forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  53 import org.forester.util.ForesterUtil;
  54
  55 public final class Configuration {
  56
  57     public enum UI {
  58         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
  59     }
  60     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  61     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  62     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  63     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  64     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  65     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  66     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  67     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  68     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  69     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  70     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  71     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  72     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  73     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  74     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  75     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  76     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  77     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  78     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  79     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  80     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  81     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  82     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  83     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  84     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  85     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  86     private boolean                         _editable                                              = true;
  87     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  88     private boolean                         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes                = false;
  89     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  90     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  91     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  92     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  93     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  94     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  95     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  96     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
  97     private boolean                         _show_default_node_shapes                              = false;
  98     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
  99     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
 100     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 101     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 102     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 103     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 104     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 105     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 106     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 107     final static int                        write_events                                           = 5;
 108     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 109     final static int                        color_branches                                         = 7;
 110     final static int                        width_branches                                         = 8;
 111     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 112     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 113     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 114     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 115     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 116     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 117     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 118     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 119     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 120     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 121     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 122     final static int                        show_property                                          = 20;
 123     final static int                        show_gene_symbols                                      = 21;
 124     final static int                        node_data_popup                                        = 22;
 125     final static int                        show_relation_confidence                               = 23;
 126     final static int                        show_vector_data                                       = 24;
 127     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 25;
 128     // ------------------
 129     // Click-to options
 130     // ------------------
 131     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 132     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 133     final static int                        reroot                                                 = 2;
 134     final static int                        subtree                                                = 3;
 135     final static int                        swap                                                   = 4;
 136     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 137     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 138     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 139     final static int                        cut_subtree                                            = 8;
 140     final static int                        copy_subtree                                           = 9;
 141     final static int                        paste_subtree                                          = 10;
 142     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 11;
 143     final static int                        add_new_node                                           = 12;
 144     final static int                        edit_node_data                                         = 13;
 145     final static int                        blast                                                  = 14;
 146     // ---------------------------
 147     // Display options for trees
 148     // ---------------------------
 149     // ---------------------------------
 150     // Pertaining to the config itself
 151     // ---------------------------------
 152     // Full path to config (may be URL)
 153     String                                  config_filename;
 154     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 155     final static String                     display_options[][]                                    = {
 156             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 157             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Value", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 158             { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 159             { "Use Branch-Widths", "display", "no" }, { "Show Custom Nodes", "display", "yes" },
 160             { "Domains", "nodisplay", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
 161             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Name", "display", "yes" },
 162             { "Prot/Gene Acc", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
 163             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 164             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" },
 165             { "Property", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Symbol", "display", "yes" },
 166             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "display", "no" },
