forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.MalformedURLException;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.SortedMap;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.NodeFill;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.NodeShape;
  50 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  51 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  52 import org.forester.util.ForesterUtil;
  53
  54 public final class Configuration {
  55
  56     public enum UI {
  57         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
  58     }
  59     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  60     private static final String             WEB_LINK_KEY                                           = "web_link";
  61     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  62     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  63     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  64     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  65     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  66     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  67     private SortedMap<String, WebLink>      _weblinks                                              = null;
  68     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  69     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  70     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  71     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  72     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  73     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  74     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  75     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  76     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  77     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  78     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  79     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  80     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  81     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  82     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  83     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  84     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  85     private boolean                         _editable                                              = true;
  86     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  87     private boolean                         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes                = false;
  88     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  89     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  90     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  91     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  92     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  93     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  94     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  95     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
  96     private boolean                         _show_default_node_shapes                              = false;
  97     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.CIRCLE;
  98     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.GRADIENT;
  99     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 100     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 101     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 102     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 103     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 104     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 105     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 106     final static int                        write_events                                           = 5;
 107     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 108     final static int                        color_branches                                         = 7;
 109     final static int                        width_branches                                         = 8;
 110     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 111     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 112     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 113     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 114     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 115     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 116     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 117     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 118     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 119     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 120     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 121     final static int                        show_property                                          = 20;
 122     final static int                        show_gene_symbols                                      = 21;
 123     final static int                        node_data_popup                                        = 22;
 124     final static int                        show_relation_confidence                               = 23;
 125     final static int                        show_vector_data                                       = 24;
 126     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 25;
 127     // ------------------
 128     // Click-to options
 129     // ------------------
 130     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 131     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 132     final static int                        reroot                                                 = 2;
 133     final static int                        subtree                                                = 3;
 134     final static int                        swap                                                   = 4;
 135     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 136     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 137     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 138     final static int                        cut_subtree                                            = 8;
 139     final static int                        copy_subtree                                           = 9;
 140     final static int                        paste_subtree                                          = 10;
 141     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 11;
 142     final static int                        add_new_node                                           = 12;
 143     final static int                        edit_node_data                                         = 13;
 144     final static int                        blast                                                  = 14;
 145     // ---------------------------
 146     // Display options for trees
 147     // ---------------------------
 148     // ---------------------------------
 149     // Pertaining to the config itself
 150     // ---------------------------------
 151     // Full path to config (may be URL)
 152     String                                  config_filename;
 153     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 154     final static String                     display_options[][]                                    = {
 155             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 156             { "Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Value", "display", "?" }, { "Event", "display", "?" },
