forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeDataField;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
  59         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
  60     }
  61
  62     public enum UI {
  63         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
  64     }
  65
  66     static enum TRIPLET {
  67         FALSE, TRUE, UNKNOWN
  68     }
  69     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  70         { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  71         { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  72         { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  73         { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  74         { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  75         { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  76         { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  77         { "List Node Data", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                      };
  78     private final static String             DEFAULT_SPECIES_COLORS[][]                             = {
  79         { "BRAFL", "0x00FFFF" }, { "SPHGR", "0x9620F0" }, { "STRPU", "0x9620F0" }, { "CIOIN", "0xFF1CAE" },
  80         { "CIOSA", "0xFF2CAE" }, { "BOVIN", "0x5C3317" }, { "CANFA", "0x8B2323" }, { "HUMAN", "0xFF2400" },
  81         { "PANTR", "0xCC2400" }, { "MOUSE", "0xFF7F00" }, { "RAT", "0xFFEF00" }, { "MONDO", "0xEE9A49" },
  82         { "ORNAN", "0xCD853F" }, { "XENLA", "0x6BAA23" }, { "XENTR", "0x6BAA23" }, { "CHICK", "0xFFC125" },
  83         { "FUGRU", "0x0000FF" }, { "BRARE", "0x0000DD" }, { "DANRE", "0x0000BB" }, { "TETNG", "0x0000AA" },
  84         { "ORYLA", "0x000088" }, { "GASAC", "0x000066" }, { "CAEEL", "0x666699" }, { "CAEBR", "0xB0B0B0" },
  85         { "DROME", "0x663366" }, { "DROPS", "0x996699" }, { "APIME", "0x7A7700" }, { "AEDAE", "0x8C5900" },
  86         { "TRICA", "0x918E00" }, { "NEMVE", "0x0066CC" }, { "HYDVU", "0x3399FF" }, { "LUBBA", "0xF7B5CB" },
  87         { "GEOCY", "0xF5A0BD" }, { "AMPQE", "0x009966" }, { "SUBDO", "0xC790B9" }, { "MONBE", "0xFC0FC0" },
  88         { "DICPU", "0xFFCC33" }, { "DICDI", "0xFFCC00" }, { "ENTHI", "0x5959AB" }, { "ARATH", "0x00FF00" },
  89         { "POPTR", "0x006400" }, { "VITVI", "0x00CD00" }, { "GLYMA", "0x00FF7F" }, { "ORYSA", "0x008B00" },
  90         { "ORYSJ", "0x008C00" }, { "SORBI", "0x00EE76" }, { "SELMO", "0x238E23" }, { "PHYPA", "0x09F911" },
  91         { "OSTLU", "0x7FFF00" }, { "OSTTA", "0x7FFF00" }, { "OSTRC", "0x7FFF00" }, { "MICPU", "0x66CD00" },
  92         { "MIC99", "0x66CD00" }, { "CHLRE", "0xB3EE3A" }, { "VOLCA", "0xC0FF3E" }, { "CHLSP", "0x6B8E23" },
  93         { "CYAME", "0xD02090" }, { "YEAST", "0xAAAAAA" }, { "BACFR", "0xFF0000" }, { "BACTN", "0xFFFF00" },
  94         { "MYXXD", "0x0000FF" }, { "STIAU", "0x00FFFF" }, { "BACOV", "0x8C5900" }, { "BACUN", "0x66CD00" },
  95         { "PORGI", "0x918E00" }                                                               };
  96     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  97     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  98     final static int                        reroot                                                 = 2;
  99     final static int                        subtree                                                = 3;
 100     final static int                        swap                                                   = 4;
 101     final static int                        color_node_font                                        = 5;
 102     final static int                        change_node_font                                       = 6;
 103     final static int                        color_subtree                                          = 7;
 104     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
 105     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
 106     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
 107     final static int                        blast                                                  = 11;
 108     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
 109     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
 110     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
 111     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
 112     final static int                        add_new_node                                           = 16;
 113     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
 114     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
 115     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
 116     final static int                        select_nodes                                           = 20;
 117     // ------------------
 118     // Click-to options
 119     // ------------------
 120     final static String                     display_options[][]                                    = {
 121         { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
 122         { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
 123         { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
 124         { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
 125         { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
 126         { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
 127         { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
 128         { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 129         { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 130         { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 131         { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 132         { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 133         { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" },
 134         { "Multiple Seq Alignment", "display", "no" }, { "Branch Length Values", "display", "no" } };
 135     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 136     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 137     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 138     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 139     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 140     final static int                        write_events                                           = 5;
 141     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 142     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 143     final static int                        use_style                                              = 8;
 144     final static int                        width_branches                                         = 9;
 145     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 146     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 147     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 148     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 149     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 150     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 151     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 152     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 153     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 154     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 155     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 156     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 157     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 158     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 159     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 160     final static int                        show_properties                                        = 25;
 161     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 162     final static int                        show_mol_seqs                                          = 27;
 163     final static int                        write_branch_length_values                             = 28;
 164     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 165     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 166     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 167     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 168     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 169     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 170     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 171     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 172     // ---------------------------
 173     // Display options for trees
 174     // ---------------------------
 175     // ---------------------------------
 176     // Pertaining to the config itself
 177     // ---------------------------------
 178     // Full path to config (may be URL)
 179     String                                  config_filename;
 180     // This option is selected in the dropdown
 181     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 182     String                                  default_config_filename                                = AptxConstants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 183     // --------------
 184     // Color set
 185     // --------------
 186     TreeColorSet                            tree_color_set;
 187     // -------
 188     // Fonts
 189     // -------
 190     TreeFontSet                             tree_font_set;
 191     boolean                                 verbose                                                = AptxConstants.VERBOSE_DEFAULT;
 192     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 193     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 194     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 195     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 196     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 197     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = AptxConstants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 198     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 199     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 200     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 201     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 202     private short                           _default_node_shape_size                               = AptxConstants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 203     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 204     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 205     private boolean                         _editable                                              = true;
