forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeDataField;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  59         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
  60     }
  61
  62     static enum TRIPLET {
  63         FALSE, TRUE, UNKNOWN
  64     }
  65
  66     public enum UI {
  67         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
  68     }
  69     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  70         { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  71         { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  72         { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  73         { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  74         { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  75         { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  76         { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  77         { "List Node Data", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                      };
  78     private final static String             DEFAULT_SPECIES_COLORS[][]                             = {
  79         { "BRAFL", "0x00FFFF" }, { "SPHGR", "0x9620F0" }, { "STRPU", "0x9620F0" }, { "CIOIN", "0xFF1CAE" },
  80         { "CIOSA", "0xFF2CAE" }, { "BOVIN", "0x5C3317" }, { "CANFA", "0x8B2323" }, { "HUMAN", "0xFF2400" },
  81         { "PANTR", "0xCC2400" }, { "MOUSE", "0xFF7F00" }, { "RAT", "0xFFEF00" }, { "MONDO", "0xEE9A49" },
  82         { "ORNAN", "0xCD853F" }, { "XENLA", "0x6BAA23" }, { "XENTR", "0x6BAA23" }, { "CHICK", "0xFFC125" },
  83         { "FUGRU", "0x0000FF" }, { "BRARE", "0x0000DD" }, { "DANRE", "0x0000BB" }, { "TETNG", "0x0000AA" },
  84         { "ORYLA", "0x000088" }, { "GASAC", "0x000066" }, { "CAEEL", "0x666699" }, { "CAEBR", "0xB0B0B0" },
  85         { "DROME", "0x663366" }, { "DROPS", "0x996699" }, { "APIME", "0x7A7700" }, { "AEDAE", "0x8C5900" },
  86         { "TRICA", "0x918E00" }, { "NEMVE", "0x0066CC" }, { "HYDVU", "0x3399FF" }, { "LUBBA", "0xF7B5CB" },
  87         { "GEOCY", "0xF5A0BD" }, { "AMPQE", "0x009966" }, { "SUBDO", "0xC790B9" }, { "MONBE", "0xFC0FC0" },
  88         { "DICPU", "0xFFCC33" }, { "DICDI", "0xFFCC00" }, { "ENTHI", "0x5959AB" }, { "ARATH", "0x00FF00" },
  89         { "POPTR", "0x006400" }, { "VITVI", "0x00CD00" }, { "GLYMA", "0x00FF7F" }, { "ORYSA", "0x008B00" },
  90         { "ORYSJ", "0x008C00" }, { "SORBI", "0x00EE76" }, { "SELMO", "0x238E23" }, { "PHYPA", "0x09F911" },
  91         { "OSTLU", "0x7FFF00" }, { "OSTTA", "0x7FFF00" }, { "OSTRC", "0x7FFF00" }, { "MICPU", "0x66CD00" },
  92         { "MIC99", "0x66CD00" }, { "CHLRE", "0xB3EE3A" }, { "VOLCA", "0xC0FF3E" }, { "CHLSP", "0x6B8E23" },
  93         { "CYAME", "0xD02090" }, { "YEAST", "0xAAAAAA" }, { "BACFR", "0xFF0000" }, { "BACTN", "0xFFFF00" },
  94         { "MYXXD", "0x0000FF" }, { "STIAU", "0x00FFFF" }, { "BACOV", "0x8C5900" }, { "BACUN", "0x66CD00" },
  95         { "PORGI", "0x918E00" }                                                               };
  96     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  97     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  98     final static int                        reroot                                                 = 2;
  99     final static int                        subtree                                                = 3;
 100     final static int                        swap                                                   = 4;
 101     final static int                        color_node_font                                        = 5;
 102     final static int                        change_node_font                                       = 6;
 103     final static int                        color_subtree                                          = 7;
 104     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
 105     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
 106     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
 107     final static int                        blast                                                  = 11;
 108     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
 109     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
 110     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
 111     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
 112     final static int                        add_new_node                                           = 16;
 113     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
 114     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
 115     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
 116     final static int                        select_nodes                                           = 20;
 117     // ------------------
 118     // Click-to options
 119     // ------------------
 120     final static String                     display_options[][]                                    = {
 121         { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 122         { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 123         { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
 124         { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
 125         { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
 126         { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 127         { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
 128         { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 129         { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 130         { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 131         { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 132         { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 133         { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" },
 134         { "Multiple Seq Alignment", "display", "no" }, { "Branch Length Values", "display", "no" } };
 135     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 136     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 137     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 138     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 139     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 140     final static int                        write_events                                           = 5;
 141     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 142     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 143     final static int                        use_style                                              = 8;
 144     final static int                        width_branches                                         = 9;
 145     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 146     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 147     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 148     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 149     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 150     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 151     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 152     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 153     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 154     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 155     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 156     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 157     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 158     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 159     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 160     final static int                        show_properties                                        = 25;
