forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.awt.Font;
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32 import java.awt.event.ActionListener;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Locale;
  36 import java.util.Map;
  37
  38 import javax.swing.JApplet;
  39 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  40 import javax.swing.JFrame;
  41 import javax.swing.JMenu;
  42 import javax.swing.JMenuBar;
  43 import javax.swing.JMenuItem;
  44 import javax.swing.JOptionPane;
  45 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  46
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  50 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessPool;
  51 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessRunning;
  52 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  53 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  54 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  55 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  56 import org.forester.util.ForesterConstants;
  57 import org.forester.util.ForesterUtil;
  58
  59 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  60
  61     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE          = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  62     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP                   = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  63     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                       = Constants.APTX_REFERENCE;
  64     private static final long serialVersionUID                        = 3655000897845508358L;
  65     final static Font         menu_font                               = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  66                                                                                   Font.PLAIN,
  67                                                                                   10 );
  68     static final String       TYPE_MENU_HEADER                        = "Type";
  69     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rectangular";
  70     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                    = "Euro Type";
  71     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Curved";
  72     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL              = "Triangular";
  73     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Convex";
  74     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL                 = "Rounded";
  75     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL                = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  76     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL                = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  77     static final String       OPTIONS_HEADER                          = "Options";
  78     static final String       SEARCH_SUBHEADER                        = "Search:";
  79     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                       = "Display:";
  80     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL                 = "Match Complete Terms Only";
  81     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL             = "Case Sensitive";
  82     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL             = "Negate Result";
  83     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL      = "Display Branch Length Values";
  84     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                     = "Display Scale";
  85     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL           = "Non-Lined Up Cladograms";
  86     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL                = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  87     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL                   = "Radial Labels";
  88     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                     = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  89     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL                  = "Antialias";
  90     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                      = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  91     static final String       BG_GRAD_LABEL                           = "Background Color Gradient";
  92     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL                = "Show Node Shapes";
  93     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                     = "Show Overview";
  94     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                    = "Font Size";
  95     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL             = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  96     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL                = "Show Domain Labels";
  97     static final String       COLOR_LABELS_TIP                        = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  98     static final String       ABBREV_SN_LABEL                         = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  99     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL     = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
 100     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL                  = "Cycle Node Shapes";
 101     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL                   = "Cycle Node Fill Type";
 102     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL                  = "Choose Node Shape Size";
 103     static final String       SHOW_CONF_STDDEV_LABEL                  = "Show Confidence Standard Deviations";
 104     static final String       USE_BRACKETS_FOR_CONF_IN_NH_LABEL       = "Use Brackets for Confidence Values";
 105     static final String       USE_INTERNAL_NAMES_FOR_CONF_IN_NH_LABEL = "Use Internal Node Names for Confidence Values";
 106     JMenuBar                  _jmenubar;
 107     JMenu                     _file_jmenu;
 108     JMenu                     _tools_menu;
 109     JMenu                     _view_jmenu;
 110     JMenu                     _options_jmenu;
 111     JMenu                     _font_size_menu;
 112     JMenu                     _help_jmenu;
 113     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 114     // file menu:
 115     JMenuItem                 _open_item;
 116     JMenuItem                 _open_url_item;
 117     JMenuItem                 _save_item;
 118     JMenuItem                 _save_all_item;
 119     JMenuItem                 _close_item;
 120     JMenuItem                 _exit_item;
 121     JMenuItem                 _new_item;
 122     // tools menu:
 123     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 124     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 125     JMenuItem                 _confcolor_item;
 126     JMenuItem                 _color_rank_jmi;
 127     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 128     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 129     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                    //TODO implememt me
 130     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 131     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 132     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 133     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 134     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 135     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 136     // font size menu:
 137     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 138     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 139     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 140     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 141     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 142     // options menu:
 143     // _  screen and print
 144     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 145     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 146     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 147     // _  screen display
 148     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 149     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 150     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 151     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 152     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 153     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 154     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                             //TODO fix me
 155     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 156     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 157     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 158     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 159     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 160     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 161     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 162     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 163     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 164     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 165     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 166     JCheckBoxMenuItem         _show_confidence_stddev_cbmi;
