forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeDataField;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  59         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
  60     }
  61
  62     public enum UI {
  63         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
  64     }
  65
  66     static enum TRIPLET {
  67         FALSE, TRUE, UNKNOWN
  68     }
  69     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  70         { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  71         { "Go to Sub/Supertree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  72         { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  73         { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  74         { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  75         { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  76         { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  77         { "List Node Data", "display" }, { "Select Node(s)", "display" } , { "Uncollapse All", "display" },  { "Order Subtree", "display" },                     };
  78     private final static String             DEFAULT_SPECIES_COLORS[][]                             = {
  79         { "BRAFL", "0x00FFFF" }, { "SPHGR", "0x9620F0" }, { "STRPU", "0x9620F0" }, { "CIOIN", "0xFF1CAE" },
  80         { "CIOSA", "0xFF2CAE" }, { "BOVIN", "0x5C3317" }, { "CANFA", "0x8B2323" }, { "HUMAN", "0xFF2400" },
  81         { "PANTR", "0xCC2400" }, { "MOUSE", "0xFF7F00" }, { "RAT", "0xFFEF00" }, { "MONDO", "0xEE9A49" },
  82         { "ORNAN", "0xCD853F" }, { "XENLA", "0x6BAA23" }, { "XENTR", "0x6BAA23" }, { "CHICK", "0xFFC125" },
  83         { "FUGRU", "0x0000FF" }, { "BRARE", "0x0000DD" }, { "DANRE", "0x0000BB" }, { "TETNG", "0x0000AA" },
  84         { "ORYLA", "0x000088" }, { "GASAC", "0x000066" }, { "CAEEL", "0x666699" }, { "CAEBR", "0xB0B0B0" },
  85         { "DROME", "0x663366" }, { "DROPS", "0x996699" }, { "APIME", "0x7A7700" }, { "AEDAE", "0x8C5900" },
  86         { "TRICA", "0x918E00" }, { "NEMVE", "0x0066CC" }, { "HYDVU", "0x3399FF" }, { "LUBBA", "0xF7B5CB" },
  87         { "GEOCY", "0xF5A0BD" }, { "AMPQE", "0x009966" }, { "SUBDO", "0xC790B9" }, { "MONBE", "0xFC0FC0" },
  88         { "DICPU", "0xFFCC33" }, { "DICDI", "0xFFCC00" }, { "ENTHI", "0x5959AB" }, { "ARATH", "0x00FF00" },
  89         { "POPTR", "0x006400" }, { "VITVI", "0x00CD00" }, { "GLYMA", "0x00FF7F" }, { "ORYSA", "0x008B00" },
  90         { "ORYSJ", "0x008C00" }, { "SORBI", "0x00EE76" }, { "SELMO", "0x238E23" }, { "PHYPA", "0x09F911" },
  91         { "OSTLU", "0x7FFF00" }, { "OSTTA", "0x7FFF00" }, { "OSTRC", "0x7FFF00" }, { "MICPU", "0x66CD00" },
  92         { "MIC99", "0x66CD00" }, { "CHLRE", "0xB3EE3A" }, { "VOLCA", "0xC0FF3E" }, { "CHLSP", "0x6B8E23" },
  93         { "CYAME", "0xD02090" }, { "YEAST", "0xAAAAAA" }, { "BACFR", "0xFF0000" }, { "BACTN", "0xFFFF00" },
  94         { "MYXXD", "0x0000FF" }, { "STIAU", "0x00FFFF" }, { "BACOV", "0x8C5900" }, { "BACUN", "0x66CD00" },
  95         { "PORGI", "0x918E00" }                                                               };
  96     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  97     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  98     final static int                        reroot                                                 = 2;
  99     final static int                        subtree                                                = 3;
 100     final static int                        swap                                                   = 4;
 101     final static int                        color_node_font                                        = 5;
 102     final static int                        change_node_font                                       = 6;
 103     final static int                        color_subtree                                          = 7;
 104     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
 105     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
 106     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
 107     final static int                        blast                                                  = 11;
 108     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
 109     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
 110     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
 111     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
 112     final static int                        add_new_node                                           = 16;
 113     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
 114     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
 115     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
 116     final static int                        select_nodes                                           = 20;
 117     final static int                        uncollapse_all                                         = 21;
 118     final static int                        order_subtree                                         = 22;
 119
 120     // ------------------
 121     // Click-to options
 122     // ------------------
 123     final static String                     display_options[][]                                    = {
 124         { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 125         { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 126         { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
 127         { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
 128         { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
 129         { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 130         { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
 131         { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 132         { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 133         { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 134         { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 135         { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 136         { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" },
 137         { "Multiple Seq Alignment", "display", "no" }, { "Branch Length Values", "display", "no" }
 138         , { "Taxonomy Rank", "display", "no" }};
 139     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 140     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 141     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 142     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 143     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 144     final static int                        write_events                                           = 5;
 145     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 146     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 147     final static int                        use_style                                              = 8;
 148     final static int                        width_branches                                         = 9;
 149     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 150     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 151     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 152     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 153     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 154     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 155     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 156     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 157     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 158     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 159     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 160     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 161     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 162     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 163     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 164     final static int                        show_properties                                        = 25;
 165     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 166     final static int                        show_mol_seqs                                          = 27;
 167     final static int                        write_branch_length_values                             = 28;
 168     final static int                        show_tax_rank                                          = 29;
 169
 170     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 171     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 172     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 173     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 174     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 175     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 176     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 177     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 178     // ---------------------------
 179     // Display options for trees
 180     // ---------------------------
 181     // ---------------------------------
 182     // Pertaining to the config itself
 183     // ---------------------------------
 184     // Full path to config (may be URL)
 185     String                                  config_filename;
 186     // This option is selected in the dropdown
 187     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 188     String                                  default_config_filename                                = AptxConstants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 189     // --------------
 190     // Color set
 191     // --------------
 192     TreeColorSet                            tree_color_set;
 193     // -------
 194     // Fonts
 195     // -------
 196     TreeFontSet                             tree_font_set;
 197     boolean                                 verbose                                                = AptxConstants.VERBOSE_DEFAULT;
