forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  59             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  60             { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  61             { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  62             { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  63             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  64             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  65             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  66             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  67     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  68     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  69     final static int                        reroot                                                 = 2;
  70     final static int                        subtree                                                = 3;
  71     final static int                        swap                                                   = 4;
  72     final static int                        color_node_font                                        = 5;
  73     final static int                        change_node_font                                       = 6;
  74     final static int                        color_subtree                                          = 7;
  75     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
  76     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
  77     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
  78     final static int                        blast                                                  = 11;
  79     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
  80     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
  81     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
  82     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
  83     final static int                        add_new_node                                           = 16;
  84     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
  85     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
  86     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
  87     final static int                        select_nodes                                           = 20;
  88     // ------------------
  89     // Click-to options
  90     // ------------------
  91     final static String                     display_options[][]                                    = {
  92             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
  93             { "Seq Annotations", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
  94             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
  95             { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" }, { "Branch Widths", "display", "no" },
  96             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Protein Domains", "nodisplay", "no" },
  97             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
  98             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
  99             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 100             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 101             { "Colorize by Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 102             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 103             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 104             { "Properties", "nodisplay", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" }                };
 105     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 106     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 107     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 108     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 109     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 110     final static int                        write_events                                           = 5;
 111     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 112     final static int                        use_style                                              = 7;
 113     final static int                        width_branches                                         = 8;
 114     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 115     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 116     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 117     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 118     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 119     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 120     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 121     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 122     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 123     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 124     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 125     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 126     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 127     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 128     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 129     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 130     final static int                        show_properties                                        = 25;
 131     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 132     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 133     // ----------------
 134     // Function colors
 135     // ----------------
 136     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 137     // ----------------
 138     // Domain colors
 139     // ----------------
 140     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 141     // ----------------
 142     // Species colors
 143     // ----------------
 144     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 145     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 146     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 147     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 148     // ---------------------------
 149     // Display options for trees
 150     // ---------------------------
 151     // ---------------------------------
 152     // Pertaining to the config itself
 153     // ---------------------------------
 154     // Full path to config (may be URL)
 155     String                                  config_filename;
 156     // This option is selected in the dropdown
 157     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 158     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 159     // --------------
 160     // Color set
 161     // --------------
 162     TreeColorSet                            tree_color_set;
 163     // -------
 164     // Fonts
 165     // -------
 166     TreeFontSet                             tree_font_set;
 167     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 168     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 169     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 170     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 171     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 172     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 173     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 174     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 175     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 176     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 177     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 178     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 179     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 180     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 181     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 182     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 183     private boolean                         _editable                                              = true;
 184     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 185     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 186     private int                             _frame_x_size;
 187     private int                             _frame_y_size;
 188     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 189     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 190     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 191     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 192     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 193     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 194     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 195     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 196     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 197     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 198     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 199     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 200     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 201     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 202     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 203     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 204     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 205     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 206     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 207     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 208     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 209     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 210     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 211     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 212     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 213     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 214     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 215     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 216     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 217     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 218     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
