forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  54 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  55 import org.forester.util.ForesterUtil;
  56
  57 public final class Configuration {
  58
  59     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  60         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
  61     }
  62     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  63     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  64     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  65     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  66     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  67     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  68     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  69     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  70     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  71     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  72     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  73     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  74     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  75     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  76     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  77     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  78     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  79     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  80     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  81     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  82     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  83     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  84     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  85     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  86     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  87     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  88     private boolean                         _editable                                              = true;
  89     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  90     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY;
  91     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  92     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  93     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  94     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  95     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  96     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  97     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  98     private boolean                         _show_default_node_shapes                              = false;
  99     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
 100     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
 101     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 102     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 103     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 104     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 105     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 106     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 107     private File                            _path_to_local_clustalo                                = null;
 108     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 109     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 110     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 111     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 112     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 113     final static int                        write_events                                           = 5;
 114     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 115     final static int                        color_branches                                         = 7;
 116     final static int                        width_branches                                         = 8;
 117     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 118     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 119     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 120     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 121     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 122     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 123     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 124     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 125     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 126     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 127     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 128     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 129     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 130     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 131     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 132     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 133     final static int                        show_properties                                        = 25;
 134     // ------------------
 135     // Click-to options
 136     // ------------------
 137     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 138     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 139     final static int                        reroot                                                 = 2;
 140     final static int                        subtree                                                = 3;
 141     final static int                        swap                                                   = 4;
 142     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 143     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 144     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 145     final static int                        blast                                                  = 8;
 146     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 147     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 148     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 149     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 150     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 151     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 152     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 153     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 154     final static int                        select_nodes                                           = 17;
 155     // ---------------------------
 156     // Display options for trees
 157     // ---------------------------
 158     // ---------------------------------
 159     // Pertaining to the config itself
 160     // ---------------------------------
 161     // Full path to config (may be URL)
 162     String                                  config_filename;
 163     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 164     final static String                     display_options[][]                                    = {
 165             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 166             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 167             { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 168             { "Use Branch-Widths", "display", "no" }, { "Show Custom Nodes", "display", "yes" },
 169             { "Domains", "nodisplay", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
 170             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Name", "display", "yes" },
 171             { "Prot/Gene Acc", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
 172             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 173             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" },
 174             { "Prot/Gene Symbol", "display", "yes" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 175             { "Relation Confidence", "display", "no" }, { "Vector Data", "display", "no" },
 176             { "Taxonomy Images", "display", "no" }, { "Properties", "display", "no" }             };
 177     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 178             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 179             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 180             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 181             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 182             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 183             { "Sort Descendants", "display" }, { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" } };
 184     // This option is selected in the dropdown
