forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Container;
  28 import java.awt.Font;
  29 import java.awt.event.ActionEvent;
  30 import java.awt.event.ActionListener;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Locale;
  34 import java.util.Map;
  35
  36 import javax.swing.JApplet;
  37 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  38 import javax.swing.JFrame;
  39 import javax.swing.JMenu;
  40 import javax.swing.JMenuBar;
  41 import javax.swing.JMenuItem;
  42 import javax.swing.JOptionPane;
  43 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  48 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  49 import org.forester.util.ForesterConstants;
  50 import org.forester.util.ForesterUtil;
  51
  52 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  53
  54     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE     = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  55     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP              = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  56     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                  = Constants.APTX_REFERENCE;
  57     private static final long serialVersionUID                   = 3655000897845508358L;
  58     final static Font         menu_font                          = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  59                                                                              Font.PLAIN,
  60                                                                              10 );
  61     static final String       TYPE_MENU_HEADER                   = "Type";
  62     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL        = "Rectangular";
  63     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL               = "Euro Type";
  64     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL             = "Curved";
  65     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL         = "Triangular";
  66     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL             = "Convex";
  67     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL            = "Rounded";
  68     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL           = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  69     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL           = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  70     static final String       OPTIONS_HEADER                     = "Options";
  71     static final String       SEARCH_SUBHEADER                   = "Search:";
  72     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                  = "Display:";
  73     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL            = "Match Complete Terms Only";
  74     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL        = "Case Sensitive";
  75     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL        = "Negate Result";
  76     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL = "Display Branch Length Values";
  77     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                = "Display Scale";
  78     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL      = "Non-Lined Up Cladograms";
  79     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL           = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  80     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL              = "Radial Labels";
  81     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  82     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL             = "Antialias";
  83     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                 = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  84     static final String       BG_GRAD_LABEL                      = "Background Color Gradient";
  85     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL           = "Display Node Boxes";
  86     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                = "Show Overview";
  87     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL               = "Font Size";
  88     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL        = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  89     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL           = "Show Domain Labels";
  90     static final String       COLOR_LABELS_TIP                   = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  91     static final String       ABBREV_SN_LABEL                    = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  92     JMenuBar                  _jmenubar;
  93     JMenu                     _file_jmenu;
  94     JMenu                     _tools_menu;
  95     JMenu                     _view_jmenu;
  96     JMenu                     _options_jmenu;
  97     JMenu                     _font_size_menu;
  98     JMenu                     _help_jmenu;
  99     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 100     // file menu:
 101     JMenuItem                 _open_item;
 102     JMenuItem                 _open_url_item;
 103     JMenuItem                 _save_item;
 104     JMenuItem                 _save_all_item;
 105     JMenuItem                 _close_item;
 106     JMenuItem                 _exit_item;
 107     JMenuItem                 _new_item;
 108     // tools menu:
 109     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 110     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 111     JMenuItem                 _confcolor_item;
 112     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 113     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 114     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                               //TODO implememt me
 115     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 116     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 117     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 118     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 119     // font size menu:
 120     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 121     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 122     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 123     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 124     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 125     // options menu:
 126     // _  screen and print
 127     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 128     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 129     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 130     // _  screen display
 131     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 132     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 133     JCheckBoxMenuItem         _show_node_boxes_cbmi;
 134     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 135     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 136     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 137     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 138     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                        //TODO fix me
 139     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 140     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 141     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 142     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 143     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 144     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 145     // _  print
 146     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 147     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 148     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 149     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 150     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 151     JMenuItem                 _print_size_mi;
 152     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 153     // _  parsing
 154     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 155     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 156     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 157     // _  search
 158     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 159     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 160     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 161     // type menu:
 162     JMenu                     _type_menu;
 163     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 164     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 165     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 166     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 167     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 168     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 169     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 170     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 171     // view as text menu:
 172     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 173     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 174     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 175     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 176     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 177     // help menu:
 178     JMenuItem                 _about_item;
 179     JMenuItem                 _help_item;
 180     JMenuItem                 _website_item;
 181     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 182     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 183     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 184     // Handy pointers to child components:
 185     MainPanel                 _mainpanel;
 186     Container                 _contentpane;
 187     TextFrame                 _textframe;
 188     Configuration             _configuration;
 189     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 190     Options                   _options;
 191
 192     MainFrame() {
 193         // Empty constructor.