 198     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 199     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 200     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 201     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 202     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 203     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = AptxConstants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 204     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 205     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 206     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 207     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 208     private short                           _default_node_shape_size                               = AptxConstants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 209     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 210     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 211     private boolean                         _editable                                              = true;
 212     private NodeDataField                   _ext_desc_data_to_return                               = NodeDataField.UNKNOWN;
 213     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 214     private int                             _frame_x_size;
 215     private int                             _frame_y_size;
 216     private Color                           _gui_background_color                                  = AptxConstants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 217     private Color                           _gui_button_background_color                           = AptxConstants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _gui_button_border_color                               = AptxConstants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 219     private Color                           _gui_button_text_color                                 = AptxConstants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 220     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = AptxConstants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 221     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = AptxConstants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 222     private Color                           _gui_menu_background_color                             = AptxConstants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 223     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = AptxConstants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 224     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 225     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 226     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 227     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 228     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 229     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 230     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 231     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 232     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 233     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 234     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 235     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 236     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 237     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 238     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 239     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 240     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 241     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 242     private float                           _print_line_width                                      = AptxConstants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 243     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 244     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 245     private boolean                         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes             = false;
 246     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 247     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 248     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 249     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 250     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 251     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 252     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 253     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = AptxConstants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 254     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 255     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 256     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 257     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 258     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 259     private boolean                         _line_up_renderable_node_data                          = true;
 260     private boolean                         _right_align_domains                                   = false;
 261     private boolean                         _allow_thick_strokes                                   = false;
 262     private boolean                         _could_read_config_file = false;
 263     static {
 264         for( final String font_name : AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 265             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 266                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 267                 break;
 268             }
 269         }
 270         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 271             DEFAULT_FONT_FAMILY = AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 272         }
 273     }
 274
 275     public Configuration() {
 276         this( null, false, false, false );
 277     }
 278
 279     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 280         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 281             config_filename = default_config_filename;
 282         }
 283         else {
 284             config_filename = cf;
 285         }
 286         _could_read_config_file = false;
 287         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 288         config_filename = config_filename.trim();
 289         URL u = null;
 290         if ( is_url ) {
 291             // If URL, open accordingly
 292             try {
 293                 u = new URL( config_filename );
 294                 try {
 295                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 296                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 297                     readConfig( bf );
 298                     bf.close();
 299                     ForesterUtil.programMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 300                             + config_filename + "]" );
 301                     _could_read_config_file = true;
 302                 }
 303                 catch ( final Exception e ) {
 304                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 305                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 306                 }
 307             }
 308             catch ( final Exception e ) {
 309                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 310                         + config_filename + "]" );
 311             }
 312         }
 313         else {
 314             // Otherwise, open as a file
 315             File f = new File( config_filename );
 316             if ( !f.exists() ) {
 317                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 318             }
 319             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 320                 try {
 321                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 322                     readConfig( bf );
 323                     bf.close();
 324                     _could_read_config_file = true;
 325                 }
 326                 catch ( final Exception e ) {
 327                     if ( verbose ) {
 328                         ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 329                                 + config_filename + "]: " + e );
 330                     }
 331                 }
 332             }
 333             else {
 334                 if ( verbose ) {
 335                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 336                             + config_filename + "]" );
 337                 }
 338             }
 339         }
 340     }
 341
 342     public String getBaseFontFamilyName() {
 343         return _base_font_family_name;
 344     }
 345
 346     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 347         return _default_bootstrap_samples;
 348     }
 349
 350     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 351         return _default_node_fill;
 352     }
 353
 354     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 355         return _default_node_shape;
 356     }
 357
 358     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 359         return _default_node_shape_size;
 360     }
 361
 362     public NodeDataField getExtDescNodeDataToReturn() {
 363         return _ext_desc_data_to_return;
 364     }
 365
 366     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 367         return _ext_node_data_return_on;
 368     }
 369
 370     public int getFrameXSize() {
 371         return _frame_x_size;
 372     }
 373
 374     public int getFrameYSize() {
 375         return _frame_y_size;
 376     }
 377
 378     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 379         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 380     }
 381
 382     public File getPathToLocalFastme() {
 383         return _path_to_local_fastme;
 384     }
 385
 386     public File getPathToLocalMafft() {
 387         return _path_to_local_mafft;
 388     }
 389
 390     public File getPathToLocalRaxml() {
 391         return _path_to_local_raxml;
 392     }
 393
 394     public double getVectorDataHeight() {
 395         return _vector_data_height;
 396     }
 397
 398     public Color getVectorDataMaxColor() {
 399         return _vector_data_max_color;
 400     }
 401
 402     public Color getVectorDataMeanColor() {
 403         return _vector_data_mean_color;
 404     }
 405
 406     public Color getVectorDataMinColor() {
 407         return _vector_data_min_color;
 408     }
 409
 410     public int getVectorDataWidth() {
 411         return _vector_data_width;
 412     }
 413
 414     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 415         return _abbreviate_scientific_names;
