forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  59             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  60             { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  61             { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  62             { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  63             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  64             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  65             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  66             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  67     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  68     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  69     final static int                        reroot                                                 = 2;
  70     final static int                        subtree                                                = 3;
  71     final static int                        swap                                                   = 4;
  72     final static int                        color_node_font                                        = 5;
  73     final static int                        change_node_font                                       = 6;
  74     final static int                        color_subtree                                          = 7;
  75     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
  76     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
  77     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
  78     final static int                        blast                                                  = 11;
  79     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
  80     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
  81     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
  82     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
  83     final static int                        add_new_node                                           = 16;
  84     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
  85     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
  86     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
  87     final static int                        select_nodes                                           = 20;
  88     // ------------------
  89     // Click-to options
  90     // ------------------
  91     final static String                     display_options[][]                                    = {
  92             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
  93             { "Seq Annotations", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
  94             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
  95             { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" }, { "Branch Widths", "display", "no" },
  96             { "Protein Domains", "nodisplay", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
  97             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Seq Name", "display", "yes" },
  98             { "Seq Accession", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
  99             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 100             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Colorize by Annotation", "nodisplay", "no" },
 101             { "Seq Symbol", "display", "yes" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 102             { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" }, { "Vector Data", "nodisplay", "no" },
 103             { "Taxonomy Images", "display", "no" }, { "Properties", "nodisplay", "no" },
 104             { "Gene Name", "display", "yes" }                                                     };
 105     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 106     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 107     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 108     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 109     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 110     final static int                        write_events                                           = 5;
 111     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 112     final static int                        use_style                                              = 7;
 113     final static int                        width_branches                                         = 8;
 114     final static int                        show_domain_architectures                              = 9;
 115     final static int                        show_binary_characters                                 = 10;
 116     final static int                        show_binary_character_counts                           = 11;
 117     final static int                        show_seq_names                                         = 12;
 118     final static int                        show_sequence_acc                                      = 13;
 119     final static int                        display_internal_data                                  = 14;
 120     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 15;
 121     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 16;
 122     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 17;
 123     final static int                        color_according_to_annotation                          = 18;
 124     final static int                        show_seq_symbols                                       = 19;
 125     final static int                        node_data_popup                                        = 20;
 126     final static int                        show_relation_confidence                               = 21;
 127     final static int                        show_vector_data                                       = 22;
 128     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 23;
 129     final static int                        show_properties                                        = 24;
 130     final static int                        show_gene_names                                        = 25;
 131     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 132     // ----------------
 133     // Function colors
 134     // ----------------
 135     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 136     // ----------------
 137     // Domain colors
 138     // ----------------
 139     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 140     // ----------------
 141     // Species colors
 142     // ----------------
 143     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 144     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 145     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 146     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 147     // ---------------------------
 148     // Display options for trees
 149     // ---------------------------
 150     // ---------------------------------
 151     // Pertaining to the config itself
 152     // ---------------------------------
 153     // Full path to config (may be URL)
 154     String                                  config_filename;
 155     // This option is selected in the dropdown
 156     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 157     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 158     // --------------
 159     // Color set
 160     // --------------
 161     TreeColorSet                            tree_color_set;
 162     // -------
 163     // Fonts
 164     // -------
 165     TreeFontSet                             tree_font_set;
 166     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 167     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 168     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 169     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 170     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 171     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 172     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 173     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 174     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 175     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 176     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 177     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 178     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 179     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 180     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 181     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 182     private boolean                         _editable                                              = true;
 183     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 184     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 185     private int                             _frame_x_size;
 186     private int                             _frame_y_size;
