forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  59             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  60             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree(s)", "display" },
  61             { "Colorize Node", "display" },  { "Change Node Font", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Go to PDB", "display" },
  62             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Blast", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  63             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  64             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  65             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  66     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  67     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  68     final static int                        reroot                                                 = 2;
  69     final static int                        subtree                                                = 3;
  70     final static int                        swap                                                   = 4;
  71     final static int                        color_subtree                                          = 5;
  72     final static int                        color_node_font                                        = 6;
  73     final static int                        change_node_font                                        = 7;
  74     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
  75     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
  76     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
  77     final static int                        blast                                                  = 11;
  78     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
  79     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
  80     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
  81     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
  82     final static int                        add_new_node                                           = 16;
  83     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
  84     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
  85     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
  86     final static int                        select_nodes                                           = 20;
  87     // ------------------
  88     // Click-to options
  89     // ------------------
  90     final static String                     display_options[][]                                    = {
  91             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
  92             { "Seq Annotations", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
  93             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
  94             { "Use Branch Colors", "display", "no" }, { "Use Branch Widths", "display", "no" },
  95             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Protein Domains", "nodisplay", "no" },
  96             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
  97             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
  98             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
  99             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 100             { "Colorize by Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 101             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 102             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 103             { "Properties", "nodisplay", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" }                };
 104     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 105     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 106     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 107     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 108     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 109     final static int                        write_events                                           = 5;
 110     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 111     final static int                        color_branches                                         = 7;
 112     final static int                        width_branches                                         = 8;
 113     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 114     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 115     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 116     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 117     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 118     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 119     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 120     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 121     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 122     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 123     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 124     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 125     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 126     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 127     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 128     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 129     final static int                        show_properties                                        = 25;
 130     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 131     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 132     // ----------------
 133     // Function colors
 134     // ----------------
 135     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 136     // ----------------
 137     // Domain colors
 138     // ----------------
 139     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 140     // ----------------
 141     // Species colors
 142     // ----------------
 143     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 144     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 145     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 146     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 147     // ---------------------------
 148     // Display options for trees
 149     // ---------------------------
 150     // ---------------------------------
 151     // Pertaining to the config itself
 152     // ---------------------------------
 153     // Full path to config (may be URL)
 154     String                                  config_filename;
 155     // This option is selected in the dropdown
 156     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 157     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 158     // --------------
 159     // Color set
 160     // --------------
 161     TreeColorSet                            tree_color_set;
 162     // -------
 163     // Fonts
 164     // -------
 165     TreeFontSet                             tree_font_set;
 166     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 167     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 168     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 169     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 170     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 171     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 172     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 173     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 174     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 175     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 176     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 177     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 178     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 179     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 180     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 181     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 182     private boolean                         _editable                                              = true;
 183     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 184     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 185     private int                             _frame_x_size;
 186     private int                             _frame_y_size;
