forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.NodeFill;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.NodeShape;
  50 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  51 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  52 import org.forester.util.ForesterUtil;
  53
  54 public final class Configuration {
  55
  56     public enum UI {
  57         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
  58     }
  59     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  60     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  61     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  62     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  63     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  64     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  65     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  66     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  67     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  68     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  69     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  70     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  71     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  72     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  73     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  74     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  75     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  76     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  77     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  78     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  79     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  80     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  81     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  82     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  83     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  84     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  85     private boolean                         _editable                                              = true;
  86     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  87     private boolean                         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes                = false;
  88     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  89     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  90     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  91     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  92     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  93     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  94     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  95     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
  96     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.NONE;
  97     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
  98     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
  99     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes_instead_of_labels       = false;
 100     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 101     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 102     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 103     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 104     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 105     final static int                        write_events                                           = 5;
 106     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 107     final static int                        color_branches                                         = 7;
 108     final static int                        width_branches                                         = 8;
 109     final static int                        show_domain_architectures                              = 9;
 110     final static int                        show_binary_characters                                 = 10;
 111     final static int                        show_binary_character_counts                           = 11;
 112     final static int                        show_gene_names                                        = 12;
 113     final static int                        show_sequence_acc                                      = 13;
 114     final static int                        display_internal_data                                  = 14;
 115     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 15;
 116     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 16;
 117     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 17;
 118     final static int                        color_according_to_annotation                          = 18;
 119     final static int                        show_property                                          = 19;
 120     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 121     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 122     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 123     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 124     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 125     // ------------------
 126     // Click-to options
 127     // ------------------
 128     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 129     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 130     final static int                        reroot                                                 = 2;
 131     final static int                        subtree                                                = 3;
 132     final static int                        swap                                                   = 4;
 133     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 134     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 135     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 136     final static int                        cut_subtree                                            = 8;
 137     final static int                        copy_subtree                                           = 9;
 138     final static int                        paste_subtree                                          = 10;
 139     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 11;
 140     final static int                        add_new_node                                           = 12;
 141     final static int                        edit_node_data                                         = 13;
 142     final static int                        blast                                                  = 14;
 143     // ---------------------------
 144     // Display options for trees
 145     // ---------------------------
 146     // ---------------------------------
 147     // Pertaining to the config itself
 148     // ---------------------------------
 149     // Full path to config (may be URL)
 150     String                                  config_filename;
 151     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 152     final static String                     display_options[][]                                    = {
 153             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 154             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Value", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 155             { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 156             { "Use Branch-Width", "nodisplay", "no" }, { "Domains", "nodisplay", "no" },
 157             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 158             { "Prot/Gene Name", "display", "no" }, { "Prot/Gene Acc", "display", "no" },
 159             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 160             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 161             { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" }, { "Property", "nodisplay", "no" },