 157             { "Taxonomy Colorize", "display", "yes" }, { "Colorize Branches", "display", "no" },
 158             { "Use Branch-Width", "nodisplay", "no" }, { "Show Custom Nodes", "display", "yes" },
 159             { "Domains", "nodisplay", "no" }, { "Binary Characters", "nodisplay", "no" },
 160             { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Name", "display", "no" },
 161             { "Prot/Gene Acc", "display", "no" }, { "Show Internal Data", "display", "yes" },
 162             { "Dyna Hide", "display", "yes" }, { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" },
 163             { "Taxonomy Common", "display", "no" }, { "Annotation Colorize", "nodisplay", "no" },
 164             { "Property", "nodisplay", "no" }, { "Prot/Gene Symbol", "display", "no" },
 165             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "display", "no" },
 166             { "Vector Data", "display", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" }            };
 167     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 168             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 169             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" }, { "Colorize Subtree", "display" },
 170             { "Open Sequence Web", "nodisplay" }, { "Open Taxonomy Web", "nodisplay" }, { "Cut Subtree", "display" },
 171             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
 172             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Blast", "display" } };
 173     // This option is selected in the dropdown
 174     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 175     // --------------
 176     // Color set
 177     // --------------
 178     TreeColorSet                            tree_color_set;
 179     // -------
 180     // Fonts
 181     // -------
 182     TreeFontSet                             tree_font_set;
 183     // ----------------
 184     // Species colors
 185     // ----------------
 186     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 187     // ----------------
 188     // Domain colors
 189     // ----------------
 190     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 191     // ----------------
 192     // Function colors
 193     // ----------------
 194     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 195     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 196     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 197     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 198     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 199     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 200     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 201     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 202     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 203     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 204     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 205     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 206     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 207     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 208     static {
 209         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 210             if ( Arrays.binarySearch( Util.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 211                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 212                 break;
 213             }
 214         }
 215         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 216             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 217         }
 218     }
 219
 220     Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet ) {
 221         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 222             config_filename = default_config_filename;
 223         }
 224         else {
 225             config_filename = cf;
 226         }
 227         setWebLinks( new TreeMap<String, WebLink>() );
 228         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 229         config_filename = config_filename.trim();
 230         URL u = null;
 231         if ( is_url ) {
 232             // If URL, open accordingly
 233             try {
 234                 u = new URL( config_filename );
 235                 try {
 236                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 237                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 238                     readConfig( bf );
 239                     bf.close();
 240                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 241                             + config_filename + "]" );
 242                 }
 243                 catch ( final Exception e ) {
 244                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 245                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 246                 }
 247             }
 248             catch ( final Exception e ) {
 249                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 250                         + config_filename + "]" );
 251             }
 252         }
 253         else {
 254             // Otherwise, open as a file
 255             File f = new File( config_filename );
 256             if ( !f.exists() ) {
 257                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 258             }
 259             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 260                 try {
 261                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 262                     readConfig( bf );
 263                     bf.close();
 264                 }
 265                 catch ( final Exception e ) {
 266                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 267                             + config_filename + "]: " + e );
 268                 }
 269             }
 270             else {
 271                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 272                         + config_filename + "]" );
 273             }
 274         }
 275     }
 276
 277     private void createWebLink( final String url_str, final String desc, final String source_identifier ) {
 278         WebLink weblink = null;
 279         boolean ex = false;
 280         try {
 281             weblink = new WebLink( new URL( url_str.trim() ), desc.trim(), source_identifier.trim() );
 282         }
 283         catch ( final MalformedURLException e ) {
 284             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not create URL from [" + url_str + "]" );
 285             ex = true;
 286         }
 287         if ( !ex && ( weblink != null ) ) {
 288             getWebLinks().put( weblink.getSourceIdentifier().toLowerCase(), weblink );
 289         }
 290     }
 291
 292     Color getGuiBackgroundColor() {
 293         return _gui_background_color;
 294     }
 295
 296     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 297         return _gui_checkbox_text_color;
 298     }
 299
 300     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 301         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 302     }
 303
 304     Color getGuiButtonTextColor() {
 305         return _gui_button_text_color;
 306     }
 307
 308     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 309         return _gui_button_background_color;
 310     }
 311
 312     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 313         return _gui_menu_background_color;
 314     }
 315
 316     Color getGuiMenuTextColor() {
 317         return _gui_menu_text_color;
 318     }
 319
 320     Color getGuiButtonBorderColor() {
 321         return _gui_button_border_color;
 322     }
 323