 187     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 188     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 189     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 190     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 191     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 192     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 193     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 194     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 195     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 196     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 197     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 198     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 199     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 200     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 201     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 202     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 203     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 204     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 205     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 206     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 207     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 208     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 209     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 210     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 211     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 212     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 213     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 214     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 215     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 216     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 217     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
 218     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 219     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 220     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 221     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 222     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 223     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 224     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 225     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 226     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 227     static {
 228         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 229             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 230                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 231                 break;
 232             }
 233         }
 234         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 235             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 236         }
 237     }
 238
 239     public Configuration() {
 240         this( null, false, false, false );
 241     }
 242
 243     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 244         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 245             config_filename = default_config_filename;
 246         }
 247         else {
 248             config_filename = cf;
 249         }
 250         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 251         config_filename = config_filename.trim();
 252         URL u = null;
 253         if ( is_url ) {
 254             // If URL, open accordingly
 255             try {
 256                 u = new URL( config_filename );
 257                 try {
 258                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 259                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 260                     readConfig( bf );
 261                     bf.close();
 262                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 263                             + config_filename + "]" );
 264                 }
 265                 catch ( final Exception e ) {
 266                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 267                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 268                 }
 269             }
 270             catch ( final Exception e ) {
 271                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 272                         + config_filename + "]" );
 273             }
 274         }
 275         else {
 276             // Otherwise, open as a file
 277             File f = new File( config_filename );
 278             if ( !f.exists() ) {
 279                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 280             }
 281             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 282                 try {
 283                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 284                     readConfig( bf );
 285                     bf.close();
 286                 }
 287                 catch ( final Exception e ) {
 288                     if ( verbose ) {
 289                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 290                                 + config_filename + "]: " + e );
 291                     }
 292                 }
 293             }
 294             else {
 295                 if ( verbose ) {
 296                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 297                             + config_filename + "]" );
 298                 }
 299             }
 300         }
 301     }
 302
 303     public String getBaseFontFamilyName() {
 304         return _base_font_family_name;
 305     }
 306
 307     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 308         return _default_bootstrap_samples;
 309     }
 310
 311     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 312         return _default_node_fill;
 313     }
 314
 315     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 316         return _default_node_shape;
 317     }
 318
 319     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 320         return _default_node_shape_size;
 321     }
 322
 323     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 324         return _domain_structure_base_color;
 325     }
 326
 327     public Color getDomainStructureFontColor() {
 328         return _domain_structure_font_color;
 329     }
 330
 331     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 332         return _ext_desc_data_to_return;
 333     }
 334
 335     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 336         return _ext_node_data_return_on;
 337     }
 338
 339     public int getFrameXSize() {
 340         return _frame_x_size;
 341     }
 342
 343     public int getFrameYSize() {
 344         return _frame_y_size;
 345     }
 346
 347     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 348         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 349     }
 350
 351     public File getPathToLocalFastme() {
 352         return _path_to_local_fastme;
 353     }
 354
 355     public File getpathToLocalMafft() {
 356         return _path_to_local_mafft;
 357     }
 358
 359     public File getPathToLocalRaxml() {
 360         return _path_to_local_raxml;
 361     }
 362
 363     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 364         return _abbreviate_scientific_names;
 365     }
 366
 367     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 368         return _background_color_gradient;
 369     }
 370
 371     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 372         return false;
 373     }
 374
 375     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 376         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 377     }
 378
 379     public boolean isMidpointReroot() {
 380         return _midpoint_root;
 381     }
 382
 383     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 384         return _show_annotation_ref_source;
 385     }
 386
 387     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 388         return _show_default_node_shapes_external;
 389     }
 390
 391     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 392         return _show_default_node_shapes_internal;
 393     }
 394
 395     public boolean isShowDomainLabels() {
 396         return _show_domain_labels;
 397     }
 398
 399     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 400         getDisplayColors().put( key, color );
 401     }
 402
 403     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 404         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 405     }
 406
 407     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 408         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 409     }
 410
 411     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 412         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 413     }
 414
 415     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 416         _base_font_size = base_font_size;
 417     }
 418
 419     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 420         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 421     }
 422
 423     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 424         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 425     }
 426
 427     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 428         _default_node_fill = default_node_fill;
 429     }
 430
 431     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 432         _default_node_shape = default_node_shape;
 433     }
 434
 435     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 436         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 437     }
 438
 439     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 440         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 441     }
 442
 443     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 444         _display_colors = display_colors;
 445     }
 446
 447     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 448         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 449     }