 161     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 162     final static int                        show_mol_seqs                                          = 27;
 163     final static int                        write_branch_length_values                             = 28;
 164     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 165     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 166     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 167     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 168     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 169     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 170     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 171     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 172     // ---------------------------
 173     // Display options for trees
 174     // ---------------------------
 175     // ---------------------------------
 176     // Pertaining to the config itself
 177     // ---------------------------------
 178     // Full path to config (may be URL)
 179     String                                  config_filename;
 180     // This option is selected in the dropdown
 181     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 182     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 183     // --------------
 184     // Color set
 185     // --------------
 186     TreeColorSet                            tree_color_set;
 187     // -------
 188     // Fonts
 189     // -------
 190     TreeFontSet                             tree_font_set;
 191     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 192     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 193     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 194     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 195     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 196     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 197     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 198     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 199     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 200     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 201     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 202     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 203     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 204     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 205     private boolean                         _editable                                              = true;
 206     private NodeDataField                   _ext_desc_data_to_return                               = NodeDataField.UNKNOWN;
 207     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 208     private int                             _frame_x_size;
 209     private int                             _frame_y_size;
 210     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 211     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 212     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 219     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 220     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 221     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 222     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 223     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 224     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 225     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 226     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 227     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 228     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 229     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 230     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 231     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 232     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 233     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 234     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 235     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 236     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 237     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 238     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 239     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 240     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 241     private boolean                         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes             = false;
 242     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 243     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 244     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 245     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 246     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 247     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 248     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 249     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 250     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 251     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 252     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 253     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 254     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 255     private boolean                         _line_up_renderable_node_data                          = true;
 256     private boolean                         _right_align_domains                                   = false;
 257     private boolean                         _allow_thick_strokes                                   = false;
 258     static {
 259         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 260             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 261                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 262                 break;
 263             }
 264         }
 265         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 266             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 267         }
 268     }
 269
 270     static String getDefaultFontFamilyName() {
 271         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
 272     }
 273
 274     public Configuration() {
 275         this( null, false, false, false );
 276     }
 277
 278     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 279         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 280             config_filename = default_config_filename;
 281         }
 282         else {
 283             config_filename = cf;
 284         }
 285         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 286         config_filename = config_filename.trim();
 287         URL u = null;
 288         if ( is_url ) {
 289             // If URL, open accordingly
 290             try {
 291                 u = new URL( config_filename );
 292                 try {
 293                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 294                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 295                     readConfig( bf );
 296                     bf.close();
 297                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 298                             + config_filename + "]" );
 299                 }
 300                 catch ( final Exception e ) {
 301                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 302                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 303                 }
 304             }
 305             catch ( final Exception e ) {
 306                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 307                         + config_filename + "]" );
