forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  53 import org.forester.util.ForesterUtil;
  54
  55 public final class Configuration {
  56
  57     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  58     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  59     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  60     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  61     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  62     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  63     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  64     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  65     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  66     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  67     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  68     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  69     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  70     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  71     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  72     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  73     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  74     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  75     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  76     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  77     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  78     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  79     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  80     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  81     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  82     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  83     private boolean                         _editable                                              = true;
  84     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  85     private boolean                         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes                = false;
  86     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  87     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  88     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  89     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  90     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  91     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  92     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  93     private boolean                         _show_default_node_shapes                              = false;
  94     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
  95     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
  96     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
  97     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
  98     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
  99     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 100     private File                            _path_to_local_kalign                                  = null;
 101     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 102     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 103     private File                            _path_to_local_clustalo                                = null;
 104     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 105     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 106     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 107     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 108     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 109     final static int                        write_events                                           = 5;
 110     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 111     final static int                        color_branches                                         = 7;
 112     final static int                        width_branches                                         = 8;
 113     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 114     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 115     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 116     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 117     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 118     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 119     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 120     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 121     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 122     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 123     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 124     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 125     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 126     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 127     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 128     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 129     final static int                        show_properties                                        = 25;
 130     // ------------------
 131     // Click-to options
 132     // ------------------
 133     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 134     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 135     final static int                        reroot                                                 = 2;
 136     final static int                        subtree                                                = 3;
 137     final static int                        swap                                                   = 4;
 138     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 139     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 140     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 141     final static int                        blast                                                  = 8;
 142     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 143     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 144     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 145     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 146     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 147     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 148     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 149     // ---------------------------
 150     // Display options for trees
 151     // ---------------------------
 152     // ---------------------------------
 153     // Pertaining to the config itself
 154     // ---------------------------------
 155     // Full path to config (may be URL)
 156     String                                  config_filename;
 157     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 158     final static String                     display_options[][]                                    = {
 159             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 160             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 161             { "Taxonomy Colorize", "display", "no" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 162             { "Use Branch-Widths", "display", "no" }, { "Show Custom Nodes", "display", "yes" },
 163             { "Domains", "nodisplay", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
 164             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Name", "display", "yes" },
 165             { "Prot/Gene Acc", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
 166             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 167             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" },
 168             { "Prot/Gene Symbol", "display", "yes" }, { "Rollover", "display", "yes" },
 169             { "Relation Confidence", "display", "no" }, { "Vector Data", "display", "no" },
 170             { "Taxonomy Images", "display", "no" }, { "Properties", "display", "no" }             };
 171     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 172             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 173             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 174             { "Open Sequence Web", "display" }, { "Open Taxonomy Web", "display" }, { "Blast", "display" },