 162             { "Prot/Gene Symbol", "display", "no" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 163             { "Relation Confidence", "display", "no" }, { "Vector Data", "display", "no" },
 164             { "Taxonomy Images", "display", "no" }                                                };
 165     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 166             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 167             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 168             { "Open Sequence Web", "nodisplay" }, { "Open Taxonomy Web", "nodisplay" }, { "Cut Subtree", "display" },
 169             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
 170             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Blast", "display" } };
 171     // This option is selected in the dropdown
 172     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 173     // --------------
 174     // Color set
 175     // --------------
 176     TreeColorSet                            tree_color_set;
 177     // -------
 178     // Fonts
 179     // -------
 180     TreeFontSet                             tree_font_set;
 181     // ----------------
 182     // Species colors
 183     // ----------------
 184     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 185     // ----------------
 186     // Domain colors
 187     // ----------------
 188     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 189     // ----------------
 190     // Function colors
 191     // ----------------
 192     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 193     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 194     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 195     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 196     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 197     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 198     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 199     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 200     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 201     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 202     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 203     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 204     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 205     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 206     static {
 207         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 208             if ( Arrays.binarySearch( Util.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 209                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 210                 break;
 211             }
 212         }
 213         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 214             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 215         }
 216     }
 217
 218     Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet ) {
 219         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 220             config_filename = default_config_filename;
 221         }
 222         else {
 223             config_filename = cf;
 224         }
 225         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 226         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 227         config_filename = config_filename.trim();
 228         URL u = null;
 229         if ( is_url ) {
 230             // If URL, open accordingly
 231             try {
 232                 u = new URL( config_filename );
 233                 try {
 234                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 235                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 236                     readConfig( bf );
 237                     bf.close();
 238                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 239                             + config_filename + "]" );
 240                 }
 241                 catch ( final Exception e ) {
 242                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 243                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 244                 }
 245             }
 246             catch ( final Exception e ) {
 247                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 248                         + config_filename + "]" );
 249             }
 250         }
 251         else {
 252             // Otherwise, open as a file
 253             File f = new File( config_filename );
 254             if ( !f.exists() ) {
 255                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 256             }
 257             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 258                 try {
 259                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 260                     readConfig( bf );
 261                     bf.close();
 262                 }
 263                 catch ( final Exception e ) {
 264                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 265                             + config_filename + "]: " + e );
 266                 }
 267             }
 268             else {
 269                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 270                         + config_filename + "]" );
 271             }
 272         }
 273     }
 274
 275     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 276         WebLink weblink = null;
 277         boolean ex = false;
 278         try {
 279             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 280         }
 281         catch ( final MalformedURLException e ) {
 282             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 283             ex = true;
 284         }
 285         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 286             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 287         }
 288     }
 289
 290     Color getGuiBackgroundColor() {
 291         return _gui_background_color;
 292     }
 293
 294     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 295         return _gui_checkbox_text_color;
 296     }
 297
 298     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 299         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 300     }
 301
 302     Color getGuiButtonTextColor() {
 303         return _gui_button_text_color;
 304     }
 305
 306     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 307         return _gui_button_background_color;
 308     }
 309
 310     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 311         return _gui_menu_background_color;
 312     }
 313
 314     Color getGuiMenuTextColor() {
 315         return _gui_menu_text_color;
 316     }
 317
 318     Color getGuiButtonBorderColor() {
 319         return _gui_button_border_color;
 320     }
 321
 322     boolean displaySequenceRelations() {
 323         return _display_sequence_relations;
 324     }
 325
 326     boolean doCheckOption( final int which ) {
 327         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 328                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 329     }
 330
 331     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 332         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 333     }
 334
 335     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 336         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 337     }
 338
 339     /**
 340      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 341      * this or not (e.g. phylogram)
 342      *
 343      */
 344     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 345         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 346     }
 347
 348     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 349         if ( _annotation_colors == null ) {
 350             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 351         }
 352         return _annotation_colors;
 353     }
 354
 355     public String getBaseFontFamilyName() {
 356         return _base_font_family_name;
 357     }
 358
 359     int getBaseFontSize() {
