forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
  59     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
  60     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
  61     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
  62     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
  63     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
  64     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
  65     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
  66     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
  67     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
  68     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
  69     private int                             _base_font_size                                        = -1;
  70     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
  71     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
  72     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
  73     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
  74     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
  75     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
  76     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
  77     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
  78     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
  79     private boolean                         _show_scale                                            = false;
  80     private boolean                         _show_branch_length_values                             = false;
  81     private boolean                         _show_overview                                         = true;
  82     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
  83     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
  84     private boolean                         _editable                                              = true;
  85     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
  86     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
  87     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
  88     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
  89     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
  90     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
  91     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
  92     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
  93     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
  94     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
  95     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
  96     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
  97     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
  98     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
  99     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 100     private boolean                         _taxonomy_colorize_node_shapes                         = false;
 101     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 102     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 103     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 104     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 105     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 106     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 107     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 108     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 109     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 110     final static int                        write_events                                           = 5;
 111     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 112     final static int                        color_branches                                         = 7;
 113     final static int                        width_branches                                         = 8;
 114     final static int                        show_custom_node_shapes                                = 9;
 115     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 116     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 117     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 118     final static int                        show_gene_names                                        = 13;
 119     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 120     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 121     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 122     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 123     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 124     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 125     final static int                        show_gene_symbols                                      = 20;
 126     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 127     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 128     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 129     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 130     final static int                        show_properties                                        = 25;
 131     // ------------------
 132     // Click-to options
 133     // ------------------
 134     final static int                        display_node_data                                      = 0;
 135     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
 136     final static int                        reroot                                                 = 2;
 137     final static int                        subtree                                                = 3;
 138     final static int                        swap                                                   = 4;
 139     final static int                        color_subtree                                          = 5;
 140     final static int                        open_seq_web                                           = 6;
 141     final static int                        open_tax_web                                           = 7;
 142     final static int                        blast                                                  = 8;
 143     final static int                        cut_subtree                                            = 9;
 144     final static int                        copy_subtree                                           = 10;
 145     final static int                        paste_subtree                                          = 11;
 146     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 12;
 147     final static int                        add_new_node                                           = 13;
 148     final static int                        edit_node_data                                         = 14;
 149     final static int                        sort_descendents                                       = 15;
 150     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 16;
 151     final static int                        select_nodes                                           = 17;
 152     // ---------------------------
 153     // Display options for trees
 154     // ---------------------------
 155     // ---------------------------------
 156     // Pertaining to the config itself
 157     // ---------------------------------
 158     // Full path to config (may be URL)
 159     String                                  config_filename;
 160     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 161     final static String                     display_options[][]                                    = {
 162             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 163             { "Seq Annotations", "nodisplay", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 164             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "yes" },