 175             { "Cut Subtree", "display" }, { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" },
 176             { "Delete Subtree/Node", "display" }, { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" },
 177             { "Sort Descendants", "display" }                                                     };
 178     // This option is selected in the dropdown
 179     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 180     // --------------
 181     // Color set
 182     // --------------
 183     TreeColorSet                            tree_color_set;
 184     // -------
 185     // Fonts
 186     // -------
 187     TreeFontSet                             tree_font_set;
 188     // ----------------
 189     // Species colors
 190     // ----------------
 191     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 192     // ----------------
 193     // Domain colors
 194     // ----------------
 195     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 196     // ----------------
 197     // Function colors
 198     // ----------------
 199     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 200     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 201     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 202     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 203     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 204     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 205     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 206     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 207     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 208     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 209     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 210     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 212     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 213     static {
 214         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 215             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 216                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 217                 break;
 218             }
 219         }
 220         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 221             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 222         }
 223     }
 224
 225     public Configuration() {
 226         this( null, false, false, false );
 227     }
 228
 229     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 230         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 231             config_filename = default_config_filename;
 232         }
 233         else {
 234             config_filename = cf;
 235         }
 236         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 237         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 238         config_filename = config_filename.trim();
 239         URL u = null;
 240         if ( is_url ) {
 241             // If URL, open accordingly
 242             try {
 243                 u = new URL( config_filename );
 244                 try {
 245                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 246                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 247                     readConfig( bf );
 248                     bf.close();
 249                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 250                             + config_filename + "]" );
 251                 }
 252                 catch ( final Exception e ) {
 253                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 254                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 255                 }
 256             }
 257             catch ( final Exception e ) {
 258                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 259                         + config_filename + "]" );
 260             }
 261         }
 262         else {
 263             // Otherwise, open as a file
 264             File f = new File( config_filename );
 265             if ( !f.exists() ) {
 266                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 267             }
 268             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 269                 try {
 270                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 271                     readConfig( bf );
 272                     bf.close();
 273                 }
 274                 catch ( final Exception e ) {
 275                     if ( verbose ) {
 276                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 277                                 + config_filename + "]: " + e );
 278                     }
 279                 }
 280             }
 281             else {
 282                 if ( verbose ) {
 283                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 284                             + config_filename + "]" );
 285                 }
 286             }
 287         }
 288     }
 289
 290     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 291         WebLink weblink = null;
 292         boolean ex = false;
 293         try {
 294             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 295         }
 296         catch ( final MalformedURLException e ) {
 297             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 298             ex = true;
 299         }
 300         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 301             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 302         }
 303     }
 304
 305     boolean displaySequenceRelations() {
 306         return _display_sequence_relations;
 307     }
 308
 309     boolean doCheckOption( final int which ) {
 310         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 311                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 312     }
 313
 314     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 315         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 316     }
 317
 318     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 319         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 320     }
 321
 322     /**
 323      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 324      * this or not (e.g. phylogram)
 325      *
 326      */
 327     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 328         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 329     }
 330
 331     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 332         if ( _annotation_colors == null ) {
 333             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 334         }
 335         return _annotation_colors;
 336     }
 337
 338     public String getBaseFontFamilyName() {
 339         return _base_font_family_name;
 340     }
 341
 342     int getBaseFontSize() {
 343         return _base_font_size;
 344     }
 345
 346     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 347         return _cladogram_type;
 348     }
 349
 350     private int getClickToIndex( final String name ) {
 351         int index = -1;
 352         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 353             index = Configuration.display_node_data;
 354             ForesterUtil
 355                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 356                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 357         }
 358         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 359             index = Configuration.display_node_data;
 360         }
 361         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 362             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 363         }
 364         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 365             index = Configuration.reroot;
 366         }
 367         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 368             index = Configuration.subtree;
 369         }
 370         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 371             index = Configuration.swap;
 372         }