 450
 451     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 452         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 453     }
 454
 455     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 456         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 457     }
 458
 459     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 460         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 461     }
 462
 463     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 464         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 465     }
 466
 467     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 468         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 469     }
 470
 471     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 472         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 473     }
 474
 475     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 476         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 477     }
 478
 479     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 480         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 481     }
 482
 483     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 484         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 485     }
 486
 487     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 488         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 489     }
 490
 491     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 492         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 493     }
 494
 495     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 496         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 497     }
 498
 499     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 500         _frame_x_size = frame_x_size;
 501     }
 502
 503     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 504         _frame_y_size = frame_y_size;
 505     }
 506
 507     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 508         _midpoint_root = midpoint_root;
 509     }
 510
 511     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 512         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 513     }
 514
 515     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 516         _node_label_direction = node_label_direction;
 517     }
 518
 519     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 520         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 521     }
 522
 523     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 524         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 525     }
 526
 527     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 528         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 529     }
 530
 531     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 532         _print_line_width = print_line_width;
 533     }
 534
 535     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 536         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 537     }
 538
 539     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 540         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 541     }
 542
 543     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 544         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 545     }
 546
 547     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 548         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 549     }
 550
 551     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 552         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 553     }
 554
 555     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 556         _show_scale = show_scale;
 557     }
 558
 559     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 560         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 561     }
 562
 563     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 564         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 565     }
 566
 567     boolean displaySequenceRelations() {
 568         return _display_sequence_relations;
 569     }
 570
 571     boolean doCheckOption( final int which ) {
 572         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 573                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 574     }
 575
 576     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 577         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 578     }
 579
 580     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 581         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 582     }
 583
 584     /**
 585      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 586      * this or not (e.g. phylogram)
 587      *
 588      */
 589     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 590         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 591     }
 592
 593     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 594         if ( _annotation_colors == null ) {
 595             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 596         }
 597         return _annotation_colors;
 598     }
 599
 600     int getBaseFontSize() {
 601         return _base_font_size;
 602     }
 603
 604     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 605         return _cladogram_type;
 606     }
 607
 608     int getClickToOptionsCount() {
 609         return clickto_options.length;
 610     }
 611
 612     String getClickToTitle( final int which ) {
 613         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 614     }
 615
 616     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 617         return default_clickto;
 618     }
 619
 620     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 621         return _display_colors;
 622     }
 623
 624     String getDisplayTitle( final int which ) {
 625         return display_options[ which ][ 0 ];
 626     }
 627
 628     Map<String, Color> getDomainColors() {
 629         if ( _domain_colors == null ) {
 630             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 631         }
 632         return _domain_colors;
 633     }
 634
 635     int getGraphicsExportX() {
 636         return _graphics_export_x;
 637     }
 638
 639     int getGraphicsExportY() {
 640         return _graphics_export_y;
 641     }
 642
 643     Color getGuiBackgroundColor() {
 644         return _gui_background_color;
 645     }
 646
 647     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 648         return _gui_button_background_color;
 649     }
 650
 651     Color getGuiButtonBorderColor() {
 652         return _gui_button_border_color;
 653     }
 654
 655     Color getGuiButtonTextColor() {
 656         return _gui_button_text_color;
 657     }
 658
 659     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 660         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 661     }
 662
 663     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 664         return _gui_checkbox_text_color;
 665     }
 666
 667     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 668         return _gui_menu_background_color;
 669     }
 670
 671     Color getGuiMenuTextColor() {
 672         return _gui_menu_text_color;
 673     }
 674
 675     int getMaxBaseFontSize() {
 676         return _max_base_font_size;
 677     }
 678
 679     int getMinBaseFontSize() {
 680         return _min_base_font_size;
 681     }
 682
 683     double getMinConfidenceValue() {
 684         return _min_confidence_value;
 685     }
 686
 687     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 688         return _node_label_direction;
 689     }
 690
 691     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 692         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 693     }
 694
 695     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 696         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 697     }
 698
 699     short getOvMaxHeight() {
 700         return _ov_max_height;
 701     }
 702
 703     short getOvMaxWidth() {
 704         return _ov_max_width;
 705     }
 706
 707     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 708         return _ov_placement;
 709     }
 710
 711     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 712         return _phylogeny_graphics_type;
 713     }
 714
 715     float getPrintLineWidth() {
 716         return _print_line_width;
 717     }
 718
 719     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 720         if ( _species_colors == null ) {
 721             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 722         }
 723         return _species_colors;
 724     }
 725
 726     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 727         return _taxonomy_extraction;
 728     }
 729
 730     boolean isAntialiasScreen() {
 731         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 732             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 733             return false;
 734         }
 735         return _antialias_screen;
 736     }
 737
 738     /**
 739      * Convenience method.
