forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  59             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  60             { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  61             { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  62             { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  63             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  64             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  65             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  66             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  67     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  68     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  69     final static int                        reroot                                                 = 2;
  70     final static int                        subtree                                                = 3;
  71     final static int                        swap                                                   = 4;
  72     final static int                        color_node_font                                        = 5;
  73     final static int                        change_node_font                                       = 6;
  74     final static int                        color_subtree                                          = 7;
  75     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
  76     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
  77     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
  78     final static int                        blast                                                  = 11;
  79     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
  80     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
  81     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
  82     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
  83     final static int                        add_new_node                                           = 16;
  84     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
  85     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
  86     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
  87     final static int                        select_nodes                                           = 20;
  88     // ------------------
  89     // Click-to options
  90     // ------------------
  91     final static String                     display_options[][]                                    = {
  92             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
  93             { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
  94             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
  95             { "Colorize by Sequence", "display", "no" },
  96             { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" }, { "Branch Widths", "display", "no" },
  97             { "Protein Domains", "display", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
  98             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Seq Name", "display", "yes" },
  99             { "Seq Accession", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
 100             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 101             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Colorize by Annotation", "display", "no" },
 102             { "Seq Symbol", "display", "yes" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 103             { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" }, { "Vector Data", "nodisplay", "no" },
 104             { "Taxonomy Images", "display", "no" }, { "Properties", "display", "no" },
 105             { "Gene Name", "display", "yes" }                                                     };
 106     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 107     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 108     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 109     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 110     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 111     final static int                        write_events                                           = 5;
 112     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 113     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 114     final static int                        use_style                                              = 8;
 115     final static int                        width_branches                                         = 9;
 116     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 117     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 118     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 119     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 120     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 121     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 122     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 123     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 124     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 125     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 126     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 127     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 128     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 129     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 130     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 131     final static int                        show_properties                                        = 25;
 132     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 133     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 134      private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 135
 136
 137     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 138     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 139     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 140     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 141     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 142     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 143     // ---------------------------
 144     // Display options for trees
 145     // ---------------------------
 146     // ---------------------------------
 147     // Pertaining to the config itself
 148     // ---------------------------------
 149     // Full path to config (may be URL)
 150     String                                  config_filename;
 151     // This option is selected in the dropdown
 152     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 153     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 154     // --------------
 155     // Color set
 156     // --------------
 157     TreeColorSet                            tree_color_set;
 158     // -------
 159     // Fonts
 160     // -------
 161     TreeFontSet                             tree_font_set;
 162     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 163     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 164     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 165     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 166     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 167     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 168     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 169     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 170     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 171     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 172     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 173     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 174     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 175     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 176     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 177     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 178     private boolean                         _editable                                              = true;
 179     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 180     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 181     private int                             _frame_x_size;
 182     private int                             _frame_y_size;
 183     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 184     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 185     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 186     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 187     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 188     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 189     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 190     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 191     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 192     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 193     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 194     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 195     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 196     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 197     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 198     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 199     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 200     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 201     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 202     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 203     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 204     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 205     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 206     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 207     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 208     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 209     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 210     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 211     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 212     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 213     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
