forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  53 import org.forester.util.ForesterUtil;
  54
  55 public final class Configuration {
  56
  57     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  58     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  59     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  60     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  61     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  62     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  63     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  64     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  65     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  66     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  67     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  68     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  69     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  70     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  71     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  72     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  73     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  74     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  75     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  76     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  77     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  78     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  79     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  80     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  81     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  82     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  83     private boolean                         _editable                                              = true;
  84     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  85     private boolean                         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes                = false;
  86     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  87     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  88     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  89     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  90     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  91     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  92     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  93     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
  94     private boolean                         _show_default_node_shapes                              = false;
  95     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
  96     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
  97     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
  98     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
  99     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 100     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 101     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 102     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 103     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 104     final static int                        write_events                                           = 5;
 105     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 106     final static int                        color_branches                                         = 7;
 107     final static int                        width_branches                                         = 8;
 108     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 109     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 110     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 111     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 112     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 113     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 114     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 115     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 116     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 117     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 118     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 119     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 120     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 121     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 122     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 123     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 124     final static int                        show_properties                                        = 25;
 125     // ------------------
 126     // Click-to options
 127     // ------------------
 128     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 129     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 130     final static int                        reroot                                                 = 2;
 131     final static int                        subtree                                                = 3;
 132     final static int                        swap                                                   = 4;
 133     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 134     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 135     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 136     final static int                        cut_subtree                                            = 8;
 137     final static int                        copy_subtree                                           = 9;
 138     final static int                        paste_subtree                                          = 10;
 139     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 11;
 140     final static int                        add_new_node                                           = 12;
 141     final static int                        edit_node_data                                         = 13;
 142     final static int                        blast                                                  = 14;
 143     // ---------------------------
 144     // Display options for trees
 145     // ---------------------------
 146     // ---------------------------------
 147     // Pertaining to the config itself
 148     // ---------------------------------
 149     // Full path to config (may be URL)
 150     String                                  config_filename;
 151     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 152     final static String                     display_options[][]                                    = {
 153             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 154             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Value", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 155             { "Taxonomy Colorize", "display", "no" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 156             { "Use Branch-Widths", "display", "no" }, { "Show Custom Nodes", "display", "yes" },
 157             { "Domains", "nodisplay", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
 158             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Name", "display", "yes" },
 159             { "Prot/Gene Acc", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
 160             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 161             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" },
 162             { "Prot/Gene Symbol", "display", "yes" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 163             { "Relation Confidence", "display", "no" }, { "Vector Data", "display", "no" },
 164             { "Taxonomy Images", "display", "no" }, { "Properties", "display", "no" }             };
 165     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 166             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 167             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 168             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
 169             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
 170             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Blast", "nodisplay" } };
 171     // This option is selected in the dropdown