 740      *
 741      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 742      */
 743     boolean isDrawAsPhylogram() {
 744         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 745     }
 746
 747     boolean isEditable() {
 748         return _editable;
 749     }
 750
 751     /**
 752      * Only used by ArchaeoptryxE.
 753      *
 754      */
 755     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 756         return _hide_controls_and_menus;
 757     }
 758
 759     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 760         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 761     }
 762
 763     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 764         return _nh_parsing_replace_underscores;
 765     }
 766
 767     boolean isShowBranchLengthValues() {
 768         return _show_branch_length_values;
 769     }
 770
 771     boolean isShowOverview() {
 772         return _show_overview;
 773     }
 774
 775     boolean isShowScale() {
 776         return _show_scale;
 777     }
 778
 779     final boolean isUseNativeUI() {
 780         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 781             _ui = UI.NATIVE;
 782         }
 783         return _ui == UI.NATIVE;
 784     }
 785
 786     /**
 787      * Only used by ArchaeoptryxE.
 788      *
 789      */
 790     boolean isUseTabbedDisplay() {
 791         return _use_tabbed_display;
 792     }
 793
 794     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 795         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 796     }
 797
 798     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 799         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 800     }
 801
 802     private int getClickToIndex( final String name ) {
 803         int index = -1;
 804         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 805             index = Configuration.display_node_data;
 806             ForesterUtil
 807                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 808                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 809         }
 810         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 811             index = Configuration.display_node_data;
 812         }
 813         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 814             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 815         }
 816         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 817             index = Configuration.reroot;
 818         }
 819         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 820             index = Configuration.subtree;
 821         }
 822         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 823             index = Configuration.swap;
 824         }
 825         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 826             index = Configuration.sort_descendents;
 827         }
 828         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 829             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 830         }
 831         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 832             ForesterUtil
 833                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 834             return DEPRECATED;
 835         }
 836         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 837             index = Configuration.open_seq_web;
 838         }
 839         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 840             index = Configuration.open_pdb_web;
 841         }
 842         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 843             index = Configuration.open_tax_web;
 844         }
 845         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 846             index = Configuration.blast;
 847         }
 848         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 849             index = Configuration.cut_subtree;
 850         }
 851         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 852             index = Configuration.copy_subtree;
 853         }
 854         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 855             index = Configuration.paste_subtree;
 856         }
 857         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 858             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 859         }
 860         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 861             index = Configuration.add_new_node;
 862         }
 863         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 864             index = Configuration.edit_node_data;
 865         }
 866         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 867             index = Configuration.select_nodes;
 868         }
 869         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 870             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 871                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 872             return DEPRECATED;
 873         }
 874         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 875             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 876             return DEPRECATED;
 877         }
 878         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 879             index = Configuration.color_subtree;
 880         }
 881
 882         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 883             index = Configuration.change_node_font;
 884         }
 885
 886         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 887             index = Configuration.color_node_font;
 888         }
 889
 890         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 891             index = Configuration.color_subtree;
 892         }
 893
 894
 895         return index;
 896     }
 897
 898     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 899         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 900         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 901             return true;
 902         }
 903         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 904             return false;
 905         }
 906         else {
 907             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 908             return false;
 909         }
 910     }
 911
 912     private double parseDouble( final String str ) {
 913         double d = 0.0;
 914         try {
 915             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 916         }
 917         catch ( final Exception e ) {
 918             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 919             d = 0.0;
 920         }
 921         return d;
 922     }
 923
 924     private float parseFloat( final String str ) {
 925         float f = 0.0f;
 926         try {
 927             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 928         }
 929         catch ( final Exception e ) {
 930             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 931             f = 0.0f;
 932         }
 933         return f;
 934     }
 935
 936     private int parseInt( final String str ) {
 937         int i = -1;
 938         try {
 939             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 940         }
 941         catch ( final Exception e ) {
 942             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 943             i = -1;
 944         }
 945         return i;
 946     }
 947
 948     private short parseShort( final String str ) {
 949         short i = -1;
 950         try {
 951             i = Short.parseShort( str.trim() );
 952         }
 953         catch ( final Exception e ) {
 954             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 955             i = -1;
 956         }
 957         return i;
 958     }
 959
 960     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 961         setBaseFontFamilyName( "" );
 962         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 963         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 964         for( String font : fonts ) {
 965             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 966             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 967                 setBaseFontFamilyName( font );
 968                 break;
 969             }
 970         }
 971     }
 972
 973     /**
 974      * read each line of config file, process non-comment lines
 975      * @throws IOException
 976      */
 977     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 978         String line;
 979         do {
 980             line = conf_in.readLine();
 981             if ( line != null ) {
 982                 line = line.trim();
 983                 // skip comments and blank lines
 984                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 985                     // convert runs of spaces to tabs
 986                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 987                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 988                     setKeyValue( st );
 989                 }
 990             }
 991         } while ( line != null );
 992     }
 993
 994     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 995         _antialias_screen = antialias_screen;
 996     }
 997
 998     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 999         _cladogram_type = cladogram_type;
1000     }
1001
1002     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
1003         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
1004     }
1005
1006     private void setEditable( final boolean editable ) {
1007         _editable = editable;
1008     }
1009
1010     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1011         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1012     }
1013
1014     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1015         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1016     }
1017
1018     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1019         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1020     }
1021
1022     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1023         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1024     }
1025
1026     /**
1027      * Set a key-value(s) tuple
1028      */
1029     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1030         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1031         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1032             return;
1033         }
1034         // Handle single value settings first:
1035         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1036             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1037             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1038             if ( default_clickto == -1 ) {
1039                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1040                         + "] for [default_click_to]" );
1041                 default_clickto = 0;
1042             }
1043             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1044                 // Deprecated.
1045             }
1046         }
1047         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1048             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1049             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1050                 _ui = UI.NATIVE;
