forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     final static int                        add_new_node                                           = 14;
  59     final static int                        blast                                                  = 9;
  60     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  61             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  62             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  63             { "Colorize Subtree/Node(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  64             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Blast", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  65             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  66             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  67             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  68     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  69     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
  70     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
  71     final static int                        color_branches                                         = 7;
  72     final static int                        color_subtree                                          = 5;
  73     final static int                        copy_subtree                                           = 11;
  74     final static int                        cut_subtree                                            = 10;
  75     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 13;
  76     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
  77     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
  78     // ------------------
  79     // Click-to options
  80     // ------------------
  81     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  82     final static String                     display_options[][]                                    = {
  83             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
  84             { "Seq Annotations", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
  85             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
  86             { "Use Branch Colors", "display", "no" }, { "Use Branch Widths", "display", "no" },
  87             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Protein Domains", "nodisplay", "no" },
  88             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
  89             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
  90             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
  91             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
  92             { "Colorize by Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
  93             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
  94             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
  95             { "Properties", "nodisplay", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" }                };
  96     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
  97     final static int                        edit_node_data                                         = 15;
  98     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 17;
  99     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 100     final static int                        open_pdb_web                                           = 7;
 101     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 102     final static int                        open_tax_web                                           = 8;
 103     final static int                        paste_subtree                                          = 12;
 104     final static int                        reroot                                                 = 2;
 105     final static int                        select_nodes                                           = 18;
 106     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 107     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 108     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 109     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 110     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 111     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 112     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 113     final static int                        show_properties                                        = 25;
 114     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 115     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 116     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 117     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 118     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 119     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 120     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 121     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 122     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 123     final static int                        sort_descendents                                       = 16;
 124     final static int                        subtree                                                = 3;
 125     final static int                        swap                                                   = 4;
 126     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 127     final static int                        width_branches                                         = 8;
 128     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 129     final static int                        write_events                                           = 5;
 130     // ----------------
 131     // Function colors
 132     // ----------------
 133     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 134     // ----------------
 135     // Domain colors
 136     // ----------------
 137     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 138     // ----------------
 139     // Species colors
 140     // ----------------
 141     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 142     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 143     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 144     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 145     // ---------------------------
 146     // Display options for trees
 147     // ---------------------------
 148     // ---------------------------------
 149     // Pertaining to the config itself
 150     // ---------------------------------
 151     // Full path to config (may be URL)
 152     String                                  config_filename;
 153     // This option is selected in the dropdown
 154     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 155     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 156     // --------------
 157     // Color set
 158     // --------------
 159     TreeColorSet                            tree_color_set;
 160     // -------
 161     // Fonts
 162     // -------
 163     TreeFontSet                             tree_font_set;
 164     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 165     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 166     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 167     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 168     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 169     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 170     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 171     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 172     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 173     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 174     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 175     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 176     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 177     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 178     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 179     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 180     private boolean                         _editable                                              = true;
 181     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 182     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 183     private int                             _frame_x_size;
 184     private int                             _frame_y_size;