 416     }
 417
 418     public boolean isAllowThickStrokes() {
 419         return _allow_thick_strokes;
 420     }
 421
 422     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 423         return _background_color_gradient;
 424     }
 425
 426     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 427         return false;
 428     }
 429
 430     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 431         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 432     }
 433
 434     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 435         return _line_up_renderable_node_data;
 436     }
 437
 438     public boolean isMidpointReroot() {
 439         return _midpoint_root;
 440     }
 441
 442     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 443         return _right_align_domains;
 444     }
 445
 446     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 447         return _show_annotation_ref_source;
 448     }
 449
 450     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 451         return _show_default_node_shapes_external;
 452     }
 453
 454     public boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 455         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 456     }
 457
 458     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 459         return _show_default_node_shapes_internal;
 460     }
 461
 462     public boolean isShowDomainLabels() {
 463         return _show_domain_labels;
 464     }
 465
 466     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 467         getDisplayColors().put( key, color );
 468     }
 469
 470     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 471         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 472     }
 473
 474     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 475         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 476     }
 477
 478     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 479         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 480     }
 481
 482     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 483         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 484     }
 485
 486     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 487         _base_font_size = base_font_size;
 488     }
 489
 490     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 491         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 492     }
 493
 494     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 495         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 496     }
 497
 498     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 499         _default_node_fill = default_node_fill;
 500     }
 501
 502     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 503         _default_node_shape = default_node_shape;
 504     }
 505
 506     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 507         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 508     }
 509
 510     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 511         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 512     }
 513
 514     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 515         _display_colors = display_colors;
 516     }
 517
 518     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 519         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 520     }
 521
 522     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 523         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 524     }
 525
 526     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 527         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 528     }
 529
 530     public void setDisplayMultipleSequenceAlignment( final boolean b ) {
 531         display_options[ show_mol_seqs ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 532     }
 533
 534     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 535         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 536     }
 537
 538     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 539         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 540     }
 541
 542     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 543         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 544     }
 545
 546     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 547         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 548     }
 549
 550     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 551         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 552     }
 553
 554     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 555         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 556     }
 557
 558     public void setDisplayTaxonomyRank( final boolean b ) {
 559         display_options[ show_tax_rank ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 560     }
 561
 562     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 563         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 564     }
 565
 566     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 567         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 568     }
 569
 570     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 571         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 572     }
 573
 574     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 575         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 576     }
 577
 578     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NodeDataField ext_desc_data_to_return ) {
 579         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 580     }
 581
 582     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 583         _frame_x_size = frame_x_size;
 584     }
 585
 586     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 587         _frame_y_size = frame_y_size;
 588     }
 589
 590     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
 591         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
 592     }
 593
 594     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 595         _midpoint_root = midpoint_root;
 596     }
 597
 598     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 599         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 600     }
 601
 602     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 603         _node_label_direction = node_label_direction;
 604     }
 605
 606     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 607         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 608     }
 609
 610     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 611         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 612     }
 613
 614     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 615         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 616     }
 617
 618     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 619         _print_line_width = print_line_width;
 620     }
 621
 622     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 623         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 624     }
 625
 626     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
 627         _right_align_domains = right_align_domains;
 628     }
 629
 630     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 631         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 632     }
 633
 634     public void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
 635         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 636     }
 637
 638     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 639         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 640     }
 641
 642     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 643         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 644     }
 645
 646     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 647         _show_scale = show_scale;
 648     }
 649
 650     public void setUseStyle( final boolean b ) {
 651         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 652     }
 653
 654     private int getClickToIndex( final String name ) {
 655         int index = -1;
 656         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 657             index = Configuration.display_node_data;
 658             ForesterUtil
 659             .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 660                                   "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 661         }
 662         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 663             index = Configuration.display_node_data;
 664         }
 665         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 666             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 667         }
 668         else if ( name.equals( "uncollapse_all" ) ) {
 669             index = Configuration.uncollapse_all;
 670         }
 671         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 672             index = Configuration.reroot;
 673         }
 674         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 675             index = Configuration.subtree;
 676         }
 677         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 678             index = Configuration.swap;
 679         }
 680         else if ( name.equals( "order_subtree" ) ) {
 681             index = Configuration.order_subtree;
 682         }
 683         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 684             index = Configuration.sort_descendents;
 685         }
 686         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 687             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 688         }
 689         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 690             ForesterUtil
 691             .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 692             return DEPRECATED;
 693         }
 694         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 695             index = Configuration.open_seq_web;
 696         }
 697         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 698             index = Configuration.open_pdb_web;
 699         }
 700         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 701             index = Configuration.open_tax_web;
