forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  53 import org.forester.util.ForesterUtil;
  54
  55 public final class Configuration {
  56
  57     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  58     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  59     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  60     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  61     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  62     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  63     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  64     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  65     private File                            _mafft                                                 = null;
  66     private File                            _clustalo                                              = null;
  67     private File                            _fastme                                                = null;
  68     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  69     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  70     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  71     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  72     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  73     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  74     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  75     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  76     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  77     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  78     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  79     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  80     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  81     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  82     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  83     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  84     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  85     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  86     private boolean                         _editable                                              = true;
  87     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  88     private boolean                         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes                = false;
  89     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  90     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  91     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  92     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  93     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  94     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  95     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  96     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
  97     private boolean                         _show_default_node_shapes                              = false;
  98     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
  99     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
 100     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 101     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 102     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 103     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 104     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 105     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 106     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 107     final static int                        write_events                                           = 5;
 108     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 109     final static int                        color_branches                                         = 7;
 110     final static int                        width_branches                                         = 8;
 111     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 112     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 113     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 114     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 115     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 116     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 117     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 118     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 119     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 120     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 121     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 122     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 123     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 124     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 125     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 126     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 127     final static int                        show_properties                                        = 25;
 128     // ------------------
 129     // Click-to options
 130     // ------------------
 131     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 132     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 133     final static int                        reroot                                                 = 2;
 134     final static int                        subtree                                                = 3;
 135     final static int                        swap                                                   = 4;
 136     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 137     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 138     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 139     final static int                        blast                                                  = 8;
 140     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 141     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 142     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 143     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 144     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 145     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 146     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 147     // ---------------------------
 148     // Display options for trees
 149     // ---------------------------
 150     // ---------------------------------
 151     // Pertaining to the config itself
 152     // ---------------------------------
 153     // Full path to config (may be URL)
 154     String                                  config_filename;
 155     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 156     final static String                     display_options[][]                                    = {
 157             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 158             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 159             { "Taxonomy Colorize", "display", "no" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 160             { "Use Branch-Widths", "display", "no" }, { "Show Custom Nodes", "display", "yes" },
 161             { "Domains", "nodisplay", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
 162             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Name", "display", "yes" },
 163             { "Prot/Gene Acc", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
 164             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 165             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" },
 166             { "Prot/Gene Symbol", "display", "yes" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 167             { "Relation Confidence", "display", "no" }, { "Vector Data", "display", "no" },
 168             { "Taxonomy Images", "display", "no" }, { "Properties", "display", "no" }             };
 169     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 170             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 171             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 172             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 173             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 174             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 175             { "Sort Descendants", "display" }                                                     };
 176     // This option is selected in the dropdown