 219     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 220     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 221     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 222     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 223     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 224     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 225     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 226     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 227     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 228     static {
 229         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 230             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 231                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 232                 break;
 233             }
 234         }
 235         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 236             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 237         }
 238     }
 239
 240     public Configuration() {
 241         this( null, false, false, false );
 242     }
 243
 244     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 245         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 246             config_filename = default_config_filename;
 247         }
 248         else {
 249             config_filename = cf;
 250         }
 251         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 252         config_filename = config_filename.trim();
 253         URL u = null;
 254         if ( is_url ) {
 255             // If URL, open accordingly
 256             try {
 257                 u = new URL( config_filename );
 258                 try {
 259                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 260                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 261                     readConfig( bf );
 262                     bf.close();
 263                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 264                             + config_filename + "]" );
 265                 }
 266                 catch ( final Exception e ) {
 267                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 268                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 269                 }
 270             }
 271             catch ( final Exception e ) {
 272                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 273                         + config_filename + "]" );
 274             }
 275         }
 276         else {
 277             // Otherwise, open as a file
 278             File f = new File( config_filename );
 279             if ( !f.exists() ) {
 280                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 281             }
 282             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 283                 try {
 284                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 285                     readConfig( bf );
 286                     bf.close();
 287                 }
 288                 catch ( final Exception e ) {
 289                     if ( verbose ) {
 290                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 291                                 + config_filename + "]: " + e );
 292                     }
 293                 }
 294             }
 295             else {
 296                 if ( verbose ) {
 297                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 298                             + config_filename + "]" );
 299                 }
 300             }
 301         }
 302     }
 303
 304     public String getBaseFontFamilyName() {
 305         return _base_font_family_name;
 306     }
 307
 308     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 309         return _default_bootstrap_samples;
 310     }
 311
 312     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 313         return _default_node_fill;
 314     }
 315
 316     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 317         return _default_node_shape;
 318     }
 319
 320     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 321         return _default_node_shape_size;
 322     }
 323
 324     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 325         return _domain_structure_base_color;
 326     }
 327
 328     public Color getDomainStructureFontColor() {
 329         return _domain_structure_font_color;
 330     }
 331
 332     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 333         return _ext_desc_data_to_return;
 334     }
 335
 336     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 337         return _ext_node_data_return_on;
 338     }
 339
 340     public int getFrameXSize() {
 341         return _frame_x_size;
 342     }
 343
 344     public int getFrameYSize() {
 345         return _frame_y_size;
 346     }
 347
 348     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 349         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 350     }
 351
 352     public File getPathToLocalFastme() {
 353         return _path_to_local_fastme;
 354     }
 355
 356     public File getpathToLocalMafft() {
 357         return _path_to_local_mafft;
 358     }
 359
 360     public File getPathToLocalRaxml() {
 361         return _path_to_local_raxml;
 362     }
 363
 364     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 365         return _abbreviate_scientific_names;
 366     }
 367
 368     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 369         return _background_color_gradient;
 370     }
 371
 372     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 373         return false;
 374     }
 375
 376     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 377         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 378     }
 379
 380     public boolean isMidpointReroot() {
 381         return _midpoint_root;
 382     }
 383
 384     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 385         return _show_annotation_ref_source;
 386     }
 387
 388     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 389         return _show_default_node_shapes_external;
 390     }
 391
 392     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 393         return _show_default_node_shapes_internal;
 394     }
 395
 396     public boolean isShowDomainLabels() {
 397         return _show_domain_labels;
 398     }
 399
 400     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 401         getDisplayColors().put( key, color );
 402     }
 403
 404     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 405         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 406     }
 407
 408     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 409         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 410     }
 411
 412     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 413         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 414     }
 415
 416     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 417         _base_font_size = base_font_size;
 418     }
 419
 420     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 421         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 422     }
 423
 424     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 425         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 426     }
 427
 428     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 429         _default_node_fill = default_node_fill;
 430     }
 431
 432     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 433         _default_node_shape = default_node_shape;
 434     }
 435
 436     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 437         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 438     }
 439
 440     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 441         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 442     }
 443
 444     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 445         _display_colors = display_colors;
 446     }
 447
 448     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 449         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 450     }
 451
 452     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 453         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 454     }
 455
 456     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 457         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 458     }
 459
 460     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 461         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 462     }
 463
 464     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 465         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 466     }
 467
 468     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 469         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 470     }
 471
 472     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 473         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 474     }