 165             { "Use Branch Colors", "display", "no" }, { "Use Branch Widths", "display", "no" },
 166             { "Show Custom Nodes", "display", "yes" }, { "Protein Domains", "nodisplay", "no" },
 167             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 168             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Acc", "display", "no" },
 169             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 170             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 171             { "Colorize by Annotation", "nodisplay", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 172             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 173             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 174             { "Properties", "nodisplay", "no" }                                                   };
 175     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
 176             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
 177             { "Sub/Super Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
 178             { "Colorize Subtree/Node(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" },
 179             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Blast", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
 180             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
 181             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
 182             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
 183     // This option is selected in the dropdown
 184     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 185     // --------------
 186     // Color set
 187     // --------------
 188     TreeColorSet                            tree_color_set;
 189     // -------
 190     // Fonts
 191     // -------
 192     TreeFontSet                             tree_font_set;
 193     // ----------------
 194     // Species colors
 195     // ----------------
 196     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 197     // ----------------
 198     // Domain colors
 199     // ----------------
 200     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 201     // ----------------
 202     // Function colors
 203     // ----------------
 204     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 205     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 206     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 207     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 208     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 209     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 210     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 211     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 212     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _domain_structure_font_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_FONT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _domain_structure_base_color                           = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_BASE_COLOR_DEFAULT;
 217     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 218     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 219     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 220     private int                             _frame_x_size;
 221     private int                             _frame_y_size;
 222     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 223     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 224     static {
 225         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 226             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 227                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 228                 break;
 229             }
 230         }
 231         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 232             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 233         }
 234     }
 235
 236     public Configuration() {
 237         this( null, false, false, false );
 238     }
 239
 240     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 241         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 242             config_filename = default_config_filename;
 243         }
 244         else {
 245             config_filename = cf;
 246         }
 247         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 248         config_filename = config_filename.trim();
 249         URL u = null;
 250         if ( is_url ) {
 251             // If URL, open accordingly
 252             try {
 253                 u = new URL( config_filename );
 254                 try {
 255                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 256                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 257                     readConfig( bf );
 258                     bf.close();
 259                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 260                             + config_filename + "]" );
 261                 }
 262                 catch ( final Exception e ) {
 263                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 264                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 265                 }
 266             }
 267             catch ( final Exception e ) {
 268                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 269                         + config_filename + "]" );
 270             }
 271         }
 272         else {
 273             // Otherwise, open as a file
 274             File f = new File( config_filename );
 275             if ( !f.exists() ) {
 276                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 277             }
 278             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 279                 try {
 280                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 281                     readConfig( bf );
 282                     bf.close();
 283                 }
 284                 catch ( final Exception e ) {
 285                     if ( verbose ) {
 286                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 287                                 + config_filename + "]: " + e );
 288                     }
 289                 }
 290             }
 291             else {
 292                 if ( verbose ) {
 293                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 294                             + config_filename + "]" );
 295                 }
 296             }
 297         }
 298     }
 299
 300     public String getBaseFontFamilyName() {
 301         return _base_font_family_name;
 302     }
 303
 304     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 305         return _default_bootstrap_samples;
 306     }
 307
 308     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 309         return _default_node_fill;
 310     }
 311
 312     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 313         return _default_node_shape;
 314     }
 315
 316     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 317         return _default_node_shape_size;
 318     }
 319
 320     public Color getDomainStructureBaseColor() {
 321         return _domain_structure_base_color;
 322     }
 323
 324     public Color getDomainStructureFontColor() {
 325         return _domain_structure_font_color;
 326     }
 327
 328     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 329         return _ext_desc_data_to_return;
 330     }
 331
 332     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 333         return _ext_node_data_return_on;
 334     }
 335
 336     public int getFrameXSize() {
 337         return _frame_x_size;
 338     }
 339
