forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  59         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
  60     }
  61
  62     static enum TRIPLET {
  63         FALSE, TRUE, UNKNOWN
  64     }
  65
  66     public enum UI {
  67         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
  68     }
  69     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  70             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  71             { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  72             { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  73             { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  74             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  75             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  76             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  77             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  78     private final static String             DEFAULT_SPECIES_COLORS[][]                             = {
  79             { "BRAFL", "0x00FFFF" }, { "SPHGR", "0x9620F0" }, { "STRPU", "0x9620F0" }, { "CIOIN", "0xFF1CAE" },
  80             { "CIOSA", "0xFF2CAE" }, { "BOVIN", "0x5C3317" }, { "CANFA", "0x8B2323" }, { "HUMAN", "0xFF2400" },
  81             { "PANTR", "0xCC2400" }, { "MOUSE", "0xFF7F00" }, { "RAT", "0xFFEF00" }, { "MONDO", "0xEE9A49" },
  82             { "ORNAN", "0xCD853F" }, { "XENLA", "0x6BAA23" }, { "XENTR", "0x6BAA23" }, { "CHICK", "0xFFC125" },
  83             { "FUGRU", "0x0000FF" }, { "BRARE", "0x0000DD" }, { "DANRE", "0x0000BB" }, { "TETNG", "0x0000AA" },
  84             { "ORYLA", "0x000088" }, { "GASAC", "0x000066" }, { "CAEEL", "0x666699" }, { "CAEBR", "0xB0B0B0" },
  85             { "DROME", "0x663366" }, { "DROPS", "0x996699" }, { "APIME", "0x7A7700" }, { "AEDAE", "0x8C5900" },
  86             { "TRICA", "0x918E00" }, { "NEMVE", "0x0066CC" }, { "HYDVU", "0x3399FF" }, { "LUBBA", "0xF7B5CB" },
  87             { "GEOCY", "0xF5A0BD" }, { "AMPQE", "0x009966" }, { "SUBDO", "0xC790B9" }, { "MONBE", "0xFC0FC0" },
  88             { "DICPU", "0xFFCC33" }, { "DICDI", "0xFFCC00" }, { "ENTHI", "0x5959AB" }, { "ARATH", "0x00FF00" },
  89             { "POPTR", "0x006400" }, { "VITVI", "0x00CD00" }, { "GLYMA", "0x00FF7F" }, { "ORYSA", "0x008B00" },
  90             { "ORYSJ", "0x008C00" }, { "SORBI", "0x00EE76" }, { "SELMO", "0x238E23" }, { "PHYPA", "0x09F911" },
  91             { "OSTLU", "0x7FFF00" }, { "OSTTA", "0x7FFF00" }, { "OSTRC", "0x7FFF00" }, { "MICPU", "0x66CD00" },
  92             { "MIC99", "0x66CD00" }, { "CHLRE", "0xB3EE3A" }, { "VOLCA", "0xC0FF3E" }, { "CHLSP", "0x6B8E23" },
  93             { "CYAME", "0xD02090" }, { "YEAST", "0xAAAAAA" }, { "BACFR", "0xFF0000" }, { "BACTN", "0xFFFF00" },
  94             { "MYXXD", "0x0000FF" }, { "STIAU", "0x00FFFF" }, { "BACOV", "0x8C5900" }, { "BACUN", "0x66CD00" },
  95             { "PORGI", "0x918E00" }                                                               };
  96     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  97     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  98     final static int                        reroot                                                 = 2;
  99     final static int                        subtree                                                = 3;
 100     final static int                        swap                                                   = 4;
 101     final static int                        color_node_font                                        = 5;
 102     final static int                        change_node_font                                       = 6;
 103     final static int                        color_subtree                                          = 7;
 104     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
 105     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
 106     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
 107     final static int                        blast                                                  = 11;
 108     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
 109     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
 110     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
 111     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
 112     final static int                        add_new_node                                           = 16;
 113     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
 114     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
 115     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
 116     final static int                        select_nodes                                           = 20;
 117     // ------------------
 118     // Click-to options
 119     // ------------------
 120     final static String                     display_options[][]                                    = {
 121             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 122             { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 123             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
 124             { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
 125             { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
 126             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 127             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
 128             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 129             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 130             { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 131             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 132             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 133             { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" },
 134             { "Multiple Seq Alignment", "display", "no" }, { "Branch Length Values", "display", "no" } };
 135     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 136     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 137     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 138     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 139     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 140     final static int                        write_events                                           = 5;
 141     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 142     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 143     final static int                        use_style                                              = 8;
 144     final static int                        width_branches                                         = 9;
