forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeDataField;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  59         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
  60     }
  61
  62     public enum UI {
  63         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
  64     }
  65
  66     static enum TRIPLET {
  67         FALSE, TRUE, UNKNOWN
  68     }
  69     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  70         { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  71         { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  72         { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  73         { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  74         { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  75         { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  76         { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  77         { "List Node Data", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                      };
  78     private final static String             DEFAULT_SPECIES_COLORS[][]                             = {
  79         { "BRAFL", "0x00FFFF" }, { "SPHGR", "0x9620F0" }, { "STRPU", "0x9620F0" }, { "CIOIN", "0xFF1CAE" },
  80         { "CIOSA", "0xFF2CAE" }, { "BOVIN", "0x5C3317" }, { "CANFA", "0x8B2323" }, { "HUMAN", "0xFF2400" },
  81         { "PANTR", "0xCC2400" }, { "MOUSE", "0xFF7F00" }, { "RAT", "0xFFEF00" }, { "MONDO", "0xEE9A49" },
  82         { "ORNAN", "0xCD853F" }, { "XENLA", "0x6BAA23" }, { "XENTR", "0x6BAA23" }, { "CHICK", "0xFFC125" },
  83         { "FUGRU", "0x0000FF" }, { "BRARE", "0x0000DD" }, { "DANRE", "0x0000BB" }, { "TETNG", "0x0000AA" },
  84         { "ORYLA", "0x000088" }, { "GASAC", "0x000066" }, { "CAEEL", "0x666699" }, { "CAEBR", "0xB0B0B0" },
  85         { "DROME", "0x663366" }, { "DROPS", "0x996699" }, { "APIME", "0x7A7700" }, { "AEDAE", "0x8C5900" },
  86         { "TRICA", "0x918E00" }, { "NEMVE", "0x0066CC" }, { "HYDVU", "0x3399FF" }, { "LUBBA", "0xF7B5CB" },
  87         { "GEOCY", "0xF5A0BD" }, { "AMPQE", "0x009966" }, { "SUBDO", "0xC790B9" }, { "MONBE", "0xFC0FC0" },
  88         { "DICPU", "0xFFCC33" }, { "DICDI", "0xFFCC00" }, { "ENTHI", "0x5959AB" }, { "ARATH", "0x00FF00" },
  89         { "POPTR", "0x006400" }, { "VITVI", "0x00CD00" }, { "GLYMA", "0x00FF7F" }, { "ORYSA", "0x008B00" },
  90         { "ORYSJ", "0x008C00" }, { "SORBI", "0x00EE76" }, { "SELMO", "0x238E23" }, { "PHYPA", "0x09F911" },
  91         { "OSTLU", "0x7FFF00" }, { "OSTTA", "0x7FFF00" }, { "OSTRC", "0x7FFF00" }, { "MICPU", "0x66CD00" },
  92         { "MIC99", "0x66CD00" }, { "CHLRE", "0xB3EE3A" }, { "VOLCA", "0xC0FF3E" }, { "CHLSP", "0x6B8E23" },
  93         { "CYAME", "0xD02090" }, { "YEAST", "0xAAAAAA" }, { "BACFR", "0xFF0000" }, { "BACTN", "0xFFFF00" },
  94         { "MYXXD", "0x0000FF" }, { "STIAU", "0x00FFFF" }, { "BACOV", "0x8C5900" }, { "BACUN", "0x66CD00" },
  95         { "PORGI", "0x918E00" }                                                               };
  96     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  97     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  98     final static int                        reroot                                                 = 2;
  99     final static int                        subtree                                                = 3;
 100     final static int                        swap                                                   = 4;
 101     final static int                        color_node_font                                        = 5;
 102     final static int                        change_node_font                                       = 6;
 103     final static int                        color_subtree                                          = 7;
 104     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
 105     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
 106     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
 107     final static int                        blast                                                  = 11;
 108     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
 109     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
 110     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
 111     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
 112     final static int                        add_new_node                                           = 16;
 113     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
 114     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
 115     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
 116     final static int                        select_nodes                                           = 20;
 117     // ------------------
 118     // Click-to options
 119     // ------------------
 120     final static String                     display_options[][]                                    = {
 121         { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 122         { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 123         { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
 124         { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
 125         { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
 126         { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 127         { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
 128         { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 129         { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 130         { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 131         { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 132         { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 133         { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" },
 134         { "Multiple Seq Alignment", "display", "no" }, { "Branch Length Values", "display", "no" } };
 135     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 136     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 137     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 138     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 139     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 140     final static int                        write_events                                           = 5;
 141     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 142     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 143     final static int                        use_style                                              = 8;
 144     final static int                        width_branches                                         = 9;
 145     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 146     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 147     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 148     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 149     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 150     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 151     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 152     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 153     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 154     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 155     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 156     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 157     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 158     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 159     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 160     final static int                        show_properties                                        = 25;
 161     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 162     final static int                        show_mol_seqs                                          = 27;
 163     final static int                        write_branch_length_values                             = 28;
 164     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 165     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 166     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 167     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 168     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 169     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 170     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 171     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 172     // ---------------------------
 173     // Display options for trees
 174     // ---------------------------
 175     // ---------------------------------
 176     // Pertaining to the config itself
 177     // ---------------------------------
 178     // Full path to config (may be URL)
 179     String                                  config_filename;
 180     // This option is selected in the dropdown
 181     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 182     String                                  default_config_filename                                = AptxConstants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 183     // --------------
 184     // Color set
 185     // --------------
 186     TreeColorSet                            tree_color_set;
 187     // -------
 188     // Fonts
 189     // -------
 190     TreeFontSet                             tree_font_set;
 191     boolean                                 verbose                                                = AptxConstants.VERBOSE_DEFAULT;
 192     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 193     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 194     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 195     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 196     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 197     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = AptxConstants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 198     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 199     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 200     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 201     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 202     private short                           _default_node_shape_size                               = AptxConstants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 203     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 204     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 205     private boolean                         _editable                                              = true;