 373         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 374             index = Configuration.sort_descendents;
 375         }
 376         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 377             ForesterUtil
 378                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 379             return DEPRECATED;
 380         }
 381         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 382             index = Configuration.open_seq_web;
 383         }
 384         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 385             index = Configuration.open_tax_web;
 386         }
 387         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 388             index = Configuration.blast;
 389         }
 390         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 391             index = Configuration.cut_subtree;
 392         }
 393         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 394             index = Configuration.copy_subtree;
 395         }
 396         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 397             index = Configuration.paste_subtree;
 398         }
 399         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 400             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 401         }
 402         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 403             index = Configuration.add_new_node;
 404         }
 405         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 406             index = Configuration.edit_node_data;
 407         }
 408         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 409             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 410                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 411             return DEPRECATED;
 412         }
 413         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 414             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 415             return DEPRECATED;
 416         }
 417         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 418             index = Configuration.color_subtree;
 419         }
 420         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 421             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 422             return DEPRECATED;
 423         }
 424         return index;
 425     }
 426
 427     int getClickToOptionsCount() {
 428         return clickto_options.length;
 429     }
 430
 431     String getClickToTitle( final int which ) {
 432         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 433     }
 434
 435     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 436         return _default_bootstrap_samples;
 437     }
 438
 439     public File getpathToLocalMafft() {
 440         return _path_to_local_mafft;
 441     }
 442
 443     public File getPathToLocalKalign() {
 444         return _path_to_local_kalign;
 445     }
 446
 447     public File getPathToLocalFastme() {
 448         return _path_to_local_fastme;
 449     }
 450
 451     public File getPathToLocalRaxml() {
 452         return _path_to_local_raxml;
 453     }
 454
 455     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 456         return default_clickto;
 457     }
 458
 459     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 460         return _default_node_fill;
 461     }
 462
 463     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 464         return _default_node_shape;
 465     }
 466
 467     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 468         return _default_node_shape_size;
 469     }
 470
 471     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 472         return _display_colors;
 473     }
 474
 475     String getDisplayTitle( final int which ) {
 476         return display_options[ which ][ 0 ];
 477     }
 478
 479     Map<String, Color> getDomainColors() {
 480         if ( _domain_colors == null ) {
 481             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 482         }
 483         return _domain_colors;
 484     }
 485
 486     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 487         return _domain_structure_base_color;
 488     }
 489
 490     public Color getDomainStructureFontColor() {
 491         return _domain_structure_font_color;
 492     }
 493
 494     int getGraphicsExportX() {
 495         return _graphics_export_x;
 496     }
 497
 498     int getGraphicsExportY() {
 499         return _graphics_export_y;
 500     }
 501
 502     Color getGuiBackgroundColor() {
 503         return _gui_background_color;
 504     }
 505
 506     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 507         return _gui_button_background_color;
 508     }
 509
 510     Color getGuiButtonBorderColor() {
 511         return _gui_button_border_color;
 512     }
 513
 514     Color getGuiButtonTextColor() {
 515         return _gui_button_text_color;
 516     }
 517
 518     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 519         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 520     }
 521
 522     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 523         return _gui_checkbox_text_color;
 524     }
 525
 526     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 527         return _gui_menu_background_color;
 528     }
 529
 530     Color getGuiMenuTextColor() {
 531         return _gui_menu_text_color;
 532     }
 533
 534     double getMinConfidenceValue() {
 535         return _min_confidence_value;
 536     }
 537
 538     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 539         return _node_label_direction;
 540     }
 541
 542     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 543         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 544     }
 545
 546     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 547         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 548     }
 549
 550     short getOvMaxHeight() {
 551         return _ov_max_height;
 552     }
 553
 554     short getOvMaxWidth() {
 555         return _ov_max_width;
 556     }
 557
 558     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 559         return _ov_placement;
 560     }
 561
 562     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 563         return _phylogeny_graphics_type;
 564     }
 565
 566     float getPrintLineWidth() {
 567         return _print_line_width;
 568     }
 569
 570     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 571         if ( _species_colors == null ) {
 572             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 573         }
 574         return _species_colors;
 575     }
 576
 577     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 578         return null;
 579     }
 580
 581     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 582         return null;
 583     }
 584
 585     WebLink getWebLink( final String source ) {
 586         return getWebLinks().get( source );
 587     }
 588
 589     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 590         return _weblinks;
 591     }
 592
 593     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 594         return _abbreviate_scientific_names;
 595     }
 596
 597     boolean isAntialiasScreen() {
 598         return _antialias_screen;
 599     }
 600
 601     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 602         return _background_color_gradient;
 603     }
 604
 605     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 606         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 607     }
 608
 609     /**
 610      * Convenience method.
 611      *
 612      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 613      */
 614     boolean isDrawAsPhylogram() {
 615         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 616     }
 617
 618     boolean isEditable() {
 619         return _editable;
 620     }
 621
 622     boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 623         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 624     }
 625
 626     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 627         return getWebLinks().containsKey( source );
 628     }
 629
 630     /**
 631      * Only used by ArchaeoptryxE.
