forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Container;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.ActionListener;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Locale;
  35 import java.util.Map;
  36
  37 import javax.swing.JApplet;
  38 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  39 import javax.swing.JFrame;
  40 import javax.swing.JMenu;
  41 import javax.swing.JMenuBar;
  42 import javax.swing.JMenuItem;
  43 import javax.swing.JOptionPane;
  44 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  50 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  53 import org.forester.util.ForesterConstants;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  57
  58     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE          = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  59     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP                   = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  60     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                       = Constants.APTX_REFERENCE;
  61     private static final long serialVersionUID                        = 3655000897845508358L;
  62     final static Font         menu_font                               = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  63                                                                                   Font.PLAIN,
  64                                                                                   10 );
  65     static final String       TYPE_MENU_HEADER                        = "Type";
  66     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rectangular";
  67     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                    = "Euro Type";
  68     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Curved";
  69     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL              = "Triangular";
  70     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Convex";
  71     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL                 = "Rounded";
  72     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL                = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  73     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL                = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  74     static final String       OPTIONS_HEADER                          = "Options";
  75     static final String       SEARCH_SUBHEADER                        = "Search:";
  76     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                       = "Display:";
  77     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL                 = "Match Complete Terms Only";
  78     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL             = "Case Sensitive";
  79     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL             = "Negate Result";
  80     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL      = "Display Branch Length Values";
  81     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                     = "Display Scale";
  82     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL           = "Non-Lined Up Cladograms";
  83     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL                = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  84     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL                   = "Radial Labels";
  85     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                     = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  86     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL                  = "Antialias";
  87     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                      = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  88     static final String       BG_GRAD_LABEL                           = "Background Color Gradient";
  89     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL                = "Show Node Shapes";
  90     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                     = "Show Overview";
  91     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                    = "Font Size";
  92     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL             = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  93     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL                = "Show Domain Labels";
  94     static final String       COLOR_LABELS_TIP                        = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  95     static final String       ABBREV_SN_LABEL                         = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  96     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL     = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
  97     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL                  = "Cycle Node Shapes";
  98     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL                   = "Cycle Node Fill Type";
  99     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL                  = "Choose Node Shape Size";
 100     static final String       SHOW_CONF_STDDEV_LABEL                  = "Show Confidence Standard Deviations";
 101     static final String       USE_BRACKETS_FOR_CONF_IN_NH_LABEL       = "Use Brackets for Confidence Values";
 102     static final String       USE_INTERNAL_NAMES_FOR_CONF_IN_NH_LABEL = "Use Internal Node Names for Confidence Values";
 103     JMenuBar                  _jmenubar;
 104     JMenu                     _file_jmenu;
 105     JMenu                     _tools_menu;
 106     JMenu                     _view_jmenu;
 107     JMenu                     _options_jmenu;
 108     JMenu                     _font_size_menu;
 109     JMenu                     _help_jmenu;
 110     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 111     // file menu:
 112     JMenuItem                 _open_item;
 113     JMenuItem                 _open_url_item;
 114     JMenuItem                 _save_item;
 115     JMenuItem                 _save_all_item;
 116     JMenuItem                 _close_item;
 117     JMenuItem                 _exit_item;
 118     JMenuItem                 _new_item;
 119     // tools menu:
 120     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 121     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 122     JMenuItem                 _confcolor_item;
 123     JMenuItem                 _color_rank_jmi;
 124     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 125     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 126     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                    //TODO implememt me
 127     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 128     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 129     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 130     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 131     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 132     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 133     // font size menu:
 134     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 135     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 136     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 137     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 138     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 139     // options menu:
 140     // _  screen and print
 141     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 142     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 143     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 144     // _  screen display
 145     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 146     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 147     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 148     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 149     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 150     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 151     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                             //TODO fix me
 152     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 153     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 154     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 155     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 156     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 157     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 158     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 159     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 160     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 161     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 162     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 163     JCheckBoxMenuItem         _show_confidence_stddev_cbmi;
 164     // _  print
 165     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 166     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 167     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 168     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 169     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 170     JMenuItem                 _print_size_mi;
 171     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 172     // _  parsing
 173     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 174     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 175     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 176     JCheckBoxMenuItem         _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 177     JCheckBoxMenuItem         _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 178     // _  search
 179     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 180     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 181     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 182     // type menu:
 183     JMenu                     _type_menu;
 184     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 185     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 186     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 187     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 188     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 189     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 190     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 191     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 192     // view as text menu:
 193     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 194     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 195     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 196     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 197     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 198     // help menu:
 199     JMenuItem                 _about_item;
 200     JMenuItem                 _help_item;
 201     JMenuItem                 _website_item;
 202     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 203     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 204     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 205     // Handy pointers to child components:
 206     MainPanel                 _mainpanel;
 207     Container                 _contentpane;
 208     TextFrame                 _textframe;
 209     Configuration             _configuration;
 210     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 211     Options                   _options;
 212
 213     MainFrame() {
 214         // Empty constructor.