 172     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 173     // --------------
 174     // Color set
 175     // --------------
 176     TreeColorSet                            tree_color_set;
 177     // -------
 178     // Fonts
 179     // -------
 180     TreeFontSet                             tree_font_set;
 181     // ----------------
 182     // Species colors
 183     // ----------------
 184     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 185     // ----------------
 186     // Domain colors
 187     // ----------------
 188     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 189     // ----------------
 190     // Function colors
 191     // ----------------
 192     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 193     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 194     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 195     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 196     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 197     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 198     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 199     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 200     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 201     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 202     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 203     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 204     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 205     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 206     static {
 207         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 208             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 209                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 210                 break;
 211             }
 212         }
 213         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 214             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 215         }
 216     }
 217
 218     public Configuration() {
 219         this( null, false, false, false );
 220     }
 221
 222     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 223         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 224             config_filename = default_config_filename;
 225         }
 226         else {
 227             config_filename = cf;
 228         }
 229         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 230         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 231         config_filename = config_filename.trim();
 232         URL u = null;
 233         if ( is_url ) {
 234             // If URL, open accordingly
 235             try {
 236                 u = new URL( config_filename );
 237                 try {
 238                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 239                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 240                     readConfig( bf );
 241                     bf.close();
 242                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 243                             + config_filename + "]" );
 244                 }
 245                 catch ( final Exception e ) {
 246                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 247                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 248                 }
 249             }
 250             catch ( final Exception e ) {
 251                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 252                         + config_filename + "]" );
 253             }
 254         }
 255         else {
 256             // Otherwise, open as a file
 257             File f = new File( config_filename );
 258             if ( !f.exists() ) {
 259                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 260             }
 261             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 262                 try {
 263                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 264                     readConfig( bf );
 265                     bf.close();
 266                 }
 267                 catch ( final Exception e ) {
 268                     if ( verbose ) {
 269                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 270                                 + config_filename + "]: " + e );
 271                     }
 272                 }
 273             }
 274             else {
 275                 if ( verbose ) {
 276                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 277                             + config_filename + "]" );
 278                 }
 279             }
 280         }
 281     }
 282
 283     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 284         WebLink weblink = null;
 285         boolean ex = false;
 286         try {
 287             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 288         }
 289         catch ( final MalformedURLException e ) {
 290             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 291             ex = true;
 292         }
 293         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 294             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 295         }
 296     }
 297
 298     boolean displaySequenceRelations() {
 299         return _display_sequence_relations;
 300     }
 301
 302     boolean doCheckOption( final int which ) {
 303         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 304                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 305     }
 306
 307     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 308         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 309     }
 310
 311     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 312         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 313     }
 314
 315     /**
 316      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 317      * this or not (e.g. phylogram)
 318      *
 319      */
 320     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 321         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 322     }
 323
 324     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 325         if ( _annotation_colors == null ) {
 326             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 327         }
 328         return _annotation_colors;
 329     }
 330
 331     public String getBaseFontFamilyName() {
 332         return _base_font_family_name;
 333     }
 334
 335     int getBaseFontSize() {
 336         return _base_font_size;
 337     }
 338
 339     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 340         return _cladogram_type;
 341     }
 342
 343     private int getClickToIndex( final String name ) {
 344         int index = -1;
 345         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 346             index = Configuration.display_node_data;
 347             ForesterUtil
 348                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 349                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 350         }
 351         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 352             index = Configuration.display_node_data;
 353         }
 354         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 355             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 356         }
 357         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 358             index = Configuration.reroot;
 359         }
 360         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 361             index = Configuration.subtree;
 362         }
 363         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 364             index = Configuration.swap;
 365         }
 366         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 367             ForesterUtil
 368                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 369             return DEPRECATED;
 370         }
 371         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 372             index = Configuration.open_seq_web;
 373         }
 374         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 375             index = Configuration.open_tax_web;
 376         }
 377         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 378             index = Configuration.cut_subtree;