 185     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 186     // --------------
 187     // Color set
 188     // --------------
 189     TreeColorSet                            tree_color_set;
 190     // -------
 191     // Fonts
 192     // -------
 193     TreeFontSet                             tree_font_set;
 194     // ----------------
 195     // Species colors
 196     // ----------------
 197     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 198     // ----------------
 199     // Domain colors
 200     // ----------------
 201     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 202     // ----------------
 203     // Function colors
 204     // ----------------
 205     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 206     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 207     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 208     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 209     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 218     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 219     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 220     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 221     private int                             _frame_x_size;
 222     private int                             _frame_y_size;
 223     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 224     static {
 225         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 226             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 227                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 228                 break;
 229             }
 230         }
 231         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 232             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 233         }
 234     }
 235
 236     public Configuration() {
 237         this( null, false, false, false );
 238     }
 239
 240     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 241         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 242             config_filename = default_config_filename;
 243         }
 244         else {
 245             config_filename = cf;
 246         }
 247         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 248         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 249         config_filename = config_filename.trim();
 250         URL u = null;
 251         if ( is_url ) {
 252             // If URL, open accordingly
 253             try {
 254                 u = new URL( config_filename );
 255                 try {
 256                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 257                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 258                     readConfig( bf );
 259                     bf.close();
 260                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 261                             + config_filename + "]" );
 262                 }
 263                 catch ( final Exception e ) {
 264                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 265                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 266                 }
 267             }
 268             catch ( final Exception e ) {
 269                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 270                         + config_filename + "]" );
 271             }
 272         }
 273         else {
 274             // Otherwise, open as a file
 275             File f = new File( config_filename );
 276             if ( !f.exists() ) {
 277                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 278             }
 279             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 280                 try {
 281                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 282                     readConfig( bf );
 283                     bf.close();
 284                 }
 285                 catch ( final Exception e ) {
 286                     if ( verbose ) {
 287                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 288                                 + config_filename + "]: " + e );
 289                     }
 290                 }
 291             }
 292             else {
 293                 if ( verbose ) {
 294                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 295                             + config_filename + "]" );
 296                 }
 297             }
 298         }
 299     }
 300
 301     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 302         WebLink weblink = null;
 303         boolean ex = false;
 304         try {
 305             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 306         }
 307         catch ( final MalformedURLException e ) {
 308             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 309             ex = true;
 310         }
 311         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 312             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 313         }
 314     }
 315
 316     boolean displaySequenceRelations() {
 317         return _display_sequence_relations;
 318     }
 319
 320     boolean doCheckOption( final int which ) {
 321         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 322                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 323     }
 324
 325     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 326         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 327     }
 328
 329     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 330         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 331     }
 332
 333     /**
 334      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 335      * this or not (e.g. phylogram)
 336      *
 337      */
 338     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 339         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 340     }
 341
 342     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 343         if ( _annotation_colors == null ) {
 344             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 345         }
 346         return _annotation_colors;
 347     }
 348
 349     public String getBaseFontFamilyName() {
 350         return _base_font_family_name;
 351     }
 352
 353     int getBaseFontSize() {
 354         return _base_font_size;
 355     }
 356
 357     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 358         return _cladogram_type;
 359     }
 360
 361     private int getClickToIndex( final String name ) {
 362         int index = -1;
 363         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 364             index = Configuration.display_node_data;
 365             ForesterUtil
 366                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 367                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 368         }
 369         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 370             index = Configuration.display_node_data;
 371         }
 372         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 373             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 374         }
 375         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 376             index = Configuration.reroot;
 377         }
 378         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 379             index = Configuration.subtree;
 380         }
 381         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 382             index = Configuration.swap;
 383         }
 384         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 385             index = Configuration.sort_descendents;
 386         }
 387         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 388             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 389         }
 390         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 391             ForesterUtil
 392                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 393             return DEPRECATED;
 394         }
 395         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 396             index = Configuration.open_seq_web;
 397         }
 398         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 399             index = Configuration.open_tax_web;
 400         }
 401         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 402             index = Configuration.blast;
 403         }
 404         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 405             index = Configuration.cut_subtree;
 406         }