 167     // _  print
 168     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 169     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 170     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 171     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 172     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 173     JMenuItem                 _print_size_mi;
 174     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 175     // _  parsing
 176     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 177     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 178     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 179     JCheckBoxMenuItem         _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 180     JCheckBoxMenuItem         _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 181     // _  search
 182     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 183     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 184     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 185     // type menu:
 186     JMenu                     _type_menu;
 187     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 188     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 189     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 190     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 191     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 192     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 193     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 194     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 195     // view as text menu:
 196     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 197     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 198     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 199     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 200     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 201     // help menu:
 202     JMenuItem                 _about_item;
 203     JMenuItem                 _help_item;
 204     JMenuItem                 _website_item;
 205     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 206     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 207     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 208     // process menu:
 209     JMenu                     _process_menu;
 210     // Handy pointers to child components:
 211     MainPanel                 _mainpanel;
 212     Container                 _contentpane;
 213     TextFrame                 _textframe;
 214     Configuration             _configuration;
 215     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 216     Options                   _options;
 217     final ProcessPool         _process_pool;
 218
 219     MainFrame() {
 220         _process_pool = ProcessPool.createInstance();
 221     }
 222
 223     public ProcessPool getProcessPool() {
 224         return _process_pool;
 225     }
 226
 227     /**
 228      * Action performed.
 229      */
 230     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 231         final Object o = e.getSource();
 232         boolean is_applet = false;
 233         JApplet applet = null;
 234         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 235             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 236             if ( is_applet ) {
 237                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 238             }
 239         }
 240         if ( o == _open_url_item ) {
 241             readPhylogeniesFromURL();
 242         }
 243         else if ( o == _exit_item ) {
 244             close();
 245         }
 246         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 247             taxColor();
 248         }
 249         else if ( o == _confcolor_item ) {
 250             confColor();
 251         }
 252         else if ( o == _color_rank_jmi ) {
 253             colorRank();
 254         }
 255         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 256             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 257                 return;
 258             }
 259             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 260                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 261             }
 262         }
 263         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 264             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 265                 return;
 266             }
 267             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 268                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 269             }
 270         }
 271         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 272             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 273                 return;
 274             }
 275             removeBranchColors();
 276         }
 277         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 278             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 279                 return;
 280             }
 281             midpointRoot();
 282         }
 283         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 284             switchColors();
 285         }
 286         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 287             displayBasicInformation();
 288         }
 289         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 290             viewAsNH();
 291         }
 292         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 293             viewAsNHX();
 294         }
 295         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 296             viewAsXML();
 297         }
 298         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 299             viewAsNexus();
 300         }
 301         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 302             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 303                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 304                 getCurrentTreePanel().repaint();
 305             }
 306         }
 307         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 308             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 309                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 310                 getCurrentTreePanel().repaint();
 311             }
 312         }
 313         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 314             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 315                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 316                 getCurrentTreePanel().repaint();
 317             }
 318         }
 319         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 320             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 321                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 322                 getCurrentTreePanel().repaint();
 323             }
 324         }
 325         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 326             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 327                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 328                 getCurrentTreePanel().repaint();
 329             }
 330         }
 331         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 332             chooseFont();
 333         }
 334         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 335             chooseMinimalConfidence();
 336         }
 337         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 338             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 339         }
 340         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 341             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 342         }
 343         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 344             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 345         }
 346         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 347             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 348         }
 349         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 350             updateOptions( getOptions() );
 351             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 352         }
 353         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 354             updateOptions( getOptions() );
 355         }
 356         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 357             updateOptions( getOptions() );
 358         }
 359         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 360             updateOptions( getOptions() );
 361         }
 362         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 363             updateOptions( getOptions() );
 364         }
 365         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 366             updateOptions( getOptions() );
 367         }
 368         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 369             updateOptions( getOptions() );
 370         }
 371         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 372             updateOptions( getOptions() );
 373             showWhole();
 374         }
 375         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 376             updateOptions( getOptions() );
 377             showWhole();