 324     boolean displaySequenceRelations() {
 325         return _display_sequence_relations;
 326     }
 327
 328     boolean doCheckOption( final int which ) {
 329         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 330                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 331     }
 332
 333     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 334         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 335     }
 336
 337     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 338         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 339     }
 340
 341     /**
 342      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 343      * this or not (e.g. phylogram)
 344      *
 345      */
 346     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 347         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 348     }
 349
 350     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 351         if ( _annotation_colors == null ) {
 352             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 353         }
 354         return _annotation_colors;
 355     }
 356
 357     public String getBaseFontFamilyName() {
 358         return _base_font_family_name;
 359     }
 360
 361     int getBaseFontSize() {
 362         return _base_font_size;
 363     }
 364
 365     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 366         return _cladogram_type;
 367     }
 368
 369     private int getClickToIndex( final String name ) {
 370         int index = -1;
 371         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 372             index = Configuration.display_node_data;
 373             ForesterUtil
 374                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 375                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 376         }
 377         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 378             index = Configuration.display_node_data;
 379         }
 380         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 381             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 382         }
 383         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 384             index = Configuration.reroot;
 385         }
 386         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 387             index = Configuration.subtree;
 388         }
 389         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 390             index = Configuration.swap;
 391         }
 392         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 393             ForesterUtil
 394                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 395             return DEPRECATED;
 396         }
 397         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 398             index = Configuration.open_seq_web;
 399         }
 400         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 401             index = Configuration.open_tax_web;
 402         }
 403         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 404             index = Configuration.cut_subtree;
 405         }
 406         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 407             index = Configuration.copy_subtree;
 408         }
 409         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 410             index = Configuration.paste_subtree;
 411         }
 412         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 413             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 414         }
 415         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 416             index = Configuration.add_new_node;
 417         }
 418         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 419             index = Configuration.edit_node_data;
 420         }
 421         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 422             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 423                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 424             return DEPRECATED;
 425         }
 426         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 427             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 428             return DEPRECATED;
 429         }
 430         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 431             index = Configuration.color_subtree;
 432         }
 433         else if ( name.equals( "go_to_swiss_prot" ) ) {
 434             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [go_to_swiss_prot] is deprecated" );
 435             return DEPRECATED;
 436         }
 437         return index;
 438     }
 439
 440     int getClickToOptionsCount() {
 441         return clickto_options.length;
 442     }
 443
 444     String getClickToTitle( final int which ) {
 445         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 446     }
 447
 448     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 449         return default_clickto;
 450     }
 451
 452     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 453         return _display_colors;
 454     }
 455
 456     String getDisplayTitle( final int which ) {
 457         return display_options[ which ][ 0 ];
 458     }
 459
 460     Map<String, Color> getDomainColors() {
 461         if ( _domain_colors == null ) {
 462             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 463         }
 464         return _domain_colors;
 465     }
 466
 467     int getGraphicsExportX() {
 468         return _graphics_export_x;
 469     }
 470
 471     int getGraphicsExportY() {
 472         return _graphics_export_y;
 473     }
 474
 475     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 476         return _default_bootstrap_samples;
 477     }
 478
 479     double getMinConfidenceValue() {
 480         return _min_confidence_value;
 481     }
 482
 483     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 484         return _node_label_direction;
 485     }
 486
 487     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 488         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 489     }
 490
 491     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 492         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 493     }
 494
 495     short getOvMaxHeight() {
 496         return _ov_max_height;
 497     }
 498
 499     short getOvMaxWidth() {
 500         return _ov_max_width;
 501     }
 502
 503     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 504         return _ov_placement;
 505     }
 506
 507     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 508         return _phylogeny_graphics_type;
 509     }
 510
 511     float getPrintLineWidth() {
 512         return _print_line_width;
 513     }
 514
 515     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 516         if ( _species_colors == null ) {
 517             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 518         }
 519         return _species_colors;
 520     }
 521
 522     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 523         return null;
 524     }
 525
 526     TreeFontSet getTreeFontSet() {
 527         return null;
 528     }
 529
 530     WebLink getWebLink( final String source ) {
 531         return getWebLinks().get( source );
 532     }
 533
 534     Map<String, WebLink> getWebLinks() {
 535         return _weblinks;
 536     }
 537
 538     boolean isAntialiasScreen() {
 539         return _antialias_screen;
 540     }
 541
 542     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 543         return _background_color_gradient;
 544     }
 545
 546     /**
 547      * Convenience method.