 308             }
 309         }
 310         else {
 311             // Otherwise, open as a file
 312             File f = new File( config_filename );
 313             if ( !f.exists() ) {
 314                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 315             }
 316             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 317                 try {
 318                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 319                     readConfig( bf );
 320                     bf.close();
 321                 }
 322                 catch ( final Exception e ) {
 323                     if ( verbose ) {
 324                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 325                                 + config_filename + "]: " + e );
 326                     }
 327                 }
 328             }
 329             else {
 330                 if ( verbose ) {
 331                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 332                             + config_filename + "]" );
 333                 }
 334             }
 335         }
 336     }
 337
 338     boolean displaySequenceRelations() {
 339         return _display_sequence_relations;
 340     }
 341
 342     boolean doCheckOption( final int which ) {
 343         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 344                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 345     }
 346
 347     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 348         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 349     }
 350
 351     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 352         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 353     }
 354
 355     /**
 356      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 357      * this or not (e.g. phylogram)
 358      *
 359      */
 360     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 361         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 362     }
 363
 364     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 365         if ( _annotation_colors == null ) {
 366             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 367         }
 368         return _annotation_colors;
 369     }
 370
 371     public String getBaseFontFamilyName() {
 372         return _base_font_family_name;
 373     }
 374
 375     int getBaseFontSize() {
 376         return _base_font_size;
 377     }
 378
 379     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 380         return _cladogram_type;
 381     }
 382
 383     private int getClickToIndex( final String name ) {
 384         int index = -1;
 385         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 386             index = Configuration.display_node_data;
 387             ForesterUtil
 388             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 389                                   "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 390         }
 391         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 392             index = Configuration.display_node_data;
 393         }
 394         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 395             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 396         }
 397         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 398             index = Configuration.reroot;
 399         }
 400         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 401             index = Configuration.subtree;
 402         }
 403         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 404             index = Configuration.swap;
 405         }
 406         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 407             index = Configuration.sort_descendents;
 408         }
 409         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 410             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 411         }
 412         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 413             ForesterUtil
 414             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 415             return DEPRECATED;
 416         }
 417         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 418             index = Configuration.open_seq_web;
 419         }
 420         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 421             index = Configuration.open_pdb_web;
 422         }
 423         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 424             index = Configuration.open_tax_web;
 425         }
 426         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 427             index = Configuration.blast;
 428         }
 429         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 430             index = Configuration.cut_subtree;
 431         }
 432         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 433             index = Configuration.copy_subtree;
 434         }
 435         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 436             index = Configuration.paste_subtree;
 437         }
 438         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 439             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 440         }
 441         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 442             index = Configuration.add_new_node;
 443         }
 444         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 445             index = Configuration.edit_node_data;
 446         }
 447         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 448             index = Configuration.select_nodes;
 449         }
 450         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 451             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 452                     "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 453             return DEPRECATED;
 454         }
 455         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 456             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 457             return DEPRECATED;
 458         }
 459         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 460             index = Configuration.color_subtree;
 461         }
 462         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 463             index = Configuration.change_node_font;
 464         }
 465         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 466             index = Configuration.color_node_font;
 467         }
 468         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 469             index = Configuration.color_subtree;
 470         }
 471         return index;
 472     }
 473
 474     int getClickToOptionsCount() {
 475         return clickto_options.length;
 476     }
 477
 478     String getClickToTitle( final int which ) {
 479         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 480     }
 481
 482     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 483         return _default_bootstrap_samples;
 484     }
 485
 486     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 487         return default_clickto;
 488     }
 489
 490     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 491         return _default_node_fill;
 492     }
 493
 494     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 495         return _default_node_shape;
 496     }
 497
 498     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 499         return _default_node_shape_size;
 500     }
 501
 502     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 503         return _display_colors;
 504     }
 505