 194     }
 195
 196     /**
 197      * Action performed.
 198      */
 199     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 200         final Object o = e.getSource();
 201         boolean is_applet = false;
 202         JApplet applet = null;
 203         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 204             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 205             if ( is_applet ) {
 206                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 207             }
 208         }
 209         if ( o == _open_url_item ) {
 210             readPhylogeniesFromURL();
 211         }
 212         else if ( o == _exit_item ) {
 213             close();
 214         }
 215         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 216             taxColor();
 217         }
 218         else if ( o == _confcolor_item ) {
 219             confColor();
 220         }
 221         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 222             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 223                 return;
 224             }
 225             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 226                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 227             }
 228         }
 229         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 230             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 231                 return;
 232             }
 233             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 234                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 235             }
 236         }
 237         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 238             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 239                 return;
 240             }
 241             removeBranchColors();
 242         }
 243         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 244             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 245                 return;
 246             }
 247             midpointRoot();
 248         }
 249         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 250             switchColors();
 251         }
 252         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 253             displayBasicInformation();
 254         }
 255         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 256             viewAsNH();
 257         }
 258         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 259             viewAsNHX();
 260         }
 261         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 262             viewAsXML();
 263         }
 264         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 265             viewAsNexus();
 266         }
 267         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 268             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 269                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 270                 getCurrentTreePanel().repaint();
 271             }
 272         }
 273         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 274             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 275                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 276                 getCurrentTreePanel().repaint();
 277             }
 278         }
 279         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 280             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 281                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 282                 getCurrentTreePanel().repaint();
 283             }
 284         }
 285         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 286             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 287                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 288                 getCurrentTreePanel().repaint();
 289             }
 290         }
 291         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 292             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 293                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 294                 getCurrentTreePanel().repaint();
 295             }
 296         }
 297         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 298             chooseFont();
 299         }
 300         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 301             chooseMinimalConfidence();
 302         }
 303         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 304             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 305         }
 306         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 307             updateOptions( getOptions() );
 308             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 309         }
 310         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 311             updateOptions( getOptions() );
 312         }
 313         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 314             updateOptions( getOptions() );
 315         }
 316         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 317             updateOptions( getOptions() );
 318         }
 319         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 320             updateOptions( getOptions() );
 321         }
 322         else if ( o == _show_node_boxes_cbmi ) {
 323             updateOptions( getOptions() );
 324         }
 325         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 326             updateOptions( getOptions() );
 327             showWhole();
 328         }
 329         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 330             updateOptions( getOptions() );
 331             showWhole();
 332         }
 333         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 334             updateOptions( getOptions() );
 335             showWhole();
 336         }
 337         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 338             updateOptions( getOptions() );
 339             getMainPanel().getControlPanel().search();
 340         }
 341         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 342             updateOptions( getOptions() );
 343             getMainPanel().getControlPanel().search();
 344         }
 345         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 346             updateOptions( getOptions() );
 347             getMainPanel().getControlPanel().search();
 348         }
 349         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 350             updateOptions( getOptions() );
 351         }
 352         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 353             updateOptions( getOptions() );
 354         }
 355         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 356             updateOptions( getOptions() );
 357         }
 358         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 359             updateOptions( getOptions() );
 360             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 361                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 362             }
 363         }
 364         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 365                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 366                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 367             typeChanged( o );
 368         }
 369         else if ( o == _about_item ) {
 370             about();
 371         }
 372         else if ( o == _help_item ) {
 373             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 374         }
 375         else if ( o == _website_item ) {
 376             try {
 377                 Util.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 378             }
 379             catch ( final IOException e1 ) {
 380                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 381             }
 382         }
 383         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 384             try {
 385                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 386             }
 387             catch ( final IOException e1 ) {
 388                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 389             }
 390         }
 391         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 392             try {
 393                 Util.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 394             }
 395             catch ( final IOException e1 ) {
 396                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 397             }
 398         }
 399         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 400             try {
 401                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 402             }
 403             catch ( final IOException e1 ) {
 404                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 405             }
 406         }
 407         else {
 408             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 409                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 410                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 411                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 412                     }
 413                 }
 414             }
 415         }
 416         _contentpane.repaint();