 548      *
 549      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 550      */
 551     boolean isDrawAsPhylogram() {
 552         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 553     }
 554
 555     boolean isEditable() {
 556         return _editable;
 557     }
 558
 559     boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 560         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 561     }
 562
 563     boolean isHasWebLink( final String source ) {
 564         return getWebLinks().containsKey( source );
 565     }
 566
 567     /**
 568      * Only used by ArchaeoptryxE.
 569      *
 570      */
 571     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 572         return _hide_controls_and_menus;
 573     }
 574
 575     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 576         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 577     }
 578
 579     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 580         return _nh_parsing_replace_underscores;
 581     }
 582
 583     boolean isShowBranchLengthValues() {
 584         return _show_branch_length_values;
 585     }
 586
 587     boolean isShowOverview() {
 588         return _show_overview;
 589     }
 590
 591     boolean isShowScale() {
 592         return _show_scale;
 593     }
 594
 595     final boolean isUseNativeUI() {
 596         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && Util.isMac() && Util.isJava15() ) {
 597             _ui = UI.NATIVE;
 598         }
 599         return _ui == UI.NATIVE;
 600     }
 601
 602     /**
 603      * Only used by ArchaeoptryxE.
 604      *
 605      */
 606     boolean isUseTabbedDisplay() {
 607         return _use_tabbed_display;
 608     }
 609
 610     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 611         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 612     }
 613
 614     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 615         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 616         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 617             return true;
 618         }
 619         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 620             return false;
 621         }
 622         else {
 623             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 624             return false;
 625         }
 626     }
 627
 628     private double parseDouble( final String str ) {
 629         double d = 0.0;
 630         try {
 631             d = Double.parseDouble( str );
 632         }
 633         catch ( final Exception e ) {
 634             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 635             d = 0.0;
 636         }
 637         return d;
 638     }
 639
 640     private float parseFloat( final String str ) {
 641         float f = 0.0f;
 642         try {
 643             f = Float.parseFloat( str );
 644         }
 645         catch ( final Exception e ) {
 646             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 647             f = 0.0f;
 648         }
 649         return f;
 650     }
 651
 652     private int parseInt( final String str ) {
 653         int i = -1;
 654         try {
 655             i = Integer.parseInt( str );
 656         }
 657         catch ( final Exception e ) {
 658             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 659             i = -1;
 660         }
 661         return i;
 662     }
 663
 664     private short parseShort( final String str ) {
 665         short i = -1;
 666         try {
 667             i = Short.parseShort( str );
 668         }
 669         catch ( final Exception e ) {
 670             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 671             i = -1;
 672         }
 673         return i;
 674     }
 675
 676     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 677         setBaseFontFamilyName( "" );
 678         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 679         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 680         for( String font : fonts ) {
 681             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 682             if ( Arrays.binarySearch( Util.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 683                 setBaseFontFamilyName( font );
 684                 break;
 685             }
 686         }
 687     }
 688
 689     /**
 690      * read each line of config file, process non-comment lines
 691      * @throws IOException
 692      */
 693     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 694         String line;
 695         do {
 696             line = conf_in.readLine();
 697             if ( line != null ) {
 698                 line = line.trim();
 699                 // skip comments and blank lines
 700                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 701                     // convert runs of spaces to tabs
 702                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 703                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 704                     setKeyValue( st );
 705                 }
 706             }
 707         } while ( line != null );
 708     }
 709
 710     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 711         _antialias_screen = antialias_screen;
 712     }
 713
 714     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 715         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 716     }
 717
 718     private void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 719         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 720     }
 721
 722     private void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 723         _base_font_size = base_font_size;
 724     }
 725
 726     private void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 727         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 728     }
 729
 730     private void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 731         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 732     }
 733
 734     private void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 735         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 736     }
 737
 738     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 739         _cladogram_type = cladogram_type;
 740     }
 741
 742     void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 743         _display_colors = display_colors;
 744     }
 745
 746     private void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 747         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 748     }
 749
 750     private void setEditable( final boolean editable ) {
 751         _editable = editable;
 752     }
 753
 754     private void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 755         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 756     }
 757
 758     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 759         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 760     }
 761
 762     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 763         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 764     }
 765
 766     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 767         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 768     }
 769
 770     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 771         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 772     }
 773
 774     /**
 775      * Set a key-value(s) tuple
 776      */
 777     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 778         String key = ( String ) st.nextElement();
 779         key = key.replace( ':', ' ' );
 780         key = key.trim();
 781         key = key.toLowerCase();
 782         // Handle single value settings first:
 783         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 784             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 785             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 786             if ( default_clickto == -1 ) {
 787                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 788                         + "] for [default_click_to]" );
 789                 default_clickto = 0;
 790             }
 791             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 792                 // Deprecated.
