forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  59     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  60     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  61     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  62     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  63     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  64     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  65     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  66     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  67     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  68     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  69     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  70     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
  71     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
  72     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  73     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  74     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  75     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  76     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  77     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  78     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  79     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  80     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  81     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  82     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  83     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  84     private boolean                         _editable                                              = true;
  85     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  86     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
  87     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  88     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  89     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  90     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  91     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  92     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  93     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  94     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
  95     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
  96     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
  97     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
  98     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
  99     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 100     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 101     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 102     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 103     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 104     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 105     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 106     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 107     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 108     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 109     final static int                        write_events                                           = 5;
 110     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 111     final static int                        color_branches                                         = 7;
 112     final static int                        width_branches                                         = 8;
 113     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 114     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 115     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 116     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 117     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 118     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 119     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 120     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 121     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 122     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 123     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 124     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 125     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 126     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 127     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 128     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 129     final static int                        show_properties                                        = 25;
 130     // ------------------
 131     // Click-to options
 132     // ------------------
 133     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 134     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 135     final static int                        reroot                                                 = 2;
 136     final static int                        subtree                                                = 3;
 137     final static int                        swap                                                   = 4;
 138     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 139     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 140     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 141     final static int                        blast                                                  = 8;
 142     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 143     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 144     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 145     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 146     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 147     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 148     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 149     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 150     final static int                        select_nodes                                           = 17;
 151     // ---------------------------
 152     // Display options for trees
 153     // ---------------------------
 154     // ---------------------------------
 155     // Pertaining to the config itself
 156     // ---------------------------------
 157     // Full path to config (may be URL)
 158     String                                  config_filename;
 159     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 160     final static String                     display_options[][]                                    = {
 161             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 162             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 163             { "Node Events", "display", "?" }, { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" },
 164             { "Colorize Branches", "display", "no" }, { "Use Branch-Widths", "display", "no" },
 165             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Domains", "nodisplay", "no" },
 166             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 167             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Acc", "display", "no" },
 168             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 169             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 170             { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 171             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 172             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 173             { "Properties", "nodisplay", "no" }                                                   };
 174     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 175             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 176             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 177             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 178             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 179             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 180             { "Sort Descendants", "display" }, { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" } };
 181     // This option is selected in the dropdown
 182     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 183     // --------------
 184     // Color set
 185     // --------------
 186     TreeColorSet                            tree_color_set;
 187     // -------
 188     // Fonts
 189     // -------
 190     TreeFontSet                             tree_font_set;
 191     // ----------------
 192     // Species colors
 193     // ----------------
 194     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 195     // ----------------
 196     // Domain colors
 197     // ----------------
 198     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 199     // ----------------
 200     // Function colors