 379         }
 380         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 381             index = Configuration.copy_subtree;
 382         }
 383         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 384             index = Configuration.paste_subtree;
 385         }
 386         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 387             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 388         }
 389         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 390             index = Configuration.add_new_node;
 391         }
 392         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 393             index = Configuration.edit_node_data;
 394         }
 395         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 396             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 397                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 398             return DEPRECATED;
 399         }
 400         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 401             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 402             return DEPRECATED;
 403         }
 404         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 405             index = Configuration.color_subtree;
 406         }
 407         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 408             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 409             return DEPRECATED;
 410         }
 411         return index;
 412     }
 413
 414     int getClickToOptionsCount() {
 415         return clickto_options.length;
 416     }
 417
 418     String getClickToTitle( final int which ) {
 419         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 420     }
 421
 422     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 423         return _default_bootstrap_samples;
 424     }
 425
 426     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 427         return default_clickto;
 428     }
 429
 430     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 431         return _default_node_fill;
 432     }
 433
 434     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 435         return _default_node_shape;
 436     }
 437
 438     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 439         return _default_node_shape_size;
 440     }
 441
 442     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 443         return _display_colors;
 444     }
 445
 446     String getDisplayTitle( final int which ) {
 447         return display_options[ which ][ 0 ];
 448     }
 449
 450     Map<String, Color> getDomainColors() {
 451         if ( _domain_colors == null ) {
 452             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 453         }
 454         return _domain_colors;
 455     }
 456
 457     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 458         return _domain_structure_base_color;
 459     }
 460
 461     public Color getDomainStructureFontColor() {
 462         return _domain_structure_font_color;
 463     }
 464
 465     int getGraphicsExportX() {
 466         return _graphics_export_x;
 467     }
 468
 469     int getGraphicsExportY() {
 470         return _graphics_export_y;
 471     }
 472
 473     Color getGuiBackgroundColor() {
 474         return _gui_background_color;
 475     }
 476
 477     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 478         return _gui_button_background_color;
 479     }
 480
 481     Color getGuiButtonBorderColor() {
 482         return _gui_button_border_color;
 483     }
 484
 485     Color getGuiButtonTextColor() {
 486         return _gui_button_text_color;
 487     }
 488
 489     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 490         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 491     }
 492
 493     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 494         return _gui_checkbox_text_color;
 495     }
 496
 497     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 498         return _gui_menu_background_color;
 499     }
 500
 501     Color getGuiMenuTextColor() {
 502         return _gui_menu_text_color;
 503     }
 504
 505     double getMinConfidenceValue() {
 506         return _min_confidence_value;
 507     }
 508
 509     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 510         return _node_label_direction;
 511     }
 512
 513     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 514         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 515     }
 516
 517     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 518         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 519     }
 520
 521     short getOvMaxHeight() {
 522         return _ov_max_height;
 523     }
 524
 525     short getOvMaxWidth() {
 526         return _ov_max_width;
 527     }
 528
 529     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 530         return _ov_placement;
 531     }
 532
 533     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 534         return _phylogeny_graphics_type;
 535     }
 536
 537     float getPrintLineWidth() {
 538         return _print_line_width;
 539     }
 540
 541     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 542         if ( _species_colors == null ) {
 543             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 544         }
 545         return _species_colors;
 546     }
 547
 548     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 549         return null;
 550     }
 551
 552     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 553         return null;
 554     }
 555
 556     WebLink getWebLink( final String source ) {
 557         return getWebLinks().get( source );
 558     }
 559
 560     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 561         return _weblinks;
 562     }
 563
 564     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 565         return _abbreviate_scientific_names;
 566     }
 567
 568     boolean isAntialiasScreen() {
 569         return _antialias_screen;
 570     }
 571
 572     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 573         return _background_color_gradient;
 574     }
 575
 576     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 577         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 578     }
 579
 580     /**
 581      * Convenience method.
 582      *
 583      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 584      */
 585     boolean isDrawAsPhylogram() {
 586         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 587     }
 588
 589     boolean isEditable() {
 590         return _editable;
 591     }
 592
 593     boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 594         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 595     }
 596
 597     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 598         return getWebLinks().containsKey( source );
 599     }
 600
 601     /**
 602      * Only used by ArchaeoptryxE.
 603      *
 604      */
 605     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 606         return _hide_controls_and_menus;
 607     }
 608
 609     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 610         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 611     }
 612
 613     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 614         return _nh_parsing_replace_underscores;
 615     }
 616
 617     boolean isShowBranchLengthValues() {
 618         return _show_branch_length_values;
 619     }
 620
 621     public boolean isShowDefaultNodeShapes() {
 622         return _show_default_node_shapes;
 623     }
 624
 625     public boolean isShowDomainLabels() {
 626         return _show_domain_labels;
 627     }
 628
 629     boolean isShowOverview() {
 630         return _show_overview;
 631     }
 632
 633     boolean isShowScale() {
 634         return _show_scale;
 635     }
 636
 637     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 638         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 639     }
 640
 641     final boolean isUseNativeUI() {
 642         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() && AptxUtil.isJava15() ) {
 643             _ui = UI.NATIVE;
 644         }
 645         return _ui == UI.NATIVE;
 646     }
 647
 648     /**
 649      * Only used by ArchaeoptryxE.