 702         }
 703         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 704             index = Configuration.blast;
 705         }
 706         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 707             index = Configuration.cut_subtree;
 708         }
 709         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 710             index = Configuration.copy_subtree;
 711         }
 712         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 713             index = Configuration.paste_subtree;
 714         }
 715         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 716             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 717         }
 718         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 719             index = Configuration.add_new_node;
 720         }
 721         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 722             index = Configuration.edit_node_data;
 723         }
 724         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 725             index = Configuration.select_nodes;
 726         }
 727         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 728             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 729                     "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 730             return DEPRECATED;
 731         }
 732         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 733             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 734             return DEPRECATED;
 735         }
 736         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 737             index = Configuration.color_subtree;
 738         }
 739         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 740             index = Configuration.change_node_font;
 741         }
 742         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 743             index = Configuration.color_node_font;
 744         }
 745         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 746             index = Configuration.color_subtree;
 747         }
 748         return index;
 749     }
 750
 751     private final void initSpeciesColors() {
 752         _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 753         for( final String[] s : DEFAULT_SPECIES_COLORS ) {
 754             _species_colors.put( s[ 0 ], Color.decode( s[ 1 ] ) );
 755         }
 756     }
 757
 758     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 759         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 760         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 761             return true;
 762         }
 763         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 764             return false;
 765         }
 766         else {
 767             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 768             return false;
 769         }
 770     }
 771
 772     private double parseDouble( final String str ) {
 773         double d = 0.0;
 774         try {
 775             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 776         }
 777         catch ( final Exception e ) {
 778             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 779             d = 0.0;
 780         }
 781         return d;
 782     }
 783
 784     private float parseFloat( final String str ) {
 785         float f = 0.0f;
 786         try {
 787             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 788         }
 789         catch ( final Exception e ) {
 790             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 791             f = 0.0f;
 792         }
 793         return f;
 794     }
 795
 796     private int parseInt( final String str ) {
 797         int i = -1;
 798         try {
 799             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 800         }
 801         catch ( final Exception e ) {
 802             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 803             i = -1;
 804         }
 805         return i;
 806     }
 807
 808     private short parseShort( final String str ) {
 809         short i = -1;
 810         try {
 811             i = Short.parseShort( str.trim() );
 812         }
 813         catch ( final Exception e ) {
 814             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 815             i = -1;
 816         }
 817         return i;
 818     }
 819
 820     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 821         setBaseFontFamilyName( "" );
 822         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 823         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 824         for( String font : fonts ) {
 825             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 826             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 827                 setBaseFontFamilyName( font );
 828                 break;
 829             }
 830         }
 831     }
 832
 833     /**
 834      * read each line of config file, process non-comment lines
 835      * @throws IOException
 836      */
 837     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 838         String line;
 839         do {
 840             line = conf_in.readLine();
 841             if ( line != null ) {
 842                 line = line.trim();
 843                 // skip comments and blank lines
 844                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 845                     // convert runs of spaces to tabs
 846                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 847                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 848                     setKeyValue( st );
 849                 }
 850             }
 851         } while ( line != null );
 852     }
 853
 854     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 855         _antialias_screen = antialias_screen;
 856     }
 857
 858     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 859         _cladogram_type = cladogram_type;
 860     }
 861
 862     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 863         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 864     }
 865
 866     private void setEditable( final boolean editable ) {
 867         _editable = editable;
 868     }
 869
 870     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
 871         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
 872     }
 873
 874     //private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 875     //    _graphics_export_x = graphics_export_x;
 876     //}
 877
 878     //private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 879     //    _graphics_export_y = graphics_export_y;
 880     //}
 881
 882     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 883         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 884     }
 885
 886     /**
 887      * Set a key-value(s) tuple
 888      */
 889     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 890         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
 891         if ( !st.hasMoreElements() ) {
 892             return;
 893         }
 894         // Handle single value settings first:
 895         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 896             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 897             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 898             if ( default_clickto == -1 ) {
 899                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 900                                                   + "] for [default_click_to]" );
 901                 default_clickto = 0;
 902             }
 903             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 904                 // Deprecated.
 905             }
 906         }
 907         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 908             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 909             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 910                 _ui = UI.NATIVE;
 911             }
 912             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 913                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 914             }
 915             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 916                 _ui = UI.UNKNOWN;
 917             }
 918             else {
 919                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 920                                                   + "]" );
 921                 _ui = UI.UNKNOWN;
 922             }
 923         }
 924         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 925             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 926         }
 927         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 928             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 929         }
 930         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 931             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 932             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 933                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 934             }
 935             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 936                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 937             }
 938             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 939                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 940             }
 941             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 942                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 943             }
 944             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 945                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 946             }
 947             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 948                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 949             }
 950             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 951                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 952             }
 953             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 954                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 955             }
 956             else {