 360         return _base_font_size;
 361     }
 362
 363     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 364         return _cladogram_type;
 365     }
 366
 367     private int getClickToIndex( final String name ) {
 368         int index = -1;
 369         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 370             index = Configuration.display_node_data;
 371             ForesterUtil
 372                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 373                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 374         }
 375         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 376             index = Configuration.display_node_data;
 377         }
 378         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 379             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 380         }
 381         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 382             index = Configuration.reroot;
 383         }
 384         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 385             index = Configuration.subtree;
 386         }
 387         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 388             index = Configuration.swap;
 389         }
 390         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 391             ForesterUtil
 392                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 393             return DEPRECATED;
 394         }
 395         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 396             index = Configuration.open_seq_web;
 397         }
 398         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 399             index = Configuration.open_tax_web;
 400         }
 401         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 402             index = Configuration.cut_subtree;
 403         }
 404         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 405             index = Configuration.copy_subtree;
 406         }
 407         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 408             index = Configuration.paste_subtree;
 409         }
 410         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 411             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 412         }
 413         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 414             index = Configuration.add_new_node;
 415         }
 416         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 417             index = Configuration.edit_node_data;
 418         }
 419         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 420             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 421                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 422             return DEPRECATED;
 423         }
 424         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 425             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 426             return DEPRECATED;
 427         }
 428         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 429             index = Configuration.color_subtree;
 430         }
 431         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 432             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 433             return DEPRECATED;
 434         }
 435         return index;
 436     }
 437
 438     int getClickToOptionsCount() {
 439         return clickto_options.length;
 440     }
 441
 442     String getClickToTitle( final int which ) {
 443         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 444     }
 445
 446     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 447         return default_clickto;
 448     }
 449
 450     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 451         return _display_colors;
 452     }
 453
 454     String getDisplayTitle( final int which ) {
 455         return display_options[ which ][ 0 ];
 456     }
 457
 458     Map<String, Color> getDomainColors() {
 459         if ( _domain_colors == null ) {
 460             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 461         }
 462         return _domain_colors;
 463     }
 464
 465     int getGraphicsExportX() {
 466         return _graphics_export_x;
 467     }
 468
 469     int getGraphicsExportY() {
 470         return _graphics_export_y;
 471     }
 472
 473     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 474         return _default_bootstrap_samples;
 475     }
 476
 477     double getMinConfidenceValue() {
 478         return _min_confidence_value;
 479     }
 480
 481     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 482         return _node_label_direction;
 483     }
 484
 485     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 486         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 487     }
 488
 489     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 490         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 491     }
 492
 493     short getOvMaxHeight() {
 494         return _ov_max_height;
 495     }
 496
 497     short getOvMaxWidth() {
 498         return _ov_max_width;
 499     }
 500
 501     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 502         return _ov_placement;
 503     }
 504
 505     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 506         return _phylogeny_graphics_type;
 507     }
 508
 509     float getPrintLineWidth() {
 510         return _print_line_width;
 511     }
 512
 513     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 514         if ( _species_colors == null ) {
 515             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 516         }
 517         return _species_colors;
 518     }
 519
 520     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 521         return null;
 522     }
 523
 524     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 525         return null;
 526     }
 527
 528     WebLink getWebLink( final String source ) {
 529         return getWebLinks().get( source );
 530     }
 531
 532     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 533         return _weblinks;
 534     }
 535
 536     boolean isAntialiasScreen() {
 537         return _antialias_screen;
 538     }
 539
 540     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 541         return _background_color_gradient;
 542     }
 543
 544     /**
 545      * Convenience method.
 546      *
 547      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 548      */
 549     boolean isDrawAsPhylogram() {
 550         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 551     }
 552
 553     boolean isEditable() {
 554         return _editable;
 555     }
 556
 557     boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 558         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 559     }
 560
 561     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 562         return getWebLinks().containsKey( source );
 563     }
 564
 565     /**
 566      * Only used by ArchaeoptryxE.
 567      *
 568      */
 569     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 570         return _hide_controls_and_menus;
 571     }
 572
 573     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 574         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 575     }
 576
 577     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 578         return _nh_parsing_replace_underscores;
 579     }
 580
 581     boolean isShowBranchLengthValues() {
 582         return _show_branch_length_values;
 583     }
 584
 585     boolean isShowOverview() {
 586         return _show_overview;
 587     }
 588
 589     boolean isShowScale() {
 590         return _show_scale;
 591     }
 592
 593     final boolean isUseNativeUI() {
 594         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && Util.isMac() && Util.isJava15() ) {
 595             _ui = UI.NATIVE;
 596         }
 597         return _ui == UI.NATIVE;
 598     }
 599
 600     /**
 601      * Only used by ArchaeoptryxE.