 206     private NodeDataField                   _ext_desc_data_to_return                               = NodeDataField.UNKNOWN;
 207     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 208     private int                             _frame_x_size;
 209     private int                             _frame_y_size;
 210     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 211     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 212     private Color                           _gui_background_color                                  = AptxConstants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 213     private Color                           _gui_button_background_color                           = AptxConstants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 214     private Color                           _gui_button_border_color                               = AptxConstants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 215     private Color                           _gui_button_text_color                                 = AptxConstants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 216     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = AptxConstants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 217     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = AptxConstants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 218     private Color                           _gui_menu_background_color                             = AptxConstants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 219     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = AptxConstants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 220     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 221     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 222     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 223     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 224     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 225     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 226     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 227     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 228     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 229     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 230     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 231     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 232     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 233     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 234     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 235     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 236     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 237     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 238     private float                           _print_line_width                                      = AptxConstants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 239     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 240     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 241     private boolean                         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes             = false;
 242     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 243     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 244     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 245     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 246     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 247     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 248     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 249     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = AptxConstants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 250     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 251     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 252     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 253     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 254     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 255     private boolean                         _line_up_renderable_node_data                          = true;
 256     private boolean                         _right_align_domains                                   = false;
 257     private boolean                         _allow_thick_strokes                                   = false;
 258     static {
 259         for( final String font_name : AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 260             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 261                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 262                 break;
 263             }
 264         }
 265         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 266             DEFAULT_FONT_FAMILY = AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ AptxConstants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 267         }
 268     }
 269
 270     public Configuration() {
 271         this( null, false, false, false );
 272     }
 273
 274     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 275         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 276             config_filename = default_config_filename;
 277         }
 278         else {
 279             config_filename = cf;
 280         }
 281         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 282         config_filename = config_filename.trim();
 283         URL u = null;
 284         if ( is_url ) {
 285             // If URL, open accordingly
 286             try {
 287                 u = new URL( config_filename );
 288                 try {
 289                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 290                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 291                     readConfig( bf );
 292                     bf.close();
 293                     ForesterUtil.programMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 294                             + config_filename + "]" );
 295                 }
 296                 catch ( final Exception e ) {
 297                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 298                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 299                 }
 300             }
 301             catch ( final Exception e ) {
 302                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 303                         + config_filename + "]" );
 304             }
 305         }
 306         else {
 307             // Otherwise, open as a file
 308             File f = new File( config_filename );
 309             if ( !f.exists() ) {
 310                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 311             }
 312             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 313                 try {
 314                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 315                     readConfig( bf );
 316                     bf.close();
 317                 }
 318                 catch ( final Exception e ) {
 319                     if ( verbose ) {
 320                         ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 321                                 + config_filename + "]: " + e );
 322                     }
 323                 }
 324             }
 325             else {
 326                 if ( verbose ) {
 327                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 328                             + config_filename + "]" );
 329                 }
 330             }
 331         }
 332     }
 333
 334     public String getBaseFontFamilyName() {
 335         return _base_font_family_name;
 336     }
 337
 338     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 339         return _default_bootstrap_samples;
 340     }
 341
 342     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 343         return _default_node_fill;
 344     }
 345
 346     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 347         return _default_node_shape;
 348     }
 349
 350     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 351         return _default_node_shape_size;
 352     }
 353
 354     public NodeDataField getExtDescNodeDataToReturn() {
 355         return _ext_desc_data_to_return;
 356     }
 357
 358     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 359         return _ext_node_data_return_on;
 360     }
 361
 362     public int getFrameXSize() {
 363         return _frame_x_size;
 364     }
 365
 366     public int getFrameYSize() {
 367         return _frame_y_size;
 368     }
 369
 370     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 371         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 372     }
 373
 374     public File getPathToLocalFastme() {
 375         return _path_to_local_fastme;
 376     }
 377
 378     public File getPathToLocalMafft() {
 379         return _path_to_local_mafft;
 380     }
 381
 382     public File getPathToLocalRaxml() {
 383         return _path_to_local_raxml;
 384     }
 385
 386     public double getVectorDataHeight() {
 387         return _vector_data_height;
 388     }
 389
 390     public Color getVectorDataMaxColor() {
 391         return _vector_data_max_color;
 392     }
 393
 394     public Color getVectorDataMeanColor() {
 395         return _vector_data_mean_color;
 396     }
 397
 398     public Color getVectorDataMinColor() {
 399         return _vector_data_min_color;
 400     }
 401
 402     public int getVectorDataWidth() {
 403         return _vector_data_width;
 404     }
 405
 406     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 407         return _abbreviate_scientific_names;
 408     }
 409
 410     public boolean isAllowThickStrokes() {
 411         return _allow_thick_strokes;
 412     }
 413
 414     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 415         return _background_color_gradient;
 416     }
 417
 418     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 419         return false;
 420     }
 421
 422     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 423         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 424     }