 475
 476     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 477         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 478     }
 479
 480     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 481         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 482     }
 483
 484     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 485         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 486     }
 487
 488     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 489         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 490     }
 491
 492     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 493         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 494     }
 495
 496     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 497         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 498     }
 499
 500     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 501         _frame_x_size = frame_x_size;
 502     }
 503
 504     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 505         _frame_y_size = frame_y_size;
 506     }
 507
 508     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 509         _midpoint_root = midpoint_root;
 510     }
 511
 512     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 513         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 514     }
 515
 516     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 517         _node_label_direction = node_label_direction;
 518     }
 519
 520     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 521         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 522     }
 523
 524     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 525         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 526     }
 527
 528     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 529         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 530     }
 531
 532     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 533         _print_line_width = print_line_width;
 534     }
 535
 536     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 537         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 538     }
 539
 540     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 541         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 542     }
 543
 544     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 545         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 546     }
 547
 548     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 549         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 550     }
 551
 552     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 553         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 554     }
 555
 556     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 557         _show_scale = show_scale;
 558     }
 559
 560     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 561         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 562     }
 563
 564     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 565         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 566     }
 567
 568     boolean displaySequenceRelations() {
 569         return _display_sequence_relations;
 570     }
 571
 572     boolean doCheckOption( final int which ) {
 573         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 574                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 575     }
 576
 577     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 578         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 579     }
 580
 581     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 582         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 583     }
 584
 585     /**
 586      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 587      * this or not (e.g. phylogram)
 588      *
 589      */
 590     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 591         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 592     }
 593
 594     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 595         if ( _annotation_colors == null ) {
 596             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 597         }
 598         return _annotation_colors;
 599     }
 600
 601     int getBaseFontSize() {
 602         return _base_font_size;
 603     }
 604
 605     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 606         return _cladogram_type;
 607     }
 608
 609     int getClickToOptionsCount() {
 610         return clickto_options.length;
 611     }
 612
 613     String getClickToTitle( final int which ) {
 614         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 615     }
 616
 617     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 618         return default_clickto;
 619     }
 620
 621     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 622         return _display_colors;
 623     }
 624
 625     String getDisplayTitle( final int which ) {
 626         return display_options[ which ][ 0 ];
 627     }
 628
 629     Map<String, Color> getDomainColors() {
 630         if ( _domain_colors == null ) {
 631             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 632         }
 633         return _domain_colors;
 634     }
 635
 636     int getGraphicsExportX() {
 637         return _graphics_export_x;
 638     }
 639
 640     int getGraphicsExportY() {
 641         return _graphics_export_y;
 642     }
 643
 644     Color getGuiBackgroundColor() {
 645         return _gui_background_color;
 646     }
 647
 648     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 649         return _gui_button_background_color;
 650     }
 651
 652     Color getGuiButtonBorderColor() {
 653         return _gui_button_border_color;
 654     }
 655
 656     Color getGuiButtonTextColor() {
 657         return _gui_button_text_color;
 658     }
 659
 660     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 661         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 662     }
 663
 664     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 665         return _gui_checkbox_text_color;
 666     }
 667
 668     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 669         return _gui_menu_background_color;
 670     }
 671
 672     Color getGuiMenuTextColor() {
 673         return _gui_menu_text_color;
 674     }
 675
 676     int getMaxBaseFontSize() {
 677         return _max_base_font_size;
 678     }
 679
 680     int getMinBaseFontSize() {
 681         return _min_base_font_size;
 682     }
 683
 684     double getMinConfidenceValue() {
 685         return _min_confidence_value;
 686     }
 687
 688     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 689         return _node_label_direction;
 690     }
 691
 692     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 693         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 694     }
 695
 696     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 697         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 698     }
 699
 700     short getOvMaxHeight() {
 701         return _ov_max_height;
 702     }
 703
 704     short getOvMaxWidth() {
 705         return _ov_max_width;
 706     }
 707
 708     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 709         return _ov_placement;
 710     }
 711
 712     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 713         return _phylogeny_graphics_type;
 714     }
 715
 716     float getPrintLineWidth() {
 717         return _print_line_width;
 718     }
 719
 720     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 721         if ( _species_colors == null ) {
 722             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 723         }
 724         return _species_colors;
 725     }
 726
 727     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 728         return _taxonomy_extraction;
 729     }
 730
 731     boolean isAntialiasScreen() {
 732         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 733             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 734             return false;
 735         }
 736         return _antialias_screen;
 737     }
 738
 739     /**
 740      * Convenience method.
 741      *
 742      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 743      */
 744     boolean isDrawAsPhylogram() {
 745         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 746     }
 747
 748     boolean isEditable() {
 749         return _editable;
 750     }
 751
 752     /**
 753      * Only used by ArchaeoptryxE.
 754      *
 755      */
 756     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 757         return _hide_controls_and_menus;
 758     }
 759
 760     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 761         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 762     }
 763
 764     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 765         return _nh_parsing_replace_underscores;
 766     }
 767
 768     boolean isShowBranchLengthValues() {
 769         return _show_branch_length_values;
 770     }
 771
 772     boolean isShowOverview() {
 773         return _show_overview;
 774     }
 775
 776     boolean isShowScale() {
 777         return _show_scale;
 778     }
 779
 780     final boolean isUseNativeUI() {
 781         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 782             _ui = UI.NATIVE;
 783         }
 784         return _ui == UI.NATIVE;
 785     }
 786
 787     /**
 788      * Only used by ArchaeoptryxE.