 417     }
 418
 419     boolean isSubtreeDisplayed() {
 420         if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 421             JOptionPane
 422                     .showMessageDialog( this,
 423                                         "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 424                                         "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 425                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 426             return true;
 427         }
 428         return false;
 429     }
 430
 431     void activateSaveAllIfNeeded() {
 432         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 433             _save_all_item.setEnabled( true );
 434         }
 435         else {
 436             _save_all_item.setEnabled( false );
 437         }
 438     }
 439
 440     void buildFileMenu() {
 441         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 442         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 443         _file_jmenu.addSeparator();
 444         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 445         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 446         customizeJMenuItem( _exit_item );
 447         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 448     }
 449
 450     void buildFontSizeMenu() {
 451         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 452         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 453         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 454         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 455         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 456         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 457         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 458         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 459         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 460         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 461         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 462         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 463     }
 464
 465     void buildHelpMenu() {
 466         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 467         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 468         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 469         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 470         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 471         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 472         _help_jmenu.addSeparator();
 473         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 474         customizeJMenuItem( _help_item );
 475         customizeJMenuItem( _website_item );
 476         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 477         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 478         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 479         customizeJMenuItem( _about_item );
 480         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 481         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 482         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 483     }
 484
 485     void buildTypeMenu() {
 486         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 487         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 488         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 489         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 490         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 491         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 492         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 493         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 494         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 495         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 496         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 497         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 498         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 499         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 500         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 501         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 502         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 503         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 504         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 505         initializeTypeMenu( getOptions() );
 506         _jmenubar.add( _type_menu );
 507     }
 508
 509     void buildViewMenu() {
 510         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 511         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 512         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 513         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 514         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 515         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 516         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 517         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 518         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 519         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 520         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 521         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 522     }
 523
 524     private void chooseFont() {
 525         final FontChooser fc = new FontChooser();
 526         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 527         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 528         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 529     }
 530
 531     private void chooseMinimalConfidence() {
 532         final String s = ( String ) JOptionPane
 533                 .showInputDialog( this,
 534                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 535                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 536                                   "Minimal Confidence Value",
 537                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 538                                   null,
 539                                   null,
 540                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 541         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 542             boolean success = true;
 543             double m = 0.0;
 544             final String m_str = s.trim();
 545             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 546                 try {
 547                     m = Double.parseDouble( m_str );
 548                 }
 549                 catch ( final Exception ex ) {
 550                     success = false;
 551                 }
 552             }
 553             else {
 554                 success = false;
 555             }
 556             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 557                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 558             }
 559         }
 560     }
 561
 562     void close() {
 563         removeTextFrame();
 564         if ( _mainpanel != null ) {
 565             _mainpanel.terminate();
 566         }
 567         if ( _contentpane != null ) {
 568             _contentpane.removeAll();
 569         }
 570         setVisible( false );
 571         dispose();
 572     }
 573
 574     void confColor() {
 575         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 576             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 577         }
 578     }
 579
 580     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 581         if ( item != null ) {
 582             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 583             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 584                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 585                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 586             }
 587             item.setSelected( is_selected );
 588             item.addActionListener( this );
 589         }
 590     }
 591
 592     void customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 593         if ( jmi != null ) {
 594             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 595             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 596                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 597                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 598             }
 599             jmi.addActionListener( this );
 600         }
 601     }
 602
 603     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 604         if ( item != null ) {
 605             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 606             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 607                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 608                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 609             }
 610             item.setSelected( is_selected );
 611             item.addActionListener( this );
 612         }
 613     }
 614
 615     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 616         try {
 617             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 618         }
 619         catch ( final Exception ex ) {
 620             // Do nothing.