 177     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 178     // --------------
 179     // Color set
 180     // --------------
 181     TreeColorSet                            tree_color_set;
 182     // -------
 183     // Fonts
 184     // -------
 185     TreeFontSet                             tree_font_set;
 186     // ----------------
 187     // Species colors
 188     // ----------------
 189     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 190     // ----------------
 191     // Domain colors
 192     // ----------------
 193     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 194     // ----------------
 195     // Function colors
 196     // ----------------
 197     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 198     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 199     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 200     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 201     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 202     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 203     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 204     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 205     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 206     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 207     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 208     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 209     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 210     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 211     static {
 212         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 213             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 214                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 215                 break;
 216             }
 217         }
 218         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 219             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 220         }
 221     }
 222
 223     public Configuration() {
 224         this( null, false, false, false );
 225     }
 226
 227     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 228         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 229             config_filename = default_config_filename;
 230         }
 231         else {
 232             config_filename = cf;
 233         }
 234         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 235         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 236         config_filename = config_filename.trim();
 237         URL u = null;
 238         if ( is_url ) {
 239             // If URL, open accordingly
 240             try {
 241                 u = new URL( config_filename );
 242                 try {
 243                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 244                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 245                     readConfig( bf );
 246                     bf.close();
 247                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 248                             + config_filename + "]" );
 249                 }
 250                 catch ( final Exception e ) {
 251                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 252                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 253                 }
 254             }
 255             catch ( final Exception e ) {
 256                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 257                         + config_filename + "]" );
 258             }
 259         }
 260         else {
 261             // Otherwise, open as a file
 262             File f = new File( config_filename );
 263             if ( !f.exists() ) {
 264                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 265             }
 266             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 267                 try {
 268                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 269                     readConfig( bf );
 270                     bf.close();
 271                 }
 272                 catch ( final Exception e ) {
 273                     if ( verbose ) {
 274                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 275                                 + config_filename + "]: " + e );
 276                     }
 277                 }
 278             }
 279             else {
 280                 if ( verbose ) {
 281                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 282                             + config_filename + "]" );
 283                 }
 284             }
 285         }
 286     }
 287
 288     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 289         WebLink weblink = null;
 290         boolean ex = false;
 291         try {
 292             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 293         }
 294         catch ( final MalformedURLException e ) {
 295             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 296             ex = true;
 297         }
 298         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 299             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 300         }
 301     }
 302
 303     boolean displaySequenceRelations() {
 304         return _display_sequence_relations;
 305     }
 306
 307     boolean doCheckOption( final int which ) {
 308         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 309                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 310     }
 311
 312     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 313         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 314     }
 315
 316     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 317         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 318     }
 319
 320     /**
 321      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 322      * this or not (e.g. phylogram)
 323      *
 324      */
 325     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 326         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 327     }
 328
 329     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 330         if ( _annotation_colors == null ) {
 331             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 332         }
 333         return _annotation_colors;
 334     }
 335
 336     public String getBaseFontFamilyName() {
 337         return _base_font_family_name;
 338     }
 339
 340     int getBaseFontSize() {
 341         return _base_font_size;
 342     }
 343
 344     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 345         return _cladogram_type;
 346     }
 347
 348     private int getClickToIndex( final String name ) {
 349         int index = -1;
 350         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 351             index = Configuration.display_node_data;
 352             ForesterUtil
 353                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 354                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 355         }
 356         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 357             index = Configuration.display_node_data;
 358         }
 359         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 360             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 361         }
 362         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 363             index = Configuration.reroot;
 364         }
 365         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 366             index = Configuration.subtree;
 367         }
 368         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 369             index = Configuration.swap;
 370         }
 371         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 372             index = Configuration.sort_descendents;
 373         }
 374         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 375             ForesterUtil
 376                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 377             return DEPRECATED;
 378         }
 379         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 380             index = Configuration.open_seq_web;
 381         }
 382         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 383             index = Configuration.open_tax_web;
 384         }
 385         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 386             index = Configuration.blast;