 214     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 215     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 216     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 217     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 218     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 219     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 220     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 221     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 222     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 223     static {
 224         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 225             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 226                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 227                 break;
 228             }
 229         }
 230         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 231             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 232         }
 233     }
 234
 235     public Configuration() {
 236         this( null, false, false, false );
 237     }
 238
 239     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 240         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 241             config_filename = default_config_filename;
 242         }
 243         else {
 244             config_filename = cf;
 245         }
 246         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 247         config_filename = config_filename.trim();
 248         URL u = null;
 249         if ( is_url ) {
 250             // If URL, open accordingly
 251             try {
 252                 u = new URL( config_filename );
 253                 try {
 254                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 255                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 256                     readConfig( bf );
 257                     bf.close();
 258                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 259                             + config_filename + "]" );
 260                 }
 261                 catch ( final Exception e ) {
 262                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 263                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 264                 }
 265             }
 266             catch ( final Exception e ) {
 267                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 268                         + config_filename + "]" );
 269             }
 270         }
 271         else {
 272             // Otherwise, open as a file
 273             File f = new File( config_filename );
 274             if ( !f.exists() ) {
 275                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 276             }
 277             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 278                 try {
 279                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 280                     readConfig( bf );
 281                     bf.close();
 282                 }
 283                 catch ( final Exception e ) {
 284                     if ( verbose ) {
 285                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 286                                 + config_filename + "]: " + e );
 287                     }
 288                 }
 289             }
 290             else {
 291                 if ( verbose ) {
 292                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 293                             + config_filename + "]" );
 294                 }
 295             }
 296         }
 297     }
 298
 299     public String getBaseFontFamilyName() {
 300         return _base_font_family_name;
 301     }
 302
 303     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 304         return _default_bootstrap_samples;
 305     }
 306
 307     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 308         return _default_node_fill;
 309     }
 310
 311     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 312         return _default_node_shape;
 313     }
 314
 315     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 316         return _default_node_shape_size;
 317     }
 318
 319     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 320         return _domain_structure_base_color;
 321     }
 322
 323     public Color getDomainStructureFontColor() {
 324         return _domain_structure_font_color;
 325     }
 326
 327     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 328         return _ext_desc_data_to_return;
 329     }
 330
 331     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 332         return _ext_node_data_return_on;
 333     }
 334
 335     public int getFrameXSize() {
 336         return _frame_x_size;
 337     }
 338
 339     public int getFrameYSize() {
 340         return _frame_y_size;
 341     }
 342
 343     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 344         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 345     }
 346
 347     public File getPathToLocalFastme() {
 348         return _path_to_local_fastme;
 349     }
 350
 351     public File getpathToLocalMafft() {
 352         return _path_to_local_mafft;
 353     }
 354
 355     public File getPathToLocalRaxml() {
 356         return _path_to_local_raxml;
 357     }
 358
 359     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 360         return _abbreviate_scientific_names;
 361     }
 362
 363     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 364         return _background_color_gradient;
 365     }
 366
 367     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 368         return false;
 369     }
 370
 371     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 372         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 373     }
 374
 375     public boolean isMidpointReroot() {
 376         return _midpoint_root;
 377     }
 378
 379     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 380         return _show_annotation_ref_source;
 381     }
 382
 383     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 384         return _show_default_node_shapes_external;
 385     }
 386
 387     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 388         return _show_default_node_shapes_internal;
 389     }
 390
 391     public boolean isShowDomainLabels() {
 392         return _show_domain_labels;
 393     }
 394
 395     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 396         getDisplayColors().put( key, color );
 397     }
 398
 399     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 400         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 401     }
 402
 403     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 404         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 405     }
 406
 407     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 408         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 409     }
 410
 411     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 412         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 413     }
 414
 415     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 416         _base_font_size = base_font_size;
 417     }
 418
 419     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 420         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 421     }
 422
 423     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 424         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 425     }
 426
 427     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 428         _default_node_fill = default_node_fill;
 429     }
 430
 431     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 432         _default_node_shape = default_node_shape;
 433     }
 434
 435     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 436         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 437     }
 438
 439     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 440         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 441     }
 442
 443     public void setUseStyle( final boolean b ) {
 444         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 445     }
 446
 447     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 448         _display_colors = display_colors;
 449     }
 450
 451     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 452         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 453     }