1051             }
1052             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1053                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1054             }
1055             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1056                 _ui = UI.UNKNOWN;
1057             }
1058             else {
1059                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1060                         + "]" );
1061                 _ui = UI.UNKNOWN;
1062             }
1063         }
1064         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1065             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1066         }
1067         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1068             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1069         }
1070         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1071             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1072             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1073                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1074             }
1075             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1076                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1077             }
1078             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1079                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1080             }
1081             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1082                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1083             }
1084             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1085                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1086             }
1087             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1088                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1089             }
1090             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1091                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1092             }
1093             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1094                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1095             }
1096             else {
1097                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1098                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1099                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1100             }
1101         }
1102         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1103             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1104             final double d = parseDouble( mcv_str );
1105             setMinConfidenceValue( d );
1106         }
1107         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1108             processFontFamily( st );
1109         }
1110         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1111             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1112             final int i = parseInt( size_str );
1113             if ( i > 0 ) {
1114                 setBaseFontSize( i );
1115             }
1116         }
1117         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1118             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1119             final int i = parseInt( size_str );
1120             if ( i > 0 ) {
1121                 setMinBaseFontSize( i );
1122             }
1123         }
1124         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1125             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1126             final int i = parseInt( size_str );
1127             if ( i > 1 ) {
1128                 setMaxBaseFontSize( i );
1129             }
1130         }
1131         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1132             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1133             final int i = parseInt( str );
1134             if ( i > 0 ) {
1135                 setGraphicsExportX( i );
1136             }
1137         }
1138         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1139             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1140             final int i = parseInt( str );
1141             if ( i > 0 ) {
1142                 setGraphicsExportY( i );
1143             }
1144         }
1145         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1146             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1147             final float f = parseFloat( str );
1148             if ( f > 0 ) {
1149                 setPrintLineWidth( f );
1150             }
1151             else {
1152                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1153                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1154             }
1155         }
1156         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1157             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1158             final int i = parseInt( str );
1159             if ( i > 0 ) {
1160                 setFrameXSize( i );
1161             }
1162         }
1163         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1164             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1165             final int i = parseInt( str );
1166             if ( i > 0 ) {
1167                 setFrameYSize( i );
1168             }
1169         }
1170         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1171             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1172             final int i = parseInt( str );
1173             if ( i >= 0 ) {
1174                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1175             }
1176             else {
1177                 ForesterUtil
1178                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1179                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1180             }
1181         }
1182         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1183             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1184             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1185                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1186             }
1187         }
1188         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1189             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1190             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1191                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1192             }
1193         }
1194         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1195             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1196             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1197                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1198             }
1199         }
1200         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1201             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1202         }
1203         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1204             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1205         }
1206         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1207             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1208         }
1209         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1210             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1211         }
1212         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1213             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1214         }
1215         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1216             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1217         }
1218         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1219             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1220         }
1221         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1222             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1223         }
1224         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1225             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1226             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1227                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1228             }
1229             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1230                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1231             }
1232             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1233                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1234             }
1235             else {
1236                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1237                         + "] for [cladogram_type]" );
1238             }
1239         }
1240         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1241             ForesterUtil
1242                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1243                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1244         }
1245         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1246             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1247         }
1248         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1249             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1250         }
1251         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1252             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1253             setOvMaxWidth( i );
1254         }
1255         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1256             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1257             setOvMaxHeight( i );
1258         }
1259         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1260             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1261             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1262                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1263             }
1264             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1265                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1266             }
1267             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1268                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1269             }
1270             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1271                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1272             }
1273             else {
1274                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1275                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1276                         + "] for [overview_placement_type]" );
1277             }
1278         }
1279         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1280             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1281             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1282                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1283             }