 957                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 958                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 959                                                   + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 960             }
 961         }
 962         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 963             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 964             final double d = parseDouble( mcv_str );
 965             setMinConfidenceValue( d );
 966         }
 967         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 968             processFontFamily( st );
 969         }
 970         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 971             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 972             final int i = parseInt( size_str );
 973             if ( i > 0 ) {
 974                 setBaseFontSize( i );
 975             }
 976         }
 977         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
 978             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 979             final int i = parseInt( size_str );
 980             if ( i > 0 ) {
 981                 setMinBaseFontSize( i );
 982             }
 983         }
 984         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
 985             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 986             final int i = parseInt( size_str );
 987             if ( i > 1 ) {
 988                 setMaxBaseFontSize( i );
 989             }
 990         }
 991         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
 992             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 993             final float f = parseFloat( str );
 994             if ( f > 0 ) {
 995                 setPrintLineWidth( f );
 996             }
 997             else {
 998                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 999                         "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1000             }
1001         }
1002         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1003             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1004             final int i = parseInt( str );
1005             if ( i > 0 ) {
1006                 setFrameXSize( i );
1007             }
1008         }
1009         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1010             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1011             final int i = parseInt( str );
1012             if ( i > 0 ) {
1013                 setFrameYSize( i );
1014             }
1015         }
1016         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1017             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1018             final int i = parseInt( str );
1019             if ( i >= 0 ) {
1020                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1021             }
1022             else {
1023                 ForesterUtil
1024                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1025                                       "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1026             }
1027         }
1028         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1029             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1030             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1031                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1032             }
1033         }
1034         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1035             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1036             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1037                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1038             }
1039         }
1040         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1041             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1042             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1043                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1044             }
1045         }
1046         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1047             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1048         }
1049         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1050             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1051         }
1052         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1053             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1054         }
1055         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1056             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1057         }
1058         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1059             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1060         }
1061         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1062             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1063         }
1064         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1065             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1066         }
1067         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1068             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1069             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1070                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1071             }
1072             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.LINED_UP.toString() ) ) {
1073                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.LINED_UP );
1074             }
1075             else {
1076                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1077                                                   + "] for [cladogram_type]" );
1078             }
1079         }
1080         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1081             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1082         }
1083         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1084             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1085         }
1086         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1087             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1088             setOvMaxWidth( i );
1089         }
1090         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1091             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1092             setOvMaxHeight( i );
1093         }
1094         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1095             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1096             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1097                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1098             }
1099             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1100                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1101             }
1102             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1103                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1104             }
1105             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1106                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1107             }
1108             else {
1109                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1110                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1111                                                   + "] for [overview_placement_type]" );
1112             }
1113         }
1114         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1115             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1116             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1117                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1118             }
1119             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1120                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1121             }
1122             else {
1123                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1124                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1125                                                   + "] for [node_label_direction]" );
1126             }
1127         }
1128         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1129             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1130             if ( i >= 0 ) {
1131                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1132             }
1133             else {
1134                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1135                                                   + "] for [branch_length_value_digits]" );
1136             }
1137         }
1138         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1139             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1140             if ( i >= 0 ) {
1141                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1142             }
1143             else {
1144                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1145                                                   + "] for [confidence_value_digits]" );
1146             }
1147         }
1148         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1149             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1150         }
1151         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1152             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1153         }
1154         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1155             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1156             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1157                 ForesterUtil
1158                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1159                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1160             }
1161             else {
1162                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1163             }
1164         }
1165         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1166             final String s = ( String ) st.nextElement();
1167             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1168                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1169             }
