forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Container;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.ActionListener;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Locale;
  35 import java.util.Map;
  36
  37 import javax.swing.JApplet;
  38 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  39 import javax.swing.JFrame;
  40 import javax.swing.JMenu;
  41 import javax.swing.JMenuBar;
  42 import javax.swing.JMenuItem;
  43 import javax.swing.JOptionPane;
  44 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  52 import org.forester.util.ForesterConstants;
  53 import org.forester.util.ForesterUtil;
  54
  55 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  56
  57     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE      = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  58     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP               = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  59     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                   = Constants.APTX_REFERENCE;
  60     private static final long serialVersionUID                    = 3655000897845508358L;
  61     final static Font         menu_font                           = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  62                                                                               Font.PLAIN,
  63                                                                               10 );
  64     static final String       TYPE_MENU_HEADER                    = "Type";
  65     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL         = "Rectangular";
  66     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                = "Euro Type";
  67     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL              = "Curved";
  68     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL          = "Triangular";
  69     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL              = "Convex";
  70     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rounded";
  71     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL            = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  72     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL            = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  73     static final String       OPTIONS_HEADER                      = "Options";
  74     static final String       SEARCH_SUBHEADER                    = "Search:";
  75     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                   = "Display:";
  76     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL             = "Match Complete Terms Only";
  77     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL         = "Case Sensitive";
  78     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL         = "Negate Result";
  79     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL  = "Display Branch Length Values";
  80     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                 = "Display Scale";
  81     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL       = "Non-Lined Up Cladograms";
  82     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL            = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  83     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL               = "Radial Labels";
  84     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                 = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  85     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL              = "Antialias";
  86     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                  = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  87     static final String       BG_GRAD_LABEL                       = "Background Color Gradient";
  88     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL            = "Show Node Shapes";
  89     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                 = "Show Overview";
  90     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                = "Font Size";
  91     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL         = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  92     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL            = "Show Domain Labels";
  93     static final String       COLOR_LABELS_TIP                    = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  94     static final String       ABBREV_SN_LABEL                     = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  95     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
  96     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL              = "Cycle Node Shapes";
  97     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL               = "Cycle Node Fill Type";
  98     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL              = "Choose Node Shape Size";
  99     static final String       SHOW_CONF_STDDEV_LABEL              = "Show Confidence Standard Deviations";
 100     static final String       USE_BRACKETS_FOR_CONF_IN_NH_LABEL   = "Brackets for Confidences in NH/Nexus Output";
 101     JMenuBar                  _jmenubar;
 102     JMenu                     _file_jmenu;
 103     JMenu                     _tools_menu;
 104     JMenu                     _view_jmenu;
 105     JMenu                     _options_jmenu;
 106     JMenu                     _font_size_menu;
 107     JMenu                     _help_jmenu;
 108     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 109     // file menu:
 110     JMenuItem                 _open_item;
 111     JMenuItem                 _open_url_item;
 112     JMenuItem                 _save_item;
 113     JMenuItem                 _save_all_item;
 114     JMenuItem                 _close_item;
 115     JMenuItem                 _exit_item;
 116     JMenuItem                 _new_item;
 117     // tools menu:
 118     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 119     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 120     JMenuItem                 _confcolor_item;
 121     JMenuItem                 _color_rank_jmi;
 122     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 123     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 124     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                //TODO implememt me
 125     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 126     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 127     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 128     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 129     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 130     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 131     // font size menu:
 132     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 133     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 134     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 135     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 136     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 137     // options menu:
 138     // _  screen and print
 139     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 140     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 141     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 142     // _  screen display
 143     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 144     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 145     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 146     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 147     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 148     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 149     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                         //TODO fix me
 150     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 151     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 152     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 153     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 154     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 155     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 156     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 157     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 158     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 159     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 160     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 161     JCheckBoxMenuItem         _show_confidence_stddev_cbmi;
 162     // _  print
 163     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 164     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 165     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 166     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 167     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 168     JMenuItem                 _print_size_mi;
 169     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 170     // _  parsing
 171     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 172     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 173     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 174     JCheckBoxMenuItem         _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 175     // _  search
 176     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 177     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 178     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 179     // type menu:
 180     JMenu                     _type_menu;
 181     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 182     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 183     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 184     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 185     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 186     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 187     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 188     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 189     // view as text menu:
 190     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 191     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 192     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 193     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 194     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 195     // help menu:
 196     JMenuItem                 _about_item;
 197     JMenuItem                 _help_item;
 198     JMenuItem                 _website_item;
 199     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 200     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 201     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 202     // Handy pointers to child components:
 203     MainPanel                 _mainpanel;
 204     Container                 _contentpane;
 205     TextFrame                 _textframe;
 206     Configuration             _configuration;
 207     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 208     Options                   _options;
 209
 210     MainFrame() {
 211         // Empty constructor.