 145     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 146     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 147     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 148     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 149     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 150     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 151     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 152     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 153     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 154     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 155     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 156     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 157     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 158     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 159     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 160     final static int                        show_properties                                        = 25;
 161     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 162     final static int                        show_mol_seqs                                          = 27;
 163     final static int                        write_branch_length_values                             = 28;
 164     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 165     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 166     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 167     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 168     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 169     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 170     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 171     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 172     // ---------------------------
 173     // Display options for trees
 174     // ---------------------------
 175     // ---------------------------------
 176     // Pertaining to the config itself
 177     // ---------------------------------
 178     // Full path to config (may be URL)
 179     String                                  config_filename;
 180     // This option is selected in the dropdown
 181     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 182     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 183     // --------------
 184     // Color set
 185     // --------------
 186     TreeColorSet                            tree_color_set;
 187     // -------
 188     // Fonts
 189     // -------
 190     TreeFontSet                             tree_font_set;
 191     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 192     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 193     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 194     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 195     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 196     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 197     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 198     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 199     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 200     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 201     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 202     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 203     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 204     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 205     private boolean                         _editable                                              = true;
 206     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 207     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 208     private int                             _frame_x_size;
 209     private int                             _frame_y_size;
 210     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 211     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 212     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 219     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 220     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 221     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 222     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 223     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 224     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 225     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 226     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 227     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 228     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 229     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 230     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 231     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 232     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 233     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 234     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 235     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 236     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 237     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 238     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 239     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 240     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 241     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 242     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 243     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 244     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 245     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 246     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 247     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 248     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 249     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 250     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 251     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 252     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 253     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 254     private boolean                         _line_up_renderable_node_data                          = true;
 255     private boolean                         _right_align_domains                                   = false;
 256     static {
 257         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 258             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 259                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 260                 break;
 261             }
 262         }
 263         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 264             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 265         }
 266     }
 267
 268     static String getDefaultFontFamilyName() {
 269         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
 270     }
 271
 272     public Configuration() {
 273         this( null, false, false, false );
 274     }
 275
 276     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 277         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 278             config_filename = default_config_filename;
 279         }
 280         else {
 281             config_filename = cf;
 282         }
 283         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 284         config_filename = config_filename.trim();
 285         URL u = null;
 286         if ( is_url ) {
 287             // If URL, open accordingly
 288             try {
 289                 u = new URL( config_filename );
 290                 try {