1284             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1285                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1286             }
1287             else {
1288                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1289                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1290                         + "] for [node_label_direction]" );
1291             }
1292         }
1293         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1294             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1295             if ( i >= 0 ) {
1296                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1297             }
1298             else {
1299                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1300                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1301             }
1302         }
1303         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1304             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1305             if ( i >= 0 ) {
1306                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1307             }
1308             else {
1309                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1310                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1311             }
1312         }
1313         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1314             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1315         }
1316         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1317             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1318         }
1319         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1320             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1321             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1322                 ForesterUtil
1323                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1324                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1325             }
1326             else {
1327                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1328             }
1329         }
1330         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1331             final String s = ( String ) st.nextElement();
1332             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1333                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1334             }
1335             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1336                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1337             }
1338             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1339                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1340             }
1341             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1342                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1343             }
1344             else {
1345                 ForesterUtil
1346                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1347                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1348                                                       + s
1349                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1350             }
1351             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1352                 ForesterUtil
1353                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1354                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1355             }
1356         }
1357         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1358             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1359         }
1360         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1361             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1362         }
1363         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1364             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1365         }
1366         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1367             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1368         }
1369         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1370             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1371         }
1372         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1373             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1374         }
1375         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1376             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1377         }
1378         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1379             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1380         }
1381         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1382             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1383         }
1384         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1385             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1386         }
1387         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1388             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1389         }
1390         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1391             ForesterUtil
1392                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1393                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1394             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1395             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1396             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1397         }
1398         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1399             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1400         }
1401         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1402             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1403         }
1404         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1405             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1406             setDefaultNodeShapeSize( i );
1407         }
1408         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1409             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1410             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1411                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1412             }
1413             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1414                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1415             }
1416             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1417                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1418             }
1419             else {
1420                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1421                         + "] for [default_node_fill]" );
1422             }
1423         }
1424         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1425             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1426             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1427                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1428             }
1429             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1430                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1431             }
1432             else {
1433                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1434                         + "] for [default_node_shape]" );
1435             }
1436         }
1437         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1438             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1439         }
1440         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1441             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1442             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1443                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1444             }
1445             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1446                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1447             }
1448             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1449                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1450             }
1451             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1452                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1453             }
1454             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1455                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1456             }
1457             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1458                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1459             }
1460             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1461                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1462             }
1463             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1464                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1465             }
1466             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1467                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1468             }
1469             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1470                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1471             }
1472             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1473                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1474             }
1475             else {
1476                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1477                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1478             }
1479         }
1480         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1481             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1482             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1483                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1484                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1485             }
1486             else {
1487                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1488             }
1489         }
1490         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1491             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1492             if ( s.equals( "console" ) ) {
1493                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1494             }
1495             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1496                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1497             }
1498             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1499                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1500             }
1501             else {
1502                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1503                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1504             }
1505         }
1506         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1507             // yet retrieved!
