forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Container;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.ActionListener;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Locale;
  35 import java.util.Map;
  36
  37 import javax.swing.JApplet;
  38 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  39 import javax.swing.JFrame;
  40 import javax.swing.JMenu;
  41 import javax.swing.JMenuBar;
  42 import javax.swing.JMenuItem;
  43 import javax.swing.JOptionPane;
  44 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  52 import org.forester.util.ForesterConstants;
  53 import org.forester.util.ForesterUtil;
  54
  55 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  56
  57     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE      = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  58     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP               = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  59     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                   = Constants.APTX_REFERENCE;
  60     private static final long serialVersionUID                    = 3655000897845508358L;
  61     final static Font         menu_font                           = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  62                                                                               Font.PLAIN,
  63                                                                               10 );
  64     static final String       TYPE_MENU_HEADER                    = "Type";
  65     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL         = "Rectangular";
  66     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                = "Euro Type";
  67     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL              = "Curved";
  68     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL          = "Triangular";
  69     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL              = "Convex";
  70     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rounded";
  71     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL            = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  72     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL            = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  73     static final String       OPTIONS_HEADER                      = "Options";
  74     static final String       SEARCH_SUBHEADER                    = "Search:";
  75     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                   = "Display:";
  76     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL             = "Match Complete Terms Only";
  77     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL         = "Case Sensitive";
  78     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL         = "Negate Result";
  79     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL  = "Display Branch Length Values";
  80     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                 = "Display Scale";
  81     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL       = "Non-Lined Up Cladograms";
  82     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL            = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  83     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL               = "Radial Labels";
  84     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                 = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  85     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL              = "Antialias";
  86     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                  = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  87     static final String       BG_GRAD_LABEL                       = "Background Color Gradient";
  88     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL            = "Display Node Shapes";
  89     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                 = "Show Overview";
  90     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                = "Font Size";
  91     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL         = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  92     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL            = "Show Domain Labels";
  93     static final String       COLOR_LABELS_TIP                    = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  94     static final String       ABBREV_SN_LABEL                     = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  95     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
  96     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL              = "Cycle Node Shapes";
  97     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL               = "Cycle Node Fill Type";
  98     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL              = "Choose Node Shape Size";
  99     JMenuBar                  _jmenubar;
 100     JMenu                     _file_jmenu;
 101     JMenu                     _tools_menu;
 102     JMenu                     _view_jmenu;
 103     JMenu                     _options_jmenu;
 104     JMenu                     _font_size_menu;
 105     JMenu                     _help_jmenu;
 106     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 107     // file menu:
 108     JMenuItem                 _open_item;
 109     JMenuItem                 _open_url_item;
 110     JMenuItem                 _save_item;
 111     JMenuItem                 _save_all_item;
 112     JMenuItem                 _close_item;
 113     JMenuItem                 _exit_item;
 114     JMenuItem                 _new_item;
 115     // tools menu:
 116     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 117     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 118     JMenuItem                 _confcolor_item;
 119     JMenuItem                 _color_rank_jmi;
 120     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 121     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 122     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                //TODO implememt me
 123     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 124     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 125     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 126     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 127     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 128     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 129     // font size menu:
 130     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 131     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 132     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 133     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 134     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 135     // options menu:
 136     // _  screen and print
 137     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 138     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 139     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 140     // _  screen display
 141     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 142     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 143     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 144     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 145     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 146     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 147     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                         //TODO fix me
 148     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 149     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 150     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 151     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 152     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 153     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 154     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 155     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 156     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 157     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 158     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 159     // _  print
 160     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 161     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 162     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 163     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 164     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 165     JMenuItem                 _print_size_mi;
 166     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 167     // _  parsing
 168     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 169     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 170     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 171     // _  search
 172     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 173     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 174     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 175     // type menu:
 176     JMenu                     _type_menu;
 177     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 178     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 179     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 180     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 181     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 182     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 183     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 184     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 185     // view as text menu:
 186     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 187     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 188     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 189     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 190     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 191     // help menu:
 192     JMenuItem                 _about_item;
 193     JMenuItem                 _help_item;
 194     JMenuItem                 _website_item;
 195     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 196     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 197     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 198     // Handy pointers to child components:
 199     MainPanel                 _mainpanel;
 200     Container                 _contentpane;
 201     TextFrame                 _textframe;
 202     Configuration             _configuration;
 203     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 204     Options                   _options;
 205
 206     MainFrame() {
 207         // Empty constructor.