1170             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1171                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1172             }
1173             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1174                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1175             }
1176             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1177                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1178             }
1179             else {
1180                 ForesterUtil
1181                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1182                                       "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1183                                               + s
1184                                               + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1185             }
1186             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1187                 ForesterUtil
1188                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1189                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1190             }
1191         }
1192         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1193             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1194         }
1195         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1196             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1197         }
1198         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1199             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1200         }
1201         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1202             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1203         }
1204         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1205             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1206         }
1207         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1208             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1209         }
1210         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1211             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1212         }
1213         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1214             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1215         }
1216         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1217             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1218         }
1219         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1220             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1221         }
1222         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1223             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1224         }
1225         else if ( key.equals( "show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data" ) ) {
1226             setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1227         }
1228         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1229             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1230             setDefaultNodeShapeSize( i );
1231         }
1232         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1233             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1234             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1235                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1236             }
1237             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1238                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1239             }
1240             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1241                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1242             }
1243             else {
1244                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1245                                                   + "] for [default_node_fill]" );
1246             }
1247         }
1248         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1249             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1250             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1251                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1252             }
1253             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1254                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1255             }
1256             else {
1257                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1258                                                   + "] for [default_node_shape]" );
1259             }
1260         }
1261         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1262             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1263         }
1264         else if ( key.equals( "list_node_data_field" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1265             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1266             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1267                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.NODE_NAME );
1268             }
1269             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1270                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_ACC );
1271             }
1272             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1273                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1274             }
1275             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1276                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_NAME );
1277             }
1278             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1279                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GENE_NAME );
1280             }
1281             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1282                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_SYMBOL );
1283             }
1284             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1285                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1286             }
1287             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1288                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_CODE );
1289             }
1290             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1291                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.UNKNOWN );
1292             }
1293             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains" ) ) {
1294                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_ALL );
1295             }
1296             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains_collapsed" ) ) {
1297                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_COLLAPSED_PER_PROTEIN );
1298             }
1299             else if ( s.equalsIgnoreCase( "seq_annotations" ) ) {
1300                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQ_ANNOTATIONS );
1301             }
1302             else if ( s.equalsIgnoreCase( "go_term_ids" ) ) {
1303                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GO_TERM_IDS );
1304             }
1305             else {
1306                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1307                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1308             }
1309         }
1310         else if ( key.equals( "list_node_data_custom_label" ) || key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1311             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1312             if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) && ( s.length() > 1 ) ) {
1313                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1314             }
1315         }
1316         else if ( key.equals( "list_node_data_in" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1317             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1318             if ( s.equals( "console" ) ) {
1319                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1320             }
1321             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1322                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1323             }
1324             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1325                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1326             }
1327             else {
1328                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1329                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1330             }
1331         }
1332         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1333             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1334         }
1335         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1336             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1337         }
1338         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1339             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1340         }
1341         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1342             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1343             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1344                 _vector_data_width = 120;
1345             }
1346         }
1347         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1348             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1349             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1350                 _vector_data_height = 12;
1351             }
1352         }
1353         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1354             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1355         }
1356         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1357             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1358         }
1359         else if ( key.equals( "allow_thick_strokes" ) ) {
1360             _allow_thick_strokes = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1361         }
1362         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1363             // yet retrieved!