 187     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 188     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 189     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 190     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 191     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 192     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 193     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 194     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 195     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 196     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 197     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 198     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 199     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 200     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 201     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 202     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 203     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 204     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 205     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 206     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 207     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 208     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 209     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 210     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 211     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 212     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 213     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 214     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 215     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 216     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 217     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
 218     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 219     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 220     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 221     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 222     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 223     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 224     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 225     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 226     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 227     static {
 228         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 229             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 230                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 231                 break;
 232             }
 233         }
 234         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 235             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 236         }
 237     }
 238
 239     public Configuration() {
 240         this( null, false, false, false );
 241     }
 242
 243     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 244         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 245             config_filename = default_config_filename;
 246         }
 247         else {
 248             config_filename = cf;
 249         }
 250         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 251         config_filename = config_filename.trim();
 252         URL u = null;
 253         if ( is_url ) {
 254             // If URL, open accordingly
 255             try {
 256                 u = new URL( config_filename );
 257                 try {
 258                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 259                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 260                     readConfig( bf );
 261                     bf.close();
 262                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 263                             + config_filename + "]" );
 264                 }
 265                 catch ( final Exception e ) {
 266                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 267                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 268                 }
 269             }
 270             catch ( final Exception e ) {
 271                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 272                         + config_filename + "]" );
 273             }
 274         }
 275         else {
 276             // Otherwise, open as a file
 277             File f = new File( config_filename );
 278             if ( !f.exists() ) {
 279                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 280             }
 281             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 282                 try {
 283                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 284                     readConfig( bf );
 285                     bf.close();
 286                 }
 287                 catch ( final Exception e ) {
 288                     if ( verbose ) {
 289                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 290                                 + config_filename + "]: " + e );
 291                     }
 292                 }
 293             }
 294             else {
 295                 if ( verbose ) {
 296                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 297                             + config_filename + "]" );
 298                 }
 299             }
 300         }
 301     }
 302
 303     public String getBaseFontFamilyName() {
 304         return _base_font_family_name;
 305     }
 306
 307     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 308         return _default_bootstrap_samples;
 309     }
 310
 311     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 312         return _default_node_fill;
 313     }
 314
 315     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 316         return _default_node_shape;
 317     }
 318
 319     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 320         return _default_node_shape_size;
 321     }
 322
 323     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 324         return _domain_structure_base_color;
 325     }
 326
 327     public Color getDomainStructureFontColor() {
 328         return _domain_structure_font_color;
 329     }
 330
 331     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 332         return _ext_desc_data_to_return;
 333     }
 334
 335     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 336         return _ext_node_data_return_on;
 337     }
 338
 339     public int getFrameXSize() {
 340         return _frame_x_size;
 341     }
 342
 343     public int getFrameYSize() {
 344         return _frame_y_size;
 345     }
 346
 347     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 348         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 349     }
 350
 351     public File getPathToLocalFastme() {
 352         return _path_to_local_fastme;
 353     }
 354
 355     public File getpathToLocalMafft() {
 356         return _path_to_local_mafft;
 357     }
 358
 359     public File getPathToLocalRaxml() {
 360         return _path_to_local_raxml;
 361     }
 362
 363     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 364         return _abbreviate_scientific_names;
 365     }
 366
 367     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 368         return _background_color_gradient;
 369     }
 370
 371     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 372         return false;
 373     }
 374
 375     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 376         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 377     }
 378
 379     public boolean isMidpointReroot() {
 380         return _midpoint_root;
 381     }
 382
 383     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 384         return _show_annotation_ref_source;
 385     }
 386
 387     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 388         return _show_default_node_shapes_external;
 389     }
 390
 391     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 392         return _show_default_node_shapes_internal;
 393     }
 394
 395     public boolean isShowDomainLabels() {
 396         return _show_domain_labels;
 397     }
 398
 399     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 400         getDisplayColors().put( key, color );
 401     }
 402
 403     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 404         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 405     }
 406
 407     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 408         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 409     }
 410
 411     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 412         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 413     }
 414
 415     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 416         _base_font_size = base_font_size;
 417     }
 418
 419     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 420         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 421     }
 422
 423     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 424         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 425     }
 426
 427     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 428         _default_node_fill = default_node_fill;
 429     }
 430
 431     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 432         _default_node_shape = default_node_shape;
 433     }
 434
 435     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 436         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 437     }
 438
 439     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 440         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 441     }
 442