 215     }
 216
 217     /**
 218      * Action performed.
 219      */
 220     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 221         final Object o = e.getSource();
 222         boolean is_applet = false;
 223         JApplet applet = null;
 224         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 225             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 226             if ( is_applet ) {
 227                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 228             }
 229         }
 230         if ( o == _open_url_item ) {
 231             readPhylogeniesFromURL();
 232         }
 233         else if ( o == _exit_item ) {
 234             close();
 235         }
 236         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 237             taxColor();
 238         }
 239         else if ( o == _confcolor_item ) {
 240             confColor();
 241         }
 242         else if ( o == _color_rank_jmi ) {
 243             colorRank();
 244         }
 245         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 246             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 247                 return;
 248             }
 249             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 250                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 251             }
 252         }
 253         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 254             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 255                 return;
 256             }
 257             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 258                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 259             }
 260         }
 261         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 262             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 263                 return;
 264             }
 265             removeBranchColors();
 266         }
 267         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 268             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 269                 return;
 270             }
 271             midpointRoot();
 272         }
 273         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 274             switchColors();
 275         }
 276         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 277             displayBasicInformation();
 278         }
 279         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 280             viewAsNH();
 281         }
 282         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 283             viewAsNHX();
 284         }
 285         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 286             viewAsXML();
 287         }
 288         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 289             viewAsNexus();
 290         }
 291         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 292             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 293                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 294                 getCurrentTreePanel().repaint();
 295             }
 296         }
 297         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 298             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 299                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 300                 getCurrentTreePanel().repaint();
 301             }
 302         }
 303         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 304             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 305                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 306                 getCurrentTreePanel().repaint();
 307             }
 308         }
 309         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 310             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 311                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 312                 getCurrentTreePanel().repaint();
 313             }
 314         }
 315         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 316             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 317                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 318                 getCurrentTreePanel().repaint();
 319             }
 320         }
 321         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 322             chooseFont();
 323         }
 324         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 325             chooseMinimalConfidence();
 326         }
 327         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 328             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 329         }
 330         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 331             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 332         }
 333         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 334             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 335         }
 336         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 337             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 338         }
 339         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 340             updateOptions( getOptions() );
 341             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 342         }
 343         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 344             updateOptions( getOptions() );
 345         }
 346         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 347             updateOptions( getOptions() );
 348         }
 349         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 350             updateOptions( getOptions() );
 351         }
 352         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 353             updateOptions( getOptions() );
 354         }
 355         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 356             updateOptions( getOptions() );
 357         }
 358         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 359             updateOptions( getOptions() );
 360         }
 361         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 362             updateOptions( getOptions() );
 363             showWhole();
 364         }
 365         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 366             updateOptions( getOptions() );
 367             showWhole();
 368         }
 369         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 370             updateOptions( getOptions() );
 371             showWhole();
 372         }
 373         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 374             updateOptions( getOptions() );
 375             getMainPanel().getControlPanel().search();
 376         }
 377         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 378             updateOptions( getOptions() );
 379             getMainPanel().getControlPanel().search();
 380         }
 381         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 382             updateOptions( getOptions() );
 383             getMainPanel().getControlPanel().search();
 384         }
 385         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 386             updateOptions( getOptions() );
 387         }
 388         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 389             updateOptions( getOptions() );
 390         }
 391         else if ( o == _show_confidence_stddev_cbmi ) {
 392             updateOptions( getOptions() );
 393         }
 394         else if ( o == _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 395             if ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 396                 _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 397             }
 398             updateOptions( getOptions() );
 399         }
 400         else if ( o == _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 401             if ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 402                 _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 403             }
 404             updateOptions( getOptions() );
 405         }
 406         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 407             updateOptions( getOptions() );
 408         }
 409         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 410             updateOptions( getOptions() );
 411             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 412                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 413             }
 414         }
 415         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 416                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 417                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 418             typeChanged( o );
 419         }
 420         else if ( o == _about_item ) {
 421             about();
 422         }
 423         else if ( o == _help_item ) {
 424             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 425         }
 426         else if ( o == _website_item ) {
 427             try {
 428                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 429             }
 430             catch ( final IOException e1 ) {
 431                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 432             }
 433         }
 434         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 435             try {
 436                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 437             }
 438             catch ( final IOException e1 ) {
 439                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 440             }
 441         }
 442         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 443             try {
 444                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 445             }
 446             catch ( final IOException e1 ) {
 447                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 448             }
 449         }
 450         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 451             try {
 452                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 453             }
 454             catch ( final IOException e1 ) {
 455                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 456             }
 457         }
 458         else {
 459             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 460                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 461                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 462                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 463                     }
 464                 }
 465             }
 466         }
 467         _contentpane.repaint();
 468     }
 469
 470     boolean isSubtreeDisplayed() {
 471         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 472             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 473                 JOptionPane
 474                         .showMessageDialog( this,