 167             { "Vector Data", "display", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" }            };
 168     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 169             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 170             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 171             { "Open Sequence Web", "nodisplay" }, { "Open Taxonomy Web", "nodisplay" }, { "Cut Subtree", "display" },
 172             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
 173             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Blast", "display" } };
 174     // This option is selected in the dropdown
 175     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 176     // --------------
 177     // Color set
 178     // --------------
 179     TreeColorSet                            tree_color_set;
 180     // -------
 181     // Fonts
 182     // -------
 183     TreeFontSet                             tree_font_set;
 184     // ----------------
 185     // Species colors
 186     // ----------------
 187     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 188     // ----------------
 189     // Domain colors
 190     // ----------------
 191     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 192     // ----------------
 193     // Function colors
 194     // ----------------
 195     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 196     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 197     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 198     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 199     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 200     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 201     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 202     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 203     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 204     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 205     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 206     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 207     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 208     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 209     static {
 210         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 211             if ( Arrays.binarySearch( Util.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 212                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 213                 break;
 214             }
 215         }
 216         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 217             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 218         }
 219     }
 220
 221     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet ) {
 222         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 223             config_filename = default_config_filename;
 224         }
 225         else {
 226             config_filename = cf;
 227         }
 228         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 229         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 230         config_filename = config_filename.trim();
 231         URL u = null;
 232         if ( is_url ) {
 233             // If URL, open accordingly
 234             try {
 235                 u = new URL( config_filename );
 236                 try {
 237                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 238                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 239                     readConfig( bf );
 240                     bf.close();
 241                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 242                             + config_filename + "]" );
 243                 }
 244                 catch ( final Exception e ) {
 245                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 246                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 247                 }
 248             }
 249             catch ( final Exception e ) {
 250                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 251                         + config_filename + "]" );
 252             }
 253         }
 254         else {
 255             // Otherwise, open as a file
 256             File f = new File( config_filename );
 257             if ( !f.exists() ) {
 258                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 259             }
 260             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 261                 try {
 262                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 263                     readConfig( bf );
 264                     bf.close();
 265                 }
 266                 catch ( final Exception e ) {
 267                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 268                             + config_filename + "]: " + e );
 269                 }
 270             }
 271             else {
 272                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 273                         + config_filename + "]" );
 274             }
 275         }
 276     }
 277
 278     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 279         WebLink weblink = null;
 280         boolean ex = false;
 281         try {
 282             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 283         }
 284         catch ( final MalformedURLException e ) {
 285             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 286             ex = true;
 287         }
 288         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 289             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 290         }
 291     }
 292
 293     Color getGuiBackgroundColor() {
 294         return _gui_background_color;
 295     }
 296
 297     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 298         return _gui_checkbox_text_color;
 299     }
 300
 301     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 302         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 303     }
 304
 305     Color getGuiButtonTextColor() {
 306         return _gui_button_text_color;
 307     }
 308
 309     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 310         return _gui_button_background_color;
 311     }
 312
 313     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 314         return _gui_menu_background_color;
 315     }
 316
 317     Color getGuiMenuTextColor() {
 318         return _gui_menu_text_color;
 319     }
 320
 321     Color getGuiButtonBorderColor() {
 322         return _gui_button_border_color;
 323     }
 324
 325     boolean displaySequenceRelations() {
 326         return _display_sequence_relations;
 327     }
 328
 329     boolean doCheckOption( final int which ) {
 330         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 331                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 332     }
 333
 334     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 335         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 336     }
 337
 338     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 339         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 340     }
 341
 342     /**
 343      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 344      * this or not (e.g. phylogram)
 345      *
 346      */
 347     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 348         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 349     }
 350
 351     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 352         if ( _annotation_colors == null ) {
 353             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 354         }
 355         return _annotation_colors;
 356     }
 357
 358     public String getBaseFontFamilyName() {
 359         return _base_font_family_name;
 360     }
 361
 362     int getBaseFontSize() {
 363         return _base_font_size;
 364     }
 365