 185     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 186     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 187     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 188     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 189     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 190     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 191     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 192     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 193     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 194     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 195     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 196     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 197     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 198     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 199     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 200     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 201     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 202     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 203     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 204     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 205     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 206     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 207     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 208     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 209     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 210     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 211     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 212     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 213     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 214     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 215     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
 216     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 217     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 218     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 219     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 220     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 221     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 222     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 223     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 224     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 225     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 226     static {
 227         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 228             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 229                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 230                 break;
 231             }
 232         }
 233         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 234             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 235         }
 236     }
 237
 238     public Configuration() {
 239         this( null, false, false, false );
 240     }
 241
 242     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 243         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 244             config_filename = default_config_filename;
 245         }
 246         else {
 247             config_filename = cf;
 248         }
 249         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 250         config_filename = config_filename.trim();
 251         URL u = null;
 252         if ( is_url ) {
 253             // If URL, open accordingly
 254             try {
 255                 u = new URL( config_filename );
 256                 try {
 257                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 258                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 259                     readConfig( bf );
 260                     bf.close();
 261                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 262                             + config_filename + "]" );
 263                 }
 264                 catch ( final Exception e ) {
 265                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 266                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 267                 }
 268             }
 269             catch ( final Exception e ) {
 270                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 271                         + config_filename + "]" );
 272             }
 273         }
 274         else {
 275             // Otherwise, open as a file
 276             File f = new File( config_filename );
 277             if ( !f.exists() ) {
 278                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 279             }
 280             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 281                 try {
 282                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 283                     readConfig( bf );
 284                     bf.close();
 285                 }
 286                 catch ( final Exception e ) {
 287                     if ( verbose ) {
 288                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 289                                 + config_filename + "]: " + e );
 290                     }
 291                 }
 292             }
 293             else {
 294                 if ( verbose ) {
 295                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 296                             + config_filename + "]" );
 297                 }
 298             }
 299         }
 300     }
 301
 302     public String getBaseFontFamilyName() {
 303         return _base_font_family_name;
 304     }
 305
 306     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 307         return _default_bootstrap_samples;
 308     }
 309
 310     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 311         return _default_node_fill;
 312     }
 313
 314     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 315         return _default_node_shape;
 316     }
 317
 318     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 319         return _default_node_shape_size;
 320     }
 321
 322     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 323         return _domain_structure_base_color;
 324     }
 325
 326     public Color getDomainStructureFontColor() {
 327         return _domain_structure_font_color;
 328     }
 329
 330     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 331         return _ext_desc_data_to_return;
 332     }
 333
 334     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 335         return _ext_node_data_return_on;
 336     }
 337
 338     public int getFrameXSize() {
 339         return _frame_x_size;
 340     }
 341
 342     public int getFrameYSize() {
 343         return _frame_y_size;
 344     }
 345
 346     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 347         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 348     }
 349
 350     public File getPathToLocalFastme() {
 351         return _path_to_local_fastme;
 352     }
 353
 354     public File getpathToLocalMafft() {
 355         return _path_to_local_mafft;
 356     }
 357
 358     public File getPathToLocalRaxml() {
 359         return _path_to_local_raxml;
 360     }
 361
 362     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 363         return _abbreviate_scientific_names;
 364     }
 365
 366     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 367         return _background_color_gradient;
 368     }
 369
 370     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 371         return false;
 372     }
 373
 374     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 375         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 376     }
 377
 378     public boolean isMidpointReroot() {
 379         return _midpoint_root;
 380     }
 381
 382     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 383         return _show_annotation_ref_source;
 384     }
 385
 386     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 387         return _show_default_node_shapes_external;
 388     }
 389
 390     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 391         return _show_default_node_shapes_internal;
 392     }
 393
 394     public boolean isShowDomainLabels() {
 395         return _show_domain_labels;
 396     }
 397
 398     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 399         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 400     }
 401
 402     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 403         getDisplayColors().put( key, color );
 404     }
 405
 406     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 407         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 408     }
 409
 410     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 411         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 412     }
 413
 414     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 415         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 416     }
 417
 418     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 419         _base_font_size = base_font_size;
 420     }
 421
 422     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 423         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 424     }
 425
 426     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 427         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 428     }
 429
 430     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 431         _default_node_fill = default_node_fill;
 432     }
 433
 434     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 435         _default_node_shape = default_node_shape;
 436     }
 437
 438     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 439         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 440     }
 441
 442     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 443         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 444     }
 445
 446     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 447         _display_colors = display_colors;
 448     }
 449
 450     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 451         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 452     }