 602      *
 603      */
 604     boolean isUseTabbedDisplay() {
 605         return _use_tabbed_display;
 606     }
 607
 608     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 609         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 610     }
 611
 612     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 613         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 614         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 615             return true;
 616         }
 617         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 618             return false;
 619         }
 620         else {
 621             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 622             return false;
 623         }
 624     }
 625
 626     private double parseDouble( final String str ) {
 627         double d = 0.0;
 628         try {
 629             d = Double.parseDouble( str );
 630         }
 631         catch ( final Exception e ) {
 632             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 633             d = 0.0;
 634         }
 635         return d;
 636     }
 637
 638     private float parseFloat( final String str ) {
 639         float f = 0.0f;
 640         try {
 641             f = Float.parseFloat( str );
 642         }
 643         catch ( final Exception e ) {
 644             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 645             f = 0.0f;
 646         }
 647         return f;
 648     }
 649
 650     private int parseInt( final String str ) {
 651         int i = -1;
 652         try {
 653             i = Integer.parseInt( str );
 654         }
 655         catch ( final Exception e ) {
 656             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 657             i = -1;
 658         }
 659         return i;
 660     }
 661
 662     private short parseShort( final String str ) {
 663         short i = -1;
 664         try {
 665             i = Short.parseShort( str );
 666         }
 667         catch ( final Exception e ) {
 668             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 669             i = -1;
 670         }
 671         return i;
 672     }
 673
 674     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 675         setBaseFontFamilyName( "" );
 676         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 677         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 678         for( String font : fonts ) {
 679             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 680             if ( Arrays.binarySearch( Util.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 681                 setBaseFontFamilyName( font );
 682                 break;
 683             }
 684         }
 685     }
 686
 687     /**
 688      * read each line of config file, process non-comment lines
 689      * @throws IOException
 690      */
 691     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 692         String line;
 693         do {
 694             line = conf_in.readLine();
 695             if ( line != null ) {
 696                 line = line.trim();
 697                 // skip comments and blank lines
 698                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 699                     // convert runs of spaces to tabs
 700                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 701                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 702                     setKeyValue( st );
 703                 }
 704             }
 705         } while ( line != null );
 706     }
 707
 708     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 709         _antialias_screen = antialias_screen;
 710     }
 711
 712     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 713         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 714     }
 715
 716     private void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 717         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 718     }
 719
 720     private void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 721         _base_font_size = base_font_size;
 722     }
 723
 724     private void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 725         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 726     }
 727
 728     private void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 729         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 730     }
 731
 732     private void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 733         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 734     }
 735
 736     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 737         _cladogram_type = cladogram_type;
 738     }
 739
 740     void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 741         _display_colors = display_colors;
 742     }
 743
 744     private void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 745         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 746     }
 747
 748     private void setEditable( final boolean editable ) {
 749         _editable = editable;
 750     }
 751
 752     private void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 753         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 754     }
 755
 756     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 757         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 758     }
 759
 760     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 761         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 762     }
 763
 764     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 765         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 766     }
 767
 768     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 769         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 770     }
 771
 772     /**
 773      * Set a key-value(s) tuple
 774      */
 775     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 776         String key = ( String ) st.nextElement();
 777         key = key.replace( ':', ' ' );
 778         key = key.trim();
 779         key = key.toLowerCase();
 780         // Handle single value settings first:
 781         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 782             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 783             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 784             if ( default_clickto == -1 ) {
 785                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 786                         + "] for [default_click_to]" );
 787                 default_clickto = 0;
 788             }
 789             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 790                 // Deprecated.
 791             }
 792         }
 793         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 794             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 795             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 796                 _ui = UI.NATIVE;
 797             }
 798             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 799                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 800             }
 801             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 802                 _ui = UI.UNKNOWN;
 803             }
 804             else {
 805                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 806                         + "]" );
 807                 _ui = UI.UNKNOWN;
 808             }
 809         }
 810         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 811             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 812         }
 813         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 814             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 815         }
 816         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 817             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 818             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 819                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 820             }
 821             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 822                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 823             }
 824             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 825                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 826             }
 827             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 828                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 829             }
 830             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 831                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 832             }
 833             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 834                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 835             }
 836             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 837                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 838             }
 839             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 840                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 841             }
 842             else {
 843                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 844                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 845                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 846             }
 847         }
 848         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 849             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 850             final double d = parseDouble( mcv_str );
 851             setMinConfidenceValue( d );
 852         }
 853         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 854             processFontFamily( st );
 855         }
 856         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 857             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 858             final int i = parseInt( size_str );
 859             setBaseFontSize( i );
 860         }
 861         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
 862             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 863             final int i = parseInt( str );
 864             setGraphicsExportX( i );
 865         }
 866         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
 867             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 868             final int i = parseInt( str );
 869             setGraphicsExportY( i );
 870         }
 871         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
 872             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 873             final float f = parseFloat( str );
 874             if ( f > 0 ) {
 875                 setPrintLineWidth( f );
 876             }
 877             else {
 878                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 879                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
 880             }
 881         }
 882         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
 883             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 884             final int i = parseInt( str );
 885             if ( i >= 0 ) {
 886                 setDefaultBootstrapSamples( i );
 887             }
 888             else {
 889                 ForesterUtil
 890                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 891                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
 892             }
 893         }
 894         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
 895             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 896         }
 897         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
 898             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 899         }
 900         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
 901             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 902         }
 903         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
 904             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 905         }
 906         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
 907             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 908         }
 909         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
 910             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 911         }
 912         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
 913             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 914         }
 915         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
 916             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 917             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
 918                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 919             }
 920             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 921                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 922             }
 923             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 924                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 925             }
 926             else {
 927                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 928                         + "] for [cladogram_type]" );
 929             }
 930         }
 931         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
 932             ForesterUtil
 933                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 934                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
 935         }
 936         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
 937             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 938         }
 939         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
 940             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 941         }
 942         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
 943             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 944             setOvMaxWidth( i );
 945         }
 946         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
 947             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 948             setOvMaxHeight( i );
 949         }
 950         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
 951             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 952             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
 953                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
 954             }
 955             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
 956                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
