
 429     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 430         _default_node_shape = default_node_shape;
 431     }
 432
 433     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 434         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 435     }
 436
 437     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 438         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 439     }
 440
 441     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 442         _display_colors = display_colors;
 443     }
 444
 445     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 446         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 447     }
 448
 449     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 450         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 451     }
 452
 453     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 454         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 455     }
 456
 457     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 458         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 459     }
 460
 461     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 462         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 463     }
 464
 465     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 466         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 467     }
 468
 469     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 470         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 471     }
 472
 473     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 474         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 475     }
 476
 477     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 478         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 479     }
 480
 481     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 482         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 483     }
 484
 485     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 486         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 487     }
 488
 489     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 490         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 491     }
 492
 493     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 494         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 495     }
 496
 497     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 498         _frame_x_size = frame_x_size;
 499     }
 500
 501     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 502         _frame_y_size = frame_y_size;
 503     }
 504
 505     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 506         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 507     }
 508
 509     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 510         _node_label_direction = node_label_direction;
 511     }
 512
 513     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 514         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 515     }
 516
 517     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 518         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 519     }
 520
 521     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 522         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 523     }
 524
 525     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 526         _print_line_width = print_line_width;
 527     }
 528
 529     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 530         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 531     }
 532
 533     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 534         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 535     }
 536
 537     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 538         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 539     }
 540
 541     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 542         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 543     }
 544
 545     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 546         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 547     }
 548
 549     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 550         _show_scale = show_scale;
 551     }
 552
 553     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 554         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 555     }
 556
 557     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 558         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 559     }
 560
 561     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 562         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 563     }
 564
 565     boolean displaySequenceRelations() {
 566         return _display_sequence_relations;
 567     }
 568
 569     boolean doCheckOption( final int which ) {
 570         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 571                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 572     }
 573
 574     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 575         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 576     }
 577
 578     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 579         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 580     }
 581
 582     /**
 583      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 584      * this or not (e.g. phylogram)
 585      *
 586      */
 587     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 588         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 589     }
 590
 591     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 592         if ( _annotation_colors == null ) {
 593             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 594         }
 595         return _annotation_colors;
 596     }
 597
 598     int getBaseFontSize() {
 599         return _base_font_size;
 600     }
 601
 602     int getMinBaseFontSize() {
 603         return _min_base_font_size;
 604     }
 605
 606     int getMaxBaseFontSize() {
 607         return _max_base_font_size;
 608     }
 609
 610     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 611         return _cladogram_type;
 612     }
 613
 614     int getClickToOptionsCount() {
 615         return clickto_options.length;
 616     }
 617
 618     String getClickToTitle( final int which ) {
 619         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 620     }
 621
 622     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 623         return default_clickto;
 624     }
 625
 626     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 627         return _display_colors;
 628     }
 629
 630     String getDisplayTitle( final int which ) {
 631         return display_options[ which ][ 0 ];
 632     }
 633
 634     Map<String, Color> getDomainColors() {
 635         if ( _domain_colors == null ) {
 636             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 637         }
 638         return _domain_colors;
 639     }
 640
 641     int getGraphicsExportX() {
 642         return _graphics_export_x;
 643     }
 644
 645     int getGraphicsExportY() {
 646         return _graphics_export_y;
 647     }
 648
 649     Color getGuiBackgroundColor() {
 650         return _gui_background_color;
 651     }
 652
 653     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 654         return _gui_button_background_color;
 655     }
 656
 657     Color getGuiButtonBorderColor() {
 658         return _gui_button_border_color;
 659     }
 660
 661     Color getGuiButtonTextColor() {
 662         return _gui_button_text_color;
 663     }
 664
 665     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 666         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 667     }
 668
 669     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 670         return _gui_checkbox_text_color;
 671     }
 672
 673     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 674         return _gui_menu_background_color;
 675     }
 676
 677     Color getGuiMenuTextColor() {
 678         return _gui_menu_text_color;
 679     }
 680
 681     double getMinConfidenceValue() {
 682         return _min_confidence_value;
 683     }
 684
 685     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 686         return _node_label_direction;
 687     }
 688
 689     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 690         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 691     }
 692
 693     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 694         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 695     }
 696
 697     short getOvMaxHeight() {
 698         return _ov_max_height;
 699     }
 700
 701     short getOvMaxWidth() {
 702         return _ov_max_width;
 703     }
 704
 705     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 706         return _ov_placement;
 707     }
 708
 709     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 710         return _phylogeny_graphics_type;
 711     }
 712
 713     float getPrintLineWidth() {
 714         return _print_line_width;
 715     }
 716
 717     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 718         if ( _species_colors == null ) {
 719             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 720         }
 721         return _species_colors;
 722     }
 723
 724     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 725         return _taxonomy_extraction;
 726     }
 727
 728     WebLink getWebLink( final String source ) {
 729         return getWebLinks().get( source );
 730     }
 731
 732     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 733         return _weblinks;
 734     }
 735
 736     boolean isAntialiasScreen() {
 737         if ( AptxUtil.isMac() ) {
 738             // Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 739             return false;
 740         }
 741         return _antialias_screen;
 742     }
 743
 744     /**
 745      * Convenience method.