 632      *
 633      */
 634     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 635         return _hide_controls_and_menus;
 636     }
 637
 638     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 639         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 640     }
 641
 642     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 643         return _nh_parsing_replace_underscores;
 644     }
 645
 646     boolean isShowBranchLengthValues() {
 647         return _show_branch_length_values;
 648     }
 649
 650     public boolean isShowDefaultNodeShapes() {
 651         return _show_default_node_shapes;
 652     }
 653
 654     public boolean isShowDomainLabels() {
 655         return _show_domain_labels;
 656     }
 657
 658     boolean isShowOverview() {
 659         return _show_overview;
 660     }
 661
 662     boolean isShowScale() {
 663         return _show_scale;
 664     }
 665
 666     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 667         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 668     }
 669
 670     final boolean isUseNativeUI() {
 671         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && AptxUtil.isMac() && AptxUtil.isJava15() ) {
 672             _ui = UI.NATIVE;
 673         }
 674         return _ui == UI.NATIVE;
 675     }
 676
 677     /**
 678      * Only used by ArchaeoptryxE.
 679      *
 680      */
 681     boolean isUseTabbedDisplay() {
 682         return _use_tabbed_display;
 683     }
 684
 685     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 686         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 687     }
 688
 689     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 690         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 691         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 692             return true;
 693         }
 694         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 695             return false;
 696         }
 697         else {
 698             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 699             return false;
 700         }
 701     }
 702
 703     private double parseDouble( final String str ) {
 704         double d = 0.0;
 705         try {
 706             d = Double.parseDouble( str );
 707         }
 708         catch ( final Exception e ) {
 709             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 710             d = 0.0;
 711         }
 712         return d;
 713     }
 714
 715     private float parseFloat( final String str ) {
 716         float f = 0.0f;
 717         try {
 718             f = Float.parseFloat( str );
 719         }
 720         catch ( final Exception e ) {
 721             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 722             f = 0.0f;
 723         }
 724         return f;
 725     }
 726
 727     private int parseInt( final String str ) {
 728         int i = -1;
 729         try {
 730             i = Integer.parseInt( str );
 731         }
 732         catch ( final Exception e ) {
 733             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 734             i = -1;
 735         }
 736         return i;
 737     }
 738
 739     private short parseShort( final String str ) {
 740         short i = -1;
 741         try {
 742             i = Short.parseShort( str );
 743         }
 744         catch ( final Exception e ) {
 745             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 746             i = -1;
 747         }
 748         return i;
 749     }
 750
 751     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 752         setBaseFontFamilyName( "" );
 753         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 754         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 755         for( String font : fonts ) {
 756             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 757             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 758                 setBaseFontFamilyName( font );
 759                 break;
 760             }
 761         }
 762     }
 763
 764     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 765         getDisplayColors().put( key, color );
 766     }
 767
 768     /**
 769      * read each line of config file, process non-comment lines
 770      * @throws IOException
 771      */
 772     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 773         String line;
 774         do {
 775             line = conf_in.readLine();
 776             if ( line != null ) {
 777                 line = line.trim();
 778                 // skip comments and blank lines
 779                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 780                     // convert runs of spaces to tabs
 781                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 782                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 783                     setKeyValue( st );
 784                 }
 785             }
 786         } while ( line != null );
 787     }
 788
 789     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 790         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 791     }
 792
 793     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 794         _antialias_screen = antialias_screen;
 795     }
 796
 797     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 798         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 799     }
 800
 801     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 802         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 803     }
 804
 805     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 806         _base_font_size = base_font_size;
 807     }
 808
 809     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 810         _cladogram_type = cladogram_type;
 811     }
 812
 813     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 814         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 815     }
 816
 817     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 818         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 819     }
 820
 821     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 822         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 823     }
 824
 825     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
 826         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
 827     }
 828
 829     private void setPathToLocalKalign( final File path_to_local_kalign ) {
 830         _path_to_local_kalign = path_to_local_kalign;
 831     }
 832
 833     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
 834         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
 835     }
 836
 837     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
 838         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
 839     }
 840
 841     public File getPathToLocalClustalOmega() {
 842         return _path_to_local_clustalo;
 843     }
 844
 845     public void setPathToLocalClustalOmega( final File path_to_local_clustalo ) {
 846         _path_to_local_clustalo = path_to_local_clustalo;
 847     }
 848
 849     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 850         _default_node_fill = default_node_fill;
 851     }
 852
 853     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 854         _default_node_shape = default_node_shape;
 855     }
 856
 857     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 858         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 859     }
 860
 861     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 862         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 863     }
 864
 865     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 866         _display_colors = display_colors;
 867     }
 868
 869     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 870         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 871     }
 872
 873     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 874         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 875     }
 876
 877     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 878         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 879     }
 880
 881     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 882         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 883     }
 884
 885     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 886         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 887     }
 888
 889     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 890         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 891     }
 892
 893     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 894         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 895     }
 896
 897     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 898         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 899     }
 900
 901     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 902         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 903     }
 904
 905     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 906         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 907     }
 908
 909     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 910         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 911     }
 912