 650      *
 651      */
 652     boolean isUseTabbedDisplay() {
 653         return _use_tabbed_display;
 654     }
 655
 656     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 657         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 658     }
 659
 660     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 661         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 662         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 663             return true;
 664         }
 665         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 666             return false;
 667         }
 668         else {
 669             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 670             return false;
 671         }
 672     }
 673
 674     private double parseDouble( final String str ) {
 675         double d = 0.0;
 676         try {
 677             d = Double.parseDouble( str );
 678         }
 679         catch ( final Exception e ) {
 680             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 681             d = 0.0;
 682         }
 683         return d;
 684     }
 685
 686     private float parseFloat( final String str ) {
 687         float f = 0.0f;
 688         try {
 689             f = Float.parseFloat( str );
 690         }
 691         catch ( final Exception e ) {
 692             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 693             f = 0.0f;
 694         }
 695         return f;
 696     }
 697
 698     private int parseInt( final String str ) {
 699         int i = -1;
 700         try {
 701             i = Integer.parseInt( str );
 702         }
 703         catch ( final Exception e ) {
 704             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 705             i = -1;
 706         }
 707         return i;
 708     }
 709
 710     private short parseShort( final String str ) {
 711         short i = -1;
 712         try {
 713             i = Short.parseShort( str );
 714         }
 715         catch ( final Exception e ) {
 716             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 717             i = -1;
 718         }
 719         return i;
 720     }
 721
 722     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 723         setBaseFontFamilyName( "" );
 724         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 725         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 726         for( String font : fonts ) {
 727             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 728             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 729                 setBaseFontFamilyName( font );
 730                 break;
 731             }
 732         }
 733     }
 734
 735     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 736         getDisplayColors().put( key, color );
 737     }
 738
 739     /**
 740      * read each line of config file, process non-comment lines
 741      * @throws IOException
 742      */
 743     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 744         String line;
 745         do {
 746             line = conf_in.readLine();
 747             if ( line != null ) {
 748                 line = line.trim();
 749                 // skip comments and blank lines
 750                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 751                     // convert runs of spaces to tabs
 752                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 753                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 754                     setKeyValue( st );
 755                 }
 756             }
 757         } while ( line != null );
 758     }
 759
 760     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 761         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 762     }
 763
 764     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 765         _antialias_screen = antialias_screen;
 766     }
 767
 768     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 769         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 770     }
 771
 772     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 773         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 774     }
 775
 776     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 777         _base_font_size = base_font_size;
 778     }
 779
 780     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 781         _cladogram_type = cladogram_type;
 782     }
 783
 784     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 785         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 786     }
 787
 788     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 789         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 790     }
 791
 792     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 793         _default_node_fill = default_node_fill;
 794     }
 795
 796     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 797         _default_node_shape = default_node_shape;
 798     }
 799
 800     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 801         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 802     }
 803
 804     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 805         _display_colors = display_colors;
 806     }
 807
 808     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 809         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 810     }
 811
 812     private void setEditable( final boolean editable ) {
 813         _editable = editable;
 814     }
 815
 816     public void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 817         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 818     }
 819
 820     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 821         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 822     }
 823
 824     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 825         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 826     }
 827
 828     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 829         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 830     }
 831
 832     /**
 833      * Set a key-value(s) tuple
 834      */
 835     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 836         String key = ( String ) st.nextElement();
 837         key = key.replace( ':', ' ' );
 838         key = key.trim();
 839         key = key.toLowerCase();
 840         // Handle single value settings first:
 841         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 842             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 843             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 844             if ( default_clickto == -1 ) {
 845                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 846                         + "] for [default_click_to]" );
 847                 default_clickto = 0;
 848             }
 849             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 850                 // Deprecated.