 746      *
 747      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 748      */
 749     boolean isDrawAsPhylogram() {
 750         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 751     }
 752
 753     boolean isEditable() {
 754         return _editable;
 755     }
 756
 757     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 758         return getWebLinks().containsKey( source );
 759     }
 760
 761     /**
 762      * Only used by ArchaeoptryxE.
 763      *
 764      */
 765     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 766         return _hide_controls_and_menus;
 767     }
 768
 769     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 770         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 771     }
 772
 773     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 774         return _nh_parsing_replace_underscores;
 775     }
 776
 777     boolean isShowBranchLengthValues() {
 778         return _show_branch_length_values;
 779     }
 780
 781     boolean isShowOverview() {
 782         return _show_overview;
 783     }
 784
 785     boolean isShowScale() {
 786         return _show_scale;
 787     }
 788
 789     final boolean isUseNativeUI() {
 790         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() ) {
 791             _ui = UI.NATIVE;
 792         }
 793         return _ui == UI.NATIVE;
 794     }
 795
 796     /**
 797      * Only used by ArchaeoptryxE.
 798      *
 799      */
 800     boolean isUseTabbedDisplay() {
 801         return _use_tabbed_display;
 802     }
 803
 804     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 805         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 806     }
 807
 808     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 809         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 810     }
 811
 812     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
 813         _weblinks = weblinks;
 814     }
 815
 816     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 817         WebLink weblink = null;
 818         boolean ex = false;
 819         try {
 820             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 821         }
 822         catch ( final MalformedURLException e ) {
 823             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 824             ex = true;
 825         }
 826         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 827             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 828         }
 829     }
 830
 831     private int getClickToIndex( final String name ) {
 832         int index = -1;
 833         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 834             index = Configuration.display_node_data;
 835             ForesterUtil
 836                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 837                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 838         }
 839         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 840             index = Configuration.display_node_data;
 841         }
 842         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 843             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 844         }
 845         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 846             index = Configuration.reroot;
 847         }
 848         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 849             index = Configuration.subtree;
 850         }
 851         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 852             index = Configuration.swap;
 853         }
 854         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 855             index = Configuration.sort_descendents;
 856         }
 857         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 858             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 859         }
 860         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 861             ForesterUtil
 862                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 863             return DEPRECATED;
 864         }
 865         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 866             index = Configuration.open_seq_web;
 867         }
 868         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 869             index = Configuration.open_tax_web;
 870         }
 871         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 872             index = Configuration.blast;
 873         }
 874         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 875             index = Configuration.cut_subtree;
 876         }
 877         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 878             index = Configuration.copy_subtree;
 879         }
 880         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 881             index = Configuration.paste_subtree;
 882         }
 883         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 884             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 885         }
 886         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 887             index = Configuration.add_new_node;
 888         }
 889         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 890             index = Configuration.edit_node_data;
 891         }
 892         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 893             index = Configuration.select_nodes;
 894         }
 895         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 896             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 897                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 898             return DEPRECATED;
 899         }
 900         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 901             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 902             return DEPRECATED;
 903         }
 904         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 905             index = Configuration.color_subtree;
 906         }
 907         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 908             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 909             return DEPRECATED;
 910         }
 911         return index;
 912     }
 913
 914     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 915         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 916         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 917             return true;
 918         }
 919         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 920             return false;
 921         }
 922         else {
 923             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 924             return false;
 925         }
 926     }
 927
 928     private double parseDouble( final String str ) {
 929         double d = 0.0;
 930         try {
 931             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 932         }
 933         catch ( final Exception e ) {
 934             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 935             d = 0.0;
 936         }
 937         return d;
 938     }
 939
 940     private float parseFloat( final String str ) {
 941         float f = 0.0f;
 942         try {
 943             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 944         }
 945         catch ( final Exception e ) {
 946             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 947             f = 0.0f;
 948         }
 949         return f;
 950     }
 951
 952     private int parseInt( final String str ) {
 953         int i = -1;
 954         try {
 955             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 956         }
 957         catch ( final Exception e ) {
 958             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 959             i = -1;
 960         }
 961         return i;
 962     }
 963
 964     private short parseShort( final String str ) {
 965         short i = -1;
 966         try {
 967             i = Short.parseShort( str.trim() );
 968         }
 969         catch ( final Exception e ) {
 970             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 971             i = -1;
 972         }
 973         return i;
 974     }
 975
 976     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 977         setBaseFontFamilyName( "" );
 978         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 979         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 980         for( String font : fonts ) {
 981             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 982             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 983                 setBaseFontFamilyName( font );
 984                 break;
 985             }
 986         }
 987     }
 988
 989     /**
 990      * read each line of config file, process non-comment lines
 991      * @throws IOException
 992      */
 993     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 994         String line;
 995         do {
 996             line = conf_in.readLine();
 997             if ( line != null ) {
 998                 line = line.trim();
 999                 // skip comments and blank lines
1000                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
1001                     // convert runs of spaces to tabs
1002                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
1003                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
1004                     setKeyValue( st );
1005                 }
1006             }
1007         } while ( line != null );
1008     }
1009
1010     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
1011         _antialias_screen = antialias_screen;
1012     }
1013
1014     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
1015         _cladogram_type = cladogram_type;
1016     }
1017
1018     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
1019         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
1020     }
1021
1022     private void setEditable( final boolean editable ) {
1023         _editable = editable;
1024     }
1025
1026     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1027         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1028     }
1029
1030     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1031         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1032     }
1033
1034     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1035         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1036     }
1037
1038     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1039         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1040     }
1041
1042     /**
1043      * Set a key-value(s) tuple
1044      */
1045     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1046         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1047         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1048             return;
1049         }
1050         // Handle single value settings first:
1051         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1052             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1053             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1054             if ( default_clickto == -1 ) {
