forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.awt.Font;
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32 import java.awt.event.ActionListener;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Locale;
  36 import java.util.Map;
  37
  38 import javax.swing.JApplet;
  39 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  40 import javax.swing.JFrame;
  41 import javax.swing.JMenu;
  42 import javax.swing.JMenuBar;
  43 import javax.swing.JMenuItem;
  44 import javax.swing.JOptionPane;
  45 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  46
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessPool;
  51 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessRunning;
  52 import org.forester.archaeopteryx.tools.RunnableProcess;
  53 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  54 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  55 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  56 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  57 import org.forester.util.ForesterConstants;
  58 import org.forester.util.ForesterUtil;
  59
  60 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  61
  62     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE          = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  63     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP                   = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  64     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                       = Constants.APTX_REFERENCE;
  65     private static final long serialVersionUID                        = 3655000897845508358L;
  66     final static Font         menu_font                               = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  67                                                                                   Font.PLAIN,
  68                                                                                   10 );
  69     static final String       TYPE_MENU_HEADER                        = "Type";
  70     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rectangular";
  71     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                    = "Euro Type";
  72     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Curved";
  73     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL              = "Triangular";
  74     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Convex";
  75     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL                 = "Rounded";
  76     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL                = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  77     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL                = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  78     static final String       OPTIONS_HEADER                          = "Options";
  79     static final String       SEARCH_SUBHEADER                        = "Search:";
  80     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                       = "Display:";
  81     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL                 = "Match Complete Terms Only";
  82     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL             = "Case Sensitive";
  83     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL             = "Negate Result";
  84     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL      = "Display Branch Length Values";
  85     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                     = "Display Scale";
  86     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL           = "Non-Lined Up Cladograms";
  87     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL                = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  88     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL                   = "Radial Labels";
  89     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                     = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  90     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL                  = "Antialias";
  91     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                      = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  92     static final String       BG_GRAD_LABEL                           = "Background Color Gradient";
  93     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL                = "Show Node Shapes";
  94     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                     = "Show Overview";
  95     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                    = "Font Size";
  96     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL             = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  97     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL                = "Show Domain Labels";
  98     static final String       COLOR_LABELS_TIP                        = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  99     static final String       ABBREV_SN_LABEL                         = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
 100     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL     = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
 101     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL                  = "Cycle Node Shapes";
 102     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL                   = "Cycle Node Fill Type";
 103     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL                  = "Choose Node Shape Size";
 104     static final String       SHOW_CONF_STDDEV_LABEL                  = "Show Confidence Standard Deviations";
 105     static final String       USE_BRACKETS_FOR_CONF_IN_NH_LABEL       = "Use Brackets for Confidence Values";
 106     static final String       USE_INTERNAL_NAMES_FOR_CONF_IN_NH_LABEL = "Use Internal Node Names for Confidence Values";
 107     JMenuBar                  _jmenubar;
 108     JMenu                     _file_jmenu;
 109     JMenu                     _tools_menu;
 110     JMenu                     _view_jmenu;
 111     JMenu                     _options_jmenu;
 112     JMenu                     _font_size_menu;
 113     JMenu                     _help_jmenu;
 114     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 115     // file menu:
 116     JMenuItem                 _open_item;
 117     JMenuItem                 _open_url_item;
 118     JMenuItem                 _save_item;
 119     JMenuItem                 _save_all_item;
 120     JMenuItem                 _close_item;
 121     JMenuItem                 _exit_item;
 122     JMenuItem                 _new_item;
 123     // tools menu:
 124     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 125     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 126     JMenuItem                 _confcolor_item;
 127     JMenuItem                 _color_rank_jmi;
 128     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 129     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 130     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                    //TODO implememt me
 131     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 132     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 133     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 134     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 135     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 136     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 137     // font size menu:
 138     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 139     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 140     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 141     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 142     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 143     // options menu:
 144     // _  screen and print
 145     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 146     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 147     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 148     // _  screen display
 149     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 150     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 151     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 152     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 153     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 154     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 155     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                             //TODO fix me
 156     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 157     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 158     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 159     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 160     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 161     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 162     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 163     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 164     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 165     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 166     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 167     JCheckBoxMenuItem         _show_confidence_stddev_cbmi;