 387         }
 388         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 389             index = Configuration.cut_subtree;
 390         }
 391         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 392             index = Configuration.copy_subtree;
 393         }
 394         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 395             index = Configuration.paste_subtree;
 396         }
 397         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 398             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 399         }
 400         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 401             index = Configuration.add_new_node;
 402         }
 403         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 404             index = Configuration.edit_node_data;
 405         }
 406         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 407             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 408                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 409             return DEPRECATED;
 410         }
 411         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 412             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 413             return DEPRECATED;
 414         }
 415         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 416             index = Configuration.color_subtree;
 417         }
 418         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 419             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 420             return DEPRECATED;
 421         }
 422         return index;
 423     }
 424
 425     int getClickToOptionsCount() {
 426         return clickto_options.length;
 427     }
 428
 429     String getClickToTitle( final int which ) {
 430         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 431     }
 432
 433     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 434         return _default_bootstrap_samples;
 435     }
 436
 437     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 438         return default_clickto;
 439     }
 440
 441     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 442         return _default_node_fill;
 443     }
 444
 445     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 446         return _default_node_shape;
 447     }
 448
 449     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 450         return _default_node_shape_size;
 451     }
 452
 453     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 454         return _display_colors;
 455     }
 456
 457     String getDisplayTitle( final int which ) {
 458         return display_options[ which ][ 0 ];
 459     }
 460
 461     Map<String, Color> getDomainColors() {
 462         if ( _domain_colors == null ) {
 463             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 464         }
 465         return _domain_colors;
 466     }
 467
 468     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 469         return _domain_structure_base_color;
 470     }
 471
 472     public Color getDomainStructureFontColor() {
 473         return _domain_structure_font_color;
 474     }
 475
 476     int getGraphicsExportX() {
 477         return _graphics_export_x;
 478     }
 479
 480     int getGraphicsExportY() {
 481         return _graphics_export_y;
 482     }
 483
 484     Color getGuiBackgroundColor() {
 485         return _gui_background_color;
 486     }
 487
 488     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 489         return _gui_button_background_color;
 490     }
 491
 492     Color getGuiButtonBorderColor() {
 493         return _gui_button_border_color;
 494     }
 495
 496     Color getGuiButtonTextColor() {
 497         return _gui_button_text_color;
 498     }
 499
 500     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 501         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 502     }
 503
 504     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 505         return _gui_checkbox_text_color;
 506     }
 507
 508     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 509         return _gui_menu_background_color;
 510     }
 511
 512     Color getGuiMenuTextColor() {
 513         return _gui_menu_text_color;
 514     }
 515
 516     double getMinConfidenceValue() {
 517         return _min_confidence_value;
 518     }
 519
 520     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 521         return _node_label_direction;
 522     }
 523
 524     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 525         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 526     }
 527
 528     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 529         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 530     }
 531
 532     short getOvMaxHeight() {
 533         return _ov_max_height;
 534     }
 535
 536     short getOvMaxWidth() {
 537         return _ov_max_width;
 538     }
 539
 540     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 541         return _ov_placement;
 542     }
 543
 544     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 545         return _phylogeny_graphics_type;
 546     }
 547
 548     float getPrintLineWidth() {
 549         return _print_line_width;
 550     }
 551
 552     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 553         if ( _species_colors == null ) {
 554             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 555         }
 556         return _species_colors;
 557     }
 558
 559     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 560         return null;
 561     }
 562
 563     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 564         return null;
 565     }
 566
 567     WebLink getWebLink( final String source ) {
 568         return getWebLinks().get( source );
 569     }
 570
 571     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 572         return _weblinks;
 573     }
 574
 575     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 576         return _abbreviate_scientific_names;
 577     }
 578
 579     boolean isAntialiasScreen() {
 580         return _antialias_screen;
 581     }
 582
 583     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 584         return _background_color_gradient;
 585     }
 586
 587     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 588         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 589     }
 590
 591     /**
 592      * Convenience method.
 593      *
 594      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 595      */
 596     boolean isDrawAsPhylogram() {
 597         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 598     }
 599
 600     boolean isEditable() {
 601         return _editable;
 602     }
 603
 604     boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 605         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 606     }
 607
 608     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 609         return getWebLinks().containsKey( source );
 610     }
 611
 612     /**
 613      * Only used by ArchaeoptryxE.
 614      *
 615      */
 616     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 617         return _hide_controls_and_menus;
 618     }
 619
 620     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 621         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 622     }
 623
 624     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 625         return _nh_parsing_replace_underscores;
 626     }
 627
 628     boolean isShowBranchLengthValues() {
 629         return _show_branch_length_values;
 630     }
 631
 632     public boolean isShowDefaultNodeShapes() {
 633         return _show_default_node_shapes;
 634     }
 635
 636     public boolean isShowDomainLabels() {
 637         return _show_domain_labels;
 638     }
 639
 640     boolean isShowOverview() {
 641         return _show_overview;
 642     }
 643
 644     boolean isShowScale() {
 645         return _show_scale;
 646     }
 647
 648     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 649         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 650     }
 651
 652     final boolean isUseNativeUI() {
 653         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() && AptxUtil.isJava15() ) {
 654             _ui = UI.NATIVE;
 655         }
 656         return _ui == UI.NATIVE;
 657     }
 658
 659     /**
 660      * Only used by ArchaeoptryxE.