 443     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 444         _display_colors = display_colors;
 445     }
 446
 447     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 448         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 449     }
 450
 451     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 452         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 453     }
 454
 455     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 456         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 457     }
 458
 459     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 460         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 461     }
 462
 463     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 464         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 465     }
 466
 467     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 468         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 469     }
 470
 471     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 472         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 473     }
 474
 475     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 476         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 477     }
 478
 479     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 480         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 481     }
 482
 483     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 484         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 485     }
 486
 487     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 488         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 489     }
 490
 491     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 492         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 493     }
 494
 495     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 496         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 497     }
 498
 499     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 500         _frame_x_size = frame_x_size;
 501     }
 502
 503     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 504         _frame_y_size = frame_y_size;
 505     }
 506
 507     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 508         _midpoint_root = midpoint_root;
 509     }
 510
 511     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 512         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 513     }
 514
 515     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 516         _node_label_direction = node_label_direction;
 517     }
 518
 519     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 520         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 521     }
 522
 523     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 524         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 525     }
 526
 527     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 528         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 529     }
 530
 531     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 532         _print_line_width = print_line_width;
 533     }
 534
 535     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 536         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 537     }
 538
 539     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 540         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 541     }
 542
 543     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 544         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 545     }
 546
 547     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 548         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 549     }
 550
 551     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 552         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 553     }
 554
 555     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 556         _show_scale = show_scale;
 557     }
 558
 559     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 560         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 561     }
 562
 563     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 564         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 565     }
 566
 567     boolean displaySequenceRelations() {
 568         return _display_sequence_relations;
 569     }
 570
 571     boolean doCheckOption( final int which ) {
 572         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 573                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 574     }
 575
 576     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 577         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 578     }
 579
 580     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 581         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 582     }
 583
 584     /**
 585      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 586      * this or not (e.g. phylogram)
 587      *
 588      */
 589     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 590         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 591     }
 592
 593     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 594         if ( _annotation_colors == null ) {
 595             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 596         }
 597         return _annotation_colors;
 598     }
 599
 600     int getBaseFontSize() {
 601         return _base_font_size;
 602     }
 603
 604     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 605         return _cladogram_type;
 606     }
 607
 608     int getClickToOptionsCount() {
 609         return clickto_options.length;
 610     }
 611
 612     String getClickToTitle( final int which ) {
 613         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 614     }
 615
 616     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 617         return default_clickto;
 618     }
 619
 620     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 621         return _display_colors;
 622     }
 623
 624     String getDisplayTitle( final int which ) {
 625         return display_options[ which ][ 0 ];
 626     }
 627
 628     Map<String, Color> getDomainColors() {
 629         if ( _domain_colors == null ) {
 630             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 631         }
 632         return _domain_colors;
 633     }
 634
 635     int getGraphicsExportX() {
 636         return _graphics_export_x;
 637     }
 638
 639     int getGraphicsExportY() {
 640         return _graphics_export_y;
 641     }
 642
 643     Color getGuiBackgroundColor() {
 644         return _gui_background_color;
 645     }
 646
 647     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 648         return _gui_button_background_color;
 649     }
 650
 651     Color getGuiButtonBorderColor() {
 652         return _gui_button_border_color;
 653     }
 654
 655     Color getGuiButtonTextColor() {
 656         return _gui_button_text_color;
 657     }
 658
 659     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 660         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 661     }
 662
 663     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 664         return _gui_checkbox_text_color;
 665     }
 666
 667     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 668         return _gui_menu_background_color;
 669     }
 670
 671     Color getGuiMenuTextColor() {
 672         return _gui_menu_text_color;
 673     }
 674
 675     int getMaxBaseFontSize() {
 676         return _max_base_font_size;
 677     }
 678
 679     int getMinBaseFontSize() {
 680         return _min_base_font_size;
 681     }
 682
 683     double getMinConfidenceValue() {
 684         return _min_confidence_value;
 685     }
 686
 687     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 688         return _node_label_direction;
 689     }
 690
 691     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 692         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 693     }
 694
 695     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 696         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 697     }
 698
 699     short getOvMaxHeight() {
 700         return _ov_max_height;
 701     }
 702
 703     short getOvMaxWidth() {
 704         return _ov_max_width;
 705     }
 706
 707     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 708         return _ov_placement;
 709     }
 710
 711     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 712         return _phylogeny_graphics_type;
 713     }
 714
 715     float getPrintLineWidth() {
 716         return _print_line_width;
 717     }
 718
 719     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 720         if ( _species_colors == null ) {
 721             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 722         }
 723         return _species_colors;
 724     }
 725
 726     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 727         return _taxonomy_extraction;
 728     }
 729
 730     boolean isAntialiasScreen() {
 731         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 732             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 733             return false;
 734         }
 735         return _antialias_screen;
 736     }
 737
 738     /**
 739      * Convenience method.