 212     }
 213
 214     /**
 215      * Action performed.
 216      */
 217     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 218         final Object o = e.getSource();
 219         boolean is_applet = false;
 220         JApplet applet = null;
 221         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 222             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 223             if ( is_applet ) {
 224                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 225             }
 226         }
 227         if ( o == _open_url_item ) {
 228             readPhylogeniesFromURL();
 229         }
 230         else if ( o == _exit_item ) {
 231             close();
 232         }
 233         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 234             taxColor();
 235         }
 236         else if ( o == _confcolor_item ) {
 237             confColor();
 238         }
 239         else if ( o == _color_rank_jmi ) {
 240             colorRank();
 241         }
 242         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 243             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 244                 return;
 245             }
 246             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 247                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 248             }
 249         }
 250         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 251             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 252                 return;
 253             }
 254             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 255                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 256             }
 257         }
 258         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 259             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 260                 return;
 261             }
 262             removeBranchColors();
 263         }
 264         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 265             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 266                 return;
 267             }
 268             midpointRoot();
 269         }
 270         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 271             switchColors();
 272         }
 273         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 274             displayBasicInformation();
 275         }
 276         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 277             viewAsNH();
 278         }
 279         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 280             viewAsNHX();
 281         }
 282         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 283             viewAsXML();
 284         }
 285         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 286             viewAsNexus();
 287         }
 288         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 289             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 290                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 291                 getCurrentTreePanel().repaint();
 292             }
 293         }
 294         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 295             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 296                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 297                 getCurrentTreePanel().repaint();
 298             }
 299         }
 300         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 301             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 302                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 303                 getCurrentTreePanel().repaint();
 304             }
 305         }
 306         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 307             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 308                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 309                 getCurrentTreePanel().repaint();
 310             }
 311         }
 312         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 313             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 314                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 315                 getCurrentTreePanel().repaint();
 316             }
 317         }
 318         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 319             chooseFont();
 320         }
 321         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 322             chooseMinimalConfidence();
 323         }
 324         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 325             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 326         }
 327         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 328             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 329         }
 330         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 331             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 332         }
 333         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 334             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 335         }
 336         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 337             updateOptions( getOptions() );
 338             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 339         }
 340         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 341             updateOptions( getOptions() );
 342         }
 343         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 344             updateOptions( getOptions() );
 345         }
 346         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 347             updateOptions( getOptions() );
 348         }
 349         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 350             updateOptions( getOptions() );
 351         }
 352         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 353             updateOptions( getOptions() );
 354         }
 355         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 356             updateOptions( getOptions() );
 357         }
 358         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 359             updateOptions( getOptions() );
 360             showWhole();
 361         }
 362         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 363             updateOptions( getOptions() );
 364             showWhole();
 365         }
 366         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 367             updateOptions( getOptions() );
 368             showWhole();
 369         }
 370         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 371             updateOptions( getOptions() );
 372             getMainPanel().getControlPanel().search();
 373         }
 374         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 375             updateOptions( getOptions() );
 376             getMainPanel().getControlPanel().search();
 377         }
 378         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 379             updateOptions( getOptions() );
 380             getMainPanel().getControlPanel().search();
 381         }
 382         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 383             updateOptions( getOptions() );
 384         }
 385         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 386             updateOptions( getOptions() );
 387         }
 388         else if ( o == _show_confidence_stddev_cbmi ) {
 389             updateOptions( getOptions() );
 390         }
 391         else if ( o == _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 392             updateOptions( getOptions() );
 393         }
 394         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 395             updateOptions( getOptions() );
 396         }
 397         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 398             updateOptions( getOptions() );
 399             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 400                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 401             }
 402         }
 403         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 404                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 405                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 406             typeChanged( o );
 407         }
 408         else if ( o == _about_item ) {
 409             about();
 410         }
 411         else if ( o == _help_item ) {
 412             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 413         }
 414         else if ( o == _website_item ) {
 415             try {
 416                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 417             }
 418             catch ( final IOException e1 ) {
 419                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 420             }
 421         }
 422         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 423             try {
 424                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 425             }
 426             catch ( final IOException e1 ) {
 427                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 428             }
 429         }
 430         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 431             try {
 432                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 433             }
 434             catch ( final IOException e1 ) {
 435                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 436             }
 437         }
 438         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 439             try {
 440                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 441             }
 442             catch ( final IOException e1 ) {
 443                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 444             }
 445         }
 446         else {
 447             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 448                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 449                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 450                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 451                     }
 452                 }
 453             }
 454         }
 455         _contentpane.repaint();
 456     }
 457
 458     boolean isSubtreeDisplayed() {
 459         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 460             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 461                 JOptionPane
 462                         .showMessageDialog( this,
 463                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 464                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 465                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 466                 return true;
 467             }
 468         }
 469         return false;
 470     }
 471
 472     void activateSaveAllIfNeeded() {
 473         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 474             _save_all_item.setEnabled( true );
 475         }
 476         else {
 477             _save_all_item.setEnabled( false );