 475                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 476                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 477                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 478                 return true;
 479             }
 480         }
 481         return false;
 482     }
 483
 484     void activateSaveAllIfNeeded() {
 485         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 486             _save_all_item.setEnabled( true );
 487         }
 488         else {
 489             _save_all_item.setEnabled( false );
 490         }
 491     }
 492
 493     void buildFileMenu() {
 494         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 495         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 496         _file_jmenu.addSeparator();
 497         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 498         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 499         customizeJMenuItem( _exit_item );
 500         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 501     }
 502
 503     void buildFontSizeMenu() {
 504         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 505         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 506         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 507         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 508         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 509         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 510         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 511         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 512         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 513         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 514         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 515         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 516     }
 517
 518     void buildHelpMenu() {
 519         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 520         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 521         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 522         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 523         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 524         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 525         _help_jmenu.addSeparator();
 526         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 527         customizeJMenuItem( _help_item );
 528         customizeJMenuItem( _website_item );
 529         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 530         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 531         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 532         customizeJMenuItem( _about_item );
 533         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 534         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 535         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 536     }
 537
 538     void buildTypeMenu() {
 539         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 540         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 541         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 542         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 543         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 544         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 545         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 546         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 547         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 548         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 549         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 550         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 551         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 552         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 553         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 554         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 555         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 556         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 557         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 558         initializeTypeMenu( getOptions() );
 559         _jmenubar.add( _type_menu );
 560     }
 561
 562     void buildViewMenu() {
 563         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 564         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 565         _view_jmenu.addSeparator();
 566         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 567         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 568         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 569         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 570         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 571         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 572         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 573         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 574         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 575         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 576     }
 577
 578     private void chooseFont() {
 579         final FontChooser fc = new FontChooser();
 580         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 581         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 582         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 583     }
 584
 585     private void chooseMinimalConfidence() {
 586         final String s = ( String ) JOptionPane
 587                 .showInputDialog( this,
 588                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 589                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 590                                   "Minimal Confidence Value",
 591                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 592                                   null,
 593                                   null,
 594                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 595         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 596             boolean success = true;
 597             double m = 0.0;
 598             final String m_str = s.trim();
 599             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 600                 try {
 601                     m = Double.parseDouble( m_str );
 602                 }
 603                 catch ( final Exception ex ) {
 604                     success = false;
 605                 }
 606             }
 607             else {
 608                 success = false;
 609             }
 610             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 611                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 612             }
 613         }
 614     }
 615
 616     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 617         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 618                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 619                                                                          + "[current value: "
 620                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 621                                                                  "Node Shape Size",
 622                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 623                                                                  null,
 624                                                                  null,
 625                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 626         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 627             boolean success = true;
 628             double m = 0.0;
 629             final String m_str = s.trim();
 630             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 631                 try {
 632                     m = Double.parseDouble( m_str );
 633                 }
 634                 catch ( final Exception ex ) {
 635                     success = false;
 636                 }
 637             }
 638             else {
 639                 success = false;
 640             }
 641             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 642                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 643                 if ( size >= 0.0 ) {
 644                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 645                 }
 646             }
 647         }
 648     }
 649
 650     void close() {
 651         removeTextFrame();
 652         if ( _mainpanel != null ) {
 653             _mainpanel.terminate();
 654         }
 655         if ( _contentpane != null ) {
 656             _contentpane.removeAll();
 657         }
 658         setVisible( false );
 659         dispose();
 660     }
 661
 662     void confColor() {
 663         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 664             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 665         }
 666     }
 667
 668     void colorRank() {
 669         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 670             final String[] ranks = AptxUtil.getAllPossibleRanks();
 671             final String rank = ( String ) JOptionPane
 672                     .showInputDialog( this,
 673                                       "What rank should the colorization be based on",
 674                                       "Rank Selection",
 675                                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 676                                       null,
 677                                       ranks,
 678                                       null );
 679             if ( !ForesterUtil.isEmpty( rank ) ) {
 680                 _mainpanel.getCurrentTreePanel().colorRank( rank );
 681             }
 682         }
 683     }
 684
 685     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 686         if ( item != null ) {
 687             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 688             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 689                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 690                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 691             }
 692             item.setSelected( is_selected );
 693             item.addActionListener( this );
 694         }
 695     }
 696
 697     void customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 698         if ( jmi != null ) {
 699             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 700             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 701                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 702                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 703             }
 704             jmi.addActionListener( this );
 705         }
 706     }
 707
 708     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 709         if ( item != null ) {
