forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Container;
  28 import java.awt.Font;
  29 import java.awt.event.ActionEvent;
  30 import java.awt.event.ActionListener;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Locale;
  34 import java.util.Map;
  35
  36 import javax.swing.JApplet;
  37 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  38 import javax.swing.JFrame;
  39 import javax.swing.JMenu;
  40 import javax.swing.JMenuBar;
  41 import javax.swing.JMenuItem;
  42 import javax.swing.JOptionPane;
  43 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  48 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  49 import org.forester.util.ForesterConstants;
  50 import org.forester.util.ForesterUtil;
  51
  52 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  53
  54     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE     = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  55     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP              = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  56     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                  = Constants.APTX_REFERENCE;
  57     private static final long serialVersionUID                   = 3655000897845508358L;
  58     final static Font         menu_font                          = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  59                                                                              Font.PLAIN,
  60                                                                              10 );
  61     static final String       TYPE_MENU_HEADER                   = "Type";
  62     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL        = "Rectangular";
  63     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL               = "Euro Type";
  64     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL             = "Curved";
  65     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL         = "Triangular";
  66     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL             = "Convex";
  67     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL            = "Rounded";
  68     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL           = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  69     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL           = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  70     static final String       OPTIONS_HEADER                     = "Options";
  71     static final String       SEARCH_SUBHEADER                   = "Search:";
  72     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                  = "Display:";
  73     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL            = "Match Complete Terms Only";
  74     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL        = "Case Sensitive";
  75     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL        = "Negate Result";
  76     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL = "Display Branch Length Values";
  77     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                = "Display Scale";
  78     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL      = "Non-Lined Up Cladograms";
  79     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL           = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  80     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL              = "Radial Labels";
  81     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  82     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL             = "Antialias";
  83     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                 = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  84     static final String       BG_GRAD_LABEL                      = "Background Color Gradient";
  85     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL           = "Display Node Boxes";
  86     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                = "Show Overview";
  87     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL               = "Font Size";
  88     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL        = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  89     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL           = "Show Domain Labels";
  90     static final String       COLOR_LABELS_TIP                   = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  91     static final String       ABBREV_SN_LABEL                    = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  92     JMenuBar                  _jmenubar;
  93     JMenu                     _file_jmenu;
  94     JMenu                     _tools_menu;
  95     JMenu                     _view_jmenu;
  96     JMenu                     _options_jmenu;
  97     JMenu                     _font_size_menu;
  98     JMenu                     _help_jmenu;
  99     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 100     // file menu:
 101     JMenuItem                 _open_item;
 102     JMenuItem                 _open_url_item;
 103     JMenuItem                 _save_item;
 104     JMenuItem                 _save_all_item;
 105     JMenuItem                 _close_item;
 106     JMenuItem                 _exit_item;
 107     JMenuItem                 _new_item;
 108     // tools menu:
 109     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 110     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 111     JMenuItem                 _confcolor_item;
 112     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 113     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 114     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                               //TODO implememt me
 115     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 116     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 117     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 118     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 119     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 120     // font size menu:
 121     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 122     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 123     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 124     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 125     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 126     // options menu:
 127     // _  screen and print
 128     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 129     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 130     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 131     // _  screen display
 132     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 133     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 134     JCheckBoxMenuItem         _show_node_boxes_cbmi;
 135     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 136     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 137     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 138     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 139     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                        //TODO fix me
 140     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 141     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 142     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 143     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 144     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 145     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 146     // _  print
 147     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 148     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 149     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 150     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 151     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 152     JMenuItem                 _print_size_mi;
 153     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 154     // _  parsing
 155     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 156     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 157     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 158     // _  search
 159     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 160     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 161     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 162     // type menu:
 163     JMenu                     _type_menu;
 164     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 165     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 166     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 167     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 168     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 169     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 170     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 171     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 172     // view as text menu:
 173     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 174     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 175     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 176     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 177     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 178     // help menu:
 179     JMenuItem                 _about_item;
 180     JMenuItem                 _help_item;
 181     JMenuItem                 _website_item;
 182     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 183     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 184     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 185     // Handy pointers to child components:
 186     MainPanel                 _mainpanel;
 187     Container                 _contentpane;
 188     TextFrame                 _textframe;
 189     Configuration             _configuration;
 190     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 191     Options                   _options;
 192
 193     MainFrame() {
 194         // Empty constructor.