 168     // _  print
 169     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 170     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 171     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 172     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 173     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 174     JMenuItem                 _print_size_mi;
 175     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 176     // _  parsing
 177     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 178     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 179     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 180     JCheckBoxMenuItem         _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 181     JCheckBoxMenuItem         _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 182     // _  search
 183     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 184     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 185     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 186     // type menu:
 187     JMenu                     _type_menu;
 188     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 189     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 190     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 191     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 192     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 193     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 194     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 195     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 196     // view as text menu:
 197     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 198     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 199     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 200     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 201     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 202     // help menu:
 203     JMenuItem                 _about_item;
 204     JMenuItem                 _help_item;
 205     JMenuItem                 _website_item;
 206     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 207     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 208     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 209     // process menu:
 210     JMenu                     _process_menu;
 211     // Handy pointers to child components:
 212     MainPanel                 _mainpanel;
 213     Container                 _contentpane;
 214     TextFrame                 _textframe;
 215     Configuration             _configuration;
 216     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 217     Options                   _options;
 218     final ProcessPool         _process_pool;
 219
 220     MainFrame() {
 221         _process_pool = ProcessPool.createInstance();
 222     }
 223
 224     public ProcessPool getProcessPool() {
 225         return _process_pool;
 226     }
 227
 228     /**
 229      * Action performed.
 230      */
 231     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 232         final Object o = e.getSource();
 233         boolean is_applet = false;
 234         JApplet applet = null;
 235         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 236             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 237             if ( is_applet ) {
 238                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 239             }
 240         }
 241         if ( o == _open_url_item ) {
 242             readPhylogeniesFromURL();
 243         }
 244         else if ( o == _exit_item ) {
 245             close();
 246         }
 247         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 248             taxColor();
 249         }
 250         else if ( o == _confcolor_item ) {
 251             confColor();
 252         }
 253         else if ( o == _color_rank_jmi ) {
 254             colorRank();
 255         }
 256         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 257             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 258                 return;
 259             }
 260             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 261                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 262             }
 263         }
 264         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 265             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 266                 return;
 267             }
 268             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 269                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 270             }
 271         }
 272         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 273             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 274                 return;
 275             }
 276             removeBranchColors();
 277         }
 278         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 279             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 280                 return;
 281             }
 282             midpointRoot();
 283         }
 284         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 285             switchColors();
 286         }
 287         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 288             displayBasicInformation();
 289         }
 290         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 291             viewAsNH();
 292         }
 293         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 294             viewAsNHX();
 295         }
 296         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 297             viewAsXML();
 298         }
 299         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 300             viewAsNexus();
 301         }
 302         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 303             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 304                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 305                 getCurrentTreePanel().repaint();
 306             }
 307         }
 308         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 309             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 310                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 311                 getCurrentTreePanel().repaint();
 312             }
 313         }
 314         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 315             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 316                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 317                 getCurrentTreePanel().repaint();
 318             }
 319         }
 320         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 321             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 322                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 323                 getCurrentTreePanel().repaint();
 324             }
 325         }
 326         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 327             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 328                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 329                 getCurrentTreePanel().repaint();
 330             }
 331         }
 332         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 333             chooseFont();
 334         }
 335         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 336             chooseMinimalConfidence();
 337         }
 338         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 339             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 340         }
 341         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 342             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 343         }
 344         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 345             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 346         }
 347         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 348             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 349         }
 350         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 351             updateOptions( getOptions() );
 352             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 353         }
 354         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 355             updateOptions( getOptions() );
 356         }
 357         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 358             updateOptions( getOptions() );
 359         }
 360         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 361             updateOptions( getOptions() );
 362         }
 363         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 364             updateOptions( getOptions() );
 365         }
 366         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 367             updateOptions( getOptions() );
 368         }
 369         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 370             updateOptions( getOptions() );
 371         }
 372         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 373             updateOptions( getOptions() );
 374             showWhole();
 375         }
 376         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 377             updateOptions( getOptions() );
 378             showWhole();
