forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  54 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  55 import org.forester.util.ForesterUtil;
  56
  57 public final class Configuration {
  58
  59     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  60         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
  61     }
  62     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  63     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  64     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  65     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  66     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  67     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  68     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  69     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  70     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  71     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  72     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  73     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  74     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  75     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  76     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  77     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  78     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  79     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  80     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  81     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  82     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  83     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  84     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  85     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  86     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  87     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  88     private boolean                         _editable                                              = true;
  89     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  90     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY;
  91     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  92     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  93     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  94     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  95     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  96     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  97     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  98     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
  99     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 100     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
 101     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
 102     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 103     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 104     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 105     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 106     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 107     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 108     private File                            _path_to_local_clustalo                                = null;
 109     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 110     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 111     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 112     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 113     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 114     final static int                        write_events                                           = 5;
 115     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 116     final static int                        color_branches                                         = 7;
 117     final static int                        width_branches                                         = 8;
 118     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 119     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 120     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 121     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 122     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 123     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 124     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 125     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 126     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 127     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 128     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 129     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 130     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 131     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 132     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 133     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 134     final static int                        show_properties                                        = 25;
 135     // ------------------
 136     // Click-to options
 137     // ------------------
 138     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 139     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 140     final static int                        reroot                                                 = 2;
 141     final static int                        subtree                                                = 3;
 142     final static int                        swap                                                   = 4;
 143     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 144     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 145     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 146     final static int                        blast                                                  = 8;
 147     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 148     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 149     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 150     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 151     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 152     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 153     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 154     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 155     final static int                        select_nodes                                           = 17;
 156     // ---------------------------
 157     // Display options for trees
 158     // ---------------------------
 159     // ---------------------------------
 160     // Pertaining to the config itself
 161     // ---------------------------------
 162     // Full path to config (may be URL)
 163     String                                  config_filename;
 164     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 165     final static String                     display_options[][]                                    = {
 166             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 167             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 168             { "Node Events", "display", "?" }, { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" },
 169             { "Colorize Branches", "display", "no" }, { "Use Branch-Widths", "display", "no" },
 170             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Domains", "nodisplay", "no" },
 171             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 172             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Acc", "display", "no" },
 173             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 174             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 175             { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 176             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 177             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 178             { "Properties", "nodisplay", "no" }                                                   };
 179     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 180             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 181             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 182             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 183             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 184             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 185             { "Sort Descendants", "display" }, { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" } };
 186     // This option is selected in the dropdown