 366     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 367         return _cladogram_type;
 368     }
 369
 370     private int getClickToIndex( final String name ) {
 371         int index = -1;
 372         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 373             index = Configuration.display_node_data;
 374             ForesterUtil
 375                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 376                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 377         }
 378         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 379             index = Configuration.display_node_data;
 380         }
 381         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 382             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 383         }
 384         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 385             index = Configuration.reroot;
 386         }
 387         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 388             index = Configuration.subtree;
 389         }
 390         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 391             index = Configuration.swap;
 392         }
 393         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 394             ForesterUtil
 395                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 396             return DEPRECATED;
 397         }
 398         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 399             index = Configuration.open_seq_web;
 400         }
 401         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 402             index = Configuration.open_tax_web;
 403         }
 404         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 405             index = Configuration.cut_subtree;
 406         }
 407         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 408             index = Configuration.copy_subtree;
 409         }
 410         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 411             index = Configuration.paste_subtree;
 412         }
 413         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 414             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 415         }
 416         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 417             index = Configuration.add_new_node;
 418         }
 419         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 420             index = Configuration.edit_node_data;
 421         }
 422         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 423             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 424                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 425             return DEPRECATED;
 426         }
 427         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 428             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 429             return DEPRECATED;
 430         }
 431         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 432             index = Configuration.color_subtree;
 433         }
 434         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 435             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 436             return DEPRECATED;
 437         }
 438         return index;
 439     }
 440
 441     int getClickToOptionsCount() {
 442         return clickto_options.length;
 443     }
 444
 445     String getClickToTitle( final int which ) {
 446         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 447     }
 448
 449     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 450         return default_clickto;
 451     }
 452
 453     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 454         return _display_colors;
 455     }
 456
 457     String getDisplayTitle( final int which ) {
 458         return display_options[ which ][ 0 ];
 459     }
 460
 461     Map<String, Color> getDomainColors() {
 462         if ( _domain_colors == null ) {
 463             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 464         }
 465         return _domain_colors;
 466     }
 467
 468     int getGraphicsExportX() {
 469         return _graphics_export_x;
 470     }
 471
 472     int getGraphicsExportY() {
 473         return _graphics_export_y;
 474     }
 475
 476     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 477         return _default_bootstrap_samples;
 478     }
 479
 480     double getMinConfidenceValue() {
 481         return _min_confidence_value;
 482     }
 483
 484     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 485         return _node_label_direction;
 486     }
 487
 488     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 489         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 490     }
 491
 492     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 493         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 494     }
 495
 496     short getOvMaxHeight() {
 497         return _ov_max_height;
 498     }
 499
 500     short getOvMaxWidth() {
 501         return _ov_max_width;
 502     }
 503
 504     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 505         return _ov_placement;
 506     }
 507
 508     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 509         return _phylogeny_graphics_type;
 510     }
 511
 512     float getPrintLineWidth() {
 513         return _print_line_width;
 514     }
 515
 516     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 517         if ( _species_colors == null ) {
 518             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 519         }
 520         return _species_colors;
 521     }
 522
 523     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 524         return null;
 525     }
 526
 527     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 528         return null;
 529     }
 530
 531     WebLink getWebLink( final String source ) {
 532         return getWebLinks().get( source );
 533     }
 534
 535     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 536         return _weblinks;
 537     }
 538
 539     boolean isAntialiasScreen() {
 540         return _antialias_screen;
 541     }
 542
 543     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 544         return _background_color_gradient;
 545     }
 546
 547     /**
 548      * Convenience method.
 549      *
 550      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 551      */
 552     boolean isDrawAsPhylogram() {
 553         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 554     }
 555
 556     boolean isEditable() {
 557         return _editable;
 558     }
 559
 560     boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 561         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 562     }
 563
 564     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 565         return getWebLinks().containsKey( source );
 566     }
 567
 568     /**
 569      * Only used by ArchaeoptryxE.
 570      *
 571      */
 572     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 573         return _hide_controls_and_menus;
 574     }
 575
 576     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 577         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 578     }
 579
 580     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 581         return _nh_parsing_replace_underscores;
 582     }
 583
 584     boolean isShowBranchLengthValues() {
 585         return _show_branch_length_values;
 586     }
 587
 588     boolean isShowOverview() {
 589         return _show_overview;
 590     }
 591
 592     boolean isShowScale() {
 593         return _show_scale;
 594     }
 595
 596     final boolean isUseNativeUI() {
 597         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && Util.isMac() && Util.isJava15() ) {
 598             _ui = UI.NATIVE;
 599         }
 600         return _ui == UI.NATIVE;
 601     }
 602
 603     /**
 604      * Only used by ArchaeoptryxE.