 453
 454     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 455         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 456     }
 457
 458     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 459         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 460     }
 461
 462     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 463         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 464     }
 465
 466     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 467         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 468     }
 469
 470     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 471         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 472     }
 473
 474     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 475         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 476     }
 477
 478     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 479         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 480     }
 481
 482     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 483         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 484     }
 485
 486     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 487         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 488     }
 489
 490     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 491         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 492     }
 493
 494     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 495         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 496     }
 497
 498     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 499         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 500     }
 501
 502     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 503         _frame_x_size = frame_x_size;
 504     }
 505
 506     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 507         _frame_y_size = frame_y_size;
 508     }
 509
 510     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 511         _midpoint_root = midpoint_root;
 512     }
 513
 514     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 515         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 516     }
 517
 518     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 519         _node_label_direction = node_label_direction;
 520     }
 521
 522     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 523         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 524     }
 525
 526     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 527         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 528     }
 529
 530     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 531         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 532     }
 533
 534     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 535         _print_line_width = print_line_width;
 536     }
 537
 538     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 539         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 540     }
 541
 542     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 543         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 544     }
 545
 546     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 547         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 548     }
 549
 550     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 551         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 552     }
 553
 554     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 555         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 556     }
 557
 558     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 559         _show_scale = show_scale;
 560     }
 561
 562     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 563         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 564     }
 565
 566     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 567         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 568     }
 569
 570     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 571         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 572     }
 573
 574     boolean displaySequenceRelations() {
 575         return _display_sequence_relations;
 576     }
 577
 578     boolean doCheckOption( final int which ) {
 579         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 580                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 581     }
 582
 583     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 584         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 585     }
 586
 587     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 588         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 589     }
 590
 591     /**
 592      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 593      * this or not (e.g. phylogram)
 594      *
 595      */
 596     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 597         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 598     }
 599
 600     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 601         if ( _annotation_colors == null ) {
 602             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 603         }
 604         return _annotation_colors;
 605     }
 606
 607     int getBaseFontSize() {
 608         return _base_font_size;
 609     }
 610
 611     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 612         return _cladogram_type;
 613     }
 614
 615     int getClickToOptionsCount() {
 616         return clickto_options.length;
 617     }
 618
 619     String getClickToTitle( final int which ) {
 620         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 621     }
 622
 623     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 624         return default_clickto;
 625     }
 626
 627     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 628         return _display_colors;
 629     }
 630
 631     String getDisplayTitle( final int which ) {
 632         return display_options[ which ][ 0 ];
 633     }
 634
 635     Map<String, Color> getDomainColors() {
 636         if ( _domain_colors == null ) {
 637             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 638         }
 639         return _domain_colors;
 640     }
 641
 642     int getGraphicsExportX() {
 643         return _graphics_export_x;
 644     }
 645
 646     int getGraphicsExportY() {
 647         return _graphics_export_y;
 648     }
 649
 650     Color getGuiBackgroundColor() {
 651         return _gui_background_color;
 652     }
 653
 654     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 655         return _gui_button_background_color;
 656     }
 657
 658     Color getGuiButtonBorderColor() {
 659         return _gui_button_border_color;
 660     }
 661
 662     Color getGuiButtonTextColor() {
 663         return _gui_button_text_color;
 664     }
 665
 666     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 667         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 668     }
 669
 670     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 671         return _gui_checkbox_text_color;
 672     }
 673
 674     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 675         return _gui_menu_background_color;
 676     }
 677
 678     Color getGuiMenuTextColor() {
 679         return _gui_menu_text_color;
 680     }
 681
 682     int getMaxBaseFontSize() {
 683         return _max_base_font_size;
 684     }
 685
 686     int getMinBaseFontSize() {
 687         return _min_base_font_size;
 688     }
 689
 690     double getMinConfidenceValue() {
 691         return _min_confidence_value;
 692     }
 693
 694     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 695         return _node_label_direction;
 696     }
 697
 698     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 699         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 700     }
 701
 702     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 703         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 704     }
 705
 706     short getOvMaxHeight() {
 707         return _ov_max_height;
 708     }
 709
 710     short getOvMaxWidth() {
 711         return _ov_max_width;
 712     }
 713
 714     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 715         return _ov_placement;
 716     }
 717
 718     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 719         return _phylogeny_graphics_type;
 720     }
 721
 722     float getPrintLineWidth() {
 723         return _print_line_width;
 724     }
 725
 726     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 727         if ( _species_colors == null ) {
 728             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 729         }
 730         return _species_colors;
 731     }
 732
 733     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 734         return _taxonomy_extraction;
 735     }
 736
 737     boolean isAntialiasScreen() {
 738         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 739             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 740             return false;
 741         }
 742         return _antialias_screen;
 743     }
 744
 745     /**
 746      * Convenience method.