 379         }
 380         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 381             updateOptions( getOptions() );
 382             showWhole();
 383         }
 384         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 385             updateOptions( getOptions() );
 386             getMainPanel().getControlPanel().search();
 387         }
 388         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 389             updateOptions( getOptions() );
 390             getMainPanel().getControlPanel().search();
 391         }
 392         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 393             updateOptions( getOptions() );
 394             getMainPanel().getControlPanel().search();
 395         }
 396         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 397             updateOptions( getOptions() );
 398         }
 399         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 400             updateOptions( getOptions() );
 401         }
 402         else if ( o == _show_confidence_stddev_cbmi ) {
 403             updateOptions( getOptions() );
 404         }
 405         else if ( o == _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 406             if ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 407                 _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 408             }
 409             updateOptions( getOptions() );
 410         }
 411         else if ( o == _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 412             if ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 413                 _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 414             }
 415             updateOptions( getOptions() );
 416         }
 417         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 418             updateOptions( getOptions() );
 419         }
 420         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 421             updateOptions( getOptions() );
 422             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 423                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 424             }
 425         }
 426         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 427                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 428                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 429             typeChanged( o );
 430         }
 431         else if ( o == _about_item ) {
 432             about();
 433         }
 434         else if ( o == _help_item ) {
 435             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 436         }
 437         else if ( o == _website_item ) {
 438             try {
 439                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 440             }
 441             catch ( final IOException e1 ) {
 442                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 443             }
 444         }
 445         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 446             try {
 447                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 448             }
 449             catch ( final IOException e1 ) {
 450                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 451             }
 452         }
 453         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 454             try {
 455                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 456             }
 457             catch ( final IOException e1 ) {
 458                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 459             }
 460         }
 461         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 462             try {
 463                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 464             }
 465             catch ( final IOException e1 ) {
 466                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 467             }
 468         }
 469         else {
 470             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 471                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 472                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 473                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 474                     }
 475                 }
 476             }
 477         }
 478         _contentpane.repaint();
 479     }
 480
 481     boolean isSubtreeDisplayed() {
 482         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 483             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 484                 JOptionPane
 485                         .showMessageDialog( this,
 486                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 487                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 488                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 489                 return true;
 490             }
 491         }
 492         return false;
 493     }
 494
 495     void activateSaveAllIfNeeded() {
 496         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 497             _save_all_item.setEnabled( true );
 498         }
 499         else {
 500             _save_all_item.setEnabled( false );
 501         }
 502     }
 503
 504     void buildFileMenu() {
 505         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 506         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 507         _file_jmenu.addSeparator();
 508         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 509         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 510         customizeJMenuItem( _exit_item );
 511         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 512     }
 513
 514     void buildFontSizeMenu() {
 515         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 516         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 517         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 518         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 519         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 520         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 521         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 522         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 523         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 524         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 525         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 526         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 527     }
 528
 529     void buildHelpMenu() {
 530         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 531         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 532         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 533         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 534         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 535         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 536         _help_jmenu.addSeparator();
 537         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 538         customizeJMenuItem( _help_item );
 539         customizeJMenuItem( _website_item );
 540         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 541         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 542         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 543         customizeJMenuItem( _about_item );
 544         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 545         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 546         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 547     }
 548
 549     public synchronized void updateProcessMenu() {
 550         System.out.println( "pool size " + _process_pool.size() );
 551         if ( _process_pool.size() > 0 ) {
 552             if ( _process_menu == null ) {
 553                 _process_menu = createMenu( "", getConfiguration() );
 554                 _process_menu.setForeground( Color.RED );
 555             }
 556             _process_menu.removeAll();
 557             final String text = "processes running: " + _process_pool.size();
 558             _process_menu.setText( text );
 559             _jmenubar.add( _process_menu );
 560
 561
 562
 563             for ( int i = 0; i < _process_pool.size(); ++i ) {
 564                 final ProcessRunning p = _process_pool.getProcessByIndex( i );
 565                 _process_menu.add( customizeJMenuItem( new JMenuItem( p.getName() + " [" + p.getStart() + "]"  )) );
 566
 567             }
 568         }
 569         else {
 570             if ( _process_menu != null ) {
 571                 _process_menu.removeAll();
 572                 _jmenubar.remove( _process_menu );
 573             }
 574         }
 575         _jmenubar.validate();
 576         _jmenubar.repaint();
 577         repaint();
 578         //        _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 579         //        _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 580         //        _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 581         //        _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 582         //        _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 583         //        _help_jmenu.addSeparator();
 584         //        _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 585         //        customizeJMenuItem( _help_item );