 340     public int getFrameYSize() {
 341         return _frame_y_size;
 342     }
 343
 344     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 345         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 346     }
 347
 348     public File getPathToLocalFastme() {
 349         return _path_to_local_fastme;
 350     }
 351
 352     public File getpathToLocalMafft() {
 353         return _path_to_local_mafft;
 354     }
 355
 356     public File getPathToLocalRaxml() {
 357         return _path_to_local_raxml;
 358     }
 359
 360     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 361         return _abbreviate_scientific_names;
 362     }
 363
 364     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 365         return _background_color_gradient;
 366     }
 367
 368     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 369         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 370     }
 371
 372     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 373         return _show_default_node_shapes_external;
 374     }
 375
 376     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 377         return _show_default_node_shapes_internal;
 378     }
 379
 380     public boolean isShowDomainLabels() {
 381         return _show_domain_labels;
 382     }
 383
 384     public boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 385         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 386     }
 387
 388     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 389         getDisplayColors().put( key, color );
 390     }
 391
 392     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 393         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 394     }
 395
 396     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 397         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 398     }
 399
 400     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 401         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 402     }
 403
 404     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 405         _base_font_size = base_font_size;
 406     }
 407
 408     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
 409         _max_base_font_size = max_base_font_size;
 410     }
 411
 412     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
 413         _min_base_font_size = min_base_font_size;
 414     }
 415
 416     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 417         display_options[ color_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 418     }
 419
 420     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 421         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 422     }
 423
 424     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 425         _default_node_fill = default_node_fill;
 426     }
 427
 428     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 429         _default_node_shape = default_node_shape;
 430     }
 431
 432     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 433         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 434     }
 435
 436     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 437         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 438     }
 439
 440     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 441         _display_colors = display_colors;
 442     }
 443
 444     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 445         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 446     }
 447
 448     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 449         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 450     }
 451
 452     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 453         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 454     }
 455
 456     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 457         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 458     }
 459
 460     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 461         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 462     }
 463
 464     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 465         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 466     }
 467
 468     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 469         display_options[ show_gene_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 470     }
 471
 472     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 473         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 474     }
 475
 476     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 477         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 478     }
 479
 480     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 481         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 482     }
 483
 484     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 485         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 486     }
 487
 488     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 489         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 490     }
 491
 492     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 493         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 494     }
 495
 496     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 497         _frame_x_size = frame_x_size;
 498     }
 499
 500     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 501         _frame_y_size = frame_y_size;
 502     }
 503
 504     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 505         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 506     }
 507
 508     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 509         _node_label_direction = node_label_direction;
 510     }
 511
 512     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 513         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 514     }
 515
 516     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 517         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 518     }
 519
 520     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 521         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 522     }
 523
 524     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 525         _print_line_width = print_line_width;
 526     }
 527
 528     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 529         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 530     }
 531
 532     public void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 533         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 534     }
 535
 536     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 537         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 538     }
 539
 540     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 541         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 542     }
 543
 544     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 545         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 546     }
 547
 548     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 549         _show_scale = show_scale;
 550     }
 551
 552     public void setTaxonomyColorize( final boolean b ) {
 553         display_options[ color_according_to_species ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 554     }
 555
 556     public void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 557         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 558     }
 559
 560     public void setUseBranchesWidths( final boolean b ) {
 561         display_options[ width_branches ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 562     }
 563
 564     boolean displaySequenceRelations() {
 565         return _display_sequence_relations;