 187     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 188     // --------------
 189     // Color set
 190     // --------------
 191     TreeColorSet                            tree_color_set;
 192     // -------
 193     // Fonts
 194     // -------
 195     TreeFontSet                             tree_font_set;
 196     // ----------------
 197     // Species colors
 198     // ----------------
 199     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 200     // ----------------
 201     // Domain colors
 202     // ----------------
 203     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 204     // ----------------
 205     // Function colors
 206     // ----------------
 207     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 208     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 209     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 210     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 219     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 220     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 221     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 222     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 223     private int                             _frame_x_size;
 224     private int                             _frame_y_size;
 225     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 226     static {
 227         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 228             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 229                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 230                 break;
 231             }
 232         }
 233         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 234             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 235         }
 236     }
 237
 238     public Configuration() {
 239         this( null, false, false, false );
 240     }
 241
 242     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 243         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 244             config_filename = default_config_filename;
 245         }
 246         else {
 247             config_filename = cf;
 248         }
 249         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 250         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 251         config_filename = config_filename.trim();
 252         URL u = null;
 253         if ( is_url ) {
 254             // If URL, open accordingly
 255             try {
 256                 u = new URL( config_filename );
 257                 try {
 258                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 259                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 260                     readConfig( bf );
 261                     bf.close();
 262                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 263                             + config_filename + "]" );
 264                 }
 265                 catch ( final Exception e ) {
 266                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 267                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 268                 }
 269             }
 270             catch ( final Exception e ) {
 271                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 272                         + config_filename + "]" );
 273             }
 274         }
 275         else {
 276             // Otherwise, open as a file
 277             File f = new File( config_filename );
 278             if ( !f.exists() ) {
 279                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 280             }
 281             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 282                 try {
 283                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 284                     readConfig( bf );
 285                     bf.close();
 286                 }
 287                 catch ( final Exception e ) {
 288                     if ( verbose ) {
 289                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 290                                 + config_filename + "]: " + e );
 291                     }
 292                 }
 293             }
 294             else {
 295                 if ( verbose ) {
 296                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 297                             + config_filename + "]" );
 298                 }
 299             }
 300         }
 301     }
 302
 303     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 304         WebLink weblink = null;
 305         boolean ex = false;
 306         try {
 307             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 308         }
 309         catch ( final MalformedURLException e ) {
 310             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 311             ex = true;
 312         }
 313         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 314             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 315         }
 316     }
 317
 318     boolean displaySequenceRelations() {
 319         return _display_sequence_relations;
 320     }
 321
 322     boolean doCheckOption( final int which ) {
 323         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 324                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 325     }
 326
 327     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 328         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 329     }
 330
 331     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 332         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 333     }
 334
 335     /**
 336      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 337      * this or not (e.g. phylogram)
 338      *
 339      */
 340     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 341         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 342     }
 343
 344     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 345         if ( _annotation_colors == null ) {
 346             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 347         }
 348         return _annotation_colors;
 349     }
 350
 351     public String getBaseFontFamilyName() {
 352         return _base_font_family_name;
 353     }
 354
 355     int getBaseFontSize() {
 356         return _base_font_size;
 357     }
 358
 359     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 360         return _cladogram_type;
 361     }
 362
 363     private int getClickToIndex( final String name ) {
 364         int index = -1;
 365         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 366             index = Configuration.display_node_data;
 367             ForesterUtil
 368                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 369                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 370         }
 371         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 372             index = Configuration.display_node_data;
 373         }
 374         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 375             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 376         }
 377         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 378             index = Configuration.reroot;
 379         }
 380         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 381             index = Configuration.subtree;
 382         }
 383         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 384             index = Configuration.swap;
 385         }
 386         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 387             index = Configuration.sort_descendents;
 388         }
 389         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 390             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 391         }
 392         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 393             ForesterUtil
 394                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 395             return DEPRECATED;
 396         }
 397         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 398             index = Configuration.open_seq_web;
 399         }
 400         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 401             index = Configuration.open_tax_web;
 402         }
 403         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 404             index = Configuration.blast;
 405         }
 406         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 407             index = Configuration.cut_subtree;
 408         }
 409         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 410             index = Configuration.copy_subtree;
 411         }