 506     String getDisplayTitle( final int which ) {
 507         return display_options[ which ][ 0 ];
 508     }
 509
 510     Map<String, Color> getDomainColors() {
 511         if ( _domain_colors == null ) {
 512             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 513         }
 514         return _domain_colors;
 515     }
 516
 517     public NodeDataField getExtDescNodeDataToReturn() {
 518         return _ext_desc_data_to_return;
 519     }
 520
 521     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 522         return _ext_node_data_return_on;
 523     }
 524
 525     public int getFrameXSize() {
 526         return _frame_x_size;
 527     }
 528
 529     public int getFrameYSize() {
 530         return _frame_y_size;
 531     }
 532
 533     int getGraphicsExportX() {
 534         return _graphics_export_x;
 535     }
 536
 537     int getGraphicsExportY() {
 538         return _graphics_export_y;
 539     }
 540
 541     Color getGuiBackgroundColor() {
 542         return _gui_background_color;
 543     }
 544
 545     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 546         return _gui_button_background_color;
 547     }
 548
 549     Color getGuiButtonBorderColor() {
 550         return _gui_button_border_color;
 551     }
 552
 553     Color getGuiButtonTextColor() {
 554         return _gui_button_text_color;
 555     }
 556
 557     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 558         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 559     }
 560
 561     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 562         return _gui_checkbox_text_color;
 563     }
 564
 565     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 566         return _gui_menu_background_color;
 567     }
 568
 569     Color getGuiMenuTextColor() {
 570         return _gui_menu_text_color;
 571     }
 572
 573     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 574         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 575     }
 576
 577     int getMaxBaseFontSize() {
 578         return _max_base_font_size;
 579     }
 580
 581     int getMinBaseFontSize() {
 582         return _min_base_font_size;
 583     }
 584
 585     double getMinConfidenceValue() {
 586         return _min_confidence_value;
 587     }
 588
 589     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 590         return _node_label_direction;
 591     }
 592
 593     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 594         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 595     }
 596
 597     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 598         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 599     }
 600
 601     short getOvMaxHeight() {
 602         return _ov_max_height;
 603     }
 604
 605     short getOvMaxWidth() {
 606         return _ov_max_width;
 607     }
 608
 609     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 610         return _ov_placement;
 611     }
 612
 613     public File getPathToLocalFastme() {
 614         return _path_to_local_fastme;
 615     }
 616
 617     public File getPathToLocalMafft() {
 618         return _path_to_local_mafft;
 619     }
 620
 621     public File getPathToLocalRaxml() {
 622         return _path_to_local_raxml;
 623     }
 624
 625     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 626         return _phylogeny_graphics_type;
 627     }
 628
 629     float getPrintLineWidth() {
 630         return _print_line_width;
 631     }
 632
 633     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
 634         if ( _sequence_colors == null ) {
 635             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
 636         }
 637         return _sequence_colors;
 638     }
 639
 640     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 641         if ( _species_colors == null ) {
 642             initSpeciesColors();
 643         }
 644         return _species_colors;
 645     }
 646
 647     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 648         return _taxonomy_extraction;
 649     }
 650
 651     public double getVectorDataHeight() {
 652         return _vector_data_height;
 653     }
 654
 655     public Color getVectorDataMaxColor() {
 656         return _vector_data_max_color;
 657     }
 658
 659     public Color getVectorDataMeanColor() {
 660         return _vector_data_mean_color;
 661     }
 662
 663     public Color getVectorDataMinColor() {
 664         return _vector_data_min_color;
 665     }
 666
 667     public int getVectorDataWidth() {
 668         return _vector_data_width;
 669     }
 670
 671     private final void initSpeciesColors() {
 672         _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 673         for( final String[] s : DEFAULT_SPECIES_COLORS ) {
 674             _species_colors.put( s[ 0 ], Color.decode( s[ 1 ] ) );
 675         }
 676     }
 677
 678     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 679         return _abbreviate_scientific_names;
 680     }
 681
 682     boolean isAntialiasScreen() {
 683         return _antialias_screen;
 684     }
 685
 686     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 687         return _background_color_gradient;
 688     }
 689
 690     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 691         return false;
 692     }
 693
 694     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 695         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 696     }
 697
 698     /**
 699      * Convenience method.
 700      *
 701      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 702      */
 703     boolean isDrawAsPhylogram() {
 704         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 705     }
 706
 707     boolean isEditable() {
 708         return _editable;
 709     }
 710
 711     /**
 712      * Only used by ArchaeoptryxE.
 713      *
 714      */
 715     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 716         return _hide_controls_and_menus;
 717     }
 718
 719     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 720         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 721     }
 722
 723     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 724         return _line_up_renderable_node_data;
 725     }
 726
 727     public boolean isMidpointReroot() {
 728         return _midpoint_root;
 729     }
 730
 731     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 732         return _nh_parsing_replace_underscores;
 733     }
 734
 735     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 736         return _right_align_domains;
 737     }
 738
 739     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 740         return _show_annotation_ref_source;
 741     }
 742
 743     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 744         return _show_default_node_shapes_external;
 745     }
 746
 747     public boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 748         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 749     }
 750
 751     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 752         return _show_default_node_shapes_internal;
 753     }
 754
 755     public boolean isShowDomainLabels() {
 756         return _show_domain_labels;
 757     }
 758
 759     boolean isShowOverview() {
 760         return _show_overview;
 761     }
 762
 763     boolean isShowScale() {
 764         return _show_scale;
 765     }
 766
 767     final boolean isUseNativeUI() {
 768         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 769             _ui = UI.NATIVE;
 770         }
 771         return _ui == UI.NATIVE;
 772     }
 773
 774     /**
 775      * Only used by ArchaeoptryxE.