 566     }
 567
 568     boolean doCheckOption( final int which ) {
 569         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 570                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 571     }
 572
 573     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 574         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 575     }
 576
 577     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 578         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 579     }
 580
 581     /**
 582      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 583      * this or not (e.g. phylogram)
 584      *
 585      */
 586     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 587         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 588     }
 589
 590     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 591         if ( _annotation_colors == null ) {
 592             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 593         }
 594         return _annotation_colors;
 595     }
 596
 597     int getBaseFontSize() {
 598         return _base_font_size;
 599     }
 600
 601     int getMinBaseFontSize() {
 602         return _min_base_font_size;
 603     }
 604
 605     int getMaxBaseFontSize() {
 606         return _max_base_font_size;
 607     }
 608
 609     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 610         return _cladogram_type;
 611     }
 612
 613     int getClickToOptionsCount() {
 614         return clickto_options.length;
 615     }
 616
 617     String getClickToTitle( final int which ) {
 618         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 619     }
 620
 621     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 622         return default_clickto;
 623     }
 624
 625     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 626         return _display_colors;
 627     }
 628
 629     String getDisplayTitle( final int which ) {
 630         return display_options[ which ][ 0 ];
 631     }
 632
 633     Map<String, Color> getDomainColors() {
 634         if ( _domain_colors == null ) {
 635             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 636         }
 637         return _domain_colors;
 638     }
 639
 640     int getGraphicsExportX() {
 641         return _graphics_export_x;
 642     }
 643
 644     int getGraphicsExportY() {
 645         return _graphics_export_y;
 646     }
 647
 648     Color getGuiBackgroundColor() {
 649         return _gui_background_color;
 650     }
 651
 652     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 653         return _gui_button_background_color;
 654     }
 655
 656     Color getGuiButtonBorderColor() {
 657         return _gui_button_border_color;
 658     }
 659
 660     Color getGuiButtonTextColor() {
 661         return _gui_button_text_color;
 662     }
 663
 664     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 665         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 666     }
 667
 668     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 669         return _gui_checkbox_text_color;
 670     }
 671
 672     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 673         return _gui_menu_background_color;
 674     }
 675
 676     Color getGuiMenuTextColor() {
 677         return _gui_menu_text_color;
 678     }
 679
 680     double getMinConfidenceValue() {
 681         return _min_confidence_value;
 682     }
 683
 684     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 685         return _node_label_direction;
 686     }
 687
 688     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 689         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 690     }
 691
 692     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 693         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 694     }
 695
 696     short getOvMaxHeight() {
 697         return _ov_max_height;
 698     }
 699
 700     short getOvMaxWidth() {
 701         return _ov_max_width;
 702     }
 703
 704     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 705         return _ov_placement;
 706     }
 707
 708     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 709         return _phylogeny_graphics_type;
 710     }
 711
 712     float getPrintLineWidth() {
 713         return _print_line_width;
 714     }
 715
 716     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 717         if ( _species_colors == null ) {
 718             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 719         }
 720         return _species_colors;
 721     }
 722
 723     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 724         return _taxonomy_extraction;
 725     }
 726
 727     boolean isAntialiasScreen() {
 728         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 729             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 730             return false;
 731         }
 732         return _antialias_screen;
 733     }
 734
 735     /**
 736      * Convenience method.
 737      *
 738      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 739      */
 740     boolean isDrawAsPhylogram() {
 741         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 742     }
 743
 744     boolean isEditable() {
 745         return _editable;
 746     }
 747
 748     /**
 749      * Only used by ArchaeoptryxE.
 750      *
 751      */
 752     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 753         return _hide_controls_and_menus;
 754     }
 755
 756     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 757         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 758     }
 759
 760     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 761         return _nh_parsing_replace_underscores;
 762     }
 763
 764     boolean isShowBranchLengthValues() {
 765         return _show_branch_length_values;
 766     }
 767
 768     boolean isShowOverview() {
 769         return _show_overview;
 770     }
 771
 772     boolean isShowScale() {
 773         return _show_scale;
 774     }
 775
 776     final boolean isUseNativeUI() {
 777         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 778             _ui = UI.NATIVE;
 779         }
 780         return _ui == UI.NATIVE;
 781     }
 782
 783     /**
 784      * Only used by ArchaeoptryxE.
 785      *
 786      */
 787     boolean isUseTabbedDisplay() {
 788         return _use_tabbed_display;
 789     }
 790
 791     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 792         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 793     }
 794
 795     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 796         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 797     }
 798
 799     private int getClickToIndex( final String name ) {
 800         int index = -1;
 801         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 802             index = Configuration.display_node_data;
 803             ForesterUtil
 804                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 805                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 806         }
 807         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 808             index = Configuration.display_node_data;
 809         }
 810         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 811             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 812         }
 813         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 814             index = Configuration.reroot;
 815         }
 816         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 817             index = Configuration.subtree;
 818         }
 819         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 820             index = Configuration.swap;
 821         }