 412         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 413             index = Configuration.paste_subtree;
 414         }
 415         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 416             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 417         }
 418         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 419             index = Configuration.add_new_node;
 420         }
 421         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 422             index = Configuration.edit_node_data;
 423         }
 424         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 425             index = Configuration.select_nodes;
 426         }
 427         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 428             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 429                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 430             return DEPRECATED;
 431         }
 432         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 433             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 434             return DEPRECATED;
 435         }
 436         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 437             index = Configuration.color_subtree;
 438         }
 439         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 440             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 441             return DEPRECATED;
 442         }
 443         return index;
 444     }
 445
 446     int getClickToOptionsCount() {
 447         return clickto_options.length;
 448     }
 449
 450     String getClickToTitle( final int which ) {
 451         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 452     }
 453
 454     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 455         return _default_bootstrap_samples;
 456     }
 457
 458     public File getpathToLocalMafft() {
 459         return _path_to_local_mafft;
 460     }
 461
 462     public File getPathToLocalFastme() {
 463         return _path_to_local_fastme;
 464     }
 465
 466     public File getPathToLocalRaxml() {
 467         return _path_to_local_raxml;
 468     }
 469
 470     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 471         return default_clickto;
 472     }
 473
 474     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 475         return _default_node_fill;
 476     }
 477
 478     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 479         return _default_node_shape;
 480     }
 481
 482     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 483         return _default_node_shape_size;
 484     }
 485
 486     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 487         return _display_colors;
 488     }
 489
 490     String getDisplayTitle( final int which ) {
 491         return display_options[ which ][ 0 ];
 492     }
 493
 494     Map<String, Color> getDomainColors() {
 495         if ( _domain_colors == null ) {
 496             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 497         }
 498         return _domain_colors;
 499     }
 500
 501     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 502         return _domain_structure_base_color;
 503     }
 504
 505     public Color getDomainStructureFontColor() {
 506         return _domain_structure_font_color;
 507     }
 508
 509     int getGraphicsExportX() {
 510         return _graphics_export_x;
 511     }
 512
 513     int getGraphicsExportY() {
 514         return _graphics_export_y;
 515     }
 516
 517     Color getGuiBackgroundColor() {
 518         return _gui_background_color;
 519     }
 520
 521     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 522         return _gui_button_background_color;
 523     }
 524
 525     Color getGuiButtonBorderColor() {
 526         return _gui_button_border_color;
 527     }
 528
 529     Color getGuiButtonTextColor() {
 530         return _gui_button_text_color;
 531     }
 532
 533     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 534         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 535     }
 536
 537     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 538         return _gui_checkbox_text_color;
 539     }
 540
 541     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 542         return _gui_menu_background_color;
 543     }
 544
 545     Color getGuiMenuTextColor() {
 546         return _gui_menu_text_color;
 547     }
 548
 549     double getMinConfidenceValue() {
 550         return _min_confidence_value;
 551     }
 552
 553     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 554         return _node_label_direction;
 555     }
 556
 557     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 558         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 559     }
 560
 561     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 562         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 563     }
 564
 565     short getOvMaxHeight() {
 566         return _ov_max_height;
 567     }
 568
 569     short getOvMaxWidth() {
 570         return _ov_max_width;
 571     }
 572
 573     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 574         return _ov_placement;
 575     }
 576
 577     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 578         return _phylogeny_graphics_type;
 579     }
 580
 581     float getPrintLineWidth() {
 582         return _print_line_width;
 583     }
 584
 585     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 586         if ( _species_colors == null ) {
 587             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 588         }
 589         return _species_colors;
 590     }
 591
 592     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 593         return null;
 594     }
 595
 596     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 597         return null;
 598     }
 599
 600     WebLink getWebLink( final String source ) {
 601         return getWebLinks().get( source );
 602     }
 603
 604     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 605         return _weblinks;
 606     }
 607
 608     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 609         return _abbreviate_scientific_names;
 610     }
 611
 612     boolean isAntialiasScreen() {
 613         return _antialias_screen;
 614     }
 615
 616     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 617         return _background_color_gradient;
 618     }
 619
 620     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 621         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 622     }
 623
 624     /**
 625      * Convenience method.
 626      *
 627      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 628      */
 629     boolean isDrawAsPhylogram() {
 630         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 631     }
 632
 633     boolean isEditable() {
 634         return _editable;
 635     }
 636
 637     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 638         return _taxonomy_extraction;
 639     }
 640
 641     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 642         return getWebLinks().containsKey( source );
 643     }
 644
 645     /**
 646      * Only used by ArchaeoptryxE.
 647      *
 648      */
 649     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 650         return _hide_controls_and_menus;
 651     }
 652
 653     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 654         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 655     }
 656
 657     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 658         return _nh_parsing_replace_underscores;
 659     }
 660
 661     boolean isShowBranchLengthValues() {
 662         return _show_branch_length_values;
 663     }
 664
 665     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 666         return _show_default_node_shapes_external;
 667     }
 668
 669     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 670         return _show_default_node_shapes_internal;
 671     }
 672
 673     public boolean isShowDomainLabels() {
 674         return _show_domain_labels;
 675     }
 676
 677     boolean isShowOverview() {
 678         return _show_overview;
 679     }
 680
 681     boolean isShowScale() {
 682         return _show_scale;
 683     }
 684
 685     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 686         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 687     }
 688
 689     final boolean isUseNativeUI() {
 690         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() && AptxUtil.isJava15() ) {
 691             _ui = UI.NATIVE;
 692         }
 693         return _ui == UI.NATIVE;
 694     }
 695
 696     /**
 697      * Only used by ArchaeoptryxE.