 291                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 292                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 293                     readConfig( bf );
 294                     bf.close();
 295                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 296                             + config_filename + "]" );
 297                 }
 298                 catch ( final Exception e ) {
 299                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 300                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 301                 }
 302             }
 303             catch ( final Exception e ) {
 304                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 305                         + config_filename + "]" );
 306             }
 307         }
 308         else {
 309             // Otherwise, open as a file
 310             File f = new File( config_filename );
 311             if ( !f.exists() ) {
 312                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 313             }
 314             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 315                 try {
 316                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 317                     readConfig( bf );
 318                     bf.close();
 319                 }
 320                 catch ( final Exception e ) {
 321                     if ( verbose ) {
 322                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 323                                 + config_filename + "]: " + e );
 324                     }
 325                 }
 326             }
 327             else {
 328                 if ( verbose ) {
 329                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 330                             + config_filename + "]" );
 331                 }
 332             }
 333         }
 334     }
 335
 336     boolean displaySequenceRelations() {
 337         return _display_sequence_relations;
 338     }
 339
 340     boolean doCheckOption( final int which ) {
 341         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 342                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 343     }
 344
 345     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 346         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 347     }
 348
 349     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 350         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 351     }
 352
 353     /**
 354      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 355      * this or not (e.g. phylogram)
 356      *
 357      */
 358     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 359         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 360     }
 361
 362     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 363         if ( _annotation_colors == null ) {
 364             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 365         }
 366         return _annotation_colors;
 367     }
 368
 369     public String getBaseFontFamilyName() {
 370         return _base_font_family_name;
 371     }
 372
 373     int getBaseFontSize() {
 374         return _base_font_size;
 375     }
 376
 377     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 378         return _cladogram_type;
 379     }
 380
 381     private int getClickToIndex( final String name ) {
 382         int index = -1;
 383         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 384             index = Configuration.display_node_data;
 385             ForesterUtil
 386                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 387                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 388         }
 389         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 390             index = Configuration.display_node_data;
 391         }
 392         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 393             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 394         }
 395         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 396             index = Configuration.reroot;
 397         }
 398         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 399             index = Configuration.subtree;
 400         }
 401         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 402             index = Configuration.swap;
 403         }
 404         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 405             index = Configuration.sort_descendents;
 406         }
 407         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 408             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 409         }
 410         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 411             ForesterUtil
 412                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 413             return DEPRECATED;
 414         }
 415         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 416             index = Configuration.open_seq_web;
 417         }
 418         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 419             index = Configuration.open_pdb_web;
 420         }
 421         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 422             index = Configuration.open_tax_web;
 423         }
 424         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 425             index = Configuration.blast;
 426         }
 427         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 428             index = Configuration.cut_subtree;
 429         }
 430         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 431             index = Configuration.copy_subtree;
 432         }
 433         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 434             index = Configuration.paste_subtree;
 435         }
 436         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 437             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 438         }
 439         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 440             index = Configuration.add_new_node;
 441         }
 442         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 443             index = Configuration.edit_node_data;
 444         }
 445         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 446             index = Configuration.select_nodes;
 447         }
 448         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 449             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 450                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 451             return DEPRECATED;
 452         }
 453         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 454             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 455             return DEPRECATED;
 456         }
 457         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 458             index = Configuration.color_subtree;
 459         }
 460         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 461             index = Configuration.change_node_font;
 462         }
 463         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 464             index = Configuration.color_node_font;