 605      *
 606      */
 607     boolean isUseTabbedDisplay() {
 608         return _use_tabbed_display;
 609     }
 610
 611     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 612         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 613     }
 614
 615     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 616         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 617         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 618             return true;
 619         }
 620         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 621             return false;
 622         }
 623         else {
 624             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 625             return false;
 626         }
 627     }
 628
 629     private double parseDouble( final String str ) {
 630         double d = 0.0;
 631         try {
 632             d = Double.parseDouble( str );
 633         }
 634         catch ( final Exception e ) {
 635             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 636             d = 0.0;
 637         }
 638         return d;
 639     }
 640
 641     private float parseFloat( final String str ) {
 642         float f = 0.0f;
 643         try {
 644             f = Float.parseFloat( str );
 645         }
 646         catch ( final Exception e ) {
 647             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 648             f = 0.0f;
 649         }
 650         return f;
 651     }
 652
 653     private int parseInt( final String str ) {
 654         int i = -1;
 655         try {
 656             i = Integer.parseInt( str );
 657         }
 658         catch ( final Exception e ) {
 659             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 660             i = -1;
 661         }
 662         return i;
 663     }
 664
 665     private short parseShort( final String str ) {
 666         short i = -1;
 667         try {
 668             i = Short.parseShort( str );
 669         }
 670         catch ( final Exception e ) {
 671             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 672             i = -1;
 673         }
 674         return i;
 675     }
 676
 677     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 678         setBaseFontFamilyName( "" );
 679         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 680         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 681         for( String font : fonts ) {
 682             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 683             if ( Arrays.binarySearch( Util.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 684                 setBaseFontFamilyName( font );
 685                 break;
 686             }
 687         }
 688     }
 689
 690     /**
 691      * read each line of config file, process non-comment lines
 692      * @throws IOException
 693      */
 694     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 695         String line;
 696         do {
 697             line = conf_in.readLine();
 698             if ( line != null ) {
 699                 line = line.trim();
 700                 // skip comments and blank lines
 701                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 702                     // convert runs of spaces to tabs
 703                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 704                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 705                     setKeyValue( st );
 706                 }
 707             }
 708         } while ( line != null );
 709     }
 710
 711     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 712         _antialias_screen = antialias_screen;
 713     }
 714
 715     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 716         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 717     }
 718
 719     private void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 720         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 721     }
 722
 723     private void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 724         _base_font_size = base_font_size;
 725     }
 726
 727     private void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 728         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 729     }
 730
 731     private void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 732         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 733     }
 734
 735     private void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 736         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 737     }
 738
 739     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 740         _cladogram_type = cladogram_type;
 741     }
 742
 743     void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 744         _display_colors = display_colors;
 745     }
 746
 747     private void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 748         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 749     }
 750
 751     private void setEditable( final boolean editable ) {
 752         _editable = editable;
 753     }
 754
 755     private void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 756         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 757     }
 758
 759     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 760         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 761     }
 762
 763     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 764         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 765     }
 766
 767     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 768         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 769     }
 770
 771     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 772         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 773     }
 774
 775     /**
 776      * Set a key-value(s) tuple
 777      */
 778     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 779         String key = ( String ) st.nextElement();
 780         key = key.replace( ':', ' ' );
 781         key = key.trim();
 782         key = key.toLowerCase();
 783         // Handle single value settings first:
 784         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 785             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 786             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 787             if ( default_clickto == -1 ) {
 788                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 789                         + "] for [default_click_to]" );
 790                 default_clickto = 0;
 791             }
 792             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 793                 // Deprecated.
 794             }
 795         }
 796         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 797             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 798             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 799                 _ui = UI.NATIVE;
 800             }
 801             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 802                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 803             }
 804             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 805                 _ui = UI.UNKNOWN;
 806             }
 807             else {
 808                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 809                         + "]" );
 810                 _ui = UI.UNKNOWN;
 811             }
 812         }
 813         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 814             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 815         }
 816         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 817             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 818         }
 819         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 820             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 821             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 822                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 823             }
 824             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 825                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 826             }
 827             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 828                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 829             }
 830             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 831                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 832             }
 833             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 834                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 835             }
 836             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 837                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 838             }
 839             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 840                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 841             }
 842             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 843                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 844             }
 845             else {
 846                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 847                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 848                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 849             }
 850         }
 851         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 852             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 853             final double d = parseDouble( mcv_str );
 854             setMinConfidenceValue( d );
 855         }
 856         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 857             processFontFamily( st );
 858         }
 859         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 860             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 861             final int i = parseInt( size_str );
 862             setBaseFontSize( i );
 863         }
 864         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
 865             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 866             final int i = parseInt( str );
 867             setGraphicsExportX( i );
 868         }
 869         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
 870             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 871             final int i = parseInt( str );
 872             setGraphicsExportY( i );
 873         }
 874         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
 875             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 876             final float f = parseFloat( str );
 877             if ( f > 0 ) {
 878                 setPrintLineWidth( f );
 879             }
 880             else {
 881                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 882                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
 883             }
 884         }
 885         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
 886             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 887             final int i = parseInt( str );
 888             if ( i >= 0 ) {
 889                 setDefaultBootstrapSamples( i );
 890             }
 891             else {
 892                 ForesterUtil
 893                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 894                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
 895             }
 896         }
 897         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
 898             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 899         }
 900         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
 901             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 902         }
 903         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
 904             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 905         }
 906         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
 907             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 908         }
 909         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
 910             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 911         }
 912         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
 913             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 914         }
 915         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
 916             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 917         }
 918         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
 919             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 920             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
 921                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 922             }
 923             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 924                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 925             }
 926             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 927                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 928             }
 929             else {
 930                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 931                         + "] for [cladogram_type]" );
 932             }
 933         }
 934         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
 935             ForesterUtil
 936                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 937                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
 938         }
 939         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
 940             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 941         }
 942         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
 943             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 944         }
 945         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
 946             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 947             setOvMaxWidth( i );
 948         }
 949         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
 950             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 951             setOvMaxHeight( i );
 952         }
 953         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
 954             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 955             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
 956                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
 957             }
 958             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
 959                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
 960             }
