forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Container;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.ActionListener;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Locale;
  35 import java.util.Map;
  36
  37 import javax.swing.JApplet;
  38 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  39 import javax.swing.JFrame;
  40 import javax.swing.JMenu;
  41 import javax.swing.JMenuBar;
  42 import javax.swing.JMenuItem;
  43 import javax.swing.JOptionPane;
  44 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessPool;
  50 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  51 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterConstants;
  55 import org.forester.util.ForesterUtil;
  56
  57 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  58
  59     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE          = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  60     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP                   = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  61     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                       = Constants.APTX_REFERENCE;
  62     private static final long serialVersionUID                        = 3655000897845508358L;
  63     final static Font         menu_font                               = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  64                                                                                   Font.PLAIN,
  65                                                                                   10 );
  66     static final String       TYPE_MENU_HEADER                        = "Type";
  67     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rectangular";
  68     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                    = "Euro Type";
  69     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Curved";
  70     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL              = "Triangular";
  71     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Convex";
  72     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL                 = "Rounded";
  73     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL                = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  74     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL                = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  75     static final String       OPTIONS_HEADER                          = "Options";
  76     static final String       SEARCH_SUBHEADER                        = "Search:";
  77     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                       = "Display:";
  78     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL                 = "Match Complete Terms Only";
  79     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL             = "Case Sensitive";
  80     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL             = "Negate Result";
  81     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL      = "Display Branch Length Values";
  82     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                     = "Display Scale";
  83     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL           = "Non-Lined Up Cladograms";
  84     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL                = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  85     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL                   = "Radial Labels";
  86     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                     = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  87     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL                  = "Antialias";
  88     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                      = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  89     static final String       BG_GRAD_LABEL                           = "Background Color Gradient";
  90     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL                = "Show Node Shapes";
  91     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                     = "Show Overview";
  92     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                    = "Font Size";
  93     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL             = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  94     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL                = "Show Domain Labels";
  95     static final String       COLOR_LABELS_TIP                        = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  96     static final String       ABBREV_SN_LABEL                         = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  97     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL     = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
  98     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL                  = "Cycle Node Shapes";
  99     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL                   = "Cycle Node Fill Type";
 100     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL                  = "Choose Node Shape Size";
 101     static final String       SHOW_CONF_STDDEV_LABEL                  = "Show Confidence Standard Deviations";
 102     static final String       USE_BRACKETS_FOR_CONF_IN_NH_LABEL       = "Use Brackets for Confidence Values";
 103     static final String       USE_INTERNAL_NAMES_FOR_CONF_IN_NH_LABEL = "Use Internal Node Names for Confidence Values";
 104     JMenuBar                  _jmenubar;
 105     JMenu                     _file_jmenu;
 106     JMenu                     _tools_menu;
 107     JMenu                     _view_jmenu;
 108     JMenu                     _options_jmenu;
 109     JMenu                     _font_size_menu;
 110     JMenu                     _help_jmenu;
 111     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 112     // file menu:
 113     JMenuItem                 _open_item;
 114     JMenuItem                 _open_url_item;
 115     JMenuItem                 _save_item;
 116     JMenuItem                 _save_all_item;
 117     JMenuItem                 _close_item;
 118     JMenuItem                 _exit_item;
 119     JMenuItem                 _new_item;
 120     // tools menu:
 121     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 122     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 123     JMenuItem                 _confcolor_item;
 124     JMenuItem                 _color_rank_jmi;
 125     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 126     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 127     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                    //TODO implememt me
 128     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 129     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 130     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 131     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 132     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 133     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 134     // font size menu:
 135     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 136     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 137     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 138     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 139     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 140     // options menu:
 141     // _  screen and print
 142     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 143     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 144     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 145     // _  screen display
 146     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 147     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 148     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 149     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 150     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 151     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 152     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                             //TODO fix me
 153     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 154     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 155     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 156     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 157     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 158     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 159     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 160     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 161     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 162     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 163     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 164     JCheckBoxMenuItem         _show_confidence_stddev_cbmi;
 165     // _  print
 166     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 167     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 168     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 169     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 170     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 171     JMenuItem                 _print_size_mi;
 172     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 173     // _  parsing
 174     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 175     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 176     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 177     JCheckBoxMenuItem         _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 178     JCheckBoxMenuItem         _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 179     // _  search
 180     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 181     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 182     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 183     // type menu:
 184     JMenu                     _type_menu;
 185     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 186     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 187     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 188     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 189     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 190     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 191     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 192     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 193     // view as text menu:
 194     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 195     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 196     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 197     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 198     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 199     // help menu:
 200     JMenuItem                 _about_item;
 201     JMenuItem                 _help_item;
 202     JMenuItem                 _website_item;
 203     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 204     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 205     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 206     // Handy pointers to child components:
 207     MainPanel                 _mainpanel;
 208     Container                 _contentpane;
 209     TextFrame                 _textframe;
 210     Configuration             _configuration;
 211     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 212     Options                   _options;
 213     final ProcessPool               _process_pool;
 214
 215     MainFrame() {
 216         _process_pool = new ProcessPool();
 217     }
 218
 219     ProcessPool getProcessPool() {
 220         return _process_pool;
 221     }
 222
 223     /**
 224      * Action performed.