 195     }
 196
 197     /**
 198      * Action performed.
 199      */
 200     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 201         final Object o = e.getSource();
 202         boolean is_applet = false;
 203         JApplet applet = null;
 204         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 205             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 206             if ( is_applet ) {
 207                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 208             }
 209         }
 210         if ( o == _open_url_item ) {
 211             readPhylogeniesFromURL();
 212         }
 213         else if ( o == _exit_item ) {
 214             close();
 215         }
 216         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 217             taxColor();
 218         }
 219         else if ( o == _confcolor_item ) {
 220             confColor();
 221         }
 222         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 223             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 224                 return;
 225             }
 226             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 227                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 228             }
 229         }
 230         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 231             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 232                 return;
 233             }
 234             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 235                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 236             }
 237         }
 238         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 239             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 240                 return;
 241             }
 242             removeBranchColors();
 243         }
 244         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 245             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 246                 return;
 247             }
 248             midpointRoot();
 249         }
 250         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 251             switchColors();
 252         }
 253         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 254             displayBasicInformation();
 255         }
 256         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 257             viewAsNH();
 258         }
 259         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 260             viewAsNHX();
 261         }
 262         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 263             viewAsXML();
 264         }
 265         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 266             viewAsNexus();
 267         }
 268         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 269             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 270                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 271                 getCurrentTreePanel().repaint();
 272             }
 273         }
 274         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 275             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 276                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 277                 getCurrentTreePanel().repaint();
 278             }
 279         }
 280         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 281             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 282                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 283                 getCurrentTreePanel().repaint();
 284             }
 285         }
 286         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 287             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 288                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 289                 getCurrentTreePanel().repaint();
 290             }
 291         }
 292         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 293             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 294                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 295                 getCurrentTreePanel().repaint();
 296             }
 297         }
 298         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 299             chooseFont();
 300         }
 301         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 302             chooseMinimalConfidence();
 303         }
 304         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 305             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 306         }
 307         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 308             updateOptions( getOptions() );
 309             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 310         }
 311         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 312             updateOptions( getOptions() );
 313         }
 314         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 315             updateOptions( getOptions() );
 316         }
 317         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 318             updateOptions( getOptions() );
 319         }
 320         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 321             updateOptions( getOptions() );
 322         }
 323         else if ( o == _show_node_boxes_cbmi ) {
 324             updateOptions( getOptions() );
 325         }
 326         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 327             updateOptions( getOptions() );
 328             showWhole();
 329         }
 330         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 331             updateOptions( getOptions() );
 332             showWhole();
 333         }
 334         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 335             updateOptions( getOptions() );
 336             showWhole();
 337         }
 338         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 339             updateOptions( getOptions() );
 340             getMainPanel().getControlPanel().search();
 341         }
 342         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 343             updateOptions( getOptions() );
 344             getMainPanel().getControlPanel().search();
 345         }
 346         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 347             updateOptions( getOptions() );
 348             getMainPanel().getControlPanel().search();
 349         }
 350         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 351             updateOptions( getOptions() );
 352         }
 353         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 354             updateOptions( getOptions() );
 355         }
 356         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 357             updateOptions( getOptions() );
 358         }
 359         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 360             updateOptions( getOptions() );
 361             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 362                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 363             }
 364         }
 365         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 366                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 367                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 368             typeChanged( o );
 369         }
 370         else if ( o == _about_item ) {
 371             about();
 372         }
 373         else if ( o == _help_item ) {
 374             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 375         }
 376         else if ( o == _website_item ) {
 377             try {
 378                 Util.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 379             }
 380             catch ( final IOException e1 ) {
 381                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 382             }
 383         }
 384         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 385             try {
 386                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 387             }
 388             catch ( final IOException e1 ) {
 389                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 390             }
 391         }
 392         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 393             try {
 394                 Util.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 395             }
 396             catch ( final IOException e1 ) {
 397                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 398             }
 399         }
 400         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 401             try {
 402                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 403             }
 404             catch ( final IOException e1 ) {
 405                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 406             }
 407         }
 408         else {
 409             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 410                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 411                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 412                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 413                     }
 414                 }
 415             }
 416         }
 417         _contentpane.repaint();
 418     }
 419
 420     boolean isSubtreeDisplayed() {