 208     }
 209
 210     /**
 211      * Action performed.
 212      */
 213     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 214         final Object o = e.getSource();
 215         boolean is_applet = false;
 216         JApplet applet = null;
 217         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 218             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 219             if ( is_applet ) {
 220                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 221             }
 222         }
 223         if ( o == _open_url_item ) {
 224             readPhylogeniesFromURL();
 225         }
 226         else if ( o == _exit_item ) {
 227             close();
 228         }
 229         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 230             taxColor();
 231         }
 232         else if ( o == _confcolor_item ) {
 233             confColor();
 234         }
 235         else if ( o == _color_rank_jmi ) {
 236             colorRank();
 237         }
 238         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 239             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 240                 return;
 241             }
 242             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 243                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 244             }
 245         }
 246         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 247             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 248                 return;
 249             }
 250             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 251                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 252             }
 253         }
 254         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 255             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 256                 return;
 257             }
 258             removeBranchColors();
 259         }
 260         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 261             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 262                 return;
 263             }
 264             midpointRoot();
 265         }
 266         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 267             switchColors();
 268         }
 269         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 270             displayBasicInformation();
 271         }
 272         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 273             viewAsNH();
 274         }
 275         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 276             viewAsNHX();
 277         }
 278         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 279             viewAsXML();
 280         }
 281         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 282             viewAsNexus();
 283         }
 284         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 285             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 286                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 287                 getCurrentTreePanel().repaint();
 288             }
 289         }
 290         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 291             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 292                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 293                 getCurrentTreePanel().repaint();
 294             }
 295         }
 296         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 297             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 298                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 299                 getCurrentTreePanel().repaint();
 300             }
 301         }
 302         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 303             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 304                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 305                 getCurrentTreePanel().repaint();
 306             }
 307         }
 308         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 309             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 310                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 311                 getCurrentTreePanel().repaint();
 312             }
 313         }
 314         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 315             chooseFont();
 316         }
 317         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 318             chooseMinimalConfidence();
 319         }
 320         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 321             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 322         }
 323         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 324             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 325         }
 326         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 327             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 328         }
 329         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 330             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 331         }
 332         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 333             updateOptions( getOptions() );
 334             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 335         }
 336         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 337             updateOptions( getOptions() );
 338         }
 339         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 340             updateOptions( getOptions() );
 341         }
 342         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 343             updateOptions( getOptions() );
 344         }
 345         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 346             updateOptions( getOptions() );
 347         }
 348         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 349             updateOptions( getOptions() );
 350         }
 351         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 352             updateOptions( getOptions() );
 353         }
 354         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 355             updateOptions( getOptions() );
 356             showWhole();
 357         }
 358         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 359             updateOptions( getOptions() );
 360             showWhole();
 361         }
 362         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 363             updateOptions( getOptions() );
 364             showWhole();
 365         }
 366         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 367             updateOptions( getOptions() );
 368             getMainPanel().getControlPanel().search();
 369         }
 370         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 371             updateOptions( getOptions() );
 372             getMainPanel().getControlPanel().search();
 373         }
 374         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 375             updateOptions( getOptions() );
 376             getMainPanel().getControlPanel().search();
 377         }
 378         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 379             updateOptions( getOptions() );
 380         }
 381         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 382             updateOptions( getOptions() );
 383         }
 384         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 385             updateOptions( getOptions() );
 386         }
 387         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 388             updateOptions( getOptions() );
 389             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 390                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 391             }
 392         }
 393         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 394                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 395                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 396             typeChanged( o );
 397         }
 398         else if ( o == _about_item ) {
 399             about();
 400         }
 401         else if ( o == _help_item ) {
 402             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 403         }
 404         else if ( o == _website_item ) {
 405             try {
 406                 Util.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 407             }
 408             catch ( final IOException e1 ) {
 409                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 410             }
 411         }
 412         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 413             try {
 414                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 415             }
 416             catch ( final IOException e1 ) {
 417                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 418             }
 419         }
 420         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 421             try {
 422                 Util.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 423             }
 424             catch ( final IOException e1 ) {
 425                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 426             }
 427         }
 428         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 429             try {
 430                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 431             }
 432             catch ( final IOException e1 ) {
 433                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 434             }
 435         }
 436         else {
 437             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 438                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 439                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 440                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 441                     }
 442                 }
 443             }
 444         }
 445         _contentpane.repaint();
 446     }
 447
 448     boolean isSubtreeDisplayed() {
 449         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 450             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 451                 JOptionPane
 452                         .showMessageDialog( this,
 453                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 454                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 455                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 456                 return true;
 457             }
 458         }
 459         return false;
 460     }
 461
 462     void activateSaveAllIfNeeded() {
 463         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 464             _save_all_item.setEnabled( true );
 465         }
 466         else {
 467             _save_all_item.setEnabled( false );
 468         }
 469     }
 470
 471     void buildFileMenu() {