 586         //        customizeJMenuItem( _website_item );
 587         //        customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 588         //        customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 589         //        customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 590         //        customizeJMenuItem( _about_item );
 591         //        _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 592         //        _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 593         //        _jmenubar.add( _help_jmenu );
 594     }
 595
 596     void buildTypeMenu() {
 597         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 598         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 599         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 600         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 601         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 602         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 603         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 604         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 605         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 606         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 607         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 608         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 609         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 610         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 611         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 612         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 613         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 614         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 615         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 616         initializeTypeMenu( getOptions() );
 617         _jmenubar.add( _type_menu );
 618     }
 619
 620     void buildViewMenu() {
 621         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 622         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 623         _view_jmenu.addSeparator();
 624         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 625         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 626         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 627         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 628         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 629         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 630         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 631         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 632         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 633         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 634     }
 635
 636     private void chooseFont() {
 637         final FontChooser fc = new FontChooser();
 638         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 639         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 640         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 641     }
 642
 643     private void chooseMinimalConfidence() {
 644         final String s = ( String ) JOptionPane
 645                 .showInputDialog( this,
 646                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 647                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 648                                   "Minimal Confidence Value",
 649                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 650                                   null,
 651                                   null,
 652                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 653         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 654             boolean success = true;
 655             double m = 0.0;
 656             final String m_str = s.trim();
 657             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 658                 try {
 659                     m = Double.parseDouble( m_str );
 660                 }
 661                 catch ( final Exception ex ) {
 662                     success = false;
 663                 }
 664             }
 665             else {
 666                 success = false;
 667             }
 668             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 669                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 670             }
 671         }
 672     }
 673
 674     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 675         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 676                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 677                                                                          + "[current value: "
 678                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 679                                                                  "Node Shape Size",
 680                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 681                                                                  null,
 682                                                                  null,
 683                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 684         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 685             boolean success = true;
 686             double m = 0.0;
 687             final String m_str = s.trim();
 688             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 689                 try {
 690                     m = Double.parseDouble( m_str );
 691                 }
 692                 catch ( final Exception ex ) {
 693                     success = false;
 694                 }
 695             }
 696             else {
 697                 success = false;
 698             }
 699             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 700                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 701                 if ( size >= 0.0 ) {
 702                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 703                 }
 704             }
 705         }
 706     }
 707
 708     void close() {
 709         removeTextFrame();
 710         if ( _mainpanel != null ) {
 711             _mainpanel.terminate();
 712         }
 713         if ( _contentpane != null ) {
 714             _contentpane.removeAll();
 715         }
 716         setVisible( false );
 717         dispose();
 718     }
 719
 720     void confColor() {
 721         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 722             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 723         }
 724     }
 725
 726     void colorRank() {
 727         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 728             final String[] ranks = AptxUtil.getAllPossibleRanks();
 729             final String rank = ( String ) JOptionPane
 730                     .showInputDialog( this,
 731                                       "What rank should the colorization be based on",
 732                                       "Rank Selection",
 733                                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 734                                       null,
 735                                       ranks,
 736                                       null );
 737             if ( !ForesterUtil.isEmpty( rank ) ) {
 738                 _mainpanel.getCurrentTreePanel().colorRank( rank );
 739             }
 740         }
 741     }
 742
 743     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 744         if ( item != null ) {
 745             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 746             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 747                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 748                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 749             }
 750             item.setSelected( is_selected );
 751             item.addActionListener( this );
 752         }
 753     }
 754
 755     JMenuItem customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 756         if ( jmi != null ) {
 757             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 758             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 759                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 760                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 761             }
 762             jmi.addActionListener( this );
 763         }
 764         return jmi;
 765     }
 766
 767     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 768         if ( item != null ) {
 769             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 770             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 771                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 772                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 773             }
 774             item.setSelected( is_selected );
 775             item.addActionListener( this );
 776         }
 777     }
 778
 779     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 780         try {
 781             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 782         }
 783         catch ( final Exception ex ) {
 784             // Do nothing.