 478         }
 479     }
 480
 481     void buildFileMenu() {
 482         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 483         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 484         _file_jmenu.addSeparator();
 485         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 486         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 487         customizeJMenuItem( _exit_item );
 488         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 489     }
 490
 491     void buildFontSizeMenu() {
 492         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 493         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 494         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 495         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 496         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 497         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 498         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 499         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 500         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 501         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 502         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 503         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 504     }
 505
 506     void buildHelpMenu() {
 507         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 508         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 509         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 510         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 511         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 512         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 513         _help_jmenu.addSeparator();
 514         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 515         customizeJMenuItem( _help_item );
 516         customizeJMenuItem( _website_item );
 517         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 518         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 519         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 520         customizeJMenuItem( _about_item );
 521         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 522         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 523         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 524     }
 525
 526     void buildTypeMenu() {
 527         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 528         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 529         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 530         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 531         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 532         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 533         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 534         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 535         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 536         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 537         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 538         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 539         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 540         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 541         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 542         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 543         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 544         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 545         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 546         initializeTypeMenu( getOptions() );
 547         _jmenubar.add( _type_menu );
 548     }
 549
 550     void buildViewMenu() {
 551         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 552         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 553         _view_jmenu.addSeparator();
 554         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 555         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 556         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 557         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 558         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 559         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 560         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 561         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 562         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 563         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 564     }
 565
 566     private void chooseFont() {
 567         final FontChooser fc = new FontChooser();
 568         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 569         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 570         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 571     }
 572
 573     private void chooseMinimalConfidence() {
 574         final String s = ( String ) JOptionPane
 575                 .showInputDialog( this,
 576                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 577                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 578                                   "Minimal Confidence Value",
 579                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 580                                   null,
 581                                   null,
 582                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 583         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 584             boolean success = true;
 585             double m = 0.0;
 586             final String m_str = s.trim();
 587             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 588                 try {
 589                     m = Double.parseDouble( m_str );
 590                 }
 591                 catch ( final Exception ex ) {
 592                     success = false;
 593                 }
 594             }
 595             else {
 596                 success = false;
 597             }
 598             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 599                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 600             }
 601         }
 602     }
 603
 604     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 605         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 606                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 607                                                                          + "[current value: "
 608                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 609                                                                  "Node Shape Size",
 610                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 611                                                                  null,
 612                                                                  null,
 613                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 614         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 615             boolean success = true;
 616             double m = 0.0;
 617             final String m_str = s.trim();
 618             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 619                 try {
 620                     m = Double.parseDouble( m_str );
 621                 }
 622                 catch ( final Exception ex ) {
 623                     success = false;
 624                 }
 625             }
 626             else {
 627                 success = false;
 628             }
 629             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 630                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 631                 if ( size >= 0.0 ) {
 632                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 633                 }
 634             }
 635         }
 636     }
 637
 638     void close() {
 639         removeTextFrame();
 640         if ( _mainpanel != null ) {
 641             _mainpanel.terminate();
 642         }
 643         if ( _contentpane != null ) {
 644             _contentpane.removeAll();
 645         }
 646         setVisible( false );
 647         dispose();
 648     }
 649
 650     void confColor() {
 651         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 652             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 653         }
 654     }
 655
 656     void colorRank() {
 657         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 658             final String[] ranks = AptxUtil.getAllPossibleRanks();
 659             final String rank = ( String ) JOptionPane
 660                     .showInputDialog( this,
 661                                       "What rank should the colorization be based on",
 662                                       "Rank Selection",
 663                                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 664                                       null,
 665                                       ranks,
 666                                       null );
 667             if ( !ForesterUtil.isEmpty( rank ) ) {
 668                 _mainpanel.getCurrentTreePanel().colorRank( rank );
 669             }
 670         }
 671     }
 672
 673     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 674         if ( item != null ) {
 675             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 676             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 677                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 678                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 679             }
 680             item.setSelected( is_selected );
 681             item.addActionListener( this );
 682         }
 683     }
 684
 685     void customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 686         if ( jmi != null ) {
 687             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 688             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 689                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 690                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 691             }
 692             jmi.addActionListener( this );
 693         }
 694     }
 695
 696     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 697         if ( item != null ) {
 698             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 699             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 700                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 701                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 702             }
 703             item.setSelected( is_selected );
 704             item.addActionListener( this );
 705         }
 706     }
 707
 708     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 709         try {
 710             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 711         }
 712         catch ( final Exception ex ) {
 713             // Do nothing.