 961             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
 962                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
 963             }
 964             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
 965                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
 966             }
 967             else {
 968                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
 969                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 970                         + "] for [overview_placement_type]" );
 971             }
 972         }
 973         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
 974             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 975             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
 976                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 977             }
 978             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
 979                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 980             }
 981             else {
 982                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 983                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 984                         + "] for [node_label_direction]" );
 985             }
 986         }
 987         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
 988             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 989             if ( i >= 0 ) {
 990                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
 991             }
 992             else {
 993                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
 994                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
 995             }
 996         }
 997         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
 998             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 999             if ( i >= 0 ) {
1000                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1001             }
1002             else {
1003                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1004                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1005             }
1006         }
1007         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1008             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1009         }
1010         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1011             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1012         }
1013         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1014             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1015             if ( r && isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
1016                 ForesterUtil
1017                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1018                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1019             }
1020             else {
1021                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1022             }
1023         }
1024         else if ( key.equals( "extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing" ) ) {
1025             final boolean e = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1026             if ( e && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1027                 ForesterUtil
1028                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1029                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1030             }
1031             else {
1032                 setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( e );
1033             }
1034         }
1035         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1036             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1037         }
1038         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1039             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1040         }
1041         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1042             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1043         }
1044         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1045             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1046         }
1047         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1048             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1049         }
1050         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1051             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1052         }
1053         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1054             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1055         }
1056         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1057             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1058         }
1059         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1060             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1061         }
1062         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1063             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1064         }
1065         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1066             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1067         }
1068         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1069             setShowDefaultNodeShapes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1070         }
1071         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1072             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1073             setDefaultNodeShapeSize( i );
1074         }
1075         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1076             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1077             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1078                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1079             }
1080             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1081                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1082             }
1083             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1084                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1085             }
1086             else {
1087                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1088                         + "] for [default_node_fill]" );
1089             }
1090         }
1091         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1092             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1093             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1094                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1095             }
1096             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1097                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1098             }
1099             else {
1100                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1101                         + "] for [default_node_shape]" );
1102             }
1103         }
1104         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1105             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1106         }
1107         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1108             // yet retrieved!
1109             int key_index = -1;
1110             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1111                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1112                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1113                     ForesterUtil
1114                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1115                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1116                 }
1117             }
1118             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1119                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1120             }
1121             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1122                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1123             }
1124             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1125                 key_index = Configuration.show_node_names;
1126             }
1127             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1128                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1129                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1130                     ForesterUtil
1131                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1132                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1133                 }
1134             }
1135             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1136                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1137                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1138                 key_index = DEPRECATED;
1139             }
1140             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1141                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1142                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1143                     ForesterUtil
1144                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1145                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1146                 }
1147             }
1148             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1149                 key_index = Configuration.write_events;
1150                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1151                     ForesterUtil
1152                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1153                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1154                 }
1155             }
1156             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1157                 key_index = Configuration.color_branches;
1158             }
1159             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1160                 key_index = Configuration.width_branches;
1161             }
1162             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1163                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1164                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1165             }
1166             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1167                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1168                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1169             }
1170             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1171                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1172                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1173             }
1174             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1175                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1176                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1177                 key_index = DEPRECATED;
1178             }
1179             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1180                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1181             }
1182             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1183                 key_index = Configuration.show_annotation;
1184             }
1185             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1186                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1187             }
1188             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1189                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1190             }
1191             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1192                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1193             }
1194             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1195                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1196             }
1197             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1198                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1199             }
1200             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1201                 ForesterUtil
1202                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1203                 key_index = DEPRECATED;
1204             }
1205             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1206                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1207             }
1208             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1209                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1210             }
1211             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1212                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1213                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1214                 key_index = DEPRECATED;
1215             }
1216             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1217                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1218             }
1219             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1220                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1221             }
1222             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1223                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1224             }
1225             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1226                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1227             }
1228             else if ( key.equals( "show_property" ) ) {
1229                 key_index = Configuration.show_property;
1230             }
1231             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1232                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1233             }
1234             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1235                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1236             }
1237             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1238                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1239             }
1240             // If we've found the key, set the values
1241             if ( key_index >= 0 ) {
1242                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1243                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1244                 // otherwise, keep looking
1245             }
1246             else {
1247                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1248                     // Deprecated.
