forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Container;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.ActionListener;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Locale;
  35 import java.util.Map;
  36
  37 import javax.swing.JApplet;
  38 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  39 import javax.swing.JFrame;
  40 import javax.swing.JMenu;
  41 import javax.swing.JMenuBar;
  42 import javax.swing.JMenuItem;
  43 import javax.swing.JOptionPane;
  44 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  50 import org.forester.util.ForesterConstants;
  51 import org.forester.util.ForesterUtil;
  52
  53 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  54
  55     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE      = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  56     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP               = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  57     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                   = Constants.APTX_REFERENCE;
  58     private static final long serialVersionUID                    = 3655000897845508358L;
  59     final static Font         menu_font                           = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  60                                                                               Font.PLAIN,
  61                                                                               10 );
  62     static final String       TYPE_MENU_HEADER                    = "Type";
  63     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL         = "Rectangular";
  64     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                = "Euro Type";
  65     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL              = "Curved";
  66     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL          = "Triangular";
  67     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL              = "Convex";
  68     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rounded";
  69     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL            = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  70     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL            = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  71     static final String       OPTIONS_HEADER                      = "Options";
  72     static final String       SEARCH_SUBHEADER                    = "Search:";
  73     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                   = "Display:";
  74     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL             = "Match Complete Terms Only";
  75     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL         = "Case Sensitive";
  76     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL         = "Negate Result";
  77     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL  = "Display Branch Length Values";
  78     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                 = "Display Scale";
  79     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL       = "Non-Lined Up Cladograms";
  80     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL            = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  81     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL               = "Radial Labels";
  82     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                 = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  83     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL              = "Antialias";
  84     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                  = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  85     static final String       BG_GRAD_LABEL                       = "Background Color Gradient";
  86     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL            = "Display Node Shapes";
  87     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                 = "Show Overview";
  88     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                = "Font Size";
  89     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL         = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  90     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL            = "Show Domain Labels";
  91     static final String       COLOR_LABELS_TIP                    = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  92     static final String       ABBREV_SN_LABEL                     = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  93     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
  94     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL              = "Cycle Node Shapes";
  95     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL               = "Cycle Node Fill Type";
  96     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL              = "Choose Node Shape Size";
  97     JMenuBar                  _jmenubar;
  98     JMenu                     _file_jmenu;
  99     JMenu                     _tools_menu;
 100     JMenu                     _view_jmenu;
 101     JMenu                     _options_jmenu;
 102     JMenu                     _font_size_menu;
 103     JMenu                     _help_jmenu;
 104     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 105     // file menu:
 106     JMenuItem                 _open_item;
 107     JMenuItem                 _open_url_item;
 108     JMenuItem                 _save_item;
 109     JMenuItem                 _save_all_item;
 110     JMenuItem                 _close_item;
 111     JMenuItem                 _exit_item;
 112     JMenuItem                 _new_item;
 113     // tools menu:
 114     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 115     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 116     JMenuItem                 _confcolor_item;
 117     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 118     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 119     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                //TODO implememt me
 120     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 121     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 122     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 123     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 124     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 125     // font size menu:
 126     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 127     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 128     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 129     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 130     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 131     // options menu:
 132     // _  screen and print
 133     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 134     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 135     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 136     // _  screen display
 137     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 138     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 139     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 140     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 141     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 142     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 143     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                         //TODO fix me
 144     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 145     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 146     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 147     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 148     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 149     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 150     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 151     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 152     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 153     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 154     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 155     // _  print
 156     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 157     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 158     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 159     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 160     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 161     JMenuItem                 _print_size_mi;
 162     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 163     // _  parsing
 164     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 165     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 166     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 167     // _  search
 168     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 169     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 170     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 171     // type menu:
 172     JMenu                     _type_menu;
 173     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 174     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 175     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 176     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 177     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 178     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 179     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 180     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 181     // view as text menu:
 182     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 183     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 184     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 185     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 186     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 187     // help menu:
 188     JMenuItem                 _about_item;
 189     JMenuItem                 _help_item;
 190     JMenuItem                 _website_item;
 191     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 192     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 193     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 194     // Handy pointers to child components:
 195     MainPanel                 _mainpanel;
 196     Container                 _contentpane;
 197     TextFrame                 _textframe;
 198     Configuration             _configuration;
 199     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 200     Options                   _options;
 201
 202     MainFrame() {
 203         // Empty constructor.