 472         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 473         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 474         _file_jmenu.addSeparator();
 475         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 476         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 477         customizeJMenuItem( _exit_item );
 478         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 479     }
 480
 481     void buildFontSizeMenu() {
 482         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 483         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 484         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 485         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 486         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 487         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 488         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 489         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 490         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 491         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 492         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 493         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 494     }
 495
 496     void buildHelpMenu() {
 497         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 498         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 499         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 500         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 501         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 502         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 503         _help_jmenu.addSeparator();
 504         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 505         customizeJMenuItem( _help_item );
 506         customizeJMenuItem( _website_item );
 507         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 508         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 509         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 510         customizeJMenuItem( _about_item );
 511         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 512         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 513         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 514     }
 515
 516     void buildTypeMenu() {
 517         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 518         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 519         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 520         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 521         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 522         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 523         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 524         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 525         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 526         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 527         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 528         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 529         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 530         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 531         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 532         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 533         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 534         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 535         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 536         initializeTypeMenu( getOptions() );
 537         _jmenubar.add( _type_menu );
 538     }
 539
 540     void buildViewMenu() {
 541         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 542         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 543         _view_jmenu.addSeparator();
 544         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 545         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 546         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 547         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 548         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 549         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 550         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 551         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 552         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 553         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 554     }
 555
 556     private void chooseFont() {
 557         final FontChooser fc = new FontChooser();
 558         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 559         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 560         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 561     }
 562
 563     private void chooseMinimalConfidence() {
 564         final String s = ( String ) JOptionPane
 565                 .showInputDialog( this,
 566                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 567                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 568                                   "Minimal Confidence Value",
 569                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 570                                   null,
 571                                   null,
 572                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 573         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 574             boolean success = true;
 575             double m = 0.0;
 576             final String m_str = s.trim();
 577             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 578                 try {
 579                     m = Double.parseDouble( m_str );
 580                 }
 581                 catch ( final Exception ex ) {
 582                     success = false;
 583                 }
 584             }
 585             else {
 586                 success = false;
 587             }
 588             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 589                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 590             }
 591         }
 592     }
 593
 594     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 595         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 596                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 597                                                                          + "[current value: "
 598                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 599                                                                  "Node Shape Size",
 600                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 601                                                                  null,
 602                                                                  null,
 603                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 604         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 605             boolean success = true;
 606             double m = 0.0;
 607             final String m_str = s.trim();
 608             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 609                 try {
 610                     m = Double.parseDouble( m_str );
 611                 }
 612                 catch ( final Exception ex ) {
 613                     success = false;
 614                 }
 615             }
 616             else {
 617                 success = false;
 618             }
 619             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 620                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 621                 if ( size >= 0.0 ) {
 622                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 623                 }
 624             }
 625         }
 626     }
 627
 628     void close() {
 629         removeTextFrame();
 630         if ( _mainpanel != null ) {
 631             _mainpanel.terminate();
 632         }
 633         if ( _contentpane != null ) {
 634             _contentpane.removeAll();
 635         }
 636         setVisible( false );
 637         dispose();
 638     }
 639
 640     void confColor() {
 641         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 642             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 643         }
 644     }
 645
 646     void colorRank() {
 647         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 648             final String[] ranks = Util.getAllPossibleRanks();
 649             final String rank = ( String ) JOptionPane
 650                     .showInputDialog( this,
 651                                       "What rank should the colorization be based on",
 652                                       "Rank Selection",
 653                                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 654                                       null,
 655                                       ranks,
 656                                       null );
 657             if ( !ForesterUtil.isEmpty( rank ) ) {
 658                 _mainpanel.getCurrentTreePanel().colorRank( rank );
 659             }
 660         }
 661     }
 662
 663     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 664         if ( item != null ) {
 665             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 666             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 667                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 668                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 669             }
 670             item.setSelected( is_selected );
 671             item.addActionListener( this );
 672         }
 673     }
 674
 675     void customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 676         if ( jmi != null ) {
 677             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 678             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 679                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 680                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 681             }
 682             jmi.addActionListener( this );
 683         }
 684     }
 685
 686     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 687         if ( item != null ) {
 688             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 689             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 690                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 691                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 692             }
 693             item.setSelected( is_selected );
 694             item.addActionListener( this );
 695         }
 696     }
 697
 698     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 699         try {
 700             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 701         }
 702         catch ( final Exception ex ) {
 703             // Do nothing.