 913     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 914         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 915     }
 916
 917     private void setEditable( final boolean editable ) {
 918         _editable = editable;
 919     }
 920
 921     public void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 922         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 923     }
 924
 925     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 926         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 927     }
 928
 929     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 930         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 931     }
 932
 933     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 934         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 935     }
 936
 937     /**
 938      * Set a key-value(s) tuple
 939      */
 940     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 941         String key = ( String ) st.nextElement();
 942         key = key.replace( ':', ' ' );
 943         key = key.trim();
 944         key = key.toLowerCase();
 945         // Handle single value settings first:
 946         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 947             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 948             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 949             if ( default_clickto == -1 ) {
 950                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 951                         + "] for [default_click_to]" );
 952                 default_clickto = 0;
 953             }
 954             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 955                 // Deprecated.
 956             }
 957         }
 958         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 959             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 960             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 961                 _ui = UI.NATIVE;
 962             }
 963             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 964                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 965             }
 966             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 967                 _ui = UI.UNKNOWN;
 968             }
 969             else {
 970                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 971                         + "]" );
 972                 _ui = UI.UNKNOWN;
 973             }
 974         }
 975         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 976             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 977         }
 978         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 979             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 980         }
 981         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 982             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 983             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 984                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 985             }
 986             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 987                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 988             }
 989             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 990                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 991             }
 992             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 993                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 994             }
 995             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 996                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 997             }
 998             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 999                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1000             }
1001             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1002                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1003             }
1004             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1005                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1006             }
1007             else {
1008                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1009                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1010                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1011             }
1012         }
1013         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1014             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1015             final double d = parseDouble( mcv_str );
1016             setMinConfidenceValue( d );
1017         }
1018         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1019             processFontFamily( st );
1020         }
1021         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1022             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1023             final int i = parseInt( size_str );
1024             setBaseFontSize( i );
1025         }
1026         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1027             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1028             final int i = parseInt( str );
1029             setGraphicsExportX( i );
1030         }
1031         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1032             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1033             final int i = parseInt( str );
1034             setGraphicsExportY( i );
1035         }
1036         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1037             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1038             final float f = parseFloat( str );
1039             if ( f > 0 ) {
1040                 setPrintLineWidth( f );
1041             }
1042             else {
1043                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1044                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1045             }
1046         }
1047         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1048             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1049             final int i = parseInt( str );
1050             if ( i >= 0 ) {
1051                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1052             }
1053             else {
1054                 ForesterUtil
1055                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1056                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1057             }
1058         }
1059         else if ( key.equals( "clustalo_local" ) ) {
1060             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1061             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1062                 setPathToLocalClustalOmega( new File( str ) );
1063             }
1064         }
1065         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1066             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1067             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1068                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1069             }
1070         }
1071         else if ( key.equals( "kalign_local" ) ) {
1072             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1073             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1074                 setPathToLocalKalign( new File( str ) );
1075             }
1076         }
1077         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1078             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1079             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1080                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1081             }
1082         }
1083         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1084             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1085             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1086                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1087             }
1088         }
1089         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1090             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1091         }
1092         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1093             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1094         }
1095         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1096             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1097         }
1098         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1099             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1100         }
1101         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1102             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1103         }
1104         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1105             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1106         }
1107         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1108             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1109         }
1110         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1111             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1112             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1113                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1114             }