 776      *
 777      */
 778     boolean isUseTabbedDisplay() {
 779         return _use_tabbed_display;
 780     }
 781
 782     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 783         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 784     }
 785
 786     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 787         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 788         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 789             return true;
 790         }
 791         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 792             return false;
 793         }
 794         else {
 795             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 796             return false;
 797         }
 798     }
 799
 800     private double parseDouble( final String str ) {
 801         double d = 0.0;
 802         try {
 803             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 804         }
 805         catch ( final Exception e ) {
 806             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 807             d = 0.0;
 808         }
 809         return d;
 810     }
 811
 812     private float parseFloat( final String str ) {
 813         float f = 0.0f;
 814         try {
 815             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 816         }
 817         catch ( final Exception e ) {
 818             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 819             f = 0.0f;
 820         }
 821         return f;
 822     }
 823
 824     private int parseInt( final String str ) {
 825         int i = -1;
 826         try {
 827             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 828         }
 829         catch ( final Exception e ) {
 830             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 831             i = -1;
 832         }
 833         return i;
 834     }
 835
 836     private short parseShort( final String str ) {
 837         short i = -1;
 838         try {
 839             i = Short.parseShort( str.trim() );
 840         }
 841         catch ( final Exception e ) {
 842             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 843             i = -1;
 844         }
 845         return i;
 846     }
 847
 848     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 849         setBaseFontFamilyName( "" );
 850         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 851         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 852         for( String font : fonts ) {
 853             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 854             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 855                 setBaseFontFamilyName( font );
 856                 break;
 857             }
 858         }
 859     }
 860
 861     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 862         getDisplayColors().put( key, color );
 863     }
 864
 865     /**
 866      * read each line of config file, process non-comment lines
 867      * @throws IOException
 868      */
 869     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 870         String line;
 871         do {
 872             line = conf_in.readLine();
 873             if ( line != null ) {
 874                 line = line.trim();
 875                 // skip comments and blank lines
 876                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 877                     // convert runs of spaces to tabs
 878                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 879                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 880                     setKeyValue( st );
 881                 }
 882             }
 883         } while ( line != null );
 884     }
 885
 886     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 887         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 888     }
 889
 890     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 891         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 892     }
 893
 894     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 895         _antialias_screen = antialias_screen;
 896     }
 897
 898     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 899         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 900     }
 901
 902     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 903         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 904     }
 905
 906     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 907         _base_font_size = base_font_size;
 908     }
 909
 910     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 911         _cladogram_type = cladogram_type;
 912     }
 913
 914     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 915         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 916     }
 917
 918     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 919         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 920     }
 921
 922     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 923         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 924     }
 925
 926     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 927         _default_node_fill = default_node_fill;
 928     }
 929
 930     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 931         _default_node_shape = default_node_shape;
 932     }
 933
 934     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 935         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 936     }
 937
 938     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 939         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 940     }
 941
 942     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 943         _display_colors = display_colors;
 944     }
 945
 946     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 947         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 948     }
 949
 950     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 951         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 952     }
 953
 954     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 955         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 956     }
 957
 958     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 959         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 960     }
 961
 962     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 963         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 964     }
 965
 966     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 967         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 968     }
 969
 970     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 971         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 972     }
 973
 974     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 975         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 976     }
 977
 978     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 979         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 980     }
 981
 982     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 983         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 984     }
 985
 986     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 987         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 988     }
 989
 990     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 991         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 992     }
 993
 994     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 995         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 996     }
 997
 998     public void setDisplayMultipleSequenceAlignment( final boolean b ) {
 999         display_options[ show_mol_seqs ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1000     }
1001
1002     private void setEditable( final boolean editable ) {
1003         _editable = editable;
1004     }
1005
1006     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NodeDataField ext_desc_data_to_return ) {
1007         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
1008     }
1009
1010     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1011         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1012     }
1013
1014     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
1015         _frame_x_size = frame_x_size;
1016     }
1017
1018     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
1019         _frame_y_size = frame_y_size;
1020     }
1021
1022     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1023         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1024     }
1025
1026     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1027         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1028     }
1029
1030     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1031         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1032     }
1033
1034     /**
1035      * Set a key-value(s) tuple
1036      */
1037     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1038         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1039         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1040             return;
1041         }
1042         // Handle single value settings first:
1043         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1044             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1045             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1046             if ( default_clickto == -1 ) {
1047                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1048                                                   + "] for [default_click_to]" );
1049                 default_clickto = 0;
1050             }
1051             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1052                 // Deprecated.