 421         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 422             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 423                 JOptionPane
 424                         .showMessageDialog( this,
 425                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 426                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 427                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 428                 return true;
 429             }
 430         }
 431         return false;
 432     }
 433
 434     void activateSaveAllIfNeeded() {
 435         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 436             _save_all_item.setEnabled( true );
 437         }
 438         else {
 439             _save_all_item.setEnabled( false );
 440         }
 441     }
 442
 443     void buildFileMenu() {
 444         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 445         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 446         _file_jmenu.addSeparator();
 447         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 448         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 449         customizeJMenuItem( _exit_item );
 450         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 451     }
 452
 453     void buildFontSizeMenu() {
 454         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 455         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 456         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 457         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 458         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 459         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 460         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 461         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 462         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 463         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 464         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 465         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 466     }
 467
 468     void buildHelpMenu() {
 469         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 470         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 471         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 472         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 473         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 474         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 475         _help_jmenu.addSeparator();
 476         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 477         customizeJMenuItem( _help_item );
 478         customizeJMenuItem( _website_item );
 479         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 480         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 481         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 482         customizeJMenuItem( _about_item );
 483         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 484         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 485         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 486     }
 487
 488     void buildTypeMenu() {
 489         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 490         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 491         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 492         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 493         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 494         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 495         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 496         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 497         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 498         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 499         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 500         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 501         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 502         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 503         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 504         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 505         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 506         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 507         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 508         initializeTypeMenu( getOptions() );
 509         _jmenubar.add( _type_menu );
 510     }
 511
 512     void buildViewMenu() {
 513         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 514         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 515         _view_jmenu.addSeparator();
 516         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 517         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 518         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 519         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 520         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 521         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 522         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 523         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 524         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 525         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 526     }
 527
 528     private void chooseFont() {
 529         final FontChooser fc = new FontChooser();
 530         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 531         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 532         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 533     }
 534
 535     private void chooseMinimalConfidence() {
 536         final String s = ( String ) JOptionPane
 537                 .showInputDialog( this,
 538                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 539                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 540                                   "Minimal Confidence Value",
 541                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 542                                   null,
 543                                   null,
 544                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 545         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 546             boolean success = true;
 547             double m = 0.0;
 548             final String m_str = s.trim();
 549             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 550                 try {
 551                     m = Double.parseDouble( m_str );
 552                 }
 553                 catch ( final Exception ex ) {
 554                     success = false;
 555                 }
 556             }
 557             else {
 558                 success = false;
 559             }
 560             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 561                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 562             }
 563         }
 564     }
 565
 566     void close() {
 567         removeTextFrame();
 568         if ( _mainpanel != null ) {
 569             _mainpanel.terminate();
 570         }
 571         if ( _contentpane != null ) {
 572             _contentpane.removeAll();
 573         }
 574         setVisible( false );
 575         dispose();
 576     }
 577
 578     void confColor() {
 579         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 580             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 581         }
 582     }
 583
 584     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 585         if ( item != null ) {
 586             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 587             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 588                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 589                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 590             }
 591             item.setSelected( is_selected );
 592             item.addActionListener( this );
 593         }
 594     }
 595
 596     void customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 597         if ( jmi != null ) {
 598             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 599             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 600                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 601                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 602             }
 603             jmi.addActionListener( this );
 604         }
 605     }
 606
 607     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 608         if ( item != null ) {
 609             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 610             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 611                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 612                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 613             }
 614             item.setSelected( is_selected );
 615             item.addActionListener( this );
 616         }
 617     }
 618
 619     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 620         try {
 621             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 622         }
 623         catch ( final Exception ex ) {
 624             // Do nothing.