 206     private NodeDataField                   _ext_desc_data_to_return                               = NodeDataField.UNKNOWN;
 207     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 208     private int                             _frame_x_size;
 209     private int                             _frame_y_size;
 210     private Color                           _gui_background_color                                  = AptxConstants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_button_background_color                           = AptxConstants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_button_border_color                               = AptxConstants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_text_color                                 = AptxConstants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = AptxConstants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = AptxConstants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_menu_background_color                             = AptxConstants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = AptxConstants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 218     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 219     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 220     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 221     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 222     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 223     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 224     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 225     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 226     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 227     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 228     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 229     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 230     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 231     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 232     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 233     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 234     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 235     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 236     private float                           _print_line_width                                      = AptxConstants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 237     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 238     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 239     private boolean                         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes             = false;
 240     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 241     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 242     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 243     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 244     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 245     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 246     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 247     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = AptxConstants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 248     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 249     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 250     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 251     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 252     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 253     private boolean                         _line_up_renderable_node_data                          = true;
 254     private boolean                         _right_align_domains                                   = false;
 255     private boolean                         _allow_thick_strokes                                   = false;
 256     static {
 257         for( final String font_name : AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 258             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 259                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 260                 break;
 261             }
 262         }
 263         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 264             DEFAULT_FONT_FAMILY = AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 265         }
 266     }
 267
 268     public Configuration() {
 269         this( null, false, false, false );
 270     }
 271
 272     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 273         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 274             config_filename = default_config_filename;
 275         }
 276         else {
 277             config_filename = cf;
 278         }
 279         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 280         config_filename = config_filename.trim();
 281         URL u = null;
 282         if ( is_url ) {
 283             // If URL, open accordingly
 284             try {
 285                 u = new URL( config_filename );
 286                 try {
 287                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 288                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 289                     readConfig( bf );
 290                     bf.close();
 291                     ForesterUtil.programMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 292                             + config_filename + "]" );
 293                 }
 294                 catch ( final Exception e ) {
 295                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 296                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 297                 }
 298             }
 299             catch ( final Exception e ) {
 300                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 301                         + config_filename + "]" );
 302             }
 303         }
 304         else {
 305             // Otherwise, open as a file
 306             File f = new File( config_filename );
 307             if ( !f.exists() ) {
 308                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 309             }
 310             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 311                 try {
 312                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 313                     readConfig( bf );
 314                     bf.close();
 315                 }
 316                 catch ( final Exception e ) {
 317                     if ( verbose ) {
 318                         ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 319                                 + config_filename + "]: " + e );
 320                     }
 321                 }
 322             }
 323             else {
 324                 if ( verbose ) {
 325                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 326                             + config_filename + "]" );
 327                 }
 328             }
 329         }
 330     }
 331
 332     public String getBaseFontFamilyName() {
 333         return _base_font_family_name;
 334     }
 335
 336     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 337         return _default_bootstrap_samples;
 338     }
 339
 340     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 341         return _default_node_fill;
 342     }
 343
 344     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 345         return _default_node_shape;
 346     }
 347
 348     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 349         return _default_node_shape_size;
 350     }
 351
 352     public NodeDataField getExtDescNodeDataToReturn() {
 353         return _ext_desc_data_to_return;
 354     }
 355
 356     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 357         return _ext_node_data_return_on;
 358     }
 359
 360     public int getFrameXSize() {
 361         return _frame_x_size;
 362     }
 363
 364     public int getFrameYSize() {
 365         return _frame_y_size;
 366     }
 367
 368     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 369         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 370     }
 371
 372     public File getPathToLocalFastme() {
 373         return _path_to_local_fastme;
 374     }
 375
 376     public File getPathToLocalMafft() {
 377         return _path_to_local_mafft;
 378     }
 379
 380     public File getPathToLocalRaxml() {
 381         return _path_to_local_raxml;
 382     }
 383
 384     public double getVectorDataHeight() {
 385         return _vector_data_height;
 386     }
 387
 388     public Color getVectorDataMaxColor() {
 389         return _vector_data_max_color;
 390     }
 391
 392     public Color getVectorDataMeanColor() {
 393         return _vector_data_mean_color;
 394     }
 395
 396     public Color getVectorDataMinColor() {
 397         return _vector_data_min_color;
 398     }
 399
 400     public int getVectorDataWidth() {
 401         return _vector_data_width;
 402     }
 403
 404     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 405         return _abbreviate_scientific_names;
 406     }
 407
 408     public boolean isAllowThickStrokes() {
 409         return _allow_thick_strokes;
 410     }
 411
 412     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 413         return _background_color_gradient;
 414     }
 415
 416     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 417         return false;
 418     }
 419
 420     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 421         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 422     }
 423
 424     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 425         return _line_up_renderable_node_data;
 426     }
 427
 428     public boolean isMidpointReroot() {
 429         return _midpoint_root;
 430     }
 431
 432     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 433         return _right_align_domains;
 434     }
 435