 704         }
 705         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 706                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 707                                        "Error during File|Open",
 708                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 709     }
 710
 711     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 712         try {
 713             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 714         }
 715         catch ( final Exception ex ) {
 716             // Do nothing.
 717         }
 718         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 719     }
 720
 721     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 722         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 723             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 724                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 725                                            "Error during SDI",
 726                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 727             return false;
 728         }
 729         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 730             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 731                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 732                                            "Error during SDI",
 733                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 734             return false;
 735         }
 736         else {
 737             return true;
 738         }
 739     }
 740
 741     public Configuration getConfiguration() {
 742         return _configuration;
 743     }
 744
 745     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 746         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 747     }
 748
 749     JMenu getHelpMenu() {
 750         return _help_jmenu;
 751     }
 752
 753     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 754         return _label_direction_cbmi;
 755     }
 756
 757     MainPanel getMainPanel() {
 758         return _mainpanel;
 759     }
 760
 761     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 762         return _jmenubar;
 763     }
 764
 765     Options getOptions() {
 766         return _options;
 767     }
 768
 769     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 770         setTypeMenuToAllUnselected();
 771         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 772             case CONVEX:
 773                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 774                 break;
 775             case CURVED:
 776                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 777                 break;
 778             case EURO_STYLE:
 779                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 780                 break;
 781             case ROUNDED:
 782                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 783                 break;
 784             case TRIANGULAR:
 785                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 786                 break;
 787             case UNROOTED:
 788                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 789                 break;
 790             case CIRCULAR:
 791                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 792                 break;
 793             default:
 794                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 795                 break;
 796         }
 797     }
 798
 799     void midpointRoot() {
 800         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 801             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 802         }
 803     }
 804
 805     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 806
 807     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 808         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 809         new Thread( reader ).start();
 810     }
 811
 812     private void removeBranchColors() {
 813         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 814             Util.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 815         }
 816     }
 817
 818     void removeTextFrame() {
 819         if ( _textframe != null ) {
 820             _textframe.close();
 821             _textframe = null;
 822         }
 823     }
 824
 825     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 826         _configuration = configuration;
 827     }
 828
 829     void setOptions( final Options options ) {
 830         _options = options;
 831     }
 832
 833     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 834         setTypeMenuToAllUnselected();
 835         switch ( type ) {
 836             case CIRCULAR:
 837                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 838                 break;
 839             case CONVEX:
 840                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 841                 break;
 842             case CURVED:
 843                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 844                 break;
 845             case EURO_STYLE:
 846                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 847                 break;
 848             case ROUNDED:
 849                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 850                 break;
 851             case RECTANGULAR:
 852                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 853                 break;
 854             case TRIANGULAR:
 855                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 856                 break;
 857             case UNROOTED:
 858                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 859                 break;
 860             default:
 861                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 862         }
 863     }
 864
 865     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 866         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 867         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 868         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 869         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 870         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 871         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 872         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 873         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 874     }
 875
 876     public void showWhole() {
 877         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 878     }
 879
 880     void switchColors() {
 881         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 882         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 883         csc.setVisible( true );
 884     }
 885
 886     void taxColor() {
 887         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 888             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 889         }
 890     }
 891
 892     void typeChanged( final Object o ) {
 893         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 894         updateOptions( getOptions() );
 895         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 896             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 897             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 898             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 899                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 900                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 901                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 902                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 903             }
 904             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 905                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 906             }
 907             else {
 908                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 909             }
 910             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 911             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 912             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 913                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 914                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 915                 }
 916                 else {
 917                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 918                 }
 919             }
 920         }
 921     }
 922
 923     void updateOptions( final Options options ) {
 924         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 925         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 926                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 927         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 928         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
 929                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
 930         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
 931                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
 932         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
 933                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 934         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
 935                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 936         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 937             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 938         }
 939         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 940             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 941         }
 942         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
 943             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 944         }
 945         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
 946                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
 947         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
 948             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
 949         }
 950         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
 951             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
 952                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 953             }
 954             else {
 955                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 956             }