 201     // ----------------
 202     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 203     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 204     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 205     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 206     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 207     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 208     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 209     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 215     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 216     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 217     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 218     private int                             _frame_x_size;
 219     private int                             _frame_y_size;
 220     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 221     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 222     static {
 223         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 224             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 225                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 226                 break;
 227             }
 228         }
 229         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 230             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 231         }
 232     }
 233
 234     public Configuration() {
 235         this( null, false, false, false );
 236     }
 237
 238     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 239         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 240             config_filename = default_config_filename;
 241         }
 242         else {
 243             config_filename = cf;
 244         }
 245         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 246         config_filename = config_filename.trim();
 247         URL u = null;
 248         if ( is_url ) {
 249             // If URL, open accordingly
 250             try {
 251                 u = new URL( config_filename );
 252                 try {
 253                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 254                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 255                     readConfig( bf );
 256                     bf.close();
 257                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 258                             + config_filename + "]" );
 259                 }
 260                 catch ( final Exception e ) {
 261                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 262                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 263                 }
 264             }
 265             catch ( final Exception e ) {
 266                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 267                         + config_filename + "]" );
 268             }
 269         }
 270         else {
 271             // Otherwise, open as a file
 272             File f = new File( config_filename );
 273             if ( !f.exists() ) {
 274                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 275             }
 276             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 277                 try {
 278                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 279                     readConfig( bf );
 280                     bf.close();
 281                 }
 282                 catch ( final Exception e ) {
 283                     if ( verbose ) {
 284                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 285                                 + config_filename + "]: " + e );
 286                     }
 287                 }
 288             }
 289             else {
 290                 if ( verbose ) {
 291                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 292                             + config_filename + "]" );
 293                 }
 294             }
 295         }
 296     }
 297
 298     public String getBaseFontFamilyName() {
 299         return _base_font_family_name;
 300     }
 301
 302     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 303         return _default_bootstrap_samples;
 304     }
 305
 306     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 307         return _default_node_fill;
 308     }
 309
 310     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 311         return _default_node_shape;
 312     }
 313
 314     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 315         return _default_node_shape_size;
 316     }
 317
 318     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 319         return _domain_structure_base_color;
 320     }
 321
 322     public Color getDomainStructureFontColor() {
 323         return _domain_structure_font_color;
 324     }
 325
 326     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 327         return _ext_desc_data_to_return;
 328     }
 329
 330     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 331         return _ext_node_data_return_on;
 332     }
 333
 334     public int getFrameXSize() {
 335         return _frame_x_size;
 336     }
 337
 338     public int getFrameYSize() {
 339         return _frame_y_size;
 340     }
 341
 342     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 343         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 344     }
 345
 346     public File getPathToLocalFastme() {
 347         return _path_to_local_fastme;
 348     }
 349
 350     public File getpathToLocalMafft() {
 351         return _path_to_local_mafft;
 352     }
 353
 354     public File getPathToLocalRaxml() {
 355         return _path_to_local_raxml;
 356     }
 357
 358     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 359         return _abbreviate_scientific_names;
 360     }
 361
 362     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 363         return _background_color_gradient;
 364     }
 365
 366     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 367         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 368     }
 369
 370     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 371         return _show_default_node_shapes_external;
 372     }
 373
 374     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 375         return _show_default_node_shapes_internal;
 376     }
 377
 378     public boolean isShowDomainLabels() {
 379         return _show_domain_labels;
 380     }
 381
 382     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 383         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 384     }
 385
 386     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 387         getDisplayColors().put( key, color );
 388     }
 389
 390     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 391         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 392     }
 393
 394     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 395         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 396     }
 397
 398     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 399         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 400     }
 401
 402     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 403         _base_font_size = base_font_size;
 404     }
 405
 406     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
 407         _max_base_font_size = max_base_font_size;
 408     }
 409
 410     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
 411         _min_base_font_size = min_base_font_size;
 412     }
 413
 414     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 415         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 416     }
 417
 418     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 419         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 420     }
 421
 422     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 423         _default_node_fill = default_node_fill;
 424     }
 425
 426     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 427         _default_node_shape = default_node_shape;
 428     }
 429
 430     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 431         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 432     }
 433
 434     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 435         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 436     }
 437
 438     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 439         _display_colors = display_colors;
 440     }
 441
 442     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 443         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 444     }
 445
 446     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 447         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 448     }
 449
 450     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 451         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 452     }