 851             }
 852         }
 853         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 854             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 855             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 856                 _ui = UI.NATIVE;
 857             }
 858             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 859                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 860             }
 861             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 862                 _ui = UI.UNKNOWN;
 863             }
 864             else {
 865                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 866                         + "]" );
 867                 _ui = UI.UNKNOWN;
 868             }
 869         }
 870         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 871             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 872         }
 873         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 874             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 875         }
 876         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 877             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 878             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 879                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 880             }
 881             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 882                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 883             }
 884             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 885                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 886             }
 887             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 888                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 889             }
 890             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 891                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 892             }
 893             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 894                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 895             }
 896             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 897                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 898             }
 899             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 900                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 901             }
 902             else {
 903                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 904                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 905                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 906             }
 907         }
 908         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 909             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 910             final double d = parseDouble( mcv_str );
 911             setMinConfidenceValue( d );
 912         }
 913         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 914             processFontFamily( st );
 915         }
 916         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 917             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 918             final int i = parseInt( size_str );
 919             setBaseFontSize( i );
 920         }
 921         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
 922             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 923             final int i = parseInt( str );
 924             setGraphicsExportX( i );
 925         }
 926         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
 927             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 928             final int i = parseInt( str );
 929             setGraphicsExportY( i );
 930         }
 931         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
 932             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 933             final float f = parseFloat( str );
 934             if ( f > 0 ) {
 935                 setPrintLineWidth( f );
 936             }
 937             else {
 938                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 939                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
 940             }
 941         }
 942         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
 943             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 944             final int i = parseInt( str );
 945             if ( i >= 0 ) {
 946                 setDefaultBootstrapSamples( i );
 947             }
 948             else {
 949                 ForesterUtil
 950                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 951                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
 952             }
 953         }
 954         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
 955             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 956         }
 957         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
 958             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 959         }
 960         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
 961             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 962         }
 963         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
 964             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 965         }
 966         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
 967             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 968         }
 969         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
 970             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 971         }
 972         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
 973             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 974         }
 975         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
 976             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 977             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
 978                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 979             }
 980             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 981                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 982             }
 983             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 984                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 985             }
 986             else {
 987                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 988                         + "] for [cladogram_type]" );
 989             }
 990         }
 991         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
 992             ForesterUtil
 993                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 994                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
 995         }
 996         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
 997             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 998         }
 999         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1000             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1001         }
1002         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1003             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1004             setOvMaxWidth( i );
1005         }
1006         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1007             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1008             setOvMaxHeight( i );
1009         }
1010         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1011             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1012             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1013                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1014             }
1015             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1016                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1017             }
1018             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1019                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1020             }
1021             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1022                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1023             }
1024             else {
1025                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1026                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1027                         + "] for [overview_placement_type]" );
1028             }
1029         }
1030         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1031             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1032             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1033                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1034             }
1035             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1036                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1037             }
1038             else {
1039                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1040                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1041                         + "] for [node_label_direction]" );
1042             }
1043         }
1044         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1045             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1046             if ( i >= 0 ) {
1047                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1048             }
1049             else {
1050                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1051                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1052             }
1053         }
1054         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1055             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1056             if ( i >= 0 ) {
1057                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1058             }
1059             else {
1060                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1061                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1062             }
1063         }
1064         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1065             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1066         }
1067         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1068             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1069         }
1070         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1071             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1072             if ( r && isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
1073                 ForesterUtil
1074                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1075                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1076             }
1077             else {
1078                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1079             }
1080         }
1081         else if ( key.equals( "extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing" ) ) {
1082             final boolean e = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1083             if ( e && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1084                 ForesterUtil
1085                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1086                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1087             }
1088             else {
1089                 setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( e );
1090             }
1091         }
1092         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1093             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1094         }
1095         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1096             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1097         }
1098         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1099             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1100         }
1101         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1102             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1103         }
1104         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1105             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1106         }
1107         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1108             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1109         }
1110         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1111             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1112         }
1113         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1114             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1115         }
1116         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1117             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1118         }
1119         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1120             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1121         }
1122         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1123             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1124         }
1125         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1126             setShowDefaultNodeShapes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1127         }
1128         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1129             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1130             setDefaultNodeShapeSize( i );
1131         }
1132         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1133             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1134             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1135                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1136             }
1137             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1138                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1139             }
1140             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1141                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1142             }
1143             else {
1144                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1145                         + "] for [default_node_fill]" );
1146             }
1147         }
1148         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1149             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1150             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1151                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1152             }
1153             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1154                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1155             }
1156             else {
1157                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1158                         + "] for [default_node_shape]" );
1159             }
1160         }
1161         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1162             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1163         }
1164         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1165             // yet retrieved!