 740      *
 741      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 742      */
 743     boolean isDrawAsPhylogram() {
 744         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 745     }
 746
 747     boolean isEditable() {
 748         return _editable;
 749     }
 750
 751     /**
 752      * Only used by ArchaeoptryxE.
 753      *
 754      */
 755     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 756         return _hide_controls_and_menus;
 757     }
 758
 759     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 760         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 761     }
 762
 763     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 764         return _nh_parsing_replace_underscores;
 765     }
 766
 767     boolean isShowBranchLengthValues() {
 768         return _show_branch_length_values;
 769     }
 770
 771     boolean isShowOverview() {
 772         return _show_overview;
 773     }
 774
 775     boolean isShowScale() {
 776         return _show_scale;
 777     }
 778
 779     final boolean isUseNativeUI() {
 780         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 781             _ui = UI.NATIVE;
 782         }
 783         return _ui == UI.NATIVE;
 784     }
 785
 786     /**
 787      * Only used by ArchaeoptryxE.
 788      *
 789      */
 790     boolean isUseTabbedDisplay() {
 791         return _use_tabbed_display;
 792     }
 793
 794     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 795         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 796     }
 797
 798     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 799         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 800     }
 801
 802     private int getClickToIndex( final String name ) {
 803         int index = -1;
 804         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 805             index = Configuration.display_node_data;
 806             ForesterUtil
 807                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 808                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 809         }
 810         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 811             index = Configuration.display_node_data;
 812         }
 813         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 814             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 815         }
 816         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 817             index = Configuration.reroot;
 818         }
 819         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 820             index = Configuration.subtree;
 821         }
 822         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 823             index = Configuration.swap;
 824         }
 825         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 826             index = Configuration.sort_descendents;
 827         }
 828         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 829             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 830         }
 831         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 832             ForesterUtil
 833                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 834             return DEPRECATED;
 835         }
 836         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 837             index = Configuration.open_seq_web;
 838         }
 839         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 840             index = Configuration.open_pdb_web;
 841         }
 842         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 843             index = Configuration.open_tax_web;
 844         }
 845         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 846             index = Configuration.blast;
 847         }
 848         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 849             index = Configuration.cut_subtree;
 850         }
 851         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 852             index = Configuration.copy_subtree;
 853         }
 854         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 855             index = Configuration.paste_subtree;
 856         }
 857         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 858             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 859         }
 860         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 861             index = Configuration.add_new_node;
 862         }
 863         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 864             index = Configuration.edit_node_data;
 865         }
 866         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 867             index = Configuration.select_nodes;
 868         }
 869         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 870             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 871                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 872             return DEPRECATED;
 873         }
 874         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 875             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 876             return DEPRECATED;
 877         }
 878         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 879             index = Configuration.color_subtree;
 880         }
 881         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 882             index = Configuration.change_node_font;
 883         }
 884         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 885             index = Configuration.color_node_font;
 886         }
 887         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 888             index = Configuration.color_subtree;
 889         }
 890         return index;
 891     }
 892
 893     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 894         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 895         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 896             return true;
 897         }
 898         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 899             return false;
 900         }
 901         else {
 902             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 903             return false;
 904         }
 905     }
 906
 907     private double parseDouble( final String str ) {
 908         double d = 0.0;
 909         try {
 910             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 911         }
 912         catch ( final Exception e ) {
 913             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 914             d = 0.0;
 915         }
 916         return d;
 917     }
 918
 919     private float parseFloat( final String str ) {
 920         float f = 0.0f;
 921         try {
 922             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 923         }
 924         catch ( final Exception e ) {
 925             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 926             f = 0.0f;
 927         }
 928         return f;
 929     }
 930
 931     private int parseInt( final String str ) {
 932         int i = -1;
 933         try {
 934             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 935         }
 936         catch ( final Exception e ) {
 937             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 938             i = -1;
 939         }
 940         return i;
 941     }
 942
 943     private short parseShort( final String str ) {
 944         short i = -1;
 945         try {
 946             i = Short.parseShort( str.trim() );
 947         }
 948         catch ( final Exception e ) {
 949             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 950             i = -1;
 951         }
 952         return i;
 953     }
 954
 955     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 956         setBaseFontFamilyName( "" );
 957         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 958         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 959         for( String font : fonts ) {
 960             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 961             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 962                 setBaseFontFamilyName( font );
 963                 break;
 964             }
 965         }
 966     }
 967
 968     /**
 969      * read each line of config file, process non-comment lines
 970      * @throws IOException
 971      */
 972     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 973         String line;
 974         do {
 975             line = conf_in.readLine();
 976             if ( line != null ) {
 977                 line = line.trim();
 978                 // skip comments and blank lines
 979                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 980                     // convert runs of spaces to tabs
 981                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 982                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 983                     setKeyValue( st );
 984                 }
 985             }
 986         } while ( line != null );
 987     }
 988
 989     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 990         _antialias_screen = antialias_screen;
 991     }
 992
 993     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 994         _cladogram_type = cladogram_type;
 995     }
 996
 997     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 998         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 999     }
1000
1001     private void setEditable( final boolean editable ) {
1002         _editable = editable;
1003     }
1004
1005     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1006         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1007     }
1008
1009     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1010         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1011     }
1012
1013     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1014         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1015     }
1016
1017     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1018         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1019     }
1020
1021     /**
1022      * Set a key-value(s) tuple
1023      */
1024     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1025         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1026         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1027             return;
1028         }
1029         // Handle single value settings first:
1030         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1031             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1032             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1033             if ( default_clickto == -1 ) {
1034                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1035                         + "] for [default_click_to]" );
1036                 default_clickto = 0;
1037             }
1038             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1039                 // Deprecated.
1040             }
1041         }
1042         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1043             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1044             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1045                 _ui = UI.NATIVE;
