forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.awt.Font;
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32 import java.awt.event.ActionListener;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Locale;
  36 import java.util.Map;
  37
  38 import javax.swing.JApplet;
  39 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  40 import javax.swing.JFrame;
  41 import javax.swing.JMenu;
  42 import javax.swing.JMenuBar;
  43 import javax.swing.JMenuItem;
  44 import javax.swing.JOptionPane;
  45 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  46 import javax.swing.SwingUtilities;
  47
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  50 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  51 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessPool;
  52 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessRunning;
  53 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  54 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  55 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  56 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  57 import org.forester.util.ForesterConstants;
  58 import org.forester.util.ForesterUtil;
  59
  60 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  61
  62     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE          = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  63     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP                   = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  64     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                       = Constants.APTX_REFERENCE;
  65     private static final long serialVersionUID                        = 3655000897845508358L;
  66     final static Font         menu_font                               = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  67                                                                                   Font.PLAIN,
  68                                                                                   10 );
  69     static final String       TYPE_MENU_HEADER                        = "Type";
  70     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rectangular";
  71     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                    = "Euro Type";
  72     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Curved";
  73     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL              = "Triangular";
  74     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Convex";
  75     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL                 = "Rounded";
  76     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL                = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  77     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL                = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  78     static final String       OPTIONS_HEADER                          = "Options";
  79     static final String       SEARCH_SUBHEADER                        = "Search:";
  80     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                       = "Display:";
  81     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL                 = "Match Complete Terms Only";
  82     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL             = "Case Sensitive";
  83     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL             = "Negate Result";
  84     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL      = "Display Branch Length Values";
  85     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                     = "Display Scale";
  86     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL           = "Non-Lined Up Cladograms";
  87     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL                = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  88     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL                   = "Radial Labels";
  89     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                     = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  90     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL                  = "Antialias";
  91     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                      = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  92     static final String       BG_GRAD_LABEL                           = "Background Color Gradient";
  93     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL                = "Show Node Shapes";
  94     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                     = "Show Overview";
  95     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                    = "Font Size";
  96     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL             = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  97     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL                = "Show Domain Labels";
  98     static final String       COLOR_LABELS_TIP                        = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  99     static final String       ABBREV_SN_LABEL                         = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
 100     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL     = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
 101     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL                  = "Cycle Node Shapes";
 102     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL                   = "Cycle Node Fill Type";
 103     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL                  = "Choose Node Shape Size";
 104     static final String       SHOW_CONF_STDDEV_LABEL                  = "Show Confidence Standard Deviations";
 105     static final String       USE_BRACKETS_FOR_CONF_IN_NH_LABEL       = "Use Brackets for Confidence Values";
 106     static final String       USE_INTERNAL_NAMES_FOR_CONF_IN_NH_LABEL = "Use Internal Node Names for Confidence Values";
 107     JMenuBar                  _jmenubar;
 108     JMenu                     _file_jmenu;
 109     JMenu                     _tools_menu;
 110     JMenu                     _view_jmenu;
 111     JMenu                     _options_jmenu;
 112     JMenu                     _font_size_menu;
 113     JMenu                     _help_jmenu;
 114     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 115     // file menu:
 116     JMenuItem                 _open_item;
 117     JMenuItem                 _open_url_item;
 118     JMenuItem                 _save_item;
 119     JMenuItem                 _save_all_item;
 120     JMenuItem                 _close_item;
 121     JMenuItem                 _exit_item;
 122     JMenuItem                 _new_item;
 123     // tools menu:
 124     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 125     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 126     JMenuItem                 _confcolor_item;
 127     JMenuItem                 _color_rank_jmi;
 128     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 129     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 130     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                    //TODO implememt me
 131     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 132     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 133     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 134     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 135     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 136     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 137     // font size menu:
 138     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 139     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 140     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 141     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 142     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 143     // options menu:
 144     // _  screen and print
 145     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 146     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 147     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 148     // _  screen display
 149     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 150     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 151     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 152     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 153     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 154     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 155     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                             //TODO fix me