 957             }
 958             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
 959                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
 960             }
 961             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
 962                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
 963             }
 964             else {
 965                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
 966                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 967                         + "] for [overview_placement_type]" );
 968             }
 969         }
 970         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
 971             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 972             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
 973                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 974             }
 975             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
 976                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 977             }
 978             else {
 979                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 980                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 981                         + "] for [node_label_direction]" );
 982             }
 983         }
 984         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
 985             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 986             if ( i >= 0 ) {
 987                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
 988             }
 989             else {
 990                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
 991                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
 992             }
 993         }
 994         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
 995             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 996             if ( i >= 0 ) {
 997                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
 998             }
 999             else {
1000                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1001                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1002             }
1003         }
1004         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1005             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1006         }
1007         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1008             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1009         }
1010         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1011             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1012             if ( r && isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
1013                 ForesterUtil
1014                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1015                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1016             }
1017             else {
1018                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1019             }
1020         }
1021         else if ( key.equals( "extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing" ) ) {
1022             final boolean e = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1023             if ( e && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1024                 ForesterUtil
1025                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1026                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1027             }
1028             else {
1029                 setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( e );
1030             }
1031         }
1032         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1033             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1034         }
1035         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1036             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1037         }
1038         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1039             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1040         }
1041         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1042             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1043         }
1044         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1045             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1046         }
1047         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1048             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1049         }
1050         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1051             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1052         }
1053         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1054             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1055         }
1056         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1057             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1058         }
1059         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1060             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1061         }
1062         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1063             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1064         }
1065         //
1066         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1067             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1068             setDefaultNodeShapeSize( i );
1069         }
1070         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1071             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1072             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1073                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1074             }
1075             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1076                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1077             }
1078             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1079                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1080             }
1081             else {
1082                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1083                         + "] for [default_node_fill]" );
1084             }
1085         }
1086         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1087             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1088             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeShape.NONE.toString() ) ) {
1089                 setDefaultNodeShape( NodeShape.NONE );
1090             }
1091             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1092                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1093             }
1094             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1095                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1096             }
1097             else {
1098                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1099                         + "] for [default_node_shape]" );
1100             }
1101         }
1102         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1103             setTaxonomyColorizeNodeShapesInsteadOfLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1104         }
1105         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1106             // yet retrieved!
1107             int key_index = -1;
1108             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1109                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1110                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1111                     ForesterUtil
1112                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1113                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1114                 }
1115             }
1116             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1117                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1118             }
1119             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1120                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1121             }
1122             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1123                 key_index = Configuration.show_node_names;
1124             }
1125             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1126                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1127                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1128                     ForesterUtil
1129                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1130                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1131                 }
1132             }
1133             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1134                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1135                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1136                 key_index = DEPRECATED;
1137             }
1138             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1139                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1140                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1141                     ForesterUtil
1142                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1143                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1144                 }
1145             }
1146             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1147                 key_index = Configuration.write_events;
1148                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1149                     ForesterUtil
1150                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1151                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1152                 }
1153             }
1154             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1155                 key_index = Configuration.color_branches;
1156             }
1157             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1158                 key_index = Configuration.width_branches;
1159             }
1160             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1161                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1162                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1163             }
1164             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1165                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1166                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1167             }
1168             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1169                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1170                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1171             }
1172             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1173                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1174                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1175                 key_index = DEPRECATED;
1176             }
1177             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1178                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1179             }
1180             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1181                 key_index = Configuration.show_annotation;
1182             }
1183             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1184                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1185             }
1186             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1187                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1188             }
1189             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1190                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1191             }
1192             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1193                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1194             }
1195             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1196                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1197             }
1198             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1199                 ForesterUtil
1200                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1201                 key_index = DEPRECATED;
1202             }
1203             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1204                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1205             }
1206             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1207                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1208             }
1209             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1210                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1211                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1212                 key_index = DEPRECATED;
1213             }
1214             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1215                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1216             }
1217             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1218                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1219             }
1220             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1221                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1222             }
1223             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1224                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1225             }
1226             else if ( key.equals( "show_property" ) ) {
1227                 key_index = Configuration.show_property;
1228             }
1229             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1230                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1231             }
1232             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1233                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1234             }
1235             // If we've found the key, set the values
1236             if ( key_index >= 0 ) {
1237                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1238                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1239                 // otherwise, keep looking
1240             }
1241             else {
1242                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1243                     // Deprecated.