1046             }
1047             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1048                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1049             }
1050             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1051                 _ui = UI.UNKNOWN;
1052             }
1053             else {
1054                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1055                         + "]" );
1056                 _ui = UI.UNKNOWN;
1057             }
1058         }
1059         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1060             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1061         }
1062         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1063             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1064         }
1065         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1066             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1067             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1068                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1069             }
1070             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1071                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1072             }
1073             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1074                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1075             }
1076             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1077                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1078             }
1079             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1080                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1081             }
1082             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1083                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1084             }
1085             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1086                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1087             }
1088             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1089                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1090             }
1091             else {
1092                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1093                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1094                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1095             }
1096         }
1097         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1098             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1099             final double d = parseDouble( mcv_str );
1100             setMinConfidenceValue( d );
1101         }
1102         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1103             processFontFamily( st );
1104         }
1105         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1106             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1107             final int i = parseInt( size_str );
1108             if ( i > 0 ) {
1109                 setBaseFontSize( i );
1110             }
1111         }
1112         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1113             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1114             final int i = parseInt( size_str );
1115             if ( i > 0 ) {
1116                 setMinBaseFontSize( i );
1117             }
1118         }
1119         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1120             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1121             final int i = parseInt( size_str );
1122             if ( i > 1 ) {
1123                 setMaxBaseFontSize( i );
1124             }
1125         }
1126         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1127             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1128             final int i = parseInt( str );
1129             if ( i > 0 ) {
1130                 setGraphicsExportX( i );
1131             }
1132         }
1133         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1134             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1135             final int i = parseInt( str );
1136             if ( i > 0 ) {
1137                 setGraphicsExportY( i );
1138             }
1139         }
1140         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1141             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1142             final float f = parseFloat( str );
1143             if ( f > 0 ) {
1144                 setPrintLineWidth( f );
1145             }
1146             else {
1147                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1148                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1149             }
1150         }
1151         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1152             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1153             final int i = parseInt( str );
1154             if ( i > 0 ) {
1155                 setFrameXSize( i );
1156             }
1157         }
1158         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1159             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1160             final int i = parseInt( str );
1161             if ( i > 0 ) {
1162                 setFrameYSize( i );
1163             }
1164         }
1165         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1166             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1167             final int i = parseInt( str );
1168             if ( i >= 0 ) {
1169                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1170             }
1171             else {
1172                 ForesterUtil
1173                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1174                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1175             }
1176         }
1177         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1178             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1179             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1180                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1181             }
1182         }
1183         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1184             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1185             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1186                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1187             }
1188         }
1189         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1190             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1191             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1192                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1193             }
1194         }
1195         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1196             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1197         }
1198         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1199             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1200         }
1201         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1202             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1203         }
1204         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1205             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1206         }
1207         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1208             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1209         }
1210         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1211             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1212         }
1213         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1214             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1215         }
1216         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1217             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1218         }
1219         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1220             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1221             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1222                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1223             }
1224             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1225                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1226             }
1227             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1228                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1229             }
1230             else {
1231                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1232                         + "] for [cladogram_type]" );
1233             }
1234         }
1235         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1236             ForesterUtil
1237                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1238                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1239         }
1240         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1241             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1242         }
1243         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1244             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1245         }
1246         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1247             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1248             setOvMaxWidth( i );
1249         }
1250         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1251             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1252             setOvMaxHeight( i );
1253         }
1254         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1255             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1256             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1257                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1258             }
1259             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1260                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1261             }
1262             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1263                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1264             }
1265             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1266                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1267             }
1268             else {
1269                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1270                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1271                         + "] for [overview_placement_type]" );
1272             }
1273         }
1274         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1275             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1276             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1277                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1278             }