 225      */
 226     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 227         final Object o = e.getSource();
 228         boolean is_applet = false;
 229         JApplet applet = null;
 230         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 231             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 232             if ( is_applet ) {
 233                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 234             }
 235         }
 236         if ( o == _open_url_item ) {
 237             readPhylogeniesFromURL();
 238         }
 239         else if ( o == _exit_item ) {
 240             close();
 241         }
 242         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 243             taxColor();
 244         }
 245         else if ( o == _confcolor_item ) {
 246             confColor();
 247         }
 248         else if ( o == _color_rank_jmi ) {
 249             colorRank();
 250         }
 251         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 252             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 253                 return;
 254             }
 255             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 256                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 257             }
 258         }
 259         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 260             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 261                 return;
 262             }
 263             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 264                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 265             }
 266         }
 267         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 268             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 269                 return;
 270             }
 271             removeBranchColors();
 272         }
 273         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 274             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 275                 return;
 276             }
 277             midpointRoot();
 278         }
 279         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 280             switchColors();
 281         }
 282         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 283             displayBasicInformation();
 284         }
 285         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 286             viewAsNH();
 287         }
 288         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 289             viewAsNHX();
 290         }
 291         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 292             viewAsXML();
 293         }
 294         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 295             viewAsNexus();
 296         }
 297         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 298             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 299                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 300                 getCurrentTreePanel().repaint();
 301             }
 302         }
 303         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 304             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 305                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 306                 getCurrentTreePanel().repaint();
 307             }
 308         }
 309         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 310             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 311                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 312                 getCurrentTreePanel().repaint();
 313             }
 314         }
 315         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 316             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 317                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 318                 getCurrentTreePanel().repaint();
 319             }
 320         }
 321         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 322             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 323                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 324                 getCurrentTreePanel().repaint();
 325             }
 326         }
 327         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 328             chooseFont();
 329         }
 330         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 331             chooseMinimalConfidence();
 332         }
 333         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 334             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 335         }
 336         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 337             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 338         }
 339         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 340             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 341         }
 342         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 343             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 344         }
 345         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 346             updateOptions( getOptions() );
 347             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 348         }
 349         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 350             updateOptions( getOptions() );
 351         }
 352         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 353             updateOptions( getOptions() );
 354         }
 355         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 356             updateOptions( getOptions() );
 357         }
 358         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 359             updateOptions( getOptions() );
 360         }
 361         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 362             updateOptions( getOptions() );
 363         }
 364         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 365             updateOptions( getOptions() );
 366         }
 367         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 368             updateOptions( getOptions() );
 369             showWhole();
 370         }
 371         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 372             updateOptions( getOptions() );
 373             showWhole();
 374         }
 375         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 376             updateOptions( getOptions() );
 377             showWhole();
 378         }
 379         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 380             updateOptions( getOptions() );
 381             getMainPanel().getControlPanel().search();
 382         }
 383         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 384             updateOptions( getOptions() );
 385             getMainPanel().getControlPanel().search();
 386         }
 387         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 388             updateOptions( getOptions() );
 389             getMainPanel().getControlPanel().search();
 390         }
 391         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 392             updateOptions( getOptions() );
 393         }
 394         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 395             updateOptions( getOptions() );
 396         }
 397         else if ( o == _show_confidence_stddev_cbmi ) {
 398             updateOptions( getOptions() );
 399         }
 400         else if ( o == _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 401             if ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 402                 _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 403             }
 404             updateOptions( getOptions() );
 405         }
 406         else if ( o == _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 407             if ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 408                 _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 409             }
 410             updateOptions( getOptions() );
 411         }
 412         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 413             updateOptions( getOptions() );
 414         }
 415         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 416             updateOptions( getOptions() );
 417             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 418                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 419             }
 420         }
 421         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 422                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 423                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 424             typeChanged( o );
 425         }
 426         else if ( o == _about_item ) {
 427             about();
 428         }
 429         else if ( o == _help_item ) {
 430             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 431         }
 432         else if ( o == _website_item ) {
 433             try {
 434                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 435             }
 436             catch ( final IOException e1 ) {
 437                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 438             }
 439         }
 440         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 441             try {
 442                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 443             }
 444             catch ( final IOException e1 ) {
 445                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 446             }
 447         }
 448         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 449             try {
 450                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 451             }
 452             catch ( final IOException e1 ) {
 453                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 454             }
 455         }
 456         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 457             try {
 458                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 459             }
 460             catch ( final IOException e1 ) {
 461                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 462             }
 463         }
 464         else {
 465             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 466                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 467                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 468                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 469                     }
 470                 }
 471             }
 472         }
 473         _contentpane.repaint();
 474     }
 475
 476     boolean isSubtreeDisplayed() {
 477         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 478             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 479                 JOptionPane
 480                         .showMessageDialog( this,