 793             }
 794         }
 795         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 796             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 797             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 798                 _ui = UI.NATIVE;
 799             }
 800             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 801                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 802             }
 803             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 804                 _ui = UI.UNKNOWN;
 805             }
 806             else {
 807                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 808                         + "]" );
 809                 _ui = UI.UNKNOWN;
 810             }
 811         }
 812         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 813             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 814         }
 815         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 816             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 817         }
 818         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 819             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 820             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 821                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 822             }
 823             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 824                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 825             }
 826             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 827                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 828             }
 829             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 830                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 831             }
 832             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 833                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 834             }
 835             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 836                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 837             }
 838             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 839                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 840             }
 841             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 842                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 843             }
 844             else {
 845                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 846                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 847                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 848             }
 849         }
 850         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 851             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 852             final double d = parseDouble( mcv_str );
 853             setMinConfidenceValue( d );
 854         }
 855         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 856             processFontFamily( st );
 857         }
 858         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 859             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 860             final int i = parseInt( size_str );
 861             setBaseFontSize( i );
 862         }
 863         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
 864             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 865             final int i = parseInt( str );
 866             setGraphicsExportX( i );
 867         }
 868         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
 869             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 870             final int i = parseInt( str );
 871             setGraphicsExportY( i );
 872         }
 873         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
 874             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 875             final float f = parseFloat( str );
 876             if ( f > 0 ) {
 877                 setPrintLineWidth( f );
 878             }
 879             else {
 880                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 881                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
 882             }
 883         }
 884         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
 885             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 886             final int i = parseInt( str );
 887             if ( i >= 0 ) {
 888                 setDefaultBootstrapSamples( i );
 889             }
 890             else {
 891                 ForesterUtil
 892                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 893                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
 894             }
 895         }
 896         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
 897             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 898         }
 899         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
 900             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 901         }
 902         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
 903             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 904         }
 905         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
 906             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 907         }
 908         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
 909             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 910         }
 911         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
 912             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 913         }
 914         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
 915             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 916         }
 917         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
 918             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 919             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
 920                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 921             }
 922             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 923                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 924             }
 925             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
 926                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 927             }
 928             else {
 929                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 930                         + "] for [cladogram_type]" );
 931             }
 932         }
 933         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
 934             ForesterUtil
 935                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 936                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
 937         }
 938         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
 939             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 940         }
 941         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
 942             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
 943         }
 944         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
 945             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 946             setOvMaxWidth( i );
 947         }
 948         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
 949             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 950             setOvMaxHeight( i );
 951         }
 952         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
 953             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 954             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
 955                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
 956             }
 957             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
 958                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
 959             }
 960             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
 961                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
 962             }
 963             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
 964                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
 965             }
 966             else {
 967                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
 968                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 969                         + "] for [overview_placement_type]" );
 970             }
 971         }
 972         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
 973             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 974             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
 975                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 976             }
 977             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
 978                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 979             }
 980             else {
 981                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 982                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 983                         + "] for [node_label_direction]" );
 984             }
 985         }
 986         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
 987             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 988             if ( i >= 0 ) {
 989                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
 990             }
 991             else {
 992                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
 993                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
 994             }
 995         }
 996         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
 997             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
 998             if ( i >= 0 ) {
 999                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1000             }
1001             else {
1002                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1003                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1004             }
1005         }
1006         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1007             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1008         }
1009         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1010             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1011         }
1012         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1013             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1014             if ( r && isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() ) {
1015                 ForesterUtil
1016                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1017                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1018             }
1019             else {
1020                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1021             }
1022         }
1023         else if ( key.equals( "extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing" ) ) {
1024             final boolean e = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1025             if ( e && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1026                 ForesterUtil