 747      *
 748      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 749      */
 750     boolean isDrawAsPhylogram() {
 751         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 752     }
 753
 754     boolean isEditable() {
 755         return _editable;
 756     }
 757
 758     /**
 759      * Only used by ArchaeoptryxE.
 760      *
 761      */
 762     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 763         return _hide_controls_and_menus;
 764     }
 765
 766     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 767         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 768     }
 769
 770     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 771         return _nh_parsing_replace_underscores;
 772     }
 773
 774     boolean isShowBranchLengthValues() {
 775         return _show_branch_length_values;
 776     }
 777
 778     boolean isShowOverview() {
 779         return _show_overview;
 780     }
 781
 782     boolean isShowScale() {
 783         return _show_scale;
 784     }
 785
 786     final boolean isUseNativeUI() {
 787         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 788             _ui = UI.NATIVE;
 789         }
 790         return _ui == UI.NATIVE;
 791     }
 792
 793     /**
 794      * Only used by ArchaeoptryxE.
 795      *
 796      */
 797     boolean isUseTabbedDisplay() {
 798         return _use_tabbed_display;
 799     }
 800
 801     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 802         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 803     }
 804
 805     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 806         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 807     }
 808
 809     private int getClickToIndex( final String name ) {
 810         int index = -1;
 811         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 812             index = Configuration.display_node_data;
 813             ForesterUtil
 814                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 815                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 816         }
 817         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 818             index = Configuration.display_node_data;
 819         }
 820         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 821             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 822         }
 823         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 824             index = Configuration.reroot;
 825         }
 826         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 827             index = Configuration.subtree;
 828         }
 829         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 830             index = Configuration.swap;
 831         }
 832         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 833             index = Configuration.sort_descendents;
 834         }
 835         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 836             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 837         }
 838         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 839             ForesterUtil
 840                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 841             return DEPRECATED;
 842         }
 843         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 844             index = Configuration.open_seq_web;
 845         }
 846         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 847             index = Configuration.open_pdb_web;
 848         }
 849         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 850             index = Configuration.open_tax_web;
 851         }
 852         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 853             index = Configuration.blast;
 854         }
 855         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 856             index = Configuration.cut_subtree;
 857         }
 858         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 859             index = Configuration.copy_subtree;
 860         }
 861         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 862             index = Configuration.paste_subtree;
 863         }
 864         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 865             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 866         }
 867         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 868             index = Configuration.add_new_node;
 869         }
 870         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 871             index = Configuration.edit_node_data;
 872         }
 873         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 874             index = Configuration.select_nodes;
 875         }
 876         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 877             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 878                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 879             return DEPRECATED;
 880         }
 881         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 882             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 883             return DEPRECATED;
 884         }
 885         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 886             index = Configuration.color_subtree;
 887         }
 888         return index;
 889     }
 890
 891     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 892         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 893         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 894             return true;
 895         }
 896         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 897             return false;
 898         }
 899         else {
 900             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 901             return false;
 902         }
 903     }
 904
 905     private double parseDouble( final String str ) {
 906         double d = 0.0;
 907         try {
 908             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 909         }
 910         catch ( final Exception e ) {
 911             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 912             d = 0.0;
 913         }
 914         return d;
 915     }
 916
 917     private float parseFloat( final String str ) {
 918         float f = 0.0f;
 919         try {
 920             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 921         }
 922         catch ( final Exception e ) {
 923             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 924             f = 0.0f;
 925         }
 926         return f;
 927     }
 928
 929     private int parseInt( final String str ) {
 930         int i = -1;
 931         try {
 932             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 933         }
 934         catch ( final Exception e ) {
 935             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 936             i = -1;
 937         }
 938         return i;
 939     }
 940
 941     private short parseShort( final String str ) {
 942         short i = -1;
 943         try {
 944             i = Short.parseShort( str.trim() );
 945         }
 946         catch ( final Exception e ) {
 947             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 948             i = -1;
 949         }
 950         return i;
 951     }
 952
 953     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 954         setBaseFontFamilyName( "" );
 955         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 956         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 957         for( String font : fonts ) {
 958             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 959             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 960                 setBaseFontFamilyName( font );
 961                 break;
 962             }
 963         }
 964     }
 965
 966     /**
 967      * read each line of config file, process non-comment lines
 968      * @throws IOException
 969      */
 970     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 971         String line;
 972         do {
 973             line = conf_in.readLine();
 974             if ( line != null ) {
 975                 line = line.trim();
 976                 // skip comments and blank lines
 977                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 978                     // convert runs of spaces to tabs
 979                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 980                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 981                     setKeyValue( st );
 982                 }
 983             }
 984         } while ( line != null );
 985     }
 986
 987     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 988         _antialias_screen = antialias_screen;
 989     }
 990
 991     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 992         _cladogram_type = cladogram_type;
 993     }
 994
 995     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 996         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 997     }
 998
 999     private void setEditable( final boolean editable ) {
1000         _editable = editable;
1001     }
1002
1003     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1004         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1005     }
1006
1007     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1008         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1009     }
1010
1011     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1012         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1013     }
1014
1015     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1016         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1017     }
1018
1019     /**
1020      * Set a key-value(s) tuple
1021      */
1022     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1023         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1024         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1025             return;
1026         }
1027         // Handle single value settings first:
1028         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1029             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1030             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1031             if ( default_clickto == -1 ) {