 481                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 482                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 483                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 484                 return true;
 485             }
 486         }
 487         return false;
 488     }
 489
 490     void activateSaveAllIfNeeded() {
 491         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 492             _save_all_item.setEnabled( true );
 493         }
 494         else {
 495             _save_all_item.setEnabled( false );
 496         }
 497     }
 498
 499     void buildFileMenu() {
 500         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 501         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 502         _file_jmenu.addSeparator();
 503         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 504         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 505         customizeJMenuItem( _exit_item );
 506         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 507     }
 508
 509     void buildFontSizeMenu() {
 510         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 511         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 512         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 513         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 514         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 515         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 516         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 517         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 518         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 519         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 520         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 521         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 522     }
 523
 524     void buildHelpMenu() {
 525         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 526         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 527         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 528         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 529         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 530         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 531         _help_jmenu.addSeparator();
 532         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 533         customizeJMenuItem( _help_item );
 534         customizeJMenuItem( _website_item );
 535         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 536         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 537         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 538         customizeJMenuItem( _about_item );
 539         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 540         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 541         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 542     }
 543
 544     void buildTypeMenu() {
 545         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 546         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 547         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 548         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 549         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 550         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 551         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 552         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 553         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 554         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 555         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 556         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 557         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 558         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 559         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 560         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 561         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 562         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 563         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 564         initializeTypeMenu( getOptions() );
 565         _jmenubar.add( _type_menu );
 566     }
 567
 568     void buildViewMenu() {
 569         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 570         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 571         _view_jmenu.addSeparator();
 572         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 573         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 574         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 575         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 576         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 577         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 578         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 579         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 580         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 581         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 582     }
 583
 584     private void chooseFont() {
 585         final FontChooser fc = new FontChooser();
 586         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 587         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 588         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 589     }
 590
 591     private void chooseMinimalConfidence() {
 592         final String s = ( String ) JOptionPane
 593                 .showInputDialog( this,
 594                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 595                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 596                                   "Minimal Confidence Value",
 597                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 598                                   null,
 599                                   null,
 600                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 601         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 602             boolean success = true;
 603             double m = 0.0;
 604             final String m_str = s.trim();
 605             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 606                 try {
 607                     m = Double.parseDouble( m_str );
 608                 }
 609                 catch ( final Exception ex ) {
 610                     success = false;
 611                 }
 612             }
 613             else {
 614                 success = false;
 615             }
 616             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 617                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 618             }
 619         }
 620     }
 621
 622     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 623         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 624                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 625                                                                          + "[current value: "
 626                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 627                                                                  "Node Shape Size",
 628                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 629                                                                  null,
 630                                                                  null,
 631                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 632         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 633             boolean success = true;
 634             double m = 0.0;
 635             final String m_str = s.trim();
 636             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 637                 try {
 638                     m = Double.parseDouble( m_str );
 639                 }
 640                 catch ( final Exception ex ) {
 641                     success = false;
 642                 }
 643             }
 644             else {
 645                 success = false;
 646             }
 647             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 648                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 649                 if ( size >= 0.0 ) {
 650                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 651                 }
 652             }
 653         }
 654     }
 655
 656     void close() {
 657         removeTextFrame();
 658         if ( _mainpanel != null ) {
 659             _mainpanel.terminate();
 660         }
 661         if ( _contentpane != null ) {
 662             _contentpane.removeAll();
 663         }
 664         setVisible( false );
 665         dispose();
 666     }
 667
 668     void confColor() {
 669         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 670             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 671         }
 672     }
 673
 674     void colorRank() {
 675         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 676             final String[] ranks = AptxUtil.getAllPossibleRanks();
 677             final String rank = ( String ) JOptionPane
 678                     .showInputDialog( this,
 679                                       "What rank should the colorization be based on",
 680                                       "Rank Selection",
 681                                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 682                                       null,
 683                                       ranks,
 684                                       null );
 685             if ( !ForesterUtil.isEmpty( rank ) ) {
 686                 _mainpanel.getCurrentTreePanel().colorRank( rank );
 687             }
 688         }
 689     }
 690
 691     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 692         if ( item != null ) {
 693             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 694             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 695                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 696                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 697             }
 698             item.setSelected( is_selected );
 699             item.addActionListener( this );
 700         }
 701     }
 702
 703     void customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 704         if ( jmi != null ) {
 705             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 706             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 707                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 708                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 709             }
 710             jmi.addActionListener( this );
 711         }
 712     }
 713
 714     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 715         if ( item != null ) {