 621         }
 622         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 623                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 624                                        "Error during File|Open",
 625                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 626     }
 627
 628     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 629         try {
 630             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 631         }
 632         catch ( final Exception ex ) {
 633             // Do nothing.
 634         }
 635         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 636     }
 637
 638     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 639         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 640             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 641                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 642                                            "Error during SDI",
 643                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 644             return false;
 645         }
 646         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 647             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 648                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 649                                            "Error during SDI",
 650                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 651             return false;
 652         }
 653         else {
 654             return true;
 655         }
 656     }
 657
 658     Configuration getConfiguration() {
 659         return _configuration;
 660     }
 661
 662     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 663         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 664     }
 665
 666     JMenu getHelpMenu() {
 667         return _help_jmenu;
 668     }
 669
 670     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 671         return _label_direction_cbmi;
 672     }
 673
 674     MainPanel getMainPanel() {
 675         return _mainpanel;
 676     }
 677
 678     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 679         return _jmenubar;
 680     }
 681
 682     Options getOptions() {
 683         return _options;
 684     }
 685
 686     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 687         setTypeMenuToAllUnselected();
 688         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 689             case CONVEX:
 690                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 691                 break;
 692             case CURVED:
 693                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 694                 break;
 695             case EURO_STYLE:
 696                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 697                 break;
 698             case ROUNDED:
 699                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 700                 break;
 701             case TRIANGULAR:
 702                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 703                 break;
 704             case UNROOTED:
 705                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 706                 break;
 707             case CIRCULAR:
 708                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 709                 break;
 710             default:
 711                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 712                 break;
 713         }
 714     }
 715
 716     void midpointRoot() {
 717         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 718             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 719         }
 720     }
 721
 722     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 723
 724     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 725         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 726         new Thread( reader ).start();
 727     }
 728
 729     private void removeBranchColors() {
 730         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 731             Util.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 732         }
 733     }
 734
 735     void removeTextFrame() {
 736         if ( _textframe != null ) {
 737             _textframe.close();
 738             _textframe = null;
 739         }
 740     }
 741
 742     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 743         _configuration = configuration;
 744     }
 745
 746     void setOptions( final Options options ) {
 747         _options = options;
 748     }
 749
 750     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 751         setTypeMenuToAllUnselected();
 752         switch ( type ) {
 753             case CIRCULAR:
 754                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 755                 break;
 756             case CONVEX:
 757                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 758                 break;
 759             case CURVED:
 760                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 761                 break;
 762             case EURO_STYLE:
 763                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 764                 break;
 765             case ROUNDED:
 766                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 767                 break;
 768             case RECTANGULAR:
 769                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 770                 break;
 771             case TRIANGULAR:
 772                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 773                 break;
 774             case UNROOTED:
 775                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 776                 break;
 777             default:
 778                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 779         }
 780     }
 781
 782     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 783         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 784         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 785         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 786         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 787         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 788         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 789         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 790         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 791     }
 792
 793     void showWhole() {
 794         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 795     }
 796
 797     void switchColors() {
 798         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 799         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 800         csc.setVisible( true );
 801     }
 802
 803     void taxColor() {
 804         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 805             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 806         }
 807     }
 808
 809     void typeChanged( final Object o ) {
 810         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 811         updateOptions( getOptions() );
 812         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 813             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 814             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 815             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 816                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 817                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 818                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 819                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 820             }
 821             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 822                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 823             }
 824             else {
 825                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 826             }
 827             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 828             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 829             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 830                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 831                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 832                 }
 833                 else {
 834                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 835                 }
 836             }
 837         }
 838     }
 839
 840     void updateOptions( final Options options ) {
 841         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 842         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 843                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 844         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 845         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
 846                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
 847         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
 848                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
 849         options.setShowNodeBoxes( ( _show_node_boxes_cbmi != null ) && _show_node_boxes_cbmi.isSelected() );
 850         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 851             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 852         }
 853         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 854             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 855         }
 856         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
 857             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 858         }