 425
 426     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 427         return _line_up_renderable_node_data;
 428     }
 429
 430     public boolean isMidpointReroot() {
 431         return _midpoint_root;
 432     }
 433
 434     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 435         return _right_align_domains;
 436     }
 437
 438     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 439         return _show_annotation_ref_source;
 440     }
 441
 442     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 443         return _show_default_node_shapes_external;
 444     }
 445
 446     public boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 447         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 448     }
 449
 450     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 451         return _show_default_node_shapes_internal;
 452     }
 453
 454     public boolean isShowDomainLabels() {
 455         return _show_domain_labels;
 456     }
 457
 458     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 459         getDisplayColors().put( key, color );
 460     }
 461
 462     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 463         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 464     }
 465
 466     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 467         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 468     }
 469
 470     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 471         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 472     }
 473
 474     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 475         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 476     }
 477
 478     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 479         _base_font_size = base_font_size;
 480     }
 481
 482     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 483         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 484     }
 485
 486     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 487         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 488     }
 489
 490     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 491         _default_node_fill = default_node_fill;
 492     }
 493
 494     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 495         _default_node_shape = default_node_shape;
 496     }
 497
 498     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 499         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 500     }
 501
 502     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 503         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 504     }
 505
 506     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 507         _display_colors = display_colors;
 508     }
 509
 510     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 511         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 512     }
 513
 514     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 515         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 516     }
 517
 518     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 519         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 520     }
 521
 522     public void setDisplayMultipleSequenceAlignment( final boolean b ) {
 523         display_options[ show_mol_seqs ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 524     }
 525
 526     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 527         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 528     }
 529
 530     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 531         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 532     }
 533
 534     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 535         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 536     }
 537
 538     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 539         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 540     }
 541
 542     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 543         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 544     }
 545
 546     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 547         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 548     }
 549
 550     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 551         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 552     }
 553
 554     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 555         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 556     }
 557
 558     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 559         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 560     }
 561
 562     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 563         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 564     }
 565
 566     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NodeDataField ext_desc_data_to_return ) {
 567         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 568     }
 569
 570     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 571         _frame_x_size = frame_x_size;
 572     }
 573
 574     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 575         _frame_y_size = frame_y_size;
 576     }
 577
 578     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
 579         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
 580     }
 581
 582     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 583         _midpoint_root = midpoint_root;
 584     }
 585
 586     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 587         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 588     }
 589
 590     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 591         _node_label_direction = node_label_direction;
 592     }
 593
 594     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 595         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 596     }
 597
 598     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 599         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 600     }
 601
 602     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 603         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 604     }
 605
 606     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 607         _print_line_width = print_line_width;
 608     }
 609
 610     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 611         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 612     }
 613
 614     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
 615         _right_align_domains = right_align_domains;
 616     }
 617
 618     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 619         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 620     }
 621
 622     public void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
 623         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 624     }
 625
 626     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 627         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 628     }
 629
 630     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 631         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 632     }
 633
 634     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 635         _show_scale = show_scale;
 636     }
 637
 638     public void setUseStyle( final boolean b ) {
 639         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 640     }
 641
 642     private int getClickToIndex( final String name ) {
 643         int index = -1;
 644         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 645             index = Configuration.display_node_data;
 646             ForesterUtil
 647             .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 648                                   "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 649         }
 650         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 651             index = Configuration.display_node_data;
 652         }
 653         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 654             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 655         }
 656         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 657             index = Configuration.reroot;
 658         }
 659         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 660             index = Configuration.subtree;
 661         }
 662         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 663             index = Configuration.swap;
 664         }
 665         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 666             index = Configuration.sort_descendents;
 667         }
 668         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 669             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 670         }
 671         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 672             ForesterUtil
 673             .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 674             return DEPRECATED;
 675         }
 676         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 677             index = Configuration.open_seq_web;
 678         }
 679         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 680             index = Configuration.open_pdb_web;
 681         }
 682         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 683             index = Configuration.open_tax_web;
 684         }
 685         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 686             index = Configuration.blast;
 687         }
 688         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 689             index = Configuration.cut_subtree;
 690         }
 691         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 692             index = Configuration.copy_subtree;
 693         }
 694         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 695             index = Configuration.paste_subtree;
 696         }
 697         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 698             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 699         }
 700         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 701             index = Configuration.add_new_node;
 702         }
 703         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 704             index = Configuration.edit_node_data;