 204     }
 205
 206     /**
 207      * Action performed.
 208      */
 209     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 210         final Object o = e.getSource();
 211         boolean is_applet = false;
 212         JApplet applet = null;
 213         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 214             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 215             if ( is_applet ) {
 216                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 217             }
 218         }
 219         if ( o == _open_url_item ) {
 220             readPhylogeniesFromURL();
 221         }
 222         else if ( o == _exit_item ) {
 223             close();
 224         }
 225         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 226             taxColor();
 227         }
 228         else if ( o == _confcolor_item ) {
 229             confColor();
 230         }
 231         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 232             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 233                 return;
 234             }
 235             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 236                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 237             }
 238         }
 239         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 240             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 241                 return;
 242             }
 243             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 244                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 245             }
 246         }
 247         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 248             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 249                 return;
 250             }
 251             removeBranchColors();
 252         }
 253         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 254             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 255                 return;
 256             }
 257             midpointRoot();
 258         }
 259         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 260             switchColors();
 261         }
 262         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 263             displayBasicInformation();
 264         }
 265         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 266             viewAsNH();
 267         }
 268         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 269             viewAsNHX();
 270         }
 271         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 272             viewAsXML();
 273         }
 274         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 275             viewAsNexus();
 276         }
 277         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 278             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 279                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 280                 getCurrentTreePanel().repaint();
 281             }
 282         }
 283         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 284             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 285                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 286                 getCurrentTreePanel().repaint();
 287             }
 288         }
 289         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 290             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 291                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 292                 getCurrentTreePanel().repaint();
 293             }
 294         }
 295         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 296             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 297                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 298                 getCurrentTreePanel().repaint();
 299             }
 300         }
 301         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 302             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 303                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 304                 getCurrentTreePanel().repaint();
 305             }
 306         }
 307         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 308             chooseFont();
 309         }
 310         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 311             chooseMinimalConfidence();
 312         }
 313         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 314             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 315         }
 316         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 317             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 318         }
 319         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 320             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 321         }
 322         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 323             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 324         }
 325         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 326             updateOptions( getOptions() );
 327             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 328         }
 329         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 330             updateOptions( getOptions() );
 331         }
 332         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 333             updateOptions( getOptions() );
 334         }
 335         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 336             updateOptions( getOptions() );
 337         }
 338         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 339             updateOptions( getOptions() );
 340         }
 341         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 342             updateOptions( getOptions() );
 343         }
 344         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 345             updateOptions( getOptions() );
 346         }
 347         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 348             updateOptions( getOptions() );
 349             showWhole();
 350         }
 351         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 352             updateOptions( getOptions() );
 353             showWhole();
 354         }
 355         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 356             updateOptions( getOptions() );
 357             showWhole();
 358         }
 359         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 360             updateOptions( getOptions() );
 361             getMainPanel().getControlPanel().search();
 362         }
 363         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 364             updateOptions( getOptions() );
 365             getMainPanel().getControlPanel().search();
 366         }
 367         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 368             updateOptions( getOptions() );
 369             getMainPanel().getControlPanel().search();
 370         }
 371         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 372             updateOptions( getOptions() );
 373         }
 374         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 375             updateOptions( getOptions() );
 376         }
 377         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 378             updateOptions( getOptions() );
 379         }
 380         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 381             updateOptions( getOptions() );
 382             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 383                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 384             }
 385         }
 386         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 387                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 388                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 389             typeChanged( o );
 390         }
 391         else if ( o == _about_item ) {
 392             about();
 393         }
 394         else if ( o == _help_item ) {
 395             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 396         }
 397         else if ( o == _website_item ) {
 398             try {
 399                 Util.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 400             }
 401             catch ( final IOException e1 ) {
 402                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 403             }
 404         }
 405         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 406             try {
 407                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 408             }
 409             catch ( final IOException e1 ) {
 410                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 411             }
 412         }
 413         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 414             try {
 415                 Util.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 416             }
 417             catch ( final IOException e1 ) {
 418                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 419             }
 420         }
 421         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 422             try {
 423                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 424             }
 425             catch ( final IOException e1 ) {
 426                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 427             }
 428         }
 429         else {
 430             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 431                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 432                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 433                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 434                     }
 435                 }
 436             }
 437         }
 438         _contentpane.repaint();
 439     }
 440
 441     boolean isSubtreeDisplayed() {
 442         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 443             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 444                 JOptionPane
 445                         .showMessageDialog( this,
 446                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 447                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 448                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 449                 return true;
 450             }
 451         }
 452         return false;