 822         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 823             index = Configuration.sort_descendents;
 824         }
 825         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 826             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 827         }
 828         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 829             ForesterUtil
 830                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 831             return DEPRECATED;
 832         }
 833         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 834             index = Configuration.open_seq_web;
 835         }
 836         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 837             index = Configuration.open_tax_web;
 838         }
 839         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 840             index = Configuration.blast;
 841         }
 842         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 843             index = Configuration.cut_subtree;
 844         }
 845         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 846             index = Configuration.copy_subtree;
 847         }
 848         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 849             index = Configuration.paste_subtree;
 850         }
 851         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 852             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 853         }
 854         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 855             index = Configuration.add_new_node;
 856         }
 857         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 858             index = Configuration.edit_node_data;
 859         }
 860         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 861             index = Configuration.select_nodes;
 862         }
 863         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 864             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 865                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 866             return DEPRECATED;
 867         }
 868         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 869             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 870             return DEPRECATED;
 871         }
 872         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 873             index = Configuration.color_subtree;
 874         }
 875         return index;
 876     }
 877
 878     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 879         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 880         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 881             return true;
 882         }
 883         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 884             return false;
 885         }
 886         else {
 887             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 888             return false;
 889         }
 890     }
 891
 892     private double parseDouble( final String str ) {
 893         double d = 0.0;
 894         try {
 895             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 896         }
 897         catch ( final Exception e ) {
 898             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 899             d = 0.0;
 900         }
 901         return d;
 902     }
 903
 904     private float parseFloat( final String str ) {
 905         float f = 0.0f;
 906         try {
 907             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 908         }
 909         catch ( final Exception e ) {
 910             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 911             f = 0.0f;
 912         }
 913         return f;
 914     }
 915
 916     private int parseInt( final String str ) {
 917         int i = -1;
 918         try {
 919             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 920         }
 921         catch ( final Exception e ) {
 922             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 923             i = -1;
 924         }
 925         return i;
 926     }
 927
 928     private short parseShort( final String str ) {
 929         short i = -1;
 930         try {
 931             i = Short.parseShort( str.trim() );
 932         }
 933         catch ( final Exception e ) {
 934             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 935             i = -1;
 936         }
 937         return i;
 938     }
 939
 940     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 941         setBaseFontFamilyName( "" );
 942         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 943         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 944         for( String font : fonts ) {
 945             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 946             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 947                 setBaseFontFamilyName( font );
 948                 break;
 949             }
 950         }
 951     }
 952
 953     /**
 954      * read each line of config file, process non-comment lines
 955      * @throws IOException
 956      */
 957     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 958         String line;
 959         do {
 960             line = conf_in.readLine();
 961             if ( line != null ) {
 962                 line = line.trim();
 963                 // skip comments and blank lines
 964                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 965                     // convert runs of spaces to tabs
 966                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 967                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 968                     setKeyValue( st );
 969                 }
 970             }
 971         } while ( line != null );
 972     }
 973
 974     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 975         _antialias_screen = antialias_screen;
 976     }
 977
 978     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 979         _cladogram_type = cladogram_type;
 980     }
 981
 982     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 983         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 984     }
 985
 986     private void setEditable( final boolean editable ) {
 987         _editable = editable;
 988     }
 989
 990     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
 991         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
 992     }
 993
 994     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 995         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 996     }
 997
 998     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 999         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1000     }
1001
1002     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1003         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1004     }
1005
1006     /**
1007      * Set a key-value(s) tuple
1008      */
1009     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1010         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1011         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1012             return;
1013         }
1014         // Handle single value settings first:
1015         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1016             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1017             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1018             if ( default_clickto == -1 ) {
1019                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1020                         + "] for [default_click_to]" );
1021                 default_clickto = 0;
1022             }
1023             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1024                 // Deprecated.