 714         }
 715         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 716                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 717                                        "Error during File|Open",
 718                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 719     }
 720
 721     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 722         try {
 723             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 724         }
 725         catch ( final Exception ex ) {
 726             // Do nothing.
 727         }
 728         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 729     }
 730
 731     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 732         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 733             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 734                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 735                                            "Error during SDI",
 736                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 737             return false;
 738         }
 739         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 740             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 741                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 742                                            "Error during SDI",
 743                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 744             return false;
 745         }
 746         else {
 747             return true;
 748         }
 749     }
 750
 751     public Configuration getConfiguration() {
 752         return _configuration;
 753     }
 754
 755     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 756         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 757     }
 758
 759     JMenu getHelpMenu() {
 760         return _help_jmenu;
 761     }
 762
 763     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 764         return _label_direction_cbmi;
 765     }
 766
 767     MainPanel getMainPanel() {
 768         return _mainpanel;
 769     }
 770
 771     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 772         return _jmenubar;
 773     }
 774
 775     public Options getOptions() {
 776         return _options;
 777     }
 778
 779     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 780         setTypeMenuToAllUnselected();
 781         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 782             case CONVEX:
 783                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 784                 break;
 785             case CURVED:
 786                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 787                 break;
 788             case EURO_STYLE:
 789                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 790                 break;
 791             case ROUNDED:
 792                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 793                 break;
 794             case TRIANGULAR:
 795                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 796                 break;
 797             case UNROOTED:
 798                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 799                 break;
 800             case CIRCULAR:
 801                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 802                 break;
 803             default:
 804                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 805                 break;
 806         }
 807     }
 808
 809     void midpointRoot() {
 810         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 811             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 812         }
 813     }
 814
 815     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 816
 817     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 818         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 819         new Thread( reader ).start();
 820     }
 821
 822     private void removeBranchColors() {
 823         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 824             AptxUtil.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 825         }
 826     }
 827
 828     void removeTextFrame() {
 829         if ( _textframe != null ) {
 830             _textframe.close();
 831             _textframe = null;
 832         }
 833     }
 834
 835     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 836         _configuration = configuration;
 837     }
 838
 839     void setOptions( final Options options ) {
 840         _options = options;
 841     }
 842
 843     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 844         setTypeMenuToAllUnselected();
 845         switch ( type ) {
 846             case CIRCULAR:
 847                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 848                 break;
 849             case CONVEX:
 850                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 851                 break;
 852             case CURVED:
 853                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 854                 break;
 855             case EURO_STYLE:
 856                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 857                 break;
 858             case ROUNDED:
 859                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 860                 break;
 861             case RECTANGULAR:
 862                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 863                 break;
 864             case TRIANGULAR:
 865                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 866                 break;
 867             case UNROOTED:
 868                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 869                 break;
 870             default:
 871                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 872         }
 873     }
 874
 875     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 876         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 877         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 878         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 879         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 880         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 881         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 882         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 883         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 884     }
 885
 886     public void showWhole() {
 887         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 888     }
 889
 890     void switchColors() {
 891         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 892         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 893         csc.setVisible( true );
 894     }
 895
 896     void taxColor() {
 897         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 898             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 899         }
 900     }
 901
 902     void typeChanged( final Object o ) {
 903         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 904         updateOptions( getOptions() );
 905         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 906             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 907             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 908             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 909                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 910                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 911                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 912                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 913             }
 914             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 915                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 916             }
 917             else {
 918                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 919             }
 920             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 921             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 922             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 923                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 924                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 925                 }
 926                 else {
 927                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 928                 }
 929             }
 930         }
 931     }
 932
 933     void updateOptions( final Options options ) {
 934         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 935         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 936                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 937         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 938         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
 939                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
 940         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
 941                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
 942         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
 943                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 944         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
 945                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 946         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 947             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 948         }
 949         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 950             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 951         }
 952         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
 953             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 954         }
 955         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
 956                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
 957         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
 958             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
 959         }
 960         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
 961             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
 962                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 963             }
 964             else {
 965                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 966             }
 967         }
 968         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
 969         options.setShowConfidenceStddev( ( _show_confidence_stddev_cbmi != null )