 710             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 711             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 712                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 713                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 714             }
 715             item.setSelected( is_selected );
 716             item.addActionListener( this );
 717         }
 718     }
 719
 720     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 721         try {
 722             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 723         }
 724         catch ( final Exception ex ) {
 725             // Do nothing.
 726         }
 727         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 728                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 729                                        "Error during File|Open",
 730                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 731     }
 732
 733     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 734         try {
 735             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 736         }
 737         catch ( final Exception ex ) {
 738             // Do nothing.
 739         }
 740         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 741     }
 742
 743     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 744         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 745             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 746                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 747                                            "Error during SDI",
 748                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 749             return false;
 750         }
 751         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 752             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 753                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 754                                            "Error during SDI",
 755                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 756             return false;
 757         }
 758         else {
 759             return true;
 760         }
 761     }
 762
 763     public Configuration getConfiguration() {
 764         return _configuration;
 765     }
 766
 767     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 768         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 769     }
 770
 771     JMenu getHelpMenu() {
 772         return _help_jmenu;
 773     }
 774
 775     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 776         return _label_direction_cbmi;
 777     }
 778
 779     MainPanel getMainPanel() {
 780         return _mainpanel;
 781     }
 782
 783     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 784         return _jmenubar;
 785     }
 786
 787     public Options getOptions() {
 788         return _options;
 789     }
 790
 791     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 792         setTypeMenuToAllUnselected();
 793         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 794             case CONVEX:
 795                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 796                 break;
 797             case CURVED:
 798                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 799                 break;
 800             case EURO_STYLE:
 801                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 802                 break;
 803             case ROUNDED:
 804                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 805                 break;
 806             case TRIANGULAR:
 807                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 808                 break;
 809             case UNROOTED:
 810                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 811                 break;
 812             case CIRCULAR:
 813                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 814                 break;
 815             default:
 816                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 817                 break;
 818         }
 819     }
 820
 821     void midpointRoot() {
 822         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 823             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 824         }
 825     }
 826
 827     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 828
 829     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 830         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 831         new Thread( reader ).start();
 832     }
 833
 834     private void removeBranchColors() {
 835         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 836             AptxUtil.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 837         }
 838     }
 839
 840     void removeTextFrame() {
 841         if ( _textframe != null ) {
 842             _textframe.close();
 843             _textframe = null;
 844         }
 845     }
 846
 847     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 848         _configuration = configuration;
 849     }
 850
 851     void setOptions( final Options options ) {
 852         _options = options;
 853     }
 854
 855     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 856         setTypeMenuToAllUnselected();
 857         switch ( type ) {
 858             case CIRCULAR:
 859                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 860                 break;
 861             case CONVEX:
 862                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 863                 break;
 864             case CURVED:
 865                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 866                 break;
 867             case EURO_STYLE:
 868                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 869                 break;
 870             case ROUNDED:
 871                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 872                 break;
 873             case RECTANGULAR:
 874                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 875                 break;
 876             case TRIANGULAR:
 877                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 878                 break;
 879             case UNROOTED:
 880                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 881                 break;
 882             default:
 883                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 884         }
 885     }
 886
 887     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 888         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 889         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 890         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 891         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 892         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 893         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 894         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 895         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 896     }
 897
 898     public void showWhole() {
 899         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 900     }
 901
 902     void switchColors() {
 903         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 904         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 905         csc.setVisible( true );
 906     }
 907
 908     void taxColor() {
 909         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 910             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 911         }
 912     }
 913
 914     void typeChanged( final Object o ) {
 915         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 916         updateOptions( getOptions() );
 917         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 918             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 919             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 920             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 921                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 922                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 923                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 924                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 925             }
 926             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 927                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 928             }
 929             else {
 930                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 931             }
 932             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 933             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 934             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 935                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 936                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 937                 }
 938                 else {
 939                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 940                 }
 941             }
 942         }
 943     }
 944
 945     void updateOptions( final Options options ) {
 946         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 947         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 948                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 949         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 950         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
 951                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
 952         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
 953                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
 954         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
 955                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 956         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
 957                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 958         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 959             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 960         }
 961         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 962             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 963         }
 964         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
 965             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 966         }
 967         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
 968                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
 969         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
 970             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
 971         }
 972         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
 973             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
 974                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 975             }