1025             }
1026         }
1027         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1028             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1029             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1030                 _ui = UI.NATIVE;
1031             }
1032             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1033                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1034             }
1035             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1036                 _ui = UI.UNKNOWN;
1037             }
1038             else {
1039                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1040                         + "]" );
1041                 _ui = UI.UNKNOWN;
1042             }
1043         }
1044         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1045             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1046         }
1047         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1048             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1049         }
1050         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1051             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1052             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1053                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1054             }
1055             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1056                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1057             }
1058             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1059                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1060             }
1061             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1062                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1063             }
1064             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1065                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1066             }
1067             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1068                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1069             }
1070             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1071                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1072             }
1073             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1074                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1075             }
1076             else {
1077                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1078                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1079                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1080             }
1081         }
1082         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1083             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1084             final double d = parseDouble( mcv_str );
1085             setMinConfidenceValue( d );
1086         }
1087         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1088             processFontFamily( st );
1089         }
1090         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1091             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1092             final int i = parseInt( size_str );
1093             if ( i > 0 ) {
1094                 setBaseFontSize( i );
1095             }
1096         }
1097         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1098             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1099             final int i = parseInt( size_str );
1100             if ( i > 0 ) {
1101                 setMinBaseFontSize( i );
1102             }
1103         }
1104         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1105             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1106             final int i = parseInt( size_str );
1107             if ( i > 1 ) {
1108                 setMaxBaseFontSize( i );
1109             }
1110         }
1111         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1112             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1113             final int i = parseInt( str );
1114             if ( i > 0 ) {
1115                 setGraphicsExportX( i );
1116             }
1117         }
1118         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1119             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1120             final int i = parseInt( str );
1121             if ( i > 0 ) {
1122                 setGraphicsExportY( i );
1123             }
1124         }
1125         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1126             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1127             final float f = parseFloat( str );
1128             if ( f > 0 ) {
1129                 setPrintLineWidth( f );
1130             }
1131             else {
1132                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1133                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1134             }
1135         }
1136         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1137             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1138             final int i = parseInt( str );
1139             if ( i > 0 ) {
1140                 setFrameXSize( i );
1141             }
1142         }
1143         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1144             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1145             final int i = parseInt( str );
1146             if ( i > 0 ) {
1147                 setFrameYSize( i );
1148             }
1149         }
1150         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1151             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1152             final int i = parseInt( str );
1153             if ( i >= 0 ) {
1154                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1155             }
1156             else {
1157                 ForesterUtil
1158                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1159                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1160             }
1161         }
1162         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1163             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1164             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1165                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1166             }
1167         }
1168         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1169             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1170             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1171                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1172             }
1173         }
1174         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1175             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1176             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1177                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1178             }
1179         }
1180         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1181             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1182         }
1183         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1184             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1185         }
1186         else if ( key.equals( "show_branch_length_values" ) ) {
1187             setShowBranchLengthValues( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1188         }
1189         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1190             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1191         }
1192         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1193             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1194         }
1195         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1196             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1197         }
1198         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1199             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1200         }
1201         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1202             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1203         }
1204         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1205             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1206             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1207                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1208             }
1209             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1210                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1211             }
1212             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1213                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1214             }
1215             else {
1216                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1217                         + "] for [cladogram_type]" );
1218             }
1219         }
1220         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1221             ForesterUtil
1222                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1223                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1224         }
1225         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1226             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1227         }
1228         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1229             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1230         }
1231         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1232             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1233             setOvMaxWidth( i );
1234         }
1235         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1236             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1237             setOvMaxHeight( i );
1238         }
1239         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1240             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1241             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1242                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1243             }
1244             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1245                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1246             }
1247             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1248                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1249             }
1250             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1251                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1252             }
1253             else {
1254                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1255                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1256                         + "] for [overview_placement_type]" );
1257             }
1258         }
1259         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1260             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1261             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1262                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1263             }