 454
 455     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 456         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 457     }
 458
 459     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 460         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 461     }
 462
 463     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 464         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 465     }
 466
 467     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 468         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 469     }
 470
 471     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 472         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 473     }
 474
 475     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 476         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 477     }
 478
 479     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 480         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 481     }
 482
 483     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 484         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 485     }
 486
 487     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 488         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 489     }
 490
 491     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 492         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 493     }
 494
 495     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 496         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 497     }
 498
 499     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 500         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 501     }
 502
 503     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 504         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 505     }
 506
 507     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 508         _frame_x_size = frame_x_size;
 509     }
 510
 511     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 512         _frame_y_size = frame_y_size;
 513     }
 514
 515     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 516         _midpoint_root = midpoint_root;
 517     }
 518
 519     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 520         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 521     }
 522
 523     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 524         _node_label_direction = node_label_direction;
 525     }
 526
 527     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 528         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 529     }
 530
 531     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 532         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 533     }
 534
 535     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 536         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 537     }
 538
 539     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 540         _print_line_width = print_line_width;
 541     }
 542
 543     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 544         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 545     }
 546
 547     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 548         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 549     }
 550
 551     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 552         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 553     }
 554
 555     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 556         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 557     }
 558
 559     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 560         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 561     }
 562
 563     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 564         _show_scale = show_scale;
 565     }
 566
 567     boolean displaySequenceRelations() {
 568         return _display_sequence_relations;
 569     }
 570
 571     boolean doCheckOption( final int which ) {
 572         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 573                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 574     }
 575
 576     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 577         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 578     }
 579
 580     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 581         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 582     }
 583
 584     /**
 585      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 586      * this or not (e.g. phylogram)
 587      *
 588      */
 589     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 590         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 591     }
 592
 593     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 594         if ( _annotation_colors == null ) {
 595             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 596         }
 597         return _annotation_colors;
 598     }
 599
 600     int getBaseFontSize() {
 601         return _base_font_size;
 602     }
 603
 604     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 605         return _cladogram_type;
 606     }
 607
 608     int getClickToOptionsCount() {
 609         return clickto_options.length;
 610     }
 611
 612     String getClickToTitle( final int which ) {
 613         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 614     }
 615
 616     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 617         return default_clickto;
 618     }
 619
 620     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 621         return _display_colors;
 622     }
 623
 624     String getDisplayTitle( final int which ) {
 625         return display_options[ which ][ 0 ];
 626     }
 627
 628     Map<String, Color> getDomainColors() {
 629         if ( _domain_colors == null ) {
 630             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 631         }
 632         return _domain_colors;
 633     }
 634
 635     int getGraphicsExportX() {
 636         return _graphics_export_x;
 637     }
 638
 639     int getGraphicsExportY() {
 640         return _graphics_export_y;
 641     }
 642
 643     Color getGuiBackgroundColor() {
 644         return _gui_background_color;
 645     }
 646
 647     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 648         return _gui_button_background_color;
 649     }
 650
 651     Color getGuiButtonBorderColor() {
 652         return _gui_button_border_color;
 653     }
 654
 655     Color getGuiButtonTextColor() {
 656         return _gui_button_text_color;
 657     }
 658
 659     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 660         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 661     }
 662
 663     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 664         return _gui_checkbox_text_color;
 665     }
 666
 667     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 668         return _gui_menu_background_color;
 669     }
 670
 671     Color getGuiMenuTextColor() {
 672         return _gui_menu_text_color;
 673     }
 674
 675     int getMaxBaseFontSize() {
 676         return _max_base_font_size;
 677     }
 678
 679     int getMinBaseFontSize() {
 680         return _min_base_font_size;
 681     }
 682
 683     double getMinConfidenceValue() {
 684         return _min_confidence_value;
 685     }
 686
 687     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 688         return _node_label_direction;
 689     }
 690
 691     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 692         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 693     }
 694
 695     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 696         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 697     }
 698
 699     short getOvMaxHeight() {
 700         return _ov_max_height;
 701     }
 702
 703     short getOvMaxWidth() {
 704         return _ov_max_width;
 705     }
 706
 707     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 708         return _ov_placement;
 709     }
 710
 711     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 712         return _phylogeny_graphics_type;
 713     }
 714
 715     float getPrintLineWidth() {
 716         return _print_line_width;
 717     }
 718
 719     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 720         if ( _species_colors == null ) {
 721             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 722         }
 723         return _species_colors;
 724     }
 725
 726     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
 727         if ( _sequence_colors == null ) {
 728             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
 729         }
 730         return _sequence_colors;
 731     }
 732
 733     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 734         return _taxonomy_extraction;
 735     }
 736
 737     boolean isAntialiasScreen() {
 738         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 739             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 740             return false;
 741         }
 742         return _antialias_screen;
 743     }
 744
 745     /**
 746      * Convenience method.