1115             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1116                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1117             }
1118             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1119                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1120             }
1121             else {
1122                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1123                         + "] for [cladogram_type]" );
1124             }
1125         }
1126         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1127             ForesterUtil
1128                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1129                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1130         }
1131         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1132             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1133         }
1134         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1135             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1136         }
1137         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1138             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1139             setOvMaxWidth( i );
1140         }
1141         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1142             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1143             setOvMaxHeight( i );
1144         }
1145         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1146             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1147             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1148                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1149             }
1150             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1151                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1152             }
1153             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1154                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1155             }
1156             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1157                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1158             }
1159             else {
1160                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1161                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1162                         + "] for [overview_placement_type]" );
1163             }
1164         }
1165         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1166             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1167             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1168                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1169             }
1170             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1171                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1172             }
1173             else {
1174                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1175                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1176                         + "] for [node_label_direction]" );
1177             }
1178         }
1179         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1180             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1181             if ( i >= 0 ) {
1182                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1183             }
1184             else {
1185                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1186                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1187             }
1188         }
1189         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1190             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1191             if ( i >= 0 ) {
1192                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1193             }
1194             else {
1195                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1196                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1197             }
1198         }
1199         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1200             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1201         }
1202         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1203             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1204         }
1205         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1206             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1207             if ( r && isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
1208                 ForesterUtil
1209                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1210                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1211             }
1212             else {
1213                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1214             }
1215         }
1216         else if ( key.equals( "extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing" ) ) {
1217             final boolean e = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1218             if ( e && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1219                 ForesterUtil
1220                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1221                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1222             }
1223             else {
1224                 setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( e );
1225             }
1226         }
1227         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1228             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1229         }
1230         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1231             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1232         }
1233         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1234             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1235         }
1236         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1237             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1238         }
1239         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1240             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1241         }
1242         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1243             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1244         }
1245         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1246             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1247         }
1248         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1249             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1250         }
1251         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1252             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1253         }
1254         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1255             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1256         }
1257         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1258             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1259         }
1260         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1261             setShowDefaultNodeShapes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1262         }
1263         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1264             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1265             setDefaultNodeShapeSize( i );
1266         }
1267         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1268             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1269             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1270                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1271             }
1272             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1273                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1274             }
1275             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1276                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1277             }
1278             else {
1279                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1280                         + "] for [default_node_fill]" );
1281             }
1282         }
1283         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1284             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1285             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1286                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1287             }
1288             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1289                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1290             }
1291             else {
1292                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1293                         + "] for [default_node_shape]" );
1294             }
1295         }
1296         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1297             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1298         }
1299         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1300             // yet retrieved!