1364             int key_index = -1;
1365             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1366                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1367             }
1368             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1369                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1370             }
1371             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1372                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1373             }
1374             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1375                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1376             }
1377             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1378                 key_index = Configuration.show_node_names;
1379             }
1380             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1381                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1382             }
1383             else if ( key.equals( "show_taxonomy_rank" ) ) {
1384                 key_index = Configuration.show_tax_rank;
1385             }
1386             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1387                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1388             }
1389             else if ( key.equals( "write_branch_length_values" ) ) {
1390                 key_index = Configuration.write_branch_length_values;
1391             }
1392             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1393                 key_index = Configuration.write_events;
1394             }
1395             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1396                 key_index = Configuration.use_style;
1397             }
1398             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1399                 key_index = Configuration.use_style;
1400                 ForesterUtil
1401                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1402                                       "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1403             }
1404             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1405                 key_index = Configuration.width_branches;
1406             }
1407             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1408                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1409             }
1410             else if ( key.equals( "show_msa" ) ) {
1411                 key_index = Configuration.show_mol_seqs;
1412             }
1413             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1414                 key_index = Configuration.show_annotation;
1415             }
1416             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1417                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1418             }
1419             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1420                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1421             }
1422             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1423                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1424             }
1425             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1426                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1427             }
1428             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1429                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1430             }
1431             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1432                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1433             }
1434             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1435                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1436             }
1437             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1438                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1439             }
1440             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1441                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1442             }
1443             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1444                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1445             }
1446             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1447                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1448             }
1449             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1450                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1451             }
1452             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1453                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1454             }
1455             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1456                 key_index = Configuration.show_properties;
1457             }
1458             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1459                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1460             }
1461             // If we've found the key, set the values
1462             if ( key_index >= 0 ) {
1463                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1464                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1465                 // otherwise, keep looking
1466             }
1467             else {
1468                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1469                     // Deprecated.
1470                 }
1471                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1472                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1473                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1474                     if ( key_index >= 0 ) {
1475                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1476                     }
1477                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1478                         // Deprecated.
1479                     }
1480                     else {
1481                         ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1482                                 + click_to_name );
1483                     }
1484                 }
1485                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1486                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1487                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1488                 }
1489                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1490                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1491                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1492                 }
1493                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1494                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1495                 }
1496                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1497                     getAnnotationColors()
1498                     .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1499                 }
1500                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1501                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1502                             "configuration key [function_color] is deprecated" );
1503                 }
1504                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1505                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1506                 }
1507                 else {
1508                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1509                                                       + "] in: " + config_filename );
1510                 }
1511             }
1512         }
1513         else {
1514             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1515                     + config_filename );
1516         }
1517     }
1518
1519     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1520         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1521     }
1522
1523     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1524         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1525     }