 465         }
 466         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 467             index = Configuration.color_subtree;
 468         }
 469         return index;
 470     }
 471
 472     int getClickToOptionsCount() {
 473         return clickto_options.length;
 474     }
 475
 476     String getClickToTitle( final int which ) {
 477         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 478     }
 479
 480     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 481         return _default_bootstrap_samples;
 482     }
 483
 484     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 485         return default_clickto;
 486     }
 487
 488     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 489         return _default_node_fill;
 490     }
 491
 492     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 493         return _default_node_shape;
 494     }
 495
 496     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 497         return _default_node_shape_size;
 498     }
 499
 500     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 501         return _display_colors;
 502     }
 503
 504     String getDisplayTitle( final int which ) {
 505         return display_options[ which ][ 0 ];
 506     }
 507
 508     Map<String, Color> getDomainColors() {
 509         if ( _domain_colors == null ) {
 510             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 511         }
 512         return _domain_colors;
 513     }
 514
 515     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 516         return _ext_desc_data_to_return;
 517     }
 518
 519     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 520         return _ext_node_data_return_on;
 521     }
 522
 523     public int getFrameXSize() {
 524         return _frame_x_size;
 525     }
 526
 527     public int getFrameYSize() {
 528         return _frame_y_size;
 529     }
 530
 531     int getGraphicsExportX() {
 532         return _graphics_export_x;
 533     }
 534
 535     int getGraphicsExportY() {
 536         return _graphics_export_y;
 537     }
 538
 539     Color getGuiBackgroundColor() {
 540         return _gui_background_color;
 541     }
 542
 543     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 544         return _gui_button_background_color;
 545     }
 546
 547     Color getGuiButtonBorderColor() {
 548         return _gui_button_border_color;
 549     }
 550
 551     Color getGuiButtonTextColor() {
 552         return _gui_button_text_color;
 553     }
 554
 555     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 556         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 557     }
 558
 559     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 560         return _gui_checkbox_text_color;
 561     }
 562
 563     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 564         return _gui_menu_background_color;
 565     }
 566
 567     Color getGuiMenuTextColor() {
 568         return _gui_menu_text_color;
 569     }
 570
 571     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 572         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 573     }
 574
 575     int getMaxBaseFontSize() {
 576         return _max_base_font_size;
 577     }
 578
 579     int getMinBaseFontSize() {
 580         return _min_base_font_size;
 581     }
 582
 583     double getMinConfidenceValue() {
 584         return _min_confidence_value;
 585     }
 586
 587     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 588         return _node_label_direction;
 589     }
 590
 591     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 592         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 593     }
 594
 595     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 596         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 597     }
 598
 599     short getOvMaxHeight() {
 600         return _ov_max_height;
 601     }
 602
 603     short getOvMaxWidth() {
 604         return _ov_max_width;
 605     }
 606
 607     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 608         return _ov_placement;
 609     }
 610
 611     public File getPathToLocalFastme() {
 612         return _path_to_local_fastme;
 613     }
 614
 615     public File getPathToLocalMafft() {
 616         return _path_to_local_mafft;
 617     }
 618
 619     public File getPathToLocalRaxml() {
 620         return _path_to_local_raxml;
 621     }
 622
 623     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 624         return _phylogeny_graphics_type;
 625     }
 626
 627     float getPrintLineWidth() {
 628         return _print_line_width;
 629     }
 630
 631     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
 632         if ( _sequence_colors == null ) {
 633             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
 634         }
 635         return _sequence_colors;
 636     }
 637
 638     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 639         if ( _species_colors == null ) {
 640             initSpeciesColors();
 641         }
 642         return _species_colors;
 643     }
 644
 645     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 646         return _taxonomy_extraction;
 647     }
 648
 649     public double getVectorDataHeight() {
 650         return _vector_data_height;
 651     }
 652
 653     public Color getVectorDataMaxColor() {
 654         return _vector_data_max_color;
 655     }
 656
 657     public Color getVectorDataMeanColor() {
 658         return _vector_data_mean_color;
 659     }
 660
 661     public Color getVectorDataMinColor() {
 662         return _vector_data_min_color;
 663     }
 664
 665     public int getVectorDataWidth() {
 666         return _vector_data_width;
 667     }
 668
 669     private final void initSpeciesColors() {
 670         _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 671         for( final String[] s : DEFAULT_SPECIES_COLORS ) {
 672             _species_colors.put( s[ 0 ], Color.decode( s[ 1 ] ) );
 673         }
 674     }
 675
 676     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 677         return _abbreviate_scientific_names;
 678     }
 679
 680     boolean isAntialiasScreen() {
 681         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 682             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 683             return false;
 684         }
 685         return _antialias_screen;
 686     }
 687
 688     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 689         return _background_color_gradient;
 690     }
 691
 692     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 693         return false;
 694     }
 695
 696     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 697         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 698     }
 699
 700     /**
 701      * Convenience method.
 702      *
 703      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 704      */
 705     boolean isDrawAsPhylogram() {
 706         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 707     }
 708
 709     boolean isEditable() {
 710         return _editable;
 711     }
 712
 713     /**
 714      * Only used by ArchaeoptryxE.