 957         }
 958         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
 959         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
 960             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
 961         }
 962         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
 963                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 964         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
 965                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 966         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
 967         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
 968                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
 969         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
 970                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
 971         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
 972                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
 973         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
 974                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
 975         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
 976                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
 977         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
 978                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
 979         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
 980             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
 981             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
 982                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
 983                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
 984             }
 985             else {
 986                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
 987             }
 988         }
 989         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 990             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 991         }
 992         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 993             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 994         }
 995         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
 996             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 997         }
 998         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
 999             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1000         }
1001         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
1002             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1003         }
1004         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
1005             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1006         }
1007         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
1008             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1009         }
1010         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
1011             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1012         }
1013     }
1014
1015     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
1016         setTypeMenuToAllUnselected();
1017         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
1018     }
1019
1020     void displayBasicInformation() {
1021         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1022             return;
1023         }
1024         _textframe = TextFrame.instantiate( Util.crateBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1025     }
1026
1027     void viewAsNexus() {
1028         removeTextFrame();
1029         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1030                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1031             return;
1032         }
1033         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus() );
1034     }
1035
1036     void viewAsNH() {
1037         removeTextFrame();
1038         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1039                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1040             return;
1041         }
1042         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshire( false ) );
1043     }
1044
1045     void viewAsNHX() {
1046         removeTextFrame();
1047         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1048                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1049             return;
1050         }
1051         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1052     }
1053
1054     void viewAsXML() {
1055         removeTextFrame();
1056         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1057                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1058             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1059         }
1060     }
1061
1062     /**
1063      * Display the about box.
1064      */
1065     static void about() {
1066         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1067         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
1068         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1069         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1070         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1071         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1072         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1073         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1074             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1075         }
1076         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1077                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1078             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1079                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1080         }
1081         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1082         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1083         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1084         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1085         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1086         about.append( "References:\n" );
1087         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1088         about.append( "For more information & download:\n" );
1089         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1090         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1091         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1092     }
1093
1094     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1095         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1096     }
1097
1098     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1099         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1100         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1101             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1102             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1103             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1104         }
1105         return jmenu;
1106     }
1107
1108     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1109         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1110         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1111             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1112             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1113             label.setOpaque( true );
1114         }
1115         label.setSelected( false );
1116         label.setEnabled( false );
1117         return label;
1118     }
1119
1120     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1121         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1122             case LOWER_LEFT:
1123                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1124                 break;
1125             case LOWER_RIGHT:
1126                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1127                 break;
1128             case UPPER_LEFT:
1129                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1130                 break;
1131             case UPPER_RIGHT:
1132                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1133                 break;
1134             default:
1135                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1136         }
1137         if ( tree_panel != null ) {
1138             tree_panel.updateOvSettings();
1139         }
1140     }
1141
1142     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1143         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1144             case GRADIENT:
1145                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1146                 break;
1147             case NONE:
1148                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1149                 break;
1150             case SOLID:
1151                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1152                 break;
1153             default:
1154                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1155         }
1156     }
1157
1158     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1159         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1160             case CIRCLE:
1161                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1162                 break;
1163             case RECTANGLE:
1164                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1165                 break;
1166             default:
1167                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1168         }
1169     }
1170
1171     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1172         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1173         sb.append( "Display options\n" );
1174         sb.append( "-------------------\n" );
1175         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1176         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1177         sb.append( "--------------------\n" );