1053             }
1054         }
1055         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1056             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1057             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1058                 _ui = UI.NATIVE;
1059             }
1060             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1061                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1062             }
1063             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1064                 _ui = UI.UNKNOWN;
1065             }
1066             else {
1067                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1068                                                   + "]" );
1069                 _ui = UI.UNKNOWN;
1070             }
1071         }
1072         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1073             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1074         }
1075         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1076             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1077         }
1078         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1079             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1080             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1081                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1082             }
1083             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1084                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1085             }
1086             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1087                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1088             }
1089             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1090                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1091             }
1092             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1093                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1094             }
1095             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1096                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1097             }
1098             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1099                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1100             }
1101             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1102                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1103             }
1104             else {
1105                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1106                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1107                                                   + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1108             }
1109         }
1110         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1111             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1112             final double d = parseDouble( mcv_str );
1113             setMinConfidenceValue( d );
1114         }
1115         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1116             processFontFamily( st );
1117         }
1118         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1119             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1120             final int i = parseInt( size_str );
1121             if ( i > 0 ) {
1122                 setBaseFontSize( i );
1123             }
1124         }
1125         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1126             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1127             final int i = parseInt( size_str );
1128             if ( i > 0 ) {
1129                 setMinBaseFontSize( i );
1130             }
1131         }
1132         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1133             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1134             final int i = parseInt( size_str );
1135             if ( i > 1 ) {
1136                 setMaxBaseFontSize( i );
1137             }
1138         }
1139         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1140             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1141             final int i = parseInt( str );
1142             if ( i > 0 ) {
1143                 setGraphicsExportX( i );
1144             }
1145         }
1146         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1147             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1148             final int i = parseInt( str );
1149             if ( i > 0 ) {
1150                 setGraphicsExportY( i );
1151             }
1152         }
1153         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1154             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1155             final float f = parseFloat( str );
1156             if ( f > 0 ) {
1157                 setPrintLineWidth( f );
1158             }
1159             else {
1160                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1161                         "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1162             }
1163         }
1164         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1165             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1166             final int i = parseInt( str );
1167             if ( i > 0 ) {
1168                 setFrameXSize( i );
1169             }
1170         }
1171         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1172             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1173             final int i = parseInt( str );
1174             if ( i > 0 ) {
1175                 setFrameYSize( i );
1176             }
1177         }
1178         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1179             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1180             final int i = parseInt( str );
1181             if ( i >= 0 ) {
1182                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1183             }
1184             else {
1185                 ForesterUtil
1186                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1187                                       "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1188             }
1189         }
1190         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1191             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1192             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1193                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1194             }
1195         }
1196         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1197             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1198             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1199                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1200             }
1201         }
1202         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1203             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1204             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1205                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1206             }
1207         }
1208         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1209             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1210         }
1211         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1212             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1213         }
1214         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1215             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1216         }
1217         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1218             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1219         }
1220         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1221             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1222         }
1223         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1224             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1225         }
1226         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1227             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1228         }
1229         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1230             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1231             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1232                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1233             }
1234             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1235                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1236             }
1237             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1238                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1239             }
1240             else {
1241                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1242                                                   + "] for [cladogram_type]" );
1243             }
1244         }
1245         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1246             ForesterUtil
1247             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1248                                   "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1249         }
1250         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1251             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1252         }
1253         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1254             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1255         }
1256         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1257             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1258             setOvMaxWidth( i );
1259         }
1260         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1261             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1262             setOvMaxHeight( i );
1263         }
1264         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1265             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1266             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1267                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1268             }
1269             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1270                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1271             }
1272             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1273                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1274             }
1275             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1276                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1277             }
1278             else {
1279                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1280                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1281                                                   + "] for [overview_placement_type]" );
1282             }
1283         }
1284         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1285             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1286             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1287                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1288             }
1289             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1290                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1291             }
1292             else {
1293                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1294                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1295                                                   + "] for [node_label_direction]" );
1296             }
1297         }
1298         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1299             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1300             if ( i >= 0 ) {
1301                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1302             }