 436     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 437         return _show_annotation_ref_source;
 438     }
 439
 440     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 441         return _show_default_node_shapes_external;
 442     }
 443
 444     public boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 445         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 446     }
 447
 448     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 449         return _show_default_node_shapes_internal;
 450     }
 451
 452     public boolean isShowDomainLabels() {
 453         return _show_domain_labels;
 454     }
 455
 456     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 457         getDisplayColors().put( key, color );
 458     }
 459
 460     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 461         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 462     }
 463
 464     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 465         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 466     }
 467
 468     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 469         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 470     }
 471
 472     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 473         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 474     }
 475
 476     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 477         _base_font_size = base_font_size;
 478     }
 479
 480     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 481         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 482     }
 483
 484     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 485         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 486     }
 487
 488     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 489         _default_node_fill = default_node_fill;
 490     }
 491
 492     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 493         _default_node_shape = default_node_shape;
 494     }
 495
 496     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 497         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 498     }
 499
 500     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 501         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 502     }
 503
 504     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 505         _display_colors = display_colors;
 506     }
 507
 508     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 509         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 510     }
 511
 512     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 513         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 514     }
 515
 516     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 517         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 518     }
 519
 520     public void setDisplayMultipleSequenceAlignment( final boolean b ) {
 521         display_options[ show_mol_seqs ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 522     }
 523
 524     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 525         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 526     }
 527
 528     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 529         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 530     }
 531
 532     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 533         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 534     }
 535
 536     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 537         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 538     }
 539
 540     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 541         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 542     }
 543
 544     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 545         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 546     }
 547
 548     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 549         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 550     }
 551
 552     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 553         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 554     }
 555
 556     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 557         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 558     }
 559
 560     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 561         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 562     }
 563
 564     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NodeDataField ext_desc_data_to_return ) {
 565         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 566     }
 567
 568     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 569         _frame_x_size = frame_x_size;
 570     }
 571
 572     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 573         _frame_y_size = frame_y_size;
 574     }
 575
 576     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
 577         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
 578     }
 579
 580     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 581         _midpoint_root = midpoint_root;
 582     }
 583
 584     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 585         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 586     }
 587
 588     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 589         _node_label_direction = node_label_direction;
 590     }
 591
 592     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 593         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 594     }
 595
 596     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 597         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 598     }
 599
 600     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 601         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 602     }
 603
 604     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 605         _print_line_width = print_line_width;
 606     }
 607
 608     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 609         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 610     }
 611
 612     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
 613         _right_align_domains = right_align_domains;
 614     }
 615
 616     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 617         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 618     }
 619
 620     public void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
 621         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 622     }
 623
 624     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 625         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 626     }
 627
 628     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 629         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 630     }
 631
 632     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 633         _show_scale = show_scale;
 634     }
 635
 636     public void setUseStyle( final boolean b ) {
 637         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 638     }
 639
 640     private int getClickToIndex( final String name ) {
 641         int index = -1;
 642         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 643             index = Configuration.display_node_data;
 644             ForesterUtil
 645             .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 646                                   "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 647         }
 648         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 649             index = Configuration.display_node_data;
 650         }
 651         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 652             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 653         }
 654         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 655             index = Configuration.reroot;
 656         }
 657         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 658             index = Configuration.subtree;
 659         }
 660         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 661             index = Configuration.swap;
 662         }
 663         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 664             index = Configuration.sort_descendents;
 665         }
 666         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 667             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 668         }
 669         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 670             ForesterUtil
 671             .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 672             return DEPRECATED;
 673         }
 674         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 675             index = Configuration.open_seq_web;
 676         }
 677         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 678             index = Configuration.open_pdb_web;
 679         }
 680         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 681             index = Configuration.open_tax_web;
 682         }
 683         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 684             index = Configuration.blast;
 685         }
 686         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 687             index = Configuration.cut_subtree;
 688         }
 689         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 690             index = Configuration.copy_subtree;
 691         }
 692         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 693             index = Configuration.paste_subtree;
 694         }
 695         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 696             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 697         }
 698         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 699             index = Configuration.add_new_node;
 700         }
 701         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 702             index = Configuration.edit_node_data;
 703         }
 704         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 705             index = Configuration.select_nodes;
 706         }
 707         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 708             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 709                     "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 710             return DEPRECATED;