 453     }
 454
 455     void activateSaveAllIfNeeded() {
 456         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 457             _save_all_item.setEnabled( true );
 458         }
 459         else {
 460             _save_all_item.setEnabled( false );
 461         }
 462     }
 463
 464     void buildFileMenu() {
 465         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 466         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 467         _file_jmenu.addSeparator();
 468         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 469         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 470         customizeJMenuItem( _exit_item );
 471         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 472     }
 473
 474     void buildFontSizeMenu() {
 475         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 476         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 477         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 478         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 479         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 480         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 481         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 482         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 483         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 484         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 485         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 486         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 487     }
 488
 489     void buildHelpMenu() {
 490         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 491         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 492         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 493         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 494         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 495         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 496         _help_jmenu.addSeparator();
 497         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 498         customizeJMenuItem( _help_item );
 499         customizeJMenuItem( _website_item );
 500         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 501         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 502         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 503         customizeJMenuItem( _about_item );
 504         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 505         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 506         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 507     }
 508
 509     void buildTypeMenu() {
 510         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 511         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 512         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 513         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 514         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 515         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 516         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 517         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 518         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 519         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 520         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 521         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 522         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 523         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 524         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 525         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 526         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 527         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 528         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 529         initializeTypeMenu( getOptions() );
 530         _jmenubar.add( _type_menu );
 531     }
 532
 533     void buildViewMenu() {
 534         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 535         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 536         _view_jmenu.addSeparator();
 537         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 538         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 539         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 540         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 541         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 542         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 543         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 544         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 545         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 546         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 547     }
 548
 549     private void chooseFont() {
 550         final FontChooser fc = new FontChooser();
 551         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 552         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 553         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 554     }
 555
 556     private void chooseMinimalConfidence() {
 557         final String s = ( String ) JOptionPane
 558                 .showInputDialog( this,
 559                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 560                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 561                                   "Minimal Confidence Value",
 562                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 563                                   null,
 564                                   null,
 565                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 566         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 567             boolean success = true;
 568             double m = 0.0;
 569             final String m_str = s.trim();
 570             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 571                 try {
 572                     m = Double.parseDouble( m_str );
 573                 }
 574                 catch ( final Exception ex ) {
 575                     success = false;
 576                 }
 577             }
 578             else {
 579                 success = false;
 580             }
 581             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 582                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 583             }
 584         }
 585     }
 586
 587     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 588         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 589                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 590                                                                          + "[current value: "
 591                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 592                                                                  "Node Shape Size",
 593                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 594                                                                  null,
 595                                                                  null,
 596                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 597         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 598             boolean success = true;
 599             double m = 0.0;
 600             final String m_str = s.trim();
 601             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 602                 try {
 603                     m = Double.parseDouble( m_str );
 604                 }
 605                 catch ( final Exception ex ) {
 606                     success = false;
 607                 }
 608             }
 609             else {
 610                 success = false;
 611             }
 612             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 613                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 614                 if ( size >= 0.0 ) {
 615                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 616                 }
 617             }
 618         }
 619     }
 620
 621     void close() {
 622         removeTextFrame();
 623         if ( _mainpanel != null ) {
 624             _mainpanel.terminate();
 625         }
 626         if ( _contentpane != null ) {
 627             _contentpane.removeAll();
 628         }
 629         setVisible( false );
 630         dispose();
 631     }
 632
 633     void confColor() {
 634         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 635             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 636         }
 637     }
 638
 639     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 640         if ( item != null ) {
 641             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 642             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 643                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 644                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 645             }
 646             item.setSelected( is_selected );
 647             item.addActionListener( this );
 648         }
 649     }
 650
 651     void customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 652         if ( jmi != null ) {
 653             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 654             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 655                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 656                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 657             }
 658             jmi.addActionListener( this );
 659         }
 660     }
 661
 662     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 663         if ( item != null ) {
 664             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 665             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 666                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 667                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 668             }
 669             item.setSelected( is_selected );
 670             item.addActionListener( this );
 671         }
 672     }
 673
 674     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 675         try {
 676             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 677         }
 678         catch ( final Exception ex ) {
 679             // Do nothing.