1032                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1033                         + "] for [default_click_to]" );
1034                 default_clickto = 0;
1035             }
1036             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1037                 // Deprecated.
1038             }
1039         }
1040         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1041             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1042             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1043                 _ui = UI.NATIVE;
1044             }
1045             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1046                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1047             }
1048             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1049                 _ui = UI.UNKNOWN;
1050             }
1051             else {
1052                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1053                         + "]" );
1054                 _ui = UI.UNKNOWN;
1055             }
1056         }
1057         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1058             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1059         }
1060         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1061             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1062         }
1063         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1064             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1065             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1066                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1067             }
1068             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1069                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1070             }
1071             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1072                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1073             }
1074             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1075                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1076             }
1077             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1078                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1079             }
1080             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1081                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1082             }
1083             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1084                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1085             }
1086             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1087                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1088             }
1089             else {
1090                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1091                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1092                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1093             }
1094         }
1095         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1096             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1097             final double d = parseDouble( mcv_str );
1098             setMinConfidenceValue( d );
1099         }
1100         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1101             processFontFamily( st );
1102         }
1103         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1104             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1105             final int i = parseInt( size_str );
1106             if ( i > 0 ) {
1107                 setBaseFontSize( i );
1108             }
1109         }
1110         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1111             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1112             final int i = parseInt( size_str );
1113             if ( i > 0 ) {
1114                 setMinBaseFontSize( i );
1115             }
1116         }
1117         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1118             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1119             final int i = parseInt( size_str );
1120             if ( i > 1 ) {
1121                 setMaxBaseFontSize( i );
1122             }
1123         }
1124         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1125             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1126             final int i = parseInt( str );
1127             if ( i > 0 ) {
1128                 setGraphicsExportX( i );
1129             }
1130         }
1131         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1132             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1133             final int i = parseInt( str );
1134             if ( i > 0 ) {
1135                 setGraphicsExportY( i );
1136             }
1137         }
1138         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1139             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1140             final float f = parseFloat( str );
1141             if ( f > 0 ) {
1142                 setPrintLineWidth( f );
1143             }
1144             else {
1145                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1146                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1147             }
1148         }
1149         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1150             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1151             final int i = parseInt( str );
1152             if ( i > 0 ) {
1153                 setFrameXSize( i );
1154             }
1155         }
1156         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1157             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1158             final int i = parseInt( str );
1159             if ( i > 0 ) {
1160                 setFrameYSize( i );
1161             }
1162         }
1163         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1164             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1165             final int i = parseInt( str );
1166             if ( i >= 0 ) {
1167                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1168             }
1169             else {
1170                 ForesterUtil
1171                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1172                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1173             }
1174         }
1175         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1176             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1177             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1178                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1179             }
1180         }
1181         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1182             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1183             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1184                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1185             }
1186         }
1187         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1188             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1189             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1190                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1191             }
1192         }
1193         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1194             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1195         }
1196         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1197             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1198         }
1199         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1200             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1201         }
1202         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1203             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1204         }
1205         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1206             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1207         }
1208         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1209             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1210         }
1211         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1212             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1213         }
1214         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1215             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1216         }
1217         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1218             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1219             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1220                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1221             }
1222             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1223                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1224             }
1225             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1226                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1227             }
1228             else {
1229                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1230                         + "] for [cladogram_type]" );
1231             }
1232         }
1233         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1234             ForesterUtil
1235                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1236                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1237         }
1238         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1239             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1240         }
1241         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1242             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1243         }
1244         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1245             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1246             setOvMaxWidth( i );
1247         }