1027                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1028                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1029             }
1030             else {
1031                 setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( e );
1032             }
1033         }
1034         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1035             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1036         }
1037         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1038             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1039         }
1040         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1041             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1042         }
1043         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1044             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1045         }
1046         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1047             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1048         }
1049         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1050             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1051         }
1052         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1053             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1054         }
1055         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1056             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1057         }
1058         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1059             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1060         }
1061         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1062             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1063         }
1064         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1065             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1066         }
1067         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1068             setShowDefaultNodeShapes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1069         }
1070         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1071             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1072             setDefaultNodeShapeSize( i );
1073         }
1074         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1075             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1076             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1077                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1078             }
1079             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1080                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1081             }
1082             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1083                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1084             }
1085             else {
1086                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1087                         + "] for [default_node_fill]" );
1088             }
1089         }
1090         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1091             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1092             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1093                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1094             }
1095             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( Options.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1096                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1097             }
1098             else {
1099                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1100                         + "] for [default_node_shape]" );
1101             }
1102         }
1103         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1104             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1105         }
1106         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1107             // yet retrieved!
1108             int key_index = -1;
1109             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1110                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1111                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1112                     ForesterUtil
1113                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1114                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1115                 }
1116             }
1117             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1118                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1119             }
1120             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1121                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1122             }
1123             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1124                 key_index = Configuration.show_node_names;
1125             }
1126             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1127                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1128                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1129                     ForesterUtil
1130                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1131                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1132                 }
1133             }
1134             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1135                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1136                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1137                 key_index = DEPRECATED;
1138             }
1139             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1140                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1141                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1142                     ForesterUtil
1143                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1144                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1145                 }
1146             }
1147             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1148                 key_index = Configuration.write_events;
1149                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1150                     ForesterUtil
1151                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1152                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1153                 }
1154             }
1155             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1156                 key_index = Configuration.color_branches;
1157             }
1158             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1159                 key_index = Configuration.width_branches;
1160             }
1161             else if ( key.equals( "color_orthologous" ) ) {
1162                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1163                                                   "configuration key [color_orthologous] is deprecated" );
1164             }
1165             else if ( key.equals( "color_subtree_neighbors" ) ) {
1166                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1167                                                   "configuration key [color_subtree_neighbors] is deprecated" );
1168             }
1169             else if ( key.equals( "color_super_orthologous" ) ) {
1170                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1171                                                   "configuration key [color_super_orthologous] is deprecated" );
1172             }
1173             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1174                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1175                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1176                 key_index = DEPRECATED;
1177             }
1178             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1179                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1180             }
1181             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1182                 key_index = Configuration.show_annotation;
1183             }
1184             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1185                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1186             }
1187             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1188                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1189             }
1190             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1191                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1192             }
1193             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1194                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1195             }
1196             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1197                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1198             }
1199             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1200                 ForesterUtil
1201                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1202                 key_index = DEPRECATED;
1203             }
1204             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1205                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1206             }
1207             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1208                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1209             }
1210             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1211                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1212                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1213                 key_index = DEPRECATED;
1214             }
1215             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1216                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1217             }
1218             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1219                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1220             }
1221             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1222                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1223             }
1224             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1225                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1226             }
1227             else if ( key.equals( "show_property" ) ) {
1228                 key_index = Configuration.show_property;
1229             }
1230             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1231                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1232             }
1233             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1234                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1235             }
1236             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1237                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1238             }
1239             // If we've found the key, set the values
1240             if ( key_index >= 0 ) {
1241                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1242                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1243                 // otherwise, keep looking
1244             }
1245             else {
1246                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1247                     // Deprecated.