 680         }
 681         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 682                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 683                                        "Error during File|Open",
 684                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 685     }
 686
 687     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 688         try {
 689             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 690         }
 691         catch ( final Exception ex ) {
 692             // Do nothing.
 693         }
 694         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 695     }
 696
 697     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 698         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 699             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 700                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 701                                            "Error during SDI",
 702                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 703             return false;
 704         }
 705         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 706             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 707                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 708                                            "Error during SDI",
 709                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 710             return false;
 711         }
 712         else {
 713             return true;
 714         }
 715     }
 716
 717     public Configuration getConfiguration() {
 718         return _configuration;
 719     }
 720
 721     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 722         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 723     }
 724
 725     JMenu getHelpMenu() {
 726         return _help_jmenu;
 727     }
 728
 729     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 730         return _label_direction_cbmi;
 731     }
 732
 733     MainPanel getMainPanel() {
 734         return _mainpanel;
 735     }
 736
 737     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 738         return _jmenubar;
 739     }
 740
 741     Options getOptions() {
 742         return _options;
 743     }
 744
 745     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 746         setTypeMenuToAllUnselected();
 747         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 748             case CONVEX:
 749                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 750                 break;
 751             case CURVED:
 752                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 753                 break;
 754             case EURO_STYLE:
 755                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 756                 break;
 757             case ROUNDED:
 758                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 759                 break;
 760             case TRIANGULAR:
 761                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 762                 break;
 763             case UNROOTED:
 764                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 765                 break;
 766             case CIRCULAR:
 767                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 768                 break;
 769             default:
 770                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 771                 break;
 772         }
 773     }
 774
 775     void midpointRoot() {
 776         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 777             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 778         }
 779     }
 780
 781     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 782
 783     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 784         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 785         new Thread( reader ).start();
 786     }
 787
 788     private void removeBranchColors() {
 789         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 790             Util.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 791         }
 792     }
 793
 794     void removeTextFrame() {
 795         if ( _textframe != null ) {
 796             _textframe.close();
 797             _textframe = null;
 798         }
 799     }
 800
 801     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 802         _configuration = configuration;
 803     }
 804
 805     void setOptions( final Options options ) {
 806         _options = options;
 807     }
 808
 809     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 810         setTypeMenuToAllUnselected();
 811         switch ( type ) {
 812             case CIRCULAR:
 813                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 814                 break;
 815             case CONVEX:
 816                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 817                 break;
 818             case CURVED:
 819                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 820                 break;
 821             case EURO_STYLE:
 822                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 823                 break;
 824             case ROUNDED:
 825                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 826                 break;
 827             case RECTANGULAR:
 828                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 829                 break;
 830             case TRIANGULAR:
 831                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 832                 break;
 833             case UNROOTED:
 834                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 835                 break;
 836             default:
 837                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 838         }
 839     }
 840
 841     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 842         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 843         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 844         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 845         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 846         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 847         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 848         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 849         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 850     }
 851
 852     public void showWhole() {
 853         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 854     }
 855
 856     void switchColors() {
 857         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 858         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 859         csc.setVisible( true );
 860     }
 861
 862     void taxColor() {
 863         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 864             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 865         }
 866     }
 867
 868     void typeChanged( final Object o ) {
 869         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 870         updateOptions( getOptions() );
 871         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 872             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 873             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 874             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 875                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 876                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 877                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 878                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 879             }
 880             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 881                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 882             }
 883             else {
 884                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 885             }
 886             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 887             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 888             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 889                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 890                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 891                 }
 892                 else {
 893                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 894                 }
 895             }
 896         }
 897     }
 898
 899     void updateOptions( final Options options ) {
 900         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 901         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 902                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 903         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 904         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
 905                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
 906         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
 907                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
 908         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
 909                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 910         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
 911                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 912         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 913             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 914         }
 915         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 916             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 917         }
 918         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
 919             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 920         }
 921         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
 922                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
 923         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
 924             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
 925         }
 926         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
 927             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
 928                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 929             }
 930             else {
 931                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 932             }