1248         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1249             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1250             setOvMaxHeight( i );
1251         }
1252         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1253             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1254             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1255                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1256             }
1257             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1258                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1259             }
1260             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1261                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1262             }
1263             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1264                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1265             }
1266             else {
1267                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1268                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1269                         + "] for [overview_placement_type]" );
1270             }
1271         }
1272         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1273             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1274             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1275                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1276             }
1277             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1278                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1279             }
1280             else {
1281                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1282                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1283                         + "] for [node_label_direction]" );
1284             }
1285         }
1286         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1287             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1288             if ( i >= 0 ) {
1289                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1290             }
1291             else {
1292                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1293                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1294             }
1295         }
1296         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1297             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1298             if ( i >= 0 ) {
1299                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1300             }
1301             else {
1302                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1303                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1304             }
1305         }
1306         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1307             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1308         }
1309         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1310             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1311         }
1312         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1313             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1314             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1315                 ForesterUtil
1316                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1317                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1318             }
1319             else {
1320                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1321             }
1322         }
1323         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1324             final String s = ( String ) st.nextElement();
1325             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1326                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1327             }
1328             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1329                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1330             }
1331             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1332                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1333             }
1334             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1335                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1336             }
1337             else {
1338                 ForesterUtil
1339                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1340                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1341                                                       + s
1342                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1343             }
1344             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1345                 ForesterUtil
1346                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1347                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1348             }
1349         }
1350         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1351             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1352         }
1353         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1354             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1355         }
1356         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1357             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1358         }
1359         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1360             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1361         }
1362         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1363             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1364         }
1365         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1366             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1367         }
1368         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1369             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1370         }
1371         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1372             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1373         }
1374         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1375             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1376         }
1377         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1378             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1379         }
1380         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1381             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1382         }
1383         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1384             ForesterUtil
1385                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1386                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1387             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1388             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1389             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1390         }
1391         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1392             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1393         }
1394         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1395             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1396         }
1397         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1398             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1399             setDefaultNodeShapeSize( i );
1400         }
1401         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1402             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1403             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1404                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1405             }
1406             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1407                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1408             }
1409             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1410                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1411             }
1412             else {
1413                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1414                         + "] for [default_node_fill]" );
1415             }
1416         }
1417         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1418             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1419             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1420                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1421             }
1422             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1423                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1424             }
1425             else {
1426                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1427                         + "] for [default_node_shape]" );
1428             }
1429         }
1430         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1431             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1432         }
1433         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1434             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1435         }
1436         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1437             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1438             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1439                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1440             }
1441             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1442                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1443             }
1444             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1445                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1446             }
1447             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1448                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1449             }