1244                 }
1245                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1246                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1247                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1248                     if ( key_index >= 0 ) {
1249                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1250                     }
1251                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1252                         // Deprecated.
1253                     }
1254                     else {
1255                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1256                                 + click_to_name );
1257                     }
1258                 }
1259                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1260                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1261                 }
1262                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1263                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1264                 }
1265                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1266                     getAnnotationColors()
1267                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1268                 }
1269                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1270                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1271                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1272                 }
1273                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1274                     getDisplayColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1275                 }
1276                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1277                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1278                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1279                                        ( String ) st.nextElement(),
1280                                        ( String ) st.nextElement() );
1281                     }
1282                     else {
1283                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1284                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1285                     }
1286                 }
1287                 else {
1288                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1289                             + "] in: " + config_filename );
1290                 }
1291             }
1292         }
1293         else {
1294             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1295                     + config_filename );
1296         }
1297     }
1298
1299     private void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1300         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1301     }
1302
1303     void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1304         _node_label_direction = node_label_direction;
1305     }
1306
1307     private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1308         this._number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1309     }
1310
1311     private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1312         this._number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1313     }
1314
1315     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1316         _ov_max_height = ov_max_height;
1317     }
1318
1319     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1320         _ov_max_width = ov_max_width;
1321     }
1322
1323     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1324         _ov_placement = ov_placement;
1325     }
1326
1327     void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1328         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1329     }
1330
1331     private void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1332         _print_line_width = print_line_width;
1333     }
1334
1335     private void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1336         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1337     }
1338
1339     private void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1340         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1341     }
1342
1343     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1344         _show_overview = show_overview;
1345     }
1346
1347     private void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1348         _show_scale = show_scale;
1349     }
1350
1351     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1352         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1353     }
1354
1355     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1356         _weblinks = weblinks;
1357     }
1358
1359     static String getDefaultFontFamilyName() {
1360         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1361     }
1362
1363     static enum TRIPLET {
1364         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1365     }
1366
1367     public Color getDomainStructureFontColor() {
1368         return _domain_structure_font_color;
1369     }
1370
1371     public Color getDomainStructureBaseColor() {
1372         return _domain_structure_base_color;
1373     }
1374
1375     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
1376         return _color_labels_same_as_parent_branch;
1377     }
1378
1379     public boolean isShowDomainLabels() {
1380         return _show_domain_labels;
1381     }
1382
1383     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
1384         return _abbreviate_scientific_names;
1385     }
1386
1387     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
1388         return _default_node_shape;
1389     }
1390
1391     private void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
1392         _default_node_shape = default_node_shape;
1393     }
1394
1395     private void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
1396         _default_node_fill = default_node_fill;
1397     }
1398
1399     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
1400         return _default_node_fill;
1401     }
1402
1403     private void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
1404         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
1405     }
1406
1407     public short getDefaultNodeShapeSize() {
1408         return _default_node_shape_size;
1409     }
1410
1411     private void setTaxonomyColorizeNodeShapesInsteadOfLabels( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes_instead_of_labels ) {
1412         _taxonomy_colorize_node_shapes_instead_of_labels = taxonomy_colorize_node_shapes_instead_of_labels;
1413     }
1414
1415     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapesInsteadOfLabels() {
1416         return _taxonomy_colorize_node_shapes_instead_of_labels;
1417     }
1418 }