 407         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 408             index = Configuration.copy_subtree;
 409         }
 410         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 411             index = Configuration.paste_subtree;
 412         }
 413         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 414             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 415         }
 416         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 417             index = Configuration.add_new_node;
 418         }
 419         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 420             index = Configuration.edit_node_data;
 421         }
 422         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 423             index = Configuration.select_nodes;
 424         }
 425         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 426             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 427                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 428             return DEPRECATED;
 429         }
 430         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 431             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 432             return DEPRECATED;
 433         }
 434         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 435             index = Configuration.color_subtree;
 436         }
 437         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 438             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 439             return DEPRECATED;
 440         }
 441         return index;
 442     }
 443
 444     int getClickToOptionsCount() {
 445         return clickto_options.length;
 446     }
 447
 448     String getClickToTitle( final int which ) {
 449         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 450     }
 451
 452     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 453         return _default_bootstrap_samples;
 454     }
 455
 456     public File getpathToLocalMafft() {
 457         return _path_to_local_mafft;
 458     }
 459
 460     public File getPathToLocalFastme() {
 461         return _path_to_local_fastme;
 462     }
 463
 464     public File getPathToLocalRaxml() {
 465         return _path_to_local_raxml;
 466     }
 467
 468     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 469         return default_clickto;
 470     }
 471
 472     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 473         return _default_node_fill;
 474     }
 475
 476     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 477         return _default_node_shape;
 478     }
 479
 480     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 481         return _default_node_shape_size;
 482     }
 483
 484     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 485         return _display_colors;
 486     }
 487
 488     String getDisplayTitle( final int which ) {
 489         return display_options[ which ][ 0 ];
 490     }
 491
 492     Map<String, Color> getDomainColors() {
 493         if ( _domain_colors == null ) {
 494             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 495         }
 496         return _domain_colors;
 497     }
 498
 499     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 500         return _domain_structure_base_color;
 501     }
 502
 503     public Color getDomainStructureFontColor() {
 504         return _domain_structure_font_color;
 505     }
 506
 507     int getGraphicsExportX() {
 508         return _graphics_export_x;
 509     }
 510
 511     int getGraphicsExportY() {
 512         return _graphics_export_y;
 513     }
 514
 515     Color getGuiBackgroundColor() {
 516         return _gui_background_color;
 517     }
 518
 519     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 520         return _gui_button_background_color;
 521     }
 522
 523     Color getGuiButtonBorderColor() {
 524         return _gui_button_border_color;
 525     }
 526
 527     Color getGuiButtonTextColor() {
 528         return _gui_button_text_color;
 529     }
 530
 531     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 532         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 533     }
 534
 535     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 536         return _gui_checkbox_text_color;
 537     }
 538
 539     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 540         return _gui_menu_background_color;
 541     }
 542
 543     Color getGuiMenuTextColor() {
 544         return _gui_menu_text_color;
 545     }
 546
 547     double getMinConfidenceValue() {
 548         return _min_confidence_value;
 549     }
 550
 551     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 552         return _node_label_direction;
 553     }
 554
 555     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 556         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 557     }
 558
 559     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 560         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 561     }
 562
 563     short getOvMaxHeight() {
 564         return _ov_max_height;
 565     }
 566
 567     short getOvMaxWidth() {
 568         return _ov_max_width;
 569     }
 570
 571     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 572         return _ov_placement;
 573     }
 574
 575     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 576         return _phylogeny_graphics_type;
 577     }
 578
 579     float getPrintLineWidth() {
 580         return _print_line_width;
 581     }
 582
 583     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 584         if ( _species_colors == null ) {
 585             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 586         }
 587         return _species_colors;
 588     }
 589
 590     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 591         return null;
 592     }
 593
 594     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 595         return null;
 596     }
 597
 598     WebLink getWebLink( final String source ) {
 599         return getWebLinks().get( source );
 600     }
 601
 602     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 603         return _weblinks;
 604     }
 605
 606     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 607         return _abbreviate_scientific_names;
 608     }
 609
 610     boolean isAntialiasScreen() {
 611         return _antialias_screen;
 612     }
 613
 614     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 615         return _background_color_gradient;
 616     }
 617
 618     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 619         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 620     }
 621
 622     /**
 623      * Convenience method.
 624      *
 625      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 626      */
 627     boolean isDrawAsPhylogram() {
 628         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 629     }
 630
 631     boolean isEditable() {
 632         return _editable;
 633     }
 634
 635     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 636         return _taxonomy_extraction;
 637     }
 638
 639     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 640         return getWebLinks().containsKey( source );
 641     }
 642
 643     /**
 644      * Only used by ArchaeoptryxE.
 645      *
 646      */
 647     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 648         return _hide_controls_and_menus;
 649     }
 650
 651     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 652         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 653     }
 654
 655     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 656         return _nh_parsing_replace_underscores;
 657     }
 658
 659     boolean isShowBranchLengthValues() {
 660         return _show_branch_length_values;
 661     }
 662
 663     public boolean isShowDefaultNodeShapes() {
 664         return _show_default_node_shapes;
 665     }
 666
 667     public boolean isShowDomainLabels() {
 668         return _show_domain_labels;
 669     }
 670
 671     boolean isShowOverview() {
 672         return _show_overview;
 673     }
 674
 675     boolean isShowScale() {
 676         return _show_scale;
 677     }
 678
 679     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 680         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 681     }
 682
 683     final boolean isUseNativeUI() {
 684         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() && AptxUtil.isJava15() ) {
 685             _ui = UI.NATIVE;
 686         }
 687         return _ui == UI.NATIVE;
 688     }
 689
 690     /**
 691      * Only used by ArchaeoptryxE.