 789      *
 790      */
 791     boolean isUseTabbedDisplay() {
 792         return _use_tabbed_display;
 793     }
 794
 795     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 796         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 797     }
 798
 799     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 800         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 801     }
 802
 803     private int getClickToIndex( final String name ) {
 804         int index = -1;
 805         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 806             index = Configuration.display_node_data;
 807             ForesterUtil
 808                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 809                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 810         }
 811         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 812             index = Configuration.display_node_data;
 813         }
 814         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 815             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 816         }
 817         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 818             index = Configuration.reroot;
 819         }
 820         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 821             index = Configuration.subtree;
 822         }
 823         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 824             index = Configuration.swap;
 825         }
 826         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 827             index = Configuration.sort_descendents;
 828         }
 829         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 830             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 831         }
 832         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 833             ForesterUtil
 834                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 835             return DEPRECATED;
 836         }
 837         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 838             index = Configuration.open_seq_web;
 839         }
 840         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 841             index = Configuration.open_pdb_web;
 842         }
 843         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 844             index = Configuration.open_tax_web;
 845         }
 846         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 847             index = Configuration.blast;
 848         }
 849         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 850             index = Configuration.cut_subtree;
 851         }
 852         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 853             index = Configuration.copy_subtree;
 854         }
 855         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 856             index = Configuration.paste_subtree;
 857         }
 858         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 859             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 860         }
 861         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 862             index = Configuration.add_new_node;
 863         }
 864         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 865             index = Configuration.edit_node_data;
 866         }
 867         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 868             index = Configuration.select_nodes;
 869         }
 870         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 871             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 872                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 873             return DEPRECATED;
 874         }
 875         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 876             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 877             return DEPRECATED;
 878         }
 879         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 880             index = Configuration.color_subtree;
 881         }
 882         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 883             index = Configuration.change_node_font;
 884         }
 885         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 886             index = Configuration.color_node_font;
 887         }
 888         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 889             index = Configuration.color_subtree;
 890         }
 891         return index;
 892     }
 893
 894     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 895         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 896         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 897             return true;
 898         }
 899         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 900             return false;
 901         }
 902         else {
 903             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 904             return false;
 905         }
 906     }
 907
 908     private double parseDouble( final String str ) {
 909         double d = 0.0;
 910         try {
 911             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 912         }
 913         catch ( final Exception e ) {
 914             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 915             d = 0.0;
 916         }
 917         return d;
 918     }
 919
 920     private float parseFloat( final String str ) {
 921         float f = 0.0f;
 922         try {
 923             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 924         }
 925         catch ( final Exception e ) {
 926             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 927             f = 0.0f;
 928         }
 929         return f;
 930     }
 931
 932     private int parseInt( final String str ) {
 933         int i = -1;
 934         try {
 935             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 936         }
 937         catch ( final Exception e ) {
 938             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 939             i = -1;
 940         }
 941         return i;
 942     }
 943
 944     private short parseShort( final String str ) {
 945         short i = -1;
 946         try {
 947             i = Short.parseShort( str.trim() );
 948         }
 949         catch ( final Exception e ) {
 950             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 951             i = -1;
 952         }
 953         return i;
 954     }
 955
 956     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 957         setBaseFontFamilyName( "" );
 958         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 959         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 960         for( String font : fonts ) {
 961             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 962             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 963                 setBaseFontFamilyName( font );
 964                 break;
 965             }
 966         }
 967     }
 968
 969     /**
 970      * read each line of config file, process non-comment lines
 971      * @throws IOException
 972      */
 973     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 974         String line;
 975         do {
 976             line = conf_in.readLine();
 977             if ( line != null ) {
 978                 line = line.trim();
 979                 // skip comments and blank lines
 980                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 981                     // convert runs of spaces to tabs
 982                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 983                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 984                     setKeyValue( st );
 985                 }
 986             }
 987         } while ( line != null );
 988     }
 989
 990     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 991         _antialias_screen = antialias_screen;
 992     }
 993
 994     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 995         _cladogram_type = cladogram_type;
 996     }
 997
 998     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 999         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
1000     }
1001
1002     private void setEditable( final boolean editable ) {
1003         _editable = editable;
1004     }
1005
1006     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1007         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1008     }
1009
1010     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1011         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1012     }
1013
1014     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1015         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1016     }
1017
1018     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1019         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1020     }
1021
1022     /**
1023      * Set a key-value(s) tuple
1024      */
1025     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1026         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1027         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1028             return;
1029         }
1030         // Handle single value settings first:
1031         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1032             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1033             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1034             if ( default_clickto == -1 ) {
1035                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1036                         + "] for [default_click_to]" );
1037                 default_clickto = 0;
1038             }
1039             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1040                 // Deprecated.