 661      *
 662      */
 663     boolean isUseTabbedDisplay() {
 664         return _use_tabbed_display;
 665     }
 666
 667     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 668         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 669     }
 670
 671     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 672         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 673         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 674             return true;
 675         }
 676         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 677             return false;
 678         }
 679         else {
 680             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 681             return false;
 682         }
 683     }
 684
 685     private double parseDouble( final String str ) {
 686         double d = 0.0;
 687         try {
 688             d = Double.parseDouble( str );
 689         }
 690         catch ( final Exception e ) {
 691             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 692             d = 0.0;
 693         }
 694         return d;
 695     }
 696
 697     private float parseFloat( final String str ) {
 698         float f = 0.0f;
 699         try {
 700             f = Float.parseFloat( str );
 701         }
 702         catch ( final Exception e ) {
 703             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 704             f = 0.0f;
 705         }
 706         return f;
 707     }
 708
 709     private int parseInt( final String str ) {
 710         int i = -1;
 711         try {
 712             i = Integer.parseInt( str );
 713         }
 714         catch ( final Exception e ) {
 715             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 716             i = -1;
 717         }
 718         return i;
 719     }
 720
 721     private short parseShort( final String str ) {
 722         short i = -1;
 723         try {
 724             i = Short.parseShort( str );
 725         }
 726         catch ( final Exception e ) {
 727             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 728             i = -1;
 729         }
 730         return i;
 731     }
 732
 733     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 734         setBaseFontFamilyName( "" );
 735         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 736         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 737         for( String font : fonts ) {
 738             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 739             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 740                 setBaseFontFamilyName( font );
 741                 break;
 742             }
 743         }
 744     }
 745
 746     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 747         getDisplayColors().put( key, color );
 748     }
 749
 750     /**
 751      * read each line of config file, process non-comment lines
 752      * @throws IOException
 753      */
 754     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 755         String line;
 756         do {
 757             line = conf_in.readLine();
 758             if ( line != null ) {
 759                 line = line.trim();
 760                 // skip comments and blank lines
 761                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 762                     // convert runs of spaces to tabs
 763                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 764                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 765                     setKeyValue( st );
 766                 }
 767             }
 768         } while ( line != null );
 769     }
 770
 771     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 772         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 773     }
 774
 775     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 776         _antialias_screen = antialias_screen;
 777     }
 778
 779     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 780         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 781     }
 782
 783     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 784         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 785     }
 786
 787     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 788         _base_font_size = base_font_size;
 789     }
 790
 791     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 792         _cladogram_type = cladogram_type;
 793     }
 794
 795     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 796         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 797     }
 798
 799     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 800         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 801     }
 802
 803     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 804         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 805     }
 806
 807     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 808         _default_node_fill = default_node_fill;
 809     }
 810
 811     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 812         _default_node_shape = default_node_shape;
 813     }
 814
 815     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 816         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 817     }
 818
 819     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 820         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 821     }
 822
 823     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 824         _display_colors = display_colors;
 825     }
 826
 827     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 828         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 829     }
 830
 831     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 832         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 833     }
 834
 835     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 836         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 837     }
 838
 839     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 840         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 841     }
 842
 843     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 844         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 845     }
 846
 847     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 848         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 849     }
 850
 851     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 852         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 853     }
 854
 855     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 856         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 857     }
 858
 859     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 860         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 861     }
 862
 863     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 864         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 865     }
 866
 867     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 868         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 869     }
 870
 871     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 872         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 873     }
 874
 875     private void setEditable( final boolean editable ) {
 876         _editable = editable;
 877     }
 878
 879     public void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 880         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 881     }
 882
 883     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 884         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 885     }
 886
 887     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 888         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 889     }
 890
 891     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 892         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 893     }
 894
 895     /**
 896      * Set a key-value(s) tuple
 897      */
 898     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 899         String key = ( String ) st.nextElement();
 900         key = key.replace( ':', ' ' );
 901         key = key.trim();
 902         key = key.toLowerCase();
 903         // Handle single value settings first:
 904         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 905             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 906             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 907             if ( default_clickto == -1 ) {
 908                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 909                         + "] for [default_click_to]" );
 910                 default_clickto = 0;
 911             }
 912             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 913                 // Deprecated.
 914             }
 915         }
 916         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 917             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 918             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 919                 _ui = UI.NATIVE;
 920             }
 921             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 922                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 923             }
 924             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 925                 _ui = UI.UNKNOWN;
 926             }
 927             else {
 928                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 929                         + "]" );
 930                 _ui = UI.UNKNOWN;
 931             }
 932         }
 933         else if ( key.equals( "path_to_mafft" ) ) {
 934             setPathToMafft( new File( ( String ) st.nextElement() ) );
 935         }
 936         else if ( key.equals( "path_to_clustalo" ) ) {
 937             setPathToClustalOmega( new File( ( String ) st.nextElement() ) );
 938         }
 939         else if ( key.equals( "path_to_fastme" ) ) {
 940             setPathToFastME( new File( ( String ) st.nextElement() ) );
 941         }
 942         else if ( key.equals( "path_to_mafft" ) ) {
 943             setPathToMafft( new File( ( String ) st.nextElement() ) );
 944         }
 945         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 946             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 947         }
 948         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 949             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 950         }
 951         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 952             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 953             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 954                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 955             }
 956             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 957                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 958             }
 959             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 960                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 961             }
 962             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 963                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 964             }
 965             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 966                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 967             }
 968             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 969                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 970             }
 971             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 972                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 973             }
 974             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 975                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 976             }
 977             else {
 978                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 979                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 980                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 981             }
 982         }
 983         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 984             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 985             final double d = parseDouble( mcv_str );
 986             setMinConfidenceValue( d );
 987         }