 698      *
 699      */
 700     boolean isUseTabbedDisplay() {
 701         return _use_tabbed_display;
 702     }
 703
 704     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 705         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 706     }
 707
 708     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 709         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 710         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 711             return true;
 712         }
 713         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 714             return false;
 715         }
 716         else {
 717             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 718             return false;
 719         }
 720     }
 721
 722     private double parseDouble( final String str ) {
 723         double d = 0.0;
 724         try {
 725             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 726         }
 727         catch ( final Exception e ) {
 728             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 729             d = 0.0;
 730         }
 731         return d;
 732     }
 733
 734     private float parseFloat( final String str ) {
 735         float f = 0.0f;
 736         try {
 737             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 738         }
 739         catch ( final Exception e ) {
 740             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 741             f = 0.0f;
 742         }
 743         return f;
 744     }
 745
 746     private int parseInt( final String str ) {
 747         int i = -1;
 748         try {
 749             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 750         }
 751         catch ( final Exception e ) {
 752             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 753             i = -1;
 754         }
 755         return i;
 756     }
 757
 758     private short parseShort( final String str ) {
 759         short i = -1;
 760         try {
 761             i = Short.parseShort( str.trim() );
 762         }
 763         catch ( final Exception e ) {
 764             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 765             i = -1;
 766         }
 767         return i;
 768     }
 769
 770     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 771         setBaseFontFamilyName( "" );
 772         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 773         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 774         for( String font : fonts ) {
 775             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 776             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 777                 setBaseFontFamilyName( font );
 778                 break;
 779             }
 780         }
 781     }
 782
 783     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 784         getDisplayColors().put( key, color );
 785     }
 786
 787     /**
 788      * read each line of config file, process non-comment lines
 789      * @throws IOException
 790      */
 791     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 792         String line;
 793         do {
 794             line = conf_in.readLine();
 795             if ( line != null ) {
 796                 line = line.trim();
 797                 // skip comments and blank lines
 798                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 799                     // convert runs of spaces to tabs
 800                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 801                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 802                     setKeyValue( st );
 803                 }
 804             }
 805         } while ( line != null );
 806     }
 807
 808     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 809         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 810     }
 811
 812     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 813         _antialias_screen = antialias_screen;
 814     }
 815
 816     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 817         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 818     }
 819
 820     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 821         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 822     }
 823
 824     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 825         _base_font_size = base_font_size;
 826     }
 827
 828     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 829         _cladogram_type = cladogram_type;
 830     }
 831
 832     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 833         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 834     }
 835
 836     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 837         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 838     }
 839
 840     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 841         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 842     }
 843
 844     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
 845         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
 846     }
 847
 848     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
 849         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
 850     }
 851
 852     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
 853         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
 854     }
 855
 856     public File getPathToLocalClustalOmega() {
 857         return _path_to_local_clustalo;
 858     }
 859
 860     public void setPathToLocalClustalOmega( final File path_to_local_clustalo ) {
 861         _path_to_local_clustalo = path_to_local_clustalo;
 862     }
 863
 864     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 865         _default_node_fill = default_node_fill;
 866     }
 867
 868     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 869         _default_node_shape = default_node_shape;
 870     }
 871
 872     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 873         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 874     }
 875
 876     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 877         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 878     }
 879
 880     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 881         _display_colors = display_colors;
 882     }
 883
 884     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 885         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 886     }
 887
 888     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 889         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 890     }
 891
 892     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 893         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 894     }
 895
 896     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 897         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 898     }
 899
 900     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 901         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 902     }
 903
 904     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 905         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 906     }
 907
 908     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 909         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 910     }
 911
 912     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 913         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 914     }
 915
 916     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 917         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 918     }
 919
 920     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 921         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 922     }
 923
 924     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 925         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 926     }
 927
 928     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 929         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 930     }
 931
 932     private void setEditable( final boolean editable ) {
 933         _editable = editable;
 934     }
 935
 936     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 937         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 938     }
 939
 940     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 941         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 942     }
 943
 944     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 945         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 946     }
 947
 948     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 949         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 950     }
 951
 952     /**
 953      * Set a key-value(s) tuple
 954      */
 955     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 956         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
 957         if ( !st.hasMoreElements() ) {
 958             return;
 959         }
 960         // Handle single value settings first:
 961         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 962             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 963             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 964             if ( default_clickto == -1 ) {
 965                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 966                         + "] for [default_click_to]" );
 967                 default_clickto = 0;
 968             }
 969             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 970                 // Deprecated.