 378         }
 379         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 380             updateOptions( getOptions() );
 381             showWhole();
 382         }
 383         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 384             updateOptions( getOptions() );
 385             getMainPanel().getControlPanel().search();
 386         }
 387         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 388             updateOptions( getOptions() );
 389             getMainPanel().getControlPanel().search();
 390         }
 391         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 392             updateOptions( getOptions() );
 393             getMainPanel().getControlPanel().search();
 394         }
 395         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 396             updateOptions( getOptions() );
 397         }
 398         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 399             updateOptions( getOptions() );
 400         }
 401         else if ( o == _show_confidence_stddev_cbmi ) {
 402             updateOptions( getOptions() );
 403         }
 404         else if ( o == _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 405             if ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 406                 _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 407             }
 408             updateOptions( getOptions() );
 409         }
 410         else if ( o == _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 411             if ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 412                 _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 413             }
 414             updateOptions( getOptions() );
 415         }
 416         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 417             updateOptions( getOptions() );
 418         }
 419         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 420             updateOptions( getOptions() );
 421             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 422                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 423             }
 424         }
 425         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 426                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 427                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 428             typeChanged( o );
 429         }
 430         else if ( o == _about_item ) {
 431             about();
 432         }
 433         else if ( o == _help_item ) {
 434             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 435         }
 436         else if ( o == _website_item ) {
 437             try {
 438                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 439             }
 440             catch ( final IOException e1 ) {
 441                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 442             }
 443         }
 444         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 445             try {
 446                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 447             }
 448             catch ( final IOException e1 ) {
 449                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 450             }
 451         }
 452         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 453             try {
 454                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 455             }
 456             catch ( final IOException e1 ) {
 457                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 458             }
 459         }
 460         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 461             try {
 462                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 463             }
 464             catch ( final IOException e1 ) {
 465                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 466             }
 467         }
 468         else {
 469             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 470                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 471                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 472                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 473                     }
 474                 }
 475             }
 476         }
 477         _contentpane.repaint();
 478     }
 479
 480     boolean isSubtreeDisplayed() {
 481         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 482             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 483                 JOptionPane
 484                         .showMessageDialog( this,
 485                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 486                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 487                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 488                 return true;
 489             }
 490         }
 491         return false;
 492     }
 493
 494     void activateSaveAllIfNeeded() {
 495         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 496             _save_all_item.setEnabled( true );
 497         }
 498         else {
 499             _save_all_item.setEnabled( false );
 500         }
 501     }
 502
 503     void buildFileMenu() {
 504         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 505         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 506         _file_jmenu.addSeparator();
 507         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 508         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 509         customizeJMenuItem( _exit_item );
 510         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 511     }
 512
 513     void buildFontSizeMenu() {
 514         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 515         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 516         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 517         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 518         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 519         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 520         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 521         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 522         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 523         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 524         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 525         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 526     }
 527
 528     void buildHelpMenu() {
 529         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 530         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 531         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 532         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 533         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 534         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 535         _help_jmenu.addSeparator();
 536         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 537         customizeJMenuItem( _help_item );
 538         customizeJMenuItem( _website_item );
 539         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 540         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 541         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 542         customizeJMenuItem( _about_item );
 543         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 544         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 545         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 546     }
 547
 548     public synchronized void updateProcessMenu() {
 549         System.out.println( "pool size " + _process_pool.size() );
 550         if ( _process_pool.size() > 0 ) {
 551             if ( _process_menu == null ) {
 552                 _process_menu = createMenu( "", getConfiguration() );
 553                 _process_menu.setForeground( Color.RED );
 554             }
 555             _process_menu.removeAll();
 556             final String text = "processes running: " + _process_pool.size();
 557             _process_menu.setText( text );
 558             _jmenubar.add( _process_menu );
 559             for( int i = 0; i < _process_pool.size(); ++i ) {
 560                 final ProcessRunning p = _process_pool.getProcessByIndex( i );
 561                 _process_menu.add( customizeJMenuItem( new JMenuItem( p.getName() + " [" + p.getStart() + "]" ) ) );
 562             }
 563         }
 564         else {
 565             if ( _process_menu != null ) {
 566                 _process_menu.removeAll();
 567                 _jmenubar.remove( _process_menu );
 568             }
 569         }
 570         _jmenubar.validate();
 571         _jmenubar.repaint();
 572         repaint();
 573         //        _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 574         //        _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 575         //        _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 576         //        _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 577         //        _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 578         //        _help_jmenu.addSeparator();
 579         //        _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 580         //        customizeJMenuItem( _help_item );