 711         }
 712         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 713             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 714             return DEPRECATED;
 715         }
 716         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 717             index = Configuration.color_subtree;
 718         }
 719         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 720             index = Configuration.change_node_font;
 721         }
 722         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 723             index = Configuration.color_node_font;
 724         }
 725         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 726             index = Configuration.color_subtree;
 727         }
 728         return index;
 729     }
 730
 731     private final void initSpeciesColors() {
 732         _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 733         for( final String[] s : DEFAULT_SPECIES_COLORS ) {
 734             _species_colors.put( s[ 0 ], Color.decode( s[ 1 ] ) );
 735         }
 736     }
 737
 738     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 739         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 740         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 741             return true;
 742         }
 743         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 744             return false;
 745         }
 746         else {
 747             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 748             return false;
 749         }
 750     }
 751
 752     private double parseDouble( final String str ) {
 753         double d = 0.0;
 754         try {
 755             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 756         }
 757         catch ( final Exception e ) {
 758             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 759             d = 0.0;
 760         }
 761         return d;
 762     }
 763
 764     private float parseFloat( final String str ) {
 765         float f = 0.0f;
 766         try {
 767             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 768         }
 769         catch ( final Exception e ) {
 770             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 771             f = 0.0f;
 772         }
 773         return f;
 774     }
 775
 776     private int parseInt( final String str ) {
 777         int i = -1;
 778         try {
 779             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 780         }
 781         catch ( final Exception e ) {
 782             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 783             i = -1;
 784         }
 785         return i;
 786     }
 787
 788     private short parseShort( final String str ) {
 789         short i = -1;
 790         try {
 791             i = Short.parseShort( str.trim() );
 792         }
 793         catch ( final Exception e ) {
 794             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 795             i = -1;
 796         }
 797         return i;
 798     }
 799
 800     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 801         setBaseFontFamilyName( "" );
 802         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 803         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 804         for( String font : fonts ) {
 805             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 806             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 807                 setBaseFontFamilyName( font );
 808                 break;
 809             }
 810         }
 811     }
 812
 813     /**
 814      * read each line of config file, process non-comment lines
 815      * @throws IOException
 816      */
 817     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 818         String line;
 819         do {
 820             line = conf_in.readLine();
 821             if ( line != null ) {
 822                 line = line.trim();
 823                 // skip comments and blank lines
 824                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 825                     // convert runs of spaces to tabs
 826                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 827                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 828                     setKeyValue( st );
 829                 }
 830             }
 831         } while ( line != null );
 832     }
 833
 834     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 835         _antialias_screen = antialias_screen;
 836     }
 837
 838     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 839         _cladogram_type = cladogram_type;
 840     }
 841
 842     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 843         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 844     }
 845
 846     private void setEditable( final boolean editable ) {
 847         _editable = editable;
 848     }
 849
 850     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
 851         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
 852     }
 853
 854     //private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 855     //    _graphics_export_x = graphics_export_x;
 856     //}
 857
 858     //private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 859     //    _graphics_export_y = graphics_export_y;
 860     //}
 861
 862     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 863         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 864     }
 865
 866     /**
 867      * Set a key-value(s) tuple
 868      */
 869     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 870         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
 871         if ( !st.hasMoreElements() ) {
 872             return;
 873         }
 874         // Handle single value settings first:
 875         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 876             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 877             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 878             if ( default_clickto == -1 ) {
 879                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 880                                                   + "] for [default_click_to]" );
 881                 default_clickto = 0;
 882             }
 883             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 884                 // Deprecated.
 885             }
 886         }
 887         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 888             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 889             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 890                 _ui = UI.NATIVE;
 891             }
 892             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 893                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 894             }
 895             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 896                 _ui = UI.UNKNOWN;
 897             }
 898             else {
 899                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 900                                                   + "]" );
 901                 _ui = UI.UNKNOWN;
 902             }
 903         }
 904         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 905             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 906         }
 907         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 908             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 909         }
 910         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 911             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 912             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 913                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 914             }
 915             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 916                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 917             }
 918             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 919                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 920             }
 921             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 922                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 923             }
 924             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 925                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 926             }
 927             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 928                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 929             }
 930             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 931                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 932             }
 933             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 934                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 935             }
 936             else {
 937                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 938                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 939                                                   + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 940             }
 941         }
 942         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 943             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 944             final double d = parseDouble( mcv_str );
 945             setMinConfidenceValue( d );
 946         }
 947         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 948             processFontFamily( st );
 949         }
 950         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 951             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 952             final int i = parseInt( size_str );
 953             if ( i > 0 ) {
 954                 setBaseFontSize( i );
 955             }
 956         }
 957         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
 958             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 959             final int i = parseInt( size_str );
 960             if ( i > 0 ) {
 961                 setMinBaseFontSize( i );