1264             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1265                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1266             }
1267             else {
1268                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1269                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1270                         + "] for [node_label_direction]" );
1271             }
1272         }
1273         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1274             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1275             if ( i >= 0 ) {
1276                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1277             }
1278             else {
1279                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1280                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1281             }
1282         }
1283         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1284             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1285             if ( i >= 0 ) {
1286                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1287             }
1288             else {
1289                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1290                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1291             }
1292         }
1293         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1294             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1295         }
1296         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1297             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1298         }
1299         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1300             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1301             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1302                 ForesterUtil
1303                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1304                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1305             }
1306             else {
1307                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1308             }
1309         }
1310         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1311             final String s = ( String ) st.nextElement();
1312             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1313                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1314             }
1315             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1316                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1317             }
1318             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1319                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1320             }
1321             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1322                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1323             }
1324             else {
1325                 ForesterUtil
1326                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1327                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1328                                                       + s
1329                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1330             }
1331             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1332                 ForesterUtil
1333                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1334                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1335             }
1336         }
1337         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1338             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1339         }
1340         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1341             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1342         }
1343         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1344             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1345         }
1346         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1347             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1348         }
1349         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1350             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1351         }
1352         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1353             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1354         }
1355         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1356             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1357         }
1358         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1359             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1360         }
1361         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1362             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1363         }
1364         else if ( key.equals( "domain_structure_font_color" ) ) {
1365             _domain_structure_font_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1366         }
1367         else if ( key.equals( "domain_structure_base_color" ) ) {
1368             _domain_structure_base_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1369         }
1370         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1371             ForesterUtil
1372                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1373                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1374             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1375             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1376             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1377         }
1378         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1379             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1380         }
1381         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1382             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1383         }
1384         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1385             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1386             setDefaultNodeShapeSize( i );
1387         }
1388         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1389             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1390             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1391                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1392             }
1393             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1394                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1395             }
1396             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1397                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1398             }
1399             else {
1400                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1401                         + "] for [default_node_fill]" );
1402             }
1403         }
1404         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1405             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1406             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1407                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1408             }
1409             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1410                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1411             }
1412             else {
1413                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1414                         + "] for [default_node_shape]" );
1415             }
1416         }
1417         else if ( key.equals( "taxonomy_colorize_node_shapes" ) ) {
1418             setTaxonomyColorizeNodeShapes( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1419         }
1420         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1421             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1422         }
1423         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1424             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1425             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1426                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1427             }
1428             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1429                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1430             }
1431             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1432                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1433             }
1434             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1435                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1436             }
1437             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1438                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1439             }
1440             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1441                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1442             }
1443             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1444                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1445             }
1446             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1447                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1448             }
1449             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1450                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1451             }
1452             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1453                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1454             }
1455             else {
1456                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1457                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1458             }
1459         }
1460         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1461             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1462             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1463                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1464                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1465             }
1466             else {
1467                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1468             }
1469         }
1470         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1471             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1472             if ( s.equals( "console" ) ) {
1473                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1474             }
1475             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1476                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1477             }
1478             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1479                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1480             }
1481             else {
1482                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1483                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1484             }
1485         }
1486         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1487             // yet retrieved!