1303             else {
1304                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1305                                                   + "] for [branch_length_value_digits]" );
1306             }
1307         }
1308         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1309             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1310             if ( i >= 0 ) {
1311                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1312             }
1313             else {
1314                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1315                                                   + "] for [confidence_value_digits]" );
1316             }
1317         }
1318         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1319             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1320         }
1321         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1322             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1323         }
1324         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1325             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1326             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1327                 ForesterUtil
1328                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1329                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1330             }
1331             else {
1332                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1333             }
1334         }
1335         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1336             final String s = ( String ) st.nextElement();
1337             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1338                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1339             }
1340             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1341                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1342             }
1343             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1344                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1345             }
1346             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1347                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1348             }
1349             else {
1350                 ForesterUtil
1351                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1352                                       "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1353                                               + s
1354                                               + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1355             }
1356             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1357                 ForesterUtil
1358                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1359                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1360             }
1361         }
1362         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1363             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1364         }
1365         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1366             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1367         }
1368         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1369             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1370         }
1371         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1372             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1373         }
1374         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1375             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1376         }
1377         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1378             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1379         }
1380         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1381             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1382         }
1383         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1384             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1385         }
1386         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1387             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1388         }
1389         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1390             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1391         }
1392         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1393             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1394         }
1395         else if ( key.equals( "show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data" ) ) {
1396             setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1397         }
1398         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1399             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1400             setDefaultNodeShapeSize( i );
1401         }
1402         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1403             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1404             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1405                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1406             }
1407             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1408                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1409             }
1410             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1411                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1412             }
1413             else {
1414                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1415                                                   + "] for [default_node_fill]" );
1416             }
1417         }
1418         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1419             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1420             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1421                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1422             }
1423             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1424                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1425             }
1426             else {
1427                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1428                                                   + "] for [default_node_shape]" );
1429             }
1430         }
1431         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1432             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1433         }
1434         else if ( key.equals( "list_node_data_field" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1435             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1436             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1437                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.NODE_NAME );
1438             }
1439             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1440                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_ACC );
1441             }
1442             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1443                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1444             }
1445             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1446                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_NAME );
1447             }
1448             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1449                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GENE_NAME );
1450             }
1451             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1452                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_SYMBOL );
1453             }
1454             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1455                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1456             }
1457             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1458                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_CODE );
1459             }
1460             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1461                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.UNKNOWN );
1462             }
1463             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains" ) ) {
1464                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_ALL );
1465             }
1466             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains_collapsed" ) ) {
1467                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_COLLAPSED_PER_PROTEIN );
1468             }
1469             else if ( s.equalsIgnoreCase( "seq_annotations" ) ) {
1470                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQ_ANNOTATIONS );
1471             }
1472             else if ( s.equalsIgnoreCase( "go_term_ids" ) ) {
1473                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GO_TERM_IDS );
1474             }
1475             else {
1476                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1477                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1478             }
1479         }
1480         else if ( key.equals( "list_node_data_custom_label" ) || key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1481             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1482             if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) && ( s.length() > 1 ) ) {
1483                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1484             }
1485         }
1486         else if ( key.equals( "list_node_data_in" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1487             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1488             if ( s.equals( "console" ) ) {
1489                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1490             }
1491             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1492                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1493             }
1494             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1495                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1496             }
1497             else {
1498                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1499                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1500             }
1501         }
1502         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1503             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1504         }
1505         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1506             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1507         }
1508         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1509             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1510         }
1511         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1512             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1513             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1514                 _vector_data_width = 120;
1515             }
1516         }
1517         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1518             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1519             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1520                 _vector_data_height = 12;
1521             }
1522         }
1523         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1524             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1525         }
1526         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1527             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1528         }
1529         else if ( key.equals( "allow_thick_strokes" ) ) {
1530             _allow_thick_strokes = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1531         }
1532         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1533             // yet retrieved!