 715      *
 716      */
 717     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 718         return _hide_controls_and_menus;
 719     }
 720
 721     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 722         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 723     }
 724
 725     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 726         return _line_up_renderable_node_data;
 727     }
 728
 729     public boolean isMidpointReroot() {
 730         return _midpoint_root;
 731     }
 732
 733     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 734         return _nh_parsing_replace_underscores;
 735     }
 736
 737     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 738         return _right_align_domains;
 739     }
 740
 741     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 742         return _show_annotation_ref_source;
 743     }
 744
 745     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 746         return _show_default_node_shapes_external;
 747     }
 748
 749     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 750         return _show_default_node_shapes_internal;
 751     }
 752
 753     public boolean isShowDomainLabels() {
 754         return _show_domain_labels;
 755     }
 756
 757     boolean isShowOverview() {
 758         return _show_overview;
 759     }
 760
 761     boolean isShowScale() {
 762         return _show_scale;
 763     }
 764
 765     final boolean isUseNativeUI() {
 766         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 767             _ui = UI.NATIVE;
 768         }
 769         return _ui == UI.NATIVE;
 770     }
 771
 772     /**
 773      * Only used by ArchaeoptryxE.
 774      *
 775      */
 776     boolean isUseTabbedDisplay() {
 777         return _use_tabbed_display;
 778     }
 779
 780     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 781         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 782     }
 783
 784     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 785         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 786         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 787             return true;
 788         }
 789         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 790             return false;
 791         }
 792         else {
 793             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 794             return false;
 795         }
 796     }
 797
 798     private double parseDouble( final String str ) {
 799         double d = 0.0;
 800         try {
 801             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 802         }
 803         catch ( final Exception e ) {
 804             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 805             d = 0.0;
 806         }
 807         return d;
 808     }
 809
 810     private float parseFloat( final String str ) {
 811         float f = 0.0f;
 812         try {
 813             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 814         }
 815         catch ( final Exception e ) {
 816             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 817             f = 0.0f;
 818         }
 819         return f;
 820     }
 821
 822     private int parseInt( final String str ) {
 823         int i = -1;
 824         try {
 825             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 826         }
 827         catch ( final Exception e ) {
 828             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 829             i = -1;
 830         }
 831         return i;
 832     }
 833
 834     private short parseShort( final String str ) {
 835         short i = -1;
 836         try {
 837             i = Short.parseShort( str.trim() );
 838         }
 839         catch ( final Exception e ) {
 840             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 841             i = -1;
 842         }
 843         return i;
 844     }
 845
 846     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 847         setBaseFontFamilyName( "" );
 848         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 849         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 850         for( String font : fonts ) {
 851             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 852             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 853                 setBaseFontFamilyName( font );
 854                 break;
 855             }
 856         }
 857     }
 858
 859     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 860         getDisplayColors().put( key, color );
 861     }
 862
 863     /**
 864      * read each line of config file, process non-comment lines
 865      * @throws IOException
 866      */
 867     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 868         String line;
 869         do {
 870             line = conf_in.readLine();
 871             if ( line != null ) {
 872                 line = line.trim();
 873                 // skip comments and blank lines
 874                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 875                     // convert runs of spaces to tabs
 876                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 877                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 878                     setKeyValue( st );
 879                 }
 880             }
 881         } while ( line != null );
 882     }
 883
 884     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 885         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 886     }
 887
 888     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 889         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 890     }
 891
 892     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 893         _antialias_screen = antialias_screen;
 894     }
 895
 896     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 897         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 898     }
 899
 900     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 901         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 902     }
 903
 904     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 905         _base_font_size = base_font_size;
 906     }
 907
 908     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 909         _cladogram_type = cladogram_type;
 910     }
 911
 912     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 913         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 914     }
 915
 916     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 917         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 918     }
 919
 920     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 921         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 922     }
 923
 924     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 925         _default_node_fill = default_node_fill;
 926     }
 927
 928     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 929         _default_node_shape = default_node_shape;
 930     }
 931
 932     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 933         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 934     }
 935
 936     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 937         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 938     }
 939
 940     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 941         _display_colors = display_colors;
 942     }
 943
 944     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 945         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 946     }
 947
 948     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 949         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 950     }
 951
 952     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 953         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 954     }
 955
 956     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 957         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 958     }
 959
 960     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 961         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 962     }
 963
 964     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 965         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 966     }
 967
 968     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 969         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 970     }
 971
 972     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 973         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 974     }
 975
 976     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 977         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 978     }
 979
 980     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 981         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 982     }
 983
 984     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 985         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 986     }
 987
 988     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 989         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 990     }
 991
 992     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 993         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 994     }
 995
 996     private void setEditable( final boolean editable ) {
 997         _editable = editable;
 998     }
 999
1000     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
1001         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
1002     }
1003
1004     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1005         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1006     }
1007
1008     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
1009         _frame_x_size = frame_x_size;
1010     }
1011
1012     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
1013         _frame_y_size = frame_y_size;
1014     }
1015
1016     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1017         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1018     }
1019
1020     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1021         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1022     }
1023
1024     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1025         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1026     }
1027
1028     /**
1029      * Set a key-value(s) tuple
1030      */
1031     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1032         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1033         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1034             return;
1035         }
1036         // Handle single value settings first:
1037         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1038             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1039             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1040             if ( default_clickto == -1 ) {
1041                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1042                         + "] for [default_click_to]" );
1043                 default_clickto = 0;
1044             }
1045             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1046                 // Deprecated.
1047             }
1048         }
1049         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1050             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1051             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1052                 _ui = UI.NATIVE;
1053             }