 970                 && _show_confidence_stddev_cbmi.isSelected() );
 971         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
 972             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
 973         }
 974         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
 975                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 976         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
 977                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 978         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
 979         options.setUseBracketsForConfInNhExport( ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
 980                 && _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() );
 981         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
 982                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
 983         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
 984                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
 985         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
 986                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
 987         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
 988                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
 989         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
 990                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
 991         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
 992                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
 993         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
 994             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
 995             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
 996                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
 997                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
 998             }
 999             else {
1000                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
1001             }
1002         }
1003         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1004             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1005         }
1006         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1007             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1008         }
1009         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
1010             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1011         }
1012         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
1013             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1014         }
1015         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
1016             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1017         }
1018         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
1019             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1020         }
1021         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
1022             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1023         }
1024         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
1025             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1026         }
1027     }
1028
1029     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
1030         setTypeMenuToAllUnselected();
1031         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
1032     }
1033
1034     void displayBasicInformation() {
1035         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1036             return;
1037         }
1038         _textframe = TextFrame.instantiate( AptxUtil.crateBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1039     }
1040
1041     void viewAsNexus() {
1042         removeTextFrame();
1043         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1044                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1045             return;
1046         }
1047         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus( getOptions()
1048                 .isUseBracketsForConfInNhExport() ) );
1049     }
1050
1051     void viewAsNH() {
1052         removeTextFrame();
1053         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1054                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1055             return;
1056         }
1057         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny()
1058                 .toNewHampshire( false, getOptions().isUseBracketsForConfInNhExport() ) );
1059     }
1060
1061     void viewAsNHX() {
1062         removeTextFrame();
1063         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1064                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1065             return;
1066         }
1067         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1068     }
1069
1070     void viewAsXML() {
1071         removeTextFrame();
1072         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1073                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1074             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1075         }
1076     }
1077
1078     /**
1079      * Display the about box.
1080      */
1081     static void about() {
1082         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1083         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
1084         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1085         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1086         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1087         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1088         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1089         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1090             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1091         }
1092         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1093                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1094             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1095                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1096         }
1097         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1098         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1099         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1100         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1101         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1102         about.append( "References:\n" );
1103         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1104         about.append( "For more information & download:\n" );
1105         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1106         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1107         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1108     }
1109
1110     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1111         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1112     }
1113
1114     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1115         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1116         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1117             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1118             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1119             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1120         }
1121         return jmenu;
1122     }
1123
1124     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1125         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1126         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1127             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1128             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1129             label.setOpaque( true );
1130         }
1131         label.setSelected( false );
1132         label.setEnabled( false );
1133         return label;
1134     }
1135
1136     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1137         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1138             case LOWER_LEFT:
1139                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1140                 break;
1141             case LOWER_RIGHT:
1142                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1143                 break;
1144             case UPPER_LEFT:
1145                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1146                 break;
1147             case UPPER_RIGHT:
1148                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1149                 break;
1150             default:
1151                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1152         }
1153         if ( tree_panel != null ) {
1154             tree_panel.updateOvSettings();
1155         }
1156     }
1157
1158     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1159         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1160             case GRADIENT:
1161                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1162                 break;
1163             case NONE:
1164                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1165                 break;
1166             case SOLID:
1167                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1168                 break;
1169             default:
1170                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1171         }
1172     }
1173
1174     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1175         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1176             case CIRCLE:
1177                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1178                 break;
1179             case RECTANGLE:
1180                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1181                 break;
1182             default:
1183                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1184         }
1185     }
1186
1187     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1188         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1189         sb.append( "Display options\n" );
1190         sb.append( "-------------------\n" );
1191         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1192         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1193         sb.append( "--------------------\n" );