1055                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1056                         + "] for [default_click_to]" );
1057                 default_clickto = 0;
1058             }
1059             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1060                 // Deprecated.
1061             }
1062         }
1063         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1064             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1065             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1066                 _ui = UI.NATIVE;
1067             }
1068             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1069                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1070             }
1071             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1072                 _ui = UI.UNKNOWN;
1073             }
1074             else {
1075                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1076                         + "]" );
1077                 _ui = UI.UNKNOWN;
1078             }
1079         }
1080         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1081             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1082         }
1083         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1084             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1085         }
1086         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1087             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1088             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1089                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1090             }
1091             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1092                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1093             }
1094             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1095                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1096             }
1097             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1098                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1099             }
1100             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1101                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1102             }
1103             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1104                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1105             }
1106             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1107                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1108             }
1109             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1110                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1111             }
1112             else {
1113                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1114                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1115                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1116             }
1117         }
1118         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1119             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1120             final double d = parseDouble( mcv_str );
1121             setMinConfidenceValue( d );
1122         }
1123         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1124             processFontFamily( st );
1125         }
1126         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1127             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1128             final int i = parseInt( size_str );
1129             if ( i > 0 ) {
1130                 setBaseFontSize( i );
1131             }
1132         }
1133         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1134             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1135             final int i = parseInt( size_str );
1136             if ( i > 0 ) {
1137                 setMinBaseFontSize( i );
1138             }
1139         }
1140         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1141             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1142             final int i = parseInt( size_str );
1143             if ( i > 1 ) {
1144                 setMaxBaseFontSize( i );
1145             }
1146         }
1147         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1148             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1149             final int i = parseInt( str );
1150             if ( i > 0 ) {
1151                 setGraphicsExportX( i );
1152             }
1153         }
1154         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1155             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1156             final int i = parseInt( str );
1157             if ( i > 0 ) {
1158                 setGraphicsExportY( i );
1159             }
1160         }
1161         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1162             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1163             final float f = parseFloat( str );
1164             if ( f > 0 ) {
1165                 setPrintLineWidth( f );
1166             }
1167             else {
1168                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1169                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1170             }
1171         }
1172         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1173             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1174             final int i = parseInt( str );
1175             if ( i > 0 ) {
1176                 setFrameXSize( i );
1177             }
1178         }
1179         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1180             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1181             final int i = parseInt( str );
1182             if ( i > 0 ) {
1183                 setFrameYSize( i );
1184             }
1185         }
1186         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1187             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1188             final int i = parseInt( str );
1189             if ( i >= 0 ) {
1190                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1191             }
1192             else {
1193                 ForesterUtil
1194                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1195                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1196             }
1197         }
1198         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1199             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1200             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1201                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1202             }
1203         }
1204         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1205             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1206             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1207                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1208             }
1209         }
1210         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1211             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1212             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1213                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1214             }
1215         }
1216         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1217             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1218         }
1219         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1220             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1221         }
1222         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1223             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1224         }
1225         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1226             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1227         }
1228         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1229             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1230         }
1231         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1232             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1233         }
1234         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1235             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1236         }
1237         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1238             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1239             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1240                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1241             }
1242             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1243                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1244             }
1245             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1246                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1247             }
1248             else {
1249                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1250                         + "] for [cladogram_type]" );
1251             }
1252         }
1253         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1254             ForesterUtil
1255                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1256                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1257         }
1258         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1259             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1260         }
1261         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1262             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1263         }
1264         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1265             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1266             setOvMaxWidth( i );
1267         }
1268         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1269             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1270             setOvMaxHeight( i );
1271         }
1272         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1273             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1274             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1275                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1276             }
1277             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1278                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1279             }
1280             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1281                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1282             }
1283             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1284                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1285             }
1286             else {