 692      *
 693      */
 694     boolean isUseTabbedDisplay() {
 695         return _use_tabbed_display;
 696     }
 697
 698     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 699         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 700     }
 701
 702     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 703         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 704         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 705             return true;
 706         }
 707         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 708             return false;
 709         }
 710         else {
 711             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 712             return false;
 713         }
 714     }
 715
 716     private double parseDouble( final String str ) {
 717         double d = 0.0;
 718         try {
 719             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 720         }
 721         catch ( final Exception e ) {
 722             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 723             d = 0.0;
 724         }
 725         return d;
 726     }
 727
 728     private float parseFloat( final String str ) {
 729         float f = 0.0f;
 730         try {
 731             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 732         }
 733         catch ( final Exception e ) {
 734             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 735             f = 0.0f;
 736         }
 737         return f;
 738     }
 739
 740     private int parseInt( final String str ) {
 741         int i = -1;
 742         try {
 743             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 744         }
 745         catch ( final Exception e ) {
 746             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 747             i = -1;
 748         }
 749         return i;
 750     }
 751
 752     private short parseShort( final String str ) {
 753         short i = -1;
 754         try {
 755             i = Short.parseShort( str.trim() );
 756         }
 757         catch ( final Exception e ) {
 758             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 759             i = -1;
 760         }
 761         return i;
 762     }
 763
 764     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 765         setBaseFontFamilyName( "" );
 766         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 767         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 768         for( String font : fonts ) {
 769             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 770             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 771                 setBaseFontFamilyName( font );
 772                 break;
 773             }
 774         }
 775     }
 776
 777     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 778         getDisplayColors().put( key, color );
 779     }
 780
 781     /**
 782      * read each line of config file, process non-comment lines
 783      * @throws IOException
 784      */
 785     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 786         String line;
 787         do {
 788             line = conf_in.readLine();
 789             if ( line != null ) {
 790                 line = line.trim();
 791                 // skip comments and blank lines
 792                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 793                     // convert runs of spaces to tabs
 794                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 795                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 796                     setKeyValue( st );
 797                 }
 798             }
 799         } while ( line != null );
 800     }
 801
 802     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 803         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 804     }
 805
 806     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 807         _antialias_screen = antialias_screen;
 808     }
 809
 810     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 811         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 812     }
 813
 814     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 815         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 816     }
 817
 818     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 819         _base_font_size = base_font_size;
 820     }
 821
 822     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 823         _cladogram_type = cladogram_type;
 824     }
 825
 826     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 827         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 828     }
 829
 830     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 831         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 832     }
 833
 834     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 835         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 836     }
 837
 838     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
 839         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
 840     }
 841
 842     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
 843         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
 844     }
 845
 846     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
 847         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
 848     }
 849
 850     public File getPathToLocalClustalOmega() {
 851         return _path_to_local_clustalo;
 852     }
 853
 854     public void setPathToLocalClustalOmega( final File path_to_local_clustalo ) {
 855         _path_to_local_clustalo = path_to_local_clustalo;
 856     }
 857
 858     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 859         _default_node_fill = default_node_fill;
 860     }
 861
 862     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 863         _default_node_shape = default_node_shape;
 864     }
 865
 866     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 867         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 868     }
 869
 870     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 871         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 872     }
 873
 874     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 875         _display_colors = display_colors;
 876     }
 877
 878     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 879         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 880     }
 881
 882     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 883         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 884     }
 885
 886     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 887         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 888     }
 889
 890     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 891         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 892     }
 893
 894     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 895         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 896     }
 897
 898     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 899         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 900     }
 901
 902     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 903         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 904     }
 905
 906     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 907         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 908     }
 909
 910     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 911         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 912     }
 913
 914     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 915         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 916     }
 917
 918     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 919         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 920     }
 921
 922     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 923         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 924     }
 925
 926     private void setEditable( final boolean editable ) {
 927         _editable = editable;
 928     }
 929
 930     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 931         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 932     }
 933
 934     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 935         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 936     }
 937
 938     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 939         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 940     }
 941
 942     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 943         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 944     }
 945
 946     /**
 947      * Set a key-value(s) tuple
 948      */
 949     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 950         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
 951         if ( !st.hasMoreElements() ) {
 952             return;
 953         }
 954         // Handle single value settings first:
 955         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 956             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 957             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 958             if ( default_clickto == -1 ) {
 959                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 960                         + "] for [default_click_to]" );
 961                 default_clickto = 0;
 962             }
 963             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 964                 // Deprecated.