1041             }
1042         }
1043         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1044             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1045             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1046                 _ui = UI.NATIVE;
1047             }
1048             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1049                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1050             }
1051             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1052                 _ui = UI.UNKNOWN;
1053             }
1054             else {
1055                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1056                         + "]" );
1057                 _ui = UI.UNKNOWN;
1058             }
1059         }
1060         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1061             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1062         }
1063         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1064             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1065         }
1066         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1067             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1068             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1069                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1070             }
1071             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1072                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1073             }
1074             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1075                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1076             }
1077             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1078                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1079             }
1080             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1081                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1082             }
1083             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1084                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1085             }
1086             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1087                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1088             }
1089             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1090                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1091             }
1092             else {
1093                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1094                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1095                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1096             }
1097         }
1098         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1099             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1100             final double d = parseDouble( mcv_str );
1101             setMinConfidenceValue( d );
1102         }
1103         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1104             processFontFamily( st );
1105         }
1106         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1107             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1108             final int i = parseInt( size_str );
1109             if ( i > 0 ) {
1110                 setBaseFontSize( i );
1111             }
1112         }
1113         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1114             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1115             final int i = parseInt( size_str );
1116             if ( i > 0 ) {
1117                 setMinBaseFontSize( i );
1118             }
1119         }
1120         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1121             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1122             final int i = parseInt( size_str );
1123             if ( i > 1 ) {
1124                 setMaxBaseFontSize( i );
1125             }
1126         }
1127         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1128             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1129             final int i = parseInt( str );
1130             if ( i > 0 ) {
1131                 setGraphicsExportX( i );
1132             }
1133         }
1134         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1135             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1136             final int i = parseInt( str );
1137             if ( i > 0 ) {
1138                 setGraphicsExportY( i );
1139             }
1140         }
1141         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1142             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1143             final float f = parseFloat( str );
1144             if ( f > 0 ) {
1145                 setPrintLineWidth( f );
1146             }
1147             else {
1148                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1149                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1150             }
1151         }
1152         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1153             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1154             final int i = parseInt( str );
1155             if ( i > 0 ) {
1156                 setFrameXSize( i );
1157             }
1158         }
1159         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1160             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1161             final int i = parseInt( str );
1162             if ( i > 0 ) {
1163                 setFrameYSize( i );
1164             }
1165         }
1166         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1167             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1168             final int i = parseInt( str );
1169             if ( i >= 0 ) {
1170                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1171             }
1172             else {
1173                 ForesterUtil
1174                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1175                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1176             }
1177         }
1178         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1179             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1180             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1181                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1182             }
1183         }
1184         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1185             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1186             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1187                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1188             }
1189         }
1190         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1191             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1192             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1193                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1194             }
1195         }
1196         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1197             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1198         }
1199         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1200             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1201         }
1202         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1203             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1204         }
1205         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1206             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1207         }
1208         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1209             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1210         }
1211         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1212             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1213         }
1214         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1215             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1216         }
1217         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1218             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1219         }
1220         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1221             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1222             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1223                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1224             }
1225             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1226                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1227             }
1228             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1229                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1230             }
1231             else {
1232                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1233                         + "] for [cladogram_type]" );
1234             }
1235         }
1236         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1237             ForesterUtil
1238                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1239                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1240         }
1241         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1242             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1243         }
1244         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1245             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1246         }
1247         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1248             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1249             setOvMaxWidth( i );
1250         }
1251         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1252             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1253             setOvMaxHeight( i );
1254         }
1255         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1256             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1257             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1258                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1259             }
1260             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1261                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1262             }
1263             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1264                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1265             }
1266             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1267                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1268             }
1269             else {
1270                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1271                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1272                         + "] for [overview_placement_type]" );
1273             }
1274         }
1275         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1276             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1277             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1278                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1279             }
1280             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1281                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1282             }
1283             else {
1284                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1285                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1286                         + "] for [node_label_direction]" );
1287             }
1288         }
1289         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1290             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1291             if ( i >= 0 ) {
1292                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1293             }
1294             else {
1295                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1296                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1297             }
1298         }
1299         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1300             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1301             if ( i >= 0 ) {
1302                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1303             }
1304             else {
1305                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1306                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1307             }
1308         }
1309         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1310             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1311         }
1312         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1313             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1314         }
1315         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1316             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1317             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1318                 ForesterUtil
1319                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1320                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1321             }
1322             else {
1323                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1324             }
1325         }
1326         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1327             final String s = ( String ) st.nextElement();
1328             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1329                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1330             }
1331             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1332                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1333             }
1334             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1335                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1336             }
1337             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1338                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1339             }
1340             else {
1341                 ForesterUtil
1342                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1343                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1344                                                       + s
1345                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1346             }
1347             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1348                 ForesterUtil
1349                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1350                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1351             }
1352         }
1353         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1354             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1355         }