 625         }
 626         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 627                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 628                                        "Error during File|Open",
 629                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 630     }
 631
 632     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 633         try {
 634             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 635         }
 636         catch ( final Exception ex ) {
 637             // Do nothing.
 638         }
 639         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 640     }
 641
 642     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 643         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 644             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 645                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 646                                            "Error during SDI",
 647                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 648             return false;
 649         }
 650         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 651             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 652                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 653                                            "Error during SDI",
 654                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 655             return false;
 656         }
 657         else {
 658             return true;
 659         }
 660     }
 661
 662     public Configuration getConfiguration() {
 663         return _configuration;
 664     }
 665
 666     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 667         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 668     }
 669
 670     JMenu getHelpMenu() {
 671         return _help_jmenu;
 672     }
 673
 674     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 675         return _label_direction_cbmi;
 676     }
 677
 678     MainPanel getMainPanel() {
 679         return _mainpanel;
 680     }
 681
 682     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 683         return _jmenubar;
 684     }
 685
 686     Options getOptions() {
 687         return _options;
 688     }
 689
 690     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 691         setTypeMenuToAllUnselected();
 692         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 693             case CONVEX:
 694                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 695                 break;
 696             case CURVED:
 697                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 698                 break;
 699             case EURO_STYLE:
 700                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 701                 break;
 702             case ROUNDED:
 703                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 704                 break;
 705             case TRIANGULAR:
 706                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 707                 break;
 708             case UNROOTED:
 709                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 710                 break;
 711             case CIRCULAR:
 712                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 713                 break;
 714             default:
 715                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 716                 break;
 717         }
 718     }
 719
 720     void midpointRoot() {
 721         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 722             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 723         }
 724     }
 725
 726     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 727
 728     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 729         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 730         new Thread( reader ).start();
 731     }
 732
 733     private void removeBranchColors() {
 734         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 735             Util.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 736         }
 737     }
 738
 739     void removeTextFrame() {
 740         if ( _textframe != null ) {
 741             _textframe.close();
 742             _textframe = null;
 743         }
 744     }
 745
 746     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 747         _configuration = configuration;
 748     }
 749
 750     void setOptions( final Options options ) {
 751         _options = options;
 752     }
 753
 754     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 755         setTypeMenuToAllUnselected();
 756         switch ( type ) {
 757             case CIRCULAR:
 758                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 759                 break;
 760             case CONVEX:
 761                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 762                 break;
 763             case CURVED:
 764                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 765                 break;
 766             case EURO_STYLE:
 767                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 768                 break;
 769             case ROUNDED:
 770                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 771                 break;
 772             case RECTANGULAR:
 773                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 774                 break;
 775             case TRIANGULAR:
 776                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 777                 break;
 778             case UNROOTED:
 779                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 780                 break;
 781             default:
 782                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 783         }
 784     }
 785
 786     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 787         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 788         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 789         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 790         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 791         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 792         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 793         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 794         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 795     }
 796
 797     public void showWhole() {
 798         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 799     }
 800
 801     void switchColors() {
 802         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 803         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 804         csc.setVisible( true );
 805     }
 806
 807     void taxColor() {
 808         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 809             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 810         }
 811     }
 812
 813     void typeChanged( final Object o ) {
 814         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 815         updateOptions( getOptions() );
 816         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 817             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 818             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 819             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 820                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 821                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 822                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 823                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 824             }
 825             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 826                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 827             }
 828             else {
 829                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 830             }
 831             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 832             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 833             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 834                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 835                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 836                 }
 837                 else {
 838                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 839                 }
 840             }
 841         }
 842     }
 843
 844     void updateOptions( final Options options ) {
 845         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 846         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 847                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 848         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 849         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
 850                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
 851         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
 852                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
 853         options.setShowNodeBoxes( ( _show_node_boxes_cbmi != null ) && _show_node_boxes_cbmi.isSelected() );
 854         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 855             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 856         }
 857         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 858             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 859         }
 860         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
 861             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 862         }