1249                 }
1250                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1251                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1252                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1253                     if ( key_index >= 0 ) {
1254                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1255                     }
1256                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1257                         // Deprecated.
1258                     }
1259                     else {
1260                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1261                                 + click_to_name );
1262                     }
1263                 }
1264                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1265                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1266                 }
1267                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1268                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1269                 }
1270                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1271                     getAnnotationColors()
1272                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1273                 }
1274                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1275                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1276                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1277                 }
1278                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1279                     getDisplayColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1280                 }
1281                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1282                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1283                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1284                                        ( String ) st.nextElement(),
1285                                        ( String ) st.nextElement() );
1286                     }
1287                     else {
1288                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1289                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1290                     }
1291                 }
1292                 else {
1293                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1294                             + "] in: " + config_filename );
1295                 }
1296             }
1297         }
1298         else {
1299             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1300                     + config_filename );
1301         }
1302     }
1303
1304     private void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1305         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1306     }
1307
1308     void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1309         _node_label_direction = node_label_direction;
1310     }
1311
1312     private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1313         this._number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1314     }
1315
1316     private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1317         this._number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1318     }
1319
1320     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1321         _ov_max_height = ov_max_height;
1322     }
1323
1324     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1325         _ov_max_width = ov_max_width;
1326     }
1327
1328     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1329         _ov_placement = ov_placement;
1330     }
1331
1332     void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1333         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1334     }
1335
1336     private void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1337         _print_line_width = print_line_width;
1338     }
1339
1340     private void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1341         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1342     }
1343
1344     private void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1345         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1346     }
1347
1348     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1349         _show_overview = show_overview;
1350     }
1351
1352     private void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1353         _show_scale = show_scale;
1354     }
1355
1356     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1357         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1358     }
1359
1360     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1361         _weblinks = weblinks;
1362     }
1363
1364     static String getDefaultFontFamilyName() {
1365         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1366     }
1367
1368     static enum TRIPLET {
1369         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1370     }
1371
1372     public Color getDomainStructureFontColor() {
1373         return _domain_structure_font_color;
1374     }
1375
1376     public Color getDomainStructureBaseColor() {
1377         return _domain_structure_base_color;
1378     }
1379
1380     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
1381         return _color_labels_same_as_parent_branch;
1382     }
1383
1384     public boolean isShowDomainLabels() {
1385         return _show_domain_labels;
1386     }
1387
1388     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
1389         return _abbreviate_scientific_names;
1390     }
1391
1392     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
1393         return _default_node_shape;
1394     }
1395
1396     private void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
1397         _default_node_shape = default_node_shape;
1398     }
1399
1400     private void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
1401         _default_node_fill = default_node_fill;
1402     }
1403
1404     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
1405         return _default_node_fill;
1406     }
1407
1408     private void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
1409         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
1410     }
1411
1412     public short getDefaultNodeShapeSize() {
1413         return _default_node_shape_size;
1414     }
1415
1416     private void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1417         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1418     }
1419
1420     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
1421         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
1422     }
1423
1424     public boolean isShowDefaultNodeShapes() {
1425         return _show_default_node_shapes;
1426     }
1427
1428     private void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
1429         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
1430     }
1431 }