 971             }
 972         }
 973         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 974             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 975             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 976                 _ui = UI.NATIVE;
 977             }
 978             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 979                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 980             }
 981             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 982                 _ui = UI.UNKNOWN;
 983             }
 984             else {
 985                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 986                         + "]" );
 987                 _ui = UI.UNKNOWN;
 988             }
 989         }
 990         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 991             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 992         }
 993         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 994             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 995         }
 996         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 997             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 998             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 999                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1000             }
1001             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1002                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1003             }
1004             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1005                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1006             }
1007             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1008                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1009             }
1010             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1011                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1012             }
1013             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1014                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1015             }
1016             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1017                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1018             }
1019             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1020                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1021             }
1022             else {
1023                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1024                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1025                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1026             }
1027         }
1028         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1029             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1030             final double d = parseDouble( mcv_str );
1031             setMinConfidenceValue( d );
1032         }
1033         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1034             processFontFamily( st );
1035         }
1036         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1037             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1038             final int i = parseInt( size_str );
1039             if ( i > 0 ) {
1040                 setBaseFontSize( i );
1041             }
1042         }
1043         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1044             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1045             final int i = parseInt( str );
1046             if ( i > 0 ) {
1047                 setGraphicsExportX( i );
1048             }
1049         }
1050         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1051             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1052             final int i = parseInt( str );
1053             if ( i > 0 ) {
1054                 setGraphicsExportY( i );
1055             }
1056         }
1057         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1058             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1059             final float f = parseFloat( str );
1060             if ( f > 0 ) {
1061                 setPrintLineWidth( f );
1062             }
1063             else {
1064                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1065                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1066             }
1067         }
1068         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1069             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1070             final int i = parseInt( str );
1071             if ( i > 0 ) {
1072                 setFrameXSize( i );
1073             }
1074         }
1075         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1076             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1077             final int i = parseInt( str );
1078             if ( i > 0 ) {
1079                 setFrameYSize( i );
1080             }
1081         }
1082         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1083             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1084             final int i = parseInt( str );
1085             if ( i >= 0 ) {
1086                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1087             }
1088             else {
1089                 ForesterUtil
1090                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1091                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1092             }
1093         }
1094         else if ( key.equals( "clustalo_local" ) ) {
1095             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1096             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1097                 setPathToLocalClustalOmega( new File( str ) );
1098             }
1099         }
1100         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1101             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1102             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1103                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1104             }
1105         }
1106         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1107             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1108             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1109                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1110             }
1111         }
1112         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1113             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1114             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1115                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1116             }
1117         }
1118         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1119             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1120         }
1121         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1122             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1123         }
1124         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1125             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1126         }
1127         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1128             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1129         }
1130         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1131             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1132         }
1133         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1134             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1135         }
1136         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1137             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1138         }
1139         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1140             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1141             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1142                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1143             }
1144             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1145                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1146             }
1147             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1148                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1149             }
1150             else {
1151                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1152                         + "] for [cladogram_type]" );
1153             }
1154         }
1155         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1156             ForesterUtil
1157                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1158                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1159         }
1160         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1161             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1162         }
1163         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1164             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1165         }
1166         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1167             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1168             setOvMaxWidth( i );
1169         }
1170         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1171             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1172             setOvMaxHeight( i );
1173         }
1174         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1175             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1176             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1177                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1178             }
1179             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1180                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1181             }
1182             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1183                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1184             }
1185             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1186                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1187             }
1188             else {
1189                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1190                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1191                         + "] for [overview_placement_type]" );
1192             }
1193         }