 962             }
 963         }
 964         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
 965             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 966             final int i = parseInt( size_str );
 967             if ( i > 1 ) {
 968                 setMaxBaseFontSize( i );
 969             }
 970         }
 971         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
 972            // final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 973            // final int i = parseInt( str );
 974            // if ( i > 0 ) {
 975            //     setGraphicsExportX( i );
 976            // }
 977         }
 978         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
 979             //final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 980            // final int i = parseInt( str );
 981             //if ( i > 0 ) {
 982             //    setGraphicsExportY( i );
 983             //}
 984         }
 985         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
 986             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 987             final float f = parseFloat( str );
 988             if ( f > 0 ) {
 989                 setPrintLineWidth( f );
 990             }
 991             else {
 992                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 993                         "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
 994             }
 995         }
 996         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
 997             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 998             final int i = parseInt( str );
 999             if ( i > 0 ) {
1000                 setFrameXSize( i );
1001             }
1002         }
1003         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1004             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1005             final int i = parseInt( str );
1006             if ( i > 0 ) {
1007                 setFrameYSize( i );
1008             }
1009         }
1010         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1011             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1012             final int i = parseInt( str );
1013             if ( i >= 0 ) {
1014                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1015             }
1016             else {
1017                 ForesterUtil
1018                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1019                                       "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1020             }
1021         }
1022         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1023             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1024             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1025                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1026             }
1027         }
1028         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1029             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1030             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1031                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1032             }
1033         }
1034         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1035             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1036             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1037                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1038             }
1039         }
1040         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1041             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1042         }
1043         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1044             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1045         }
1046         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1047             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1048         }
1049         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1050             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1051         }
1052         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1053             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1054         }
1055         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1056             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1057         }
1058         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1059             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1060         }
1061         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1062             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1063             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1064                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1065             }
1066             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1067                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1068             }
1069             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1070                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1071             }
1072             else {
1073                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1074                                                   + "] for [cladogram_type]" );
1075             }
1076         }
1077         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1078             ForesterUtil
1079             .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1080                                   "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1081         }
1082         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1083             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1084         }
1085         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1086             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1087         }
1088         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1089             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1090             setOvMaxWidth( i );
1091         }
1092         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1093             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1094             setOvMaxHeight( i );
1095         }
1096         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1097             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1098             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1099                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1100             }
1101             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1102                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1103             }
1104             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1105                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1106             }
1107             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1108                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1109             }
1110             else {
1111                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1112                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1113                                                   + "] for [overview_placement_type]" );
1114             }
1115         }
1116         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1117             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1118             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1119                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1120             }
1121             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1122                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1123             }
1124             else {
1125                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1126                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1127                                                   + "] for [node_label_direction]" );
1128             }
1129         }
1130         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1131             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1132             if ( i >= 0 ) {
1133                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1134             }
1135             else {
1136                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1137                                                   + "] for [branch_length_value_digits]" );
1138             }
1139         }
1140         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1141             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1142             if ( i >= 0 ) {
1143                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1144             }
1145             else {
1146                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1147                                                   + "] for [confidence_value_digits]" );
1148             }
1149         }
1150         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1151             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1152         }
1153         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1154             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1155         }
1156         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1157             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1158             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1159                 ForesterUtil
1160                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1161                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1162             }
1163             else {
1164                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1165             }
1166         }
1167         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1168             final String s = ( String ) st.nextElement();
1169             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1170                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1171             }