 988         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 989             processFontFamily( st );
 990         }
 991         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 992             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 993             final int i = parseInt( size_str );
 994             setBaseFontSize( i );
 995         }
 996         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
 997             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 998             final int i = parseInt( str );
 999             setGraphicsExportX( i );
1000         }
1001         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1002             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1003             final int i = parseInt( str );
1004             setGraphicsExportY( i );
1005         }
1006         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1007             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1008             final float f = parseFloat( str );
1009             if ( f > 0 ) {
1010                 setPrintLineWidth( f );
1011             }
1012             else {
1013                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1014                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1015             }
1016         }
1017         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1018             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1019             final int i = parseInt( str );
1020             if ( i >= 0 ) {
1021                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1022             }
1023             else {
1024                 ForesterUtil
1025                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1026                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1027             }
1028         }
1029         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1030             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1031         }
1032         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1033             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1034         }
1035         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1036             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1037         }
1038         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1039             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1040         }
1041         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1042             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1043         }
1044         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1045             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1046         }
1047         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1048             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1049         }
1050         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1051             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1052             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1053                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1054             }
1055             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1056                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1057             }
1058             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1059                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1060             }
1061             else {
1062                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1063                         + "] for [cladogram_type]" );
1064             }
1065         }
1066         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1067             ForesterUtil
1068                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1069                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1070         }
1071         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1072             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1073         }
1074         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1075             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1076         }
1077         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1078             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1079             setOvMaxWidth( i );
1080         }
1081         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1082             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1083             setOvMaxHeight( i );
1084         }
1085         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1086             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1087             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1088                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1089             }
1090             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1091                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1092             }
1093             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1094                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1095             }
1096             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1097                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1098             }
1099             else {
1100                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1101                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1102                         + "] for [overview_placement_type]" );
1103             }
1104         }
1105         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1106             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1107             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1108                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1109             }
1110             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1111                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1112             }
1113             else {
1114                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1115                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1116                         + "] for [node_label_direction]" );
1117             }
1118         }
1119         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1120             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1121             if ( i >= 0 ) {
1122                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1123             }
1124             else {
1125                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1126                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1127             }
1128         }
1129         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1130             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1131             if ( i >= 0 ) {
1132                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1133             }
1134             else {
1135                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1136                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1137             }
1138         }
1139         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1140             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1141         }
1142         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1143             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1144         }
1145         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1146             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1147             if ( r && isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
1148                 ForesterUtil
1149                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1150                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1151             }
1152             else {
1153                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1154             }
1155         }
1156         else if ( key.equals( "extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing" ) ) {
1157             final boolean e = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1158             if ( e && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1159                 ForesterUtil
1160                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1161                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1162             }
1163             else {
1164                 setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( e );
1165             }
1166         }
1167         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1168             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1169         }
1170         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1171             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1172         }
1173         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1174             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1175         }
1176         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1177             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1178         }
1179         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1180             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1181         }
1182         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1183             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1184         }
1185         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1186             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1187         }
1188         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1189             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1190         }
1191         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1192             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1193         }
1194         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1195             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1196         }
1197         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1198             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1199         }
1200         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1201             setShowDefaultNodeShapes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1202         }
1203         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1204             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1205             setDefaultNodeShapeSize( i );
1206         }
1207         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1208             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1209             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1210                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1211             }
1212             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1213                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1214             }
1215             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1216                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1217             }
1218             else {
1219                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1220                         + "] for [default_node_fill]" );
1221             }
1222         }
1223         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1224             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1225             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1226                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1227             }
1228             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1229                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1230             }
1231             else {
1232                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1233                         + "] for [default_node_shape]" );
1234             }
1235         }
1236         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1237             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1238         }
1239         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1240             // yet retrieved!