1194         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1195         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1196         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1197         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1198         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1199         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1200         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1201         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1202         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1203         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1204         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1205         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1206         sb.append( "Zooming\n" );
1207         sb.append( "---------\n" );
1208         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1209         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1210         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1211         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1212         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1213         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1214         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1215         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1216         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1217         sb.append( "------------------------\n" );
1218         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1219         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1220         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1221         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1222         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1223         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1224         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1225         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1226         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1227             sb.append( "Active web links\n" );
1228             sb.append( "--------------------\n" );
1229             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1230                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1231             }
1232         }
1233         // + "General remarks\n"
1234         // + "---------------\n"
1235         // +
1236         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1237         // +
1238         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1239         // +
1240         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1241         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1242         // +
1243         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1244         // +
1245         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1246         // +
1247         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1248         // +
1249         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1250         // +
1251         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1252         // +
1253         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1254         // +
1255         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1256         // +
1257         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1258         // +
1259         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1260         // +
1261         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1262         // +
1263         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1264         // +
1265         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1266         // +
1267         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1268         // +
1269         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1270         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1271         // +
1272         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1273         sb.append( "\n" );
1274         sb.append( "phyloXML\n" );
1275         sb.append( "-------------------\n" );
1276         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1277         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1278         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1279         sb.append( "\n" );
1280         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1281         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1282         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1283     }
1284
1285     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1286         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1287             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1288         }
1289         else {
1290             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1291         }
1292     }
1293
1294     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1295         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1296             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1297                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1298         }
1299         else {
1300             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1301         }
1302     }
1303
1304     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1305         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1306             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1307                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1308         }
1309         else {
1310             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1311         }
1312     }
1313
1314     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1315         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1316             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1317         }
1318         else {
1319             mi.setText( "Select Colors..." );
1320         }
1321     }
1322
1323     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1324         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1325     }
1326
1327     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1328         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1329             mi.setEnabled( true );
1330         }
1331         else if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1332             mi.setEnabled( true );
1333         }
1334         else {
1335             mi.setEnabled( false );
1336         }
1337         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1338     }
1339
1340     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1341         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1342     }
1343
1344     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1345                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1346                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1347                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1348                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1349                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1350                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1351         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1352         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1353         final Options options = main_panel.getOptions();
1354         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1355         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1356         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1357         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1358             scale.setSelected( false );
1359             scale.setEnabled( false );
1360             branch_lengths.setSelected( false );
1361             branch_lengths.setEnabled( false );
1362         }
1363         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1364             scale.setSelected( false );
1365             scale.setEnabled( false );
1366             branch_lengths.setEnabled( true );
1367         }
1368         else {
1369             scale.setEnabled( true );
1370             branch_lengths.setEnabled( true );
1371         }
1372         if ( ( tree_panel != null )
1373                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1374                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1375                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1376             branch_lengths.setSelected( false );
1377             branch_lengths.setEnabled( false );
1378         }
1379         if ( tree_panel != null ) {
1380             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1381                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1382                 non_lined_up.setEnabled( false );
1383                 uniform_clado.setEnabled( false );
1384                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1385             }
1386             else {
1387                 non_lined_up.setEnabled( true );
1388                 uniform_clado.setEnabled( true );
1389                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1390             }
1391         }
1392         else {
1393             if ( ( tree_panel != null )
1394                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1395                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1396                 branch_lengths.setSelected( false );
1397                 branch_lengths.setEnabled( false );
1398             }
1399             if ( ( tree_panel != null )
1400                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1401                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1402                 non_lined_up.setEnabled( false );
1403             }
1404             else {
1405                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1406                 non_lined_up.setEnabled( true );
1407             }
1408         }
1409         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1410         if ( tree_panel != null ) {
1411             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1412                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1413                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1414             }
1415             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1416                 scale.setSelected( false );
1417                 scale.setEnabled( false );
1418             }
1419         }
1420     }
1421
1422     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1423         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1424             tree_panel.setTextAntialias();
1425         }
1426     }
1427 }