 785         }
 786         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 787                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 788                                        "Error during File|Open",
 789                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 790     }
 791
 792     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 793         try {
 794             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 795         }
 796         catch ( final Exception ex ) {
 797             // Do nothing.
 798         }
 799         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 800     }
 801
 802     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 803         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 804             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 805                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 806                                            "Error during SDI",
 807                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 808             return false;
 809         }
 810         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 811             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 812                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 813                                            "Error during SDI",
 814                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 815             return false;
 816         }
 817         else {
 818             return true;
 819         }
 820     }
 821
 822     public Configuration getConfiguration() {
 823         return _configuration;
 824     }
 825
 826     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 827         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 828     }
 829
 830     JMenu getHelpMenu() {
 831         return _help_jmenu;
 832     }
 833
 834     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 835         return _label_direction_cbmi;
 836     }
 837
 838     public MainPanel getMainPanel() {
 839         return _mainpanel;
 840     }
 841
 842     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 843         return _jmenubar;
 844     }
 845
 846     public Options getOptions() {
 847         return _options;
 848     }
 849
 850     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 851         setTypeMenuToAllUnselected();
 852         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 853             case CONVEX:
 854                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 855                 break;
 856             case CURVED:
 857                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 858                 break;
 859             case EURO_STYLE:
 860                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 861                 break;
 862             case ROUNDED:
 863                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 864                 break;
 865             case TRIANGULAR:
 866                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 867                 break;
 868             case UNROOTED:
 869                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 870                 break;
 871             case CIRCULAR:
 872                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 873                 break;
 874             default:
 875                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 876                 break;
 877         }
 878     }
 879
 880     void midpointRoot() {
 881         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 882             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 883         }
 884     }
 885
 886     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 887
 888     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 889         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 890         new Thread( reader ).start();
 891     }
 892
 893     private void removeBranchColors() {
 894         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 895             AptxUtil.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 896         }
 897     }
 898
 899     void removeTextFrame() {
 900         if ( _textframe != null ) {
 901             _textframe.close();
 902             _textframe = null;
 903         }
 904     }
 905
 906     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 907         _configuration = configuration;
 908     }
 909
 910     void setOptions( final Options options ) {
 911         _options = options;
 912     }
 913
 914     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 915         setTypeMenuToAllUnselected();
 916         switch ( type ) {
 917             case CIRCULAR:
 918                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 919                 break;
 920             case CONVEX:
 921                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 922                 break;
 923             case CURVED:
 924                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 925                 break;
 926             case EURO_STYLE:
 927                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 928                 break;
 929             case ROUNDED:
 930                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 931                 break;
 932             case RECTANGULAR:
 933                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 934                 break;
 935             case TRIANGULAR:
 936                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 937                 break;
 938             case UNROOTED:
 939                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 940                 break;
 941             default:
 942                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 943         }
 944     }
 945
 946     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 947         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 948         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 949         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 950         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 951         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 952         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 953         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 954         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 955     }
 956
 957     public void showWhole() {
 958         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 959     }
 960
 961     void switchColors() {
 962         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 963         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 964         csc.setVisible( true );
 965     }
 966
 967     void taxColor() {
 968         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 969             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 970         }
 971     }
 972
 973     void typeChanged( final Object o ) {
 974         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 975         updateOptions( getOptions() );
 976         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 977             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 978             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 979             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 980                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 981                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 982                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 983                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 984             }
 985             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 986                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 987             }
 988             else {
 989                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 990             }
 991             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 992             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 993             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 994                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 995                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 996                 }
 997                 else {
 998                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 999                 }
1000             }
1001         }
1002     }
1003
1004     void updateOptions( final Options options ) {
1005         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
1006         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
1007                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
1008         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
1009         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
1010                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
1011         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
1012                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
1013         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
1014                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
1015         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
1016                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
1017         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
1018             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1019         }
1020         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
1021             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1022         }
1023         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
1024             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1025         }
1026         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
1027                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
1028         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
1029             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
1030         }
1031         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
1032             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
1033                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1034             }
1035             else {
1036                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1037             }
1038         }
1039         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
1040         options.setShowConfidenceStddev( ( _show_confidence_stddev_cbmi != null )
1041                 && _show_confidence_stddev_cbmi.isSelected() );
1042         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