 965             }
 966         }
 967         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 968             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 969             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 970                 _ui = UI.NATIVE;
 971             }
 972             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 973                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 974             }
 975             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 976                 _ui = UI.UNKNOWN;
 977             }
 978             else {
 979                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 980                         + "]" );
 981                 _ui = UI.UNKNOWN;
 982             }
 983         }
 984         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 985             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 986         }
 987         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 988             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 989         }
 990         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 991             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 992             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 993                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 994             }
 995             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 996                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 997             }
 998             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 999                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1000             }
1001             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1002                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1003             }
1004             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1005                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1006             }
1007             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1008                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1009             }
1010             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1011                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1012             }
1013             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1014                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1015             }
1016             else {
1017                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1018                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1019                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1020             }
1021         }
1022         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1023             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1024             final double d = parseDouble( mcv_str );
1025             setMinConfidenceValue( d );
1026         }
1027         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1028             processFontFamily( st );
1029         }
1030         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1031             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1032             final int i = parseInt( size_str );
1033             if ( i > 0 ) {
1034                 setBaseFontSize( i );
1035             }
1036         }
1037         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1038             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1039             final int i = parseInt( str );
1040             if ( i > 0 ) {
1041                 setGraphicsExportX( i );
1042             }
1043         }
1044         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1045             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1046             final int i = parseInt( str );
1047             if ( i > 0 ) {
1048                 setGraphicsExportY( i );
1049             }
1050         }
1051         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1052             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1053             final float f = parseFloat( str );
1054             if ( f > 0 ) {
1055                 setPrintLineWidth( f );
1056             }
1057             else {
1058                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1059                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1060             }
1061         }
1062         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1063             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1064             final int i = parseInt( str );
1065             if ( i > 0 ) {
1066                 setFrameXSize( i );
1067             }
1068         }
1069         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1070             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1071             final int i = parseInt( str );
1072             if ( i > 0 ) {
1073                 setFrameYSize( i );
1074             }
1075         }
1076         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1077             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1078             final int i = parseInt( str );
1079             if ( i >= 0 ) {
1080                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1081             }
1082             else {
1083                 ForesterUtil
1084                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1085                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1086             }
1087         }
1088         else if ( key.equals( "clustalo_local" ) ) {
1089             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1090             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1091                 setPathToLocalClustalOmega( new File( str ) );
1092             }
1093         }
1094         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1095             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1096             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1097                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1098             }
1099         }
1100         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1101             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1102             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1103                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1104             }
1105         }
1106         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1107             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1108             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1109                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1110             }
1111         }
1112         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1113             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1114         }
1115         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1116             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1117         }
1118         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1119             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1120         }
1121         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1122             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1123         }
1124         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1125             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1126         }
1127         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1128             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1129         }
1130         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1131             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1132         }
1133         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1134             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1135             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1136                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1137             }
1138             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1139                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1140             }
1141             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1142                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1143             }
1144             else {
1145                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1146                         + "] for [cladogram_type]" );
1147             }
1148         }
1149         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1150             ForesterUtil
1151                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1152                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1153         }
1154         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1155             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1156         }
1157         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1158             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1159         }
1160         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1161             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1162             setOvMaxWidth( i );
1163         }
1164         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1165             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1166             setOvMaxHeight( i );
1167         }
1168         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1169             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1170             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1171                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1172             }
1173             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1174                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1175             }
1176             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1177                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1178             }
1179             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1180                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1181             }
1182             else {