1534             int key_index = -1;
1535             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1542                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.show_node_names;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "write_branch_length_values" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.write_branch_length_values;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.write_events;
1561             }
1562             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1563                 key_index = Configuration.use_style;
1564             }
1565             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1566                 key_index = Configuration.use_style;
1567                 ForesterUtil
1568                 .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1569                                       "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1570             }
1571             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1572                 key_index = Configuration.width_branches;
1573             }
1574             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1575                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1576             }
1577             else if ( key.equals( "show_msa" ) ) {
1578                 key_index = Configuration.show_mol_seqs;
1579             }
1580             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1581                 key_index = Configuration.show_annotation;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1585             }
1586             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1587                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1588             }
1589             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1590                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1591             }
1592             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1593                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1594             }
1595             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1596                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1597             }
1598             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1599                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1600             }
1601             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1602                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1603             }
1604             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1605                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1606             }
1607             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1608                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1609             }
1610             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1611                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1612             }
1613             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1614                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1615             }
1616             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1617                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1618             }
1619             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1620                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1621             }
1622             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1623                 key_index = Configuration.show_properties;
1624             }
1625             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1626                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1627             }
1628             // If we've found the key, set the values
1629             if ( key_index >= 0 ) {
1630                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1631                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1632                 // otherwise, keep looking
1633             }
1634             else {
1635                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1636                     // Deprecated.
1637                 }
1638                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1639                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1640                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1641                     if ( key_index >= 0 ) {
1642                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1643                     }
1644                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1645                         // Deprecated.
1646                     }
1647                     else {
1648                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1649                                 + click_to_name );
1650                     }
1651                 }
1652                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1653                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1654                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1655                 }
1656                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1657                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1658                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1659                 }
1660                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1661                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1662                 }
1663                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1664                     getAnnotationColors()
1665                     .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1666                 }
1667                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1668                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1669                             "configuration key [function_color] is deprecated" );
1670                 }
1671                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1672                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1673                 }
1674                 else {
1675                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1676                                                       + "] in: " + config_filename );
1677                 }
1678             }
1679         }
1680         else {
1681             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1682                     + config_filename );
1683         }
1684     }
1685
1686     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1687         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1688     }
1689
1690     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
1691         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
1692     }
1693
1694     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1695         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1696     }
1697
1698     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
1699         _midpoint_root = midpoint_root;
1700     }
1701
1702     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1703         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1704     }
1705
1706     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1707         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1708     }
1709
1710     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1711         _node_label_direction = node_label_direction;
1712     }
1713
1714     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1715         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1716     }
1717
1718     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1719         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1720     }
1721
1722     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1723         _ov_max_height = ov_max_height;
1724     }
1725
1726     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1727         _ov_max_width = ov_max_width;
1728     }
1729
1730     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1731         _ov_placement = ov_placement;
1732     }
1733
1734     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1735         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1736     }
1737
1738     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1739         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1740     }
1741
1742     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1743         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1744     }
1745
1746     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1747         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1748     }
1749
1750     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1751         _print_line_width = print_line_width;
1752     }
1753
1754     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1755         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1756     }
1757
1758     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
1759         _right_align_domains = right_align_domains;
1760     }
1761
1762     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1763         _show_annotation_ref_source = b;
1764     }
1765
1766     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
1767         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
1768     }
1769
1770     public void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
1771         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
1772     }
1773
1774     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
1775         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
1776     }
1777
1778     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1779         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1780     }
1781
1782     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1783         _show_overview = show_overview;
1784     }
1785
1786     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1787         _show_scale = show_scale;
1788     }
1789
1790     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
1791         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
1792     }
1793
1794     public void setUseStyle( final boolean b ) {
1795         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1796     }
1797
1798     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1799         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1800     }
1801
1802     public boolean isAllowThickStrokes() {
1803         return _allow_thick_strokes;
1804     }
1805 }