 933         }
 934         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
 935         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
 936             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
 937         }
 938         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
 939                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 940         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
 941                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 942         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
 943         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
 944                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
 945         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
 946                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
 947         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
 948                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
 949         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
 950                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
 951         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
 952                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
 953         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
 954                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
 955         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
 956             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
 957             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
 958                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
 959                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
 960             }
 961             else {
 962                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
 963             }
 964         }
 965         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 966             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 967         }
 968         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 969             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 970         }
 971         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
 972             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 973         }
 974         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
 975             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 976         }
 977         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
 978             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 979         }
 980         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
 981             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 982         }
 983         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
 984             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 985         }
 986         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
 987             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 988         }
 989     }
 990
 991     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
 992         setTypeMenuToAllUnselected();
 993         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
 994     }
 995
 996     void displayBasicInformation() {
 997         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
 998             return;
 999         }
1000         _textframe = TextFrame.instantiate( Util.crateBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1001     }
1002
1003     void viewAsNexus() {
1004         removeTextFrame();
1005         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1006                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1007             return;
1008         }
1009         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus() );
1010     }
1011
1012     void viewAsNH() {
1013         removeTextFrame();
1014         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1015                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1016             return;
1017         }
1018         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshire( false ) );
1019     }
1020
1021     void viewAsNHX() {
1022         removeTextFrame();
1023         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1024                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1025             return;
1026         }
1027         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1028     }
1029
1030     void viewAsXML() {
1031         removeTextFrame();
1032         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1033                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1034             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1035         }
1036     }
1037
1038     /**
1039      * Display the about box.
1040      */
1041     static void about() {
1042         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1043         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
1044         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1045         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1046         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1047         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1048         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1049         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1050             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1051         }
1052         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1053                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1054             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1055                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1056         }
1057         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1058         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1059         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1060         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1061         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1062         about.append( "References:\n" );
1063         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1064         about.append( "For more information & download:\n" );
1065         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1066         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1067         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1068     }
1069
1070     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1071         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1072     }
1073
1074     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1075         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1076         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1077             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1078             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1079             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1080         }
1081         return jmenu;
1082     }
1083
1084     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1085         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1086         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1087             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1088             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1089             label.setOpaque( true );
1090         }
1091         label.setSelected( false );
1092         label.setEnabled( false );
1093         return label;
1094     }
1095
1096     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1097         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1098             case LOWER_LEFT:
1099                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1100                 break;
1101             case LOWER_RIGHT:
1102                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1103                 break;
1104             case UPPER_LEFT:
1105                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1106                 break;
1107             case UPPER_RIGHT:
1108                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1109                 break;
1110             default:
1111                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1112         }
1113         if ( tree_panel != null ) {
1114             tree_panel.updateOvSettings();
1115         }
1116     }
1117
1118     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1119         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1120             case GRADIENT:
1121                 op.setDefaultNodeFill( Options.NodeFill.SOLID );
1122                 break;
1123             case NONE:
1124                 op.setDefaultNodeFill( Options.NodeFill.GRADIENT );
1125                 break;
1126             case SOLID:
1127                 op.setDefaultNodeFill( Options.NodeFill.NONE );
1128                 break;
1129             default:
1130                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1131         }
1132     }
1133
1134     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1135         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1136             case CIRCLE:
1137                 op.setDefaultNodeShape( Options.NodeShape.RECTANGLE );
1138                 break;
1139             case RECTANGLE:
1140                 op.setDefaultNodeShape( Options.NodeShape.CIRCLE );
1141                 break;
1142             default:
1143                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1144         }
1145     }
1146
1147     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1148         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1149         sb.append( "Display options\n" );
1150         sb.append( "-------------------\n" );
1151         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1152         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1153         sb.append( "--------------------\n" );