 453
 454     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 455         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 456     }
 457
 458     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 459         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 460     }
 461
 462     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 463         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 464     }
 465
 466     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 467         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 468     }
 469
 470     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 471         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 472     }
 473
 474     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 475         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 476     }
 477
 478     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 479         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 480     }
 481
 482     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 483         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 484     }
 485
 486     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 487         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 488     }
 489
 490     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 491         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 492     }
 493
 494     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 495         _frame_x_size = frame_x_size;
 496     }
 497
 498     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 499         _frame_y_size = frame_y_size;
 500     }
 501
 502     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 503         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 504     }
 505
 506     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 507         _node_label_direction = node_label_direction;
 508     }
 509
 510     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 511         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 512     }
 513
 514     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 515         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 516     }
 517
 518     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 519         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 520     }
 521
 522     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 523         _print_line_width = print_line_width;
 524     }
 525
 526     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 527         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 528     }
 529
 530     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 531         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 532     }
 533
 534     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 535         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 536     }
 537
 538     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 539         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 540     }
 541
 542     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 543         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 544     }
 545
 546     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 547         _show_scale = show_scale;
 548     }
 549
 550     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 551         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 552     }
 553
 554     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 555         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 556     }
 557
 558     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 559         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 560     }
 561
 562     boolean displaySequenceRelations() {
 563         return _display_sequence_relations;
 564     }
 565
 566     boolean doCheckOption( final int which ) {
 567         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 568                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 569     }
 570
 571     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 572         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 573     }
 574
 575     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 576         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 577     }
 578
 579     /**
 580      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 581      * this or not (e.g. phylogram)
 582      *
 583      */
 584     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 585         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 586     }
 587
 588     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 589         if ( _annotation_colors == null ) {
 590             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 591         }
 592         return _annotation_colors;
 593     }
 594
 595     int getBaseFontSize() {
 596         return _base_font_size;
 597     }
 598
 599     int getMinBaseFontSize() {
 600         return _min_base_font_size;
 601     }
 602
 603     int getMaxBaseFontSize() {
 604         return _max_base_font_size;
 605     }
 606
 607     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 608         return _cladogram_type;
 609     }
 610
 611     int getClickToOptionsCount() {
 612         return clickto_options.length;
 613     }
 614
 615     String getClickToTitle( final int which ) {
 616         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 617     }
 618
 619     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 620         return default_clickto;
 621     }
 622
 623     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 624         return _display_colors;
 625     }
 626
 627     String getDisplayTitle( final int which ) {
 628         return display_options[ which ][ 0 ];
 629     }
 630
 631     Map<String, Color> getDomainColors() {
 632         if ( _domain_colors == null ) {
 633             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 634         }
 635         return _domain_colors;
 636     }
 637
 638     int getGraphicsExportX() {
 639         return _graphics_export_x;
 640     }
 641
 642     int getGraphicsExportY() {
 643         return _graphics_export_y;
 644     }
 645
 646     Color getGuiBackgroundColor() {
 647         return _gui_background_color;
 648     }
 649
 650     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 651         return _gui_button_background_color;
 652     }
 653
 654     Color getGuiButtonBorderColor() {
 655         return _gui_button_border_color;
 656     }
 657
 658     Color getGuiButtonTextColor() {
 659         return _gui_button_text_color;
 660     }
 661
 662     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 663         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 664     }
 665
 666     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 667         return _gui_checkbox_text_color;
 668     }
 669
 670     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 671         return _gui_menu_background_color;
 672     }
 673
 674     Color getGuiMenuTextColor() {
 675         return _gui_menu_text_color;
 676     }
 677
 678     double getMinConfidenceValue() {
 679         return _min_confidence_value;
 680     }
 681
 682     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 683         return _node_label_direction;
 684     }
 685
 686     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 687         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 688     }
 689
 690     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 691         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 692     }
 693
 694     short getOvMaxHeight() {
 695         return _ov_max_height;
 696     }
 697
 698     short getOvMaxWidth() {
 699         return _ov_max_width;
 700     }
 701
 702     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 703         return _ov_placement;
 704     }
 705
 706     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 707         return _phylogeny_graphics_type;
 708     }
 709
 710     float getPrintLineWidth() {
 711         return _print_line_width;
 712     }
 713
 714     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 715         if ( _species_colors == null ) {
 716             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 717         }
 718         return _species_colors;
 719     }
 720
 721     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 722         return _taxonomy_extraction;
 723     }
 724
 725     boolean isAntialiasScreen() {
 726         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 727             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 728             return false;
 729         }
 730         return _antialias_screen;
 731     }
 732
 733     /**
 734      * Convenience method.