 581         //        customizeJMenuItem( _website_item );
 582         //        customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 583         //        customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 584         //        customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 585         //        customizeJMenuItem( _about_item );
 586         //        _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 587         //        _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 588         //        _jmenubar.add( _help_jmenu );
 589     }
 590
 591     void buildTypeMenu() {
 592         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 593         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 594         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 595         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 596         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 597         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 598         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 599         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 600         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 601         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 602         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 603         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 604         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 605         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 606         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 607         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 608         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 609         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 610         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 611         initializeTypeMenu( getOptions() );
 612         _jmenubar.add( _type_menu );
 613     }
 614
 615     void buildViewMenu() {
 616         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 617         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 618         _view_jmenu.addSeparator();
 619         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 620         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 621         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 622         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 623         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 624         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 625         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 626         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 627         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 628         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 629     }
 630
 631     private void chooseFont() {
 632         final FontChooser fc = new FontChooser();
 633         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 634         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 635         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 636     }
 637
 638     private void chooseMinimalConfidence() {
 639         final String s = ( String ) JOptionPane
 640                 .showInputDialog( this,
 641                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 642                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 643                                   "Minimal Confidence Value",
 644                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 645                                   null,
 646                                   null,
 647                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 648         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 649             boolean success = true;
 650             double m = 0.0;
 651             final String m_str = s.trim();
 652             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 653                 try {
 654                     m = Double.parseDouble( m_str );
 655                 }
 656                 catch ( final Exception ex ) {
 657                     success = false;
 658                 }
 659             }
 660             else {
 661                 success = false;
 662             }
 663             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 664                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 665             }
 666         }
 667     }
 668
 669     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 670         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 671                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 672                                                                          + "[current value: "
 673                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 674                                                                  "Node Shape Size",
 675                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 676                                                                  null,
 677                                                                  null,
 678                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 679         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 680             boolean success = true;
 681             double m = 0.0;
 682             final String m_str = s.trim();
 683             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 684                 try {
 685                     m = Double.parseDouble( m_str );
 686                 }
 687                 catch ( final Exception ex ) {
 688                     success = false;
 689                 }
 690             }
 691             else {
 692                 success = false;
 693             }
 694             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 695                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 696                 if ( size >= 0.0 ) {
 697                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 698                 }
 699             }
 700         }
 701     }
 702
 703     void close() {
 704         removeTextFrame();
 705         if ( _mainpanel != null ) {
 706             _mainpanel.terminate();
 707         }
 708         if ( _contentpane != null ) {
 709             _contentpane.removeAll();
 710         }
 711         setVisible( false );
 712         dispose();
 713     }
 714
 715     void confColor() {
 716         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 717             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 718         }
 719     }
 720
 721     void colorRank() {
 722         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 723             final String[] ranks = AptxUtil.getAllPossibleRanks();
 724             final String rank = ( String ) JOptionPane
 725                     .showInputDialog( this,
 726                                       "What rank should the colorization be based on",
 727                                       "Rank Selection",
 728                                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 729                                       null,
 730                                       ranks,
 731                                       null );
 732             if ( !ForesterUtil.isEmpty( rank ) ) {
 733                 _mainpanel.getCurrentTreePanel().colorRank( rank );
 734             }
 735         }
 736     }
 737
 738     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 739         if ( item != null ) {
 740             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 741             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 742                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 743                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 744             }
 745             item.setSelected( is_selected );
 746             item.addActionListener( this );
 747         }
 748     }
 749
 750     JMenuItem customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 751         if ( jmi != null ) {
 752             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 753             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 754                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 755                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 756             }
 757             jmi.addActionListener( this );
 758         }
 759         return jmi;
 760     }
 761
 762     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 763         if ( item != null ) {
 764             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 765             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 766                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 767                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 768             }
 769             item.setSelected( is_selected );
 770             item.addActionListener( this );
 771         }
 772     }
 773
 774     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 775         try {
 776             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 777         }
 778         catch ( final Exception ex ) {
 779             // Do nothing.