1194         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1195             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1196             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1197                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1198             }
1199             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1200                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1201             }
1202             else {
1203                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1204                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1205                         + "] for [node_label_direction]" );
1206             }
1207         }
1208         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1209             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1210             if ( i >= 0 ) {
1211                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1212             }
1213             else {
1214                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1215                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1216             }
1217         }
1218         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1219             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1220             if ( i >= 0 ) {
1221                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1222             }
1223             else {
1224                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1225                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1226             }
1227         }
1228         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1229             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1230         }
1231         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1232             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1233         }
1234         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1235             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1236             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1237                 ForesterUtil
1238                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1239                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1240             }
1241             else {
1242                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1243             }
1244         }
1245         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1246             final String s = ( String ) st.nextElement();
1247             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1248                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1249             }
1250             else if ( s.equalsIgnoreCase( "yes" ) ) {
1251                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
1252             }
1253             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam" ) ) {
1254                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
1255             }
1256             else {
1257                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1258                                                   "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": " + s );
1259             }
1260             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1261                 ForesterUtil
1262                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1263                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1264             }
1265         }
1266         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1267             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1268         }
1269         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1270             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1271         }
1272         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1273             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1274         }
1275         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1276             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1277         }
1278         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1279             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1280         }
1281         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1282             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1283         }
1284         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1285             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1286         }
1287         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1288             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1289         }
1290         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1291             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1292         }
1293         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1294             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1295         }
1296         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1297             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1298         }
1299         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1300             ForesterUtil
1301                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1302                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1303             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1304             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1305             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1306         }
1307         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1308             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1309         }
1310         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1311             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1312         }
1313         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1314             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1315             setDefaultNodeShapeSize( i );
1316         }
1317         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1318             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1319             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1320                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1321             }
1322             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1323                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1324             }
1325             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1326                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1327             }
1328             else {
1329                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1330                         + "] for [default_node_fill]" );
1331             }
1332         }
1333         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1334             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1335             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1336                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1337             }
1338             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1339                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1340             }
1341             else {
1342                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1343                         + "] for [default_node_shape]" );
1344             }
1345         }
1346         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1347             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1348         }
1349         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1350             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1351             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1352                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1353             }
1354             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1355                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1356             }
1357             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1358                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1359             }
1360             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1361                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1362             }
1363             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1364                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1365             }
1366             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1367                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1368             }
1369             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1370                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1371             }
1372             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1373                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1374             }
1375             else {
1376                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1377                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1378             }
1379         }
1380         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1381             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1382             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1383                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1384                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1385             }
1386             else {
1387                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1388             }
1389         }
1390         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1391             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1392             if ( s.equals( "console" ) ) {
1393                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1394             }
1395             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1396                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1397             }
1398             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1399                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1400             }
1401             else {
1402                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1403                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1404             }
1405         }
1406         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1407             // yet retrieved!