 705         }
 706         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 707             index = Configuration.select_nodes;
 708         }
 709         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 710             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 711                     "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 712             return DEPRECATED;
 713         }
 714         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 715             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 716             return DEPRECATED;
 717         }
 718         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 719             index = Configuration.color_subtree;
 720         }
 721         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 722             index = Configuration.change_node_font;
 723         }
 724         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 725             index = Configuration.color_node_font;
 726         }
 727         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 728             index = Configuration.color_subtree;
 729         }
 730         return index;
 731     }
 732
 733     private final void initSpeciesColors() {
 734         _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 735         for( final String[] s : DEFAULT_SPECIES_COLORS ) {
 736             _species_colors.put( s[ 0 ], Color.decode( s[ 1 ] ) );
 737         }
 738     }
 739
 740     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 741         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 742         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 743             return true;
 744         }
 745         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 746             return false;
 747         }
 748         else {
 749             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 750             return false;
 751         }
 752     }
 753
 754     private double parseDouble( final String str ) {
 755         double d = 0.0;
 756         try {
 757             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 758         }
 759         catch ( final Exception e ) {
 760             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 761             d = 0.0;
 762         }
 763         return d;
 764     }
 765
 766     private float parseFloat( final String str ) {
 767         float f = 0.0f;
 768         try {
 769             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 770         }
 771         catch ( final Exception e ) {
 772             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 773             f = 0.0f;
 774         }
 775         return f;
 776     }
 777
 778     private int parseInt( final String str ) {
 779         int i = -1;
 780         try {
 781             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 782         }
 783         catch ( final Exception e ) {
 784             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 785             i = -1;
 786         }
 787         return i;
 788     }
 789
 790     private short parseShort( final String str ) {
 791         short i = -1;
 792         try {
 793             i = Short.parseShort( str.trim() );
 794         }
 795         catch ( final Exception e ) {
 796             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 797             i = -1;
 798         }
 799         return i;
 800     }
 801
 802     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 803         setBaseFontFamilyName( "" );
 804         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 805         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 806         for( String font : fonts ) {
 807             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 808             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 809                 setBaseFontFamilyName( font );
 810                 break;
 811             }
 812         }
 813     }
 814
 815     /**
 816      * read each line of config file, process non-comment lines
 817      * @throws IOException
 818      */
 819     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 820         String line;
 821         do {
 822             line = conf_in.readLine();
 823             if ( line != null ) {
 824                 line = line.trim();
 825                 // skip comments and blank lines
 826                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 827                     // convert runs of spaces to tabs
 828                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 829                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 830                     setKeyValue( st );
 831                 }
 832             }
 833         } while ( line != null );
 834     }
 835
 836     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 837         _antialias_screen = antialias_screen;
 838     }
 839
 840     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 841         _cladogram_type = cladogram_type;
 842     }
 843
 844     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 845         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 846     }
 847
 848     private void setEditable( final boolean editable ) {
 849         _editable = editable;
 850     }
 851
 852     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
 853         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
 854     }
 855
 856     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
 857         _graphics_export_x = graphics_export_x;
 858     }
 859
 860     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
 861         _graphics_export_y = graphics_export_y;
 862     }
 863
 864     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 865         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 866     }
 867
 868     /**
 869      * Set a key-value(s) tuple
 870      */
 871     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
 872         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
 873         if ( !st.hasMoreElements() ) {
 874             return;
 875         }
 876         // Handle single value settings first:
 877         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
 878             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
 879             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
 880             if ( default_clickto == -1 ) {
 881                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
 882                                                   + "] for [default_click_to]" );
 883                 default_clickto = 0;
 884             }
 885             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
 886                 // Deprecated.
 887             }
 888         }
 889         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
 890             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
 891             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 892                 _ui = UI.NATIVE;
 893             }
 894             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 895                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
 896             }
 897             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
 898                 _ui = UI.UNKNOWN;
 899             }
 900             else {
 901                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
 902                                                   + "]" );
 903                 _ui = UI.UNKNOWN;
 904             }
 905         }
 906         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
 907             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 908         }
 909         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
 910             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
 911         }
 912         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
 913             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 914             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
 915                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 916             }
 917             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
 918                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 919             }
 920             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
 921                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 922             }
 923             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
 924                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 925             }
 926             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
 927                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 928             }
 929             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
 930                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 931             }
 932             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
 933                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 934             }
 935             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
 936                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 937             }
 938             else {
 939                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 940                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
 941                                                   + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
 942             }
 943         }
 944         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
 945             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 946             final double d = parseDouble( mcv_str );
 947             setMinConfidenceValue( d );
 948         }
 949         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
 950             processFontFamily( st );
 951         }
 952         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
 953             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 954             final int i = parseInt( size_str );
 955             if ( i > 0 ) {
 956                 setBaseFontSize( i );
 957             }
 958         }
 959         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