 780         }
 781         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 782                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 783                                        "Error during File|Open",
 784                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 785     }
 786
 787     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 788         try {
 789             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 790         }
 791         catch ( final Exception ex ) {
 792             // Do nothing.
 793         }
 794         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 795     }
 796
 797     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 798         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 799             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 800                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 801                                            "Error during SDI",
 802                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 803             return false;
 804         }
 805         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 806             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 807                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 808                                            "Error during SDI",
 809                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 810             return false;
 811         }
 812         else {
 813             return true;
 814         }
 815     }
 816
 817     public Configuration getConfiguration() {
 818         return _configuration;
 819     }
 820
 821     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 822         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 823     }
 824
 825     JMenu getHelpMenu() {
 826         return _help_jmenu;
 827     }
 828
 829     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 830         return _label_direction_cbmi;
 831     }
 832
 833     public MainPanel getMainPanel() {
 834         return _mainpanel;
 835     }
 836
 837     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 838         return _jmenubar;
 839     }
 840
 841     public Options getOptions() {
 842         return _options;
 843     }
 844
 845     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 846         setTypeMenuToAllUnselected();
 847         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 848             case CONVEX:
 849                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 850                 break;
 851             case CURVED:
 852                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 853                 break;
 854             case EURO_STYLE:
 855                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 856                 break;
 857             case ROUNDED:
 858                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 859                 break;
 860             case TRIANGULAR:
 861                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 862                 break;
 863             case UNROOTED:
 864                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 865                 break;
 866             case CIRCULAR:
 867                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 868                 break;
 869             default:
 870                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 871                 break;
 872         }
 873     }
 874
 875     void midpointRoot() {
 876         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 877             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 878         }
 879     }
 880
 881     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 882
 883     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 884         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 885         new Thread( reader ).start();
 886     }
 887
 888     private void removeBranchColors() {
 889         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 890             AptxUtil.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 891         }
 892     }
 893
 894     void removeTextFrame() {
 895         if ( _textframe != null ) {
 896             _textframe.close();
 897             _textframe = null;
 898         }
 899     }
 900
 901     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 902         _configuration = configuration;
 903     }
 904
 905     void setOptions( final Options options ) {
 906         _options = options;
 907     }
 908
 909     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 910         setTypeMenuToAllUnselected();
 911         switch ( type ) {
 912             case CIRCULAR:
 913                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 914                 break;
 915             case CONVEX:
 916                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 917                 break;
 918             case CURVED:
 919                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 920                 break;
 921             case EURO_STYLE:
 922                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 923                 break;
 924             case ROUNDED:
 925                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 926                 break;
 927             case RECTANGULAR:
 928                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 929                 break;
 930             case TRIANGULAR:
 931                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 932                 break;
 933             case UNROOTED:
 934                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 935                 break;
 936             default:
 937                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 938         }
 939     }
 940
 941     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 942         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 943         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 944         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 945         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 946         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 947         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 948         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 949         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 950     }
 951
 952     public void showWhole() {
 953         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 954     }
 955
 956     void switchColors() {
 957         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 958         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 959         csc.setVisible( true );
 960     }
 961
 962     void taxColor() {
 963         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 964             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 965         }
 966     }
 967
 968     void typeChanged( final Object o ) {
 969         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 970         updateOptions( getOptions() );
 971         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 972             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 973             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 974             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 975                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 976                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 977                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 978                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 979             }
 980             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 981                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 982             }
 983             else {
 984                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 985             }
 986             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 987             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 988             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 989                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 990                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 991                 }
 992                 else {
 993                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 994                 }
 995             }
 996         }
 997     }
 998
 999     void updateOptions( final Options options ) {
1000         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
1001         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
1002                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
1003         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
1004         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
1005                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
1006         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
1007                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
1008         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
1009                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
1010         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
1011                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
1012         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
1013             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1014         }
1015         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
1016             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1017         }
1018         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
1019             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1020         }
1021         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
1022                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
1023         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
1024             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
1025         }
1026         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
1027             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
1028                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1029             }
1030             else {
1031                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1032             }
1033         }
1034         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
1035         options.setShowConfidenceStddev( ( _show_confidence_stddev_cbmi != null )
1036                 && _show_confidence_stddev_cbmi.isSelected() );
1037         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