 863         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
 864                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
 865         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
 866             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
 867         }
 868         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
 869             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
 870                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 871             }
 872             else {
 873                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 874             }
 875         }
 876         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
 877         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
 878             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
 879         }
 880         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
 881                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 882         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
 883                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 884         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
 885         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
 886                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
 887         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
 888                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
 889         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
 890                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
 891         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
 892                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
 893         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
 894                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
 895         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
 896                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
 897         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
 898             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
 899             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
 900                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
 901                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
 902             }
 903             else {
 904                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
 905             }
 906         }
 907         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 908             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 909         }
 910         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 911             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 912         }
 913         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
 914             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 915         }
 916         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
 917             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 918         }
 919         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
 920             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 921         }
 922         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
 923             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 924         }
 925         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
 926             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 927         }
 928         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
 929             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 930         }
 931     }
 932
 933     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
 934         setTypeMenuToAllUnselected();
 935         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
 936     }
 937
 938     void displayBasicInformation() {
 939         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
 940             return;
 941         }
 942         _textframe = TextFrame.instantiate( Util.crateBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
 943     }
 944
 945     void viewAsNexus() {
 946         removeTextFrame();
 947         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
 948                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
 949             return;
 950         }
 951         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus() );
 952     }
 953
 954     void viewAsNH() {
 955         removeTextFrame();
 956         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
 957                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
 958             return;
 959         }
 960         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshire( false ) );
 961     }
 962
 963     void viewAsNHX() {
 964         removeTextFrame();
 965         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
 966                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
 967             return;
 968         }
 969         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
 970     }
 971
 972     void viewAsXML() {
 973         removeTextFrame();
 974         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
 975                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
 976             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
 977         }
 978     }
 979
 980     /**
 981      * Display the about box.
 982      */
 983     static void about() {
 984         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
 985         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
 986         about.append( "All Rights Reserved\n" );
 987         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
 988         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
 989         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
 990         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
 991         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
 992             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
 993         }
 994         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
 995                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
 996             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
 997                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
 998         }
 999         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1000         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1001         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1002         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1003         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1004         about.append( "References:\n" );
1005         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1006         about.append( "For more information & download:\n" );
1007         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1008         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1009         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1010     }
1011
1012     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1013         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1014     }
1015
1016     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1017         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1018         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1019             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1020             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1021             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1022         }
1023         return jmenu;
1024     }
1025
1026     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1027         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1028         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1029             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1030             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1031             label.setOpaque( true );
1032         }
1033         label.setSelected( false );
1034         label.setEnabled( false );
1035         return label;
1036     }
1037
1038     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1039         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1040             case LOWER_LEFT:
1041                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1042                 break;
1043             case LOWER_RIGHT:
1044                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1045                 break;
1046             case UPPER_LEFT:
1047                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1048                 break;
1049             case UPPER_RIGHT:
1050                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1051                 break;
1052             default:
1053                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1054         }
1055         tree_panel.updateOvSettings();
1056     }
1057
1058     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1059         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1060         sb.append( "Display options\n" );
1061         sb.append( "-------------------\n" );
1062         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1063         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1064         sb.append( "--------------------\n" );