 735      *
 736      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 737      */
 738     boolean isDrawAsPhylogram() {
 739         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 740     }
 741
 742     boolean isEditable() {
 743         return _editable;
 744     }
 745
 746     /**
 747      * Only used by ArchaeoptryxE.
 748      *
 749      */
 750     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 751         return _hide_controls_and_menus;
 752     }
 753
 754     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 755         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 756     }
 757
 758     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 759         return _nh_parsing_replace_underscores;
 760     }
 761
 762     boolean isShowBranchLengthValues() {
 763         return _show_branch_length_values;
 764     }
 765
 766     boolean isShowOverview() {
 767         return _show_overview;
 768     }
 769
 770     boolean isShowScale() {
 771         return _show_scale;
 772     }
 773
 774     final boolean isUseNativeUI() {
 775         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 776             _ui = UI.NATIVE;
 777         }
 778         return _ui == UI.NATIVE;
 779     }
 780
 781     /**
 782      * Only used by ArchaeoptryxE.
 783      *
 784      */
 785     boolean isUseTabbedDisplay() {
 786         return _use_tabbed_display;
 787     }
 788
 789     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 790         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 791     }
 792
 793     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 794         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 795     }
 796
 797     private int getClickToIndex( final String name ) {
 798         int index = -1;
 799         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 800             index = Configuration.display_node_data;
 801             ForesterUtil
 802                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 803                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 804         }
 805         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 806             index = Configuration.display_node_data;
 807         }
 808         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 809             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 810         }
 811         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 812             index = Configuration.reroot;
 813         }
 814         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 815             index = Configuration.subtree;
 816         }
 817         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 818             index = Configuration.swap;
 819         }
 820         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 821             index = Configuration.sort_descendents;
 822         }
 823         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 824             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 825         }
 826         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 827             ForesterUtil
 828                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 829             return DEPRECATED;
 830         }
 831         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 832             index = Configuration.open_seq_web;
 833         }
 834         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 835             index = Configuration.open_tax_web;
 836         }
 837         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 838             index = Configuration.blast;
 839         }
 840         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 841             index = Configuration.cut_subtree;
 842         }
 843         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 844             index = Configuration.copy_subtree;
 845         }
 846         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 847             index = Configuration.paste_subtree;
 848         }
 849         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 850             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 851         }
 852         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 853             index = Configuration.add_new_node;
 854         }
 855         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 856             index = Configuration.edit_node_data;
 857         }
 858         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 859             index = Configuration.select_nodes;
 860         }
 861         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 862             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 863                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 864             return DEPRECATED;
 865         }
 866         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 867             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 868             return DEPRECATED;
 869         }
 870         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 871             index = Configuration.color_subtree;
 872         }
 873         return index;
 874     }
 875
 876     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 877         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 878         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 879             return true;
 880         }
 881         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 882             return false;
 883         }
 884         else {
 885             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 886             return false;
 887         }
 888     }
 889
 890     private double parseDouble( final String str ) {
 891         double d = 0.0;
 892         try {
 893             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 894         }
 895         catch ( final Exception e ) {
 896             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 897             d = 0.0;
 898         }
 899         return d;
 900     }
 901
 902     private float parseFloat( final String str ) {
 903         float f = 0.0f;
 904         try {
 905             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 906         }
 907         catch ( final Exception e ) {
 908             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 909             f = 0.0f;
 910         }
 911         return f;
 912     }
 913
 914     private int parseInt( final String str ) {
 915         int i = -1;
 916         try {
 917             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 918         }
 919         catch ( final Exception e ) {
 920             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 921             i = -1;
 922         }
 923         return i;
 924     }
 925
 926     private short parseShort( final String str ) {
 927         short i = -1;
 928         try {
 929             i = Short.parseShort( str.trim() );
 930         }
 931         catch ( final Exception e ) {
 932             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 933             i = -1;
 934         }
 935         return i;
 936     }
 937
 938     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 939         setBaseFontFamilyName( "" );
 940         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 941         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 942         for( String font : fonts ) {
 943             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 944             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 945                 setBaseFontFamilyName( font );
 946                 break;
 947             }
 948         }
 949     }
 950
 951     /**
 952      * read each line of config file, process non-comment lines
 953      * @throws IOException
 954      */
 955     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 956         String line;
 957         do {
 958             line = conf_in.readLine();
 959             if ( line != null ) {
 960                 line = line.trim();
 961                 // skip comments and blank lines
 962                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 963                     // convert runs of spaces to tabs
 964                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 965                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 966                     setKeyValue( st );
 967                 }
 968             }
 969         } while ( line != null );
 970     }
 971
 972     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 973         _antialias_screen = antialias_screen;
 974     }
 975
 976     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 977         _cladogram_type = cladogram_type;
 978     }
 979
 980     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 981         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 982     }
 983
 984     private void setEditable( final boolean editable ) {
 985         _editable = editable;
 986     }
 987
 988     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
 989         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
 990     }
 991
 992     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 993         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 994     }
 995
 996     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 997         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 998     }
 999
1000     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1001         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1002     }
1003
1004     /**
1005      * Set a key-value(s) tuple
1006      */
1007     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1008         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1009         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1010             return;
1011         }
1012         // Handle single value settings first:
1013         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1014             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1015             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1016             if ( default_clickto == -1 ) {
1017                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1018                         + "] for [default_click_to]" );
1019                 default_clickto = 0;
1020             }
1021             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1022                 // Deprecated.
1023             }
1024         }
1025         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1026             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1027             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1028                 _ui = UI.NATIVE;
1029             }
1030             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1031                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1032             }