1043             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
1044         }
1045         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
1046                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
1047         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
1048                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
1049         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
1050         if ( ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1051                 && _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1052             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS );
1053         }
1054         else if ( ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1055                 && _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1056             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES );
1057         }
1058         else {
1059             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE );
1060         }
1061         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
1062                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
1063         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
1064                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
1065         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
1066                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
1067         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
1068                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
1069         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
1070                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
1071         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
1072                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
1073         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
1074             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
1075             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
1076                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
1077                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
1078             }
1079             else {
1080                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
1081             }
1082         }
1083         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1084             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1085         }
1086         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1087             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1088         }
1089         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
1090             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1091         }
1092         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
1093             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1094         }
1095         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
1096             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1097         }
1098         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
1099             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1100         }
1101         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
1102             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1103         }
1104         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
1105             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1106         }
1107     }
1108
1109     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
1110         setTypeMenuToAllUnselected();
1111         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
1112     }
1113
1114     void displayBasicInformation() {
1115         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1116             return;
1117         }
1118         _textframe = TextFrame.instantiate( AptxUtil.createBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1119     }
1120
1121     void viewAsNexus() {
1122         removeTextFrame();
1123         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1124                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1125             return;
1126         }
1127         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus( getOptions()
1128                 .getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1129     }
1130
1131     void viewAsNH() {
1132         removeTextFrame();
1133         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1134                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1135             return;
1136         }
1137         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny()
1138                 .toNewHampshire( false, getOptions().getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1139     }
1140
1141     void viewAsNHX() {
1142         removeTextFrame();
1143         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1144                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1145             return;
1146         }
1147         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1148     }
1149
1150     void viewAsXML() {
1151         removeTextFrame();
1152         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1153                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1154             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1155         }
1156     }
1157
1158     /**
1159      * Display the about box.
1160      */
1161     static void about() {
1162         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1163         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
1164         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1165         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1166         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1167         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1168         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1169         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1170             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1171         }
1172         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1173                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1174             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1175                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1176         }
1177         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1178         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1179         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1180         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1181         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1182         about.append( "References:\n" );
1183         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1184         about.append( "For more information & download:\n" );
1185         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1186         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1187         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1188     }
1189
1190     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1191         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1192     }
1193
1194     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1195         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1196         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1197             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1198             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1199             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1200         }
1201         return jmenu;
1202     }
1203
1204     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1205         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1206         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1207             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1208             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1209             label.setOpaque( true );
1210         }
1211         label.setSelected( false );
1212         label.setEnabled( false );
1213         return label;
1214     }
1215
1216     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1217         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1218             case LOWER_LEFT:
1219                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1220                 break;
1221             case LOWER_RIGHT:
1222                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1223                 break;
1224             case UPPER_LEFT:
1225                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1226                 break;
1227             case UPPER_RIGHT:
1228                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1229                 break;
1230             default:
1231                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1232         }
1233         if ( tree_panel != null ) {
1234             tree_panel.updateOvSettings();
1235         }
1236     }
1237
1238     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1239         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1240             case GRADIENT:
1241                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1242                 break;
1243             case NONE:
1244                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1245                 break;
1246             case SOLID:
1247                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1248                 break;
1249             default:
1250                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1251         }
1252     }
1253
1254     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1255         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1256             case CIRCLE:
1257                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1258                 break;
1259             case RECTANGLE:
1260                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1261                 break;
1262             default:
1263                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1264         }
1265     }
1266
1267     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1268         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1269         sb.append( "Display options\n" );
1270         sb.append( "-------------------\n" );
1271         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1272         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1273         sb.append( "--------------------\n" );