 747      *
 748      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 749      */
 750     boolean isDrawAsPhylogram() {
 751         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 752     }
 753
 754     boolean isEditable() {
 755         return _editable;
 756     }
 757
 758     /**
 759      * Only used by ArchaeoptryxE.
 760      *
 761      */
 762     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 763         return _hide_controls_and_menus;
 764     }
 765
 766     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 767         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 768     }
 769
 770     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 771         return _nh_parsing_replace_underscores;
 772     }
 773
 774     boolean isShowBranchLengthValues() {
 775         return _show_branch_length_values;
 776     }
 777
 778     boolean isShowOverview() {
 779         return _show_overview;
 780     }
 781
 782     boolean isShowScale() {
 783         return _show_scale;
 784     }
 785
 786     final boolean isUseNativeUI() {
 787         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 788             _ui = UI.NATIVE;
 789         }
 790         return _ui == UI.NATIVE;
 791     }
 792
 793     /**
 794      * Only used by ArchaeoptryxE.
 795      *
 796      */
 797     boolean isUseTabbedDisplay() {
 798         return _use_tabbed_display;
 799     }
 800
 801     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 802         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 803     }
 804
 805     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 806         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 807     }
 808
 809     private int getClickToIndex( final String name ) {
 810         int index = -1;
 811         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 812             index = Configuration.display_node_data;
 813             ForesterUtil
 814                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 815                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 816         }
 817         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 818             index = Configuration.display_node_data;
 819         }
 820         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 821             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 822         }
 823         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 824             index = Configuration.reroot;
 825         }
 826         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 827             index = Configuration.subtree;
 828         }
 829         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 830             index = Configuration.swap;
 831         }
 832         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 833             index = Configuration.sort_descendents;
 834         }
 835         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 836             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 837         }
 838         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 839             ForesterUtil
 840                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 841             return DEPRECATED;
 842         }
 843         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 844             index = Configuration.open_seq_web;
 845         }
 846         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 847             index = Configuration.open_pdb_web;
 848         }
 849         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 850             index = Configuration.open_tax_web;
 851         }
 852         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 853             index = Configuration.blast;
 854         }
 855         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 856             index = Configuration.cut_subtree;
 857         }
 858         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 859             index = Configuration.copy_subtree;
 860         }
 861         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 862             index = Configuration.paste_subtree;
 863         }
 864         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 865             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 866         }
 867         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 868             index = Configuration.add_new_node;
 869         }
 870         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 871             index = Configuration.edit_node_data;
 872         }
 873         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 874             index = Configuration.select_nodes;
 875         }
 876         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 877             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 878                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 879             return DEPRECATED;
 880         }
 881         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 882             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 883             return DEPRECATED;
 884         }
 885         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 886             index = Configuration.color_subtree;
 887         }
 888         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 889             index = Configuration.change_node_font;
 890         }
 891         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 892             index = Configuration.color_node_font;
 893         }
 894         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 895             index = Configuration.color_subtree;
 896         }
 897         return index;
 898     }
 899
 900     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 901         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 902         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 903             return true;
 904         }
 905         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 906             return false;
 907         }
 908         else {
 909             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 910             return false;
 911         }
 912     }
 913
 914     private double parseDouble( final String str ) {
 915         double d = 0.0;
 916         try {
 917             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 918         }
 919         catch ( final Exception e ) {
 920             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 921             d = 0.0;
 922         }
 923         return d;
 924     }
 925
 926     private float parseFloat( final String str ) {
 927         float f = 0.0f;
 928         try {
 929             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 930         }
 931         catch ( final Exception e ) {
 932             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 933             f = 0.0f;
 934         }
 935         return f;
 936     }
 937
 938     private int parseInt( final String str ) {
 939         int i = -1;
 940         try {
 941             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 942         }
 943         catch ( final Exception e ) {
 944             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 945             i = -1;
 946         }
 947         return i;
 948     }
 949
 950     private short parseShort( final String str ) {
 951         short i = -1;
 952         try {
 953             i = Short.parseShort( str.trim() );
 954         }
 955         catch ( final Exception e ) {
 956             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 957             i = -1;
 958         }
 959         return i;
 960     }
 961
 962     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 963         setBaseFontFamilyName( "" );
 964         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 965         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 966         for( String font : fonts ) {
 967             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 968             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 969                 setBaseFontFamilyName( font );
 970                 break;
 971             }
 972         }
 973     }
 974
 975     /**
 976      * read each line of config file, process non-comment lines
 977      * @throws IOException
 978      */
 979     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 980         String line;
 981         do {
 982             line = conf_in.readLine();
 983             if ( line != null ) {
 984                 line = line.trim();
 985                 // skip comments and blank lines
 986                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 987                     // convert runs of spaces to tabs
 988                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 989                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 990                     setKeyValue( st );
 991                 }
 992             }
 993         } while ( line != null );
 994     }
 995
 996     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 997         _antialias_screen = antialias_screen;
 998     }
 999
1000     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
1001         _cladogram_type = cladogram_type;
1002     }
1003
1004     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
1005         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
1006     }
1007
1008     private void setEditable( final boolean editable ) {
1009         _editable = editable;
1010     }
1011
1012     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1013         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1014     }
1015
1016     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1017         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1018     }
1019
1020     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1021         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1022     }
1023
1024     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1025         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1026     }
1027
1028     /**
1029      * Set a key-value(s) tuple
1030      */
1031     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1032         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1033         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1034             return;
1035         }
1036         // Handle single value settings first:
1037         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1038             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1039             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1040             if ( default_clickto == -1 ) {
1041                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1042                         + "] for [default_click_to]" );
1043                 default_clickto = 0;
1044             }
1045             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1046                 // Deprecated.
1047             }
1048         }
1049         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1050             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1051             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1052                 _ui = UI.NATIVE;