1038             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
1039         }
1040         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
1041                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
1042         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
1043                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
1044         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
1045         if ( ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1046                 && _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1047             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS );
1048         }
1049         else if ( ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1050                 && _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1051             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES );
1052         }
1053         else {
1054             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE );
1055         }
1056         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
1057                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
1058         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
1059                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
1060         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
1061                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
1062         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
1063                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
1064         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
1065                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
1066         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
1067                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
1068         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
1069             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
1070             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
1071                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
1072                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
1073             }
1074             else {
1075                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
1076             }
1077         }
1078         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1079             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1080         }
1081         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1082             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1083         }
1084         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
1085             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1086         }
1087         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
1088             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1089         }
1090         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
1091             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1092         }
1093         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
1094             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1095         }
1096         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
1097             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1098         }
1099         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
1100             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1101         }
1102     }
1103
1104     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
1105         setTypeMenuToAllUnselected();
1106         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
1107     }
1108
1109     void displayBasicInformation() {
1110         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1111             return;
1112         }
1113         _textframe = TextFrame.instantiate( AptxUtil.createBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1114     }
1115
1116     void viewAsNexus() {
1117         removeTextFrame();
1118         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1119                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1120             return;
1121         }
1122         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus( getOptions()
1123                 .getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1124     }
1125
1126     void viewAsNH() {
1127         removeTextFrame();
1128         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1129                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1130             return;
1131         }
1132         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny()
1133                 .toNewHampshire( false, getOptions().getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1134     }
1135
1136     void viewAsNHX() {
1137         removeTextFrame();
1138         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1139                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1140             return;
1141         }
1142         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1143     }
1144
1145     void viewAsXML() {
1146         removeTextFrame();
1147         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1148                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1149             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1150         }
1151     }
1152
1153     /**
1154      * Display the about box.
1155      */
1156     static void about() {
1157         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1158         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
1159         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1160         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1161         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1162         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1163         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1164         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1165             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1166         }
1167         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1168                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1169             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1170                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1171         }
1172         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1173         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1174         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1175         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1176         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1177         about.append( "References:\n" );
1178         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1179         about.append( "For more information & download:\n" );
1180         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1181         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1182         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1183     }
1184
1185     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1186         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1187     }
1188
1189     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1190         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1191         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1192             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1193             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1194             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1195         }
1196         return jmenu;
1197     }
1198
1199     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1200         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1201         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1202             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1203             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1204             label.setOpaque( true );
1205         }
1206         label.setSelected( false );
1207         label.setEnabled( false );
1208         return label;
1209     }
1210
1211     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1212         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1213             case LOWER_LEFT:
1214                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1215                 break;
1216             case LOWER_RIGHT:
1217                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1218                 break;
1219             case UPPER_LEFT:
1220                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1221                 break;
1222             case UPPER_RIGHT:
1223                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1224                 break;
1225             default:
1226                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1227         }
1228         if ( tree_panel != null ) {
1229             tree_panel.updateOvSettings();
1230         }
1231     }
1232
1233     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1234         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1235             case GRADIENT:
1236                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1237                 break;
1238             case NONE:
1239                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1240                 break;
1241             case SOLID:
1242                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1243                 break;
1244             default:
1245                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1246         }
1247     }
1248
1249     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1250         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1251             case CIRCLE:
1252                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1253                 break;
1254             case RECTANGLE:
1255                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1256                 break;
1257             default:
1258                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1259         }
1260     }
1261
1262     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1263         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1264         sb.append( "Display options\n" );
1265         sb.append( "-------------------\n" );
1266         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1267         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1268         sb.append( "--------------------\n" );