 156     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 157     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 158     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 159     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 160     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 161     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 162     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 163     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 164     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 165     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 166     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 167     JCheckBoxMenuItem         _show_confidence_stddev_cbmi;
 168     // _  print
 169     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 170     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 171     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 172     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 173     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 174     JMenuItem                 _print_size_mi;
 175     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 176     // _  parsing
 177     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 178     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 179     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 180     JCheckBoxMenuItem         _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 181     JCheckBoxMenuItem         _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 182     // _  search
 183     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 184     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 185     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 186     // type menu:
 187     JMenu                     _type_menu;
 188     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 189     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 190     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 191     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 192     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 193     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 194     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 195     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 196     // view as text menu:
 197     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 198     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 199     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 200     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 201     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 202     // help menu:
 203     JMenuItem                 _about_item;
 204     JMenuItem                 _help_item;
 205     JMenuItem                 _website_item;
 206     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 207     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 208     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 209     // process menu:
 210     JMenu                     _process_menu;
 211     // Handy pointers to child components:
 212     MainPanel                 _mainpanel;
 213     Container                 _contentpane;
 214     TextFrame                 _textframe;
 215     Configuration             _configuration;
 216     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 217     Options                   _options;
 218     final ProcessPool         _process_pool;
 219
 220     MainFrame() {
 221         _process_pool = ProcessPool.createInstance();
 222     }
 223
 224     public ProcessPool getProcessPool() {
 225         return _process_pool;
 226     }
 227
 228     /**
 229      * Action performed.
 230      */
 231     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 232         final Object o = e.getSource();
 233         boolean is_applet = false;
 234         JApplet applet = null;
 235         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 236             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 237             if ( is_applet ) {
 238                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 239             }
 240         }
 241         if ( o == _open_url_item ) {
 242             readPhylogeniesFromURL();
 243         }
 244         else if ( o == _exit_item ) {
 245             close();
 246         }
 247         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 248             taxColor();
 249         }
 250         else if ( o == _confcolor_item ) {
 251             confColor();
 252         }
 253         else if ( o == _color_rank_jmi ) {
 254             colorRank();
 255         }
 256         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 257             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 258                 return;
 259             }
 260             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 261                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 262             }
 263         }
 264         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 265             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 266                 return;
 267             }
 268             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 269                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 270             }
 271         }
 272         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 273             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 274                 return;
 275             }
 276             removeBranchColors();
 277         }
 278         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 279             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 280                 return;
 281             }
 282             midpointRoot();
 283         }
 284         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 285             switchColors();
 286         }
 287         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 288             displayBasicInformation();
 289         }
 290         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 291             viewAsNH();
 292         }
 293         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 294             viewAsNHX();
 295         }
 296         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 297             viewAsXML();
 298         }
 299         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 300             viewAsNexus();
 301         }
 302         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 303             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 304                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 305                 getCurrentTreePanel().repaint();
 306             }
 307         }
 308         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 309             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 310                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 311                 getCurrentTreePanel().repaint();
 312             }
 313         }
 314         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 315             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 316                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 317                 getCurrentTreePanel().repaint();
 318             }
 319         }
 320         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 321             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 322                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 323                 getCurrentTreePanel().repaint();
 324             }
 325         }
 326         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 327             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 328                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 329                 getCurrentTreePanel().repaint();
 330             }
 331         }
 332         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 333             chooseFont();
 334         }
 335         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 336             chooseMinimalConfidence();
 337         }
 338         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 339             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 340         }
 341         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 342             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 343         }
 344         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 345             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 346         }
 347         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 348             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 349         }
 350         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 351             updateOptions( getOptions() );
 352             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 353         }