1154         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1155         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1156         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1157         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1158         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1159         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1160         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1161         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1162         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1163         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1164         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1165         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1166         sb.append( "Zooming\n" );
1167         sb.append( "---------\n" );
1168         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1169         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1170         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1171         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1172         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1173         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1174         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1175         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1176         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1177         sb.append( "------------------------\n" );
1178         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1179         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1180         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1181         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1182         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1183         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1184         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1185         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1186         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1187             sb.append( "Active web links\n" );
1188             sb.append( "--------------------\n" );
1189             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1190                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1191             }
1192         }
1193         // + "General remarks\n"
1194         // + "---------------\n"
1195         // +
1196         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1197         // +
1198         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1199         // +
1200         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1201         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1202         // +
1203         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1204         // +
1205         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1206         // +
1207         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1208         // +
1209         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1210         // +
1211         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1212         // +
1213         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1214         // +
1215         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1216         // +
1217         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1218         // +
1219         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1220         // +
1221         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1222         // +
1223         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1224         // +
1225         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1226         // +
1227         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1228         // +
1229         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1230         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1231         // +
1232         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1233         sb.append( "\n" );
1234         sb.append( "phyloXML\n" );
1235         sb.append( "-------------------\n" );
1236         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1237         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1238         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1239         sb.append( "\n" );
1240         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1241         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1242         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1243     }
1244
1245     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1246         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1247             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1248         }
1249         else {
1250             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1251         }
1252     }
1253
1254     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1255         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1256             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1257                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1258         }
1259         else {
1260             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1261         }
1262     }
1263
1264     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1265         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1266             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1267                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1268         }
1269         else {
1270             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1271         }
1272     }
1273
1274     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1275         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1276             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1277         }
1278         else {
1279             mi.setText( "Select Colors..." );
1280         }
1281     }
1282
1283     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1284         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1285     }
1286
1287     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1288         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1289             mi.setEnabled( true );
1290         }
1291         else if ( ForesterUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1292             mi.setEnabled( true );
1293         }
1294         else {
1295             mi.setEnabled( false );
1296         }
1297         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1298     }
1299
1300     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1301         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1302     }
1303
1304     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1305                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1306                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1307                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1308                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1309                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1310                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1311         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1312         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1313         final Options options = main_panel.getOptions();
1314         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1315         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1316         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1317         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1318             scale.setSelected( false );
1319             scale.setEnabled( false );
1320             branch_lengths.setSelected( false );
1321             branch_lengths.setEnabled( false );
1322         }
1323         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1324             scale.setSelected( false );
1325             scale.setEnabled( false );
1326             branch_lengths.setEnabled( true );
1327         }
1328         else {
1329             scale.setEnabled( true );
1330             branch_lengths.setEnabled( true );
1331         }
1332         if ( ( tree_panel != null )
1333                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1334                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1335                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1336             branch_lengths.setSelected( false );
1337             branch_lengths.setEnabled( false );
1338         }
1339         if ( tree_panel != null ) {
1340             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1341                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1342                 non_lined_up.setEnabled( false );
1343                 uniform_clado.setEnabled( false );
1344                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1345             }
1346             else {
1347                 non_lined_up.setEnabled( true );
1348                 uniform_clado.setEnabled( true );
1349                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1350             }
1351         }
1352         else {
1353             if ( ( tree_panel != null )
1354                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1355                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1356                 branch_lengths.setSelected( false );
1357                 branch_lengths.setEnabled( false );
1358             }
1359             if ( ( tree_panel != null )
1360                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1361                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1362                 non_lined_up.setEnabled( false );
1363             }
1364             else {
1365                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1366                 non_lined_up.setEnabled( true );
1367             }
1368         }
1369         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1370         if ( tree_panel != null ) {
1371             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1372                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1373                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1374             }
1375             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1376                 scale.setSelected( false );
1377                 scale.setEnabled( false );
1378             }
1379         }
1380     }
1381
1382     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1383         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1384             tree_panel.setTextAntialias();
1385         }
1386     }
1387 }