1526
1527     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1528         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1529     }
1530
1531     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1532         _ov_max_height = ov_max_height;
1533     }
1534
1535     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1536         _ov_max_width = ov_max_width;
1537     }
1538
1539     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1540         _ov_placement = ov_placement;
1541     }
1542
1543     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1544         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1545     }
1546
1547     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1548         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1549     }
1550
1551     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1552         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1553     }
1554
1555     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1556         _show_annotation_ref_source = b;
1557     }
1558
1559     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1560         _show_overview = show_overview;
1561     }
1562
1563     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1564         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1565     }
1566
1567     boolean displaySequenceRelations() {
1568         return _display_sequence_relations;
1569     }
1570
1571     boolean doCheckOption( final int which ) {
1572         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
1573                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
1574     }
1575
1576     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
1577         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
1578     }
1579
1580     boolean doDisplayOption( final int which ) {
1581         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
1582     }
1583
1584     /**
1585      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
1586      * this or not (e.g. phylogram)
1587      *
1588      */
1589     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
1590         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
1591     }
1592
1593     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
1594         if ( _annotation_colors == null ) {
1595             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
1596         }
1597         return _annotation_colors;
1598     }
1599
1600     int getBaseFontSize() {
1601         return _base_font_size;
1602     }
1603
1604     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
1605         return _cladogram_type;
1606     }
1607
1608     int getClickToOptionsCount() {
1609         return clickto_options.length;
1610     }
1611
1612     String getClickToTitle( final int which ) {
1613         return clickto_options[ which ][ 0 ];
1614     }
1615
1616     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
1617         return default_clickto;
1618     }
1619
1620     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
1621         return _display_colors;
1622     }
1623
1624     String getDisplayTitle( final int which ) {
1625         return display_options[ which ][ 0 ];
1626     }
1627
1628     Map<String, Color> getDomainColors() {
1629         if ( _domain_colors == null ) {
1630             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
1631         }
1632         return _domain_colors;
1633     }
1634
1635
1636     Color getGuiBackgroundColor() {
1637         return _gui_background_color;
1638     }
1639
1640     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
1641         return _gui_button_background_color;
1642     }
1643
1644     Color getGuiButtonBorderColor() {
1645         return _gui_button_border_color;
1646     }
1647
1648     Color getGuiButtonTextColor() {
1649         return _gui_button_text_color;
1650     }
1651
1652     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
1653         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
1654     }
1655
1656     Color getGuiCheckboxTextColor() {
1657         return _gui_checkbox_text_color;
1658     }
1659
1660     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
1661         return _gui_menu_background_color;
1662     }
1663
1664     Color getGuiMenuTextColor() {
1665         return _gui_menu_text_color;
1666     }
1667
1668     static int getGuiFontSize() {
1669         return 11;
1670     }
1671
1672     int getMaxBaseFontSize() {
1673         return _max_base_font_size;
1674     }
1675
1676     int getMinBaseFontSize() {
1677         return _min_base_font_size;
1678     }
1679
1680     double getMinConfidenceValue() {
1681         return _min_confidence_value;
1682     }
1683
1684     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
1685         return _node_label_direction;
1686     }
1687
1688     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
1689         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1690     }
1691
1692     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
1693         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1694     }
1695
1696     short getOvMaxHeight() {
1697         return _ov_max_height;
1698     }
1699
1700     short getOvMaxWidth() {
1701         return _ov_max_width;
1702     }
1703
1704     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
1705         return _ov_placement;
1706     }
1707
1708     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
1709         return _phylogeny_graphics_type;
1710     }
1711
1712     float getPrintLineWidth() {
1713         return _print_line_width;
1714     }
1715
1716     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
1717         if ( _sequence_colors == null ) {
1718             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
1719         }
1720         return _sequence_colors;
1721     }
1722
1723     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
1724         if ( _species_colors == null ) {
1725             initSpeciesColors();
1726         }
1727         return _species_colors;
1728     }
1729
1730     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
1731         return _taxonomy_extraction;
1732     }
1733
1734     boolean isAntialiasScreen() {
1735         return _antialias_screen;
1736     }
1737
1738     /**
1739      * Convenience method.
1740      *
1741      * @return true if value in configuration file was 'yes'
1742      */
1743     boolean isDrawAsPhylogram() {
1744         return doCheckOption( display_as_phylogram );
1745     }
1746
1747     boolean isEditable() {
1748         return _editable;
1749     }
1750
1751     /**
1752      * Only used by ArchaeoptryxE.
1753      *
1754      */
1755     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
1756         return _hide_controls_and_menus;
1757     }
1758
1759     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
1760         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1761     }
1762
1763     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
1764         return _nh_parsing_replace_underscores;
1765     }
1766
1767     boolean isShowOverview() {
1768         return _show_overview;
1769     }
1770
1771     boolean isShowScale() {
1772         return _show_scale;
1773     }
1774
1775     final boolean isUseNativeUI() {
1776         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
1777             _ui = UI.NATIVE;
1778         }
1779         return _ui == UI.NATIVE;
1780     }
1781
1782     /**
1783      * Only used by ArchaeoptryxE.
1784      *
1785      */
1786     boolean isUseTabbedDisplay() {
1787         return _use_tabbed_display;
1788     }
1789
1790     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
1791         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1792     }
1793
1794     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
1795         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
1796     }
1797
1798     static String getDefaultFontFamilyName() {
1799         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1800     }
1801
1802     public boolean isCouldReadConfigFile() {
1803         return _could_read_config_file;
1804     }
1805
1806
1807 }