 354         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 355             updateOptions( getOptions() );
 356         }
 357         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 358             updateOptions( getOptions() );
 359         }
 360         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 361             updateOptions( getOptions() );
 362         }
 363         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 364             updateOptions( getOptions() );
 365         }
 366         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 367             updateOptions( getOptions() );
 368         }
 369         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 370             updateOptions( getOptions() );
 371         }
 372         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 373             updateOptions( getOptions() );
 374             showWhole();
 375         }
 376         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 377             updateOptions( getOptions() );
 378             showWhole();
 379         }
 380         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 381             updateOptions( getOptions() );
 382             showWhole();
 383         }
 384         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 385             updateOptions( getOptions() );
 386             getMainPanel().getControlPanel().search();
 387         }
 388         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 389             updateOptions( getOptions() );
 390             getMainPanel().getControlPanel().search();
 391         }
 392         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 393             updateOptions( getOptions() );
 394             getMainPanel().getControlPanel().search();
 395         }
 396         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 397             updateOptions( getOptions() );
 398         }
 399         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 400             updateOptions( getOptions() );
 401         }
 402         else if ( o == _show_confidence_stddev_cbmi ) {
 403             updateOptions( getOptions() );
 404         }
 405         else if ( o == _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 406             if ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 407                 _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 408             }
 409             updateOptions( getOptions() );
 410         }
 411         else if ( o == _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 412             if ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 413                 _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 414             }
 415             updateOptions( getOptions() );
 416         }
 417         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 418             updateOptions( getOptions() );
 419         }
 420         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 421             updateOptions( getOptions() );
 422             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 423                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 424             }
 425         }
 426         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 427                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 428                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 429             typeChanged( o );
 430         }
 431         else if ( o == _about_item ) {
 432             about();
 433         }
 434         else if ( o == _help_item ) {
 435             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 436         }
 437         else if ( o == _website_item ) {
 438             try {
 439                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 440             }
 441             catch ( final IOException e1 ) {
 442                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 443             }
 444         }
 445         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 446             try {
 447                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 448             }
 449             catch ( final IOException e1 ) {
 450                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 451             }
 452         }
 453         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 454             try {
 455                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 456             }
 457             catch ( final IOException e1 ) {
 458                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 459             }
 460         }
 461         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 462             try {
 463                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 464             }
 465             catch ( final IOException e1 ) {
 466                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 467             }
 468         }
 469         else {
 470             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 471                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 472                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 473                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 474                     }
 475                 }
 476             }
 477         }
 478         _contentpane.repaint();
 479     }
 480
 481     boolean isSubtreeDisplayed() {
 482         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 483             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 484                 JOptionPane
 485                         .showMessageDialog( this,
 486                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 487                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 488                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 489                 return true;
 490             }
 491         }
 492         return false;
 493     }
 494
 495     void activateSaveAllIfNeeded() {
 496         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 497             _save_all_item.setEnabled( true );
 498         }
 499         else {
 500             _save_all_item.setEnabled( false );
 501         }
 502     }
 503
 504     void buildFileMenu() {
 505         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 506         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 507         _file_jmenu.addSeparator();
 508         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 509         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 510         customizeJMenuItem( _exit_item );
 511         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 512     }
 513
 514     void buildFontSizeMenu() {
 515         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 516         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 517         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 518         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 519         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 520         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 521         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 522         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 523         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 524         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 525         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 526         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 527     }
 528
 529     void buildHelpMenu() {
 530         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 531         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 532         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 533         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 534         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 535         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 536         _help_jmenu.addSeparator();
 537         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 538         customizeJMenuItem( _help_item );
 539         customizeJMenuItem( _website_item );
 540         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 541         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 542         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 543         customizeJMenuItem( _about_item );
 544         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 545         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 546         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 547     }
 548
 549     public void updateProcessMenu() {
 550         // In general Swing is not thread safe.
 551         // See "Swing's Threading Policy".