1408             int key_index = -1;
1409             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1410                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1411                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1412                     ForesterUtil
1413                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1414                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1415                 }
1416             }
1417             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1418                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1419             }
1420             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1421                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1422             }
1423             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1424                 key_index = Configuration.show_node_names;
1425             }
1426             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1427                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1428                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1429                     ForesterUtil
1430                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1431                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1432                 }
1433             }
1434             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1435                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1436                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1437                 key_index = DEPRECATED;
1438             }
1439             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1440                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1441                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1442                     ForesterUtil
1443                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1444                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1445                 }
1446             }
1447             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1448                 key_index = Configuration.write_events;
1449                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1450                     ForesterUtil
1451                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1452                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1453                 }
1454             }
1455             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1456                 key_index = Configuration.color_branches;
1457             }
1458             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1459                 key_index = Configuration.width_branches;
1460             }
1461             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1462                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1463                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1464             }
1465             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1466                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1467                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1468             }
1469             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1470                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1471                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1472             }
1473             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1474                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1475                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1476                 key_index = DEPRECATED;
1477             }
1478             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1479                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1480             }
1481             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1482                 key_index = Configuration.show_annotation;
1483             }
1484             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1485                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1486             }
1487             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1488                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1489             }
1490             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1491                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1492             }
1493             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1494                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1495             }
1496             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1497                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1498             }
1499             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1500                 ForesterUtil
1501                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1502                 key_index = DEPRECATED;
1503             }
1504             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1505                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1506             }
1507             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1508                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1509             }
1510             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1511                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1512                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1513                 key_index = DEPRECATED;
1514             }
1515             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1516                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1517             }
1518             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1519                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1520             }
1521             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1522                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1523             }
1524             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1525                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1526             }
1527             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1528                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1529             }
1530             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1531                 key_index = Configuration.show_properties;
1532             }
1533             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1534                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1535             }
1536             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1537                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1538             }
1539             // If we've found the key, set the values
1540             if ( key_index >= 0 ) {
1541                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1542                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1543                 // otherwise, keep looking
1544             }
1545             else {
1546                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1547                     // Deprecated.
1548                 }
1549                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1550                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1551                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1552                     if ( key_index >= 0 ) {
1553                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1554                     }
1555                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1556                         // Deprecated.
1557                     }
1558                     else {
1559                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1560                                 + click_to_name );
1561                     }
1562                 }
1563                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1564                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1565                 }
1566                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1567                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1568                 }
1569                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1570                     getAnnotationColors()
1571                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1572                 }
1573                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1574                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1575                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1576                 }
1577                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1578                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1579                 }
1580                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1581                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1582                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1583                                        ( String ) st.nextElement(),
1584                                        ( String ) st.nextElement() );
1585                     }
1586                     else {
1587                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1588                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1589                     }
1590                 }
1591                 else {
1592                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1593                             + "] in: " + config_filename );
1594                 }
1595             }
1596         }
1597         else {
1598             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1599                     + config_filename );
1600         }
1601     }
1602
1603     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1604         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1605     }
1606
1607     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
1608         return _label_for_get_ext_descendents_data;
1609     }
1610
1611     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1612         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1613     }
1614
1615     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1616         _node_label_direction = node_label_direction;
1617     }
1618
1619     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1620         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1621     }
1622
1623     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1624         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1625     }
1626
1627     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1628         _ov_max_height = ov_max_height;
1629     }
1630
1631     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1632         _ov_max_width = ov_max_width;
1633     }
1634
1635     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1636         _ov_placement = ov_placement;
1637     }
1638
1639     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1640         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1641     }
1642
1643     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1644         _print_line_width = print_line_width;
1645     }
1646
1647     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1648         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1649     }
1650
1651     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1652         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1653     }
1654
1655     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
1656         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
1657     }
1658
1659     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
1660         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
1661     }
1662
1663     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1664         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1665     }
1666
1667     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1668         _show_overview = show_overview;
1669     }
1670
1671     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1672         _show_scale = show_scale;
1673     }
1674
1675     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
1676         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1677     }
1678
1679     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1680         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1681     }
1682
1683     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
1684         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1685     }
1686
1687     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1688         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1689     }
1690
1691     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1692         _weblinks = weblinks;
1693     }
1694
1695     static String getDefaultFontFamilyName() {
1696         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1697     }
1698
1699     static enum TRIPLET {
1700         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1701     }
1702
1703     public enum UI {
1704         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1705     }
1706
1707     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
1708         return _ext_desc_data_to_return;
1709     }
1710
1711     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
1712         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
1713     }
1714
1715     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
1716         return _ext_node_data_return_on;
1717     }
1718
1719     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1720         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1721     }
1722
1723     public int getFrameXSize() {
1724         return _frame_x_size;
1725     }
1726
1727     public int getFrameYSize() {
1728         return _frame_y_size;
1729     }
1730
1731     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
1732         _frame_x_size = frame_x_size;
1733     }
1734
1735     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
1736         _frame_y_size = frame_y_size;
1737     }
1738 }