1488             int key_index = -1;
1489             if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) || key.equals( "phylogram" ) ) {
1490                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1491                 if ( key.equals( "use_real_br_lengths" ) ) {
1492                     ForesterUtil
1493                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1494                                                   "configuration key [use_real_br_lengths] is deprecated, use [phylogram] instead" );
1495                 }
1496             }
1497             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1498                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1499             }
1500             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1501                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1502             }
1503             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1504                 key_index = Configuration.show_node_names;
1505             }
1506             else if ( key.equals( "show_taxonomy" ) || key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1507                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1508                 if ( key.equals( "show_taxonomy" ) ) {
1509                     ForesterUtil
1510                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1511                                                   "configuration key [show_taxonomy] is deprecated, use [show_taxonomy_code] instead" );
1512                 }
1513             }
1514             else if ( key.equals( "write_br_length_values" ) ) {
1515                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1516                                                   "configuration key [write_br_length_values] is deprecated" );
1517                 key_index = DEPRECATED;
1518             }
1519             else if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) || key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1520                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1521                 if ( key.equals( "write_bootstrap_values" ) ) {
1522                     ForesterUtil
1523                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1524                                                   "configuration key [write_bootstrap_values] is deprecated, use [write_confidence_values] instead" );
1525                 }
1526             }
1527             else if ( key.equals( "write_events" ) || key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1528                 key_index = Configuration.write_events;
1529                 if ( key.equals( "write_dup_spec" ) ) {
1530                     ForesterUtil
1531                             .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1532                                                   "configuration key [write_dup_spec] is deprecated, use [write_events] instead" );
1533                 }
1534             }
1535             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.color_branches;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.width_branches;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "mark_nodes_with_box" ) ) {
1542                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1543                                                   "configuration key [mark_nodes_with_box] is deprecated" );
1544                 key_index = DEPRECATED;
1545             }
1546             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1547                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1548             }
1549             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1550                 key_index = Configuration.show_annotation;
1551             }
1552             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1553                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1554             }
1555             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1556                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1557             }
1558             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1559                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1560             }
1561             else if ( key.equals( "show_gene_symbols" ) ) {
1562                 key_index = Configuration.show_gene_symbols;
1563             }
1564             else if ( key.equals( "show_sequence_acc" ) ) {
1565                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1566             }
1567             else if ( key.equals( "show_node_ids" ) ) {
1568                 ForesterUtil
1569                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [show_node_ids] is deprecated" );
1570                 key_index = DEPRECATED;
1571             }
1572             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1573                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1574             }
1575             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1576                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1577             }
1578             else if ( key.equals( "show_taxonomy_names" ) ) {
1579                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1580                                                   "configuration key [show_taxonomy_names] is deprecated" );
1581                 key_index = DEPRECATED;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1585             }
1586             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1587                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1588             }
1589             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1590                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1591             }
1592             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1593                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1594             }
1595             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1596                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1597             }
1598             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1599                 key_index = Configuration.show_properties;
1600             }
1601             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1602                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1603             }
1604             else if ( key.equals( "show_custom_node_shapes" ) ) {
1605                 key_index = Configuration.show_custom_node_shapes;
1606             }
1607             // If we've found the key, set the values
1608             if ( key_index >= 0 ) {
1609                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1610                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1611                 // otherwise, keep looking
1612             }
1613             else {
1614                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1615                     // Deprecated.
1616                 }
1617                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1618                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1619                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1620                     if ( key_index >= 0 ) {
1621                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1622                     }
1623                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1624                         // Deprecated.
1625                     }
1626                     else {
1627                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1628                                 + click_to_name );
1629                     }
1630                 }
1631                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1632                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1633                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1634                 }
1635                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1636                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1637                 }
1638                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1639                     getAnnotationColors()
1640                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1641                 }
1642                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1643                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1644                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1645                 }
1646                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1647                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1648                 }
1649                 else {
1650                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1651                             + "] in: " + config_filename );
1652                 }
1653             }
1654         }
1655         else {
1656             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1657                     + config_filename );
1658         }
1659     }
1660
1661     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1662         _show_annotation_ref_source = b;
1663     }
1664
1665     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1666         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1667     }
1668
1669     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1670         _ov_max_height = ov_max_height;
1671     }
1672
1673     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1674         _ov_max_width = ov_max_width;
1675     }
1676
1677     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1678         _ov_placement = ov_placement;
1679     }
1680
1681     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1682         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1683     }
1684
1685     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1686         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1687     }
1688
1689     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1690         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1691     }
1692
1693     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1694         _show_overview = show_overview;
1695     }
1696
1697     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1698         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1699     }
1700
1701     static String getDefaultFontFamilyName() {
1702         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1703     }
1704
1705     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1706         CONSOLE, WINODW, BUFFER_ONLY;
1707     }
1708
1709     public enum UI {
1710         NATIVE, CROSSPLATFORM, NIMBUS, UNKNOWN
1711     }
1712
1713     static enum TRIPLET {
1714         TRUE, FALSE, UNKNOWN
1715     }
1716
1717     public boolean isMidpointReroot() {
1718         return _midpoint_root;
1719     }
1720
1721     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
1722         _midpoint_root = midpoint_root;
1723     }
1724
1725     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
1726         return _show_annotation_ref_source;
1727     }
1728 }