1269         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1270         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1271         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1272         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1273         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1274         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1275         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1276         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1277         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1278         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1279         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1280         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1281         sb.append( "Zooming\n" );
1282         sb.append( "---------\n" );
1283         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1284         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1285         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1286         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1287         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1288         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1289         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1290         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1291         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1292         sb.append( "------------------------\n" );
1293         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1294         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1295         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1296         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1297         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1298         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1299         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1300         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1301         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1302             sb.append( "Active web links\n" );
1303             sb.append( "--------------------\n" );
1304             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1305                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1306             }
1307         }
1308         // + "General remarks\n"
1309         // + "---------------\n"
1310         // +
1311         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1312         // +
1313         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1314         // +
1315         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1316         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1317         // +
1318         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1319         // +
1320         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1321         // +
1322         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1323         // +
1324         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1325         // +
1326         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1327         // +
1328         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1329         // +
1330         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1331         // +
1332         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1333         // +
1334         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1335         // +
1336         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1337         // +
1338         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1339         // +
1340         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1341         // +
1342         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1343         // +
1344         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1345         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1346         // +
1347         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1348         sb.append( "\n" );
1349         sb.append( "phyloXML\n" );
1350         sb.append( "-------------------\n" );
1351         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1352         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1353         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1354         sb.append( "\n" );
1355         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1356         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1357         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1358     }
1359
1360     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1361         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1362             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1363         }
1364         else {
1365             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1366         }
1367     }
1368
1369     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1370         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1371             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1372                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1373         }
1374         else {
1375             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1376         }
1377     }
1378
1379     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1380         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1381             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1382                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1383         }
1384         else {
1385             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1386         }
1387     }
1388
1389     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1390         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1391             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1392         }
1393         else {
1394             mi.setText( "Select Colors..." );
1395         }
1396     }
1397
1398     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1399         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1400     }
1401
1402     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1403         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1404             mi.setEnabled( true );
1405         }
1406         else if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1407             mi.setEnabled( true );
1408         }
1409         else {
1410             mi.setEnabled( false );
1411         }
1412         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1413     }
1414
1415     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1416         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1417     }
1418
1419     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1420                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1421                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1422                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1423                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1424                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1425                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1426         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1427         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1428         final Options options = main_panel.getOptions();
1429         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1430         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1431         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1432         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1433             scale.setSelected( false );
1434             scale.setEnabled( false );
1435             branch_lengths.setSelected( false );
1436             branch_lengths.setEnabled( false );
1437         }
1438         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1439             scale.setSelected( false );
1440             scale.setEnabled( false );
1441             branch_lengths.setEnabled( true );
1442         }
1443         else {
1444             scale.setEnabled( true );
1445             branch_lengths.setEnabled( true );
1446         }
1447         if ( ( tree_panel != null )
1448                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1449                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1450                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1451             branch_lengths.setSelected( false );
1452             branch_lengths.setEnabled( false );
1453         }
1454         if ( tree_panel != null ) {
1455             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1456                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1457                 non_lined_up.setEnabled( false );
1458                 uniform_clado.setEnabled( false );
1459                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1460             }
1461             else {
1462                 non_lined_up.setEnabled( true );
1463                 uniform_clado.setEnabled( true );
1464                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1465             }
1466         }
1467         else {
1468             if ( ( tree_panel != null )
1469                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1470                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1471                 branch_lengths.setSelected( false );
1472                 branch_lengths.setEnabled( false );
1473             }
1474             if ( ( tree_panel != null )
1475                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1476                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1477                 non_lined_up.setEnabled( false );
1478             }
1479             else {
1480                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1481                 non_lined_up.setEnabled( true );
1482             }
1483         }
1484         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1485         if ( tree_panel != null ) {
1486             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1487                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1488                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1489             }
1490             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1491                 scale.setSelected( false );
1492                 scale.setEnabled( false );
1493             }
1494         }
1495     }
1496
1497     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1498         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1499             tree_panel.setTextAntialias();
1500         }
1501     }
1502 }