1279             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1280                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1281             }
1282             else {
1283                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1284                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1285                         + "] for [node_label_direction]" );
1286             }
1287         }
1288         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1289             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1290             if ( i >= 0 ) {
1291                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1292             }
1293             else {
1294                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1295                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1296             }
1297         }
1298         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1299             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1300             if ( i >= 0 ) {
1301                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1302             }
1303             else {
1304                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1305                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1306             }
1307         }
1308         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1309             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1310         }
1311         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1312             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1313         }
1314         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1315             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1316             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1317                 ForesterUtil
1318                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1319                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1320             }
1321             else {
1322                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1323             }
1324         }
1325         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1326             final String s = ( String ) st.nextElement();
1327             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1328                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1329             }
1330             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1331                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1332             }
1333             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1334                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1335             }
1336             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1337                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1338             }
1339             else {
1340                 ForesterUtil
1341                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1342                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1343                                                       + s
1344                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1345             }
1346             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1347                 ForesterUtil
1348                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1349                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1350             }
1351         }
1352         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1353             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1354         }
1355         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1356             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1357         }
1358         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1359             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1360         }
1361         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1362             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1363         }
1364         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1365             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1366         }
1367         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1368             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1369         }
1370         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1371             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1372         }
1373         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1374             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1375         }
1376         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1377             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1378         }
1379         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1380             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1381         }
1382         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1383             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1384         }
1385         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1386             ForesterUtil
1387                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1388                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1389             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1390             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1391             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1392         }
1393         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1394             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1395         }
1396         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1397             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1398         }
1399         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1400             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1401             setDefaultNodeShapeSize( i );
1402         }
1403         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1404             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1405             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1406                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1407             }
1408             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1409                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1410             }
1411             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1412                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1413             }
1414             else {
1415                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1416                         + "] for [default_node_fill]" );
1417             }
1418         }
1419         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1420             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1421             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1422                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1423             }
1424             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1425                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1426             }
1427             else {
1428                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1429                         + "] for [default_node_shape]" );
1430             }
1431         }
1432         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1433             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1434         }
1435         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1436             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1437             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1438                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1439             }
1440             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1441                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1442             }
1443             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1444                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1445             }
1446             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1447                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1448             }
1449             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1450                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1451             }
1452             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1453                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1454             }
1455             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1456                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1457             }
1458             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1459                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1460             }
1461             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1462                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1463             }
1464             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1465                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1466             }
1467             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1468                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1469             }
1470             else {
1471                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1472                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1473             }
1474         }
1475         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1476             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1477             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1478                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1479                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1480             }
1481             else {
1482                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1483             }
1484         }
1485         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1486             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1487             if ( s.equals( "console" ) ) {
1488                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1489             }
1490             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1491                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1492             }
1493             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1494                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1495             }
1496             else {
1497                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1498                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1499             }
1500         }
1501         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1502             // yet retrieved!