 716             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 717             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 718                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 719                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 720             }
 721             item.setSelected( is_selected );
 722             item.addActionListener( this );
 723         }
 724     }
 725
 726     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 727         try {
 728             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 729         }
 730         catch ( final Exception ex ) {
 731             // Do nothing.
 732         }
 733         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 734                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 735                                        "Error during File|Open",
 736                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 737     }
 738
 739     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 740         try {
 741             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 742         }
 743         catch ( final Exception ex ) {
 744             // Do nothing.
 745         }
 746         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 747     }
 748
 749     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 750         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 751             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 752                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 753                                            "Error during SDI",
 754                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 755             return false;
 756         }
 757         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 758             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 759                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 760                                            "Error during SDI",
 761                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 762             return false;
 763         }
 764         else {
 765             return true;
 766         }
 767     }
 768
 769     public Configuration getConfiguration() {
 770         return _configuration;
 771     }
 772
 773     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 774         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 775     }
 776
 777     JMenu getHelpMenu() {
 778         return _help_jmenu;
 779     }
 780
 781     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 782         return _label_direction_cbmi;
 783     }
 784
 785     MainPanel getMainPanel() {
 786         return _mainpanel;
 787     }
 788
 789     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 790         return _jmenubar;
 791     }
 792
 793     public Options getOptions() {
 794         return _options;
 795     }
 796
 797     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 798         setTypeMenuToAllUnselected();
 799         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 800             case CONVEX:
 801                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 802                 break;
 803             case CURVED:
 804                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 805                 break;
 806             case EURO_STYLE:
 807                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 808                 break;
 809             case ROUNDED:
 810                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 811                 break;
 812             case TRIANGULAR:
 813                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 814                 break;
 815             case UNROOTED:
 816                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 817                 break;
 818             case CIRCULAR:
 819                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 820                 break;
 821             default:
 822                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 823                 break;
 824         }
 825     }
 826
 827     void midpointRoot() {
 828         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 829             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 830         }
 831     }
 832
 833     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 834
 835     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 836         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 837         new Thread( reader ).start();
 838     }
 839
 840     private void removeBranchColors() {
 841         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 842             AptxUtil.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 843         }
 844     }
 845
 846     void removeTextFrame() {
 847         if ( _textframe != null ) {
 848             _textframe.close();
 849             _textframe = null;
 850         }
 851     }
 852
 853     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 854         _configuration = configuration;
 855     }
 856
 857     void setOptions( final Options options ) {
 858         _options = options;
 859     }
 860
 861     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 862         setTypeMenuToAllUnselected();
 863         switch ( type ) {
 864             case CIRCULAR:
 865                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 866                 break;
 867             case CONVEX:
 868                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 869                 break;
 870             case CURVED:
 871                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 872                 break;
 873             case EURO_STYLE:
 874                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 875                 break;
 876             case ROUNDED:
 877                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 878                 break;
 879             case RECTANGULAR:
 880                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 881                 break;
 882             case TRIANGULAR:
 883                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 884                 break;
 885             case UNROOTED:
 886                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 887                 break;
 888             default:
 889                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 890         }
 891     }
 892
 893     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 894         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 895         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 896         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 897         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 898         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 899         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 900         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 901         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 902     }
 903
 904     public void showWhole() {
 905         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 906     }
 907
 908     void switchColors() {
 909         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 910         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 911         csc.setVisible( true );
 912     }
 913
 914     void taxColor() {
 915         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 916             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 917         }
 918     }
 919
 920     void typeChanged( final Object o ) {
 921         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 922         updateOptions( getOptions() );
 923         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 924             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 925             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 926             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 927                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 928                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 929                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 930                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 931             }
 932             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 933                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 934             }
 935             else {
 936                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 937             }
 938             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 939             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 940             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 941                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 942                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 943                 }
 944                 else {
 945                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 946                 }
 947             }
 948         }
 949     }
 950
 951     void updateOptions( final Options options ) {
 952         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 953         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 954                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 955         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 956         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
 957                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
 958         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
 959                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
 960         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
 961                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 962         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
 963                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 964         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 965             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 966         }
 967         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 968             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 969         }
 970         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
 971             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 972         }
 973         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
 974                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
 975         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
 976             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
 977         }
 978         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
 979             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
 980                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 981             }