1166             int key_index = -1;
1167             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1168                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1169                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1170                     ForesterUtil
1171                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1172                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1173                 }
1174             }
1175             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1176                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1177             }
1178             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1179                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1180             }
1181             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1182                 key_index = Configuration.show_node_names;
1183             }
1184             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1185                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1186                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1187                     ForesterUtil
1188                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1189                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1190                 }
1191             }
1192             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1193                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1194                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1195                 key_index = DEPRECATED;
1196             }
1197             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1198                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1199                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1200                     ForesterUtil
1201                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1202                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1203                 }
1204             }
1205             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1206                 key_index = Configuration.write_events;
1207                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1208                     ForesterUtil
1209                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1210                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1211                 }
1212             }
1213             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1214                 key_index = Configuration.color_branches;
1215             }
1216             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1217                 key_index = Configuration.width_branches;
1218             }
1219             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1220                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1221                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1222             }
1223             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1224                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1225                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1226             }
1227             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1228                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1229                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1230             }
1231             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1232                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1233                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1234                 key_index = DEPRECATED;
1235             }
1236             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1237                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1238             }
1239             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1240                 key_index = Configuration.show_annotation;
1241             }
1242             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1243                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1244             }
1245             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1246                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1247             }
1248             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1249                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1250             }
1251             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1252                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1253             }
1254             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1255                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1256             }
1257             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1258                 ForesterUtil
1259                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1260                 key_index = DEPRECATED;
1261             }
1262             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1263                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1264             }
1265             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1266                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1267             }
1268             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1269                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1270                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1271                 key_index = DEPRECATED;
1272             }
1273             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1274                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1275             }
1276             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1277                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1278             }
1279             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1280                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1281             }
1282             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1283                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1284             }
1285             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1286                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1287             }
1288             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1289                 key_index = Configuration.show_properties;
1290             }
1291             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1292                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1293             }
1294             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1295                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1296             }
1297             // If we've found the key, set the values
1298             if ( key_index >= 0 ) {
1299                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1300                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1301                 // otherwise, keep looking
1302             }
1303             else {
1304                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1305                     // Deprecated.
1306                 }
1307                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1308                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1309                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1310                     if ( key_index >= 0 ) {
1311                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1312                     }
1313                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1314                         // Deprecated.
1315                     }
1316                     else {
1317                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1318                                 + click_to_name );
1319                     }
1320                 }
1321                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1322                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1323                 }
1324                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1325                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1326                 }
1327                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1328                     getAnnotationColors()
1329                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1330                 }
1331                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1332                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1333                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1334                 }
1335                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1336                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1337                 }
1338                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1339                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1340                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1341                                        ( String ) st.nextElement(),
1342                                        ( String ) st.nextElement() );
1343                     }
1344                     else {
1345                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1346                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1347                     }
1348                 }
1349                 else {
1350                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1351                             + "] in: " + config_filename );
1352                 }
1353             }
1354         }
1355         else {
1356             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1357                     + config_filename );
1358         }
1359     }
1360
1361     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1362         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1363     }
1364
1365     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1366         _node_label_direction = node_label_direction;
1367     }
1368
1369     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1370         this._number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1371     }
1372
1373     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1374         this._number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1375     }
1376
1377     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1378         _ov_max_height = ov_max_height;
1379     }
1380
1381     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1382         _ov_max_width = ov_max_width;
1383     }
1384
1385     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1386         _ov_placement = ov_placement;
1387     }
1388
1389     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1390         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1391     }
1392
1393     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1394         _print_line_width = print_line_width;
1395     }
1396
1397     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1398         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1399     }
1400
1401     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1402         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1403     }
1404
1405     public void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
1406         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
1407     }
1408
1409     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1410         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1411     }
1412
1413     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1414         _show_overview = show_overview;
1415     }
1416
1417     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1418         _show_scale = show_scale;
1419     }
1420
1421     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1422         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1423     }
1424
1425     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1426         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1427     }
1428
1429     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1430         _weblinks = weblinks;
1431     }
1432
1433     static String getDefaultFontFamilyName() {
1434         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1435     }
1436
1437     static enum TRIPLET {
1438         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1439     }
1440
1441     public enum UI {
1442         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1443     }
1444 }