 552         SwingUtilities.invokeLater( new Runnable() {
 553
 554             public void run() {
 555                 doUpdateProcessMenu();
 556             }
 557         } );
 558     }
 559
 560     private void doUpdateProcessMenu() {
 561         if ( _process_pool.size() > 0 ) {
 562             if ( _process_menu == null ) {
 563                 _process_menu = createMenu( "", getConfiguration() );
 564                 _process_menu.setForeground( Color.RED );
 565             }
 566             _process_menu.removeAll();
 567             final String text = "processes running: " + _process_pool.size();
 568             _process_menu.setText( text );
 569             _jmenubar.add( _process_menu );
 570             for( int i = 0; i < _process_pool.size(); ++i ) {
 571                 final ProcessRunning p = _process_pool.getProcessByIndex( i );
 572                 _process_menu.add( customizeJMenuItem( new JMenuItem( p.getName() + " [" + p.getStart() + "]" ) ) );
 573             }
 574         }
 575         else {
 576             if ( _process_menu != null ) {
 577                 _process_menu.removeAll();
 578                 _jmenubar.remove( _process_menu );
 579             }
 580         }
 581         _jmenubar.validate();
 582         _jmenubar.repaint();
 583         repaint();
 584     }
 585
 586     void buildTypeMenu() {
 587         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 588         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 589         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 590         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 591         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 592         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 593         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 594         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 595         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 596         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 597         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 598         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 599         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 600         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 601         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 602         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 603         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 604         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 605         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 606         initializeTypeMenu( getOptions() );
 607         _jmenubar.add( _type_menu );
 608     }
 609
 610     void buildViewMenu() {
 611         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 612         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 613         _view_jmenu.addSeparator();
 614         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 615         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 616         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 617         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 618         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 619         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 620         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 621         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 622         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 623         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 624     }
 625
 626     private void chooseFont() {
 627         final FontChooser fc = new FontChooser();
 628         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 629         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 630         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 631     }
 632
 633     private void chooseMinimalConfidence() {
 634         final String s = ( String ) JOptionPane
 635                 .showInputDialog( this,
 636                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 637                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 638                                   "Minimal Confidence Value",
 639                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 640                                   null,
 641                                   null,
 642                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 643         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 644             boolean success = true;
 645             double m = 0.0;
 646             final String m_str = s.trim();
 647             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 648                 try {
 649                     m = Double.parseDouble( m_str );
 650                 }
 651                 catch ( final Exception ex ) {
 652                     success = false;
 653                 }
 654             }
 655             else {
 656                 success = false;
 657             }
 658             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 659                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 660             }
 661         }
 662     }
 663
 664     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 665         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 666                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 667                                                                          + "[current value: "
 668                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 669                                                                  "Node Shape Size",
 670                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 671                                                                  null,
 672                                                                  null,
 673                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 674         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 675             boolean success = true;
 676             double m = 0.0;
 677             final String m_str = s.trim();
 678             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 679                 try {
 680                     m = Double.parseDouble( m_str );
 681                 }
 682                 catch ( final Exception ex ) {
 683                     success = false;
 684                 }
 685             }
 686             else {
 687                 success = false;
 688             }
 689             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 690                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 691                 if ( size >= 0.0 ) {
 692                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 693                 }
 694             }
 695         }
 696     }
 697
 698     void close() {
 699         removeTextFrame();
 700         if ( _mainpanel != null ) {
 701             _mainpanel.terminate();
 702         }
 703         if ( _contentpane != null ) {
 704             _contentpane.removeAll();
 705         }
 706         setVisible( false );
 707         dispose();
 708     }
 709
 710     void confColor() {
 711         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 712             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 713         }
 714     }
 715
 716     void colorRank() {
 717         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 718             final String[] ranks = AptxUtil.getAllPossibleRanks();
 719             final String rank = ( String ) JOptionPane
 720                     .showInputDialog( this,
 721                                       "What rank should the colorization be based on",
 722                                       "Rank Selection",
 723                                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 724                                       null,
 725                                       ranks,
 726                                       null );
 727             if ( !ForesterUtil.isEmpty( rank ) ) {
 728                 _mainpanel.getCurrentTreePanel().colorRank( rank );
 729             }
 730         }
 731     }
 732
 733     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 734         if ( item != null ) {
 735             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 736             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 737                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 738                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 739             }
 740             item.setSelected( is_selected );
 741             item.addActionListener( this );
 742         }
 743     }
 744
 745     JMenuItem customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 746         if ( jmi != null ) {
 747             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 748             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 749                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 750                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 751             }
 752             jmi.addActionListener( this );
 753         }
 754         return jmi;
 755     }
 756
 757     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 758         if ( item != null ) {
 759             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 760             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 761                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 762                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 763             }
 764             item.setSelected( is_selected );
 765             item.addActionListener( this );
 766         }
 767     }
 768
 769     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 770         try {
 771             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 772         }
 773         catch ( final Exception ex ) {
 774             // Do nothing.