 982             else {
 983                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 984             }
 985         }
 986         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
 987         options.setShowConfidenceStddev( ( _show_confidence_stddev_cbmi != null )
 988                 && _show_confidence_stddev_cbmi.isSelected() );
 989         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
 990             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
 991         }
 992         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
 993                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 994         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
 995                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 996         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
 997         if ( ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
 998                 && _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 999             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS );
1000         }
1001         else if ( ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1002                 && _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1003             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES );
1004         }
1005         else {
1006             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE );
1007         }
1008         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
1009                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
1010         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
1011                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
1012         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
1013                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
1014         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
1015                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
1016         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
1017                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
1018         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
1019                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
1020         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
1021             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
1022             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
1023                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
1024                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
1025             }
1026             else {
1027                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
1028             }
1029         }
1030         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1031             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1032         }
1033         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1034             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1035         }
1036         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
1037             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1038         }
1039         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
1040             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1041         }
1042         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
1043             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1044         }
1045         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
1046             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1047         }
1048         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
1049             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1050         }
1051         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
1052             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1053         }
1054     }
1055
1056     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
1057         setTypeMenuToAllUnselected();
1058         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
1059     }
1060
1061     void displayBasicInformation() {
1062         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1063             return;
1064         }
1065         _textframe = TextFrame.instantiate( AptxUtil.createBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1066     }
1067
1068     void viewAsNexus() {
1069         removeTextFrame();
1070         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1071                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1072             return;
1073         }
1074         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus( getOptions()
1075                 .getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1076     }
1077
1078     void viewAsNH() {
1079         removeTextFrame();
1080         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1081                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1082             return;
1083         }
1084         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny()
1085                 .toNewHampshire( false, getOptions().getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1086     }
1087
1088     void viewAsNHX() {
1089         removeTextFrame();
1090         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1091                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1092             return;
1093         }
1094         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1095     }
1096
1097     void viewAsXML() {
1098         removeTextFrame();
1099         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1100                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1101             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1102         }
1103     }
1104
1105     /**
1106      * Display the about box.
1107      */
1108     static void about() {
1109         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1110         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
1111         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1112         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1113         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1114         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1115         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1116         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1117             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1118         }
1119         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1120                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1121             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1122                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1123         }
1124         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1125         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1126         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1127         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1128         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1129         about.append( "References:\n" );
1130         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1131         about.append( "For more information & download:\n" );
1132         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1133         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1134         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1135     }
1136
1137     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1138         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1139     }
1140
1141     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1142         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1143         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1144             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1145             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1146             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1147         }
1148         return jmenu;
1149     }
1150
1151     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1152         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1153         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1154             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1155             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1156             label.setOpaque( true );
1157         }
1158         label.setSelected( false );
1159         label.setEnabled( false );
1160         return label;
1161     }
1162
1163     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1164         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1165             case LOWER_LEFT:
1166                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1167                 break;
1168             case LOWER_RIGHT:
1169                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1170                 break;
1171             case UPPER_LEFT:
1172                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1173                 break;
1174             case UPPER_RIGHT:
1175                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1176                 break;
1177             default:
1178                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1179         }
1180         if ( tree_panel != null ) {
1181             tree_panel.updateOvSettings();
1182         }
1183     }
1184
1185     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1186         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1187             case GRADIENT:
1188                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1189                 break;
1190             case NONE:
1191                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1192                 break;
1193             case SOLID:
1194                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1195                 break;
1196             default:
1197                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1198         }
1199     }
1200
1201     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1202         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1203             case CIRCLE:
1204                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1205                 break;
1206             case RECTANGLE:
1207                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1208                 break;
1209             default:
1210                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1211         }
1212     }
1213
1214     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1215         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1216         sb.append( "Display options\n" );
1217         sb.append( "-------------------\n" );