1508             int key_index = -1;
1509             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1510                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1511             }
1512             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1513                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1514             }
1515             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1516                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1517             }
1518             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1519                 key_index = Configuration.show_node_names;
1520             }
1521             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1522                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1523             }
1524             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1525                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1526             }
1527             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1528                 key_index = Configuration.write_events;
1529             }
1530             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1531                 key_index = Configuration.color_branches;
1532             }
1533             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1534                 key_index = Configuration.width_branches;
1535             }
1536             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1537                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1538             }
1539             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1540                 key_index = Configuration.show_annotation;
1541             }
1542             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1543                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1544             }
1545             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1546                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1547             }
1548             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1549                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1550             }
1551             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1552                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1553             }
1554             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1555                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1556             }
1557             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1558                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1559             }
1560             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1561                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1562             }
1563             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1564                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1565             }
1566             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1567                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1568             }
1569             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1570                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1571             }
1572             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1573                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1574             }
1575             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1576                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1577             }
1578             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1579                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1580             }
1581             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1582                 key_index = Configuration.show_properties;
1583             }
1584             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1585                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1586             }
1587             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1588                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1589             }
1590             // If we've found the key, set the values
1591             if ( key_index >= 0 ) {
1592                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1593                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1594                 // otherwise, keep looking
1595             }
1596             else {
1597                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1598                     // Deprecated.
1599                 }
1600                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1601                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1602                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1603                     if ( key_index >= 0 ) {
1604                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1605                     }
1606                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1607                         // Deprecated.
1608                     }
1609                     else {
1610                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1611                                 + click_to_name );
1612                     }
1613                 }
1614                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1615                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1616                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1617                 }
1618                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1619                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1620                 }
1621                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1622                     getAnnotationColors()
1623                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1624                 }
1625                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1626                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1627                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1628                 }
1629                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1630                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1631                 }
1632                 else {
1633                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1634                             + "] in: " + config_filename );
1635                 }
1636             }
1637         }
1638         else {
1639             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1640                     + config_filename );
1641         }
1642     }
1643
1644     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1645         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1646     }
1647
1648     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1649         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1650     }
1651
1652     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1653         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1654     }
1655
1656     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1657         _ov_max_height = ov_max_height;
1658     }
1659
1660     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1661         _ov_max_width = ov_max_width;
1662     }
1663
1664     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1665         _ov_placement = ov_placement;
1666     }
1667
1668     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1669         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1670     }
1671
1672     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1673         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1674     }
1675
1676     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1677         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1678     }
1679
1680     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1681         _show_annotation_ref_source = b;
1682     }
1683
1684     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1685         _show_overview = show_overview;
1686     }
1687
1688     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1689         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1690     }
1691
1692     static String getDefaultFontFamilyName() {
1693         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1694     }
1695
1696     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1697         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
1698     }
1699
1700     public enum UI {
1701         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
1702     }
1703
1704     static enum TRIPLET {
1705         FALSE, TRUE, UNKNOWN
1706     }
1707 }