1183                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1184                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1185                         + "] for [overview_placement_type]" );
1186             }
1187         }
1188         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1189             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1190             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1191                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1192             }
1193             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1194                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1195             }
1196             else {
1197                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1198                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1199                         + "] for [node_label_direction]" );
1200             }
1201         }
1202         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1203             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1204             if ( i >= 0 ) {
1205                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1206             }
1207             else {
1208                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1209                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1210             }
1211         }
1212         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1213             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1214             if ( i >= 0 ) {
1215                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1216             }
1217             else {
1218                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1219                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1220             }
1221         }
1222         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1223             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1224         }
1225         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1226             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1227         }
1228         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1229             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1230             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1231                 ForesterUtil
1232                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1233                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1234             }
1235             else {
1236                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1237             }
1238         }
1239         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1240             final String s = ( String ) st.nextElement();
1241             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1242                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1243             }
1244             else if ( s.equalsIgnoreCase( "yes" ) ) {
1245                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
1246             }
1247             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam" ) ) {
1248                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
1249             }
1250             else {
1251                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1252                                                   "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": " + s );
1253             }
1254             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1255                 ForesterUtil
1256                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1257                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1258             }
1259         }
1260         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1261             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1262         }
1263         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1264             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1265         }
1266         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1267             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1268         }
1269         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1270             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1271         }
1272         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1273             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1274         }
1275         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1276             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1277         }
1278         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1279             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1280         }
1281         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1282             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1283         }
1284         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1285             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1286         }
1287         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1288             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1289         }
1290         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1291             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1292         }
1293         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1294             setShowDefaultNodeShapes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1295         }
1296         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1297             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1298             setDefaultNodeShapeSize( i );
1299         }
1300         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1301             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1302             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1303                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1304             }
1305             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1306                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1307             }
1308             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1309                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1310             }
1311             else {
1312                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1313                         + "] for [default_node_fill]" );
1314             }
1315         }
1316         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1317             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1318             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1319                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1320             }
1321             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1322                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1323             }
1324             else {
1325                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1326                         + "] for [default_node_shape]" );
1327             }
1328         }
1329         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1330             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1331         }
1332         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1333             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1334             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1335                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1336             }
1337             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1338                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1339             }
1340             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1341                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1342             }
1343             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1344                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1345             }
1346             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1347                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1348             }
1349             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1350                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1351             }
1352             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1353                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1354             }
1355             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1356                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1357             }
1358             else {
1359                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1360                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1361             }
1362         }
1363         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1364             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1365             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1366                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1367                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1368             }
1369             else {
1370                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1371             }
1372         }
1373         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1374             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1375             if ( s.equals( "console" ) ) {
1376                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1377             }
1378             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1379                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1380             }
1381             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1382                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1383             }
1384             else {
1385                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1386                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1387             }
1388         }
1389         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1390             // yet retrieved!