1054             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1055                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1056             }
1057             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1058                 _ui = UI.UNKNOWN;
1059             }
1060             else {
1061                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1062                         + "]" );
1063                 _ui = UI.UNKNOWN;
1064             }
1065         }
1066         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1067             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1068         }
1069         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1070             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1071         }
1072         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1073             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1074             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1075                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1076             }
1077             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1078                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1079             }
1080             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1081                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1082             }
1083             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1084                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1085             }
1086             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1087                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1088             }
1089             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1090                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1091             }
1092             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1093                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1094             }
1095             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1096                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1097             }
1098             else {
1099                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1100                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1101                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1102             }
1103         }
1104         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1105             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1106             final double d = parseDouble( mcv_str );
1107             setMinConfidenceValue( d );
1108         }
1109         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1110             processFontFamily( st );
1111         }
1112         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1113             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1114             final int i = parseInt( size_str );
1115             if ( i > 0 ) {
1116                 setBaseFontSize( i );
1117             }
1118         }
1119         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1120             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1121             final int i = parseInt( size_str );
1122             if ( i > 0 ) {
1123                 setMinBaseFontSize( i );
1124             }
1125         }
1126         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1127             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1128             final int i = parseInt( size_str );
1129             if ( i > 1 ) {
1130                 setMaxBaseFontSize( i );
1131             }
1132         }
1133         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1134             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1135             final int i = parseInt( str );
1136             if ( i > 0 ) {
1137                 setGraphicsExportX( i );
1138             }
1139         }
1140         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1141             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1142             final int i = parseInt( str );
1143             if ( i > 0 ) {
1144                 setGraphicsExportY( i );
1145             }
1146         }
1147         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1148             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1149             final float f = parseFloat( str );
1150             if ( f > 0 ) {
1151                 setPrintLineWidth( f );
1152             }
1153             else {
1154                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1155                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1156             }
1157         }
1158         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1159             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1160             final int i = parseInt( str );
1161             if ( i > 0 ) {
1162                 setFrameXSize( i );
1163             }
1164         }
1165         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1166             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1167             final int i = parseInt( str );
1168             if ( i > 0 ) {
1169                 setFrameYSize( i );
1170             }
1171         }
1172         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1173             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1174             final int i = parseInt( str );
1175             if ( i >= 0 ) {
1176                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1177             }
1178             else {
1179                 ForesterUtil
1180                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1181                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1182             }
1183         }
1184         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1185             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1186             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1187                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1188             }
1189         }
1190         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1191             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1192             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1193                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1194             }
1195         }
1196         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1197             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1198             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1199                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1200             }
1201         }
1202         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1203             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1204         }
1205         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1206             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1207         }
1208         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1209             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1210         }
1211         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1212             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1213         }
1214         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1215             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1216         }
1217         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1218             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1219         }
1220         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1221             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1222         }
1223         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1224             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1225             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1226                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1227             }
1228             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1229                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1230             }
1231             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1232                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1233             }
1234             else {
1235                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1236                         + "] for [cladogram_type]" );
1237             }
1238         }
1239         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1240             ForesterUtil
1241                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1242                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1243         }
1244         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1245             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1246         }
1247         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1248             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1249         }
1250         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1251             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1252             setOvMaxWidth( i );
1253         }
1254         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1255             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1256             setOvMaxHeight( i );
1257         }
1258         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1259             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1260             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1261                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1262             }
1263             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1264                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1265             }
1266             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1267                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1268             }
1269             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1270                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1271             }
1272             else {
1273                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1274                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1275                         + "] for [overview_placement_type]" );
1276             }
1277         }
1278         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1279             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1280             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1281                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1282             }
1283             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1284                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1285             }
1286             else {
1287                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1288                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1289                         + "] for [node_label_direction]" );
1290             }
1291         }
1292         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1293             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1294             if ( i >= 0 ) {
1295                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1296             }