1450             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1451                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1452             }
1453             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1454                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1455             }
1456             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1457                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1458             }
1459             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1460                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1461             }
1462             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1463                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1464             }
1465             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1466                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1467             }
1468             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1469                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1470             }
1471             else {
1472                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1473                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1474             }
1475         }
1476         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1477             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1478             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1479                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1480                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1481             }
1482             else {
1483                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1484             }
1485         }
1486         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1487             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1488             if ( s.equals( "console" ) ) {
1489                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1490             }
1491             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1492                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1493             }
1494             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1495                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1496             }
1497             else {
1498                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1499                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1500             }
1501         }
1502         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1503             // yet retrieved!
1504             int key_index = -1;
1505             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1506                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1507             }
1508             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1509                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1510             }
1511             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1512                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1513             }
1514             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1515                 key_index = Configuration.show_node_names;
1516             }
1517             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1518                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1519             }
1520             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1521                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1522             }
1523             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1524                 key_index = Configuration.write_events;
1525             }
1526             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1527                 key_index = Configuration.color_branches;
1528             }
1529             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1530                 key_index = Configuration.width_branches;
1531             }
1532             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1533                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1534             }
1535             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.show_annotation;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1542                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1561             }
1562             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1563                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1564             }
1565             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1566                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1567             }
1568             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1569                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1570             }
1571             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1572                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1573             }
1574             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1575                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1576             }
1577             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1578                 key_index = Configuration.show_properties;
1579             }
1580             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1581                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1585             }
1586             // If we've found the key, set the values
1587             if ( key_index >= 0 ) {
1588                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1589                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1590                 // otherwise, keep looking
1591             }
1592             else {
1593                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1594                     // Deprecated.
1595                 }
1596                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1597                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1598                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1599                     if ( key_index >= 0 ) {
1600                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1601                     }
1602                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1603                         // Deprecated.
1604                     }
1605                     else {
1606                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1607                                 + click_to_name );
1608                     }
1609                 }
1610                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1611                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1612                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1613                 }
1614                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1615                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1616                 }
1617                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1618                     getAnnotationColors()
1619                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1620                 }
1621                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1622                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1623                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1624                 }
1625                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1626                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1627                 }
1628                 else {
1629                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1630                             + "] in: " + config_filename );
1631                 }
1632             }
1633         }
1634         else {
1635             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1636                     + config_filename );
1637         }
1638     }
1639
1640     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1641         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1642     }
1643
1644     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1645         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1646     }
1647
1648     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1649         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1650     }
1651
1652     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1653         _ov_max_height = ov_max_height;
1654     }
1655
1656     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1657         _ov_max_width = ov_max_width;
1658     }
1659
1660     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1661         _ov_placement = ov_placement;
1662     }
1663
1664     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1665         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1666     }
1667
1668     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1669         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1670     }
1671
1672     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1673         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1674     }
1675
1676     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1677         _show_annotation_ref_source = b;
1678     }
1679
1680     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1681         _show_overview = show_overview;
1682     }
1683
1684     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1685         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1686     }
1687
1688     static String getDefaultFontFamilyName() {
1689         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1690     }
1691
1692     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1693         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
1694     }
1695
1696     public enum UI {
1697         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
1698     }
1699
1700     static enum TRIPLET {
1701         FALSE, TRUE, UNKNOWN
1702     }
1703 }