 775         }
 776         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 777                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 778                                        "Error during File|Open",
 779                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 780     }
 781
 782     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 783         try {
 784             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 785         }
 786         catch ( final Exception ex ) {
 787             // Do nothing.
 788         }
 789         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 790     }
 791
 792     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 793         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 794             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 795                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 796                                            "Error during SDI",
 797                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 798             return false;
 799         }
 800         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 801             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 802                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 803                                            "Error during SDI",
 804                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 805             return false;
 806         }
 807         else {
 808             return true;
 809         }
 810     }
 811
 812     public Configuration getConfiguration() {
 813         return _configuration;
 814     }
 815
 816     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 817         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 818     }
 819
 820     JMenu getHelpMenu() {
 821         return _help_jmenu;
 822     }
 823
 824     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 825         return _label_direction_cbmi;
 826     }
 827
 828     public MainPanel getMainPanel() {
 829         return _mainpanel;
 830     }
 831
 832     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 833         return _jmenubar;
 834     }
 835
 836     public Options getOptions() {
 837         return _options;
 838     }
 839
 840     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 841         setTypeMenuToAllUnselected();
 842         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 843             case CONVEX:
 844                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 845                 break;
 846             case CURVED:
 847                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 848                 break;
 849             case EURO_STYLE:
 850                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 851                 break;
 852             case ROUNDED:
 853                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 854                 break;
 855             case TRIANGULAR:
 856                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 857                 break;
 858             case UNROOTED:
 859                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 860                 break;
 861             case CIRCULAR:
 862                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 863                 break;
 864             default:
 865                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 866                 break;
 867         }
 868     }
 869
 870     void midpointRoot() {
 871         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 872             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 873         }
 874     }
 875
 876     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 877
 878     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 879         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 880         new Thread( reader ).start();
 881     }
 882
 883     private void removeBranchColors() {
 884         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 885             AptxUtil.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 886         }
 887     }
 888
 889     void removeTextFrame() {
 890         if ( _textframe != null ) {
 891             _textframe.close();
 892             _textframe = null;
 893         }
 894     }
 895
 896     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 897         _configuration = configuration;
 898     }
 899
 900     void setOptions( final Options options ) {
 901         _options = options;
 902     }
 903
 904     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 905         setTypeMenuToAllUnselected();
 906         switch ( type ) {
 907             case CIRCULAR:
 908                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 909                 break;
 910             case CONVEX:
 911                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 912                 break;
 913             case CURVED:
 914                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 915                 break;
 916             case EURO_STYLE:
 917                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 918                 break;
 919             case ROUNDED:
 920                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 921                 break;
 922             case RECTANGULAR:
 923                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 924                 break;
 925             case TRIANGULAR:
 926                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 927                 break;
 928             case UNROOTED:
 929                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 930                 break;
 931             default:
 932                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 933         }
 934     }
 935
 936     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 937         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 938         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 939         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 940         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 941         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 942         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 943         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 944         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 945     }
 946
 947     public void showWhole() {
 948         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 949     }
 950
 951     void switchColors() {
 952         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 953         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 954         csc.setVisible( true );
 955     }
 956
 957     void taxColor() {
 958         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 959             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 960         }
 961     }
 962
 963     void typeChanged( final Object o ) {
 964         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 965         updateOptions( getOptions() );
 966         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 967             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 968             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 969             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 970                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 971                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 972                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 973                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 974             }
 975             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 976                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 977             }
 978             else {
 979                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 980             }
 981             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 982             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 983             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 984                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 985                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 986                 }
 987                 else {
 988                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 989                 }
 990             }
 991         }
 992     }
 993
 994     void updateOptions( final Options options ) {
 995         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 996         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 997                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 998         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 999         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
1000                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
1001         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
1002                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
1003         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
1004                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
1005         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
1006                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
1007         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
1008             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1009         }
1010         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
1011             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1012         }
1013         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
1014             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1015         }
1016         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
1017                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
1018         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
1019             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
1020         }
1021         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
1022             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
1023                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1024             }
1025             else {
1026                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1027             }
1028         }
1029         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
1030         options.setShowConfidenceStddev( ( _show_confidence_stddev_cbmi != null )
1031                 && _show_confidence_stddev_cbmi.isSelected() );
1032         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