1033             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1034                 _ui = UI.UNKNOWN;
1035             }
1036             else {
1037                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1038                         + "]" );
1039                 _ui = UI.UNKNOWN;
1040             }
1041         }
1042         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1043             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1044         }
1045         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1046             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1047         }
1048         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1049             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1050             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1051                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1052             }
1053             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1054                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1055             }
1056             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1057                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1058             }
1059             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1060                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1061             }
1062             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1063                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1064             }
1065             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1066                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1067             }
1068             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1069                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1070             }
1071             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1072                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1073             }
1074             else {
1075                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1076                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1077                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1078             }
1079         }
1080         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1081             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1082             final double d = parseDouble( mcv_str );
1083             setMinConfidenceValue( d );
1084         }
1085         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1086             processFontFamily( st );
1087         }
1088         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1089             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1090             final int i = parseInt( size_str );
1091             if ( i > 0 ) {
1092                 setBaseFontSize( i );
1093             }
1094         }
1095         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1096             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1097             final int i = parseInt( size_str );
1098             if ( i > 0 ) {
1099                 setMinBaseFontSize( i );
1100             }
1101         }
1102         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1103             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1104             final int i = parseInt( size_str );
1105             if ( i > 1 ) {
1106                 setMaxBaseFontSize( i );
1107             }
1108         }
1109         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1110             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1111             final int i = parseInt( str );
1112             if ( i > 0 ) {
1113                 setGraphicsExportX( i );
1114             }
1115         }
1116         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1117             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1118             final int i = parseInt( str );
1119             if ( i > 0 ) {
1120                 setGraphicsExportY( i );
1121             }
1122         }
1123         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1124             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1125             final float f = parseFloat( str );
1126             if ( f > 0 ) {
1127                 setPrintLineWidth( f );
1128             }
1129             else {
1130                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1131                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1132             }
1133         }
1134         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1135             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1136             final int i = parseInt( str );
1137             if ( i > 0 ) {
1138                 setFrameXSize( i );
1139             }
1140         }
1141         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1142             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1143             final int i = parseInt( str );
1144             if ( i > 0 ) {
1145                 setFrameYSize( i );
1146             }
1147         }
1148         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1149             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1150             final int i = parseInt( str );
1151             if ( i >= 0 ) {
1152                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1153             }
1154             else {
1155                 ForesterUtil
1156                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1157                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1158             }
1159         }
1160         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1161             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1162             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1163                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1164             }
1165         }
1166         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1167             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1168             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1169                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1170             }
1171         }
1172         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1173             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1174             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1175                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1176             }
1177         }
1178         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1179             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1180         }
1181         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1182             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1183         }
1184         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1185             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1186         }
1187         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1188             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1189         }
1190         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1191             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1192         }
1193         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1194             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1195         }
1196         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1197             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1198         }
1199         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1200             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1201             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1202                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1203             }
1204             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1205                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1206             }
1207             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1208                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1209             }
1210             else {
1211                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1212                         + "] for [cladogram_type]" );
1213             }
1214         }
1215         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1216             ForesterUtil
1217                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1218                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1219         }
1220         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1221             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1222         }
1223         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1224             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1225         }
1226         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1227             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1228             setOvMaxWidth( i );
1229         }
1230         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1231             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1232             setOvMaxHeight( i );
1233         }
1234         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1235             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1236             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1237                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1238             }
1239             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1240                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1241             }
1242             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1243                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1244             }
1245             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1246                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1247             }
1248             else {
1249                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1250                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1251                         + "] for [overview_placement_type]" );
1252             }
1253         }
1254         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1255             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1256             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1257                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1258             }
1259             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1260                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1261             }