 960             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 961             final int i = parseInt( size_str );
 962             if ( i > 0 ) {
 963                 setMinBaseFontSize( i );
 964             }
 965         }
 966         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
 967             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 968             final int i = parseInt( size_str );
 969             if ( i > 1 ) {
 970                 setMaxBaseFontSize( i );
 971             }
 972         }
 973         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
 974             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 975             final int i = parseInt( str );
 976             if ( i > 0 ) {
 977                 setGraphicsExportX( i );
 978             }
 979         }
 980         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
 981             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 982             final int i = parseInt( str );
 983             if ( i > 0 ) {
 984                 setGraphicsExportY( i );
 985             }
 986         }
 987         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
 988             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 989             final float f = parseFloat( str );
 990             if ( f > 0 ) {
 991                 setPrintLineWidth( f );
 992             }
 993             else {
 994                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
 995                         "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
 996             }
 997         }
 998         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
 999             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1000             final int i = parseInt( str );
1001             if ( i > 0 ) {
1002                 setFrameXSize( i );
1003             }
1004         }
1005         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1006             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1007             final int i = parseInt( str );
1008             if ( i > 0 ) {
1009                 setFrameYSize( i );
1010             }
1011         }
1012         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1013             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1014             final int i = parseInt( str );
1015             if ( i >= 0 ) {
1016                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1017             }
1018             else {
1019                 ForesterUtil
1020                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1021                                       "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1022             }
1023         }
1024         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1025             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1026             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1027                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1028             }
1029         }
1030         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1031             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1032             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1033                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1034             }
1035         }
1036         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1037             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1038             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1039                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1040             }
1041         }
1042         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1043             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1044         }
1045         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1046             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1047         }
1048         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1049             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1050         }
1051         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1052             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1053         }
1054         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1055             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1056         }
1057         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1058             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1059         }
1060         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1061             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1062         }
1063         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1064             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1065             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1066                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1067             }
1068             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1069                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1070             }
1071             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1072                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1073             }
1074             else {
1075                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1076                                                   + "] for [cladogram_type]" );
1077             }
1078         }
1079         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1080             ForesterUtil
1081             .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1082                                   "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1083         }
1084         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1085             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1086         }
1087         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1088             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1089         }
1090         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1091             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1092             setOvMaxWidth( i );
1093         }
1094         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1095             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1096             setOvMaxHeight( i );
1097         }
1098         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1099             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1100             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1101                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1102             }
1103             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1104                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1105             }
1106             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1107                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1108             }
1109             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1110                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1111             }
1112             else {
1113                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1114                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1115                                                   + "] for [overview_placement_type]" );
1116             }
1117         }
1118         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1119             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1120             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1121                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1122             }
1123             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1124                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1125             }
1126             else {
1127                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1128                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1129                                                   + "] for [node_label_direction]" );
1130             }
1131         }
1132         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1133             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1134             if ( i >= 0 ) {
1135                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1136             }
1137             else {
1138                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1139                                                   + "] for [branch_length_value_digits]" );
1140             }
1141         }
1142         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1143             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1144             if ( i >= 0 ) {
1145                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1146             }
1147             else {
1148                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1149                                                   + "] for [confidence_value_digits]" );
1150             }
1151         }
1152         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1153             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1154         }
1155         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1156             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1157         }
1158         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1159             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1160             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1161                 ForesterUtil
1162                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1163                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1164             }
1165             else {
1166                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1167             }
1168         }
1169         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1170             final String s = ( String ) st.nextElement();
1171             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1172                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1173             }