1503             int key_index = -1;
1504             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1505                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1506             }
1507             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1508                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1509             }
1510             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1511                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1512             }
1513             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1514                 key_index = Configuration.show_node_names;
1515             }
1516             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1517                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1518             }
1519             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1520                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1521             }
1522             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1523                 key_index = Configuration.write_events;
1524             }
1525             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1526                 key_index = Configuration.use_style;
1527             }
1528             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1529                 key_index = Configuration.use_style;
1530                 ForesterUtil
1531                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1532                                               "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1533             }
1534             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1535                 key_index = Configuration.width_branches;
1536             }
1537             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1538                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1539             }
1540             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1541                 key_index = Configuration.show_annotation;
1542             }
1543             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1544                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1545             }
1546             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1547                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1548             }
1549             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1550                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1551             }
1552             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1553                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1554             }
1555             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1556                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1557             }
1558             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1559                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1560             }
1561             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1562                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1563             }
1564             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1565                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1566             }
1567             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1568                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1569             }
1570             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1571                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1572             }
1573             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1574                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1575             }
1576             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1577                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1578             }
1579             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1580                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1581             }
1582             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1583                 key_index = Configuration.show_properties;
1584             }
1585             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1586                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1587             }
1588             // If we've found the key, set the values
1589             if ( key_index >= 0 ) {
1590                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1591                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1592                 // otherwise, keep looking
1593             }
1594             else {
1595                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1596                     // Deprecated.
1597                 }
1598                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1599                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1600                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1601                     if ( key_index >= 0 ) {
1602                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1603                     }
1604                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1605                         // Deprecated.
1606                     }
1607                     else {
1608                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1609                                 + click_to_name );
1610                     }
1611                 }
1612                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1613                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1614                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1615                 }
1616                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1617                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1618                 }
1619                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1620                     getAnnotationColors()
1621                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1622                 }
1623                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1624                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1625                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1626                 }
1627                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1628                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1629                 }
1630                 else {
1631                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1632                             + "] in: " + config_filename );
1633                 }
1634             }
1635         }
1636         else {
1637             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1638                     + config_filename );
1639         }
1640     }
1641
1642     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1643         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1644     }
1645
1646     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1647         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1648     }
1649
1650     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1651         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1652     }
1653
1654     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1655         _ov_max_height = ov_max_height;
1656     }
1657
1658     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1659         _ov_max_width = ov_max_width;
1660     }
1661
1662     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1663         _ov_placement = ov_placement;
1664     }
1665
1666     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1667         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1668     }
1669
1670     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1671         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1672     }
1673
1674     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1675         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1676     }
1677
1678     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1679         _show_annotation_ref_source = b;
1680     }
1681
1682     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1683         _show_overview = show_overview;
1684     }
1685
1686     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1687         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1688     }
1689
1690     static String getDefaultFontFamilyName() {
1691         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1692     }
1693
1694     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1695         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
1696     }
1697
1698     public enum UI {
1699         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
1700     }
1701
1702     static enum TRIPLET {
1703         FALSE, TRUE, UNKNOWN
1704     }
1705 }