1287                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1288                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1289                         + "] for [overview_placement_type]" );
1290             }
1291         }
1292         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1293             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1294             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1295                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1296             }
1297             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1298                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1299             }
1300             else {
1301                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1302                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1303                         + "] for [node_label_direction]" );
1304             }
1305         }
1306         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1307             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1308             if ( i >= 0 ) {
1309                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1310             }
1311             else {
1312                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1313                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1314             }
1315         }
1316         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1317             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1318             if ( i >= 0 ) {
1319                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1320             }
1321             else {
1322                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1323                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1324             }
1325         }
1326         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1327             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1328         }
1329         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1330             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1331         }
1332         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1333             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1334             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1335                 ForesterUtil
1336                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1337                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1338             }
1339             else {
1340                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1341             }
1342         }
1343         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1344             final String s = ( String ) st.nextElement();
1345             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1346                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1347             }
1348             else if ( s.equalsIgnoreCase( "yes" ) ) {
1349                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1350             }
1351             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam" ) ) {
1352                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1353             }
1354             else {
1355                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1356                                                   "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": " + s );
1357             }
1358             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1359                 ForesterUtil
1360                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1361                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1362             }
1363         }
1364         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1365             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1366         }
1367         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1368             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1369         }
1370         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1371             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1372         }
1373         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1374             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1375         }
1376         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1377             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1378         }
1379         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1380             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1381         }
1382         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1383             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1384         }
1385         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1386             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1387         }
1388         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1389             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1390         }
1391         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1392             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1393         }
1394         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1395             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1396         }
1397         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1398             ForesterUtil
1399                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1400                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1401             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1402             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1403             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1404         }
1405         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1406             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1407         }
1408         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1409             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1410         }
1411         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1412             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1413             setDefaultNodeShapeSize( i );
1414         }
1415         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1416             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1417             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1418                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1419             }
1420             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1421                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1422             }
1423             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1424                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1425             }
1426             else {
1427                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1428                         + "] for [default_node_fill]" );
1429             }
1430         }
1431         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1432             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1433             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1434                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1435             }
1436             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1437                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1438             }
1439             else {
1440                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1441                         + "] for [default_node_shape]" );
1442             }
1443         }
1444         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1445             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1446         }
1447         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1448             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1449             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1450                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1451             }
1452             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1453                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1454             }
1455             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1456                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1457             }
1458             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1459                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1460             }
1461             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1462                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1463             }
1464             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1465                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1466             }
1467             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1468                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1469             }
1470             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1471                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1472             }
1473             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1474                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1475             }
1476             else {
1477                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1478                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1479             }
1480         }
1481         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1482             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1483             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1484                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1485                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1486             }
1487             else {
1488                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1489             }
1490         }
1491         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1492             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1493             if ( s.equals( "console" ) ) {
1494                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1495             }
1496             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1497                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1498             }
1499             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1500                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1501             }
1502             else {
1503                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1504                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1505             }
1506         }
1507         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1508             // yet retrieved!