1174             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1175                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1176             }
1177             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1178                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1179             }
1180             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1181                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1182             }
1183             else {
1184                 ForesterUtil
1185                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1186                                       "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1187                                               + s
1188                                               + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1189             }
1190             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1191                 ForesterUtil
1192                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1193                                       "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1194             }
1195         }
1196         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1197             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1198         }
1199         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1200             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1201         }
1202         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1203             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1204         }
1205         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1206             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1207         }
1208         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1209             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1210         }
1211         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1212             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1213         }
1214         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1215             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1216         }
1217         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1218             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1219         }
1220         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1221             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1222         }
1223         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1224             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1225         }
1226         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1227             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1228         }
1229         else if ( key.equals( "show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data" ) ) {
1230             setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1231         }
1232         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1233             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1234             setDefaultNodeShapeSize( i );
1235         }
1236         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1237             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1238             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1239                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1240             }
1241             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1242                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1243             }
1244             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1245                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1246             }
1247             else {
1248                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1249                                                   + "] for [default_node_fill]" );
1250             }
1251         }
1252         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1253             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1254             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1255                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1256             }
1257             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1258                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1259             }
1260             else {
1261                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1262                                                   + "] for [default_node_shape]" );
1263             }
1264         }
1265         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1266             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1267         }
1268         else if ( key.equals( "list_node_data_field" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1269             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1270             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1271                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.NODE_NAME );
1272             }
1273             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1274                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_ACC );
1275             }
1276             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1277                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1278             }
1279             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1280                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_NAME );
1281             }
1282             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1283                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GENE_NAME );
1284             }
1285             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1286                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQUENCE_SYMBOL );
1287             }
1288             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1289                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1290             }
1291             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1292                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.TAXONOMY_CODE );
1293             }
1294             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1295                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.UNKNOWN );
1296             }
1297             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains" ) ) {
1298                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_ALL );
1299             }
1300             else if ( s.equalsIgnoreCase( "domains_collapsed" ) ) {
1301                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.DOMAINS_COLLAPSED_PER_PROTEIN );
1302             }
1303             else if ( s.equalsIgnoreCase( "seq_annotations" ) ) {
1304                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.SEQ_ANNOTATIONS );
1305             }
1306             else if ( s.equalsIgnoreCase( "go_term_ids" ) ) {
1307                 setExtDescNodeDataToReturn( NodeDataField.GO_TERM_IDS );
1308             }
1309             else {
1310                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1311                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1312             }
1313         }
1314         else if ( key.equals( "list_node_data_custom_label" ) || key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1315             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1316             if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) && ( s.length() > 1 ) ) {
1317                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1318             }
1319         }
1320         else if ( key.equals( "list_node_data_in" ) || key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1321             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1322             if ( s.equals( "console" ) ) {
1323                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1324             }
1325             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1326                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1327             }
1328             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1329                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1330             }
1331             else {
1332                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1333                                                   + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1334             }
1335         }
1336         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1337             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1338         }
1339         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1340             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1341         }
1342         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1343             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1344         }
1345         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1346             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1347             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1348                 _vector_data_width = 120;
1349             }
1350         }
1351         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1352             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1353             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1354                 _vector_data_height = 12;
1355             }
1356         }
1357         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1358             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1359         }
1360         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1361             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1362         }
1363         else if ( key.equals( "allow_thick_strokes" ) ) {
1364             _allow_thick_strokes = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1365         }
1366         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1367             // yet retrieved!