1053             }
1054             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1055                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1056             }
1057             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1058                 _ui = UI.UNKNOWN;
1059             }
1060             else {
1061                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1062                         + "]" );
1063                 _ui = UI.UNKNOWN;
1064             }
1065         }
1066         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1067             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1068         }
1069         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1070             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1071         }
1072         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1073             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1074             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1075                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1076             }
1077             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1078                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1079             }
1080             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1081                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1082             }
1083             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1084                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1085             }
1086             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1087                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1088             }
1089             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1090                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1091             }
1092             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1093                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1094             }
1095             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1096                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1097             }
1098             else {
1099                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1100                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1101                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1102             }
1103         }
1104         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1105             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1106             final double d = parseDouble( mcv_str );
1107             setMinConfidenceValue( d );
1108         }
1109         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1110             processFontFamily( st );
1111         }
1112         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1113             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1114             final int i = parseInt( size_str );
1115             if ( i > 0 ) {
1116                 setBaseFontSize( i );
1117             }
1118         }
1119         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1120             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1121             final int i = parseInt( size_str );
1122             if ( i > 0 ) {
1123                 setMinBaseFontSize( i );
1124             }
1125         }
1126         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1127             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1128             final int i = parseInt( size_str );
1129             if ( i > 1 ) {
1130                 setMaxBaseFontSize( i );
1131             }
1132         }
1133         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1134             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1135             final int i = parseInt( str );
1136             if ( i > 0 ) {
1137                 setGraphicsExportX( i );
1138             }
1139         }
1140         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1141             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1142             final int i = parseInt( str );
1143             if ( i > 0 ) {
1144                 setGraphicsExportY( i );
1145             }
1146         }
1147         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1148             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1149             final float f = parseFloat( str );
1150             if ( f > 0 ) {
1151                 setPrintLineWidth( f );
1152             }
1153             else {
1154                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1155                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1156             }
1157         }
1158         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1159             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1160             final int i = parseInt( str );
1161             if ( i > 0 ) {
1162                 setFrameXSize( i );
1163             }
1164         }
1165         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1166             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1167             final int i = parseInt( str );
1168             if ( i > 0 ) {
1169                 setFrameYSize( i );
1170             }
1171         }
1172         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1173             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1174             final int i = parseInt( str );
1175             if ( i >= 0 ) {
1176                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1177             }
1178             else {
1179                 ForesterUtil
1180                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1181                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1182             }
1183         }
1184         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1185             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1186             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1187                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1188             }
1189         }
1190         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1191             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1192             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1193                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1194             }
1195         }
1196         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1197             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1198             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1199                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1200             }
1201         }
1202         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1203             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1204         }
1205         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1206             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1207         }
1208         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1209             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1210         }
1211         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1212             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1213         }
1214         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1215             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1216         }
1217         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1218             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1219         }
1220         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1221             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1222         }
1223         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1224             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1225         }
1226         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1227             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1228             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1229                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1230             }
1231             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1232                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1233             }
1234             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1235                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1236             }
1237             else {
1238                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1239                         + "] for [cladogram_type]" );
1240             }
1241         }
1242         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1243             ForesterUtil
1244                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1245                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1246         }
1247         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1248             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1249         }
1250         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1251             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1252         }
1253         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1254             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1255             setOvMaxWidth( i );
1256         }
1257         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1258             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1259             setOvMaxHeight( i );
1260         }
1261         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1262             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1263             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1264                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1265             }
1266             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1267                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1268             }
1269             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1270                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1271             }
1272             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1273                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1274             }
1275             else {
1276                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1277                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1278                         + "] for [overview_placement_type]" );
1279             }
1280         }
1281         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1282             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1283             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1284                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1285             }