1033             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
1034         }
1035         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
1036                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
1037         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
1038                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
1039         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
1040         if ( ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1041                 && _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1042             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS );
1043         }
1044         else if ( ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1045                 && _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1046             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES );
1047         }
1048         else {
1049             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE );
1050         }
1051         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
1052                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
1053         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
1054                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
1055         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
1056                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
1057         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
1058                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
1059         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
1060                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
1061         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
1062                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
1063         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
1064             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
1065             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
1066                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
1067                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
1068             }
1069             else {
1070                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
1071             }
1072         }
1073         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1074             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1075         }
1076         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1077             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1078         }
1079         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
1080             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1081         }
1082         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
1083             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1084         }
1085         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
1086             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1087         }
1088         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
1089             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1090         }
1091         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
1092             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1093         }
1094         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
1095             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1096         }
1097     }
1098
1099     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
1100         setTypeMenuToAllUnselected();
1101         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
1102     }
1103
1104     void displayBasicInformation() {
1105         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1106             return;
1107         }
1108         _textframe = TextFrame.instantiate( AptxUtil.createBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1109     }
1110
1111     void viewAsNexus() {
1112         removeTextFrame();
1113         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1114                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1115             return;
1116         }
1117         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus( getOptions()
1118                 .getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1119     }
1120
1121     void viewAsNH() {
1122         removeTextFrame();
1123         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1124                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1125             return;
1126         }
1127         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny()
1128                 .toNewHampshire( false, getOptions().getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1129     }
1130
1131     void viewAsNHX() {
1132         removeTextFrame();
1133         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1134                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1135             return;
1136         }
1137         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1138     }
1139
1140     void viewAsXML() {
1141         removeTextFrame();
1142         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1143                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1144             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1145         }
1146     }
1147
1148     /**
1149      * Display the about box.
1150      */
1151     static void about() {
1152         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1153         about.append( "Copyright (C) 2007-2012 Christian M. Zmasek\n" );
1154         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1155         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1156         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1157         about.append( "Based on: " + ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() + "\n" );
1158         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1159         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1160         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1161             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1162         }
1163         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1164                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1165             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1166                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1167         }
1168         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1169         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1170         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1171         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1172         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1173         about.append( "References:\n" );
1174         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1175         about.append( "For more information & download:\n" );
1176         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1177         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1178         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1179     }
1180
1181     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1182         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1183     }
1184
1185     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1186         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1187         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1188             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1189             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1190             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1191         }
1192         return jmenu;
1193     }
1194
1195     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1196         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1197         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1198             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1199             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1200             label.setOpaque( true );
1201         }
1202         label.setSelected( false );
1203         label.setEnabled( false );
1204         return label;
1205     }
1206
1207     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1208         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1209             case LOWER_LEFT:
1210                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1211                 break;
1212             case LOWER_RIGHT:
1213                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1214                 break;
1215             case UPPER_LEFT:
1216                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1217                 break;
1218             case UPPER_RIGHT:
1219                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1220                 break;
1221             default:
1222                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1223         }
1224         if ( tree_panel != null ) {
1225             tree_panel.updateOvSettings();
1226         }
1227     }
1228
1229     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1230         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1231             case GRADIENT:
1232                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1233                 break;
1234             case NONE:
1235                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1236                 break;
1237             case SOLID:
1238                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1239                 break;
1240             default:
1241                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1242         }
1243     }
1244
1245     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1246         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1247             case CIRCLE:
1248                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1249                 break;
1250             case RECTANGLE:
1251                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1252                 break;
1253             default:
1254                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1255         }
1256     }
1257
1258     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1259         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1260         sb.append( "Display options\n" );
1261         sb.append( "-------------------\n" );
1262         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1263         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1264         sb.append( "--------------------\n" );