1368             int key_index = -1;
1369             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1370                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1371             }
1372             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1373                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1374             }
1375             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1376                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1377             }
1378             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1379                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1380             }
1381             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1382                 key_index = Configuration.show_node_names;
1383             }
1384             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1385                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1386             }
1387             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1388                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1389             }
1390             else if ( key.equals( "write_branch_length_values" ) ) {
1391                 key_index = Configuration.write_branch_length_values;
1392             }
1393             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1394                 key_index = Configuration.write_events;
1395             }
1396             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1397                 key_index = Configuration.use_style;
1398             }
1399             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1400                 key_index = Configuration.use_style;
1401                 ForesterUtil
1402                 .printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1403                                       "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1404             }
1405             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1406                 key_index = Configuration.width_branches;
1407             }
1408             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1409                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1410             }
1411             else if ( key.equals( "show_msa" ) ) {
1412                 key_index = Configuration.show_mol_seqs;
1413             }
1414             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1415                 key_index = Configuration.show_annotation;
1416             }
1417             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1418                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1419             }
1420             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1421                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1422             }
1423             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1424                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1425             }
1426             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1427                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1428             }
1429             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1430                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1431             }
1432             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1433                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1434             }
1435             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1436                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1437             }
1438             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1439                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1440             }
1441             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1442                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1443             }
1444             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1445                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1446             }
1447             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1448                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1449             }
1450             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1451                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1452             }
1453             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1454                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1455             }
1456             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1457                 key_index = Configuration.show_properties;
1458             }
1459             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1460                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1461             }
1462             // If we've found the key, set the values
1463             if ( key_index >= 0 ) {
1464                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1465                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1466                 // otherwise, keep looking
1467             }
1468             else {
1469                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1470                     // Deprecated.
1471                 }
1472                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1473                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1474                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1475                     if ( key_index >= 0 ) {
1476                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1477                     }
1478                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1479                         // Deprecated.
1480                     }
1481                     else {
1482                         ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1483                                 + click_to_name );
1484                     }
1485                 }
1486                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1487                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1488                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1489                 }
1490                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1491                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1492                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1493                 }
1494                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1495                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1496                 }
1497                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1498                     getAnnotationColors()
1499                     .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1500                 }
1501                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1502                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME,
1503                             "configuration key [function_color] is deprecated" );
1504                 }
1505                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1506                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1507                 }
1508                 else {
1509                     ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1510                                                       + "] in: " + config_filename );
1511                 }
1512             }
1513         }
1514         else {
1515             ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1516                     + config_filename );
1517         }
1518     }
1519
1520     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1521         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1522     }
1523
1524     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1525         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1526     }
1527