1262             else {
1263                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1264                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1265                         + "] for [node_label_direction]" );
1266             }
1267         }
1268         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1269             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1270             if ( i >= 0 ) {
1271                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1272             }
1273             else {
1274                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1275                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1276             }
1277         }
1278         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1279             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1280             if ( i >= 0 ) {
1281                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1282             }
1283             else {
1284                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1285                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1286             }
1287         }
1288         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1289             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1290         }
1291         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1292             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1293         }
1294         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1295             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1296             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1297                 ForesterUtil
1298                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1299                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1300             }
1301             else {
1302                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1303             }
1304         }
1305         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1306             final String s = ( String ) st.nextElement();
1307             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1308                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1309             }
1310             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1311                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1312             }
1313             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1314                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1315             }
1316             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1317                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1318             }
1319             else {
1320                 ForesterUtil
1321                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1322                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1323                                                       + s
1324                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1325             }
1326             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1327                 ForesterUtil
1328                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1329                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1330             }
1331         }
1332         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1333             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1334         }
1335         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1336             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1337         }
1338         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1339             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1340         }
1341         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1342             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1343         }
1344         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1345             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1346         }
1347         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1348             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1349         }
1350         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1351             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1352         }
1353         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1354             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1355         }
1356         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1357             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1358         }
1359         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1360             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1361         }
1362         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1363             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1364         }
1365         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1366             ForesterUtil
1367                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1368                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1369             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1370             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1371             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1372         }
1373         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1374             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1375         }
1376         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1377             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1378         }
1379         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1380             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1381             setDefaultNodeShapeSize( i );
1382         }
1383         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1384             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1385             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1386                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1387             }
1388             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1389                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1390             }
1391             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1392                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1393             }
1394             else {
1395                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1396                         + "] for [default_node_fill]" );
1397             }
1398         }
1399         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1400             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1401             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1402                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1403             }
1404             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1405                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1406             }
1407             else {
1408                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1409                         + "] for [default_node_shape]" );
1410             }
1411         }
1412         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1413             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1414         }
1415         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1416             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1417         }
1418         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1419             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1420             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1421                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1422             }
1423             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1424                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1425             }
1426             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1427                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1428             }
1429             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1430                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1431             }
1432             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1433                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1434             }
1435             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1436                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1437             }
1438             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1439                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1440             }
1441             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1442                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1443             }
1444             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1445                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1446             }
1447             else {
1448                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1449                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1450             }
1451         }
1452         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1453             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1454             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1455                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1456                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1457             }
1458             else {
1459                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1460             }
1461         }
1462         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1463             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1464             if ( s.equals( "console" ) ) {
1465                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1466             }
1467             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1468                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1469             }
1470             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1471                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1472             }
1473             else {
1474                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1475                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1476             }
1477         }
1478         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1479             // yet retrieved!