1218         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1219         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1220         sb.append( "--------------------\n" );
1221         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1222         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1223         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1224         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1225         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1226         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1227         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1228         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1229         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1230         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1231         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1232         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1233         sb.append( "Zooming\n" );
1234         sb.append( "---------\n" );
1235         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1236         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1237         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1238         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1239         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1240         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1241         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1242         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1243         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1244         sb.append( "------------------------\n" );
1245         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1246         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1247         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1248         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1249         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1250         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1251         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1252         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1253         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1254             sb.append( "Active web links\n" );
1255             sb.append( "--------------------\n" );
1256             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1257                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1258             }
1259         }
1260         // + "General remarks\n"
1261         // + "---------------\n"
1262         // +
1263         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1264         // +
1265         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1266         // +
1267         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1268         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1269         // +
1270         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1271         // +
1272         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1273         // +
1274         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1275         // +
1276         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1277         // +
1278         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1279         // +
1280         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1281         // +
1282         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1283         // +
1284         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1285         // +
1286         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1287         // +
1288         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1289         // +
1290         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1291         // +
1292         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1293         // +
1294         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1295         // +
1296         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1297         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1298         // +
1299         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1300         sb.append( "\n" );
1301         sb.append( "phyloXML\n" );
1302         sb.append( "-------------------\n" );
1303         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1304         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1305         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1306         sb.append( "\n" );
1307         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1308         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1309         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1310     }
1311
1312     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1313         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1314             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1315         }
1316         else {
1317             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1318         }
1319     }
1320
1321     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1322         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1323             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1324                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1325         }
1326         else {
1327             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1328         }
1329     }
1330
1331     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1332         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1333             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1334                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1335         }
1336         else {
1337             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1338         }
1339     }
1340
1341     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1342         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1343             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1344         }
1345         else {
1346             mi.setText( "Select Colors..." );
1347         }
1348     }
1349
1350     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1351         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1352     }
1353
1354     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1355         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1356             mi.setEnabled( true );
1357         }
1358         else if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1359             mi.setEnabled( true );
1360         }
1361         else {
1362             mi.setEnabled( false );
1363         }
1364         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1365     }
1366
1367     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1368         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1369     }
1370
1371     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1372                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1373                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1374                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1375                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1376                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1377                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1378         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1379         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1380         final Options options = main_panel.getOptions();
1381         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1382         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1383         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1384         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1385             scale.setSelected( false );
1386             scale.setEnabled( false );
1387             branch_lengths.setSelected( false );
1388             branch_lengths.setEnabled( false );
1389         }
1390         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1391             scale.setSelected( false );
1392             scale.setEnabled( false );
1393             branch_lengths.setEnabled( true );
1394         }
1395         else {
1396             scale.setEnabled( true );
1397             branch_lengths.setEnabled( true );
1398         }
1399         if ( ( tree_panel != null )
1400                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1401                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1402                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1403             branch_lengths.setSelected( false );
1404             branch_lengths.setEnabled( false );
1405         }
1406         if ( tree_panel != null ) {
1407             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1408                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1409                 non_lined_up.setEnabled( false );
1410                 uniform_clado.setEnabled( false );
1411                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1412             }
1413             else {
1414                 non_lined_up.setEnabled( true );
1415                 uniform_clado.setEnabled( true );
1416                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1417             }
1418         }
1419         else {
1420             if ( ( tree_panel != null )
1421                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1422                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1423                 branch_lengths.setSelected( false );
1424                 branch_lengths.setEnabled( false );
1425             }
1426             if ( ( tree_panel != null )
1427                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1428                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1429                 non_lined_up.setEnabled( false );
1430             }
1431             else {
1432                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1433                 non_lined_up.setEnabled( true );
1434             }
1435         }
1436         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1437         if ( tree_panel != null ) {
1438             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1439                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1440                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1441             }
1442             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1443                 scale.setSelected( false );
1444                 scale.setEnabled( false );
1445             }
1446         }
1447     }
1448
1449     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1450         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1451             tree_panel.setTextAntialias();
1452         }
1453     }
1454 }