1301             int key_index = -1;
1302             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1303                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1304                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1305                     ForesterUtil
1306                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1307                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1308                 }
1309             }
1310             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1311                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1312             }
1313             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1314                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1315             }
1316             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1317                 key_index = Configuration.show_node_names;
1318             }
1319             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1320                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1321                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1322                     ForesterUtil
1323                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1324                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1325                 }
1326             }
1327             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1328                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1329                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1330                 key_index = DEPRECATED;
1331             }
1332             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1333                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1334                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1335                     ForesterUtil
1336                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1337                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1338                 }
1339             }
1340             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1341                 key_index = Configuration.write_events;
1342                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1343                     ForesterUtil
1344                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1345                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1346                 }
1347             }
1348             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1349                 key_index = Configuration.color_branches;
1350             }
1351             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1352                 key_index = Configuration.width_branches;
1353             }
1354             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1355                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1356                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1357             }
1358             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1359                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1360                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1361             }
1362             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1363                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1364                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1365             }
1366             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1367                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1368                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1369                 key_index = DEPRECATED;
1370             }
1371             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1372                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1373             }
1374             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1375                 key_index = Configuration.show_annotation;
1376             }
1377             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1378                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1379             }
1380             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1381                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1382             }
1383             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1384                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1385             }
1386             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1387                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1388             }
1389             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1390                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1391             }
1392             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1393                 ForesterUtil
1394                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1395                 key_index = DEPRECATED;
1396             }
1397             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1398                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1399             }
1400             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1401                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1402             }
1403             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1404                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1405                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1406                 key_index = DEPRECATED;
1407             }
1408             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1409                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1410             }
1411             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1412                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1413             }
1414             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1415                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1416             }
1417             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1418                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1419             }
1420             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1421                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1422             }
1423             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1424                 key_index = Configuration.show_properties;
1425             }
1426             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1427                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1428             }
1429             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1430                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1431             }
1432             // If we've found the key, set the values
1433             if ( key_index >= 0 ) {
1434                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1435                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1436                 // otherwise, keep looking
1437             }
1438             else {
1439                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1440                     // Deprecated.
1441                 }
1442                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1443                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1444                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1445                     if ( key_index >= 0 ) {
1446                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1447                     }
1448                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1449                         // Deprecated.
1450                     }
1451                     else {
1452                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1453                                 + click_to_name );
1454                     }
1455                 }
1456                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1457                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1458                 }
1459                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1460                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1461                 }
1462                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1463                     getAnnotationColors()
1464                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1465                 }
1466                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1467                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1468                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1469                 }
1470                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1471                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1472                 }
1473                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1474                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1475                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1476                                        ( String ) st.nextElement(),
1477                                        ( String ) st.nextElement() );
1478                     }
1479                     else {
1480                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1481                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1482                     }
1483                 }
1484                 else {
1485                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1486                             + "] in: " + config_filename );
1487                 }
1488             }
1489         }
1490         else {
1491             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1492                     + config_filename );
1493         }
1494     }
1495
1496     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1497         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1498     }
1499
1500     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1501         _node_label_direction = node_label_direction;
1502     }
1503
1504     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1505         this._number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1506     }
1507
1508     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1509         this._number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1510     }
1511
1512     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1513         _ov_max_height = ov_max_height;
1514     }
1515
1516     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1517         _ov_max_width = ov_max_width;
1518     }
1519
1520     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1521         _ov_placement = ov_placement;
1522     }
1523
1524     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1525         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1526     }
1527
1528     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1529         _print_line_width = print_line_width;
1530     }
1531
1532     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1533         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1534     }
1535
1536     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1537         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1538     }
1539
1540     public void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
1541         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
1542     }
1543
1544     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
1545         _show_domain_labels = show_domain_labels;
1546     }
1547
1548     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1549         _show_overview = show_overview;
1550     }
1551
1552     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1553         _show_scale = show_scale;
1554     }
1555
1556     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
1557         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1558     }
1559
1560     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1561         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1562     }
1563
1564     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
1565         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
1566     }
1567
1568     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1569         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1570     }
1571
1572     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1573         _weblinks = weblinks;
1574     }
1575
1576     static String getDefaultFontFamilyName() {
1577         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1578     }
1579
1580     static enum TRIPLET {
1581         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1582     }
1583
1584     public enum UI {
1585         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1586     }
1587 }