1172             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1173                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1174             }
1175             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1176                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1177             }
1178             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1179                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1180             }
1181             else {
1182                 ForesterUtil
1183                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1184                                       "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1185                                               + s
1186                                               + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1187             }
1188             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1189                 ForesterUtil
1190                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1191                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1192             }
1193         }
1194         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1195             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1196         }
1197         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1198             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1199         }
1200         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1201             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1202         }
1203         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1204             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1205         }
1206         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1207             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1208         }
1209         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1210             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1211         }
1212         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1213             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1214         }
1215         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1216             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1217         }
1218         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1219             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1220         }
1221         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1222             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1223         }
1224         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1225             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1226         }
1227         else if ( key.equals( "show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data" ) ) {
1228             setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1229         }
1230         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1231             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1232             setDefaultNodeShapeSize( i );
1233         }
1234         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1235             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1236             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1237                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1238             }
1239             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1240                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1241             }
1242             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1243                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1244             }
1245             else {
1246                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1247                                                   + "] for [default_node_fill]" );
1248             }
1249         }
1250         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1251             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1252             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1253                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1254             }
1255             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1256                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1257             }
1258             else {
1259                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1260                                                   + "] for [default_node_shape]" );
1261             }
1262         }
1263         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1264             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1265         }
1266         else if ( key.equals( "list_node_data_field" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1267             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1268             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1269                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.NODE_NAME );
1270             }
1271             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1272                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_ACC );
1273             }
1274             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1275                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1276             }
1277             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1278                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_NAME );
1279             }
1280             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1281                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GENE_NAME );
1282             }
1283             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1284                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_SYMBOL );
1285             }
1286             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1287                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1288             }
1289             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1290                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_CODE );
1291             }
1292             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1293                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.UNKNOWN );
1294             }
1295             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains" ) ) {
1296                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_ALL );
1297             }
1298             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains_collapsed" ) ) {
1299                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_COLLAPSED_PER_PROTEIN );
1300             }
1301             else if ( s.equalsIgnoreCase( "seq_annotations" ) ) {
1302                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQ_ANNOTATIONS );
1303             }
1304             else if ( s.equalsIgnoreCase( "go_term_ids" ) ) {
1305                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GO_TERM_IDS );
1306             }
1307             else {
1308                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1309                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1310             }
1311         }
1312         else if ( key.equals( "list_node_data_custom_label" ) || key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1313             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1314             if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) && ( s.length() > 1 ) ) {
1315                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1316             }
1317         }
1318         else if ( key.equals( "list_node_data_in" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1319             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1320             if ( s.equals( "console" ) ) {
1321                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1322             }
1323             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1324                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1325             }
1326             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1327                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1328             }
1329             else {
1330                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1331                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1332             }
1333         }
1334         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1335             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1336         }
1337         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1338             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1339         }
1340         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1341             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1342         }
1343         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1344             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1345             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1346                 _vector_data_width = 120;
1347             }
1348         }
1349         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1350             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1351             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1352                 _vector_data_height = 12;
1353             }
1354         }
1355         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1356             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1357         }
1358         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1359             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1360         }
1361         else if ( key.equals( "allow_thick_strokes" ) ) {
1362             _allow_thick_strokes = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1363         }
1364         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1365             // yet retrieved!