1274         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1275         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1276         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1277         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1278         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1279         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1280         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1281         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1282         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1283         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1284         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1285         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1286         sb.append( "Zooming\n" );
1287         sb.append( "---------\n" );
1288         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1289         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1290         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1291         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1292         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1293         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1294         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1295         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1296         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1297         sb.append( "------------------------\n" );
1298         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1299         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1300         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1301         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1302         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1303         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1304         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1305         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1306         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1307             sb.append( "Active web links\n" );
1308             sb.append( "--------------------\n" );
1309             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1310                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1311             }
1312         }
1313         // + "General remarks\n"
1314         // + "---------------\n"
1315         // +
1316         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1317         // +
1318         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1319         // +
1320         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1321         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1322         // +
1323         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1324         // +
1325         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1326         // +
1327         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1328         // +
1329         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1330         // +
1331         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1332         // +
1333         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1334         // +
1335         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1336         // +
1337         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1338         // +
1339         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1340         // +
1341         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1342         // +
1343         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1344         // +
1345         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1346         // +
1347         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1348         // +
1349         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1350         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1351         // +
1352         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1353         sb.append( "\n" );
1354         sb.append( "phyloXML\n" );
1355         sb.append( "-------------------\n" );
1356         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1357         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1358         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1359         sb.append( "\n" );
1360         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1361         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1362         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1363     }
1364
1365     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1366         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1367             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1368         }
1369         else {
1370             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1371         }
1372     }
1373
1374     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1375         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1376             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1377                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1378         }
1379         else {
1380             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1381         }
1382     }
1383
1384     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1385         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1386             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1387                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1388         }
1389         else {
1390             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1391         }
1392     }
1393
1394     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1395         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1396             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1397         }
1398         else {
1399             mi.setText( "Select Colors..." );
1400         }
1401     }
1402
1403     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1404         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1405     }
1406
1407     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1408         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1409             mi.setEnabled( true );
1410         }
1411         else if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1412             mi.setEnabled( true );
1413         }
1414         else {
1415             mi.setEnabled( false );
1416         }
1417         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1418     }
1419
1420     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1421         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1422     }
1423
1424     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1425                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1426                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1427                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1428                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1429                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1430                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1431         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1432         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1433         final Options options = main_panel.getOptions();
1434         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1435         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1436         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1437         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1438             scale.setSelected( false );
1439             scale.setEnabled( false );
1440             branch_lengths.setSelected( false );
1441             branch_lengths.setEnabled( false );
1442         }
1443         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1444             scale.setSelected( false );
1445             scale.setEnabled( false );
1446             branch_lengths.setEnabled( true );
1447         }
1448         else {
1449             scale.setEnabled( true );
1450             branch_lengths.setEnabled( true );
1451         }
1452         if ( ( tree_panel != null )
1453                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1454                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1455                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1456             branch_lengths.setSelected( false );
1457             branch_lengths.setEnabled( false );
1458         }
1459         if ( tree_panel != null ) {
1460             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1461                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1462                 non_lined_up.setEnabled( false );
1463                 uniform_clado.setEnabled( false );
1464                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1465             }
1466             else {
1467                 non_lined_up.setEnabled( true );
1468                 uniform_clado.setEnabled( true );
1469                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1470             }
1471         }
1472         else {
1473             if ( ( tree_panel != null )
1474                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1475                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1476                 branch_lengths.setSelected( false );
1477                 branch_lengths.setEnabled( false );
1478             }
1479             if ( ( tree_panel != null )
1480                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1481                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1482                 non_lined_up.setEnabled( false );
1483             }
1484             else {
1485                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1486                 non_lined_up.setEnabled( true );
1487             }
1488         }
1489         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1490         if ( tree_panel != null ) {
1491             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1492                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1493                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1494             }
1495             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1496                 scale.setSelected( false );
1497                 scale.setEnabled( false );
1498             }
1499         }
1500     }
1501
1502     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1503         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1504             tree_panel.setTextAntialias();
1505         }
1506     }
1507 }