 859         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
 860                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
 861         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
 862             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
 863         }
 864         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
 865             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
 866                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 867             }
 868             else {
 869                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 870             }
 871         }
 872         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
 873         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
 874             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
 875         }
 876         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
 877                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 878         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
 879                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 880         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
 881         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
 882                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
 883         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
 884                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
 885         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
 886                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
 887         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
 888                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
 889         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
 890                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
 891         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
 892                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
 893         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
 894             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
 895             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
 896                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
 897                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
 898             }
 899             else {
 900                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
 901             }
 902         }
 903         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 904             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 905         }
 906         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 907             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 908         }
 909         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
 910             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 911         }
 912         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
 913             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 914         }
 915         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
 916             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 917         }
 918         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
 919             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 920         }
 921         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
 922             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 923         }
 924         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
 925             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 926         }
 927     }
 928
 929     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
 930         setTypeMenuToAllUnselected();
 931         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
 932     }
 933
 934     void displayBasicInformation() {
 935         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
 936             return;
 937         }
 938         _textframe = TextFrame.instantiate( Util.crateBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
 939     }
 940
 941     void viewAsNexus() {
 942         removeTextFrame();
 943         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
 944                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
 945             return;
 946         }
 947         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus() );
 948     }
 949
 950     void viewAsNH() {
 951         removeTextFrame();
 952         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
 953                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
 954             return;
 955         }
 956         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshire( false ) );
 957     }
 958
 959     void viewAsNHX() {
 960         removeTextFrame();
 961         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
 962                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
 963             return;
 964         }
 965         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
 966     }
 967
 968     void viewAsXML() {
 969         removeTextFrame();
 970         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
 971                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
 972             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
 973         }
 974     }
 975
 976     /**
 977      * Display the about box.
 978      */
 979     static void about() {
 980         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
 981         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
 982         about.append( "All Rights Reserved\n" );
 983         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
 984         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
 985         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
 986         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
 987         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
 988             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
 989         }
 990         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
 991                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
 992             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
 993                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
 994         }
 995         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 996         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 997         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 998         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
 999         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1000         about.append( "References:\n" );
1001         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1002         about.append( "For more information & download:\n" );
1003         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1004         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1005         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1006     }
1007
1008     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1009         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1010     }
1011
1012     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1013         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1014         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1015             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1016             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1017             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1018         }
1019         return jmenu;
1020     }
1021
1022     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1023         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1024         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1025             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1026             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1027             label.setOpaque( true );
1028         }
1029         label.setSelected( false );
1030         label.setEnabled( false );
1031         return label;
1032     }
1033
1034     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1035         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1036             case LOWER_LEFT:
1037                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1038                 break;
1039             case LOWER_RIGHT:
1040                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1041                 break;
1042             case UPPER_LEFT:
1043                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1044                 break;
1045             case UPPER_RIGHT:
1046                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1047                 break;
1048             default:
1049                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1050         }
1051         tree_panel.updateOvSettings();
1052     }
1053
1054     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1055         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1056         sb.append( "Display options\n" );
1057         sb.append( "-------------------\n" );
1058         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1059         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1060         sb.append( "--------------------\n" );