1366             int key_index = -1;
1367             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1368                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1369             }
1370             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1371                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1372             }
1373             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1374                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1375             }
1376             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1377                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1378             }
1379             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1380                 key_index = Configuration.show_node_names;
1381             }
1382             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1383                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1384             }
1385             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1386                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1387             }
1388             else if ( key.equals( "write_branch_length_values" ) ) {
1389                 key_index = Configuration.write_branch_length_values;
1390             }
1391             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1392                 key_index = Configuration.write_events;
1393             }
1394             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1395                 key_index = Configuration.use_style;
1396             }
1397             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1398                 key_index = Configuration.use_style;
1399                 ForesterUtil
1400                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1401                                       "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1402             }
1403             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1404                 key_index = Configuration.width_branches;
1405             }
1406             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1407                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1408             }
1409             else if ( key.equals( "show_msa" ) ) {
1410                 key_index = Configuration.show_mol_seqs;
1411             }
1412             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1413                 key_index = Configuration.show_annotation;
1414             }
1415             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1416                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1417             }
1418             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1419                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1420             }
1421             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1422                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1423             }
1424             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1425                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1426             }
1427             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1428                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1429             }
1430             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1431                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1432             }
1433             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1434                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1435             }
1436             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1437                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1438             }
1439             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1440                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1441             }
1442             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1443                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1444             }
1445             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1446                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1447             }
1448             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1449                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1450             }
1451             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1452                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1453             }
1454             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1455                 key_index = Configuration.show_properties;
1456             }
1457             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1458                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1459             }
1460             // If we've found the key, set the values
1461             if ( key_index >= 0 ) {
1462                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1463                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1464                 // otherwise, keep looking
1465             }
1466             else {
1467                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1468                     // Deprecated.
1469                 }
1470                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1471                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1472                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1473                     if ( key_index >= 0 ) {
1474                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1475                     }
1476                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1477                         // Deprecated.
1478                     }
1479                     else {
1480                         ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1481                                 + click_to_name );
1482                     }
1483                 }
1484                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1485                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1486                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1487                 }
1488                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1489                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1490                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1491                 }
1492                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1493                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1494                 }
1495                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1496                     getAnnotationColors()
1497                     .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1498                 }
1499                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1500                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1501                             "configuration key [function_color] is deprecated" );
1502                 }
1503                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1504                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1505                 }
1506                 else {
1507                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1508                                                       + "] in: " + config_filename );
1509                 }
1510             }
1511         }
1512         else {
1513             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1514                     + config_filename );
1515         }
1516     }
1517
1518     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1519         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1520     }
1521
1522     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1523         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1524     }