1297             else {
1298                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1299                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1300             }
1301         }
1302         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1303             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1304             if ( i >= 0 ) {
1305                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1306             }
1307             else {
1308                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1309                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1310             }
1311         }
1312         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1313             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1314         }
1315         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1316             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1317         }
1318         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1319             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1320             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1321                 ForesterUtil
1322                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1323                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1324             }
1325             else {
1326                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1327             }
1328         }
1329         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1330             final String s = ( String ) st.nextElement();
1331             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1332                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1333             }
1334             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1335                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1336             }
1337             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1338                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1339             }
1340             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1341                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1342             }
1343             else {
1344                 ForesterUtil
1345                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1346                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1347                                                       + s
1348                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1349             }
1350             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1351                 ForesterUtil
1352                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1353                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1354             }
1355         }
1356         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1357             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1358         }
1359         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1360             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1361         }
1362         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1363             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1364         }
1365         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1366             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1367         }
1368         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1369             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1370         }
1371         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1372             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1373         }
1374         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1375             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1376         }
1377         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1378             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1379         }
1380         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1381             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1382         }
1383         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1384             ForesterUtil
1385                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1386                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1387             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1388             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1389             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1390         }
1391         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1392             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1393         }
1394         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1395             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1396         }
1397         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1398             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1399             setDefaultNodeShapeSize( i );
1400         }
1401         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1402             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1403             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1404                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1405             }
1406             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1407                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1408             }
1409             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1410                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1411             }
1412             else {
1413                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1414                         + "] for [default_node_fill]" );
1415             }
1416         }
1417         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1418             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1419             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1420                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1421             }
1422             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1423                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1424             }
1425             else {
1426                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1427                         + "] for [default_node_shape]" );
1428             }
1429         }
1430         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1431             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1432         }
1433         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1434             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1435             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1436                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1437             }
1438             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1439                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1440             }
1441             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1442                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1443             }
1444             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1445                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1446             }
1447             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1448                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1449             }
1450             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1451                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1452             }
1453             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1454                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1455             }
1456             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1457                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1458             }
1459             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1460                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1461             }
1462             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1463                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1464             }
1465             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1466                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1467             }
1468             else {
1469                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1470                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1471             }
1472         }
1473         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1474             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1475             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1476                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1477                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1478             }
1479             else {
1480                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1481             }
1482         }
1483         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1484             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1485             if ( s.equals( "console" ) ) {
1486                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1487             }
1488             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1489                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1490             }
1491             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1492                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1493             }
1494             else {
1495                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1496                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1497             }
1498         }
1499         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1500             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1501         }
1502         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1503             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1504         }
1505         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1506             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1507         }
1508         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1509             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1510             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1511                 _vector_data_width = 120;
1512             }
1513         }
1514         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1515             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1516             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1517                 _vector_data_height = 12;
1518             }
1519         }
1520         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1521             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1522         }
1523         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1524             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1525         }
1526         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1527             // yet retrieved!