1065         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1066         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1067         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1068         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1069         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1070         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1071         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1072         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1073         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1074         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1075         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1076         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1077         sb.append( "Zooming\n" );
1078         sb.append( "---------\n" );
1079         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1080         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1081         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1082         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1083         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1084         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1085         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1086         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1087         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1088         sb.append( "------------------------\n" );
1089         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1090         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1091         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1092         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1093         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1094         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1095         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1096         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1097         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1098             sb.append( "Active web links\n" );
1099             sb.append( "--------------------\n" );
1100             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1101                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1102             }
1103         }
1104         // + "General remarks\n"
1105         // + "---------------\n"
1106         // +
1107         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1108         // +
1109         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1110         // +
1111         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1112         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1113         // +
1114         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1115         // +
1116         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1117         // +
1118         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1119         // +
1120         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1121         // +
1122         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1123         // +
1124         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1125         // +
1126         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1127         // +
1128         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1129         // +
1130         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1131         // +
1132         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1133         // +
1134         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1135         // +
1136         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1137         // +
1138         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1139         // +
1140         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1141         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1142         // +
1143         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1144         sb.append( "\n" );
1145         sb.append( "phyloXML\n" );
1146         sb.append( "-------------------\n" );
1147         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1148         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1149         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1150         sb.append( "\n" );
1151         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1152         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1153         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1154     }
1155
1156     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1157         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1158             mi.setText( "Overview Placement... (current: " + tree_panel.getOptions().getOvPlacement() + ")" );
1159         }
1160         else {
1161             mi.setText( "Overview Placement..." );
1162         }
1163     }
1164
1165     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1166         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1167             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1168         }
1169         else {
1170             mi.setText( "Select Colors..." );
1171         }
1172     }
1173
1174     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1175         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1176     }
1177
1178     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1179         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1180             mi.setEnabled( true );
1181         }
1182         else if ( ForesterUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1183             mi.setEnabled( true );
1184         }
1185         else {
1186             mi.setEnabled( false );
1187         }
1188         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1189     }
1190
1191     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1192                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1193                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1194                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1195                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1196                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1197                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1198         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1199         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1200         final Options options = main_panel.getOptions();
1201         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1202         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1203         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1204         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1205             scale.setSelected( false );
1206             scale.setEnabled( false );
1207             branch_lengths.setSelected( false );
1208             branch_lengths.setEnabled( false );
1209         }
1210         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1211             scale.setSelected( false );
1212             scale.setEnabled( false );
1213             branch_lengths.setEnabled( true );
1214         }
1215         else {
1216             scale.setEnabled( true );
1217             branch_lengths.setEnabled( true );
1218         }
1219         if ( ( tree_panel != null )
1220                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1221                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1222                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1223             branch_lengths.setSelected( false );
1224             branch_lengths.setEnabled( false );
1225         }
1226         if ( tree_panel != null ) {
1227             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1228                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1229                 non_lined_up.setEnabled( false );
1230                 uniform_clado.setEnabled( false );
1231                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1232             }
1233             else {
1234                 non_lined_up.setEnabled( true );
1235                 uniform_clado.setEnabled( true );
1236                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1237             }
1238         }
1239         else {
1240             if ( ( tree_panel != null )
1241                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1242                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1243                 branch_lengths.setSelected( false );
1244                 branch_lengths.setEnabled( false );
1245             }
1246             if ( ( tree_panel != null )
1247                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1248                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1249                 non_lined_up.setEnabled( false );
1250             }
1251             else {
1252                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1253                 non_lined_up.setEnabled( true );
1254             }
1255         }
1256         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1257         if ( tree_panel != null ) {
1258             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1259                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1260                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1261             }
1262             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1263                 scale.setSelected( false );
1264                 scale.setEnabled( false );
1265             }
1266         }
1267     }
1268
1269     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1270         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1271             tree_panel.setTextAntialias();
1272         }
1273     }
1274 }