1509             int key_index = -1;
1510             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1511                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1512                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1513                     ForesterUtil
1514                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1515                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1516                 }
1517             }
1518             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1519                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1520             }
1521             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1522                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1523             }
1524             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1525                 key_index = Configuration.show_node_names;
1526             }
1527             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1528                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1529                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1530                     ForesterUtil
1531                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1532                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1533                 }
1534             }
1535             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1536                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1537                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1538                 key_index = DEPRECATED;
1539             }
1540             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1541                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1542                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1543                     ForesterUtil
1544                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1545                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1546                 }
1547             }
1548             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1549                 key_index = Configuration.write_events;
1550                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1551                     ForesterUtil
1552                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1553                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1554                 }
1555             }
1556             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.color_branches;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.width_branches;
1561             }
1562             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1563                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1564                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1565             }
1566             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1567                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1568                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1569             }
1570             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1571                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1572                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1573             }
1574             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1575                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1576                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1577                 key_index = DEPRECATED;
1578             }
1579             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1580                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1581             }
1582             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1583                 key_index = Configuration.show_annotation;
1584             }
1585             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1586                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1587             }
1588             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1589                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1590             }
1591             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1592                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1593             }
1594             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1595                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1596             }
1597             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1598                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1599             }
1600             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1601                 ForesterUtil
1602                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1603                 key_index = DEPRECATED;
1604             }
1605             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1606                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1607             }
1608             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1609                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1610             }
1611             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1612                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1613                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1614                 key_index = DEPRECATED;
1615             }
1616             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1617                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1618             }
1619             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1620                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1621             }
1622             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1623                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1624             }
1625             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1626                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1627             }
1628             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1629                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1630             }
1631             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1632                 key_index = Configuration.show_properties;
1633             }
1634             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1635                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1636             }
1637             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1638                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1639             }
1640             // If we've found the key, set the values
1641             if ( key_index >= 0 ) {
1642                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1643                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1644                 // otherwise, keep looking
1645             }
1646             else {
1647                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1648                     // Deprecated.
1649                 }
1650                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1651                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1652                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1653                     if ( key_index >= 0 ) {
1654                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1655                     }
1656                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1657                         // Deprecated.
1658                     }
1659                     else {
1660                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1661                                 + click_to_name );
1662                     }
1663                 }
1664                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1665                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1666                 }
1667                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1668                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1669                 }
1670                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1671                     getAnnotationColors()
1672                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1673                 }
1674                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1675                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1676                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1677                 }
1678                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1679                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1680                 }
1681                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1682                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1683                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1684                                        ( String ) st.nextElement(),
1685                                        ( String ) st.nextElement() );
1686                     }
1687                     else {
1688                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1689                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1690                     }
1691                 }
1692                 else {
1693                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1694                             + "] in: " + config_filename );
1695                 }
1696             }
1697         }
1698         else {
1699             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1700                     + config_filename );
1701         }
1702     }
1703
1704     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1705         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1706     }
1707
1708     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1709         _ov_max_height = ov_max_height;
1710     }
1711
1712     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1713         _ov_max_width = ov_max_width;
1714     }
1715
1716     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1717         _ov_placement = ov_placement;
1718     }
1719
1720     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1721         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1722     }
1723
1724     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1725         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1726     }
1727
1728     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1729         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1730     }
1731
1732     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1733         _show_overview = show_overview;
1734     }
1735
1736     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1737         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1738     }
1739
1740     static String getDefaultFontFamilyName() {
1741         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1742     }
1743
1744     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1745         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
1746     }
1747
1748     public enum UI {
1749         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1750     }
1751
1752     static enum TRIPLET {
1753         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1754     }
1755 }