1528             int key_index = -1;
1529             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1530                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1531             }
1532             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1533                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1534             }
1535             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1542                 key_index = Configuration.show_node_names;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "write_branch_length_values" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.write_branch_length_values;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.write_events;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.use_style;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.use_style;
1561                 ForesterUtil
1562                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1563                                               "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1564             }
1565             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1566                 key_index = Configuration.width_branches;
1567             }
1568             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1569                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1570             }
1571             else if ( key.equals( "show_msa" ) ) {
1572                 key_index = Configuration.show_mol_seqs;
1573             }
1574             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1575                 key_index = Configuration.show_annotation;
1576             }
1577             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1578                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1579             }
1580             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1581                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1585             }
1586             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1587                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1588             }
1589             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1590                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1591             }
1592             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1593                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1594             }
1595             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1596                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1597             }
1598             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1599                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1600             }
1601             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1602                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1603             }
1604             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1605                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1606             }
1607             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1608                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1609             }
1610             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1611                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1612             }
1613             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1614                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1615             }
1616             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1617                 key_index = Configuration.show_properties;
1618             }
1619             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1620                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1621             }
1622             // If we've found the key, set the values
1623             if ( key_index >= 0 ) {
1624                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1625                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1626                 // otherwise, keep looking
1627             }
1628             else {
1629                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1630                     // Deprecated.
1631                 }
1632                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1633                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1634                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1635                     if ( key_index >= 0 ) {
1636                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1637                     }
1638                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1639                         // Deprecated.
1640                     }
1641                     else {
1642                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1643                                 + click_to_name );
1644                     }
1645                 }
1646                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1647                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1648                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1649                 }
1650                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1651                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1652                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1653                 }
1654                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1655                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1656                 }
1657                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1658                     getAnnotationColors()
1659                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1660                 }
1661                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1662                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1663                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1664                 }
1665                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1666                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1667                 }
1668                 else {
1669                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1670                             + "] in: " + config_filename );
1671                 }
1672             }
1673         }
1674         else {
1675             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1676                     + config_filename );
1677         }
1678     }
1679
1680     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1681         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1682     }
1683
1684     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
1685         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
1686     }
1687
1688     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1689         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1690     }
1691
1692     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
1693         _midpoint_root = midpoint_root;
1694     }
1695
1696     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1697         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1698     }
1699
1700     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1701         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1702     }
1703
1704     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1705         _node_label_direction = node_label_direction;
1706     }
1707
1708     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1709         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1710     }
1711
1712     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1713         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1714     }
1715
1716     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1717         _ov_max_height = ov_max_height;
1718     }
1719
1720     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1721         _ov_max_width = ov_max_width;
1722     }
1723
1724     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1725         _ov_placement = ov_placement;
1726     }
1727
1728     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1729         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1730     }
1731
1732     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1733         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1734     }
1735
1736     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1737         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1738     }
1739
1740     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1741         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1742     }
1743
1744     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1745         _print_line_width = print_line_width;
1746     }
1747
1748     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1749         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1750     }
1751
1752     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
1753         _right_align_domains = right_align_domains;
1754     }
1755
1756     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1757         _show_annotation_ref_source = b;
1758     }
1759
1760     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
1761         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
1762     }
1763
1764     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
1765         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
1766     }
1767
1768     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1769         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1770     }
1771
1772     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1773         _show_overview = show_overview;
1774     }
1775
1776     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1777         _show_scale = show_scale;
1778     }
1779
1780     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
1781         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
1782     }
1783
1784     public void setUseStyle( final boolean b ) {
1785         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1786     }
1787
1788     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1789         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1790     }
1791 }