1061         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1062         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1063         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1064         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1065         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1066         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1067         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1068         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1069         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1070         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1071         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1072         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1073         sb.append( "Zooming\n" );
1074         sb.append( "---------\n" );
1075         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1076         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1077         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1078         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1079         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1080         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1081         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1082         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1083         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1084         sb.append( "------------------------\n" );
1085         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1086         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1087         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1088         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1089         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1090         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1091         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1092         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1093         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1094             sb.append( "Active web links\n" );
1095             sb.append( "--------------------\n" );
1096             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1097                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1098             }
1099         }
1100         // + "General remarks\n"
1101         // + "---------------\n"
1102         // +
1103         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1104         // +
1105         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1106         // +
1107         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1108         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1109         // +
1110         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1111         // +
1112         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1113         // +
1114         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1115         // +
1116         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1117         // +
1118         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1119         // +
1120         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1121         // +
1122         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1123         // +
1124         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1125         // +
1126         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1127         // +
1128         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1129         // +
1130         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1131         // +
1132         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1133         // +
1134         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1135         // +
1136         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1137         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1138         // +
1139         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1140         sb.append( "\n" );
1141         sb.append( "phyloXML\n" );
1142         sb.append( "-------------------\n" );
1143         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1144         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1145         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1146         sb.append( "\n" );
1147         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1148         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1149         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1150     }
1151
1152     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1153         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1154             mi.setText( "Overview Placement... (current: " + tree_panel.getOptions().getOvPlacement() + ")" );
1155         }
1156         else {
1157             mi.setText( "Overview Placement..." );
1158         }
1159     }
1160
1161     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1162         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1163             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1164         }
1165         else {
1166             mi.setText( "Select Colors..." );
1167         }
1168     }
1169
1170     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1171         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1172     }
1173
1174     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1175         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1176             mi.setEnabled( true );
1177         }
1178         else if ( ForesterUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1179             mi.setEnabled( true );
1180         }
1181         else {
1182             mi.setEnabled( false );
1183         }
1184         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1185     }
1186
1187     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1188                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1189                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1190                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1191                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1192                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1193                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1194         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1195         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1196         final Options options = main_panel.getOptions();
1197         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1198         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1199         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1200         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1201             scale.setSelected( false );
1202             scale.setEnabled( false );
1203             branch_lengths.setSelected( false );
1204             branch_lengths.setEnabled( false );
1205         }
1206         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1207             scale.setSelected( false );
1208             scale.setEnabled( false );
1209             branch_lengths.setEnabled( true );
1210         }
1211         else {
1212             scale.setEnabled( true );
1213             branch_lengths.setEnabled( true );
1214         }
1215         if ( ( tree_panel != null )
1216                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1217                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1218                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1219             branch_lengths.setSelected( false );
1220             branch_lengths.setEnabled( false );
1221         }
1222         if ( tree_panel != null ) {
1223             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1224                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1225                 non_lined_up.setEnabled( false );
1226                 uniform_clado.setEnabled( false );
1227                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1228             }
1229             else {
1230                 non_lined_up.setEnabled( true );
1231                 uniform_clado.setEnabled( true );
1232                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1233             }
1234         }
1235         else {
1236             if ( ( tree_panel != null )
1237                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1238                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1239                 branch_lengths.setSelected( false );
1240                 branch_lengths.setEnabled( false );
1241             }
1242             if ( ( tree_panel != null )
1243                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1244                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1245                 non_lined_up.setEnabled( false );
1246             }
1247             else {
1248                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1249                 non_lined_up.setEnabled( true );
1250             }
1251         }
1252         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1253         if ( tree_panel != null ) {
1254             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1255                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1256                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1257             }
1258             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1259                 scale.setSelected( false );
1260                 scale.setEnabled( false );
1261             }
1262         }
1263     }
1264
1265     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1266         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1267             tree_panel.setTextAntialias();
1268         }
1269     }
1270 }