1265         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1266         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1267         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1268         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1269         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1270         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1271         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1272         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1273         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1274         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1275         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1276         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1277         sb.append( "Zooming\n" );
1278         sb.append( "---------\n" );
1279         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1280         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1281         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1282         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1283         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1284         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1285         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1286         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1287         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1288         sb.append( "------------------------\n" );
1289         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1290         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1291         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1292         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1293         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1294         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1295         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1296         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1297         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1298             sb.append( "Active web links\n" );
1299             sb.append( "--------------------\n" );
1300             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1301                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1302             }
1303         }
1304         // + "General remarks\n"
1305         // + "---------------\n"
1306         // +
1307         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1308         // +
1309         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1310         // +
1311         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1312         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1313         // +
1314         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1315         // +
1316         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1317         // +
1318         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1319         // +
1320         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1321         // +
1322         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1323         // +
1324         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1325         // +
1326         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1327         // +
1328         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1329         // +
1330         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1331         // +
1332         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1333         // +
1334         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1335         // +
1336         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1337         // +
1338         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1339         // +
1340         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1341         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1342         // +
1343         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1344         sb.append( "\n" );
1345         sb.append( "phyloXML\n" );
1346         sb.append( "-------------------\n" );
1347         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1348         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1349         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1350         sb.append( "\n" );
1351         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1352         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1353         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1354     }
1355
1356     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1357         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1358             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1359         }
1360         else {
1361             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1362         }
1363     }
1364
1365     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1366         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1367             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1368                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1369         }
1370         else {
1371             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1372         }
1373     }
1374
1375     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1376         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1377             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1378                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1379         }
1380         else {
1381             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1382         }
1383     }
1384
1385     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1386         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1387             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1388         }
1389         else {
1390             mi.setText( "Select Colors..." );
1391         }
1392     }
1393
1394     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1395         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1396     }
1397
1398     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1399         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1400             mi.setEnabled( true );
1401         }
1402         else if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1403             mi.setEnabled( true );
1404         }
1405         else {
1406             mi.setEnabled( false );
1407         }
1408         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1409     }
1410
1411     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1412         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1413     }
1414
1415     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1416                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1417                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1418                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1419                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1420                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1421                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1422         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1423         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1424         final Options options = main_panel.getOptions();
1425         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1426         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1427         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1428         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1429             scale.setSelected( false );
1430             scale.setEnabled( false );
1431             branch_lengths.setSelected( false );
1432             branch_lengths.setEnabled( false );
1433         }
1434         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1435             scale.setSelected( false );
1436             scale.setEnabled( false );
1437             branch_lengths.setEnabled( true );
1438         }
1439         else {
1440             scale.setEnabled( true );
1441             branch_lengths.setEnabled( true );
1442         }
1443         if ( ( tree_panel != null )
1444                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1445                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1446                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1447             branch_lengths.setSelected( false );
1448             branch_lengths.setEnabled( false );
1449         }
1450         if ( tree_panel != null ) {
1451             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1452                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1453                 non_lined_up.setEnabled( false );
1454                 uniform_clado.setEnabled( false );
1455                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1456             }
1457             else {
1458                 non_lined_up.setEnabled( true );
1459                 uniform_clado.setEnabled( true );
1460                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1461             }
1462         }
1463         else {
1464             if ( ( tree_panel != null )
1465                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1466                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1467                 branch_lengths.setSelected( false );
1468                 branch_lengths.setEnabled( false );
1469             }
1470             if ( ( tree_panel != null )
1471                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1472                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1473                 non_lined_up.setEnabled( false );
1474             }
1475             else {
1476                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1477                 non_lined_up.setEnabled( true );
1478             }
1479         }
1480         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1481         if ( tree_panel != null ) {
1482             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1483                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1484                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1485             }
1486             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1487                 scale.setSelected( false );
1488                 scale.setEnabled( false );
1489             }
1490         }
1491     }
1492
1493     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1494         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1495             tree_panel.setTextAntialias();
1496         }
1497     }
1498 }