1480             int key_index = -1;
1481             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1482                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1483                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1484                     ForesterUtil
1485                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1486                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1487                 }
1488             }
1489             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1490                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1491             }
1492             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1493                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1494             }
1495             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1496                 key_index = Configuration.show_node_names;
1497             }
1498             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1499                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1500                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1501                     ForesterUtil
1502                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1503                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1504                 }
1505             }
1506             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1507                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1508                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1509                 key_index = DEPRECATED;
1510             }
1511             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1512                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1513                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1514                     ForesterUtil
1515                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1516                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1517                 }
1518             }
1519             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1520                 key_index = Configuration.write_events;
1521                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1522                     ForesterUtil
1523                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1524                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1525                 }
1526             }
1527             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1528                 key_index = Configuration.color_branches;
1529             }
1530             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1531                 key_index = Configuration.width_branches;
1532             }
1533             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1534                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1535                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1536                 key_index = DEPRECATED;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1542                 key_index = Configuration.show_annotation;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1560                 ForesterUtil
1561                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1562                 key_index = DEPRECATED;
1563             }
1564             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1565                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1566             }
1567             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1568                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1569             }
1570             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1571                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1572                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1573                 key_index = DEPRECATED;
1574             }
1575             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1576                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1577             }
1578             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1579                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1580             }
1581             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1582                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1583             }
1584             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1585                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1586             }
1587             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1588                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1589             }
1590             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1591                 key_index = Configuration.show_properties;
1592             }
1593             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1594                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1595             }
1596             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1597                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1598             }
1599             // If we've found the key, set the values
1600             if ( key_index >= 0 ) {
1601                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1602                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1603                 // otherwise, keep looking
1604             }
1605             else {
1606                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1607                     // Deprecated.
1608                 }
1609                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1610                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1611                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1612                     if ( key_index >= 0 ) {
1613                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1614                     }
1615                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1616                         // Deprecated.
1617                     }
1618                     else {
1619                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1620                                 + click_to_name );
1621                     }
1622                 }
1623                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1624                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1625                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1626                 }
1627                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1628                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1629                 }
1630                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1631                     getAnnotationColors()
1632                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1633                 }
1634                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1635                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1636                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1637                 }
1638                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1639                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1640                 }
1641                 else {
1642                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1643                             + "] in: " + config_filename );
1644                 }
1645             }
1646         }
1647         else {
1648             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1649                     + config_filename );
1650         }
1651     }
1652
1653     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1654         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1655     }
1656
1657     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1658         _ov_max_height = ov_max_height;
1659     }
1660
1661     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1662         _ov_max_width = ov_max_width;
1663     }
1664
1665     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1666         _ov_placement = ov_placement;
1667     }
1668
1669     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1670         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1671     }
1672
1673     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1674         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1675     }
1676
1677     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1678         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1679     }
1680
1681     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1682         _show_overview = show_overview;
1683     }
1684
1685     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1686         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1687     }
1688
1689     static String getDefaultFontFamilyName() {
1690         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1691     }
1692
1693     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1694         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
1695     }
1696
1697     public enum UI {
1698         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1699     }
1700
1701     static enum TRIPLET {
1702         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1703     }
1704
1705     public boolean isMidpointReroot() {
1706         return _midpoint_root;
1707     }
1708
1709     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
1710         _midpoint_root = midpoint_root;
1711     }
1712 }