1525
1526     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1527         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1528     }
1529
1530     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1531         _ov_max_height = ov_max_height;
1532     }
1533
1534     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1535         _ov_max_width = ov_max_width;
1536     }
1537
1538     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1539         _ov_placement = ov_placement;
1540     }
1541
1542     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1543         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1544     }
1545
1546     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1547         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1548     }
1549
1550     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1551         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1552     }
1553
1554     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1555         _show_annotation_ref_source = b;
1556     }
1557
1558     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1559         _show_overview = show_overview;
1560     }
1561
1562     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1563         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1564     }
1565
1566     boolean displaySequenceRelations() {
1567         return _display_sequence_relations;
1568     }
1569
1570     boolean doCheckOption( final int which ) {
1571         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
1572                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
1573     }
1574
1575     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
1576         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
1577     }
1578
1579     boolean doDisplayOption( final int which ) {
1580         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
1581     }
1582
1583     /**
1584      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
1585      * this or not (e.g. phylogram)
1586      *
1587      */
1588     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
1589         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
1590     }
1591
1592     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
1593         if ( _annotation_colors == null ) {
1594             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
1595         }
1596         return _annotation_colors;
1597     }
1598
1599     int getBaseFontSize() {
1600         return _base_font_size;
1601     }
1602
1603     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
1604         return _cladogram_type;
1605     }
1606
1607     int getClickToOptionsCount() {
1608         return clickto_options.length;
1609     }
1610
1611     String getClickToTitle( final int which ) {
1612         return clickto_options[ which ][ 0 ];
1613     }
1614
1615     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
1616         return default_clickto;
1617     }
1618
1619     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
1620         return _display_colors;
1621     }
1622
1623     String getDisplayTitle( final int which ) {
1624         return display_options[ which ][ 0 ];
1625     }
1626
1627     Map<String, Color> getDomainColors() {
1628         if ( _domain_colors == null ) {
1629             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
1630         }
1631         return _domain_colors;
1632     }
1633
1634
1635     Color getGuiBackgroundColor() {
1636         return _gui_background_color;
1637     }
1638
1639     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
1640         return _gui_button_background_color;
1641     }
1642
1643     Color getGuiButtonBorderColor() {
1644         return _gui_button_border_color;
1645     }
1646
1647     Color getGuiButtonTextColor() {
1648         return _gui_button_text_color;
1649     }
1650
1651     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
1652         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
1653     }
1654
1655     Color getGuiCheckboxTextColor() {
1656         return _gui_checkbox_text_color;
1657     }
1658
1659     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
1660         return _gui_menu_background_color;
1661     }
1662
1663     Color getGuiMenuTextColor() {
1664         return _gui_menu_text_color;
1665     }
1666
1667     int getMaxBaseFontSize() {
1668         return _max_base_font_size;
1669     }
1670
1671     int getMinBaseFontSize() {
1672         return _min_base_font_size;
1673     }
1674
1675     double getMinConfidenceValue() {
1676         return _min_confidence_value;
1677     }
1678
1679     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
1680         return _node_label_direction;
1681     }
1682
1683     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
1684         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1685     }
1686
1687     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
1688         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1689     }
1690
1691     short getOvMaxHeight() {
1692         return _ov_max_height;
1693     }
1694
1695     short getOvMaxWidth() {
1696         return _ov_max_width;
1697     }
1698
1699     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
1700         return _ov_placement;
1701     }
1702
1703     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
1704         return _phylogeny_graphics_type;
1705     }
1706
1707     float getPrintLineWidth() {
1708         return _print_line_width;
1709     }
1710
1711     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
1712         if ( _sequence_colors == null ) {
1713             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
1714         }
1715         return _sequence_colors;
1716     }
1717
1718     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
1719         if ( _species_colors == null ) {
1720             initSpeciesColors();
1721         }
1722         return _species_colors;
1723     }
1724
1725     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
1726         return _taxonomy_extraction;
1727     }
1728
1729     boolean isAntialiasScreen() {
1730         return _antialias_screen;
1731     }
1732
1733     /**
1734      * Convenience method.
1735      *
1736      * @return true if value in configuration file was 'yes'
1737      */
1738     boolean isDrawAsPhylogram() {
1739         return doCheckOption( display_as_phylogram );
1740     }
1741
1742     boolean isEditable() {
1743         return _editable;
1744     }
1745
1746     /**
1747      * Only used by ArchaeoptryxE.
1748      *
1749      */
1750     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
1751         return _hide_controls_and_menus;
1752     }
1753
1754     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
1755         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1756     }
1757
1758     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
1759         return _nh_parsing_replace_underscores;
1760     }
1761
1762     boolean isShowOverview() {
1763         return _show_overview;
1764     }
1765
1766     boolean isShowScale() {
1767         return _show_scale;
1768     }
1769
1770     final boolean isUseNativeUI() {
1771         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
1772             _ui = UI.NATIVE;
1773         }
1774         return _ui == UI.NATIVE;
1775     }
1776
1777     /**
1778      * Only used by ArchaeoptryxE.
1779      *
1780      */
1781     boolean isUseTabbedDisplay() {
1782         return _use_tabbed_display;
1783     }
1784
1785     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
1786         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1787     }
1788
1789     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
1790         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
1791     }
1792
1793     static String getDefaultFontFamilyName() {
1794         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1795     }
1796 }