1391             int key_index = -1;
1392             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1393                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1394                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1395                     ForesterUtil
1396                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1397                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1398                 }
1399             }
1400             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1401                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1402             }
1403             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1404                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1405             }
1406             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1407                 key_index = Configuration.show_node_names;
1408             }
1409             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1410                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1411                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1412                     ForesterUtil
1413                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1414                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1415                 }
1416             }
1417             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1418                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1419                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1420                 key_index = DEPRECATED;
1421             }
1422             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1423                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1424                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1425                     ForesterUtil
1426                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1427                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1428                 }
1429             }
1430             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1431                 key_index = Configuration.write_events;
1432                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1433                     ForesterUtil
1434                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1435                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1436                 }
1437             }
1438             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1439                 key_index = Configuration.color_branches;
1440             }
1441             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1442                 key_index = Configuration.width_branches;
1443             }
1444             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1445                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1446                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1447             }
1448             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1449                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1450                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1451             }
1452             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1453                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1454                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1455             }
1456             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1457                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1458                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1459                 key_index = DEPRECATED;
1460             }
1461             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1462                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1463             }
1464             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1465                 key_index = Configuration.show_annotation;
1466             }
1467             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1468                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1469             }
1470             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1471                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1472             }
1473             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1474                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1475             }
1476             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1477                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1478             }
1479             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1480                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1481             }
1482             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1483                 ForesterUtil
1484                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1485                 key_index = DEPRECATED;
1486             }
1487             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1488                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1489             }
1490             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1491                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1492             }
1493             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1494                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1495                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1496                 key_index = DEPRECATED;
1497             }
1498             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1499                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1500             }
1501             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1502                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1503             }
1504             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1505                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1506             }
1507             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1508                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1509             }
1510             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1511                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1512             }
1513             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1514                 key_index = Configuration.show_properties;
1515             }
1516             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1517                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1518             }
1519             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1520                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1521             }
1522             // If we've found the key, set the values
1523             if ( key_index >= 0 ) {
1524                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1525                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1526                 // otherwise, keep looking
1527             }
1528             else {
1529                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1530                     // Deprecated.
1531                 }
1532                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1533                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1534                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1535                     if ( key_index >= 0 ) {
1536                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1537                     }
1538                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1539                         // Deprecated.
1540                     }
1541                     else {
1542                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1543                                 + click_to_name );
1544                     }
1545                 }
1546                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1547                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1548                 }
1549                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1550                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1551                 }
1552                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1553                     getAnnotationColors()
1554                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1555                 }
1556                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1557                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1558                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1559                 }
1560                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1561                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1562                 }
1563                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1564                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1565                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1566                                        ( String ) st.nextElement(),
1567                                        ( String ) st.nextElement() );
1568                     }
1569                     else {
1570                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1571                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1572                     }
1573                 }
1574                 else {
1575                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1576                             + "] in: " + config_filename );
1577                 }
1578             }
1579         }
1580         else {
1581             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1582                     + config_filename );
1583         }
1584     }
1585
1586     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1587         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1588     }
1589
1590     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
1591         return _label_for_get_ext_descendents_data;
1592     }
1593
1594     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1595         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1596     }
1597
1598     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1599         _node_label_direction = node_label_direction;
1600     }
1601
1602     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1603         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1604     }
1605
1606     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1607         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1608     }
1609
1610     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1611         _ov_max_height = ov_max_height;
1612     }
1613
1614     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1615         _ov_max_width = ov_max_width;
1616     }
1617
1618     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1619         _ov_placement = ov_placement;
1620     }
1621
1622     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1623         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1624     }
1625
1626     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1627         _print_line_width = print_line_width;
1628     }
1629
1630     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1631         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1632     }
1633
1634     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1635         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1636     }
1637
1638     public void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
1639         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
1640     }
1641
1642     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1643         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1644     }
1645
1646     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1647         _show_overview = show_overview;
1648     }
1649
1650     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1651         _show_scale = show_scale;
1652     }
1653
1654     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
1655         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1656     }
1657
1658     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1659         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1660     }
1661
1662     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
1663         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1664     }
1665
1666     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1667         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1668     }
1669
1670     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1671         _weblinks = weblinks;
1672     }
1673
1674     static String getDefaultFontFamilyName() {
1675         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1676     }
1677
1678     static enum TRIPLET {
1679         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1680     }
1681
1682     public enum UI {
1683         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1684     }
1685
1686     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
1687         return _ext_desc_data_to_return;
1688     }
1689
1690     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
1691         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
1692     }
1693
1694     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
1695         return _ext_node_data_return_on;
1696     }
1697
1698     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1699         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1700     }
1701
1702     public int getFrameXSize() {
1703         return _frame_x_size;
1704     }
1705
1706     public int getFrameYSize() {
1707         return _frame_y_size;
1708     }
1709
1710     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
1711         _frame_x_size = frame_x_size;
1712     }
1713
1714     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
1715         _frame_y_size = frame_y_size;
1716     }
1717 }