1178         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1179         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1180         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1181         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1182         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1183         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1184         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1185         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1186         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1187         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1188         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1189         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1190         sb.append( "Zooming\n" );
1191         sb.append( "---------\n" );
1192         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1193         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1194         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1195         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1196         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1197         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1198         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1199         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1200         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1201         sb.append( "------------------------\n" );
1202         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1203         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1204         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1205         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1206         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1207         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1208         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1209         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1210         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1211             sb.append( "Active web links\n" );
1212             sb.append( "--------------------\n" );
1213             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1214                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1215             }
1216         }
1217         // + "General remarks\n"
1218         // + "---------------\n"
1219         // +
1220         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1221         // +
1222         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1223         // +
1224         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1225         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1226         // +
1227         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1228         // +
1229         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1230         // +
1231         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1232         // +
1233         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1234         // +
1235         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1236         // +
1237         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1238         // +
1239         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1240         // +
1241         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1242         // +
1243         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1244         // +
1245         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1246         // +
1247         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1248         // +
1249         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1250         // +
1251         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1252         // +
1253         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1254         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1255         // +
1256         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1257         sb.append( "\n" );
1258         sb.append( "phyloXML\n" );
1259         sb.append( "-------------------\n" );
1260         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1261         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1262         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1263         sb.append( "\n" );
1264         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1265         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1266         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1267     }
1268
1269     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1270         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1271             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1272         }
1273         else {
1274             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1275         }
1276     }
1277
1278     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1279         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1280             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1281                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1282         }
1283         else {
1284             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1285         }
1286     }
1287
1288     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1289         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1290             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1291                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1292         }
1293         else {
1294             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1295         }
1296     }
1297
1298     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1299         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1300             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1301         }
1302         else {
1303             mi.setText( "Select Colors..." );
1304         }
1305     }
1306
1307     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1308         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1309     }
1310
1311     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1312         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1313             mi.setEnabled( true );
1314         }
1315         else if ( Util.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1316             mi.setEnabled( true );
1317         }
1318         else {
1319             mi.setEnabled( false );
1320         }
1321         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1322     }
1323
1324     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1325         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1326     }
1327
1328     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1329                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1330                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1331                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1332                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1333                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1334                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1335         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1336         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1337         final Options options = main_panel.getOptions();
1338         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1339         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1340         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1341         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1342             scale.setSelected( false );
1343             scale.setEnabled( false );
1344             branch_lengths.setSelected( false );
1345             branch_lengths.setEnabled( false );
1346         }
1347         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1348             scale.setSelected( false );
1349             scale.setEnabled( false );
1350             branch_lengths.setEnabled( true );
1351         }
1352         else {
1353             scale.setEnabled( true );
1354             branch_lengths.setEnabled( true );
1355         }
1356         if ( ( tree_panel != null )
1357                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1358                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1359                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1360             branch_lengths.setSelected( false );
1361             branch_lengths.setEnabled( false );
1362         }
1363         if ( tree_panel != null ) {
1364             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1365                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1366                 non_lined_up.setEnabled( false );
1367                 uniform_clado.setEnabled( false );
1368                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1369             }
1370             else {
1371                 non_lined_up.setEnabled( true );
1372                 uniform_clado.setEnabled( true );
1373                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1374             }
1375         }
1376         else {
1377             if ( ( tree_panel != null )
1378                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1379                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1380                 branch_lengths.setSelected( false );
1381                 branch_lengths.setEnabled( false );
1382             }
1383             if ( ( tree_panel != null )
1384                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1385                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1386                 non_lined_up.setEnabled( false );
1387             }
1388             else {
1389                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1390                 non_lined_up.setEnabled( true );
1391             }
1392         }
1393         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1394         if ( tree_panel != null ) {
1395             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1396                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1397                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1398             }
1399             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1400                 scale.setSelected( false );
1401                 scale.setEnabled( false );
1402             }
1403         }
1404     }
1405
1406     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1407         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1408             tree_panel.setTextAntialias();
1409         }
1410     }
1411 }