1241             int key_index = -1;
1242             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1243                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1244                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1245                     ForesterUtil
1246                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1247                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1248                 }
1249             }
1250             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1251                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1252             }
1253             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1254                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1255             }
1256             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1257                 key_index = Configuration.show_node_names;
1258             }
1259             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1260                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1261                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1262                     ForesterUtil
1263                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1264                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1265                 }
1266             }
1267             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1268                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1269                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1270                 key_index = DEPRECATED;
1271             }
1272             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1273                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1274                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1275                     ForesterUtil
1276                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1277                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1278                 }
1279             }
1280             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1281                 key_index = Configuration.write_events;
1282                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1283                     ForesterUtil
1284                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1285                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1286                 }
1287             }
1288             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1289                 key_index = Configuration.color_branches;
1290             }
1291             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1292                 key_index = Configuration.width_branches;
1293             }
1294             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1295                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1296                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1297             }
1298             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1299                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1300                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1301             }
1302             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1303                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1304                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1305             }
1306             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1307                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1308                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1309                 key_index = DEPRECATED;
1310             }
1311             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1312                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1313             }
1314             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1315                 key_index = Configuration.show_annotation;
1316             }
1317             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1318                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1319             }
1320             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1321                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1322             }
1323             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1324                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1325             }
1326             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1327                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1328             }
1329             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1330                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1331             }
1332             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1333                 ForesterUtil
1334                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1335                 key_index = DEPRECATED;
1336             }
1337             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1338                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1339             }
1340             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1341                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1342             }
1343             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1344                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1345                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1346                 key_index = DEPRECATED;
1347             }
1348             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1349                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1350             }
1351             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1352                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1353             }
1354             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1355                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1356             }
1357             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1358                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1359             }
1360             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1361                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1362             }
1363             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1364                 key_index = Configuration.show_properties;
1365             }
1366             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1367                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1368             }
1369             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1370                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1371             }
1372             // If we've found the key, set the values
1373             if ( key_index >= 0 ) {
1374                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1375                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1376                 // otherwise, keep looking
1377             }
1378             else {
1379                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1380                     // Deprecated.
1381                 }
1382                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1383                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1384                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1385                     if ( key_index >= 0 ) {
1386                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1387                     }
1388                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1389                         // Deprecated.
1390                     }
1391                     else {
1392                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1393                                 + click_to_name );
1394                     }
1395                 }
1396                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1397                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1398                 }
1399                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1400                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1401                 }
1402                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1403                     getAnnotationColors()
1404                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1405                 }
1406                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1407                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1408                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1409                 }
1410                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1411                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1412                 }
1413                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1414                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1415                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1416                                        ( String ) st.nextElement(),
1417                                        ( String ) st.nextElement() );
1418                     }
1419                     else {
1420                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1421                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1422                     }
1423                 }
1424                 else {
1425                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1426                             + "] in: " + config_filename );
1427                 }
1428             }
1429         }
1430         else {
1431             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1432                     + config_filename );
1433         }
1434     }
1435
1436     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1437         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1438     }
1439
1440     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1441         _node_label_direction = node_label_direction;
1442     }
1443
1444     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1445         this._number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1446     }
1447
1448     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1449         this._number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1450     }
1451
1452     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1453         _ov_max_height = ov_max_height;
1454     }
1455
1456     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1457         _ov_max_width = ov_max_width;
1458     }
1459
1460     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1461         _ov_placement = ov_placement;
1462     }
1463
1464     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1465         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1466     }
1467
1468     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1469         _print_line_width = print_line_width;
1470     }
1471
1472     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1473         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1474     }
1475
1476     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1477         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1478     }
1479
1480     public void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
1481         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
1482     }
1483
1484     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1485         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1486     }
1487
1488     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1489         _show_overview = show_overview;
1490     }
1491
1492     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1493         _show_scale = show_scale;
1494     }
1495
1496     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
1497         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1498     }
1499
1500     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1501         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1502     }
1503
1504     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
1505         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1506     }
1507
1508     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1509         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1510     }
1511
1512     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1513         _weblinks = weblinks;
1514     }
1515
1516     static String getDefaultFontFamilyName() {
1517         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1518     }
1519
1520     public File getPathToMafft() {
1521         return _mafft;
1522     }
1523
1524     public File getPathToClustalOmega() {
1525         return _clustalo;
1526     }
1527
1528     public File getPathToFastME() {
1529         return _fastme;
1530     }
1531
1532     public void setPathToMafft( final File mafft ) {
1533         _mafft = mafft;
1534     }
1535
1536     public void setPathToClustalOmega( final File clustalo ) {
1537         _clustalo = clustalo;
1538     }
1539
1540     public void setPathToFastME( final File fastme ) {
1541         _fastme = fastme;
1542     }
1543
1544     static enum TRIPLET {
1545         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1546     }
1547
1548     public enum UI {
1549         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1550     }
1551 }