1248                 }
1249                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1250                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1251                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1252                     if ( key_index >= 0 ) {
1253                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1254                     }
1255                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1256                         // Deprecated.
1257                     }
1258                     else {
1259                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1260                                 + click_to_name );
1261                     }
1262                 }
1263                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1264                     getSpeciesColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1265                 }
1266                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1267                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1268                 }
1269                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1270                     getAnnotationColors()
1271                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1272                 }
1273                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1274                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1275                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1276                 }
1277                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1278                     getDisplayColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1279                 }
1280                 else if ( key.equals( WEB_LINK_KEY ) ) {
1281                     if ( st.countTokens() == 3 ) {
1282                         createWebLink( ( String ) st.nextElement(),
1283                                        ( String ) st.nextElement(),
1284                                        ( String ) st.nextElement() );
1285                     }
1286                     else {
1287                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1288                                                           "illegal format in configuration file for key [" + key + "]" );
1289                     }
1290                 }
1291                 else {
1292                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1293                             + "] in: " + config_filename );
1294                 }
1295             }
1296         }
1297         else {
1298             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1299                     + config_filename );
1300         }
1301     }
1302
1303     private void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
1304         _min_confidence_value = min_confidence_value;
1305     }
1306
1307     void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
1308         _node_label_direction = node_label_direction;
1309     }
1310
1311     private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
1312         this._number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1313     }
1314
1315     private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
1316         this._number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1317     }
1318
1319     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1320         _ov_max_height = ov_max_height;
1321     }
1322
1323     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1324         _ov_max_width = ov_max_width;
1325     }
1326
1327     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1328         _ov_placement = ov_placement;
1329     }
1330
1331     void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
1332         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
1333     }
1334
1335     private void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
1336         _print_line_width = print_line_width;
1337     }
1338
1339     private void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
1340         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
1341     }
1342
1343     private void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
1344         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
1345     }
1346
1347     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1348         _show_overview = show_overview;
1349     }
1350
1351     private void setShowScale( final boolean show_scale ) {
1352         _show_scale = show_scale;
1353     }
1354
1355     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1356         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1357     }
1358
1359     void setWebLinks( final SortedMap<String, WebLink> weblinks ) {
1360         _weblinks = weblinks;
1361     }
1362
1363     static String getDefaultFontFamilyName() {
1364         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1365     }
1366
1367     static enum TRIPLET {
1368         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1369     }
1370
1371     public Color getDomainStructureFontColor() {
1372         return _domain_structure_font_color;
1373     }
1374
1375     public Color getDomainStructureBaseColor() {
1376         return _domain_structure_base_color;
1377     }
1378
1379     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
1380         return _color_labels_same_as_parent_branch;
1381     }
1382
1383     public boolean isShowDomainLabels() {
1384         return _show_domain_labels;
1385     }
1386
1387     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
1388         return _abbreviate_scientific_names;
1389     }
1390
1391     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
1392         return _default_node_shape;
1393     }
1394
1395     private void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
1396         _default_node_shape = default_node_shape;
1397     }
1398
1399     private void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
1400         _default_node_fill = default_node_fill;
1401     }
1402
1403     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
1404         return _default_node_fill;
1405     }
1406
1407     private void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
1408         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
1409     }
1410
1411     public short getDefaultNodeShapeSize() {
1412         return _default_node_shape_size;
1413     }
1414
1415     private void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
1416         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
1417     }
1418
1419     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
1420         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
1421     }
1422
1423     public boolean isShowDefaultNodeShapes() {
1424         return _show_default_node_shapes;
1425     }
1426
1427     private void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
1428         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
1429     }
1430 }