 976             else {
 977                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 978             }
 979         }
 980         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
 981         options.setShowConfidenceStddev( ( _show_confidence_stddev_cbmi != null )
 982                 && _show_confidence_stddev_cbmi.isSelected() );
 983         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
 984             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
 985         }
 986         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
 987                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 988         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
 989                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 990         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
 991         if ( ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
 992                 && _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 993             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS );
 994         }
 995         else if ( ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
 996                 && _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 997             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES );
 998         }
 999         else {
1000             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE );
1001         }
1002         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
1003                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
1004         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
1005                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
1006         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
1007                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
1008         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
1009                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
1010         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
1011                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
1012         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
1013                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
1014         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
1015             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
1016             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
1017                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
1018                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
1019             }
1020             else {
1021                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
1022             }
1023         }
1024         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1025             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1026         }
1027         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1028             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1029         }
1030         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
1031             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1032         }
1033         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
1034             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1035         }
1036         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
1037             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1038         }
1039         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
1040             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1041         }
1042         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
1043             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1044         }
1045         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
1046             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1047         }
1048     }
1049
1050     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
1051         setTypeMenuToAllUnselected();
1052         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
1053     }
1054
1055     void displayBasicInformation() {
1056         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1057             return;
1058         }
1059         _textframe = TextFrame.instantiate( AptxUtil.crateBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1060     }
1061
1062     void viewAsNexus() {
1063         removeTextFrame();
1064         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1065                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1066             return;
1067         }
1068         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus( getOptions()
1069                 .getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1070     }
1071
1072     void viewAsNH() {
1073         removeTextFrame();
1074         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1075                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1076             return;
1077         }
1078         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny()
1079                 .toNewHampshire( false, getOptions().getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1080     }
1081
1082     void viewAsNHX() {
1083         removeTextFrame();
1084         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1085                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1086             return;
1087         }
1088         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1089     }
1090
1091     void viewAsXML() {
1092         removeTextFrame();
1093         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1094                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1095             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1096         }
1097     }
1098
1099     /**
1100      * Display the about box.
1101      */
1102     static void about() {
1103         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1104         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
1105         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1106         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1107         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1108         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1109         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1110         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1111             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1112         }
1113         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1114                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1115             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1116                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1117         }
1118         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1119         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1120         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1121         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1122         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1123         about.append( "References:\n" );
1124         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1125         about.append( "For more information & download:\n" );
1126         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1127         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1128         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1129     }
1130
1131     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1132         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1133     }
1134
1135     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1136         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1137         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1138             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1139             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1140             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1141         }
1142         return jmenu;
1143     }
1144
1145     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1146         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1147         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1148             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1149             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1150             label.setOpaque( true );
1151         }
1152         label.setSelected( false );
1153         label.setEnabled( false );
1154         return label;
1155     }
1156
1157     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1158         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1159             case LOWER_LEFT:
1160                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1161                 break;
1162             case LOWER_RIGHT:
1163                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1164                 break;
1165             case UPPER_LEFT:
1166                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1167                 break;
1168             case UPPER_RIGHT:
1169                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1170                 break;
1171             default:
1172                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1173         }
1174         if ( tree_panel != null ) {
1175             tree_panel.updateOvSettings();
1176         }
1177     }
1178
1179     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1180         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1181             case GRADIENT:
1182                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1183                 break;
1184             case NONE:
1185                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1186                 break;
1187             case SOLID:
1188                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1189                 break;
1190             default:
1191                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1192         }
1193     }
1194
1195     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1196         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1197             case CIRCLE:
1198                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1199                 break;
1200             case RECTANGLE:
1201                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1202                 break;
1203             default:
1204                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1205         }
1206     }
1207
1208     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1209         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1210         sb.append( "Display options\n" );
1211         sb.append( "-------------------\n" );