1356         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1357             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1358         }
1359         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1360             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1361         }
1362         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1363             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1364         }
1365         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1366             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1367         }
1368         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1369             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1370         }
1371         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1372             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1373         }
1374         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1375             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1376         }
1377         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1378             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1379         }
1380         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1381             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1382         }
1383         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1384             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1385         }
1386         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1387             ForesterUtil
1388                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1389                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1390             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1391             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1392             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1393         }
1394         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1395             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1396         }
1397         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1398             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1399         }
1400         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1401             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1402             setDefaultNodeShapeSize( i );
1403         }
1404         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1405             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1406             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1407                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1408             }
1409             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1410                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1411             }
1412             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1413                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1414             }
1415             else {
1416                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1417                         + "] for [default_node_fill]" );
1418             }
1419         }
1420         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1421             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1422             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1423                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1424             }
1425             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1426                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1427             }
1428             else {
1429                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1430                         + "] for [default_node_shape]" );
1431             }
1432         }
1433         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1434             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1435         }
1436         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1437             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1438             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1439                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1440             }
1441             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1442                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1443             }
1444             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1445                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1446             }
1447             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1448                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1449             }
1450             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1451                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1452             }
1453             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1454                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1455             }
1456             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1457                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1458             }
1459             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1460                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1461             }
1462             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1463                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1464             }
1465             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1466                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1467             }
1468             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1469                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1470             }
1471             else {
1472                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1473                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1474             }
1475         }
1476         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1477             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1478             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1479                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1480                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1481             }
1482             else {
1483                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1484             }
1485         }
1486         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1487             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1488             if ( s.equals( "console" ) ) {
1489                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1490             }
1491             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1492                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1493             }
1494             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1495                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1496             }
1497             else {
1498                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1499                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1500             }
1501         }
1502         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1503             // yet retrieved!
1504             int key_index = -1;
1505             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1506                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1507             }
1508             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1509                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1510             }
1511             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1512                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1513             }
1514             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1515                 key_index = Configuration.show_node_names;
1516             }
1517             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1518                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1519             }
1520             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1521                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1522             }
1523             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1524                 key_index = Configuration.write_events;
1525             }
1526             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1527                 key_index = Configuration.use_style;
1528             }
1529             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1530                 key_index = Configuration.width_branches;
1531             }
1532             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1533                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1534             }
1535             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.show_annotation;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1542                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1561             }
1562             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1563                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1564             }
1565             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1566                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1567             }
1568             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1569                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1570             }
1571             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1572                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1573             }
1574             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1575                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1576             }
1577             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1578                 key_index = Configuration.show_properties;
1579             }
1580             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1581                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1585             }
1586             // If we've found the key, set the values
1587             if ( key_index >= 0 ) {
1588                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1589                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1590                 // otherwise, keep looking
1591             }
1592             else {
1593                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1594                     // Deprecated.
1595                 }
1596                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1597                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1598                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1599                     if ( key_index >= 0 ) {
1600                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1601                     }
1602                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1603                         // Deprecated.
1604                     }
1605                     else {
1606                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1607                                 + click_to_name );
1608                     }
1609                 }
1610                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1611                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1612                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1613                 }
1614                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1615                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1616                 }
1617                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1618                     getAnnotationColors()
1619                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1620                 }
1621                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1622                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1623                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1624                 }
1625                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1626                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1627                 }
1628                 else {
1629                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1630                             + "] in: " + config_filename );
1631                 }
1632             }
1633         }
1634         else {
1635             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1636                     + config_filename );
1637         }
1638     }
1639
1640     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1641         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1642     }
1643
1644     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1645         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1646     }
1647
1648     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1649         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1650     }
1651
1652     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1653         _ov_max_height = ov_max_height;
1654     }
1655
1656     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1657         _ov_max_width = ov_max_width;
1658     }
1659
1660     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1661         _ov_placement = ov_placement;
1662     }
1663
1664     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1665         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1666     }
1667
1668     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1669         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1670     }
1671
1672     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1673         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1674     }
1675
1676     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1677         _show_annotation_ref_source = b;
1678     }
1679
1680     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1681         _show_overview = show_overview;
1682     }
1683
1684     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1685         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1686     }
1687
1688     static String getDefaultFontFamilyName() {
1689         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1690     }
1691
1692     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1693         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
1694     }
1695
1696     public enum UI {
1697         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
1698     }
1699
1700     static enum TRIPLET {
1701         FALSE, TRUE, UNKNOWN
1702     }
1703 }