1286             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1287                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1288             }
1289             else {
1290                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1291                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1292                         + "] for [node_label_direction]" );
1293             }
1294         }
1295         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1296             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1297             if ( i >= 0 ) {
1298                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1299             }
1300             else {
1301                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1302                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1303             }
1304         }
1305         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1306             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1307             if ( i >= 0 ) {
1308                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1309             }
1310             else {
1311                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1312                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1313             }
1314         }
1315         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1316             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1317         }
1318         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1319             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1320         }
1321         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1322             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1323             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1324                 ForesterUtil
1325                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1326                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1327             }
1328             else {
1329                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1330             }
1331         }
1332         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1333             final String s = ( String ) st.nextElement();
1334             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1335                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1336             }
1337             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1338                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1339             }
1340             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1341                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1342             }
1343             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1344                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1345             }
1346             else {
1347                 ForesterUtil
1348                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1349                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1350                                                       + s
1351                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1352             }
1353             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1354                 ForesterUtil
1355                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1356                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1357             }
1358         }
1359         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1360             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1361         }
1362         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1363             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1364         }
1365         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1366             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1367         }
1368         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1369             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1370         }
1371         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1372             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1373         }
1374         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1375             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1376         }
1377         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1378             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1379         }
1380         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1381             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1382         }
1383         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1384             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1385         }
1386         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1387             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1388         }
1389         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1390             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1391         }
1392         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1393             ForesterUtil
1394                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1395                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1396             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1397             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1398             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1399         }
1400         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1401             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1402         }
1403         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1404             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1405         }
1406         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1407             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1408             setDefaultNodeShapeSize( i );
1409         }
1410         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1411             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1412             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1413                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1414             }
1415             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1416                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1417             }
1418             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1419                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1420             }
1421             else {
1422                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1423                         + "] for [default_node_fill]" );
1424             }
1425         }
1426         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1427             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1428             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1429                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1430             }
1431             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1432                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1433             }
1434             else {
1435                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1436                         + "] for [default_node_shape]" );
1437             }
1438         }
1439         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1440             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1441         }
1442         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1443             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1444             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1445                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1446             }
1447             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1448                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1449             }
1450             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1451                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1452             }
1453             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1454                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1455             }
1456             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1457                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1458             }
1459             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1460                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1461             }
1462             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1463                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1464             }
1465             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1466                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1467             }
1468             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1469                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1470             }
1471             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1472                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1473             }
1474             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1475                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1476             }
1477             else {
1478                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1479                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1480             }
1481         }
1482         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1483             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1484             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1485                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1486                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1487             }
1488             else {
1489                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1490             }
1491         }
1492         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1493             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1494             if ( s.equals( "console" ) ) {
1495                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1496             }
1497             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1498                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1499             }
1500             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1501                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1502             }
1503             else {
1504                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1505                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1506             }
1507         }
1508         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1509             // yet retrieved!