1212         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1213         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1214         sb.append( "--------------------\n" );
1215         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1216         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1217         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1218         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1219         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1220         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1221         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1222         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1223         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1224         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1225         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1226         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1227         sb.append( "Zooming\n" );
1228         sb.append( "---------\n" );
1229         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1230         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1231         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1232         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1233         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1234         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1235         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1236         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1237         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1238         sb.append( "------------------------\n" );
1239         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1240         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1241         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1242         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1243         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1244         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1245         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1246         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1247         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1248             sb.append( "Active web links\n" );
1249             sb.append( "--------------------\n" );
1250             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1251                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1252             }
1253         }
1254         // + "General remarks\n"
1255         // + "---------------\n"
1256         // +
1257         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1258         // +
1259         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1260         // +
1261         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1262         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1263         // +
1264         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1265         // +
1266         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1267         // +
1268         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1269         // +
1270         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1271         // +
1272         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1273         // +
1274         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1275         // +
1276         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1277         // +
1278         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1279         // +
1280         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1281         // +
1282         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1283         // +
1284         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1285         // +
1286         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1287         // +
1288         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1289         // +
1290         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1291         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1292         // +
1293         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1294         sb.append( "\n" );
1295         sb.append( "phyloXML\n" );
1296         sb.append( "-------------------\n" );
1297         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1298         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1299         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1300         sb.append( "\n" );
1301         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1302         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1303         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1304     }
1305
1306     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1307         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1308             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1309         }
1310         else {
1311             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1312         }
1313     }
1314
1315     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1316         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1317             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1318                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1319         }
1320         else {
1321             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1322         }
1323     }
1324
1325     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1326         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1327             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1328                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1329         }
1330         else {
1331             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1332         }
1333     }
1334
1335     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1336         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1337             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1338         }
1339         else {
1340             mi.setText( "Select Colors..." );
1341         }
1342     }
1343
1344     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1345         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1346     }
1347
1348     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1349         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1350             mi.setEnabled( true );
1351         }
1352         else if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1353             mi.setEnabled( true );
1354         }
1355         else {
1356             mi.setEnabled( false );
1357         }
1358         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1359     }
1360
1361     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1362         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1363     }
1364
1365     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1366                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1367                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1368                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1369                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1370                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1371                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1372         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1373         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1374         final Options options = main_panel.getOptions();
1375         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1376         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1377         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1378         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1379             scale.setSelected( false );
1380             scale.setEnabled( false );
1381             branch_lengths.setSelected( false );
1382             branch_lengths.setEnabled( false );
1383         }
1384         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1385             scale.setSelected( false );
1386             scale.setEnabled( false );
1387             branch_lengths.setEnabled( true );
1388         }
1389         else {
1390             scale.setEnabled( true );
1391             branch_lengths.setEnabled( true );
1392         }
1393         if ( ( tree_panel != null )
1394                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1395                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1396                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1397             branch_lengths.setSelected( false );
1398             branch_lengths.setEnabled( false );
1399         }
1400         if ( tree_panel != null ) {
1401             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1402                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1403                 non_lined_up.setEnabled( false );
1404                 uniform_clado.setEnabled( false );
1405                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1406             }
1407             else {
1408                 non_lined_up.setEnabled( true );
1409                 uniform_clado.setEnabled( true );
1410                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1411             }
1412         }
1413         else {
1414             if ( ( tree_panel != null )
1415                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1416                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1417                 branch_lengths.setSelected( false );
1418                 branch_lengths.setEnabled( false );
1419             }
1420             if ( ( tree_panel != null )
1421                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1422                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1423                 non_lined_up.setEnabled( false );
1424             }
1425             else {
1426                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1427                 non_lined_up.setEnabled( true );
1428             }
1429         }
1430         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1431         if ( tree_panel != null ) {
1432             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1433                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1434                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1435             }
1436             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1437                 scale.setSelected( false );
1438                 scale.setEnabled( false );
1439             }
1440         }
1441     }
1442
1443     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1444         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1445             tree_panel.setTextAntialias();
1446         }
1447     }
1448 }