1528     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1529         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1530     }
1531
1532     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1533         _ov_max_height = ov_max_height;
1534     }
1535
1536     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1537         _ov_max_width = ov_max_width;
1538     }
1539
1540     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1541         _ov_placement = ov_placement;
1542     }
1543
1544     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1545         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1546     }
1547
1548     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1549         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1550     }
1551
1552     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1553         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1554     }
1555
1556     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1557         _show_annotation_ref_source = b;
1558     }
1559
1560     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1561         _show_overview = show_overview;
1562     }
1563
1564     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1565         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1566     }
1567
1568     boolean displaySequenceRelations() {
1569         return _display_sequence_relations;
1570     }
1571
1572     boolean doCheckOption( final int which ) {
1573         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
1574                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
1575     }
1576
1577     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
1578         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
1579     }
1580
1581     boolean doDisplayOption( final int which ) {
1582         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
1583     }
1584
1585     /**
1586      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
1587      * this or not (e.g. phylogram)
1588      *
1589      */
1590     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
1591         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
1592     }
1593
1594     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
1595         if ( _annotation_colors == null ) {
1596             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
1597         }
1598         return _annotation_colors;
1599     }
1600
1601     int getBaseFontSize() {
1602         return _base_font_size;
1603     }
1604
1605     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
1606         return _cladogram_type;
1607     }
1608
1609     int getClickToOptionsCount() {
1610         return clickto_options.length;
1611     }
1612
1613     String getClickToTitle( final int which ) {
1614         return clickto_options[ which ][ 0 ];
1615     }
1616
1617     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
1618         return default_clickto;
1619     }
1620
1621     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
1622         return _display_colors;
1623     }
1624
1625     String getDisplayTitle( final int which ) {
1626         return display_options[ which ][ 0 ];
1627     }
1628
1629     Map<String, Color> getDomainColors() {
1630         if ( _domain_colors == null ) {
1631             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
1632         }
1633         return _domain_colors;
1634     }
1635
1636     int getGraphicsExportX() {
1637         return _graphics_export_x;
1638     }
1639
1640     int getGraphicsExportY() {
1641         return _graphics_export_y;
1642     }
1643
1644     Color getGuiBackgroundColor() {
1645         return _gui_background_color;
1646     }
1647
1648     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
1649         return _gui_button_background_color;
1650     }
1651
1652     Color getGuiButtonBorderColor() {
1653         return _gui_button_border_color;
1654     }
1655
1656     Color getGuiButtonTextColor() {
1657         return _gui_button_text_color;
1658     }
1659
1660     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
1661         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
1662     }
1663
1664     Color getGuiCheckboxTextColor() {
1665         return _gui_checkbox_text_color;
1666     }
1667
1668     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
1669         return _gui_menu_background_color;
1670     }
1671
1672     Color getGuiMenuTextColor() {
1673         return _gui_menu_text_color;
1674     }
1675
1676     int getMaxBaseFontSize() {
1677         return _max_base_font_size;
1678     }
1679
1680     int getMinBaseFontSize() {
1681         return _min_base_font_size;
1682     }
1683
1684     double getMinConfidenceValue() {
1685         return _min_confidence_value;
1686     }
1687
1688     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
1689         return _node_label_direction;
1690     }
1691
1692     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
1693         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
1694     }
1695
1696     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
1697         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
1698     }
1699
1700     short getOvMaxHeight() {
1701         return _ov_max_height;
1702     }
1703
1704     short getOvMaxWidth() {
1705         return _ov_max_width;
1706     }
1707
1708     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
1709         return _ov_placement;
1710     }
1711
1712     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
1713         return _phylogeny_graphics_type;
1714     }
1715
1716     float getPrintLineWidth() {
1717         return _print_line_width;
1718     }
1719
1720     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
1721         if ( _sequence_colors == null ) {
1722             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
1723         }
1724         return _sequence_colors;
1725     }
1726
1727     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
1728         if ( _species_colors == null ) {
1729             initSpeciesColors();
1730         }
1731         return _species_colors;
1732     }
1733
1734     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
1735         return _taxonomy_extraction;
1736     }
1737
1738     boolean isAntialiasScreen() {
1739         return _antialias_screen;
1740     }
1741
1742     /**
1743      * Convenience method.
1744      *
1745      * @return true if value in configuration file was 'yes'
1746      */
1747     boolean isDrawAsPhylogram() {
1748         return doCheckOption( display_as_phylogram );
1749     }
1750
1751     boolean isEditable() {
1752         return _editable;
1753     }
1754
1755     /**
1756      * Only used by ArchaeoptryxE.
1757      *
1758      */
1759     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
1760         return _hide_controls_and_menus;
1761     }
1762
1763     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
1764         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1765     }
1766
1767     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
1768         return _nh_parsing_replace_underscores;
1769     }
1770
1771     boolean isShowOverview() {
1772         return _show_overview;
1773     }
1774
1775     boolean isShowScale() {
1776         return _show_scale;
1777     }
1778
1779     final boolean isUseNativeUI() {
1780         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
1781             _ui = UI.NATIVE;
1782         }
1783         return _ui == UI.NATIVE;
1784     }
1785
1786     /**
1787      * Only used by ArchaeoptryxE.
1788      *
1789      */
1790     boolean isUseTabbedDisplay() {
1791         return _use_tabbed_display;
1792     }
1793
1794     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
1795         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1796     }
1797
1798     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
1799         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
1800     }
1801
1802     static String getDefaultFontFamilyName() {
1803         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1804     }
1805 }