1510             int key_index = -1;
1511             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1512                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1513             }
1514             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1515                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1516             }
1517             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1518                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1519             }
1520             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1521                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1522             }
1523             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1524                 key_index = Configuration.show_node_names;
1525             }
1526             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1527                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1528             }
1529             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1530                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1531             }
1532             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1533                 key_index = Configuration.write_events;
1534             }
1535             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.use_style;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.use_style;
1540                 ForesterUtil
1541                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1542                                               "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1543             }
1544             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.width_branches;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1549             }
1550             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1551                 key_index = Configuration.show_annotation;
1552             }
1553             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1561             }
1562             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1563                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1564             }
1565             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1566                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1567             }
1568             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1569                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1570             }
1571             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1572                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1573             }
1574             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1575                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1576             }
1577             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1578                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1579             }
1580             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1581                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1585             }
1586             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1587                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1588             }
1589             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1590                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1591             }
1592             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1593                 key_index = Configuration.show_properties;
1594             }
1595             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1596                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1597             }
1598             // If we've found the key, set the values
1599             if ( key_index >= 0 ) {
1600                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1601                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1602                 // otherwise, keep looking
1603             }
1604             else {
1605                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1606                     // Deprecated.
1607                 }
1608                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1609                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1610                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1611                     if ( key_index >= 0 ) {
1612                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1613                     }
1614                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1615                         // Deprecated.
1616                     }
1617                     else {
1618                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1619                                 + click_to_name );
1620                     }
1621                 }
1622                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1623                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1624                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1625                 }
1626                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1627                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1628                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1629                 }
1630                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1631                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1632                 }
1633                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1634                     getAnnotationColors()
1635                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1636                 }
1637                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1638                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1639                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1640                 }
1641                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1642                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1643                 }
1644                 else {
1645                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1646                             + "] in: " + config_filename );
1647                 }
1648             }
1649         }
1650         else {
1651             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1652                     + config_filename );
1653         }
1654     }
1655
1656     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1657         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1658     }
1659
1660     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1661         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1662     }
1663
1664     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1665         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1666     }
1667
1668     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1669         _ov_max_height = ov_max_height;
1670     }
1671
1672     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1673         _ov_max_width = ov_max_width;
1674     }
1675
1676     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1677         _ov_placement = ov_placement;
1678     }
1679
1680     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1681         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1682     }
1683
1684     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1685         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1686     }
1687
1688     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1689         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1690     }
1691
1692     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1693         _show_annotation_ref_source = b;
1694     }
1695
1696     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1697         _show_overview = show_overview;
1698     }
1699
1700     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1701         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1702     }
1703
1704     static String getDefaultFontFamilyName() {
1705         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1706     }
1707
1708     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1709         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
1710     }
1711
1712     public enum UI {
1713         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
1714     }
1715
1716     static enum TRIPLET {
1717         FALSE, TRUE, UNKNOWN
1718     }
1719 }